Chapitre 1

République Algérienne Démocratique et Populaire
Ministère de l’Enseignement Supérieure et de la Recherche Scientifique

Ecole Nationale Supérieure de Biotechnologie
Biologie moléculaire et génome

des plantes
Département du cycle ingénieur
4ème année semestre 1
Dr. M. Benmati Marir
1
Chapitre 1: Généralités
Plantes modèles
Pourquoi des plantes modèles ?
Génomes simple et petit
Représentant d’un large éventail de plantes
Outils disponibles
Ressources
2
Plantes modèles
•Arabette des dames :Arabidopsis thaliana

•Riz : Oryza sativa
•Medic annuelle : Medicago truncatula
•Lotier : Lotus japonicus
•Peuplier : Populus trichocarpa
3
Plantes modèles
Pourquoi Arabidopsis thaliana comme plante modèle ?
Génome : 157 millions de

bases
5 chromosomes
25000-30000 gènes
Dont :
9 % fonction connue
60 % fonction prédite
≈30 % fonction inconnue
Dicotylédone modèle
4
Plantes modèles
Une céréale modèle : Riz
Oryza sativa
Génome : 450 millions de bases
12 n
50000-60000 gènes
5
Plantes modèles
Une céréale modèle : Riz
Plante modèle et plante cultivée à la fois

Appartient à une famille très importante agronomiquement : blé,
maïs, orge, sorgho, canne à sucre…
3 génomes entièrement séquencés : 2 lignées japonica
(Nipponbare), 1 lignée indica
Collections de mutants
Données d’expression : transcriptome, protéome, métabolome
Beaucoup d’efforts à l’analyse du génome et à l’annotation des
gènes
Monocotylédone modèle
6
Plantes modèles
Deux Légumineuses modèles : Medicago, Lotus
Medicago truncatula Lotus japonicus
Génome : 454 à 526 millions de Génome : 472 millions de bases

bases n=6
n=8
Séquençage des régions riches en gènes 7

Plantes modèles
Deux Légumineuses modèles : Medicago, Lotus
Plante modèle et plante cultivée à la fois
Appartiennent à une famille très importante agronomiquement :

+18000 espèces, haricot, pois, soja, fève…
Génomes en cours de séquençage
Collections de mutants
Données d’expression : transcriptome, protéome, métabolome
Modèles pour les interactions plantes-microoraganismes

8
Plantes modèles
Un arbre modèle : Peuplier
Génome : 480 millions de bases

n = 19
Séquençage systématique
45000 gènes
Modèles pour ligneux 9
Génomes des plantes: structure et expression
10
Structure des génomes
Séquences codantes :
- uniques (gènes uniques)
- dupliquées(familles multigéniques: Organisateur Nucléolaires ARNr,
ARNt, autres fonctions)
Séquences non-codantes :
- pseudogènes
- centromères
- télomères
- séquences répétées :
minisatellites (répétitions d'unités de 15-100 pb)
microsatellites (répétitions d'unités de 2 pb)
- transposons
11
Taille des génomes
La taille du génome nucléaire n'est

pas corrélée à la complexité de l'organisme
- Homme : 3.109 pb
- Maïs : 6,6.109 pb
- Blé : 17 .109 pb
Le plus grand génome serait celui

d'une Liliacée, avec 100.109 pb.
12
ADN codant, structure générale d'un gène
13
Comment trouver un gène ?
Stratégie 1 (peu utilisée)

- recherche d'un gène chez une espèce par synténie
Stratégie 2 (la plus courante)

- attribution du gène à un chromosome
- cartographie précise du gène sur le chromosome
- clonage du gène
14
Synténie
Hordeum
Orysa sativa Triticum aestivum
Zea mays
vulgare
chr9 chr5
chr5 chr7
Autre représentation
de la synténie
15
Analyse comparative des génomes
Macrosyntenie chez
les céréales
16
Macrosyntenie chez
les légumineuses
Consensus comparative map data for six legume species. Species abbreviations are as in
Fig.. S and L denote short and long arms of each chromosome in M. truncatula (20).
Synteny blocks are drawn to scale based on genetic distance. Solid lines, postulated
rearrangements; double-headed arrows, postulated inversions. Gene-specific markers that
disrupt synteny are S-SHMT, R-RNAH, T-TRPT, M-MMK1, P-PTSB, A-ARG10, D-6DCS, and
E-REP..Choi et al., PNAS, 2004 17
Synténie
Arabidopsis/tomate
18
Attribution d'un gène à un chromosome
Rappel sur la liaison génétique :

