Le microbiote

Le microbiote humain représente l’ensemble des micro-organismes, bactéries, virus, parasites et

champignons non pathogènes, qui vit sur et dans le corps humain.
Dans l'organisme, il existe différents microbiotes, au niveau de la peau, de la bouche, du vagin, des poumons,
… Le microbiote intestinal est le plus important d'entre eux avec plus de 100 000 milliards de bactéries soit
autant que le nombre de cellules qui constituent notre corps.
Appelé aussi flore intestinale, il est principalement localisé dans l'intestin grêle et le côlon, l'acidité gastrique
rendant la paroi de l'estomac quasi stérile.
Le microbiote intestinal est propre à chaque individu et évolue tout au long de la vie. Il a une importance
dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. L'altération qualitative et
fonctionnelle de la flore intestinale (dysbiose) est une piste sérieuse pour comprendre l'origine de certaines
maladies, notamment les maladies auto-immunes ou inflammatoires. Mais quel rôle joue-t-il sur notre
métabolisme ?
Au fil des années, la recherche scientifique a mis en lumière la diversité de ses micro-organismes et leur
évolution au cours de notre vie (I) ainsi que ses différents rôles (II) pour maintenir notre organisme en bonne
santé (III).

I. La diversité et l’évolution du microbiote

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Chaque individu abrite dans son tube digestif des micro-organismes qui composent son microbiote intestinal.
Des variations qualitatives et quantitatives de la flore intestinale sont observées tout au long du tube digestif
de la bouche à l’anus. Il se met en place dès la naissance et évolue au cours de la vie (Docs 1).

A. La diversité des micro-organismes dans le tube digestif

1. Le microbiote buccal

Le microbiote buccal est très diversifié : Certains de ces micro-organismes sont communs aux différents
microbiotes de l’organisme tel que le champignon candida albicans, qu’on retrouve dans le microbiote
buccal, intestinal et vaginal. D’autres sont spécifiques à la bouche, comme les bactéries aérobies (qui arrivent
par l’air que l’on respire) et anaérobies (qui se développe sans oxygène). La bouche contient notamment
vingt-cinq espèces de streptocoques buccaux représentant à peu près 20 % du total des bactéries buccales.
Les streptocoques buccaux englobent à la fois des bactéries inoffensives et pathogènes tel que le
streptococcus salivarius à l’origine des caries. (Docs 1 sur les populations de micro-organismes et les
exemples de bactéries)

2. Le microbiote gastrique

La flore gastrique est en revanche limitée quantitativement et qualitativement. Au niveau de l’estomac, il y

a 10 à 1000 bactéries/ml de contenu alors qu’au niveau de l’intestin on retrouve 10 milliards à 10 000
milliards de bactéries/ml de contenu.
L’acidité gastrique est un premier rempart contre les bactéries qu’elles soient bénéfiques ou pathogènes.
Peu de bactéries sont capables d’y survivre et encore moins d’y proliférer. Ainsi, les bactéries introduites par
les aliments et la salive ne peuvent pas se multiplier dans l’estomac et y meurent pour la plupart.
Certaines bactéries arrivent néanmoins à survivre. Ainsi, certains Lactobacilles aux effets bénéfiques pour la
santé sont par exemple en mesure de traverser l’estomac pour atteindre l’intestin grêle, puis le côlon. Une
autre bactérie, l’helicobacter pylori, responsable d’ulcère gastrique est aussi capable de survivre dans cet
environnement très acide.
De l’estomac au colon, le nombre de bactéries va en croissant. Les bactéries anaérobies strictes apparaissent
au niveau de l’intestin grêle et deviennent ensuite largement majoritaires. (Doc 1 sur les populations de
micro-organismes).

3. Le microbiote intestinal

Le microbiote intestinal est propre à chaque individu, d’un point de vue qualitatif et quantitatif. Il se compose
de nombreux micro-organismes aux diverses origines : bactéries (92.76%), virus (5.8%), archées (0.8%),
levures et champignons. Il existe plus de 1000 espèces bactériennes intestinales même si le microbiote d’un
individu n’en compte que 160 différentes. Certaines de ces espèces sont dominantes, d'autres plus rares et
transitoires.
Les bactéries intestinales sont principalement regroupées en trois grandes catégories appelées entérotypes :
- Les bacteroides : cet entérotype témoigne d’un régime riche en viandes. Il est généralement
composé de certaines familles de bactéries : les Firmicutes, les Protobactéries, les CFB (Cytophages,
Flavobactérium et Bacteroidetes) et d’Escherichia coli.
- Les prevotellas : cet entérotype se retrouve favorisé par une alimentation riche en glucides.
- Les ruminococcus : C’est le 3ème entérotype majeur. On ne sait pas à quel type d’alimentation il est
lié.
Il existe d’autres entérotypes (Bifidobacterium, Clostridiales etc.) mais ils sont moins répandus. (Docs 1 sur
les populations de micro-organismes et les exemples de bactéries)

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 B. La mise en place et l’évolution du microbiote au cours de la vie

À la naissance, les micro-organismes d’origine fécale et vaginale transmis par la mère au cours de
l’accouchement par voie basse, ou les micro-organismes de l’environnement en cas de césarienne, induisent
le démarrage de la colonisation du microbiote intestinal. On trouve notamment la bactérie bifidobacterium
longum qui permet la digestion du lait et des sucres, composantes exclusives de l’alimentation du nourrisson.
Le microbiote met environ trois ans à se former, à se diversifier et à se stabiliser. (Doc 1 bactéries)
À l’âge adulte, sa composition reste relativement stable jusqu’à l’âge de 65 ans, 70 ans où il s’appauvrit
progressivement.

