REPUBLIQUE DE COTE D’IVOIRE ANNEE ACADEMIQUE: 2016 - 2017

Union – Discipline – Travail

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR

ET DE LA RECHRCHE SCIENTIFIQUE

UNIVERSITE PELEFORO GON COULIBALY UFR-SCIENCES BIOLOGIQUES

BP 1328 KORHOGO

LICENCE II

NATURE ET STRUCTURE DU MATERIEL GENETIQUE

CHARGE DU COURS FOFANA Inza Jésus

Maître de Conférences
CHAPITRE I. GENERALITES

1. Pourquoi s'intéresser à la génétique?

Deux raisons:
• La première est qu’elle est devenue une plaque tournante de la biologie et comprendre
la génétique est capital pour tous ceux qui désirent se spécialiser dans l’étude de la vie des
plantes, des animaux et des microorganismes. Elle unifie les sciences biologiques et
humaines).
• La deuxième raison est qu’elle occupe une position centrale dans divers secteurs des
activités humaines.

1.1 Définitions de la génétique

La génétique est l’ensemble des principes et des méthodes analytiques qui permettent
d’étudier les phénomènes héréditaires; l'hérédité étant la similarité biologique entre des
parents et leur descendance.
Elle peut aussi être définie comme l’étude des gènes à travers leurs variations transmissibles
de génération en génération

1.2. Secteurs et domaines d’applications de la génétique

1.2.1. Secteurs fondamentaux de la génétique

Il y a trois concepts ou secteurs fondamentaux de la génétique: la génétique formelle

ou génétique de la transmission, la génétique de la population et la génétique moléculaire.
A côté de ces trois sections, on peut ajouter la génétique humaine qui étudie tous les aspects
de la génétique uniquement chez l’homme et la génétique médicale qui s’occupe de l’étude
de certaines affections pathologiques héréditaires

L'étude des modes de transmission des gènes de génération en génération est appelée
la génétique de la transmission ou génétique formelle. La génétique formelle s'intéresse
aux caractères, définit les gènes responsables et propose leur déterminisme génétique. La
génétique formelle part du phénotype pour aboutir au génotype. Les différents croisements
réalisés sont contrôlés.
L'étude du comportement des gènes dans les populations est appelée génétique des
populations. Ici également, le généticien part du phénotype pour proposer le génotype.
Cependant, les croisements sont libres; donc les parents ne sont pas connus.

Une branche très récente résultant de l'approfondissement de la connaissance sur le

support de l'hérédité (ADN) est la génétique moléculaire. Elle étude la structure et de la
fonction des gènes. La génétique moléculaire part d'une structure (ADN) pour expliquer
comment un gène contrôle une fonction. Elle part donc du génotype au phénotype. Elle est
scindée aujourd’hui en deux branches:
- le génie génétique: l'ensemble des techniques qui visent à manipuler l'ADN.
Pratiquement, le génie génétique s'occupe de transférer de l'ADN d'une espèce dans une autre
pour le multiplier ou pour améliorer l'hérédité de certains individus, ou de certaines
populations chez les plantes.

2
- la génomique: crée en 1986 par Thomas Roderick c’est la branche de la biologie
moléculaire qui est centrée sur la cartographie des génomes et le séquençage de l’ADN. Elle
s’étend sur trois domaines:
1. la génomique structurale qui va de l’analyse physique d’un génome jusqu’à son
séquençage complet;
2. la génomique comparative: elle utilise l’outil informatique pour comparer les
génomes d’organismes différents;
3. la génomique fonctionnelle: son objectif est de déterminer les fonctions des gènes.

1.2.2. Domaines d’applications de la génétique

Les connaissances acquises en génétique sont utilisées dans les domaines comme la
production végétale et animale. En effet, grâce à la génétique, on fait de l’amélioration des
plantes et des races animales. On procède alors à la création, à la sélection des individus qui
intéressent le consommateur, l’agriculteur ou l’éleveur. On citer comme autres domaines, la
médecine, l’industrie alimentaire, le génie génétique, la botanique, le droit, l’écologie et
même la sociologie (Figure 1).

M édecine

A griculture
D roit

E cologie G én étiq u e
Sociologie

P hilosoph ie
B otaniqu e

Figure 1. Les découvertes de la génétique ont de l'impact sur de nombreux domaines de

l'activité humaine.

La portée de la génétique classique

Un aspect important de cette génétique a été orienté dans l’amélioration des plantes et des
animaux. On procède par croisements et tries parmi les descendants pour obtenir les
génotypes recherchés. Ici le gène responsable du caractère d’intérêt n’est connu (composition
en bases).

Amélioration génétique du caféier

Les programmes d’amélioration génétique des caféiers visent à mettre au point des
variétés qui allient les qualités (goût, arôme teneur en caféine) de l’arabica et les capacités de
résistance aux parasites du robusta.
C. arabica est très sensible aux attaques des champions, bactéries, nématodes et
insectes. Les graines ne supportent ni le froid ni la déshydratation. L’arabica totalise 68 % de
la production, donne un café moins amer, plus aromatique et au taux de caféine deux à trois
fois moindre.

3
 C. canephora pousse dans les plaines forestières, plus chaudes et plus humides
(Afrique de l’Ouest et centrale, Indonésie et Vietnam). Ces 2 espèces sont les seules à être
cultivées parmi les 80 répertoriées dans le monde.
La souche de café Coffea arabusta est obtenue par croisement entre les espèces C.
canephora et C. arabica allie l'essentiel des caractéristiques génétiques de ses deux parents:
résistance et productivité.

Amélioration génétique du riz et du coton

Un autre exemple dans ce domaine est la création, par l’ADRAO, de nouvelles

variétés de riz naturellement parfumées et résistantes aux maladies, chacune étant adaptée à
une agro écologie précise.
Il y a aussi le cas du cotonnier "glandless" issu de croisements entre plusieurs espèces
de Gossypium.

La portée de la génétique moléculaire (biologie moléculaire)

Contrairement à la génétique classique, ici l’ADN est extrait et découpé. Par ailleurs, le gène
responsable du caractère d’intérêt est connu. Les domaines d’intervention de la génétique
moléculaire concernent l’agriculture, la médecine et le droit

Agriculture

Les découvertes dans cette branche de la génétique permettent aujourd’hui

d’introduire chez des animaux et des plantes, des gènes provenant d’autres espèces, et de
produire des animaux et des plantes génétiquement modifiés appelés OGM (Organismes
Génétiquement Modifiés) ou encore organismes transgéniques.

Animaux transgéniques

L’intérêt de produire ces animaux réside soit dans l’amélioration des productions
animales, soit dans la mise au point de modèles d’animaux de maladies humaines, soit dans
l’étude de la fonction d’un gène.
Deux méthodes sont utilisées pour l’obtention d’animaux transgéniques: la micro-
injection d’ADN étranger (gène d’intérêt) dans des œufs justes fécondés et l’injection d’ADN
dans les cellules embryonnaires (cellules ES, Embryonic Stem cells).
La première méthode est la plus utilisée. Un gène d’origine étrangère est introduit par
micro-injection dans un œuf qui vient juste d’être fécondé. Ce gène s’insère dans l’un des
deux pronuclei avant qu’ils ne fusionnent. L’œuf ainsi génétiquement modifié est réimplanté
dans l’oviducte ou l’utérus d’une femelle porteuse. Une proportion de 10 à 30% des œufs
manipulés survivent et se développent jusqu'à terme. Les organismes obtenus sont dits
transgéniques et l'ADN introduit est appelé transgène. Les transgènes sont transmis d'une
génération à l'autre comme les gènes naturels.
C’est par cette méthode qu’à la fin de l'année 1982, deux groupes de chercheurs
américains avaient obtenu des souris "géantes" par injection du gène de l'hormone de
croissance de rat dans les œufs tout juste fécondés. Ces souris dites transgéniques car ayant
intégré dans leur patrimoine génétique un gène provenant d'une autre espèce avaient une taille
double de celle des souris normales et transmettaient à leur descendance le gène en question.
En dehors de la souris, d’autres espèces d’animaux transgéniques ont été produites non
seulement chez les mammifères (lapin, porc, mouton, chèvre, vache) mais aussi chez le
poisson et certains invertébrés.
4
 L’inconvénient de cette technique est que le gène s’insère au hasard et donc pas
obligatoirement dans un site qui permettra son expression. La possibilité existe également
qu’il s’insère dans une région essentielle du génome avec les risques de destruction d’un gène
important, ou près d’un oncogène avec risque d’activation de cet oncogène.
La deuxième méthode est plus complexe. Elle n’est en ce moment utilisée que chez la
souris. Le transgène est d’abord inséré dans un plasmide (fragment d’ADN circulaire), qui est
à son tour introduit dans des cellules prélevées sur des embryons à un stade précoce de leur
développement (blastocyste, stade à 64 cellules). Ces cellules embryonnaires (cellules ES)
transformées sont réinjectées dans un blastocyste et le tout est implanté dans l’utérus d’une
souris porteuse. Les descendants ayant le transgène sont triés et croisés entre eux pour
produire des transgéniques homozygotes.

