USTHB/ FSB/ L3 MICROBIO / 2020-2021

MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE COURS 3 et 4 Pr BOUANANE A.

1-Les Enterobactéries
Cette famille ( Enterobacteriaceae) regroupe de nombreuses espèces commensales,
dont la plupart sont des hôtes commensaux de l’intestin de l’homme et des animaux.
Chez l’homme, l’espèce prédominante de l’intestin est E. coli.
Ces germes sont très répandus dans la nature en raison de la contamination de
l’environnement par l’intermédiaire de matière fécale animale et surtout des eaux
d’égout qui sont des contaminants très fréquents des produits alimentaires capables
de dégradations importantes, certaines espèces cependant sont dangereuses et
pathogènes (Gastroentérite, fièvre typhoïde et autres).
Plus de 45 genres et plus de 169 espèces, Bacilles ou coccobacilles, Gram-,
Chimioorganotrophes, Mobiles par ciliature péritriche ou immobiles, Aero-anaérobies
facultatif, Fermentation du glucose avec ou sans production de gaz, Réduction des
nitrates en nitrites sauf Erwinia (nitrate -), Oxydase négative, Catalase positive sauf
(Shigella dysenteriae), GC % : 38 à 60 µmole (%), Germes asporulés, acapsulés sauf
Klebsiella, se cultivent facilement sur milieu ordinaire à pH neutre, température 22,
37 et 44°C.
COLIFORMES TOTAUX/ COLFORMES FECAUX (TP) :
- Définition
- Recherche et dénombrement (milieux solide et liquide)

Caractères antigéniques :
 Antigène O ou Antigène de paroi de nature lipopolysaccharidique (LPs),
thermostable 2h /100°C, stable à l’action de l’alcool et inhibé par du formol
à 5 ‰, contenant: Fraction protéique qui confère au complexe son
antigénicité, Fraction lipidique responsable des propriétés toxiques de l’Ag
et une Fraction polyosidique responsable de la spécificité antigénique.
 Antigène H présent chez les formes mobiles, de nature protéique
(Flagelline), thermolabile (détruit à 100°C/ 30 min), inactif par l’alcool et non
inhibé par le formol.
 Antigène K de nature polysaccharidique (A,B) ou protéique (L) (capsule ou
enveloppe).
 Antigène de Kunin commun aux Entérobactéries.
 Vi / Salmonella

Caractéristiques des principaux genres et espèces d’Entérobactéries

1.1. Escherichia
Commensale du tube digestif, mais pathogène des voies urinaires et génitales. Les
Escherichia n’existent pas normalement dans l’eau et le sol, leur présence indique
une contamination fécale récente. C’est l’une des principales bactéries responsables
de diarrhées dans les pays en voie de développement (manque d’hygiène).

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Les produits contaminés sont généralement les produits d’origine animales (viandes,
produits laitiers) et l’eau.

FACTEURS DE VIRULENCE : Les souches pathogènes diffèrent des souches

commensales par l’expression de facteurs de virulence dont les gènes sont le plus
souvent situés sur des plasmides :
1. Les antigènes d’adhésion ou adhésines représentés par les fimbriae qui
permettent à la bactérie d’adhérer aux cellules (urinaires, entérocytes, ..) ;
2. Des toxines, ++ mm action des Shigelles (shigella like), d’autres celles du vibrion
cholérique ;
3. Des enzymes inactivant les antibiotiques qui confèrent un mécanisme de résistance
aux bactéries. Les plus connues sont les béta-lactamases (pénicillinase,
céphalosporinase) et les enzymes inactivant les aminosides.

Certains sérotypes peuvent être considérés comme pathogènes et provoquent des

troubles digestifs spécifiques: une ou plusieurs toxines (hémolysine, cytotoxine,
enterotoxine et autres). Ces bactéries envahissent les cellules épithéliales du colon et
provoquent des diarrhées. Des complications au niveau du tractus urinaire sont
parfois associées à cette TIA.

Isolement, identification morphologique, biochimique et sérotypage classique

par agglutination sur lame. Escherichia coli : Lac+, Gaz+, Indole+,
Fermentation acide mixtes (RM+).

