L3 BIOTECH. VIROLOGIE DR BOUKHALFA N.

Université Djilali Bounaama Khemis Miliana

Faculté des Science de la nature et de la vie et des sciences de la terre
Spécialité : Biotechnologie Microbienne L3
Module : Virologie environnementale et infectieuse
Cours 4 : Réplication du matériel génétique viral

4.1. Réplication des virus à ADN (model d’étude le bactériophage T4) :

Les virus à ADN double brin utilisent généralement la machinerie cellulaire, tant
pour leur réplication que pour la transcription de leurs gènes en ARNm et ensuite
pour la maturation de ces ARNm. Leur cycle est donc nucléaire.

4.1.1. Historique des bactériophages :

Les bactériophages (phages) sont des virus qui infectent spécifiquement les
bactéries. Ils ont été décrits pour la première fois par un chercheur anglais,
Frederick Twort, en 1915. Deux ans après et de manière indépendante, Felix
d’Hérelle, un chercheur Franco-Canadien fit également la découverte des
bactériophages. Il envisagea immédiatement leur utilisation pour éliminer des
bactéries pathogènes et traiter des infections. Il est ainsi considéré comme le
précurseur de la phagothérapie (la thérapie par les phages). Puisque ces virus
sont capables de tuer une espèce de bactérie, pourquoi ne pas les utiliser pour
éliminer une bactérie pathogène?
Chaque type de phages reconnait une espèce, voir une sous-espèce de bactérie.
Un bactériophage ne va donc pas infecter et éliminer toutes les bactéries mais
uniquement celles qui vont être reconnues par le phage et permettre sa
multiplication. De par sa grande spécificité, un bactériophage ne pourra jamais
infecter une de nos propres cellules.
Présents dans l’ensemble de la biosphère, les bactériophages constituent l’entité
biologique la plus répandue et la plus diversifiée sur Terre. On estime leur
nombre à 1031 sur la planète. Ils jouent un rôle environnemental essentiel,
notamment en régulant la croissance bactérienne mais également en contribuant
à l’évolution génétique de nombreux micro-organismes.
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Actuellement, avec l’émergence de souches bactériennes résistantes aux

antibiotiques, les phages sont considérés comme une alternative plus que
prometteuse aux antibiothérapies classiques.

4.1.2. Bactériophage T4 :

4.1.2.1. Structure :
Les phages les plus connus sont les urophages (phages à queue), et parmi eux
les phages de la série T. Les phages T sont spécifiques des entérobactéries.
Les phages T pairs (T2, T4, T6) sont spécifiques d'E. Coli.
Le bactériophage T4 est le phage qui infecte la bactérie Escherichia coli. Il est
constitué de deux parties : une tête et une queue reliées par un collier. La tête
comprend une capside composée de protéines, elle renferme un acide nucléique
(de l’ADN double brin). La queue, composée également de protéines, comprend
un tube central creux entouré d’une gaine contractile. La lumière du tube est en
connexion avec celle de la capside permettant le passage du génome du
bactériophage vers la cellule hôte lors de l’infection. La queue se termine par une
plaque basale à laquelle sont reliées des fibres caudales (ou fibres de la queue)
responsables de la reconnaissance de la cellule hôte.
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Figure 1 : Schéma représentatif de bactériophage T4

4.1.2.2. Cycle de multiplication :

a- Attachement et pénétration à la cellule hôte :

La fixation du bactériophage ou adsorption, commence avec le contact de quelques

fibres de la queue avec leurs ligands spécifiques : des lipopolysaccharides ou des
porines (OmpC) situés sur la membrane externe de la bactérie. La fixation déclenche
une modification de la conformation de la plaque basale libérant les fibres courtes
qui, à leur tour, adhèrent à leur ligand spécifique, une région particulière des
lipopolysaccharides. Ces modifications conduisent à la contraction de la gaine puis à
l’expulsion du tube de la queue dans le périplasme c’est-à-dire dans l’espace
compris entre la membrane externe et la membrane plasmique. Cette dernière
fusionne ensuite avec le tube central creux. Un canal se forme permettant le passage
de l’ADN vers la cellule hôte.
Une fois le matériel génétique à l’intérieur de la cellule hôte, la relation entre le
parasite et son hôte peut s’établir.
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b- Réplication :