Plantes transgéniques

Ces plantes sont obtenues après l’introduction dans leur patrimoine génétique des
gènes d’autres plantes et même des gènes d’animaux et de bactéries. Les objectifs recherchés
sont d’augmenter la productivité, de conférer une résistance à des herbicides, à des insectes, à
des pathogènes et à divers stress. L’application de la transgénèse (ajout d’un gène à un
organisme) est facilitée par la possibilité de régénérer une plante entière à partir de quelques
cellules végétales (embryogenèse somatique).
L’introduction de gènes est effectuée par le biais d’une bactérie du sol, Agrobacterium
tumefaciens. Cette bactérie transforme naturellement les cellules végétales grâce à son ADN
circulaire appelé Plasmide Ti (tumor inducing). Après infection d’une plante, une partie du
plasmide Ti, appelée ADN-T intègre le chromosome des cellules du tissu infecté, ce qui
permet l’expression des gènes qu’il porte (formation de tumeurs et synthèse de protéines).
Cette propriété d’A. tumefaciens est exploitée pour introduire des gènes étrangers dans
une plante. A cet effet, on construit un petit plasmide (vecteur intermédiaire) dans lequel on
insère le gène d’intérêt [par exemple le gène de la résistance au glyphosate (herbicide)] et des
gènes marqueurs de sélection [par exemple un gène de résistance à la spectinomycine
sélectionnable chez les bactéries et un gène de résistance à la kanamycine, sélectionnable chez
les végétaux]. Ce plasmide est intégré dans la région ADN-T d’A. tumefaciens, auparavant
délètée des gènes responsables de la formation de tumeurs et de synthèse de protéiques (on dit
que le plasmide Ti est atténué ou désarmé). Les bactéries ayant effectivement incorporé le
vecteur (bactéries transformées) sont sélectionnées par culture sur un milieu contenant le
marqueur de sélection bactérien (spectinomycine). Les bactéries transformées sont ensuite
utilisées pour inoculer des petits fragments de tissu végétal (petits morceaux de feuilles). Si
l’infection par la bactérie réussit, son ADN-T sera transféré aux cellules végétales et les gènes
qu’il porte s’intégreront dans un de leurs chromosomes. Si ces fragments végétaux sont
cultivés dans un milieu contenant la kanamycine, seules les cellules qui ont reçu l’ADN-T (et
par conséquent le gène de la résistance à l’herbicide) pourront se multiplier. La croissance de
ces cellules aboutit à la formation de petits amas de cellules appelés cals. Les cals peuvent
ensuite être traités de manière à produire des plantes entières, appelées plantes
transgéniques. L'utilisation de Agrobacterium tumefaciens a ainsi permis de produire des
plantes résistantes à des herbicides (Soja, Maïs), virus et insectes (Coton).

Médecine

A partir de la structure moléculaire d’un gène il est possible d’étudier le défaut

physiologique qui provoque la maladie. Une fois que la nature de la maladie sera connue, il
sera possible de développer de nouvelles approches thérapeutiques. La génétique humaine
occupe incontestablement une place importante dans les activités de l’homme. En effet cette
5
discipline permettra à plus long terme de résoudre de nombreux problèmes de santé mais
surtout de connaître le plan d’ensemble de la structure humaine.
Les applications du génie génétique en médecine sont nombreuses :
• détection des anomalies héréditaires par amniocentèse (analyse du liquide
placentaire)
• le diagnostic par sonde d'ADN
• la thérapie génique qui se propose d'apporter un nouveau gène pour pallier
l'insuffisance qualitative ou quantitative d'un gène résident altéré, de moduler, en plus ou en
moins, l'expression génétique endogène, cellulaire ou éventuellement virale, ou encore de
corriger exactement l'anomalie structurale d'un gène muté.

Droit

Les empreintes génétiques utilisées comme outil pour l'étude des pedigrees et
l'identification des individus sont largement utilisées aussi bien dans le domaine social
(identification de vrai parents) que juridique (identification de criminels ou victimes).
Les emprunts génétiques sont réalisés en sept étapes:
1. Le processus commence par l’extraction de l’ADN;
2. L’ADN extrait est coupé en fragments de différentes longueurs à l’aide d’enzymes
spécifiques (endonucléases appelées enzymes de restriction) ;
3. Les fragments sont ensuite séparés selon leur longueur par électrophorèse sur gel
d’agarose;
4. dénaturation de l’ADN (séparation des 2 brins de la double hélice) ;
5. Les fragments sont transférés sur une membrane en nylon de sorte que leurs positions
relatives sont conservées;
6. La membrane en nylon est plongée dans une solution contenant des fragments d’ADN
radioactifs (sondes). Les sondes vont s’hybrider à des fragments spécifiques d’ADN lié au
nylon. L’excès des sondes est éliminé par lavage de sorte que seules les fragments d’ADN liés
aux sondes restent liés au nylon;
7. L’ADN hybridé et lavé est transfert sur un film photographique et le profil
électrophorétique (électrophorégramme) pour être visualisé au rayon X.
Dans la recherche de parenté, on s’intéresse aux bandes qui sont présentes chez l’enfant et
absentes chez la mère. Le présumé père avec lequel le taux de bandes spécifiques est élevé est
le véritable père. Ce raisonnement est basé sur le fait qu’en vertu des lois de la reproduction
sexuée, tout gène de l’enfant est hérité du père ou de la mère. Ainsi, dès qu’une bande
présente chez l’enfant est absente chez la mère, on doit le retrouver systématiquement chez le
père.
Exemple:
• Le procès de OJ SIMPSON
• RANDALL Jones en Floride USA.

6
CHAPITRE II. NATURE DU MATERIEL GENETIQUE
Introduction

Au cours de la reproduction conforme, le matériel génétique est divisé en de nombreux

gènes et que chacun de ces gènes assure une double fonction: il se reproduit strictement
identique à lui-même à chaque division cellulaire et il détermine un caractère spécifique. Pour
comprendre comment ces fonctions s'effectuent au niveau moléculaire, il est indispensable de
savoir d'abord quelle est la nature de la substance chimique qui constitue les gènes.

II. Nature chimique du matériel génétique

II.1. Nature du matériel génétique chez les bactéries

Rappelons que les bactéries sont des organismes procaryotes mais qui possèdent tous
les types de macromolécules caractéristiques de la matière vivante: protéines, lipides,
polysaccharides, et les deux acides nucléiques ADN et ARN. C'est chez ces organismes que le
problème de la nature du matériel génétique a été résolu le premier, et de manière très claire,
grâce aux expériences de transformation bactérienne chez le pneumocoque, Streptococcus
pneumoniae.

II.1.1. Expérience de GRIFFITH (1928)

La conversion d'un génotype en un autre par l'introduction de matériel génétique

exogène est appelée transformation. Ce phénomène qui a été découvert chez Streptococcus
pneumoniae par GRIFFITH en 1928 constitue la première étape de la connaissance de la nature
du support de l'information génétique. Streptococcus pneumoniae, qui provoque la pneumonie
chez les humains, est normalement létale pour les souris. Toutefois, il existe des souches de
cette espèce qui diffèrent des bactéries sauvages par l'absence de virulence (aptitude à causer
la maladie ou la mort). Dans ses expériences, GRIFFITH a utilisé deux souches discernables par
l'aspect des colonies qu'elles forment lorsqu'elles sont cultivées en laboratoire. La première
souche est virulente et ses cellules sont entourées d'une enveloppe polysaccharidique qui
donne aux colonies une apparence lisse; cette souche est appelée S (pour smooth). Chez
l'autre souche de GRIFFITH, un mutant non virulent qui se développe chez la souris mais n'est
pas létale, la capsule polysaccharidique est absente et les colonies ont un aspect rugueux; cette
souche est appelée R (pour rough).
GRIFFITH tua des cellules virulentes par chauffage et inocula ces cellules mortes à des
souris. Celles-ci ont survécu, montrant donc que les cellules tuées ne causent pas la mort des
souris. En revanche, les souris inoculées avec un mélange de cellules virulentes tuées par la
chaleur et de cellules non virulentes vivantes meurent. En outre, des cellules vivantes
virulentes pouvaient être réisolées à partir de souris mortes. La seule explication convenable
est qu'il y a eu transfert du caractère de virulence de la souche de bactéries tuées par la chaleur
(S) à l'autre souche (R). Ainsi, d'une manière ou l'autre, les débris des cellules S chauffées
avaient converti les cellules R vivantes en cellules S. L'expérience de GRIFFITH est résumée
dans la figure 2.

