UNIVERSITÉ de RENNES 1 1ère session 2019-2020

L1 Portail BECV 20 décembre 2019
BMOL – BIOMOLÉCULES

EXAMEN TERMINAL
Durée : 2 heures.
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Calculatrice autorisée, mémoire vidée.
Les cinq exercices de l’épreuve sont indépendants les uns des autres. Le barème est donné à titre indicatif.

Exercice 1 : (5 points)
Og est un oligoside formé d’hexoses. Nous vous proposons de déterminer la structure de Og.
1. Og est non réducteur. Comment le vérifier et que peut-on en déduire ?
Test avec Liqueur de Felhing : pas de précipité obtenu
Aucun C anomérique n’est libre
2. Définir le type de liaison s’établissant entre les oses au sein d’un oligoside. Vous préciserez les
carbones et fonctions impliquées.
Liaison osidique : entre le C anomérique d’un premier ose (fonction aldéhyde ou cétone) et un hydroxyle OH
(fonction alcool) porté par un C ou le C anomérique d’un autre ose (fonction aldéhyde ou cétone)
L’action de la β-fructosidase sur Og donne un triholoside T et un diholoside D.
L’analyse du triholoside T par perméthylation suivie d’hydrolyse acide donne du 1,3,6 tri-O-méthyl-D-
fructofuranose, du 2,3,4,6 tétra-O-méthyl-D-mannopyranose ainsi que du 2,3,4 tri-O-méthyl-D-
galactopyranose. L’α-mannosidase et l’α-galactosidase n’ont pas d’effet sur T.
3. Écrire la structure de T en représentation de Haworth.
CH2OH O CH2 CH2OH
O O O

CH2OH

D est un diholoside non réducteur qui n’a aucune activité sur la lumière polarisée.
4. Sachant qu’il contient du D-glucose en configuration α, écrire sa structure en représentation de
Haworth.
CH2OH
O

O CH2OH CH2OH
O O O

CH2OH
O

T est lié à D par une liaison impliquant le C6 du D-glucose.

5. Donner le nom complet de Og.
β-D-mannopyranosyl-(1-6)-β-D-galactopyranosyl-(1-4)-β-D-fructofuranosyl-(2-6)-α-D-glucopyranosyl-(1-1)-
α-L-glucopyranoside
T possède un pouvoir rotatoire sur la lumière polarisée à λ = 589,3 nm.
6. À quoi cela est-il dû ?
Aux C asymétriques
Son pouvoir rotatoire spécifique passe de +38,2 à +16,3°.dm-1.g-1.cm3, suite à son hydrolyse totale.
7. Expliquer de façon succincte ce phénomène.
Phénomène de mutarotation : évolution du pouvoir rotatoire des anomères α et β jusqu’à stabilisation

Exercice 2 : (4 points)
Après hydrolyse acide d’un hexapeptide H, les acides aminés Arg, Glu, Lys, Met et Pro sont identifiés en
concentrations équimolaires.
Le bromure de cyanogène sur H libère un acide aminé libre identifié par le réactif de Sakaguchi.
La trypsine sur H libère un dipeptide D et un tétrapeptide T.

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La réaction d’Edman sur H, comme sur le tétrapeptide T, permet d’identifier un acide aminé migrant vers
l’anode (+) lors d’une électrophorèse à pH 5.
La chymotrypsine n’a aucune action sur H.
1. Donner la séquence de H sans justificatif.
Glu-Trp-Pro-Lys-Met-Arg
2. Écrire la formule semi-développée du dipeptide à pH 7.
O O
H
+H N
3 CH C N CH C O-
CH2 CH2
CH2 CH2
S CH2
CH3 NH
C NH2+
NH2

3. Calculer le pHi du dipeptide D (justifier votre réponse).

pHi = 10,88
4. Sachant que le pHi de T est égal à 6,9, proposer un protocole pour purifier D suite à l’hydrolyse de H
par la trypsine (en solution dans un tampon à pH 7) par chromatographie échangeuse d’ions. Vous
disposez d’une résine échangeuse d’anions, une résine échangeuse de cations, un tampon à pH 7,
une solution de NaOH 1 mol.L-1 et une solution d’HCl 1 mol.L-1.
À pH 7, T a une charge nulle et D est chargé positivement
Choix d’une résine échangeuse de cations : élution avec tampon à pH 7, T élué et D retenu. Elution de D
avec NaOH 1 mol.L-1 : D devient chargé négativement

Données :
pKa1 pKa2 pKaR pKa1 pKa2 pKaR
Arg 2,17 9,05 12,48 Met 2,13 9,28
Glu 2,2 9,5 4,25 Pro 1,95 10,64
Lys 2,16 9,06 10,54