Dès l'injection du génome dans la cellule cible, la transcription des gènes de

l'hôte est complètement bloquée et les ressources cellulaires sont habilement
redirigées au profit de la multiplication exclusive de T4. T4 possède les enzymes
nécessaires afin de modifier l'ARN polymérase de l'hôte, ainsi que certains
facteurs de transcription qui y sont associés. Cette modification est essentielle à
enclencher la transcription du génome de T4 même, car ce dernier contient de
l'hydroxyméthylcytosine au lieu de la cytosine classique. De plus, cette
modification permet au génome d'échapper aux mécanismes de restriction
cellulaires et d'entamer de suite sa propre transcription et réplication.
Singulièrement, T4 ne régule pas l'expression de ses gènes au niveau
transcriptionnel, mais agit plutôt au moment de la traduction de l'ARN. T4 code
pour des protéines qui se lient aux ARN messagers et de préférence, à des
structures secondaires de ces derniers. En général, ces protéines régulent leur
propre traduction. Ceci offre au phage la possibilité de finement réguler son
cycle dans le temps, la terminaison de l'expression de certains gènes donnant
suite à la production des fonctions nécessaires à l'étape suivante du cycle. Le
génome de T4 est très grand à l'échelle des phages (environ 170 kilobases), sa
structure virale est très complexe et son cycle est court (moins de 30 minutes).

Le bactériophage T4 code pour 10 protéines, connues collectivement sous le

nom de réplisome, qui sont responsables de la réplication du génome du
phage. Les protéines réplisomales peuvent être subdivisées en trois activités :

1. la réplicase : responsable de la duplication de l'ADN.

2. les protéines primosomales : responsables du déroulement et de l'initiation

du fragment d'Okazaki.

3. les protéines de réparation d'Okazaki.

Le processus semi-conservateur et semi-discontinu de la réplication de l'ADN

est conservé dans toutes les formes de vie. Les brins d'ADN anti-parallèles
parentaux sont séparés et copiés. Les cellules descendantes héritent donc d'un
brin parental et d'un brin nouvellement synthétisé comprenant un nouveau
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génome d'ADN duplex. La protection de l'intégrité de l'ADN génomique est vitale

pour la survie de tous les organismes.

Figure : les étapes de multiplication de bactériophage T4.

4.2. Réplication des virus à ARN :

La réplication de l'ARN est le processus par lequel de nouvelles copies d'ARN
génomique sont produites.
La réplication de l'ARN a lieu dans le cytoplasme et elle est réalisée par l'ARN
polymérase virale. Le choix entre la production des ARNm et de l’ARN brin (+) de
longueur génomique est influencé par la présence de la nucléoprotéine virale. En
effet, lorsqu’une quantité suffisante de protéine de nucléocapside est disponible,
l’ARN viral nouvellement synthétisé s’associe immédiatement avec elle. Cette
association inhibe la transcription des ARNm courts, et favorise la production
d’ARN viral de longueur génomique. Les ARNs de longueur génomiques ne sont
pas coiffés, ni polyadenylés, et ne sont pas traduits par les ribosomes de l’hôte
(en particulier car ils sont revêtus de protéine de nucléocapside).
Le nouveau brin (+) est copié à son tour en ARN de longueur génomique brin (-),
qui est également recouvert de protéine de nucléocapside au cours de sa
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synthèse.

Les nouvelles copies d’ARN génomique brin (-) peuvent :

- Servir de matrice pour la synthèse de copies brin (+) d’ARN génomique
- Servir de matrice pour la synthèse d'ARNm
- S’incorporer dans des virions.

4.3. Interaction virus- milieu :

L’interaction est un caractère fondamental du vivant tout comme le métabolisme. On

distingue :

- Les interactions conflictuelles : ont un effet négatif sur l’un ou plusieurs

partenaires. Parmi elles, on trouve la compétition, l’amensalisme, le
parasitisme.
- Les interactions bénéfiques : sont au contraire bénéfiques sur l’un ou
plusieurs intervenants. Parmi elles, on trouve la coopération, mutualisme,
symbiose, commensalisme.

