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Pratiques paysannes de gestion des semences et diversité

génétique du haricot (Phaseolus vulgaris L) à Cayes-


Jacmel, commune du département du Sud-Est, Haïti

Jourdany CESAR

Encadrants: Mathieu THOMAS / J.F LACOUTURE


Tuteur pédagogique: Pierre BERTHOMIEU
Contexte du travail
 Agriculture principale activité économique en Haïti
 70% de la population active
 Agriculture de subsistance: autosuffisance alimentaire 50%
 20 à 25% d’apport au PIB
 Relief accidenté: Diversité de microclimats

Caractéristique Plaine (Bas) Montagne (Haut)


Température Chaude Fraiche
Pluviométrie Moins pluvieux Plus pluvieux
Organisation sociale Moins traditionnel Plus traditionnel

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Contexte du travail
 Agriculture essentiellement paysanne
 Moins de 1ha par exploitation
 Faible utilisation d’intrants
 Peu de mécanisation
 Système de jardin créole (association de cultures)
o Céréales (maïs, sorgho…)
o Légumineuses (haricot sec, niébé…)

Importance du haricot en Haïti


 Économique : 2 à 3 du prix du maïs
 Alimentaire: consommation quotidienne
 Cultivé sur toutes les altitudes

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Contexte du travail
 Système semencier haïtien
oPratiques de sélection massale
oDons /Achat de graines au marché ou chez un agriculteur
o Distribution de semences (gouvernement & ONGs)

Zones proches des Zones reculées ???


villes (plaines) Montagnes

@ MPP & Frère des Hommes © PNUD Haïti Avril 2017

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SSSA, 2010
Problématique
 Modes d’acquisition des semences
Pratiques de gestion des semences et Diversité génétique
Pratique de gestion des semences
o Choix variété Haricot
o Approvisionnement
o Nombre de cycles de culture Cayes Jacmel
o Conservation de semences
o Pratiques de sélection

Diversité génétique
o Niveau de diversité (Ar, Ho, Hs, MLG Bas Haut
o Différenciation et structuration (Plaine) (Montagne)

o 79 km2
o Accessibilité
o Configuration courante
o Parcelles en cours de cultures
o Zone peu impactée distribution de
semences
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Problématique (suite)
 Objectif du travail
Caractériser les pratiques de gestion de la semence et de comprendre les liens
avec la diversité génétique du haricot dans les parcelles des agriculteurs

 Questions de recherches

o Différence de richesse variétale du haricot entre les 2 zones?


o Un système commun de gestion des semences du haricot?
o Liaison entre climat et pratique de gestion des semences?
o Pratique de gestion et diversité génétique du haricot?

 Hypothèses

 Le contraste agro-écologique entre les deux zones d’étude (Haut et Bas des
Cayes Jacmel) conduit à des pratiques différentes de gestion de semences du
haricot

 En raison des conditions plus favorables en haut, les agriculteurs du haut


cultivent plus de variétés de haricot que ceux du bas 6
Enquêtes: Matériels et Méthodes
 Stratégie d’échantillonnage

 Données collectées
o Enquêtes (chef exploitation)
o Document de consentement

Nombre d’agriculteurs = 30 7
Enquêtes: Matériels et Méthodes (suite)
 Analyses des données

 Données d’enquêtes
o Statistiques descriptives
o Analyses de Variance o Logiciels utilisés
• Excel (2010)
ANOVA • R (version 3.2.3)

𝑌𝑖𝑗 = μ + xij 𝛽 + xj γ + εij

Nombre (saisons, variétés…)

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Enquêtes: Résultats et discussions
Différences de pratiques de gestion des semences par zone climatique
Pratiques de gestion Bas Haut
Nombre de saisons de haricot 1,8 a 2,2 b
Provenances des semences Achat (52%) &
Achat
utilisées Ancienne récolte (48%)
Richesse Variétale 1,2 a 3,0 b
Espèces en association avec Haricot de Lima, niébé, Carotte, taro, gingembre
maïs-haricot arachide, gombo, tomate