Exercice 3 : (3 points)
On souhaite préparer 500 mL de tampon acétate TA1 à 0,5 mol.L-1, pH 5 à partir d’une solution d’acide
acétique (CH3COOH) à 1 mol.L-1 et d’acétate de sodium en poudre.
1. Définir une solution tampon.
Solution dont le pH varie peu lorsqu’on ajoute une faible quantité d’acide fort ou de base forte
2. Calculer le rapport des concentrations entre l’acide acétique et l’acétate à pH 5 dans TA1.
pH = pKa + log [acétate]/[acide acétique]
[acétate]/[acide acétique] = 100,24 = 1,74
3. En déduire les concentrations d’acide acétique et d’acétate dans TA1.
[acétate] + [acide acétique] = 0,5 mol.L-1
2,74[acide] = 0,5 d’où [acide acétique] = 0,182 mol.L-1 et [acétate] = 0,318 mol.L-1
4. Calculer les quantités à prélever pour préparer TA1.
Acide acétique : 0,182 x 0,5 x 1 = 0,091 L = 91 mL
Acétate : 0,318 x 0,5 x 82 = 13,04 g
TA1 est dilué afin d’obtenir 100 mL d’une solution TA2 à 2 µmol.mL-1.
5. Calculer le facteur de dilution et le volume (en mL) de TA1 à prélever pour préparer TA2.
FD = 500 / 2 = 250
Volume de TA1 à prélever : 0,4 mL
Données : pKa de l’acide acétique = 4,76 – Masse molaire de l’acétate de sodium = 82 g.mol-1.

Exercice 4 : (5 points)
Nous vous proposons de déterminer la structure de deux lipides, A et B, à l’aide des résultats de
chromatographie sur couche mince de silice (CCM) (figure 1). Les lipides A et B ont subi ou non, différents
traitements avant dépôt sur CCM. Tous les acides gras présents lors de ce travail ont 18 carbones.

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Figure 1 : Analyse des lipides A et B par

chromatographie sur couche mince de
silice. Les différents lipides ont été déposés
sur CCM après avoir ou non été traités. La
migration a été effectuée avec un solvant
apolaire. La CCM a été révélée à l’étuve
100°C après avoir été plongée dans une
solution cuprique.
 

Le traitement des étalons par oxydation au permanganate de potassium (KMnO4), montre que l’un d’eux est
insensible alors que l’autre produit de façon stœchiométrique un monoacide à 3 carbones, 2 diacides à 3
carbones et 1 diacide à 9 carbones.
1. Identifier les étalons 1 et 2. Écrire les formules semi-développées.
Étalon 1 : acide stéarique CH3-(CH2)16-COOH
Étalon 2 : acide linolénique CH3-CH2-CH=CH-CH2-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
2. À partir des traitements effectués sur le lipide A, identifier les différentes taches présentes pour chaque
piste. En déduire la structure du lipide A, l’écrire sous forme semi-développée et donner son nom.
Indiquer sur cette structure les traitements effectués.

Saponification
O

O O-C -(CH2)7-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)4-CH3

CH3-(CH2)16-C-O O
O-C -(CH2)7-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)4-CH3
Lipase pancréatique

1,3-di-linoléyl-2-stéaryl-(sn)-glycérol
3. Faire de même avec le lipide B, sachant qu’il contient un acide aminé.

Phospholipase A1
O
Hydrolyse alcaline
douce O-C -(CH2)7-CH=CH-(CH2)7-CH3
O
CH3-CH2-CH=CH-CH2-CH=CH-CH2-CH=CH-(CH2)7- C-O O NH3+
H2
O-P O C CH

O- COO-
1-oléyl-2-linolényl-phosphatidyl-sérine
4. Discuter du caractère amphiphile des lipides A et B.
A : triglycéride (triacyglycérol) : plutôt apolaire
B : phospholipide : amphiphile (avec groupe phosphoryl sérine polaire, charges du phosphate et de la
sérine, à pH 7)
5. Après saponification des lipides A et B, quels sont les lipides obtenus ? Comment ces lipides
s’organisent-ils au contact de l’eau ?
Obtention de savons d’acides gras
A : stéarate, linoléate
B : oléate, linolénate
Organisation en films ou en micelles

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Exercice 5 : (3 points)
Le pourcentage en G+C de Staphylococcus aureus est de 32 % et celui de Pseudomonas aeruginosa est
de 67 %. On procède au chauffage progressif de l’ADN génomique de ces 2 espèces et on obtient la figure
ci-dessous : 1,5

S. aureus
1,4

Absorbance relative
P. aeruginosa
1,3

1,2

1,1

1
70 75 80 85 90 95 100
Température (°C)

1. À quoi correspond l’effet observé et comment s’appelle-t-il ?

Dénaturation des brins d’ADN – Effet hyperchrome
2. Quelle est la longueur d’onde utilisée dans cette expérience ?
260 nm
3. Déterminer graphiquement le Tm des ADN de ces 2 espèces.
S. aureus : 78°C – P. aeruginosa : 96°C
4. Calculer le Tm attendu de l’ADN génomique de l’espèce Klebsiella pneumoniae (57 % G+C).
%(G+C) = 1,94 Tm – 119
Tm K. Pneumoniae = 90,7 °C
5. Représenter l’appariement entre la désoxyguanosine-5’-monophosphate et la désoxycytidine-5’-
monophosphate. Mettre en évidence les liaisons hydrogène. 
 
O NH2 NH2 O

N N
NH N N HN

O O
N N N N H2N N N
HO P O CH2 NH2 O HO P O CH2 O
OH O OH O
O O
HO P O CH2 HO P O CH2
OH OH
O O

    

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