Subventions ASPIRE CARN 2022

Nom: OTSAGHE EKORE

Prénom: Désiré
Email: otsaghe16@gmail.com
Téléphone: (+241) 62018530/74868915
Adresse: Campus CIRMF
Date de Naissance: 12 Février 1990
Genre: Masculin
Nationalité: Gabonaise
Affiliation: Centre Interdisciplinaire de Recherche Médicale de Franceville (CIRMF)
Titre du Projet: Caractérisation de la diversité de la flore microbienne des mammifères.
Résumé du Projet: La surveillance épidémiologique de certains pathogènes reste très utile et ce
concentre essentiellement sur les pathogènes d’intérêt de santé publique. Cependant, il parait aussi
important de décrire la diversité de population bactérienne des mammifères impliqués dans le
maintien des écosystèmes. C’est dans ce contexte que nous proposons de caractériser la population
bactérienne des mammifères particulièrement ceux pouvant avoir un impact dans l’environnement.
Financement demandé: 5000 Dollars

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Curriculum Vitae (CV)
OTSAGHE EKORE Désiré
Nationalité : Gabonaise
Date de naissance: 12/02/1990
Tel : (00241) 062018530/074868915
E-mail : otsaghe16@gmail.com
Situation Matrimonial : Célibataire
2022-2023 : Post-Doc au Centre Interdisciplinaire de Recherche Médicale de Franceville
2017-2022: Doctorat en Infectiologie Tropical spécialité: Microbiologie
Ecole Doctorale Régionale de Franceville (EDR)
2015-2016: Master 2 en Biochimie option Microbiologie
Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Gabon
2014-2015: Master 1 en Biochimie
Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Gabon
2013-2014: Licence 3 en Biochimie
Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Gabon
2012-2013: Diplôme Universitaire d’Etudes Scientifiques en Biochimie (DUES)
Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Gabon
2011-2012: Licence 1 Chimie Biologie Géologie (CBG)
Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Gabon
2009: Baccalauréat série D
Lycée Djoué Dabany (LDD), Gabon
Formation-Atelier
Formation en Gestion des Biorisques (Sandia National Laboratories)
Certificat MOOC tuberculosis (Institut Pasteur) ;
Certicat MOOC gène sans gêne (Université de Lorraine) ;
Atelier de Gestion sur la résistance et la Gestion des antibiotiques (CERMEL);
Financer sa Recherche (Centre International de Recherche Médicale de Franceville)
Formation IFBA
Concept et Méthode en Epidémiologie (CNAM)
Analyse des données multidimensionnelles (AGROCAMPUS OUEST)
Formation-Atelier
Study of the husbandry pratices and antibiotic used on livestock and their impact in
resistance Enterococcus faecium and Enterococcus hirae on farms in Gabon (accepté);
Antibiotic resistance in enterococci in Gabonese Livestock (accepté);
Description of Livestock pratices, antibiotics used and livestock management in Gabon
(A Soumettre);
Enterococci in Africa: antibiotic resistance and virulence (En finalisation);
Encadrement Etudiant M1 et M2 sur la caractérisation de la résistance en Faune Sauvage;
Projet en cours
-Recherche de la diversité de la résistance dans les zones anthropisées et semi-antropisé dans
chez les primates dans les parcs au Gabon;
- Ecologie de la diversité de la résistance aux antibiotiques chez les Gram positif et Negatif
isolées des Rongeurs au Gabon ;

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- Caractérisation de la résistance aux antibiotiques dans les milieux anthropisées (Grottes et
Forêts) et semi-anthropisés (villes et hôpitaux) chez les bactéries à Gram positif et Négatif.

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 Caractérisation de la diversité de la flore bactérienne des mammifères au
Gabon