7
 S

R S

Figure 2. Schéma de l'expérience de transformation de GRIFFITH (1928)

II.1.2. Expérience de ALLOWAY (1933)

L'expérience d’ALLOWAY (1933) schématisée par la figure 3 est la version in vitro
de l'expérience de GRIFFITH. Un mélange d'extrait de cellules S tuées par la chaleur et de
cellules R est mis en culture. Après incubation, plusieurs colonies de cellules R et quelques
colonies de cellules S apparaissent sur le milieu de culture. La conclusion qui peut être tirée
est que le principe transformant est extractible.

8
 Extrait de cellules S tuées
à la chaleur

Extrait de cellules R

Mélange des deux extraits

Mise du mélange en culture

Prolifération de cellules R et quelques cellules S

Figure 3. Schéma de l'expérience de transformation d’ALLOWAY (1933)

II.1.3. Expérience d'AVERY, MACLEOD et McCARTHY (1944)

La même technique de base a été utilisée pour déterminer la nature du principe
transformant c'est-à-dire l'agent des débris cellulaires qui est spécifiquement responsable de
la transformation. AVERY et al., ont séparé les différentes classes de molécules présentes dans
les débris des cellules S mortes et ont testé l'aptitude de chacune d'elles à induire la
transformation. Ces tests ont montré d'abord que les polysaccharides eux-mêmes n'ont aucune
activité transformante. Dès lors, la capsule polysaccharidique, tout en étant impliquée dans
l'action pathogène, n'apparaissait que comme l'expression phénotypique de la virulence. Par
l'examen des différentes classes de molécules, AVERY et al., ont établi que seul l'ADN était
capable d'induire la transformation des cellules R (Figure 4). Ils en déduisent que l'ADN est
l'agent qui détermine la présence du polysaccharide et, par conséquent, le caractère
pathogène. La démonstration que l'ADN est le principe transformant constitue la première
preuve que les gènes sont composés d'ADN.
En fait, une partie des gènes des cellules de la souche S tuées intègre le patrimoine
génétique (l'ADN) des cellules de la souche R et dirige la synthèse des polysaccharides
formant la capsule. Dans ces conditions, il est évident que la chaleur ne fait que dénaturer
l'ADN des cellules S.
Il faut souligner que les enzymes DNAse et RNAse pouvaient être utilisées en lieu et
place de la chaleur pour détruire, respectivement, l'ADN et l'ARN.

9
 S

Polysaccharides Lipides RNA Protéines DNA

CELLULES R VIVANTES

R R R R S

Figure 4. Démonstration que l'ADN est l'agent transformant. L'ADN est le seul agent qui
produit des colonies lisses (S) lorsqu'il est ajouté à des cellules rugueuses (R) vivantes.

II.2. Nature du matériel génétique chez les virus

II.2.1. Reproduction des virus

Contrairement aux bactéries, les virus ne sont pas des cellules. En effet, ils sont
dépourvus de membrane, cytoplasme et noyau qui constituent les élémentaires permettant de
définir les cellules. Les virus représentent donc une catégorie exceptionnelle d'organismes
définie par leur nature acellulaire. Ceci a pour conséquence, un parasitisme cellulaire
obligatoire.
On peut opposer deux phases dans le cycle de vie d'un virus. L'une correspond à un
état intracellulaire actif. L'information génétique du virus détourne le métabolisme de la
cellule hôte à son profit; elle utilise les molécules organiques et les organites de la cellule hôte
pour réaliser la synthèse de nouvelles particules virales. Le virus se multiplie de cette manière
au dépend de la cellule dont il est hôte. Ceci explique les propriétés pathogènes des virus car
la cellule hôte ne survit généralement pas à l'infection. L'autre phase correspond à l'état
extracellulaire. Après sa libération, la particule virale qu'on appelle virion n'est qu'un
assemblage inerte de molécules organiques.

Exemple: Cas du bactériophage (phage)

Il existe deux types de phages: les phages "virulents" (T2 et T4) qui provoquent
toujours la lyse bactérienne et la libération de virions quand ils infectent la bactérie hôte. Leur
cycle est qualifié de cycle lytique. Le deuxième type appelé phage tempéré ne provoque pas
toujours la lyse bactérienne. Parfois, leur DNA est intégré dans le chromosome bactérien et
répliqué avec celui-ci lors de la division cellulaire. Le cycle est qualifié de lysogénique. Le
phage intégré dans le chromosome bactérien est nommé prophage. La bactérie renfermant un
prophage est dite bactérie lysogénique. A tout moment (mais rare), le prophage peut entrer
dans le cycle lytique et libérer des particules phagiques (Figure 5).

10
 Cellule bactérienne Bactériophage T2 ou T4

Adsorption du phage

Injection du DNA du phage

Incorporation du DNA du phage Multiplication du DNA et synthèse

au chromosome bactérien des protéines phagiques

Assemblage de nouveaux
phages

Multiplication bactérienne Lyse cellulaire et libération

de nouveaux phages

Cycle lysogénique Cycle lytique

Figure 5. Les cycles lysogénique et lytique d'un bactériophage

11
 II.2.2. Expérience de HERSHEY et CHASE (1952)
L'argument d’AVERY et al., a été confirmé par les résultats de l'expérience de Alfred
HERSHEY et Martha CHASE (1952) qui ont utilisé le phage T2 qui est un virus à DNA. Ils
estimèrent que l'infection par le phage devait comporter l'introduction dans la bactérie d'une
information spécifique capable d'imposer à celle-ci la multiplication virale.
L'expérience de ces auteurs est basée sur le fait qu'on ne trouve pas de phosphore dans
les protéines alors que le soufre en est un constituant important. Inversement, le soufre qui est
présent dans les protéines n'est jamais présent dans l'ADN. Cette expérience comporte quatre
étapes (Figure 6):
1. Des bactéries sont mises en croissance dans deux milieux dont l’un contient le
précurseur radioactif 35S marquant les protéines (milieu 1) et le précurseur 32P marquant l'ADN
(milieu 2).
2. Après intégration des précurseurs par les bactéries, elles sont infectées par les phages.
3. On obtient des phages marqués. Chaque lot est ensuite mis en présence de bactéries
non marquées.
4. Après adsorption des phages, les dépouilles phagiques sont détachées des parois
bactériennes par agitation mécanique au mixeur. Puis une centrifugation est réalisée afin de
séparer les bactéries des dépouilles phagiques. En fait les enveloppes virales (fantômes ou
ghosts), légères restent dans le surnageant alors que les bactéries, relativement lourdes
forment le culot. En mesurant la radioactivité dans les deux fractions on décèlera la
radioactivité soit dans le surnageant (milieu 1) soit dans le culot (milieu 2).
La conclusion de ces observations était que l'ADN est le matériel héréditaire tandis que
les protéines de phage ne sont qu'un emballage qui est écarté une fois que l'ADN est injecté
dans la cellule bactérienne.

12
 1 2

A Bactérie
Milieu nutritif N N
X X N
X X 35
S 32
P N N
X X N N

X N Bactériophage
B X
X X Bactéries N
N
X marquées N

X
X
X
Bactériophage N
C X X
X
X N
XX N
Protéines ADN
X
X marquées marqués N
X

AGITATION VIOLENTE
CENTRIFUGATION

X X
X
X XX X Surnageant
XX XX
D XX X
X

N N
Culot N N

Figure 6. Expérience de HERSHEY et CHASE (1952). (A) Des bactéries sont mises en
croissance dans un milieu contenant le précurseur radioactif: 35S pour les protéines (1), 32P
pour l'ADN (2). (B) Les bactéries, après intégration des précurseurs, sont infectées par les
phages. (C) On obtient des phages marqués; chaque lot est mis en présence de bactéries non
marquées. (D) Après adsorption des phages, les dépouilles phagiques sont détachées des
parois bactériennes par agitation mécanique au mixeur; après centrifugation, on décèle la
radioactivité soit dans le surnageant (1) soit dans le culot (2).