Les E. coli enteropathogènes (intestinales) sont classées en plusieurs groupes. Nous

citons (exemples) :

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ECEH : Escherichia coli Enterohémorragiques ou groupe des STEC (Shiga-

toxin- producing E.coli). Une toxine ou verotoxine, à l’origine de diarrhées
sanglantes, douleurs abdominales importantes, urémie hémolytique plus vomissement
(colite hémorragique sévère), syndrome hémolytique et urémique (SHU) principale
cause d’insuffisance rénale chez l’enfant de moins de 3 ans. Les principaux aliments
mis en cause: la viande hachée de bœuf insuffisamment cuite, les produits laitiers
non pasteurisés, les végétaux crus (salade, jeunes pousses de radis blancs, graines
germées) ou jus de fruits ou de légumes non pasteurisés, l’eau de boisson souillée.
La transmission directe est possible par contact avec des animaux infectés ou avec
leurs déjections, mais aussi de personne à personne. E.coli O157: H7 isolée à partir
de nombreux produits alimentaires (viande mal cuite et certains produits laitiers) :
maladie du Hamburger.

ECEP : Escherichia coli Enteropathogènes responsables de Gastroentérite

infantile : céphalées, fièvres, vomissements et diarrhées. On note des diarrhées aiguës
et chroniques chez les nourrissons et des gastroentérites sévères chez l’enfant (-2ans).
Ces souches possèdent une enterotoxine cytotoxique (Shiga- like). Les principaux
sérotypes impliqués sont O111 : B4 et O119 : B14.

ECET : Escherichia coli Enterotoxinogènes : Diarrhées aqueuses, cholériformes

avec une déshydratation importante (Diarrhée des voyageurs) et diarrhée infantile
dans les pays chauds à hygiène déficiente. Leur pouvoir pathogène est lié à la
production de 2 toxines : 1 thermolabile et 1 thermorésistante.

ECEI : Escherichia coli Entero-invasif : Diarrhées aigües avec fièvres. Les

ECEI envahissent la muqueuse intestinale au niveau du côlon, s’y multiplient,
provoquent la mort cellulaire et déclenchent une intense réaction inflammatoire. Le
processus d’invasion est complexe et multifactoriel, sous la dépendance de loci
chromosomiques et d’un plasmide de virulence.

Autres…..

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Quelles sont les recommandations pour les consommateurs afin

d’éviter une infection à EHEC (les enfants < 5 ans, et par mesure de
précaution, les enfants jusqu’à 15 ans, les personnes âgées de plus de 65 ans et les
personnes immunitairement déficientes) ?
Consommer la viande hachée dans les 3 heures qui suivent le hachage ou de la
congeler immédiatement, bien cuire la viande hachée (au moins > 65 °C à
cœur).
Le lait cru et les fromages au lait cru ne doivent pas être consommés par les
jeunes enfants.
Les légumes, les fruits et les herbes aromatiques (crus) doivent
être soigneusement lavés, puis épluchés si possible, avant leur préparation et
leur consommation.

1.2. Salmonella

Les salmonelloses comprennent deux principaux types d'infections : d'une part, la

fièvre typhoïde et les fièvres paratyphoïdes et d'autre part les salmonelloses non
typhiques (ou non typhoïdiques). La fièvre typhoïde est devenue rare dans les pays
industrialisés du fait des progrès de l’hygiène et de l’amélioration des conditions
d’approvisionnement en eau potable. Les salmonelloses non typhiques (NTS),
improprement dites mineures, sont responsables d’infections sporadiques ou
épidémiques, le plus souvent en raison de la contamination des aliments ou du portage
asymptomatique.

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Ce sont les bactéries le plus souvent en cause dans les toxi-infections d'origine
alimentaire. Elles sont à l’origine de 3,4 millions d’infections et de 681 000 décès
dans le monde. C’est une des causes majeures de mortalité infantile en Asie et en
Afrique.

Les signes cliniques sont variables en fonction de l’espèce, de l’âge et de l’état

physiologique du consommateur (5 et 72 h après l’absorption) : une diarrhée, des
douleurs abdominales, des frissons, de la fièvre, des vomissements, un état de
prostration, une anorexie, une céphalée, des malaises.

La très grande majorité des souches de Salmonella isolée de l’homme et des animaux
à sang chaud présente le profil biochimique suivant : Lac-, ONPG-, H2S+, Glu-,
LDC+, ODC+/-, ADH+, Uréase-, TDA-, Indole-, Gélatine-, DNase-, VP-, RM+,
Citrate+ etc.