Contexte et Justificatif du Projet

Au-delà des dangers que représentent les aspects liés aux activités humaines telles que la
chasse et la déforestation dans la conservation des écosystèmes. Bien que, plusieurs efforts des
gouvernements et des organisations des défenses de l’environnement ont eu un impact positif dans
la gestion des aires protégés en particulier dans les pays du Sud. Cependant, une autre
préoccupation aussi importante est l’échange des pathogènes entre l’homme et les animaux ou vis-
versa. Dans ce domaine, la surveillance épidémiologique de certains pathogènes reste très utile
mais ce concentre essentiellement sur les pathogènes d’intérêt en santé publique à l’heure actuelle.
Or, l’impact de l’activité humaine pourrait jouer un rôle dans la modification du microbiote des
animaux à travers l’acquisition de possible pathogènes. Ce type de pathogènes pourraient
présentés un risque biologique pour les animaux vivant dans les environnements semi-anthropisés.
Ainsi, les facteurs tels que : la cohabitation entre les animaux et les hommes ou encore la
contamination des eaux pourrait entrainer une augmentation de ce type d’échanges chez les hôtes
présent dans ses environnements (Sousa et al., 2014). Dès lors, la présence de ces pathogènes
zoonotiques dans ses écosystèmes pourrait modifier les communautés microbiennes naturelles, qui
jouent un rôle clé dans les processus de maintien de ces écosystèmes tel que : la fixation du CO2,
le cycle du phosphate et de l’Azote entre autre par exemple (Grenni et al., 2018). Leur présence
témoignerait aussi de l’impact de l’activité humaine dans la contamination de l’environnement
(Plaza-Rodriguez et al., 2021).
A ce jour, les études portant sur la caractérisation de certains pathogènes d’origine
bactérienne dans les aires protégées ont permis de mettre en évidence la présence de potentielle
échange entre les hommes et les animaux dans plusieurs parcs nationaux en lien avec des possibles
échanges avec les hommes ou l’environnement (Mbehang et al., 2021). Ce type d’échange est
généralement le résultat de la proximité entre les populations humaines et les mammifères. D’où
l’intérêt de caractériser la diversité de la flore bactérienne des mammifères principalement ceux
en interaction avec les hommes.
Au Gabon, les études similaires réalisés dans les parcs de la Lekedi et Moukalaba Doudou ont mis
en évidence la présence de bactéries résistantes liées à ceux décrit en médecine humaine (Mbehang
et al., 2020; Mbehang et al., 2021). Ces résultats traduiraient ainsi le rôle joué par la contamination
de l’environnement dans la modification des écosystèmes naturels composés des mammifères au
sein de ces parcs. Cependant, aucune étude n’a été réalisée sur cette diversité bactérienne chez les
mammifères important dans la préservation des écosystèmes et le risque associé aux pathogènes
liés à l’homme. Parmi les parcs nationaux que compose la forêt du bassin du Congo, la Lopé (34
859 km2) représente un excellent modèle avec la présence des sites forestiers, la présence des
villages périphérique et de l’activité touristiques pouvant avoir un impact dans l’écosystème (Forêt
du bassin du Congo, 2005). A l’heure actuelle aucune étude n’a été réalisée sur l’impact des

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facteurs environnementaux dans la modification de l’écosystème. C’est dans ce contexte que nous
proposons caractériser la diversité de la flore bactérienne des mammifères au Gabon.

Objectif Principale :
Décrire la flore microbienne chez les mammifères au sein du parc de la Lopé.
Objectifs spécifiques :
1- Collecte des crottes de mammifères en périphérie et à l’intérieur du village présent au
sein du parc de la Lopé;
2- Caractériser la flore bactérienne des mammifères à partir des échantillons de crottes
mammifères;
3- Comparer à l’aide des analyses phylogénies la flore microbienne des animaux avec ceux
présent en médecine humaine;

Matériel et Méthode

1- Site de l’étude et Echantillonnage

Le prélèvement des échantillons de mammifères sera réalisé par un ramassage de crotte
(principalement ceux à proximité du village) durant deux périodes de 10 jours chacune à l’aide
d’une équipe constitué d’un pisteur, d’un vétérinaire et d’un chercheur. Les échantillons seront
conservés à -20°C pour les analyses futures.

Figure 1: Carte physique et végétation du Parc National de la Lopé (Ndong et al., 2019)

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 2- Caractérisation de la flore bactérienne
L’ARN16S sera utilisé les principaux outils pour l’identification moléculaire des différents taxa
crottes pour la caractérisation de la composition des pathogènes présents dans les échantillons
récoltés.
3- Test de susceptibilité aux antibiotiques
Recherche de la susceptibilité aux antibiotiques par disque diffusion principalement pour les
bactéries d’intérêt en médecine humaine et vétérinaire. Les antibiotiques seront choisis en relation
avec ceux utilisés en médecine humaine et vétérinaire.
4- Séquençage et Analyses phylogénétiques
Le séquençage sera réalisé à partir des pathogènes décrit en relation avec ceux décrite en
medicine humaine.

Résultats attendus
1- Diversité d’échantillon provenant des mammifères en raison la haute diversité d’animaux
au sein du parc ;
2- Très grande diversité bactérienne en raison de l’abondance de bactérie dans le microbiote
des mamifères;
3- Faible résistance aux antibiotiques en comparaison avec la médecine humaine et
vétérinaire en raison de l’absence de pression de sélection chez les animaux de la faune
sauvage.
Valorisation des résultats
La valorisation des résultats sera réalisée par l’association save Gabon primates auprès des
populations sur la préservation des écosystèmes dans le rôle de la protection des animaux présent
dans le parc de la Lopé. Dans le cadre scientifique, la valorisation des résultats sera réalisée par
la publication d’article scientifique, l’encadrement d’étudiant et la participation aux programmes
ou ateliers portant sur la thématique abordée dans ce projet.
Calendrier d’exécution du projet
Début du projet :
1 ere Année (2023)
1-3eme mois: Récolte des échantillons
4-6eme mois: Analyse des échantillons (Caractérisation et Analyse phylogénétique au sein d’un
Laboratoire du Nord);

