Procaryotes

RÉGULATION DE L’EXPRESSION GÉNÉTIQUE

1. L’opéron lactose
 STRUCTURE DU LACTOSE

liaison β-galactosidique

β-galactosidase
galactose

glucose
lactose
 CROISSANCE BACTÉRIENNE EN
PRÉSENCE DE GLUCOSE ET DE LACTOSE

Croissance bactérienne
log D.O.
Diauxie

[bactéries] [ONP]

T (h)

[lactose]
[glucose]
T (h)

Concentration en sucres
 INDUCTION ENZYMATIQUE

L'utilisation du lactose conditionne la présence

de la !-galactosidase, enzyme nécessaire
à sa dégradation. Il y a induction de l'enzyme.

Deux hypothèses sont à faire pour cette induction

• le lactose active la !-galactosidase, déjà

présente dans le milieu sous forme inactive.
! induction biochimique

• le lactose permet la synthèse de la ! -

galactosidase de novo.
! induction génétique
 QUELLE EST LA NATURE DE L'INDUCTION ?

Expérience A :
• culture de bactéries en milieu :
+ glucose
+ méthionine 35S
pendant 1 heure à 37°C
• transfert de ces bactéries en milieu :
+ lactose
pendant 1 heure à 37°C
! la !-galactosidase synthétisée n'est pas marquée. Conclusion : le lactose
régule la synthèse de novo
Expérience B :
de l'enzyme et non une
• culture de bactéries en milieu : régulation allostérique
+ glucose qui affecterait la conformation
pendant 1 heure à 37°C
d'une enzyme déjà présente.
• transfert de ces bactéries en milieu :
+ lactose
+ méthionine 35S
pendant 1 heure à 37°C
! la !-galactosidase synthétisée est marquée.
 RÉGULATION DE LA TRANSCRIPTION OU DE LA TRADUCTION ?

Expérience A :
• culture de bactéries en milieu :
+ lactose + méthionine 35S + rifampicine
(inhibiteur de la transcription)
pendant 1 heure à 37°C
! la !-galactosidase n'est pas synthétisée. Conclusion : le lactose
régule la synthèse
Expérience B : de novo de l'enzyme
au niveau transcriptionnel :
• culture de bactéries en milieu : l'ARN messager transcrit
+lactose + méthionine 35S + puromycine est ensuite traduit
(inhibiteur de la traduction) en β-galactosidase.
pendant 1 heure à 37°C
! la !-galactosidase n'est pas synthétisée.
 RÉGULATION DE LA TRANSCRIPTION OU DE LA TRADUCTION ?

Expérience A :
• culture de bactéries en milieu :
+ lactose + méthionine 35S + rifampicine
(inhibiteur de la transcription)
pendant 1 heure à 37°C
! la !-galactosidase n'est pas synthétisée. Conclusion : le lactose
régule la synthèse
Expérience B : de novo de l'enzyme
au niveau transcriptionnel :
• culture de bactéries en milieu : l'ARN messager transcrit
+lactose + méthionine 35S + puromycine est ensuite traduit
(inhibiteur de la traduction) en β-galactosidase.
pendant 1 heure à 37°C
! la !-galactosidase n'est pas synthétisée.
 L'ALLOLACTOSE EST L'INDUCTEUR
La β-galactoside transacétylase, enzyme de masse moléculaire
60 kDa transformant le lactose β,1-4 en allolactose β,1-6 par
transglycosylation

lactose β,1-4

allactose β,1-6
 DIPLOIDES PARTIELS

chromosome bactérien

lacI- lacZ+

O+

O+

facteur F'
lacI+
lacZ+

lacY+

lacA+
 L'OPERON LACTOSE D'ESCHERICHIA COLI
L'opéron lactose d' Escherichia coli (6 237 pdb) comporte les
éléments suivants :
• 3 gènes structuraux : lacZ, lacY et lacA.
• des éléments régulateurs, p romoteur P et opérateur O, agissant
en cis.
• 1 gène régulateur, lacI, possédant son promoteur.
REGULATION DE L'OPERON LACTOSE

JACOB ET MONOD
1961
 LES MUTATIONS DU RÉPRESSEUR
i- Le répresseur muté ne peut plus se
fixer sur l'opérateur fonctionnel. La
i- bactérie est [lacc]

O+

is Le répresseur muté ne peut plus

interagir avec l'inducteur et
changer sa conformation (super-
répresseur). La bactérie est [lac-]
iS

O+
LES MUTATIONS DE L’OPÉRATEUR

OC Le répresseur fonctionnel ne peut

i+ plus se fixer sur l'opérateur muté. La
bactérie est [lacc].
DIPLOIDE PARTIEL I- O +Z+ … // I+ O+ Z+

facteur F'

chromosome bactérien

• l'allèle I+ est dominant sur l'allèle I-

• ces bactéries sont de phénotype [lac+ inductible].
DIPLOIDE PARTIEL Is O+ Z+ … // I+ O+ Z+

chromosome bactérien

facteur F'

