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GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE HUMAINE

LE MICROBIOME HUMAIN ET LA SANTÉ

NIKOLAS-SAMUEL BARON BERNIER

Avril 2010
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INTRODUCTION

Le projet de séquençage du Génome humain a fait couler beaucoup

d’encre, mais qu’en est-il d’un projet de décryptage génomique de toute aussi grande
envergure, celui du Microbiote humain? Souvent nommé « Seconde réserve de gènes »
de l’Homme, les milliers d’espèces de bactéries qui habitent sur ou dans notre corps
forment des écosystèmes essentiels et complexes. Nous commençons à peine à percer les
mystères de cet utile mais étrange univers, celui des commensaux de notre espèce avec
lesquels nous avons co-évolué. Sans eux, nous ne pourrions digérer tout ce que nous
mangeons actuellement, et nous serions démunis devant davantage d’envahisseurs.

Les puissants outils de la Génomique permettent de faire un grand pas vers la

connaissance de la diversité et des fonctions de ce microbiote. En identifiant les
différentes espèces grâce aux données génétiques, on découvre peu à peu des corrélations
entre les types de bactéries présentes et certaines maladies, comme l’obésité, le diabète,
les allergies et la maladie de Crohn. (1)

Ce texte fait un bref survol bibliographique qui permet de comprendre les

différences au niveau du microbiote entre les bien-portants et les personnes atteintes de
maladies, en particulier l’obésité, et dans quelle mesure ces données ouvrent la porte à de
possibles avenues thérapeutiques.

Le microbiome humain est composé de millions de bactéries qui colonisent notre

peau et la moindre de nos cavités, des fosses nasales à notre tube digestif. Il est en fait
ahurissant de constater que nous possédons en nous et sur nous de 10 à 100 fois plus de
bactéries que de cellules humaines! (1). De plus, elles seraient 100 fois plus
génétiquement actives (7). Nous nous concentrerons ici sur les bactéries qui vivent en
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symbiose dans notre tube digestif, puisque ces dernières composent la majorité de nos
endosymbiotes.

UNE DIVERSITÉ AU SERVICE DE NOTRE ORGANISME

La connaissance d’une flore intestinale remonte au XIXième siècle (14) mais ce

n’est que récemment qu’on a approfondi notre compréhension de sa diversité et de ses
rôles. Or, une des grandes difficultés rencontrées est que la majorité de ces bactéries ne
peuvent être analysées par la mise en culture traditionnelle, leur caractère anaérobique
exigeant d’autres méthodes. (1, 6). Les techniques d’analyse des gènes par l’ADN sont
donc devenues d’une grande utilité et on permis plusieurs percées (1, 5, 6).

Résumons d’abord les connaissances acquises au sujet de la composition et des

rôles connus. La majorité des bactéries de notre tube digestif appartiennent à trois
embranchements : Les Firmicutes, les Bacteroidetes et les Actinobacteriae. (1,13) À
l’intérieur de ces trois grands groupes, la diversité des espèces est grande (Figure 1).
Chaque individu est presqu’unique quant à la composition exacte des bactéries qui
colonisent son intestin. L’identité du microbiote dépend de l’expérience de chacun (1,
14). Ainsi, un fœtus est stérile mais commence à être colonisé par différentes bactéries
dès la naissance, à commencer par celles qui vivent dans le vagin de la mère, et ensuite
par exemple celles de la flore cutanée des parents (par exemple par les têtées durant
l’allaitement). La succession de la colonisation semble s’effectuer dans un ordre
précis.(4) Les bébés prématurés sont d’ailleurs fragilisés par le fait qu’ils échappent à
cette succesion naturelle, dû à l’environnement aseptisé dans lequel ils sont placés. L’une
des pathologies qui les frappent est l’entérolite ulcéro-nécrosante (ECUN). On a
découvert que la flore des ces prématurés diffère des bébés nés à terme et cela pourrait
expliquer en partie leur plus grande vulnérabilité à cette maladie. Un retard de
l’implantation de certains genres de bactéries aérobie-anaérobie facultatives été
remarqué, surtout celles du genre Bacteroidetes et Bifidobacterium. À l’opposé, on
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constate la colonisation par des bactéries anaérobie strictes comme Clostridium, et ce fait
est corrélé avec la durée de l’hospitalisation. La manipulation de la flore offre une voie
thérapeutique, comme par exemple l’administration des probiotiques Bifidobacterium
infantis et Lactobacillus acidophilus, qui a diminué significativement l’incidence et le
taux de mortalité de l’ECUN. (4)