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7-9 eme mois: Analyses des résultats ;
10-12 eme mois: Valorisation des résultats (articles, posters, ateliers) ;

2 eme Année (2024)

1-3eme mois: Clôture du projet ;

Travaux de laboratoire :
Le CIRMF grâce à son Unité de Recherche et d’Analyse Médicale (URAM) s’occupera de
l’isolement, d’identification et de caractérisation des phénotypes de résistance des bactéries multi
résistance dans le cadre de l’exécution du Projet
Un laboratoire d’analyse partenaire du Nord prendra en charge les études portant sur la
caractérisation de la diversité bactérienne présent chez les mammifère. Cela implique les analyses
PCR, séquençage des échantillons d’ADN (préparés au CIRMF) ainsi que la caractérisation
moléculaire des resistances obtenu lors des tests phénotypiques.

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BUDGET DÉTAILLÉ
Déplacement : 3000 dollars
Indemnités journalières: 500 dollars (durant 1 Semaine x 2)
Equipement et services (terrain et laboratoire) :1250 dollars
Frais administratifs : 250 Dollars
JUSTIFICATION BUDGÉTAIRE
Le déplacement sera effectué dans le cadre d’une mission de recherche auprès d’un laboratoire
partenaire du Nord afin de réalisé toute les analyses portant sur la caractérisation des pathogènes.
Le montant solliciter sera utilisé pour les frais de logement, de transports, de repas et des besoins
associées à cette mobilité. Les frais de paillasse seront pris en charge par le laboratoire d’accueil
afin de permettre une implication dans le projet. La prise en charge de la valorisation (frais de
publication et accueil des étudiants) scientifique du projet se fera par le CIRMF.
Les indemnités journalières prennent en compte le logement et les besoins associées à chaque
personne impliqués dans la récolte des échantillons. La prise en charge des personnes à mobiliser
sur le terrain rentre également dans cette ligne budgétaire. Le CIRMF prendra en charge la
fourniture du véhicule (avec le carburant) et du chauffeur comme partenaire pour la prise en charge
de la partie technique de ce projet.
Equipement et services (terrain et laboratoire) seront composés des différents matériaux pour
les récoltes (tube ependorf, gants,….etc) des échantillons sur le terrain. Le matériel de laboratoire
seront composé de besoin liées aux analyses portant sur la caractérisation des bactéries (milieu de
culture, test biochimiques….etc) et de leur résistance aux antibiotiques (milieu muller-hinton,
inoclic, antibiotiques….etc).
Frais administratifs sont considérés à environ 5% du montant global permettant de couvrir la
gestion administratif du projet.

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LETTRES DE RÉFÉRENCE

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 CENTRE INTERNATIONAL
DE RECHERCHES MÉDICALES DE FRANCEVILLE
GABON

Dr NGOUBANGOYE Barthelemy Franceville, le 15 juin 2022

Chercheur- CR CAMES
Chef de service Centre de Primatologie du CIRMF
BP 769 Franceville E-mail : genistha@hotmail.com
Tel : (00241) 062521239

À qui de droit

Objet : Recommandation d’un jeune chercheur pour la Subventions ASPIRE CARN 2022

Madame, Monsieur,

En ma qualité de chef du département de primatologie du Centre Interdisciplinaire de

Recherche Médicale de Franceville (CIRMF) au Gabon et chercheur en Écologie parasitaire, je
viens vous recommander la candidature du Docteur OTSAGHE EKORE pour la Subventions
ASPIRE CARN 2022.
Le Docteur OTSAGHE EKORE Désiré est actuellement en post doctorat dans le département
dont j’ai la charge. Impliqué et motivé, il travaille sur un projet de caractérisation de résistance
antimicrobienne (RAM) en faune sauvage et les potentielles incidences sur la santé humaine à
travers l’approche une seule santé ou One Health. Afin d’élargir le déploiement de ce projet
d’intérêt en santé publique pour (i) mieux documenter le rôle de l’environnement et de l’homme
dans les processus d’émergence et de propagation de la RAM, (ii) contribuer à garantir par
ricochet l’efficacité des molécules utilisés en médecine et (iii) contribuer à protéger les
nouvelles molécules d’antibiotique de l’émergence de la RAM, je me permets de vous
recommander le Docteur OTSAGHE EKORE Désiré pour la Subvention ASPIRE CARN
2022 que vous proposez.

Aussi, je puis vous assurer sur l’honneur qu’une réponse positive de votre part lèvera la seule
limite de ce projet.
Vous remerciant par avance
Dr Barthelemy Ngoubangoye

SIÈGE: CIRMF - BP 769 - FRANCEVILLE GABON - Tél : +241 01 67 70 92 / 96

BUREAU DE LIBREVILLE: CIRMF "LES FRANGIPANIERS" BP 8507 - Tél : +241 01 77 46 27