Lorsque les 2 gènes sont indépendants
50% phénotypes parentaux
50% phénotypes recombinants
Lorsque les 2 gènes ne sont indépendants

>50% phénotypes parentaux
<50% phénotypes recombinants
19
Utilisation des marqueurs moléculaires
Etablir une carte génétique de l'espèce :
20
Utilisation des marqueurs moléculaires

La cartographie physique
Le but est de produire des groupes de fragments d'ADN clonés

chevauchants dont l'ensemble couvre le génome complet.
21
Identification d'un gène par recherche de variants (mutants)
Mutations ponctuelles
Silencieuses : AGG (Arg) CGG (Arg)

Neutres : AAA (Lys) AGA (Arg)
Faux-sens : GGC (Gly) GAC (Asp)
Non-sens : UGG (Trp) UAG (STOP)
Addition décalage du
Délétion cadre de lecture
transitions transversions
22
Mutations insertionnelles par ADN-T
1 Attachement d'A.
tumefaciens à la cellule
végétale (chvB, pscA, Att)
2 Perception et
transduction du signal de
virulence (virA, virG)
3 Activation
transcriptionnelle des
gènes de virulence (virG)
4 Production du brin-T
(virD1, virD2, virE1,
virE2)
5 Transport intercellulaire
(virB, virD4)
6 Importation nucléaire
(virD2, virE2)
7 Intégration au génome
végétal (virD2, virE2)
23
Criblage d'une collection de mutants ADN-T
Criblage Phénotypique
(gène inconnu)
wt pym gl1
p1 p2 p3 p4 p5 p6 p7
ADN-T
Criblage Moléculaire
(gène connu) gène favori
Criblage in silico
(gène connu et collections
étiquetées disponibles
sur internet)
24
Identification d'un gène
Deux méthodes principales pour identifier un gène chez une plante :
- Homologie de séquence
Dans le cas ou le gène recherché a déjà été cloné chez une espèce
voisine.
- Recherche et analyse de mutant(s)
- Interrogation de banques de données (recherche in silico)
Pour les espèces dont le génome est entièrement séquencé (A. thaliana, très
bientôt le riz, et d'autres à venir).
Etude d’expression
Comprendre la fonction des gènes
Etude ou construction de lignées gain de fonction :
- Surexpression simple
- Surexpression conditionnelle (pour éviter une léthalité par
exemple)
Etude ou construction de lignées perte de fonction :
- mutants naturels, isolés à partir de collections, ou construit

spécifiquement
26
Etude d’expression
Surexpression d'un gène
Contrôle 35S::BP
Fusion transcriptionnelle :
BP stimule la production de méristèmes ectopiques
Contrôle 35S::TRY
TRY réprime la production de trichomes 27

Inactivation de gènes par ARN antisens
noyau
Gène enéG
Gène enéG 5' ATGCCA..... 3' 5' .....TGGCAT 3'

3' TACGGT..... 5' 3' .....ACCGTA 5'
ARNm 5' 3'
ARNm AS
5' 3'
protéine 5' AUGCCA..... 3' 5' .....UGGCAU 3'

ARN double
brin
Dégradation
Fonction 5' AUGCCA..... 3'
Perte de 3' UACGGU..... 5'
fonction
Contrôle 35S::WAK antisens

Antisens pour le gène WAK (cell Wall Associated
Kinase) impliqué dans les mécanismes d'élongation
cellulaire chez N. Benthamiana (tabac)
Etude de la transcription à l'échelle du génome
Puces à ADN (micro-array, DNA chips)
Chez A. thaliana, l'ensemble des 25 000 gènes est représenté sur une puce.
Puces à ADN Résultat d'hybridation d'une

puces à ADN
Elaboration et hybridation d’une puce
Les puces commerciales
Fabrication de la puce Hybridation de la puce Détection des signaux

-La polyploïdie des plantes
31
La polyploïdie des plantes

Changement du nombre de chromosomes (ploïdie)
Intérêts agronomiques de la manipulation du nombre de chromosomes :
- Augmentation de la taille des plantes
- Contrôle de la fertilité/stérilité
- Facilite la recherche et la sélection de nouveaux variants

(mutations)
Amélioration des espèces
32
Polyploïdies : les plantes autopolyploïdes
Les plantes polyploïdes peuvent être obtenues soit
- par doublement du jeu de chromosomes (autopolyploïdes)
- par fécondation d'espèces proches (allopolyploïdes)
33