Dans le développement jusqu’à l’âge adulte, la flore intestinale s’est avérée être
utile dans plusieurs tâches. Premièrement, les bactéries aident au développement du tube
digestif. Leur présence est corrélée avec un épaississement de la muqueuse intestinale,
une augmentation de la densité du réseau sanguin et de la vitesse de renouvellement de
l’épithélium du colon (1).
En second lieu, elles augmentent l’efficacité du système immunitaire. En effet, la
stimulation permanente de ce dernier par le microbiome semble être indispensable pour
son bon développement et sa maturation. Il est aussi nécessaire à l’équilibre des réactions
pro et anti-inlammatoires, ainsi qu’à la fonction de barrière de l’épithelium contre les
agents infectieux. (1).
Enfin, les bactéries dégradent certains composés issus de l’alimentation. Par
exemple, les fibres végétales sont fermentées et ce processus libère des acides gras
(nutriments pour notre corps ou stockées dans les graisses) (1, 2, 7, 13).

COLOCATAIRES CHERCHENT GÉNOME

Dans un autre ordre d’idées, de nombreuses découvertes ont été effectuées ces
dernières années au sujet du rôle de certaines bactéries dans la protection contre certaines
pathologies. À l’inverse, d’autres semblent jouer un rôle dans le développement de celles-
ci.
Le Consortium du microbiome humain a comme objectif d’explorer le patrimoine
génétique des milliards de de micro-organismes qui vivent sur et en l’Homme. Il est
chargé de coordonner les projets d’exploration à ce sujet. Deux grands projets
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internationaux sont nés en 2008 visant à mieux connaître le microbiome intestinal humain
à l’aide des techniques de la génomique (1, 5) Les Etats-Unis ont lancé le Human
Microbiome Project (HMP) qui a pour but de séquencer le génome de toutes les bactéries
du corps humain, tandis que l’Europe a lancé le projet MetaHIT, qui s’intéresse à la
fonction du microbiote intestinal. Ce dernier veut davantage comparer le microbiote des
personnes saines avec celui des personnes obèses ou atteintes d’une maladie chronique
inflammatoire intestinale. Le Canada, a l’instar de plusieurs autres pays, a également
emboîté le pas en lancant plusieurs projets de recherches sur le sujet(7). Plusieurs
n’hésitent pas à parler d’une véritable révolution médicale.

Étant donné la quantité de données en jeu et les liens synergétiques complexes qui
sont à établir entre les différentes espèces et leur interaction avec les différentes parties
du corps humain, il est nécessaire d’opter pour une approche multidisciplinaire et de
combiner plusieurs techniques. Ainsi, comme mentionné ci-haut, les différentes
approches de séquençage génétique sont d’une grande utilité, premièrement parce que la
majorité des espèces bactériennes sont anaérobiques et donc incultivables, et
deuxièmement parce qu’ils permettent d’obtenir et de traiter un grand nombre de données
rapidement.

