Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
Le cycle de Krebs, encore appelé cycle de l’acide citrique ou cycle de l’acide tricarboxilique
constitue la dernière étape commune au catabolisme des glucides, des acides gras et des acides aminés
(Figure 1).
catabolisme
glycolyse β-oxydations
des acides aminés
Acétyl Coenzyme A
Cycle
De
Krebs
Chaînes
d’Oxydations ATP
Cellulaires
Le cycle de Krebs représente la principale source d’énergie de la cellule. En effet, au cours de ce cycle
sont produits des transporteurs d’hydrogène (NADH et FADH2) qui par réoxydation au niveau des
chaînes d’oxydations cellulaires vont permettre la production d’ATP qui est la forme de réserve de
l’énergie cellulaire. Le cycle se déroule dans la matrice mitochondriale en huit étapes dont le point
d’entrée est l’acétyl coenzyme A. Nous verrons en détail chaque étape du cycle ainsi que ses différents
points de régulation avant d’en faire le bilan énergétique.
L’Acétyl coenzyme A (Acétyl CoA) est formé à partir du pyruvate qui est le produit final de la glycolyse
et de coenzyme A (CoASH). La réaction peut s’écrire de manière simplifiée :
Dans la réalité, cette réaction se déroule en plusieurs étapes et fait intervenir un complexe
multienzymatique : Le complexe de la pyruvate déshydrogénase.
1/9 www.mediprepa.com
A. Le complexe de la pyruvate déshydrogénase.
La première étape est la décarboxylation du pyruvate par E1 après qu’il se soit combiné au TPP
pour former l’hydroxyéthyl thiamine pyrophosphate selon la réaction suivante :
O O R O O R R
O=C + H-C HO – C – C HO – C- – C
R’ R’ R’
Le groupement hydroxyéthyle est ensuite oxydé en groupe acétyle et transféré sur le lipoamide de
E2 pour former l’acétyllipoamide :
OH CH3
CH3 - C- C=O
TPP + S S TPP + HS S
CH2 CH – R CH2 CH – R
CH2 CH2
CH3
C=O
HS S HS SH CH3
HS SH S S
CH2 CH2
Dihydrolipoamide Lipoamide
CO2 pyruvate
CH3 –C - COOH
OH Pyruvate
Deshydrogénase TPP
CH3 – C - TPP (E1)
Hydroxyéthyl - TPP
SH acétyllipoamide
S Dihydrolipoyl
lipoamide L transacétylase L
S S – C - CH3
(E2)
O
CoA - SH
dihydrolipoamide
Coenzyme A
SH
L
SH O
Dihydrolipoyl
FADH2 déshydrogénase FAD CH3 – C - S - CoA
(E3)
Acétyl CoA
3 Enzymes
3 Cofacteurs
2 Cosubstrats
NAD+ NADH + H+
3/9 www.mediprepa.com
B. La régulation du complexe de la pyruvate déshydrogénase.
La production de l’acétyl CoA à partir du pyruvate étant un processus irréversible chez les
animaux, c’est une étape qui nécessite un contrôle strict afin de ne pas gaspiller de l’énergie en
puisant dans les réserves de glucose (précurseur du pyruvate) alors que l’organisme n’en éprouve
pas le besoin. Le complexe de la pyruvate déshydrogénase est régulé à différents niveaux.
Tout d’abord il est régulé par les produits de la réaction. Ainsi, des rapports acétyl CoA/CoASH
ou NADH/NAD+ élevés inhibent le complexe. L’acétyl CoA inhibe la dihydrolipoyl transacétylase
tandis que le NADH inhibe la dihydrolipoyl déshydrogénase.
L’activité du complexe est également réduite lorsque la cellule dispose d’énergie en quantité
suffisante. Le GTP inhibe la pyruvate déshydrogénase alors que l’AMP l’active.
Enfin, la pyruvate déshydrogénase existe sous deux formes : Une forme inactive lorsqu’elle est
phoshorylée par une kinase au niveau d’une sérine et une forme active déphosphorylée. La
phosphorylation est augmentée par des rapports ATP/ADP, acétyl CoA/CoASH et NADH/NAD+
élevés, elle est inhibée par le pyruvate. La déphosphorylation nécessite l’action d’une phosphatase
en présence de Ca2+. L’insuline stimule également la déphoshorylation.
Une fois l’acétyl CoA produit, il va pouvoir alimenter le cycle de Krebs et ses huit étapes que nous allons
détailler maintenant. Tout au long du cycle nous pourrons suivre le devenir des atomes de carbone issus
de l’acétyl CoA et donc du pyruvate en signalant ces derniers par une couleur rouge.
La condensation de l’acétyl CoA et de l’oxaloacétate est catalysée par la citrate synthétase. Cette
réaction est irréversible. L’oxaloacétate se fixe d’abord à l’enzyme qui en changeant de
conformation permet la fixation de l’acétyl CoA et la formation d’un intermédiaire : le citroyl
CoA qui sera ensuite hydrolysé en citrate et en coenzyme A.
O CH2 – C – S – CoA
HO – C - COO- HO – C - COO-
Citrate synthétase
-
CH2 - COO CH2 - COO-
La réaction se fait en deux étapes avec le cis-aconitate pour intermédiaire. Les deux étapes sont
catalysées par l’aconitase.