II.2.3. Les expériences de CONTRAT, WILLIAMS et SCHRAMM

Leurs expériences intéressent notamment le virus de la mosaïque du tabac (VMT) qui
est un virus à RNA. Ce virus pénètre dans les cellules des feuilles de tabac et perturbe leur
métabolisme. Les cellules infectées perdent leur chlorophylle. Les zones contaminées
présentent des taches jaunâtres.
L'enveloppe protéique des bâtonnets de VMT est constituée de plus de 2000 molécules
protéiques identiques qui présentent un arrangement hélicoïdal autour de la molécule d'ARN
centrale (Figure 7).
Il est possible in vitro de séparer l'ARN des protéines. Dans les conditions propices,
lorsqu'on remet en présence l'ARN et les protéines, celles-ci vont spontanément s'assembler
autour de la molécule d'acide nucléique de manière à reconstituer un virion complet. Ces
propriétés ont permis à CONTRAT et al. :
1. de tester le pouvoir infectieux de chacun des constituants isolément ;
2. de fabriquer in vitro des virions mixtes constitués d'un ARN et de protéines issus de
souches différentes de VMT.

13
 Il a ainsi été établi que l'ARN pur est capable d'infecter les plantes de tabac (avec un
rendement faible), alors que les protéines pures en sont incapables. A partir des taches
apparues sur les feuilles de tabac infectées par l'ARN pur, on retrouve des virions complets
(Figure 8).
L'ARN du VMT contient donc l'information nécessaire au processus d'infection et à la
synthèse des protéines du virion.
ARN

Protéines de l’enveloppe

Figure 7. Morphologie du virus de la mosaïque du tabac.

Infection

Protéines pures
Infection

VMT
Infection

ARN pur

Figure 8. L'expérience de CONRAT, WILLIAMS et SCHRAMM montrant le pouvoir infectieux de

l'ARN du virus de la mosaïque de tabac (VMT).

14
 La possibilité de reconstituer in vitro des virions complets à partir des deux
constituants moléculaires du VMT a suggéré une expérience qui a confirmé la conclusion
précédente. Elle démontre que si deux virus diffèrent pour un caractère particulier héréditaire,
ce caractère est transmis par l'ARN.
En fait il existe chez VMT des mutants qui produisent des taches dont la taille, la
forme ou l'intensité de coloration est différente. A partir de deux souches de virus qui
provoquent des taches d'aspects différents, on constitue des virus mixtes: l'ARN de chaque
souche est réassocié avec les protéines de l'autre. Lorsqu'on infecte des plantes de tabac avec
chacun de ces deux types de virus mixtes, on constate que les taches correspondent toujours à
celles qui auraient été obtenues en infectant par le virus qui a fourni l'ARN (Figure 9).
La spécificité est donc fournie par l'acide nucléique et non par la protéine.
V irus A V irus B

ARN A Protéine A Protéine B ARN B

Infection de typ e A In fection de type B

Figure 9. Spécificité de la fonction de l'ARN dans les virions mixtes de la mosaïque du tabac.

Ainsi, chez les virus le support de l'information génétique peut être l'ADN (Phage T2)
ou l'ARN (VMT). Les protéines virales ont essentiellement un rôle de protection de l'acide
nucléique durant son séjour hors de la cellule hôte. Elles peuvent également faciliter la
pénétration de cet acide nucléique dans la cellule hôte (Phage T2).

II.3. Nature du matériel génétique chez les eucaryotes

Plusieurs arguments indiquent de manière certaine que l'ADN correspond au matériel

génétique des eucaryotes :
• L'ADN est localisé dans les chromosomes. Or, les observations cytologiques et
génétiques prouvent conjointement que les chromosomes sont les supports de l'hérédité
(théorie chromosomique de l'hérédité).
• Les lois de la reproduction conforme ne s'expliquent que si le matériel génétique est en
quantité constante dans un même clone cellulaire, ou à l'intérieur des cellules composant les
organismes d'une même espèce. Si chaque gène est très exactement reproduit d'une génération
cellulaire à la suivante, alors, la quantité de la substance chimique qui correspond au matériel
génétique est elle-même constante. Ceci est précisément vérifié pour l'ADN, mais nullement
pour les autres types de molécules.
• L'ADN est remarquablement stable. Le dédoublement d'ADN qui précède chaque
division cellulaire correspond à la synthèse d'une quantité d'ADN équivalente à celle qui
existait. En dehors de cela, les rares synthèses ou dégradations qui sont observées sont de très
faible amplitude et s'expliquent par l'existence de processus de réparation destinés à remplacer

15
certaines portions qui auraient pu être lésées. Cette stabilité métabolique est celle qu'on attend
du matériel génétique et ne s'applique pas aux autres types moléculaires qui sont constamment
renouvelés.
• Des arguments directs ont été obtenus grâce à la possibilité de transférer des fragments
d'ADN d'organismes donneurs eucaryotes variés à des cellules receveuses différentes
correspondant soit à des bactéries, soit à des cellules eucaryotes (génie génétique ou
technologie de l'ADN recombinant). Ces fragments d'ADN sont capables de conférer à la cellule
receveuse de nouvelles propriétés: un phénotype. Une relation (causale) peut être établie entre
le maintien ou la perte du fragment d'ADN dans les cellules descendantes et le maintien ou la
perte de ces nouvelles propriétés.

Conclusion: Au vue de ces expériences, la substance chimique qui constitue les gènes est
l’ADN. En d’autres termes, l’information génétique est portée par l’ADN chez tous les êtres
vivants. Exceptionnellement chez les virus sans ADN, l’ARN joue le même rôle.

16
CHAPITRE III. STRUCTURE DU MATERIEL GENETIQUE
III.. Structure du support de l'information génétique
Une fois que le rôle de l'ADNl' dans l'hérédité devint évident, les chercheurs
entreprirent des travaux en vue de déterminer sa structure exacte. Comment une molécule
contenant un nombre aussi
ussi limité de constituants différents pouvait-elle
pouvait elle stocker l'énorme
quantité d'informations nécessaires pour décrire la structure primaire de toutes les protéines
des organismes vivants ?

III.1.
1. Les acides nucléiques
Les molécules biologiques qui contiennent l'information génétique sont les acides
nucléiques. Les acides nucléiques sont composés de molécules simples comme l'acide
phosphorique (PO4H3), des oses à 5 carbones (pentoses) et des bases azotées (purines ou
pyrimidines).

groupe phosphate

Lee phosphate inorganique est un ion stable formé à partir de l'acide phosphorique
P04H3. On l'écrit souvent Pi. Des esters de phosphate peuvent se former entre un phosphate et
un groupement hydroxyle libre par condensation d’une fonction acide et d’une fonctionfonc
alcool. La condensation d'un phosphate et d'un autre acide, par exemple un autre phosphate,
donne un anhydride. Il y a aussi des anhydrides mixtes avec les acides carboxyliques par
exemple. Le pyrophosphate est un ion dérivé de l'acide pyrophosphorique
pyrophosphorique (P207H4), qui est
lui-même
même un anhydride d'acide phosphorique .

Les oses

Le ribose est un pentose de la série D, dont tous les hydroxyles sont orientés à droite
(représentation de Fisher). Dans les acides ribonucléiques (ARN), il est cyclisé en
ribofuranose: anomère β spécifiquement
spécifiquement (sur le carbone n°1, carbone anomérique, le

17
groupement OH est orienté au-dessus du plan du cycle). Le désoxyribose, composant des
acides désoxyribonucléiques (ADN) est dérivé du ribose par une réduction de la fonction
alcool secondaire du carbone n°2. Le désoxyribose confère à cet acide nucléique une plus
grande stabilité propre à sa fonction de conservation de l'information génétique.

Les bases azotées

Les bases azotées des acides nucléiques appartiennent à deux classes de molécules selon le
noyau aromatique qui en constitue le squelette. Le noyau pyrimidine est le plus simple: c'est
un noyau aromatique hexagonal de 4 carbones et 2 azotes; les deux azotes sont en position
méta (n° 1 et 3). La purine est constituée de 2 noyaux hétérocycliques accolés, un cycle
hexagonal de 4 carbones et 2 azotes et un cycle pentagonal de 3 carbones (dont 2 communs
avec le précédent) et 2 azotes. Par rapport à ces carbones communs, les azotes occupent des
positions symétriques (n° 1 et 3 à gauche, n° 7 et 9 à droite). Les différentes bases rencontrées
dans les acides nucléiques en dérivent selon les substituants que portent les atomes de ces
noyaux. De nombreux médicaments appartiennent aussi à ces deux classes de bases azotées.
Les lettres C et H peuvent être omises dans l’écriture des formules.

o Bases Puriques

Les bases azotées sont des molécules aromatiques dont le noyau est soit une purine (bases
puriques), soit une pyrimidine (bases pyrimidiques). Les bases puriques sont au nombre de 2:
l'adénine et la guanine. L'adénine est constituée d'un noyau purine dont le carbone 6 est
substitué par une fonction amine. Elle est la seule des bases nucléiques dont la formule ne
contient pas d'atome d'oxygène. La guanine est constituée d'un noyau purine dont le carbone 2
est substitué par une fonction amine et le carbone 6 par une fonction cétone.