Au cours de la vie, plusieurs facteurs peuvent faire évoluer le microbiote d’un individu, comme l’alimentation.

Par exemple, au Japon, l'algue qui entoure les sushis, les makis est traditionnellement le nori, une algue rouge
marine. Les Japonais digèrent cette algue grâce à une de leurs bactéries intestinales, bacteroides plebeius,
qui aurait acquis cette capacité au contact des bactéries marines associées à l'algue alors qu’elle en est
incapable chez les autres individus. (Doc 1 bactéries)
Il en est de même lorsqu’un individu passe d’une alimentation animale à une alimentation végétale. Au bout
de quelques jours son microbiote intestinale se modifie.

La prise d’antibiotique peut également modifier le microbiote. Les traitements antibiotiques permettent de
lutter contre les infections bactériennes. Mais, ils détruisent de nombreuses bactéries du microbiote, pas
seulement les bactéries pathogènes. Ils modifient ainsi le microbiote. (Doc 2 un rôle protecteur)

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II. Les différents rôles du microbiote
Le microbiote intestinal remplit de nombreux rôles essentiels à notre santé, allant de la digestion à
l’immunité.

A. Le rôle du microbiote intestinal dans la digestion

Le microbiote intestinal joue un rôle dans la digestion en transformant certains aliments que l’appareil
digestif n’est pas capable de transformer seul. Les micro-organismes qui le composent puisent leurs
ressources dans nos aliments, notamment dans les fibres alimentaires. Ainsi, ils permettent la fermentation
des résidus alimentaires non digestibles, facilitent l’assimilation des nutriments, participent à la synthèse de
certaines vitamines (comme la vitamine K) et des acides aminés essentiels (valine, leucine, isoleucine). Ils
régulent aussi les voies métaboliques impliquées dans l’absorption des acides gras, du calcium et du
magnésium.

Des chercheurs ont, par ailleurs, montré dans une expérience scientifique que les souris axéniques (sans
microbiote) ont des besoins énergétiques 20 à 30 % fois supérieurs à ceux d’une souris normale. (Doc 2 rôle
nutritif)

Une autre expérience toujours conduite sur des souris axéniques a permis de montrer que le microbiote agit
sur le fonctionnement global du tube digestif. Les souris axéniques ont un réseau capillaires sanguins moins
important que chez les souris ayant un microbiote intestinal. Or ce système vasculaire a un rôle important
pour l’absorption des nutriments par la paroi intestinale, ainsi que pour le bon fonctionnement du système
immunitaire intestinal.

B. Le rôle du microbiote intestinal dans l’immunité

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Le microbiote intestinal participe également au fonctionnement du système immunitaire intestinal et lutte
contre la colonisation du tube digestif par des espèces pathogènes en entrant en compétition avec lui.
Certaines bactéries du microbiote produisent notamment des substances toxiques pour lutter contre ses
agents pathogènes.
D’autres micro-organismes du microbiote produisent des molécules anti-inflammatoires qui réduisent les
symptômes d’une inflammation ainsi que la douleur. Ils permettent aussi d’activer certaines cellules
immunitaires.

III. Les déséquilibres du microbiote à l’origine de maladies

La composition du microbiote intestinal se caractérise par sa grande diversité et par son abondance. Lorsque
cette composition est perturbée, l’équilibre est rompu et une dysbiose apparaît, qui peut être associée à
l’apparition de maladies ou de troubles du métabolisme.

A. L’influence de certaines maladies

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Certaines maladies peuvent avoir un impact sur la composition du microbiote intestinal.

Ainsi, les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) telles que la maladie de Crohn seraient liées
à un déséquilibre dans la composition du microbiote. Les personnes souffrant de maladies inflammatoires
de l'intestin ont souvent un microbiote appauvri.
Les malades de Crohn présentent en outre une bactérie en excès, bacteroide vulgatus, dont le rôle est
inconnu, et une bactérie est anormalement peu présente chez eux faecalibacterium prausnitzi.
Une hypothèse selon laquelle un rééquilibrage du microbiote chez ces malades permettrait la diminution des
inflammations est à l'étude.

Les bactéries du microbiote intestinal semblent être aussi impliquées dans certaines maladies mentales
comme l'autisme, la dépression, les troubles de l'humeur. Les connaissances sur le sujet sont à ce jour encore
sommaires malgré de nombreuses études depuis une dizaine d’années.