4.3.1. Interaction virus-sol :

Les virus sont souvent associés aux argiles à partir desquelles ils peuvent pénétrer
dans les racines des plantes par des blessures.

4.3.2. Interaction virus-milieu hospitalier :

Le milieu hospitalier fait appel à plusieurs types de travailleurs certains sont en

contact direct avec le patient infecté et son environnement (médecins, infirmières).
D’autres n’ont pas de contact direct, mais évoluent dans un environnement qui peut
contenir des agents infectieux (personnel de l’entretien ménager,
archivistes,……….). Ce milieu complexe est souvent géré de façon à minimiser le
contact de personnes infectées avec des personnes saines (salles d’isolement à
l’urgence, isolements sur les étages). Toutefois, il est clair que si la voie des aérosols
est un canal de transmission important de certains virus, ceux-ci peuvent se
propager au-delà des zones d’isolement.
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Les principales maladies pouvant transmettre dans l’air (aérosols, gouttelettes) sont :
la COVID 19, l’influenza, la tuberculose, la rougeole, la varicelle et la rubéole.

D’autres sources d’émission d’aérosols dans l’environnement des unités de soins

sont envisageables, par exemple la chasse d’eau des toilettes. Une lourde charge
virale contenue dans la diarrhée de patients atteints d’infection virale. Il est possible
que l’air des chambres de patients infectés au Norovius (la cause de gastroentérite
nosocomiale ou acquise dans la communauté la plus courante dans le monde) soit
chargé de particules virales qui seront aérosolisées lors du tirage de la chasse d’eau
et/ou du nettoyage de la chambre.

4.4. Interaction microorganisme-microorganisme : notion de biofilms

4.4.1. Définition du biofilm :

Antonie Van Leeuwenhoeck observe la présence de microorganismes (animalicules)

issus d’un échantillon de grattage de sa propre surface dentaire. Il peut être
considéré comme le découvreur des biofilms.

Le biofilm est définit comme une population de microorganisme adhérée à une

surface et enrobée d’une matrice d’exopolysaccharide secrétés (EPS). Les EPS
renferment en majorité́ des polysaccharides macromoléculaires et en moindre
mesure des protéines, des lipides et des acides nucléiques.

A l’échelle de la planète, le biofilm est probablement le mode de vie dominant des

bactéries. 60-70 % des infections nosocomiales sont liées à l’implantation d’un
dispositif médical/chirurgical et aucun n’échappe à l’infection (sondes urinaires,
canules d’intubation, valves cardiaques, prothèses vasculaires et orthopédiques,
shunts cérébro-vasculaires, lentilles de contact, dispositifs intra-utérins qui sont des
endroits préférés pour la formation des biofilms).

4.4.2. Les étapes de formation de biofilm :

1. conditionnement de la surface.

2. mouvement bactérien vers la surface conditionnée.

3. adhérence à la surface.
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4. ancrage à la surface.

5. détachement /planctonisation.

Figure : étapes de formation de biofilm.

4.4.4. Biofilm viraux :

HTLV-1 est un retrovirus lymphotrope dont la transmission de cellule à cellule

nécessite un contact intercellulaire (ex.: le transfert d’un lymphocyte CD4+ à une
cellule dendritique nécessite la formation d’une « synapse immunologique »). Les
lymphocytes T infectés par HTLV-1 stockent transitoirement le virus à leur surface
sous forme d’aggrégats riches en polyosides qui sont retenus entre eux et à la
surface de la cellule par des composants de matrice extracellulaire dont la production
et l’excrétion sont induites par le virus (collagène et agrine) et des protéines
cellulaires d’adhésion (tétherine et galectine-3). Ces agrégats viraux adhèrent
rapidement à la cellule partenaire avec laquelle le lymphocyte T infecté interagit,
permettant son infection. La déstabilisation de ces aggrégats bloque l’infection.