18
 o Bases Pyrimidiques

Les bases pyrimidiques sont au nombre de 3: la cytosine, l'uracile et la thymine. La cytosine

est constituée d'un noyau pyrimidine dont le carbone 4 est substitué par une fonction amine et
le carbone 2 par une fonction cétone. L'uracile est constituée d'un noyau pyrimidine dont les
carbones 2 et 4 portent des fonctions cétone. La thymine est aussi constituée d'un noyau
pyrimidine dont les carbones 2 et 4 portent des fonctions cétone, mais dont le carbone 5 est
substitué par un méthyle.

La structure des acides nucléiques montre trois unités de formation: les nucléosides,
les nucléotides et les polynucléotides.

o Les bases modifiées dans l'ADN ou l'ARN

Les modifications peuvent avoir lieu sur des sites cycliques ou exocycliques :
- la 5-méthylcytosine est trouvée dans l'ADN des plantes et des animaux sauf les
insectes. Cette méthylation est un signal négatif de la régulation de l'expression des gènes, le
groupe méthyle favorisant une conformation de l'ADN qui ne peut fixer un facteur de
transcription.

19
 - la N6-méthyladénine est présente dans les bactéries. Cette méthylation permet aux
enzymes de restriction de la bactérie de reconnaître son propre ADN vis-à-vis d'ADN
étrangers (virus). D'autres méthylations permettent le fonctionnement d'un système de
correction des éventuelles erreurs de réplication de fonctionner. - Les ARN et principalement
les ARNt contiennent une variété étendue de dérivés : des dérivés hydrogénés (5, 6-
dihydrouracile) ou soufrés (thiouracile ou 2-oxy-4-thiopyrimidine) des pyrimidines, ou encore
des formes altérées de la guanine, la xanthine (2, 6-oxypurine) et l'hypoxanthine (6-
oxypurine).

III.2. Les nucléosides

Les sucres (ribose ou désoxyribose) se lient aux bases azotées par des liaisons
impliquant un des azotes de la base (n°1 des pyrimidines ou n°9 des purines) et le carbone n°1
de l'ose (carbone réducteur). Ce sont des liaisons N-osidiques en configuration β. La liaison
d'une base azotée avec un des sucres donne un nucléoside. Un nucléoside est donc formé
d'une base et d'un sucre liés par une liaison N-osidique en configuration β. Dans un
nucléoside, on numérote les atomes de la base par des chiffres: 1, 2, 3, etc...et pour les
distinguer, les carbones du sucre sont numérotés 1', 2', 3', etc...(Figure 10)

A , G , C ou U A , G , T ou C
HOCH2 HOCH2
O B a ses O B ases

H H
H H
H
H H
H
OH OH
OH H
S u cre
S u cre

Acide ribonucléique Acide désoxyribonucléique

Figure 10. Structures typiques des nucléosides.

20
 III.2.1. Nomenclature

Les noms des nucléosides ont comme suffixe :

- "osine" pour les nucléosides puriques
- "idine" pour les nucléosides pyrimidines

Bases azotées Ribonucléosides Désoxyribonucléosides

Nom Symbole Nom Symbole Nom Symbole
cytosine Cyt Cytidine Cyd 2'-désoxycytidine dCyd
uracile Ura Uridine Urd 2'-désoxyuridine dUrd
thymine Thy Thymidine* Thd (2'-désoxy)thymidine*
adénine Ade Adénosine Ado 2'-désoxyadénosine dAdo
guanine Gua Guanosine Guo 2'-désoxyguanosine dGuo
xanthine Xan Xanthosine Xao 2'-désoxyxanthosine dXao
hypoxanthine Hyp Inosine Ino 2'-désoxyinosine dIno

* le nom de thymidine a été consacré pour la 2'-désoxythymidine : pour différencier ce

ribonucléoside, on le désigne sous le nom de ribosylthymidine.

III.2.2. Les nucléosides naturels

Les nucléosides apparaissent en tant qu'intermédiaires dans le métabolisme des nucléotides,

mais aussi comme cofacteurs ou coenzymes :
- la S-adénosylméthionine est un cofacteur de transfert de groupement méthyle. Le carbone 5'
de l'adénosine est lié de manière covalente avec le groupement sulfhydril de l'acide aminé
méthionine.
- le coenzyme B12 (ou vitamine B12), dont la fonction permet de déplacer des groupes de
manière intramoléculaire, est la 5'-désoxyadénosine liée au cobalt du noyau corrine.

III.2.3. Des nucléosides naturels et singuliers

- On trouve dans les ARN de transfert (ARNt) de l'uracile qui est lié au ribose non par l'azote
mais par le carbone C5 : c'est une liaison C-osidique. On trouve aussi des dérivés 2'-
Ométhylés du ribose : la présence du méthyle donne une résistance à l'hydrolyse enzymatique
ou même alcaline à l'ARNt.
- Certains microorganismes produisent des nucléosides libres dans lesquels l'ose est
l'arabinose (quelquefois appelés spongonucléosides pour avoir été isolés dans des
spongiaires). L'arabinosylcytosine est utilisé comme médicament dans le traitement de
l'herpès, l'arabinosyladénosine dans les leucémies.
- La puromycine est un antibiotique sécrété par Streptomyces. La base est l'adénosine
Nméthylée, le pentose la ribosamine dans lequel le carbone C3' est lié par une liaison amide à
une O-méthyltyrosine.

III.2.4. Des analogues synthétiques

- les formes désoxy, halogénées ou non, des nucléosides puriques ou pyrimidiques sont des
bactériostatiques, par exemple la 3'-désoxyadénosine.
- la 6-azauridine (carbone 6 remplacé par un azote) sont des médicaments utilisés dans les
maladies prolifératives de l'épiderme.

21
 III.3. Les nucléotides

La liaison d'un nucléoside avec un phosphate se fait par une estérification de la

fonction alcool primaire (carbone n°5') du sucre et une des trois fonctions acides du phosphate
(Figure 11). L'ester obtenu est un nucléotide. Un nucléotide est donc formé d'une base azotée,
liée par une liaison osidique avec un sucre, lui-même lié par une liaison ester avec un
phosphate. Dans le métabolisme des acides nucléiques interviennent des substrats riches en
énergie, les nucléosides triphosphates. Un nucléoside triphosphate est un nucléotide dont le
phosphate est lui-même lié à deux autres phosphates par des liaisons anhydride d'acides.
OH OH
A, G, C ou U A, G, T ou C
HO P O CH 2 HO P O CH2
O Bases O Bases
O O
H H H H
Phosphate H Phosphate H
H H
OH OH H
OH
Sucre
Sucre

Acide ribonucléique Acide désoxyribonucléique

Figure 11. Structures typiques des nucléotides.

Les nucléotides Ce sont des esters-phosphates de nucléosides (condensation alcool-acide).

Exemple de nucléotides : - la phosphorylation peut concerner un ou plusieurs hydroxyles de
l'ose.
- le groupe ester-phosphate peut être engagé soit :
- avec d'autres molécules d'acide phosphorique (ADP, ATP)
- avec un autre acide (adénosine 3'-phosphate 5'-phosphosulfate)
- avec un autre hydroxyle par une deuxième liaison ester dans les nucléotides cycliques

III.3.1. Nomenclature

Les noms des nucléotides obéissent à la règle suivante :

nucléoside n'[,n"] – nb phosphate : (n' numéro du carbone portant le phosphate)
nucléoside n'[:n"] – nb phosphate, cyclique pour les nucléotides cycliques
Les symboles ou abréviations classiques sont pour les nucléotides à une seule liaison ester :
- symbole nucléoside n' P[P]
- symbole nucléoside (une lettre) N P (N nombre de phosphate : M 1, D 2, T 3) pour le
symbole à 3 lettres qui suppose que la liaison ester est porté par le carbone 5'. Lorsque l'ose
est le désoxyribose, le symbole est précédé de d (exemple dAMP). Pour leur caractère acide,
dû au groupement phosphate, les nucléotides monophosphates ont aussi la dénomination
suivante :
-acide n' [désoxy] (radical de la base) idylique : (n' numéro du carbone portant le
phosphate) Par exemple :
22
- adénosine 3', 5'-biphosphate : l'adénosine porte 2 groupements phosphate, l'un sur la
carbone C3 et l'autre sur le C5.
- adénosine 3'-(mono)phosphate 5'-phosphosulfate (PAPS) : l'adénosine porte un
groupement phosphate en C3' et un groupement phosphate en C5' qui est lui-même lié à un
sulfate par une liaison anhydride d'acide.
- adénosine 5'-triphosphate (Ado5' PPP ou ATP) : le plus connu des nucléotides où
l'adénosine porte un groupement phosphate en C5', lié à un autre phosphate par une liaison
anhydride d'acide, lui-même lié à un autre phosphate par une liaison anhydride d'acide.
- adénosine 3':5'-(mono)phosphate, cyclique (Ado3':5' P ou AMPc) : 2 liaisons esters sur
les carbones C3' et C5' avec un seul groupement phosphate
- désoxyadénosine 5'-(mono)phosphate (dAdo5' P ou dAMP) : l'adénosine porte un
groupement phosphate en C5', (ou encore acide 5' désoxy adénylique)
- adénosine 5'-(mono)phosphate (Ado5' P ou AMP) : l'adénosine porte un groupement
phosphate en C5', (ou encore acide 5' adénylique)
- cytidine 5'-(mono)phosphate (Cyd5' P ou CMP) : la cytidine porte un groupement
phosphate en C5', (ou encore acide 5' cytidylique)
- uridine 5'-(mono)phosphate (Urd5' P ou UMP) : la cytidine porte un groupement
phosphate en C5', (ou encore acide 5' uridylique)