B. L’influence de la prise d’antibiotiques

Des études scientifiques ont permis d’observer que les traitements antibiotiques provoquent une
détérioration du microbiote intestinal (se manifestant souvent par des diarrhées) sur plusieurs jours à
plusieurs semaines. Les espèces présentes avant le traitement sont capables de se rétablir en grande partie,
mais des différences peuvent subsister. Aussi, des antibiothérapies répétées au cours de la vie peuvent avoir
des conséquences néfastes au point de nécessiter, parfois, de recourir à une greffe de microbiote. (Doc 2
rôle protecteur)

C. L’influence de l’obésité

En France, le nombre de personnes obèses est en constante augmentation. Elles représentaient 8,5 % de la
population en 1997, 15 % en 2012 et 17 % en 2020. Cette augmentation est encore plus marquée dans les
groupes d'âge les plus jeunes et pour l'obésité morbide, dont le nombre a été multiplié par près de 7 entre
1997 et 2020.
L'obésité s'accompagne d'un risque accru de développer certaines maladies telles que le diabète ou des
pathologies hépatiques.
Une modification du mode de vie (plus de sédentarité, alimentation plus riche) et l'influence de certains
gènes jouent aussi un rôle dans cette augmentation. Mais il semblerait que le microbiote intestinal fasse
aussi partie des facteurs qui expliquent cette évolution.

Lors d’une expérience, les chercheurs ont comparé des souris axéniques à des souris ayant un microbiote
normal et ils ont observé des différences dans l'aspect des adipocytes, les cellules spécialisées stockant les

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graisses dans le corps. Cette expérience montre que les souris axéniques ont des adipocytes plus petits par
rapport aux souris normales. Cela suggère que le microbiote joue un rôle dans le développement et la taille
des adipocytes, ce qui peut influencer la prise de poids et l'obésité. (Doc 2 rôle nutritif).
Dans une seconde expérience, les chercheurs ont transféré du microbiote provenant de deux personnes,
l’une obèse et l’autre non obèse. Les souris qui ont reçu le microbiote de la personne obèse ont pris
significativement plus de poids que les souris qui ont reçu celui de la personne non obèse. (Doc 2 rempart
contre l’obésité). Ces résultats suggèrent que les bactéries intestinales présentes chez une personne obèse
participent à sa prise de masse grasse. (Doc 2 rempart contre l’obésité)

La composition du microbiote est donc importante mais également sa diversité. Avoir une flore intestinale
bactérienne « pauvre » serait associée à l’obésité. C’est ce que démontre une étude dans laquelle le
microbiote intestinal de 169 personnes obèses et 123 non-obèses a été analysé via séquençage ADN. Il a été
observé qu’un quart des sujets avaient une faible diversité de bactéries intestinales et que parmi eux 80%
étaient obèses.

La faible quantité de certaines bactéries ou l’absence de celles-ci pourraient ainsi être un facteur de risque
concernant l’obésité.

D. Le rééquilibrage du microbiote

Des pistes de traitement sont aujourd’hui envisagées comme l’utilisation de probiotiques, contenant des
bactéries sous- représentées dans le microbiote d’une personne atteinte de dysbiose. Par ailleurs, certaines
bactéries bénignes du microbiote intestinal peuvent devenir pathogènes en cas d’affaiblissement du système
immunitaire. C’est le cas de Clostridium difficile qui provoque une diarrhée d'intensité légère à grave ainsi
que des troubles intestinaux. Lorsque l’utilisation d’antibiotiques n’est plus efficace, on peut utiliser la
technique de transplantation de microbiote fécal qui consiste à transférer le microbiote fécal d’un individu
sain à un individu malade. Elle permet à de nouveaux microbes de coloniser l’intestin et de stopper l’infection.

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Le microbiote intestinal est un écosystème complexe et dynamique qui influe profondément sur notre santé.
Comprendre son rôle et sa régulation offre des opportunités importantes pour améliorer la santé et prévenir
un large éventail de maladies.
Il est important que la recherche se poursuive afin de mieux comprendre ses mécanismes. Les chercheurs
ont ainsi permis de mettre en évidence la présence de neurones dans notre intestin, indirectement liés avec
le microbiote intestinal, constituant ainsi un système nerveux à part entière. Il s’agit du second système
nerveux de l’organisme, d’où le nom de « deuxième cerveau ». Concrètement, ces neurones présents dans
notre intestin échangent de manière continue avec les neurones du cerveau, via les voies sanguines, mais
surtout par le nerf vague, pour transmettre de nombreuses informations.
D’autres études ont démontré le dialogue entre les bactéries intestinales et les cellules humaines pour
comprendre son influence sur les maladies inflammatoires, métaboliques ou neurologiques.
Ces travaux ouvrent des portes à de nouveaux traitements à base de bactéries et de prébiotiques, que ce soit
contre le diabète, le cancer, les allergies et même la dépression. Et les premiers essais cliniques semblent
positifs. La connaissance du microbiote ouvre la voie à une nouvelle médecine, d'autant plus qu'il n'y a pas
que le microbiote intestinal.

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