Une des méthodes les plus répandues est celle du séquençage de l’ARN ribosomal
16S (environ 1.5 kb), dont les différences permettent a la fois d’établir les différences et
les ressemblances d’une espèce de bactérie a l’autre (1,5, 6) A titre d’exemple, le HMP
(USA) a effectué une analyse à grande échelle des phyla bactériens composant la
microflore intestinale de 3 personnes adultes. L’analyse de 13 335 séquences d’ARNr
16S a identifié 395 phyla bactériens avec un seuil de 99% d’identité de séquences, et un
seul phylum d’archae. La plupart appartenait aux genres Bacteroides, Eubacterium,
Clostridium et Ruminococcus. L’analyse a démontré plusieurs variations inter-
individuelles dans la composition des espèces de bactéries. Une autre analyse à grande
échelle des ARNr 16S effectuée sur 14 adultes a permis d’identifier 4074 phyla. (5).
Cette dernière étude, jointe aux résultats d’une expérience faite sur des souris dans
lesquelles on a manipulé la microflore intestinale (2, 12), a permis de mettre en lumière
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une corrélation entre la composition du microbiome intestinal et l’obésité (Figure 2). Les
résultats actuels semblent indiquer que, chez les personnes obèses, le rapport entre
bactéries du genre Firmicutes et celles du genre Bacteroides est inversé comparé aux
personnes non-obèses. Les obèses possèdent davantage de Firmicutes et moins de
Bacteroides. Il est intéressant de noter que, dans l’expérience chez les souris, le transfert
des bactéries intestinales d’une souris obèse dans l’intestin d’une souris mince rendait
cette dernière obèse, alors que le transfert du microbiome intestinal d’une souris mince
vers une souris obèse faisait maigrir celle-ci (12). Chez les être humains, on a observé
qu’une personne obèse qui subissait un régime alimentaire finissait par présenter une
flore bactérienne proche de celle des personnes minces (3). Pour ce qui est du pourquoi et
du comment, ils faut se référer davantage a l’approche complémentaire du projet
MetaHIT exposé plus loin, qui a pour hypothèse le rendement métabolique trop efficace
des bactéries présentes chez les obèses, qui retire en quelque sorte trop d’énergie lors de
la digestion des aliments et les stockent dans les tissus adipeux. (5, 6,13). A la lumière de
ces résultats, certains entrevoient des thérapies qui seraient basées sur le rétablissement
du rapport normal entre Firmicutes et Bacteroides (2,10, 12, 13).

L’analyse de l’ARNr 16S a également permis de mettre en évidence des liens

entre la composition de la microflore et des maladies inflammatoires de l’intestin,
notamment la maladie de Bowel et la maladie de Crohn.(5, 8, 9). D’autres projets de
recherches similaires ont été lancés par les IRSC au Canada et veulent investiguer aussi
des liens possible avec la maladie coeliaque, due a une allergie alimentaire au gluten.(7).
Pour ce qui est de la recherche sur la maladie de Bowel, 190 échantillons incluant des
malades atteints de la MB et des sujets sains ont été analysés via l’ARNr 16S sur 15 172
séquences. (5). D’autres études sur l’ARNr 16S sont effectuées sur les allergies, l’asthme,
le diabète et le cancer (3, 7, 13).

