REGULATION DE L’enzymatique

La régulation de l'activité enzymatique

à deux niveaux :

1) long terme : régulation de la quantité d’enzyme par

synthèse ou dégradation (ou les deux)

2) court terme : modification des activités enzymatiques

elles-mêmes :Contrôle de l'activité d'une enzyme se fait par
des mécanismes principaux qui se résument en deux
catégories :
a) mécanisme impliquant un changement dans la structure
covalente d’une enzyme

b) mécanisme modifiant la conformation de l’enzyme par la

liaison réversible de molécules régulatrices
Les mécanismes secondaires sont
a) l’inhibition par des macromolécules spécifiques
Exemple : inhibition des protéases ; les macromolécules inhibitrices
sont des sous unités régulatrices.
b) la disponibilité de substrat ou cofacteur de l’enzyme
la concentration intracellulaire [substrats]< KM
exemple :
la [D-G3P] intracellulaire ~ 3 μM
KM (GAPDH) ~ 70 μM la vitesse de la réaction dépend
de [D-G3P]

Remarque: Il faut prendre en considération que [S] peut varier de

façon considérable d’une organelle à l'autre dans la cellule (
Par ce que leurs membrane possèdent des perméabilités différentes
= distribution du métabolite peut être inégale d’une organelle à
l’autre )
c) l’inhibition par l’accumulation du produit de la réaction

Inhibition
feed-back
d) les réactions catalysées non-enzymatiquement
Dont la vitesse peut être limitante

Exemple
- phosphofructokinase utilise exclusivement du β-anomère de F6P
- fructose-bisphosphatase agit exclusivement sur les α-anomères de
fructose bisphosphate (FBP)
la vitesse l’anomérisation (non-enzymatique) de β-FBP ⇌ α-FBP peut
être limitante pendant la gluconéogenèse (→réaction lente);
 Contrôle de l’activité par modification covalente
Il y a deux cas : modifications réversibles et irréversibles

Modifications irréversibles
a) L’amplification du signal pendant l'activation coordonnée des protéases
pancréatiques : une petite quantité d’entéropeptidase produit rapidement une
quantité plus importante de trypsine et qui à son tour produit une quantité
encore plus importante de protéases

b) Un autre exemple est la coagulation du sang : à la fin des processus d’activation, les
protéases sanguines sont dégradées à leur tour
Modification réversible
Il s’agit d’une inter-conversion entre deux formes
possédant des propriétés catalytiques différentes.

L’exemple classique est celui du glycogène phosphorylase

qui catalyse

(Glycogène)n + Pi ⇌ (glycogène)n-1 + α-D-glucose-1-P

Il existe deux formes de cet enzyme :

a) la phosphorylase a qui est active en l’absence de l’AMP
b) la phosphorylase b qui exige AMP (ou d'autres ligands)
pour l’expression de son activité et
 Différence de structure covalente entre les deux formes a
et b
- Phosphorylase a : la chaîne latérale de la Ser-14 phosphorylée
- l’ arrangement des 19 premiers résidus du N-terminus permet l’ interaction
entre la Ser-PO4 avec la chaîne latérale de l’Arg-69

Amplification
du signal

Consommation
ATP

La majorité des modifications covalentes et réversibles d’enzymes utilisent le cycle

phosphorylation-dephosphorylation. Un résidu Ser est phosphorylé dans la majorité
des cas, cependant il y a aussi de la phosphorylation à d’autres résidus : Thr et Tyr
Autres modifications covalentes :

méthylation, acétylation, tyrosinylation et sulfatation

Contrôle de l'activité par des changements conformationnels induits
par des ligands

Exemple : Chez les microorganismes, E. coli

Inhibition mixte
la thréonine déshydratase ; la première enzyme dans la voie de la
biosynthèse de l’isoleucine est fortement inhibée par l’isoleucine alors
que l’isoleucine possède seulement une ressemblance moléculaire très
limitée avec le substrat (la thréonine ) ou le produit de la réaction.