Différences de pratiques de gestion: nombre de saisons, provenances semences,


nombre de variétés cultivées et espèces associées 9
Enquêtes: Résultats et discussions
 Diversité morphologiques des variétés de haricot déclarées

Variétés Couleur graine Taille graine Forme graine couleur de la tige


Timina Noire Petite Allongée -
Tamazolapa Noire Petite Arrondie -
Alizaine Noire Petite Allongée Mauve
Gros pois Noire Grosse Allongée -
Beurre Or ou jaune Petite Allongée -
Lianne Rouge Grosse Allongée -
Rouge Rouge Grosse allongée -
Sinistré Rayure sur graine moyenne Allongée
-
et gousse

Variétés avec noms créoles

Noms liés à couleur, taille et


forme de la graine et couleur de
la tige

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Enquêtes: Résultats et discussions
 Dénomination et importance des variétés déclarées par zone climatique

o Timina plus représentée en bas


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o Beurre plus présente en haut
3
o 3 variétés spécifiques du haut
• Sinistré
• Tamazolapa
• Lianne

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Conclusion partielle
Nos enquêtes ont révélé des pratiques de gestions des semences différentes pour
le haricot à Cayes Jacmel: nombre de saisons, origines des semences, richesse variétale,
espèces associées au maïs-haricot

Hypothèses génétiques sur la zone d’étude


 Plus de variétés de haricot en haut, plus de diversité génétique est attendue dans cette
zone

 Pratiques de gestion des semences différentes, une différenciation entre haut et bas est
attendue

 Caractéristiques morphologiques différentes, les variétés de haricot déclarées sont


différenciées

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Génétique: Matériels et Méthodes
Génotypage microsatellite : 18 SSRs sur 287 échantillon de plantes
Nettoyage et Filtrage

• Seuils: -Marqueurs: 30%


- Individus: 20%

Marqueurs analysés = 12 sur 18


Individus analysés = 221 sur 287

o Analyse de la diversité génétique o Différenciation et structuration génétique

• Richesse allélique (Ar), (Petit et al. 1998) • Indice de différenciation

• Hétérozygotie observée (Ho) • Arbre de distance génétique

• Indice de diversité de Nei, (Nei et Chesser • Analyse Discriminante en Composante


,1983) Principale DAPC (Jombart, 2008)
• Génotype multi locus MLG (Agapow &
Burt, 2001)

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Génétique: Résultats et discussions
 Diversité génétique du haricot par zone agro climatique

Indice de diversité Bas Haut


Nombre d’individus 72 149
MLG 65 145
Ar 5.62 ± 4.21 6.19 ± 4.16
Ho 0.03 ± 0.03 0.03 ± 0.05
Hs 0.54 ± 0.3 0.56 ± 0.31

Variabilité génotypique importante (MLG)

Aucune différence statistique entre les zones agro climatiques quelque soit l’indice de diversité

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Génétique: Résultats et discussions
Différenciation et structuration: Zone agro climatiques
Dispositif hiérarchisé
 Arbre de distance génétique
FST Zone climatique = 0,03

Faible différenciation entre zone climatique

Echange de semence possible, superficie zone


d’étude: 79 km2
Utilisation des marqueurs neutres. Résultats
de Pressoir et Berthaud (2004) sur le maïs
(FST= 0,003), mais populations différenciées
avec caractères quantitatifs.
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Génétique: Résultats et discussions
 Analyse Discriminante en Composante Principale (DAPC)