Par contre, si ce type d’analyse permet de mettre en relief les différences au

niveau de la diversité du microbiome entre les personnes saines et les personnes atteintes
d’une maladie, elle ne permet pas d’élucider les fonctions spécifiques des bactéries
identifiées. Le projet MetaHIT (Union européene) focalise davantage ses énergies dans ce
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but à l’aide de la métagénomique (1,6). Cette approche a été utilisée avec succès pour
identifier le rôle que peuvent jouer certaines bactéries non cultivables puisées dans
l’environnement (6). Essentiellement, il s’agit de comparer globalement toutes les
séquences puisées dans un échantillon avec les séquences codant pour des gènes connus.
L’approche par séquencage shotgun est préconisée (6). La métagénomique s’avère
efficace pour identifier des unitées fonctionnelles parce que chez les bactéries, la
proportion de l’ADN analysée qui code pour des protéines peut atteindre 80%. (5)
Afin d’en connaître davantage sur ces fonctions, on utilise également des techniques de
métagénomique fonctionnelle : on transfert par exemple un fragment d’ADN inconnu
issu du microbiote dans une bactérie connue, comme Escherichia Coli , et on observe
ensuite si les fonctions de cette dernières sont modifiées (1). Par exemple, le MetaHIT a
permis d’expliquer comment le microbiote des personnes obèses pourrait contribuer a
l’augmentation de leur poids. Chez les souris, les chercheurs ont découvert que les
bactéries provoquent l’augmentation de l’activité d’une hormone favorisant le stockage
des graisses, la lipoprotéine lipase (LPL), dont le rôle est d’hydrolyser les acides gras
pour être stockés dans les tissus adipeux. Les bactéries auraient la capacité d’inactiver le
facteur FIAF (fasting-Induced Adipose Factor), un inhibiteur de la LPL(1, 5, 13) (Figure
3)

En ce qui concernent les possibilités de thérapies, que ce soit pour l’obésité, les
maladies inflammatoires ou auto-immunes de l’intestin, il est à noter que plusieurs études
indiquent l’utilité de l’ingestion de probiotiques et de prébiotiques. Celles-ci
permettraient à la fois de modifier et de stabiliser le microbiome intestinal.(4,10).

AUTO-CRITIQUE

Afin de circonscrire les limites de la présente analyse, il est nécessaire, en guise

d’auto-critique d’indiquer d’abord que l’angle par lequel le sujet a été abordé n’éclaire
qu’une infime partie des vastes possibiltiés offertes par la connaissance du microbiome
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humain, un domaine de recherche jeune en plein essor. A vrai dire, même si la

connaissance de nos colocataires symbiotiques remonte a plus de cent ans, il est
surprenant de constater à quel point on a longtemps sous-estimé son rôle primordial dans
la physiologie, le métabolisme et la santé humaine. Mais cette ignorance de longue date,
est compensée à l’heure actuelle, lorsqu’on embrasse la littérature dans le domaine, par
une pléthore de sujets de recherches sur des sujets variés, une explosion de curiosité sur
les rôles et les fonctions possibles de ce que certains scientifiques considèrent comme un
organe à part entière, voire comme la partie importante du métagénome d’un super-
organisme dont le génome humain à proprement parler fait également partie… A lire ce
qui se fait comme recherche, on dirait presque qu’on soupçonne le microbiome de
participer directement ou indirectement a toutes les fonctions physiologiques. L’auteur du
présent texte avoue donc pour l’instant sa limite à pouvoir faire des liens entre toutes ces
différentes sphères. Un des rôles les plus fascinants, qui aurait pu être abordé ici, est la
possible participation du microbiome humain aux processus neuro-endocriniens, tant au
niveau du système nerveux périphérique intestinal qu’au niveau du cerveau, via la
sécrétion bactérienne de métabolites s’apparentant à des précurseurs de
neurotransmetteurs (11). Certaines recherches ont actuellement cours dans ce domaine,
ainsi qu’en neuro-immunologie et des résultats indiquent que le microbiome peut
moduler des réponses comportementales (7,11).

Parmi les autres sujets qui auraient pu être abordés, notons également
l’importance de la génomique afin de cartographier le microbiome humain selon les types
d’individus, les âges, stades du développement, régions géographiques, l’interaction entre
le génome et le microbiome, etc. Le génotypage dans un but de filiation évolutive aurait
également pu enrichir notre compréhension du sujet, sans parler du fait que la découverte
de séquences appartenant à des protistes, des eucaryotes et des virus a été également
écarté (7).