La sous-espèce enterica de Salmonella enterica comprend 2 610 sérotypes différents,

les plus connus étant Typhi, Paratyphi, Enteritidis, Typhimurium et Choleraesuis. Les
sérotypes sont caractérisés par trois antigènes de surface : l’antigène flagellaire H,
l’antigène oligosaccharidique O et l’antigène polysaccharidique Vi (découvert dans
les sérotypes Typhi et Paratyphi).

La contamination des produits alimentaires par les salmonelles (lait, œuf, viande,
volaille, charcuterie, poissons, mayonnaise, fruits de mer…) peut être originelle
(animaux malades) ou provenir de manipulateurs malades ou porteurs sains des
germes.

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La croissance est lente mais peut être significative, elles se multiplient

essentiellement au niveau du tube digestif de l’hôte, mais peuvent s’implanter
également dans les ganglions lymphatiques, dans les organes génitaux et dans les
articulations.

Les petites épidémies localisées peuvent survenir et touchent particulièrement des

populations sensibles (personnes âgées, enfants) et sont généralement d’accidents de
restauration collective. On note actuellement une expansion spectaculaire du serotype
S. Kentucky en Afrique, au Moyen-Orient, et récemment en Inde et en Asie du sud-
est, résistante à plusieurs antibiotiques, due à la présence massive de la bactérie dans
la filière volaille (poulets et dindes), et au recours massif aux antibiotiques dans les
élevages.

Salmonella enterica serotypes Typhï et Paratyphï provoquent des maladies

infectieuses dites Fièvre typhoïde ou Fièvre paratyphoïde. La maladie se déclenche
par des diarrhées, des douleurs abdominales, vomissements et céphalées (Syndromes
digestifs), avant d’entrer en phase de septicémie lymphatique avec une fièvre de
40°C et une torpeur (ralentissement général des activités physiques et psychiques) ou
Tuphos (décès).

Cette manifestation est due à l’action au niveau cérébral d’une Endotoxine

neurotrope. La maladie peut durer 3-8 semaines / Antibiothérapie.

Le traitement repose principalement sur le repos et l’absorption de quantité

importante en liquide concentré de sucre et des sels minéraux. Les formes les
plus graves nécessitent une réhydratation en milieu hospitalier.

La vaccination contre S. Typhï est indiquée pour le personnel de la santé et les

voyageurs vers les pays à risque (fortement contaminés).

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La prévention des salmonelloses non typhiques repose essentiellement sur les

règles d’hygiène générale, le contrôle de la qualité de l’eau et des aliments, la bonne
cuisson des aliments (viandes à au moins 65°C pendant 5 à 6 minutes). La norme
concernant ces germes est de 0.

Shigella : Responsables de Dysenterie Bacillaire Sanguinolente et de diarrhées, le

principal réservoir est l’homme, l’eau est les aliments crus / salades, légumes et
salades composées, lait, crème glacée, salades de poulet, de pommes de terre ou de
macaroni contaminés, thon émietté, crevettes décortiquées, produits carnés travaillés
et produits de charcuterie. Les caractères biochimiques du genre sont : Lac-, LDC-,
ADH-, Citrate- ,Uréase-, H2S-, VP-, RM+, Gaz-, Saccharose-, Indole-Mannitol+,
Gélatine-, TDA-. Les différentes souches ou sérotypes sont liées à la variété d’Ag O
et K.
La plus grave forme de Shigellose est la dysenterie due à Shigella dysenteriae ou
Bacille de Shiga : propriétés invasives pour la muqueuse colique et libère une
Enterotoxine cytotoxique (Toxine de Shiga), très active sur l’épithélium intestinal,
ce qui provoque une diarrhée sanguinolente associée à des céphalées et des douleurs
abdominales. La toxine est localisée dans l’espace périplasmique de la bactérie et elle
est libérée lors de la lyse de celle-ci. La toxine est thermostable et sensible aux
enzymes protéolytiques. ++ toxines : une neurotoxine, une hémolysine, autres
cytotoxine. La dose infectante : 10 à 100 germes / g de produit. Le traitement doit
pallier sur la perte hydrominérale par voie orale et si nécessaire par perfusion. Le
traitement de l’agent pathogène se fait par antibiothérapie.