Inhibition par des voies biosynthétiques :

Exemple : la carbamoyl-P synthase et l’aspartate carbamoyl transférase,
des enzymes :
❑- qui catalysent les premières étapes de la voie biosynthétique des
pyrimidines chez E. coli.
❑-sont inhibées par le produit final de cette voie, soit le CTP.
❑L’inhibition de la carbamoyl-P synthase, utilisée également dans la voie de biosynthèse
d’arginine, peut-être contrecarrée lors de l’accumulation d’ornithine, un intermédiaire de
cette voie, afin de restaurer la synthèse d’arginine uniquement.
❑D’autres nucléotides par contre peuvent activer l’aspartate carbamoyl transférase (ATP)
Régulation ACTase

La réaction de l‘Aspartate CarbamoylTransférase et son rôle dans la régulation de la

biosynthèse de la pyrimidine.
Le produit final CTP inhibe son activité
l'ATP active l'enzyme ).
Carbamoyl phosphate synthetase est également inhibée par les produits finaux de la
voie tels que l'UMP.
la régulation allostérique

permet la modulation de l'activité de certaines enzymes

selon un mécanisme efficace caractérisé par :
❖les effets allostériques sont les interactions indirectes
entre sites de fixation distincts

❖la transition allostérique : les intéractions sont traduits

par le passage d'une conformation à une autre de la
structure de la macromolécule

❖ces effets se traduisent par la fixation coopérative (voire

anti-coopérative) de l'un et/ou l'autre des ligands
(substrats, effecteurs) de l'enzyme.
Enzymes allostériques (régulation allostérique ne suit pas
la loi (la cinétique ) de Mikaelis Menen

Koshland et al.

Monod, Wyman
and Changeux
Les effecteurs allostériques
sont des molécules dont la fixation sur l’enzyme diminue
l'activité de l'enzyme (inhibiteurs) ou l'augmente
(activateurs).
❑ Les produits finaux de la voie métabolique dans laquelle
ces enzymes sont impliquées : régulation par inhibition
➢ Exemple : la glutamine synthétase.

❑l'AMP, l'ADP, l'ATP, le NAD et le NADH : le niveau

énergétique de la cellule constitue un signal qui permet de
réguler le niveau énergétique de la cellule (la formation
d'ATP via l'ATP synthase).
➢ Exemple : la pyruvate kinase
Deux types d'effets allostériques :

effets homotropes : les interactions entre ligands identiques (ex.

substrat)

effets hétérotropes : les interactions entre ligands différents. Ces

effets traduisent une plus grande aptitude (ou au contraire moins
grande) de la macromolécule à subir la transition allostérique (le
passage d'une conformation à une autre)
 les hypothèses du modèle MWC

1) un oligomère contient un nombre fini (petit) de sous-unités

identiques appelées protomère (un monomère désigne une sous-
unité complètement dissociée des autres) ;

2) tous les protomères occupent une position spatiale équivalente : il

existe au moins un axe de SYMMÉTRIE dans la protéine ;

3) à chaque molécule de ligand (capable de former un complexe

stéréospécifique avec la protéine) ne correspond qu'un site de fixation
par protomère. Celà signifie que la symmétrie spatiale de la
macromolécule est la même que la symmétrie de distribution d'un
type de site ;

4) la conformation d'un protomère est contrainte par celle des autres

protomères auxquels il est associé ;
5) un protomère peut adopter, de manière réversible,
deux états conformationnels (au moins) : ils se distinguent
par la distribution et/ou le niveau d'énergie des liaisons
inter-protomères et, par conséquent, par les contraintes
que s'imposent (donc subissent) les protomères ;

6) La symmétrie spatiale de la protéine (donc de la

distribution des protomères) est conservée quel que soit
la conformation ;

7) il en résulte que l'affinité d'un ou plusieurs sites de

fixation (spécifique d'un ligand donné) est modifiée quand
un protomère change de conformation.
Aspartate-
carbamoyltransferase
(ATCase) existe dans
deux conformations
différentes :
R relachée (A)
T tendue (B)
Regulation conformationelle allostérique L’enzyme est formée de 2 trimères qui
ACTase chez E.coli sont le support de l’activité catalytique et
de trois dimères qui sont les sous-unités
régulatrices.
six catalytic polypeptide
chains (blue) :6SITES
six regulatory chains (tan): 6
SITES Les sous-unités
SU catalytique contient régulatrices ont
3 chaînes catalytiques, tourné et ont poussé
Approximate les sous-unités
SU e régulation a 2
location of the Regulatory catalytiques à l'écart.
chaînes
catalytic site sites

(a) Top view

(b) Side view of (c) Side view of

less-active form (T) more-active form (R)
Les courbes 1, 2 et 3 sont des sigmoïdes
l’aspartate (le substrat) joue un rôle d’effecteur coopératif positif sur
l’activité de l’enzyme : à faible concentration en substrat, la vitesse n’est
pas élevée ; plus on élève la concentration, plus la vitesse prend l’allure
d’une courbe de Michaelis.
(2)Le CTP est un effecteur négatif sur l’ATCase : inhibition de l’activité.
(3)L ’ATP est un effecteur positif.
La courbe 4 est hyperbolique : Quand l’ATCase est désensibilisée (par
un agent chimique), il n’y a plus de régulation : les propriétés
allostériques sont perdues.