Remarque : La molécule de citrate qui paraît symétrique à première vue, en réalité ne l’est pas. En
effet, l’aconitase est capable de faire la différence entre les deux CH2 – COO- du citrate. On parle
de molécule prochirale.
L’isocitrate est oxydé par l’isocitrate déshydrogénase pour former l’oxalosuccinate et générer une
molécule de NADH. L’oxalosuccinate reste lié à l’enzyme et perd une molécule de CO2 pour
aboutir à l’ α -cétoglutarate (α -KG).
Cette réaction est catalysée par le complexe de l’ α -cétoglutarate déshydrogénase dont la structure
et le mécanisme d’action sont très proches de celui de la pyruvate déshydrogénase qui permet le
passage du pyruvate à l’acétyl CoA (Voir I.A.). La réaction peut s’écrire de façon simplifiée :
5/9 www.mediprepa.com
La figure 3 schématise le mode d’action du complexe de l’ α -cétoglutarate déshydrogénase.
CH2 – COO-
C =O
COO-
CH2 – COO-
α-cétoglutarate
CH2
Deshydrogénase TPP
(E’1)
H – C - OH
TPP
CH2 – COO-
CH2
S Dihydrolipoyl S-C=O
lipoamide L transsuccinylase L
S (E’2) SH
CoA - SH
dihydrolipoamide
Coenzyme A
SH
L
SH CH2 – COO-
Dihydrolipoyl
FADH2 déshydrogénase FAD
CH2
(E’3)
C=O
succinyl CoA
S - CoA
3 Enzymes
3 Cofacteurs
2 Cosubstrats
NAD+ NADH + H+
6/9 www.mediprepa.com
Remarque : Le succinyl CoA peut également être synthétisé à partir du propionyl CoA qui
provient du catabolisme de certains acides aminés et des acides gras à nombre de carbones
impairs.
E. Formation du succinate.
Le succinate est produit par hydrolyse de la liaison thioester entre le résidu succinyl et le
coenzyme A du succinyl CoA. L’hydrolyse de cette liaison libère une grande quantité d’énergie
qui est récupérée en synthétisant une molécule de GTP par phosphorylation d’une molécule de
GDP. Cette réaction qui est réversible est catalysée par la succinyl CoA synthétase.
COO- COO-
CH2 CH2
S - CoA
Le GTP constitue indirectement une réserve d’énergie puisque le phosphate qu’il vient d’acquérir
peut facilement être transféré par une nucléoside diphosphokinase à une molécule d’ADP pour
former une molécule d’ATP.
Nucléoside
GTP + ADP GDP + ATP
Diphosphokinase
Remarque : Le GTP peut également être utilisé comme donneur de phosphoryle, au cours de la
biosynthèse des protéines notamment.
La réaction est catalysée par la succinate déshydrogénase qui contrairement aux autres enzymes du
cycle est membranaire. En effet, elle fait partie intégrante de la membrane interne de la
mitochondrie. De plus, à la différence des déshydrogénases citées précédemment, la succinate
déshydrogénase utilise le FAD et non le NAD+ pour transporter l’hydrogène jusqu’au chaînes
d’oxydations cellulaires. C’est parce que, dans ce cas, l’énergie de la réaction est insuffisante pour
réduire le NAD+.
COO- -
OOC H
H–C-H C
Succinate déshydrogénase
COO- H COO-
Succinate Fumarate
7/9 www.mediprepa.com
Remarque : Le succinate étant une molécule symétrique (contrairement au citrate), à partir de cette
étape il ne nous est plus possible de suivre les atomes de carbone issus de l’acétyl CoA.
La réaction est catalysée par la fumarase. Les atomes H et OH issus d’une molécule d’eau sont
additionnés en trans sur le fumarate, c’est à dire chacun d’un côté du plan formé par la double
liaison. Le groupement OH se fixant toujours du même côté de la double liaison, seul le L-malate
(et non le D-malate) est produit.
-
OOC H COO- COO-
H20
C HO – C – H HO – C – H
Fumarase ou
C H–C–H H–C–H
La réaction est catalysée par la malate déshydrogénase qui utilise le NAD+ comme transporteur
d’hydrogène.
COO- COO-
H–C–H H–C–H
Malate déshydrogénase
COO- COO-
L-malate oxaloacétate
Une fois régénéré, l’oxaloacétate peut se condenser à une molécule d’acétyl CoA et ainsi entamer
un nouveau tour de cycle.
- Sachant que la réoxydation au niveau des chaînes d’oxydations cellulaires du NADH fournie trois
molécules d’ATP et que celle du FADH2 en fournie deux.
- Sachant qu’une molécule de GTP peut facilement permettre la synthèse d’une molécule d’ATP.
Le cycle produit donc :
8/9 www.mediprepa.com
1 GTP donc 1 ATP
3 NADH donc 3 x 3 soit 9 ATP Bilan 12 ATP
1 FADH2 donc 2 ATP
Si on prend en compte le NADH produit lors du passage du pyruvate en acétyl CoA, on arrive à un bilan
de 12 + 3 soit 15 molécules d’ATP produites.