Les bases azotées sont conventionnellement désignées par une initiale et par une
couleur: l'adénine par A et la couleur verte, la guanine par G et la couleur jaune, etc... Chaque
base peut entrer dans la structure de deux nucléosides, selon que le sucre est un ribose ou un
désoxyribose. Chaque nucléoside peut être lié à un, deux ou trois phosphates. On les désigne
par des sigles conventionnels: GMP pour guanosine monophosphate, CDP pour cytidine
diphosphate, ATP pour adénosine triphosphate, etc... On désigne par nucléotides les
nucléosides monophosphates: AMP ou acide adénylique, dTMP ou acide désoxythymidilique,
etc... Les nucléosides polyphosphates sont des diphosphates: ADP ou GDP... ou encore des
triphosphates, les plus riches en énergie: ATP ou GTP; etc... Les acides nucléiques sont
formés par une polycondensation de nucléotides AMP, CMP, GMP et UMP pour les acides
ribonucléiques, dAMP, dCMP, dGMP et dTMP pour les acides désoxyribonucléiques.

23
 L’adénosine triphosphate est un nucléotide composé. Sa structure comporte une base
azotée, l’adénine, liée par une liaison N-osidique au β-D-ribose et trois phosphates (Figure
12). Les fonctions acides des acides phosphoriques distaux sont fortement ionisées au pH
physiologique. Les liaisons anhydrides unissant les acides phosphoriques sont des liaisons
riches en énergie (_G ≥ 31 kJ/Mol). L'ATP est un des substrats des ARN polymérases. Le
coenzyme ATP/ADP est un coenzyme transporteur d’énergie universel. Les enzymes utilisant
un nucléoside triphosphate comme substrat ou comme coenzyme, nécessitent en même temps
la présence du cation Magnésium comme cofacteur. Les autres nucléosides triphosphates sont
en fonction du sucre ou de la base qu'ils contiennent : l’ATP, le GTP, le CTP, l'UTP, le dATP,
le dGTP, le dCTP et le dTTP.

Figure 12. Structure de l’Adénosine Tri Phosphate (ATP)

Lorsqu'un acide nucléique est en solution les molécules forment des liaisons
hydrogènes associant les nucléotides deux par deux, de sorte qu'un nucléotide à adénine se lie
avec un nucléotide à thymine (ou à uracile dans un ARN) et un nucléotide à guanine avec un
nucléotide à cytosine. On désigne cette liaison sous le terme d'hybridation. L'hybridation
adénine-thymine est moins stable (2 liaisons hydrogène, -21 kJ) que celle entre guanine et
cytosine (3 liaisons hydrogène, -63 kJ) (Figure 13).

24
Figure 13. Hybridations des bases azotés (hybridation A-Test égale à -21kJ et C-G est égale à
-63kJ)
III.3.2. Les nucléotides d'intérêt biologique

Les nucléosides monophosphates.

La phosphorylation sur le carbone C5' est la plus courante. L'AMP est l'un des composés que
l'on trouve dans de nombreuses réactions du métabolisme. Les nucléosides 5'-phosphates sont
les éléments de bases de polymères tels que l'ADN et l'ARN que l'on trouve dans tous les
organismes vivants.

Les nucléosides diphosphates

Le PAPS (adénosine 3'-(mono)phosphate 5'-phosphosulfate) est impliqué dans des réactions
de sulfatation des glycannes et des lipides. L'ADP (et les autres nucléosidesPP classiques) est
un composé qui a de nombreuses différentes fonctions, citons parmi elles :
- molécule à haut potentiel énergétique (hydrolyse de la liaison anhydride d'acide)
- molécule intermédiaire dans la production d'ATP
- activateur d'enzyme allostérique comme la L-glutamate-déshydrogénase

Les nucléosides triphosphates

- L'une des molécules les plus "universelles" est l'ATP : ses deux liaisons anhydride d'acide
(enthalpie libre d'hydrolyse d'une liaison de l'ordre de 30kJ.mol-1) sont une source d'énergie
utilisable :
- par des réactions de catalyse enzymatique impossibles sans couplage
- pour le transport transmembranaire actif
- pour la contraction musculaire
- etc…
D'autres nucléosides 5' triphosphates jouent un rôle identique à celui de l'ATP mais à un degré
beaucoup plus minoritaire.
Les nucléosides 5' triphosphates sont aussi des donneurs de phosphates.
- Les nucléosides 5' triphosphates sont les précurseurs de base dans la biosynthèse des acides
nucléiques.

25
Des constituants de coenzymes
Citons :
- l'adénosine 3'-phosphate 5'-diphosphate est une partie de la molécule d'un coenzyme
d'acétylation, le coenzyme A.
- l'adénosine 5'-diphosphate fait partie de la structure de deux coenzymes d'oxydo-réduction :
le nicotinamide adénine dinucléotide (NAD) et le flavine adénine dinucléotide (FAD)
- le PAPS est impliqué dans des réactions de sulfatation des glycannes et des lipides

Les seconds messagers

Un second messager est une molécule qui assure le relais intracellulaire d'un signal
extracellulaire. L'AMPc fut identifié comme le second messager universel et dans quelques
cas, ce fût le GMPc. Il est produit sur la face intracellulaire de la membrane plasmique après
fixation externe d'une molécule signal.

III.4. Les polynucléotides

Les polynucléotides sont formés par la liaison de plusieurs nucléotides. Dans les
polynucléotides, le groupe phosphate attaché au carbone 5' d'un sucre est lié au groupe
hydroxyle 3' du carbone du sucre suivant (Figure 14). La liaison chimique par laquelle les
sucres des nucléotides adjacents sont liés par l'intermédiaire du groupe phosphate est appelée
liaison phosphodiester.

Figure 14. Formation d'un brin d'ADN par polymérisation des nucléotides. Un
désoxyribonucléotide triphosphate (dNTP) peut s'associer avec un dinucléotide possédant
l'extrémité 3' hydroxyle libre. La polymérisation implique une liaison ester entre le phosphate
α en 5' du dNTP et l'hydroxyle en 3' du brin receveur. Un pyrophosphate est également libéré.

Pour former un acide ribonucléique, les nucléotides (GMP, AMP, UMP, CMP), sont
unis les uns aux autres par des liaisons phosphodiester entre le carbone 3' d'un premier
nucléotide et le carbone 5' du nucléotide suivant. De sorte que ces liaisons définissent un sens
à la molécule: le début étant le nucléotide dont le phosphate en 5' ne serait lié à aucun autre
nucléotide et la fin correspond au nucléotide dont la fonction alcool en 3' n'est pas estérifiée
(Figure 15). Selon leurs fonctions, on distingue plusieurs espèces d'acides ribonucléiques:
ARNr = acide ribonucléique ribosomique, qui participe à la structure des ribosomes; ARNt =
acide ribonucléique de transfert, transporteur des acides aminés activés pour la traduction;
ARNm = acide ribonucléique messager, produit de la transcription d'un gène qui porte
l'information à traduire

26
Figure 15. Formation d’un acide ribonucléique par polymérisation des nucléotides

27
CHAPITRE IV. STRUCTURE DES ACIDES NUCLEIQUES

Les acides nucléiques sont des enchaînements de nucléosides 5'-phosphates dont l'assemblage
est réalisé par une liaison phosphodiester. Les deux types d'acides nucléiques sont :
- ADN (acide désoxyribonucléique) composé de :
- un ose qui est le 2'-désoxyribose
- la base est soit : adénine ou guanine (purine), soit cytosine ou thymine (pyrimidine).
- ARN (acide ribonucléique) composé de :
- un ose qui est le ribose
- la base est soit : adénine ou guanine (purine), soit cytosine ou uracile (pyrimidine)
Remarquons que l'ADN peut contenir des bases méthylées et que l'ARN contient de
nombreuses différentes bases modifiées. La différence entre les 2 oses a des conséquences
très importantes entre ces deux polymères : la présence de l'hydroxyle en 2' du ribose interdit
tout appariement pour former des duplex de chaînes.