Klebsiella, Hafnia, Serratia : Ces genres sont souvent regroupés sous le nom
de : KEHS, sur la base de leur caractère commun (VP+). Ces bactéries sont peu
dangereuses (++ espèces), toutefois certaines espèces sont susceptibles d’entrainer des
intoxications alimentaires dues à un aliment (pâtisserie, plats cuisinés). En milieu
hospitalier, elles se comportent comme des bactéries pathogènes opportunistes. Elles
présentent une grande résistance aux ATB. Hafnia alvei : pathogène pour les
abeilles. Klebsiella pneumoniae : possède 2 entérotoxines et une hémolysine
(milieu hospitalier).

Citrobacter Commensal de l’intestin, exceptionnellement pathogène (Gastroentérite

infantile). Les bactéries du genre Citrobacter peuvent se propager par contact direct
avec les membres du personnel hospitalier, par transmission verticale de la mère à
l’enfant ou par ingestion de produit contaminé (voie fécale-orale), mais la
transmission directe entre humains demeure le mode de transmission le plus fréquent.
Réservoir : Intestin de l’humain et des animaux, sol, eau, eaux usées et aliments.

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(Canada) : consommation de persil contaminé par du purin de porc ; 8 infections des

voies urinaires et 1 décès.
Citrobacter freundii est pathogène et possède une entérotoxine (méningites
néonatales pouvant évoluer vers l’abcès cérébral chez les nourrissons).

Morganella, Providencia et Proteus : Certaines espèces sont à l’origine de

gastroentérites (cas rare), ces germes sont très répandus dans le sol et se retrouvent
dans l’intestin. Proteus mirabilis vulgaris, Morganella morganii, Providencia stuartii
(Pathogènes opportunistes) : Ces espèces sont à l’origine d’infections urinaires,
cutanées, respiratoires et autres. Les aliments sont en général souillés en contact avec
la matière fécale.

Erwinia et Edwardsiella : Erwinia carotovora, pathogène des végétaux (fruits et

légumes) et provoque des dégradations (pourriture molle). Edwardsiella sp,
saprophyte de l’environnement, mais se retrouve rarement dans les aliments, à
l’origine de gastroentérite ou intoxication due à des aliments contaminés par matière
fécales.

Yersinia Se retrouve dans l’eau, le sol, les végétaux. Trois espèces appartenant à ce
genre sont pathogènes pour l’homme : Yersinia pestis ou Bacille de Yersin (Peste),
Yersinia pseudotuberculosis (agent responsable du pseudo appendicite) et Yersinia
enterocolitica (agent responsable d’entérocolites). La dose infectante : 105-106
germes/ gramme d’aliment.
La pathogénicité est due à une entérotoxine et à des plasmides de virulences. Les
aliments tels que le lait, gâteaux, fruits de mer, viande non cuite sont généralement
impliqués dans les intoxications. Yersinia enterocolitica peut se multiplier à basse
température dans les produits réfrigérés. Elle est responsable d'infections
intestinales (selles abondantes + sang, associées à des douleurs abdominales).
Yersinia pestis : une maladie des rongeurs qui est transmissible à l'homme par
l'intermédiaire de puces.

Cronobacter : Les espèces du genre Cronobacter (anciennement « Enterobacter»

(Iversen et al., 2008) sont considérées comme des pathogènes émergents
opportunistes car elles ont été impliquées dans des épidémies d’infections néonatales
graves (entérocolites ulcéro-nécrosantes, de bactériémies et de méningites). Ces
dernières étant caractérisées par un taux de mortalité important. Coronobacter
sakazakii est l’espèce type pour le genre.

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Pouvoir pathogène de Cronobacter sakazakii : Pathogène opportuniste, responsable

de septicémies et de méningites néonatales. Il est considéré qu’il suffit de 3 UFC/100
g dans des préparations en poudre pour nourrissons pour que des infections se
produisent, si le biberon reconstitué est maintenu de façon prolongée ou répétée à
température tiède. Toutefois, la dose qui a été réellement ingérée par les nourrissons
infectés n’est pas connue
Facteurs de virulence : Les protéines membranaires externes (OMP) présentent un intérêt
particulier, en raison de leur exposition à la surface cellulaire et de leur contribution à
l'exportation de facteurs de virulence extracellulaire, ainsi que de l'ancrage des structures qui
facilitent l'adhésion et la mobilité. La présence d’une entérotoxine : La présence d'un
plasmide (pESA3) codant pour une protéase de la membrane externe.