Introduction :

La collection de micro-organismes colonisant notre tractus gastro intestinal a été dans

un premier temps appelée « flore intestinale » et enfin depuis plusieurs années « le
microbiote intestinal », évoluant avec notre organisme pendant des milliers d'années et
formant ainsi une relation complexe et mutuellement bénéfique1. Les connaissances sur ce
sujet ne font qu'augmenter depuis une quinzaine d'années et il semblerait que son
utilisation thérapeutique soit l'un des piliers fondateurs de la recherche le concernant.
Un microbiote est l’ensemble des micro-organismes – bactéries, virus, parasites et
champignons non pathogènes, dits commensaux – qui vivent dans un environnement
spécifique. Dans l’organisme, il existe différents microbiotes : au niveau de la peau, de la
bouche, du vagin, des poumons… Le microbiote intestinal est le plus « peuplé » d’entre eux,
abritant 1012 à 1014 micro-organismes. Il est principalement localisé dans l’intestin grêle et le
côlon, réparti entre la lumière du tube digestif et le biofilm protecteur formé par le mucus
intestinal qui recouvre sa paroi intérieure. L’acidité gastrique n’étant pas favorable à la
présence de la plupart des micro-organismes, l’estomac héberge cent millions de fois moins
de bactéries commensales que le côlon.2

Figure 01 : densité bactérienne dans chaque compartiment de tube digestif humain

Le microbiote intestinal humain est composé de 10 puissance 14 bactéries ainsi que d’autres
micro-organismes comme les virus, les champignons et les archées. L`intestin étant un
véritable« organe caché », la composition du microbiote intestinal est unique à chaque
individu bien que plus de 95 % des bactéries le composant puissent être réparties en 4 phyla
majeurs. Des approches culture-indépendantes et, plus récemment, l’avènement du
séquençage haut débit ont permis de décrire précisément la structure et la diversité du
microbiote intestinal ainsi que son altération en pathologie.

1
Le microbiote intestinal : fonctions physiologiques, interactions avec les probiotiques et nouvelles avancées
thérapeutiques -Adrien Niarquin-
2
https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/
Figure 02 : Représentation schématique de l’arbre phylogénétique des bactéries résidant
dans le côlon montrant l’abondance relative des phyla majoritaires du microbiote intestinal
humain. Entre parenthèse, la proportion des différents phyla dans le microbiote intestinal
total est précisée. Les groupes, genres et espèces bactériennes qui peuvent être importants
pour la santé humaine sont indiqués
Source : Innovations Agronomiques 33 (2013), 37-46 Le microbiote intestinal: une
composante santé qui évolue avec l'âge Cherbuy C. 1, Thomas M. 1, Langella P. 1 1 Equipe
Probihôte, MICALIS, INRA, Domaine de Vilvert, 78352 Jouy-en-Josas Cedex Correspondance :
claire.cherbuy@jouy.inra.f
Le microbiote intestinal est impliqué dans la maturation du système immunitaire et dans de
nombreuses voies métaboliques fondamentales comme la fermentation des sucres et des
protéines ainsi que le métabolisme des acides biliaires et des xénobiotiques. Le déséquilibre
des populations du microbiote intestinal ou dysbiose a des conséquences fonctionnelles
importantes.
Definition de dysbiose : Défini étant le déséquilibre de la flore intestinale ssocié à des
conséquences néfastes pour l’hôte. 3

3
Dictionnaire médical de l'Académie de Médecine – version 2024
 Trois types de dysbiose définis comme « l'éclosion de pathobiontes, la perte de
commensaux ou la perte de diversité », tandis que Vangay et al . ( 2015 ) ont distingué
quatre types de dysbiose, à savoir « la perte de taxons clés, la perte de diversité, les
modifications de la capacité métabolique ou la prolifération d'agents pathogènes ». Les
pathobiontes sont définis ici comme des membres du microbiote commensal susceptibles de
provoquer une pathologie (Chow et Mazmanian, 2010 ). Une espèce clé est définie comme
ayant un effet disproportionné sur son environnement naturel par rapport à son
abondance. De nombreuses définitions ont tenté de lier la dysbiose à la maladie,
Il est aujourd’hui clairement établi que le microbiote intestinal joue un rôle dans certaines
pathologies du système digestif (cancer colorectal, maladies inflammatoires chroniques de
l’intestin) mais également dans les cas d’obésité et l`insuffisance rénale chronique
Des études récentes démontrent l’existence d’une relation entre le rein et le microbiote
intestinal, parfois appelée « axe intestinrein ». Les patients souffrant de maladie rénale
chronique (MRC) ont une composition altérée du microbiote intestinal , certain études
montre qu`une éventuelle relation existe entre ce microbiote et l`insuffisance rénale
chronique terminal
C`est exactement ce que nous voudrons examiner dans cet étude ; est ce que le microbiote
intestinal joue un rôle dans l`IRC