IV.1. La structure primaire des acides nucléiques

IV.1.1. tailles et liaisons phosphodiesters des acides nucléiques

La taille des acides nucléiques est exprimée en trois unités selon l'usage :
- la longueur (m)
- la masse moléculaire en Dalton (Da)
- le nombre de nucléotides (ou bases), noté b, pour les molécules simple brin et le
nombre de paires de base, noté pb, pour les molécules double brin.
Pour les ARN, le nombre de nucléotides varie de plusieurs dizaines à plusieurs milliers :
- ARN ribosoamux : de 100 à 5000 b
- ARN de transfert : de 75 à 90 b
- ARN messagers : fonction du gène transcrit
Pour les ADN, le nombre de nucléotides varie de 5000 à plus de 100 millions de pb. Les
acides nucléiques sont des enchaînements de nucléosides 5'-phosphate dont l'assemblage est
réalisé par une liaison phosphodiester

La chaîne est vectorisée : elle est écrite de gauche à droite. Tout acide nucléique se trouve
ainsi orienté avec une extrémité 5' phosphate (5'-P) libre (appelée queue) et une autre
extrémité 3' hydroxyle (3'-OH) libre (appelée tête). C'est le sens dans lequel les séquences
d'acides nucléiques sont utilisées comme molécules informationnelles (transcription,
traduction). L'usage a consacré des représentations simplifiées d'un polymère à l'aide
d'abréviations ou sigles suivants :

28
L'asymétrie des extrémités des brins des acides nucléiques constitue la base chimique de sa
polarité.
Extrémité 5’ avec le
groupe phosphate
NH2
-O
N
N
-O P O H A Extrémité 5’
O N H
N
5’CH2 O P A
H H
H
3’ O

O H H
N
N
-O P O H G
P G
O N NH2
N
5’CH2 O

H H
H
3’
O
H
NH2
P C
-O P O H
N
O C

H N O
5’CH2 O

H H
HO
H
3’
OH H

Extrémité 3’ avec
l ’hydroxyle (-OH)
Extrémité 3’

29
 IV.1.2. La structure secondaire de l'ADN

La structure secondaire de l'ADN fait ressortir qu'il s'agit d'une molécule bicaténaire à
deux brins antiparallèles: la double hélice. La mise en évidence de cette structure est l'œuvre
de WATSON et CRICK (1953). Le modèle de la double hélice suggéré par James D. WATSON et
Francis CRICK s'appuyait sur des découvertes faites par d'autres chercheurs. On peut regrouper
celles-ci en deux catégories (chimie et physique)
Découvertes en chimie
1. On savait que le DNA était composé de bases azotées, de sucre et de groupements
phosphates.
2. Erwin CHARGAFF, en analysant les nucléotides libérés par hydrolyse chimique du
DNA extrait de divers organismes, a montré que les quatre bases n'étaient pas présentes en
concentrations égales, celles-ci variant selon les organismes. Par contre, dans tous les
organismes examinés, la quantité totale de purines était toujours égale à la quantité totale de
pyrimidines. Plus précisément, A = T et G = C. On peut donc écrire que A + G = C + T, d'où
A + G / C + T = 1. Cette relation est appelée règle de CHARGAFF. A l'opposé, A + T / G + C
≠ 1 dans la plupart des cas. Ce rapport, appelé rapport de bases (bases ratio) et
habituellement exprimé en pourcentage de GC varie largement en fonction des organismes.
Découvertes en physique
Les données de la physique concernent le spectre de diffraction aux rayons X des
fibres de DNA. Les premiers spectres de bonne qualité ont été obtenus par Rosalind
FRANKLIN sur du DNA fourni par M.H.E. WILKINS. Quand un faisceau de rayon X émis
rencontre un groupe d'atomes disposés régulièrement, sa trajectoire est déviée (ou diffractée),
créant ainsi un dessin typique dont l'image peut être captée sur un film radiographique. Les
profils obtenus indiquaient que le DNA est formé de deux chaînes enroulées l'une autour de
l'autre, formant ainsi une hélice.
Pour corréler les données chimiques et physiques, WATSON et CRICK ont proposé une
structure symétrique compatible avec les faits expérimentaux et qui possède les propriétés
qu'on attend du matériel génétique. Dans le modèle de WATSON et CRICK, les deux chaînes
polynucléotidiques ont des directions opposées: l'une étant orientée 5'→3' et l'autre, 3'→5'.
Elles sont dites antiparallèles. Dans les chaînes, les bases sont empilées, disposées face à
face et liées par des liaisons hydrogènes. A et T sont liées par deux liaisons hydrogènes tandis
qu'il existe 3 liaisons hydrogènes entre G et C.

E x tr é m ité 3 ’
H O
E x tr é m ité 5 ’

P
T A P

P
G C P

P
A T P

P
C G P

H O E x t r é m it é 5 ’

E x tr é m ité 3 ’

Figure 17. La double hélice de l'ADN déroulée pour montrer les squelettes des chaînes
désoxyribose-phosphate et les barreaux formés par l'appariement des paires de bases. Les
directions de ces chaînes sont opposées et leurs extrémités sont nommées 5' et 3' d'après
l'orientation des atomes de carbone 5' et 3' des noyaux de sucre. Chaque paire de bases

30
comporte une base purique, adénine (A) ou guanine (G), et une base pyrimidique, thymine,
(T) ou cytosine (C), unies par des liens hydrogènes (pointillés).

Pyrimidine + pyrimidine: ADN trop étroit

Purine + purine: ADN trop large

Purine + pyrimidine: largeur compatible avec

les données des rayons X

Figure 18. L'appariement des purines avec les pyrimidines rend compte du diamètre exact de
la double hélice déterminé par diffraction des rayons X.

Les bases de l'ADN s'empilent les unes sur les autres pour former la structure en torsade
de la double hélice. Cet empilement des bases au sein de la double hélice fait que les deux
brins ménagent deux sillons hélicoïdaux de largeurs différentes. Ils sont appelés grand et petit
sillon (Figure 19). Une double hélice est formée de deux chaînes antiparallèles d'ADN qui
s'enroulent soit à droite (sens du tire-bouchon ou sens des aiguilles d'une montre) soit à
gauche. Cette double hélice est caractérisée par: son axe principal, le sens d'enroulement, le
pas. Du fait de la position de l'axe au centre de chaque paire de base complémentaire et de
leur attachement dissymétrique sur le squelette ose-phosphate, deux sillons d'ouverture et de
profondeurs différentes vont alterner sur les flancs de la double hélice.
La stabilité de la structure secondaire de ces différentes double hélices d'ADN est
essentiellement due aux :
- liaisons hydrogène entre les bases complémentaires de chacun des brins
- interactions hydrophobes et électrostatiques des bases successives empilées dans la structure
de l'hélice, dont la distance des plans varie de 0,26 à 0,37 nm.

31
 G rand
s illo n

P e t it
s illo n

Figure 19. Modèle tridimensionnel de la double hélice de l'ADN.

Cette stabilité n'entraîne pas une rigidité de la molécule d'ADN et celle-ci peut adopter des
conformations différentes selon les régions. Plusieurs conformations correspondant à des sens
d'enroulement différents ou des pas différents ont été trouvées, les principales étant :

Conformation B
C'est celle du modèle décrit par Watson et Crick et que l'on trouve comme la forme principale
native dans les conditions physiologiques (Figure 20). C’est à dire la conformation la plus
stable dans les conditions physiologiques. C'est une hélice droite de pas égal à 3,4 nm (10 pb
par tour).
- L'inclinaison des bases par rapport à leur axe de rotation perpendiculaire à l'axe principal de
l'hélice est de 1°.
- La distance entre deux plans de bases successifs est de 0,34 nm.

Figure 20: Conformation B de la structure secondaire de l’ADN

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Conformation A
Lorsque la teneur en eau d'une solution contenant une molécule d'ADN est diminuée, par
exemple lors de la cristallisation, la molécule change de conformation et adopte une
conformation notée A (Figure 21). Ce changement est réversible. La conformation A a les
spécificités suivantes :
- hélice droite (idem conformation B) - hélice plus compacte - pas de 2,8 nm (11 pb par tour) -
distance entre les plans de bases successives de 0,26 nm - les plans des bases sont tournés de
180° par rapport à la conformation B - l'inclinaison des bases par rapport à leur axe de
rotation perpendiculaire à l'axe principal de l'hélice est de 20°. Cette conformation est trouvée
in vivo dans : - l'ADN de certaines spores bactériennes, formées en réponse à la dessication
du milieu - les hybrides ADN-ARN qui se forment transitoirement à l'amorce de la
réplication, et pendant la transcription.