K= 6 est clairement le nombre de groupes optimal

Pour k=8, groupes spécifiques du haut et du bas

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Génétique: Résultats et discussions
 Diversité génétique du haricot par variété déclarée

o Par variété de haricot déclarée


Variété Nombre
d‘individus MLG Ar Ho Hs
Alizaine 19 19 8.92 ± 7.17 0.04 ± 0.04 0.57 ± 0.3
Beurre 42 42 4.45 ± 2.39 0.05 ± 0.11 0.46 ± 0.3
Gros Pois 4 4 8.92 ± 7.17 0±0 0.38 ± 0.35
Lianne 8 8 8.92 ± 7.17 0.04 ± 0.1 0.4 ± 0.35
Sinistré 31 30 3.99 ± 2.17 0.01 ± 0.05 0.37 ± 0.31
Tamazolapa 4 4 8.92 ± 7.17 0.05 ± 0.11 0.46 ± 0.34
Timina 92 82 5.62 ± 3.99 0.03 ± 0.04 0.55 ± 0.31
Rouge 21 20 8.92 ± 7.17 0.01 ± 0.03 0.39 ± 0.28

Diversité génétique importante en accord avec Sicard et al.(2005) (Hs=0,57)

Hétérozygotie observée faible, mais cohérent avec Blair et al.(2009) (Ho=0,04)

Pas de différence statistique entre les variétés de haricot


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Génétique: Résultats et discussions
 Différenciation et structuration génétique
Conclusion et perspectives
 Conclusion
 2 modes différents de gestion des semences, mais différenciation génétique faible

 Plus de variété en haut, pas de différence sur indice de diversité génétique

 Importante Diversité génétique du haricot de Cayes Jacmel (Haïti)

 Variétés différenciées, hétérogènes avec une forte variabilité intra-variétale

 Perspectives
 Mise en œuvre d’un système de protection des variétés locales à travers…

 Positionner le haricot haïtien par rapport aux 2 pools géniques du haricot

 Reproduire cette étude sur une plus grande échelle et avec plus de profondeur

 Travailler également sur des caractères morphologiques (maladies, rendement,


phénologie)
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« Quoiqu’il en soit, ce travail a posé les bases
nécessaires à la réalisation d’autres études sur la
génétique du haricot en Haïti »

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Résultats et discussions
 Résultats d’enquête
 Taille des catégories d’exploitation

Catégories Haut Bas


d’exploitation
Grandons 1,50 a 1,40 a
Moins pourvues 0,46 b 0,52 b

Les catégories d’exploitations agricoles sont statistiquement


différentes ∀ la zone climatique 25
Résultats et discussions
 Résultats moléculaires
 Diversité génétique globale du haricot à Cayes Jacmel

Ar Ho PIC
DBM143 17 0.082 0.819
BM141 3 0.005 0.241
BM201 7 0.014 0.783
BM205 4 0.018 0.122
BM137 13 0.005 0.872
BM183 4 0.039 0.665
BM160 2 0.009 0.269
BM156 9 0.019 0.817
AG01 4 0.014 0.473
BMd02 5 0.000 0.086
BM187 13 0.047 0.800
BM200 26 0.134 0.816

Nbre d’allèles : 2 ≤ Ar ≤ 26 , Ar totale = 107


Ar moy. = 9, cohérent avec Burle et al (2010) au Brésil (Ar moy. = 7)
PIC moy. = 0,56, cohérent avec Burle et al (2010) où PIC = 0,47
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Résultats et discussions
 Résultats moléculaires
 Structuration des populations
 Analyse approfondie de la variété Timina

K= 10 Information par zone climatique


Coefficient d’appartenance = 0,7

o Les groupes 1, 2 et 10 formés d’individus spécifiques du bas


o Aucun groupe n’est spécifique du haut. Variété hétérogène
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Résultats et discussions
Facteurs de différenciation entre haut et bas Cayes Jacmel
Zone agro Nombre de Provenances Espèces en association
climatique saisons de haricots des semences avec maïs-haricot
Haut Haut 2,2 a Achat et ancienne Carotte, taro, gingembre
récolte
Bas Bas 1,8 b Achat Haricot de Lima, niébé
arachide, gombo, tomate

Achat
Achat

Ancienne Ancienne
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récolte récolte
Conclusion partielle
 Plusieurs facteurs différencient haut bas Cayes Jacmel
o Nombre de saisons de haricot,
o Provenances des semences utilisées
o Nombre de variété
o Espèces associées au duo maïs-haricot

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