1- Autopolyploïdes :
Le doublement du nombre de chromosomes peut arriver spontanément par

"accident".
Meïose
34

1- Autopolyploïdes :
Doublement provoqué des chromosomes

Le doublement du nombre de chromosomes peut être provoqué artificiellement.
35

Ploïdie et taille cellulaire
L'augmentation de taille est proportionnelle au niveau de ploïdie.
Epiderme de tabac Trichomes d‘Arabidopsis 36

2- Allopolyploïdes
Une alloploïdie n'est possible qu'entre 2 espèces évolutivement proches, donc inter
fécondent.
Si les 2 espèces qui fusionnent possèdent le même nombre de chromosomes, on parle
d'amphidiploïde.
37
Triploïdie
Triploïdes
Méiose chez une

n
plante diploïde
Méiose chez une

2n
plante tétraploïde
38

Production de plantes triploïdes
39

Production de plantes triploïdes
Les plantes triploïdes sont essentiellement stériles
Méiose
40

Utilisation des lignées monoploïdes pour l'identification de nouveaux
caractères
Ingénierie végétale pour la création de nouvelles variétés
41
Effets épigénétiques
L'étude de l’épigénétique chez les plantes a été d’une importance

primordiale pour la compréhension des processus génétiques non-
mendéliens.
 Les mécanismes de régulation épigénétiques peuvent faciliter les

changements de l'activité des gènes, permettant ainsi aux plantes de
survivre et de se reproduire avec succès dans des environnements
imprévisibles.
42
Cycle de vie chez Arabidopsis thaliana
43
La vernalisation: une mémoire du froid au service du développement

floral
Modèle de répression du gène FLC par la

vernalisation 44

Chapitre 1

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Biologie moléculaire et génome

Génomes simple et petit

Représentant d’un large éventail de plantes

•Arabette des dames :Arabidopsis thaliana

Pourquoi Arabidopsis thaliana comme plante modèle ?

Génome : 157 millions de

≈30 % fonction inconnue

Génome : 450 millions de bases

Plante modèle et plante cultivée à la fois

Génome : 454 à 526 millions de Génome : 472 millions de bases

Séquençage des régions riches en gènes 7

Plante modèle et plante cultivée à la fois

Appartiennent à une famille très importante agronomiquement :

Génomes en cours de séquençage

Données d’expression : transcriptome, protéome, métabolome

Modèles pour les interactions plantes-microoraganismes

Génome : 480 millions de bases

Génomes des plantes: structure et expression

La taille du génome nucléaire n'est

Le plus grand génome serait celui

Stratégie 1 (peu utilisée)

Stratégie 2 (la plus courante)

Rappel sur la liaison génétique :

Lorsque les 2 gènes ne sont indépendants

Etablir une carte génétique de l'espèce :

Utilisation des marqueurs moléculaires

Le but est de produire des groupes de fragments d'ADN clonés

Silencieuses : AGG (Arg) CGG (Arg)

Deux méthodes principales pour identifier un gène chez une plante :

- Recherche et analyse de mutant(s)

- Interrogation de banques de données (recherche in silico)

Etude ou construction de lignées gain de fonction :

Etude ou construction de lignées perte de fonction :

- mutants naturels, isolés à partir de collections, ou construit

BP stimule la production de méristèmes ectopiques

TRY réprime la production de trichomes 27

Gène enéG 5' ATGCCA..... 3' 5' .....TGGCAT 3'

protéine 5' AUGCCA..... 3' 5' .....UGGCAU 3'

Contrôle 35S::WAK antisens

Puces à ADN Résultat d'hybridation d'une

Les puces commerciales

Fabrication de la puce Hybridation de la puce Détection des signaux

-La polyploïdie des plantes

La polyploïdie des plantes

Intérêts agronomiques de la manipulation du nombre de chromosomes :

- Augmentation de la taille des plantes

- Facilite la recherche et la sélection de nouveaux variants

Amélioration des espèces

La polyploïdie des plantes

Polyploïdies : les plantes autopolyploïdes

Les plantes polyploïdes peuvent être obtenues soit

- par doublement du jeu de chromosomes (autopolyploïdes)

- par fécondation d'espèces proches (allopolyploïdes)

La polyploïdie des plantes

Le doublement du nombre de chromosomes peut arriver spontanément par

La polyploïdie des plantes

Doublement provoqué des chromosomes

La polyploïdie des plantes

L'augmentation de taille est proportionnelle au niveau de ploïdie.

Epiderme de tabac Trichomes d‘Arabidopsis 36

La polyploïdie des plantes