Chapitre 2:

De la domestication des espèces à la

sélection assistée par marqueurs.

Christophe JACQUET
christophe.jacquet@univ-tlse3.fr
05 34 32 38 38

Exemples de caractères recherchés

 Rendement
 Résistance aux stress (biotiques et abiotiques)

 Qualité
 Composition en protéines, sucres, couleurs…

 Facilité de conduite de la culture

 homogénéisation des cultures, récolte plus
facile
2

1
 Étapes clés de l’amélioration des
espèces végétales

1) Domestication des espèces

2) Raisonnement des croisements

3) Découverte de l’ADN

4) Marqueurs, cartographie et génétique quantitative

5) Production d’ OGM

6) Séquençage des génomes et exploitation chez les

plantes cultivées
3

PLAN : Evolution des techniques de

sélection et d’amélioration végétales

1 – Sélection phénotypique

2- Génétique classique et compréhension de l’ADN

3- Marqueurs moléculaires et introduction à la

cartographie génétique

2
A l’origine…

 Culture des plantes alimentaires et élevage = étape

déterminante pour l’homme

 Il y a 10000 ans, en Mésopotamie…

Le « croissant
fertile »

(= origine des céréales)

Sélection et maîtrise des semences

 Plantes utilisées dérivent d’espèces sauvages locales

 Principale source d’énergie = amidon

 Blé, orge, céréales secondaires  Proche-Orient

 Maïs  Amérique Centrale

 Riz  Asie

 Maîtrise des cycles biologiques

(semis  récoltes)
 « Domestication »
6

3
La domestication : une sélection morphologique

Def. : acquisition, perte ou modification de caractères

morphologiques chez une espèce sous l’action de l’Homme
 Chez plantes : modifications majeures :
architecture + propriétés des grains

 Importance de la variabilité biologique

 Identification et choix des caractères favorables

morphologiques

 Exemples du blé et du maïs

7

Amélioration du blé

 Population initiale : plantes + hautes, petits grains, faible

nombre /épi

 + 2 grandes différences / maintenant:

 À maturité, fragmentation de l’épi, épillets tombent

au sol

 Grain vêtu : protection dure

= glumes et glumelles

l’ancêtre du blé : Aegilops tauschii

8

4
Critères de sélection du blé

 Objectifs de la sélection :
 récolte et exploitation plus facile
 rendement augmenté

 Apparition de blé avec un rachis (point d’attache)

 Blé à grains nus et à épis non cassants

Rachis

Amélioration du maïs

 Ancêtre = téosinte
 Nombreuses branches latérales avec inflorescences
mâles
 Petits épis, enveloppe très dure

10

5
Évolution du maïs sous l’effet de la sélection

Domestication (Sélection
moderne) 11

La sélection phénotypique  fin 19ème S.

Jusqu’au 18ème S:
Amélioration végétale fondée sur critères
morphologiques
Sélection massale

 18ème – 19ème S:
Croisements puis autofécondations avec choix de
graines issues des plantes présentant les
« meilleurs » caractères (rendement) à chaque
génération.
Sélection généalogique
12

6
Les limites de la sélection phénotypique

 S’applique sur un petit nombre de

caractères

 Plantes non fixées   de « variétés »

 Effet environnement

 Liaison du caractère recherché avec un

autre caractère défavorable (parfois)

13

Intérêt pour un raisonnement plus

scientifique de la sélection

14

7
 PLAN : Evolution des techniques de
sélection et d’amélioration végétales

1 – Sélection phénotypique

2- Génétique classique et compréhension de l’ADN

3- Marqueurs moléculaires et introduction à la

cartographie génétique

15

2- Génétique classique et compréhension de

l’ADN

2.1 Concepts mendéliens

2.2 Applications et exemples

2.3 Limites et liaisons des allèles

16

8
L’avènement de la génétique

Science de l'hérédité.
[hereditas] : héritage

Étude de la transmission de caractéristiques

anatomiques et fonctionnelles entre
générations d’individus.

17

Rôle de la génétique

 Au début description et prédiction de

transmission des caractères héréditaires

 Par la suite, compréhension et utilisation de

l'organisation et du fonctionnement du
Patrimoine Héréditaire: les gènes

18

9
Termes et concepts utilisés :

QUELQUES DEFINITIONS…

19

Génotype

Ensemble de l’information génétique

d’une plante, essentiellement portée par
ses gènes

20

10
 Allèles

Formes que peut prendre un même gène.