• l'allèle Is est dominant sur l'allèle I+

• ces bactéries sont de phénotype [lac-
non-inductible].
DIPLOIDE PARTIEL I+ Oc Z+ … // I+ O+ Z+

• l'allèle Oc est dominant sur l'allèle O+

• ces bactéries sont de phénotype [lac+
constitutif].
 EMPREINTE DE
L’OPÉRATEUR
SUR L'ADN

3'
se G
ns G
d
e
A
mi T
gr C
at
io A
5'
n
 INITIATION DE LA TRANSCRIPTION

boîte -35 boîte -10 1er nucléotide transcrit

5' 3' brin non transcrit

TTGAC A TATAAT
ADN
AAC TGT ATATTA N

3' 5' brin transcrit

-35 -10 +1

sens de transcription

~ 40 nucléotides ~ 20 nucléotides

~ 60 nucléotides

L'ARN polymérase recouvre 60 nucléotides environ sur l'ADN

 INITIATION DE LA TRANSCRIPTION

Promoteur (ADN couvert par l'ARN polymérase) ARN messager

Séquences non consensus du promoteur Moitiés symétriques de l'opérateur

Opérateur (ADN couvert par le répresseur)

• Le promoteur faible occupe la position –48 à +12

• L'opérateur occupe la position –5 à +21
Ces deux séquences se recouvrent donc partiellement.
GLUCOSE ET TAUX INTRACELLULAIRE D'AMPc
 PROTÉINE CAP, AMPc ET
TRANSCRIPTION DE L’OPÉRON LAC

La protéine CAP est un dimère

de sous-unités identiques
(22,5 kDa chacune) : chaque
sous-unité possède un site
de liaison à l'ADN et un site
de liaison pour l'AMPc. Le
dimère seul ne peut se lier
à l'ADN, mais dès qu'une
molécule d'AMPc est fixée
sur l'une des sous-unités,
le changement conformationnel
résultant permet la fixation du
dimère CAP sur l'ADN.
 REGION CONTRÔLANT DE L'OPERON LACTOSE

Fin du gène Début du

du répresseur ARN gène
Site CAP Promoteur
messager β-gal

Séquences consensus du site CAP

Moitiés symétriques de l'opérateur

Sites de mutations Séquences

empêchant la protéine CAP non consensus Opérateur
de se fixer à l'ADN du promoteur

Le site CAP occupe la position –72 à -49

Le promoteur faible occupe la position –48 à +12
L'opérateur occupe la position –5 à +21
CAP-AMPc ACTIVE L'OPERON LACTOSE

AMPc
CAP

Les séquences en -10 et -35 étant différentes des

séquences consensus des promoteurs forts, la protéine
CAP intervient en incurvant l’ADN pour augmenter le
niveau de fixation de l'ARN polymérase sur ce
promoteur.
 LE GLUCOSE RÉPRIME L’OPÉRON LACTOSE

(si absence de lactose…)

Le glucose en abaissant le taux intracellulaire d’AMPC inactive la

protéine CAP et réprime la transcription de l’opéron lactose en absence
ou présence de lactose.
 ACTIVATION TOTALE DE L’OPÉRON LACTOSE :
PRÉSENCE DE LACTOSE ET ABSENCE DE GLUCOSE
 QU’EST-CE QU’UN OPÉRON ?

Un opéron est une unité régulée d'expression des

gènes dans laquelle on trouve un ensemble de
gènes structuraux, sous le contrôle d'un système
régulateur unique (ATTENTION…).

Les gènes structuraux sont transcrits à partir

d'une région "opérateur-promoteur" commune,
sous la f orme d'un ARN messager unique, appelé
ARNm polycistronique, qui sera traduit en
protéines différentes.

Cet opéron est contrôlé par une protéine de

régulation (répresseur ou activateur) codée par un
gène de régulation spécifique.
 CONTRÔLE NÉGATIF

Répresseur

CONTRÔLE POSITIF

Activateur
 Répression
Lactose catabolique

Tryptophane Rhamnose
RÉGULATION DE L’EXPRESSION GÉNÉTIQUE

2. Régulation de la synthèse de tryptophane

L’OPÉRON TRYPTOPHANE

β-galactosidase
galactose

glucose
lactose
 CONTRÔLE NÉGATIF
DE L’OPÉRON
en absence de trp en présence de trp
TRYPTOPHANE

L'opéron tryptophane est

sous un contrôle négatif
par un répresseur,
répresseur dimère de sous-unités
inactif (PM 12 kDa), synthétisé
répresseur actif sous forme inactive.
L'inducteur est le
tryptophane.