Mais la critique majeure porte surtout sur la pauvreté des exemples

méthodologiques et techniques, ainsi que sur l’absence de développement concernant les
traitements des maladies. A propos des méthodes, il n’a pas été possible non plus de
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trouver des articles validant hors de tout doute la méthode d’échantillonage la plus
répandue dans les recherches sur le microbiome intestinal, c'est-à-dire l’analyse de
l’ADN bactérien contenu dans les fèces. En effet l’idée semble acceptée d’emblée selon
laquelle les proportions retrouvées dans ces échantillons sont représentatives de celles
que l’on retrouve dans l’intestin, alors qu’il serait possible que celles dont se débarrasse
le plus l’organisme soient celles qui sont en réalité le moins représentées dans la flore
intestinale.

Néanmoins l’angle choisi permet de mettre en lumière qu’il existe des différences
considérables dans la composition des microbiomes des personnes saines et des
personnes obèses, et que le microbiome joue un rôle essentiel dans l’homéostasie et le
métabolisme humain. Les articles les plus convaincants ont été tous ceux qui
démontraient des différences quantitatives tirées des analyses génomiques pour
démontrer un effet qualitatif de ‘’type blanc ou noir’’ sur la santé. Par contre, l’espoir de
manipuler un système aussi complexe a des fins thérapeutiques semble assez mince,
sinon assez lointain. Le doute de type ‘’œuf ou poule’’, ou la cause et l’effet
s’entremêlent, oblige aussi a se demander s’il ne vaut pas mieux se concentrer sur un
mode de vie et l’alimentation saine et davantage naturelle (adaptée au rythme de notre
évolution) pour rétablir le bon équilibre microbiotique, qui nous le rendra bien.

CONCLUSION : NOUS SOMMES DES PLANETES!

En somme, cette analyse a permis de montrer a quel point les outils de séquençage
de l’ADN sont indispensable a l’avancement de la recherche sur le microbiote humain.
Dans plusieurs cas, les différentes approches génomiques sont un complément non
négligeable aux méthodes traditionnelles de culture bactérienne, alors que dans d’autres,
elles sont les seules méthodes permettant de connaitre quelles sont les espèces qui
habitent notre microflore, puisque la plupart sont anaérobiques strictes. Alliées avec les
puissants logiciels de traitement de l’information et les bases de données déjà
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accumulées, elles permettront d’accélérer notre connaissance sur notre deuxième réserve
de gènes et le rôle qu’elle joue dans la santé humaine. Mais il va sans dire que pour
comprendre ce qui s’avère être un écosystème complexe, voire un univers entéro-spatial
entier, l’interdisciplinarité scientifique devra encore augmenter d’un cran, et avec elle
l’innovation qui permettra l’émergence de méthodes encore plus efficaces. Même si le
microbiome n’est pas complètement essentiel à la survie (voir le cas de David Vetter,
l’enfant-bulle, qui a vécu jusqu'à 12 ans) (7), il s’avère d’une importance indiscutable
pour nos vies. Puisque que nous ne sommes plus seuls et que notre corps se révèle
maintenant être une planète riche de milliards d’habitants, notre devoir de symbiose
mutualiste nous invite à être davantage responsables de l’harmonie dont dépend la santé
de ce supra-organisme mettant à l’œuvre des centaines de milliers de gènes.
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FIGURES

Figure 1. Arbre phylogénétique représentant les bactéries les plus fréquemment

détectées chez l’humain en utilisant le séquençage de l’ARNr 16S. Les extensions
des zones en gras représentent la diversité et l’abondance des groupes bactériens.
Figure tirée de (13).
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Figure 2. Proportion relative de Firmicutes et de Bacteroides dans les souris minces et

obèses. Tiré de (12)
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Figure 3. Liens possibles entre le microbiote intestinal et le métabolisme. Les traits

pleins indiquent des liens avérés et les traits pointillés des liens hypothétiques. Tiré de
(13).
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Références

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The environment within: how gut microbiota may influence metabolism and body composition.
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14. Chouraqui, J. P . Facteurs influençant l'implantation de la flore intestinale chez le nourrisson.

http://pro.gyneweb.fr/portail/Sources/congres/jta/01/ped/CHOURAQUI1.HTM