Les allèles occupent la même position (locus) sur les

chromosomes homologues.

le génotype d’une plante est la liste complète des allèles

des gènes
21

États alléliques des individus

 Homozygote : allèles identiques sur les

chromosomes homologues

 Hétérozygote : allèles différents

 Lignée pure : tous les allèles sont à l’état

homozygote  le génome est « fixé »

22

11
 Caractère

Identifiant spécifique à une espèce

(caractéristique morphologique ou biologique)
pour laquelle on dispose d’individus qui
montrent une différence.

23

Phénotype

Ensemble des caractères observables

d’une plante liées à son apparence ou à
sa physiologie.

12
 Fondations de la génétique (1865)
 Pois : variabilité  croisements et G. Mendel
autofécondations possibles

 Lignées pures / approches statistiques 25

Fondations de la génétique (1865)

G. Mendel

La F1 est homogène
caractère "graine lisse"
dominant sur le caractère
F1
"graine ridée" (récessif)

F2
Réapparition du caractère
récessif
26

13
 Principes de l’hérédité & lois de Mendel

G. Mendel
 Expériences sur pois –
 Lois : « Corrélations entre phénomènes physiques,
vérifiées par expériences »

 Caractères liés à déterminants héréditaires (gènes)

qui ont différentes formes (= allèles)

 Chaque caractère (des descendants) gouverné par 2

déterminants : 1 du gamète ♂ et 1 du gamète ♀

 Chacun des allèles est transmis avec la même

probabilité

27

Caractéristiques génétiques & lois de Mendel

G. Mendel
 1ère loi : « Loi d’uniformité des caractères en F1 »
F1  Association des déterminants parentaux (même
génotype)  un seul phénotype parental  dominance

 2ème loi : « Loi de disjonction des gamètes »

F2- disjonction des allèles  réapparition des 2
phénotypes parentaux en % bien définis ( ¾ / ¼ )

 3ème loi : « Ségrégation indépendante des caractères multiples »

Si plusieurs caractères, les différents couples d’allèles
ségrégent de façon indépendante Cf TD1

28

14
Interprétation de l’expérience

G. Mendel
Parents AA x aa Homozygotes

F1 Aa Hétérozygotes

F2 AA Aa aa
1/4 1/2 1/4
Homozygotes Homozygotes
Hétérozygotes

A (1/2) a (1/2)
Parent 1 AA A
Parent 2 aa A (1/2) AA (1/4) Aa (1/4)
a Aa
a (1/2) Aa (1/4) aa (1/4)
F1
F2
Tableaux des gamètes à la méïose:

Cf. TD #1 29

Comment savoir le nombre de gène(s) impliqué(s)?

  Comparaison des % observés avec les %théoriques

 Utilisation du test du khi2

(Valeur observée – Valeur théorique)2

2 = Somme
Valeur théorique

 Comparaison de la valeur calculée avec une valeur limite

existant dans une table du khi2

 Si valeur calculée  à celle de la table, l’hypothèse

initiale sur le nombre de gènes impliqués est acceptée
Cf. TD #1 30

15
 Les limites de Mendel

 Résultats longtemps remis en cause

 Certains caractères ne donnent pas les résultats
attendus

Dominance incomplète : Codominance :

phénotype intermédiaire les 2 allèles s’expriment
pleinement 31

Étude de la transmission d’allèles de plusieurs gènes :

le problème de la 3ème loi de Mendel

 Pendant la formation des gamètes, la ségrégation des allèles

d'une paire allélique est indépendante de la ségrégation des
allèles d'une autre paire allélique

 Exemples : Allèles de 2 gènes A et B

 On devrait avoir (9/16 [AB] 3/16 [Ab] 3/16 [aB] 1/16 [ab]).

Or, nombreuses exceptions, (9/16)

y compris chez le pois (3/16)
(3/16)
Rejet de H0 2 (1/16)

 3ème loi fausse???  Ca dépend!

32

16
 Exemples d’exception

 Fréquence parentale plus importante / fréquence

attendue des recombinants

 Apparition de nouveaux types de recombinants

Pourquoi ?