Changements conformationnels du répresseur

 L’ATTÉNUATION

L'atténuation est une terminaison prématurée d e

la transcription.

L'atténuation est provoquée par un terminateur

facultatif qui est situé au début de l'unité de
transcription de l'opéron et que l'on appelle
atténuateur.
 STRUCTURE DE L’ATTÉNUATEUR

Terminaison

codons trp Antiterminaison codon

codon codon stop "start"
"start" de l'ARNm
trpE
Séquence codante
du peptide leader

L'atténuateur de l'opéron tryptophane est une séquence nucléotidique

ARN de 162 bases, située à l'extrémité 5' de l'ARNm
polycistronique. Cette séquence est donc synthétisée à p artir
du promoteur de l'opéron trp avant la séquence codante du
gène trpE.

Elle comprend une séquence codante, comprise entre les

nucléotides 27 à 68 (codon d'initiation AUG à codon stop UGA)
permettant la synthèse d'un peptide de 14 acides aminés de
longueur : dont deux codons tryptophane (en positions 10 et 11,
c'est-à-dire quasiment à la fin de la séquence codante).
 L’ARNm LEADER TRP

5
'

peptide
leader

séquence 1
séquence 2

séquence 3

140 162

séquence 4 séquence de pause séquence trpE

4 séquences nucléotidiques (notées 1, 2 , 3 et 4) sont des séquences

palindromiques qui peu vent conduire à l a formation de structures ARN
"en épingles à cheveux"
 CERTAINES STRUCTURES EN ÉPINGLES À
CHEVEUX SONT DES TERMINATEURS
Terminateur rho-indépendant :

Structures en "épingle à cheveux"

Terminateur rho-dépendant :

Epingle 2/3 : Epingle 3/4 :

antiterminateur terminateur
 PRÉREQUIS DE L’ATTÉNUATION

L'atténuation repose sur le fait que transcription et traduction sont simultanées

chez les bactéries. Dans tous les cas, la transcription de l'ARNm tryptophane
démarre. L'ARNm trytophane en cours de synthèse est traduit.

C'est la position du ribosome en cours de traduction qui va déterminer la suite

des évènements :
- atténuation et arrêt de la transcription
- poursuite de la transcription
Le ribosome pourra avoir deux positions sur l'ARNm et selon ces positions,
il pourra y avoir formation de deux types de structures en épingle à cheveux
différentes :
- position A : formation d'une boucle 2/3
 boucle d'antiterminaison
- position B : formation d'une boucle 3/4
 boucle de terminaison

C'est la vitesse de traduction du peptide leader qui déterminera la position du

ribosome sur l'ARNm tryptophane.
 PRINCIPE DE L’ATTÉNUATION

En absence de TRP:
-freinage par absence d’ARNt-TRP
-épingle à cheveux 2/3
-il y a synthèse de l’ARNm
ARN
polymérase

En présence de [trp] moyenne:

- pas de freinage
-épingle à cheveux 3/4
-terminaison de la transcription

ARN
polymérase

terminateur rho-indépendant
 RÉGULATION DE LA SYNTHÈSE DU TRP

3 Niveaux de régulation :
- Rétroinhibition de la voie de synthèse
- Répression de l’opéron par un répresseur fixant
le tryptophane comme corépresseur
- Atténuation : transcription abortive de l’opéron

Question :
Dans quelles conditions de concentration de
tryptophane interviennent ces différents processus ?
RÉGULATION DE L’EXPRESSION GÉNÉTIQUE

3. Autres mécanismes de régulation de

L’expression génétique…
 L'ARN POLYMERASE BACTERIENNE
β'

Échange de sous unité σ

α β

3'
α
5' brin transcrit
σ

~ 60 nucléotides
intérieur du complexe

3' 5' brin transcrit

sites d'interaction avec l'ADN site catalytique

L'ARN polymérase bactérienne ou holoenzyme (500 kDa) !2""'#:

• sous-unité ! (x2) : interactions avec les protéines régulatrices
• sous-unité " : formation des liaisons phosphodiesters
• sous-unité "' : liaison au brin d'ADN matrice
• sous-unité # : reconnaissance du promoteur
NIVEAUX DE CONTRÔLES DES GÈNES

Chez les bactéries, le contrôle des gènes

s'exerce essentiellement à 3 niveaux :

• l'initiation de la transcription

• la terminaison de la transcription

• la stabilité des ARN messagers

Dans quelques cas il existe une régulation de la

traduction des ARNm

(Chez les eucaryotes, il existe des niveaux

supplémentaires affectant la maturation des
ARN messagers et la traduction en protéines).