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Eucaryotes
Les gènes eucaryotes sont composés de séquences introniques et exoniques.
L'initiation de la traduction se fait sur une séquence ATG.
A la suite de la transcription d'un gène, un ARN pré-messager est créé, il comporte encore des séquences
introniques, une coiffe 5' ainsi qu'une queue poly-Adénylée en 3'.
L'épissage permet d'exciser les introns, on obtient un ARN messager mature qui ne comporte que les
séquences exoniques mises bout à bout, la coiffe 5' ainsi que la queue poly-Adénylée sont conservées.
La traduction aboutit à la création d'une protéine découlant indirectement du codage des séquences
exoniques.
Box Séquence
-35 TgACA
-10 TATAAT
1- Création du complexe fermé par la fixation de l'ARN polymérase sur toute la zone promotrice, englobant le
nucléotide +1 et les séquences -35 et -10.
2- Création du complexe ouvert par la dénaturation des deux brins d'ADN pour permettre d'atteindre les bases.
Cette ouverture se fait au niveau du nucléotide +1 jusqu'à environ la moitié de la séquence -10.
5- Terminaison de la traduction : arrivé en région terminatrice, le site de reconnaissance de Rho qui a été
transcrit permet la liaison du facteur Rho impliqué dans le relargage de l'ARN polymérase :
Rho progresse le long du brin d'ARN formé et éjecte in fine l'ARN polymérase :
4 points de contrôles :
Une protéine peut acquérir plusieurs conformations spatiales. Par exemple, elle peut se replier de telle sorte
que des domaines NTD (N-Terminal Domain) et CTD s'agrègent de leur côtés respectifs et restent reliés par
une séquence d'AA sans conformation particulière.
La polymérase qui nous intéresse ici a juste ses deux sous-unités α qui comportent des domaines NTD et CTD
reliés par un bras flexible.
La polymérase a une affinité forte pour une séquence particulière qui est promotrice. Elle peut toutefois se
fixer autre part sur l'ADN, cependant cette fixation est à faible affinité et généralement l'initiation ne s'y fera
pas : l'ARN polymérase va avoir tendance à se détacher successivement pour atteindre enfin la séquence
promotrice.
La sous-unité σ70 contient 2 parties impliquées dans la reconnaissance des séquences promotrices :
• σ2 qui reconnait la séquence -10 : TATAAT
• σ4 qui reconnait la séquence -35 : TGACA
La région σ2 a un second rôle car c'est à son niveau (séquence -10) que l'ADN doit être ouvert.
1- Reconnaissance du site -10.
2- Ouverture de l'ADN autour de ce site -10.
Elément UP
Intervention de la région σ3
Certains promoteurs ont une séquence -35 qui n'a rien a voir avec la séquence normalement reconnue par σ4.
> Donc σ4 ne reconnait pas -35
Si on essaye d'installer la polymérase sur ce promoteur, seul l'interaction σ2 - -10 assure la stabilité.
Mais une région σ3 est présente juste à côté de σ2 impliquée dans la reconnaissance de la séquence -10.
> La somme des interactions entre σ3 et l'ADN avant -10 ainsi que σ2 - -10 confèrent une stabilité
suffisante.
La présence de la séquence -10 est indispensable étant donnée que c'est cette dernière qui est impliquée
dans l'ouverture de l'ADN.
Contrôles de la transcription
Pour commencer l'élongation., il faut dissocier σ70 de l'holoenzyme. Le reste de l'enzyme (ββ') n'a pas une
affinité spécifique pour le promoteur, elle peut quitter le promoteur.
Dans le cas du mercure, la bactérie doit mettre en place un système de défense qui nécessite de l'énergie et
doit être finement régulé (en fonction de la présence ou absence d'un taux dangereux de mercure dans le
milieu).
> Production de la protéine merT capable de capter et "détoxifier" le mercure.
Normalement, la bactérie ne produit pas merT mais lorsqu'un taux trop important de mercure est présent, la
transcription se déclenche.
Les séquences -35 et -10 sont présentes et pourront être reconnues (par σ4 pour -35 et σ2 pour -10).
La présence d'une concentration élevée en mercure induit une fixation d'un ion mercure sur une protéine
activatrice "merR". Cette fixation s'accompagne d'un changement de conformation.
En absence de mercure, la protéine merR peut se fixer sur un site spécifique du promoteur du gène merT. La
fixation de merR stabilise la structure tridimensionnelle de l'ADN et interdit toute fixation simultanée des
régions -35 et -10 du promoteur par la sous unité σ de la polymérase.
En présence de mercure, la protéine merR acquiert une nouvelle conformation. Cette nouvelle conformation
permet de tordre l'ADN au niveau du site de fixation.
Les sites -35 et -10 se rapprochent.
Une même protéine peut donc être un répresseur ou un activateur en fonction de la concentration du
composé qui la contrôle.
Les promoteurs qui comportent des séquences -35 et -10 de type TTgACA et TATAAT proches ne peuvent être
contrôlés que par répression.
> Un promoteur fort est principalement contrôlé par des répresseurs car augmenter son activité est
difficile.
Un promoteur plus faible, par exemple avec des séquences -35 et -10 respectivement AgCACA et TAgCAT,
rendra plus difficile la fixation de la polymérase ainsi que l'ouverture de l'ADN.
> L'efficacité de l'initiation de la transcription est plus faible "au départ".
> On peut donc utiliser des activateurs pour augmenter l'efficacité du promoteur.
> On peut aussi utiliser des répresseurs pour diminuer encore plus l'efficacité du promoteur.
> La combinaison Répresseur/Activateur est aussi envisageable.
Répresseur
D'autres répresseurs peuvent se fixer plus loin dans l'ADN, après le promoteur
> Logiquement, ce type de répresseur ne peut pas bloquer la fixation de la polymérase, par contre il peut
bloquer l'ouverture de l'ADN.
En partant d'un promoteur faible, la somme des interactions confère une bonne stabilité grâce à l'activateur.
D'autres promoteurs faibles peuvent avoir un site -41 où se fixera une protéine activatrice.
L'activateur qui se lie sur le site -41 peut réaliser 3 liaisons :
> Une avec un domaine CTD d'une sous unité α.
> Une avec un domaine NTD de la même sous unité α.
> La dernière avec la protéine σ70.
> La somme des interactions stabilise la fixation de la polymérase.
> Activation de la transcription.
L'activateur de Classe II, comme le classe I est susceptible d'avoir des interactions différentes (une seule ou
deux sous unités α considérées par exemple) étant donné la variabilité des cas qui peuvent se présenter.
Si on revient sur notre exemple de promoteur faible avec des bases changées, il est plus judicieux d'imaginer
un activateur de classe II car :
> On cherche à augmenter la fixation de la polymérase, fragilisée par des bases atypiques.
> On cherche aussi à aider l'ouverture de l'ADN étant donné que la séquence changée confère une
meilleure liaison entre les deux brins (CG).
09/09/2008; 19:05
Sources :