Les allèles ne sont pas (toujours) indépendants

Notion de liaisons alléliques

Redistribution des allèles lors de la méiose. 33

Pour comprendre,

34

17
 La méiose

Prophase

Formation
« d’enjambements »
= crossing-over

Échanges de fragments
de chromatines

35

Retour aux résultats de la

ségrégation d’allèles de 2 gènes différents
 2 cas se présentent :

1 - les 2 gènes sont sur un chromosome différent

2 - Les 2 gènes sont sur le même chromosome

36

18
1er cas : gènes sur 2 chromosomes différents

On va retrouver les proportions

mendéliennes !

Autant de gamètes
recombinés que de
Combinaisons parentales
(50%)
Recombinaisons
(50%) gamètes parentaux 37

2ème cas : gènes sur le même chromosome

Pourquoi ?

Le % de gamètes recombinés
est inférieur au % de gamètes
Combinaisons parentales Recombinaisons
( 50% ) ( 50% )
parentaux 38

19
 La présence et la position des crossing-over
font varier le taux de gamètes recombinés
A B

a b

A B
1 2 3

a b

Plusieurs cas:
Le crossing-over se produit avant (1), entre (2) ou après (3)
les 2 gènes
39

Le taux de gamètes recombinés est déterminé

par la position du crossing over.
(CO avant) A B
Gènes associés
comme chez les
parents
a b
(CO après)
A B
Gènes associés
comme chez les
parents
a b
(CO entre) A b
Recombinaison
entre les gènes
a B
 Explication que le taux de gamètes recombinés (Ab ou aB) soit  aux taux de
gamètes parentaux (AB ou ab) 40

20
 Fréquence de recombinaison = « r »

Les recombinaisons sont d'autant plus

nombreuses que les gènes sont éloignés sur
le chromosome
A B
Probabité plus
forte
a b
A B
Probabilité
plus faible
a b

La probabilité d'un crossing-over dépend de la distance entre les gènes

41

Importance de « r »

 La connaissance du taux de recombinaison

(= « r ») entre plusieurs gènes pris 2 à 2 va
permettre de les placer de proche en proche
les uns par rapport aux autres sur le génome

 Pour les programmes d’amélioration, utilisation

de marqueurs génétiques (et non de gènes)
42

21
 PLAN

1 – Sélection phénotypique

2- Génétique classique et compréhension de l’ADN

3- Marqueurs et introduction à la cartographie

43

De quels marqueurs parle-t-on?

44

22
 On parle ici de marqueurs moléculaires

 marqueur = séquence d’ADN

 Mise en évidence d’un polymorphisme génétique

entre au moins 2 lignées (parentales) à un même
endroit (locus) du génome

 Il permet d’indiquer l’état (homozygote ou

hétérozygote) de la plante analysée

45

Exemple de marqueur utilisé

Analyse de plantes dans la génération F2 d’un croisement entre A et B :
ici marqueur = couple d’amorce spécifique d’un locus

Parent A Intron absent

P1 PCR P2
chez B
Amplifiat A

Parent B
P1 P2
PCR A>B
Amplifiat B
A BAAAHHHBH

H : hétérozygote

Parents Descendants 46

23
Les marqueurs permettent de cartographier
le génome

1) On génère des marqueurs répartis

aléatoirement sur le génome qui vont servir
de bornes.

2) Analyses statistiques de la fréquence de

recombinaison entre les différents allèles
 calcul de la distance génétique entre
marqueurs et identification des groupes de
liaisons.

 Etablissement de cartes génétiques

47

Carte génétique

Représentation du génome d'une

espèce par l’ordonnancement relatif de
loci, identifiés par des marqueurs
assemblés en groupes de liaison.

48

24
 Exemple de carte génétique

 Balisage de l’ensemble du génome

49

Exploitation des marqueurs : la sélection

assistée par marqueurs (SAM)
Exemple : utilisation de marqueurs moléculaires associés à la résistance
du mildiou du tournesol

50
Identification et sélection des descendants résistants

25
 Conclusions

• Compréhension et utilisation des lois de la

génétique
• Développement des marqueurs moléculaires et
cartes génétiques
•  Mise en place de la sélection assistée par
marqueurs (SAM)
•  Accélération de l’amélioration des espèces
cultivées
51

Perspectives

• Associée avec la génomique :  identification

des gènes impliqués (et de leurs fonctions) qui
sont responsables des caractères agronomiques
d’intérêt.

• Une fois identifiés, les gènes responsables

pourront être intégrés dans le génome d’autres
lignées par rétro-croisements ou dans d’autres
espèces par génie génétique.
(Cf. cours suivants)
52

26