Figure 21: Conformation A de la structure secondaire de l’ADN

Conformation Z
Cette conformation est présente dans des régions courtes de l'ADN dans une conformation
générale de type B (native). Ces régions spécifiques sont en général des segments de séquence
alternée Pur/Pyr (G-C-G-C). La conformation Z a les spécificités suivantes : - hélice gauche -
pas de 4,5 nm (12 pb par tour) : la molécule est plus étirée dans cette conformation - distance
entre les plans de bases successives de 0,37 nm - l'inclinaison des bases par rapport à leur axe
de rotation perpendiculaire à l'axe principal de l'hélice est de 9°. Cette conformation est
trouvée in vivo pour des segments de la molécule d'ADN, avec des enchaînements alternés
Pur/Pyr dont les bases sont souvent méthylées. Celle-ci aurait un rôle dans l'expression des
gènes.

Figure 22: Conformation Z de la structure secondaire de l’ADN

33
Ces différentes conformations décrivent la structure secondaire des molécules d'ADN double
brin. Ces conformations sont très stables, mais possèdent une flexibilité assez grande qui peut
définir des structures tertiaires (structure dans l'espace d'une double hélice) différentes :

IV.1.3. La structure tertiaire de l'ADN

La structure tertiaire ou tridimensionnelle est le repliement dans l'espace d'une chaîne

polypeptidique. Ce repliement donne sa fonctionnalité à la protéine, notamment par la
formation du site actif des enzymes.
La structure tertiaire correspond au degré d'organisation supérieur aux hélices α ou aux
feuillets β. Ces protéines possèdent des structures secondaires associées le long de la chaîne
polypeptidique. Le reploiement et la stabilisation de protéines à structure tertiaire dépend de
plusieurs types de liaisons faibles qui stabilisent l'édifice moléculaire.
La structure tertiaire fait intervenir des interactions hydrophobes, des liaisons ioniques, des
liaisons de Van der Walls et parfois des liaisons covalentes (comme le pont disulfure) dans le
cas d'une protéine de voie de sécrétion.

Dans la structure tertiaire de l’ADN ou tridimensionnelle, le nucléofilament s’enroule sur des

protéines ou histones pour former une fibre en collier de perle (Figure 29). L’association
ADN-Histones est appelé nucléosome.

Figure 23: Structure tertiaire de l’ADN

34
Les molécules d'ADN des organismes vivants sont toutes des molécules double brin à de rares
exceptions près, comme par exemple l'ADN du phage φX174. Taille de génome en nombre de
bases

En fonction des organismes, il existe différents types et états de l’ADN :

ADN des eucaryotes

L’ADN eucaryote est :
• sous forme de plusieurs molécules (correspondant aux chromosomes à l’état
condensé) inclues dans la chromatine (à l’état décondensé) ;
• double brin, bicaténaire ;
• Séquences répétées nombreuses (40 à 70%), non codantes ;
• Associé à des protéines : les histones pour former un complexe nucléoprotéique.

ADN mitochondrial
Les mitochondries des cellules eucaryotes contiennent :
• bicaténaire et circulaire ;
• de l’ADN de composition nucléotidique différente de celle du noyau ;
• de l’ADN avec un faible taux de G-C.

ADN bactérien
Il correspond à l’ADN des procaryotes. Les caractéristiques de l’ADN bactérien sont les
suivantes :
• Non contenu dans un noyau pourvu d’une enveloppe nucléaire.
• Circulaire
• •Bicaténaire
• •Structure très condensée
• Exemple : E. coli : ADN = 4.106 pb ; 3.109 Da ; 1,36 mm dans une bactérie d’environ
5 µm de long
• Structure en superhélice avec des torsades négatives.

ADN des plasmides

Les plasmides sont des éléments génétiques extra-chromosomiques présents chez de
nombreuses bactéries, porteurs de gènes et capables d’autoreproduction. La molécule d’ADN
est bicaténaire, circulaire et de taille variable.

ADN viral

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Les virus ne comportent pas tous de l’ADN (certains virus portent de l’ARN). La structure la
plus courante de l’ADN des virus à ADN : bicaténaire et circulaire. Mais il existe aussi des
virus à :
•ADN monocaténaire circulaire (phage X174 de E. coli) ;
•ADN linéaire (phage T7) ;
•ADN circulaire ou linéaire selon le stade de son développement (phage λ) car possède des
extrémités monocaténaires complémentaires permettant la cyclisation.

IV.2. L'acide ribonucléique (ARN)

IV.2.1. Structure primaire de l’ARN

Le premier nucléotide de la chaîne porte, par une liaison ester sur le carbone 5' de son
ribose un phosphate dont les deux autres fonctions acides ne sont pas estérifiées. C'est
l'extrémité 5'-phosphate terminale de l'acide nucléique, qu'on désigne par convention comme
le début de la séquence ou du fragment d'acide nucléique. Le dernier nucléotide de la chaîne
porte une fonction alcool sur le carbone 3' de son ribose. Cette fonction alcool n'est pas pas
estérifiée. C'est l'extrémité 3'-OH terminale de l'acide nucléique, qu'on désigne par convention
comme la fin de la séquence ou du fragment d'acide nucléique.

Figure 24: Structure primaire de l’ARN

L'ARN à deux brins appariés est l'exception de quelques rares virus. Les différents
types d'ARN sont des molécules formées d'un seul brin et quelquefois des molécules faisant
partie d'hybrides ARN-ADN. Les principaux types de molécules d'ARN présentes dans les
cellules d'organismes vivants sont : - les ARN génomiques : virus (poliovirus, virus de la
grippe, etc..), rétrovirus (oncogènes, sida, herpès, etc..) - les ARN ribosomiques (ARNr) [80%
ARN totaux] : les ribosomes sont des complexes nucléo-protéique contenant 3 types d'ARNr,
qui sont le siège de la biosynthèse des protéines (traduction) - les ARN de transfert (ARNt)
[15% ARN totaux] : interviennent dans l'élongation de la chaîne polypeptidique, lors de la
traduction - les ARN messagers (ARNm) [5% ARN totaux] : support de l'information
transcrite à partir de l'ADN, qui interviennent dans la traduction - les ARN hétérogènes
nucléaires (ARNhn) [< 2% ARN totaux] : sont les précurseurs des ARNm - et les petits ARN

36
stables [< 2% ARN totaux], soit cytosoliques (ARNsc), soit nucléaires (ARNsn) qui existent
sous forme de ribonucléoprotéines appelées snRNP (small nuclear ribonucleoproteins).
L'usage a consacré de caractériser les ARNr, ARNt par leurs propriétés de sédimentation qui
sont liées à leur masse volumique, y compris l'eau d'hydratation, et on parle par exemple
d'ARN 23S où est le Svedberg (1 S = 10-13 seconde).

* : procaryotes - ** : eucaryotes

IV.2.2. Structure secondaire de l’ARN

Sous l'action des forces d'empilement (interaction de Van der Waals) entre bases successives,
le squelette d'une molécule d'ARN tend à former spontanément une hélice simple droite
irrégulière. Les conformations stabilisantes sont des régions en double hélice que l'on trouve,
en dehors de deux brins d'ARN ou hydrides ARN-ADN, dans des régions où deux segments
distants du même brin d'ARN présentent une complémentarité suffisante pour un nombre
d'appariements supérieur ou égal à 3 (appariement A/U par deux liaisons hydrogène et G/C
par trois liaisons hydrogène). Ce type de conformation implique des structures secondaires de
type épingle à cheveux.

Ces différents motifs de structure secondaire ont été trouvés dans les ARN ribosomiques et les
ARN de transfert :
- les tiges sont des hélices dont la conformation est proche de celle de la conformation A de
l'ADN : les hydroxyles en 2' des riboses s'opposant à un enroulement de type B.
- les boucles : celles participant à un motif d'épingle à cheveux stabilisent cette structure, en
particulier les tétraboucles de séquence UNCG (N représentant l'une des quatre bases)

L’ARN diffère de l’ADN par plusieurs caractères (Figure 25):

1) il est plus court (70 à 10 000 nucléotides).
2) le squelette de pentoses et de phosphates contient du ribose à la place du désoxyribose.
3) parmi les bases azotées l'uracile (U) remplace la thymine (T).
4) Les ARN sont simple brin mais certaines régions sont appariées sur une courte distance par
leurs bases complémentaires selon un ajustement au hasard (épingles à cheveux).

37
 A

Figure 25. Structure secondaire de l’ARN

38