Chapitre III : Eléments de microbiologie du tube digestif.

I- La microflore digestive de l’homme :

1- Historique :
A la naissance, le tube digestif est normalement stérile mais il est rapidement colonisé à
l’accouchement avec une flore simple à partir des flores de sa mère et de son environnement proche pour
atteindre une population comprise entre 109 et 1011 UFC/g au bout de 48h dans le côlon, et
se développe séquentiellement.

Globalement, E. coli et des Streptococcus s’implantent dans les premières 48’heures, entre
le 2ème et le 5ème jour apparaissent diverses espèces de Bifidobacterium (chez la majorité des enfants
nourris au sein ou prédominance de Lactobacillus chez les enfants en allaitement artificiel), suivies d’une
flore hétérogène anaérobie stricte et microaérobies formé en particulier des genres Bacteroïdes et
Clostridium et d’entérobactéries.

Cette microflore continue d’évoluer relativement dans ses composantes jusqu’au sevrage, pour se
stabiliser alors dans un équilibre qualitatif d’adulte vers la fin de la 2 ème année, parallèlement à
l’introduction de composants alimentaires solides.

Sa répartition verticale dans le tube digestif est très inégale, en raison des propriétés et des conditions
physiologiques très diverses des différents compartiments digestifs. La flore bactérienne varie le long du
tube digestif en quantité et en qualité, la diversité bactérienne est maximale dans le gros intestin (le
colon), qui comporte 1014 bactéries et 500 à 1000 espèces réparties le long du système digestif.

2- Tube digestif :
Le système digestif humain et souvent appelé : Tube digestif parce qu’il est sous forme en canal
alimentaire, il est divisé en 2 principaux groupes : les organes de tube digestif et les organes digestif
annexe. Le rôle essentiel de l’appareil digestif est d’assimiler, d’absorber les nutriments dans
la circulation sanguine et lymphatique et d’éliminer les éléments non assimilables. Mais l’appareil digestif
a aussi deux autres rôles : un rôle de défense de l’organisme et un rôle endocrinien.

 Les organes de tube digestif : Qui sont ; la bouche (les lèvres, les dents, la langue, les glandes
salivaires), le pharynx (gorge), l’œsophage, l’estomac, l’intestin grêle et le gros intestin.

 Les organes digestif annexe : le foie, la vésicule biliaire, le pancréas, les glandes salivaires.

Le broyage et le malaxage des aliments s’effectuent dans la bouche sous l’action des dents et des enzymes
salivaires, le résultat de ce malaxage est la formation du Bol alimentaire qui passe à travers le pharynx et
l’œsophage vers l’estomac, ou niveau de l’estomac le bol alimentaire séjourne entre 3 à 4 H pendant cette
duré la digestion du bol abouti à la formation du nutriment.
Les nutriments passent ensuite dans l’intestin grêle ou ils subissent une absorption, les matières solides
non digérables passent dans le gros intestin et rejeté à l’extérieur du corps par l’anus.
 3- Répartition topographique de la flore digestive :
La répartition de la flore varie selon les segments du tube digestif. Elle dépend de la teneur
du milieu en oxygène, des sécrétions du tube digestif haut, des nutriments disponibles et de la
vitesse du transit. Globalement il existe un gradient croissant :

a. Au niveau de la bouche : La cavité buccale se caractérise par des conditions convenables au

développement des bactéries : abondance de l’eau, disponibilité du nutriment divers, T° et pH adéquats,
pour chaque ml de la salive peut contenir des 1000000 de bactéries.

Chez le nouveau né les premières bactéries implantées appartiennent au genre Lactobacillus

et Streptococcus qui sont rapidement accompagné de bactéries anaérobies strictes malgré
les conditions d’environnement aérobies.

La microflore buccale est influencée par le régime alimentaire et le développement de

la dentition. En effet les dents permettre une bonne accumulation des bactéries et des substances qu’ils
sécrètent, cette accumulation appelée plaque dentaire provoque une détérioration de la dent. Dont l’espèce
en cause Streptococcus mutans.

Dans la bouche les bactéries dégradent les glucides en acide lactique particulièrement.

b. Au niveau de l’estomac : La microflore de l’estomac reste mal connu car le pH gastrique très acide
(pH= 1-2) due à la sécrétion du (HCl) a été considérée comme un éliment suffisant pour empêcher toutes
implantations bactérienne, et compte peu de bactéries (inférieure à 103 UFC/g). Malgré cette acidité
importante il y fallu attendre la découvert des Helicobacter pylori qui est responsable de la plus part des
ulcère gastrique.
 En dehors d’H. pylori, les autres bactéries dans l’estomac sont d’origines salivaire au
alimentaire, dont principalement les genres : Streptococcus, Bifidobacterium, Bacteroides, Lactobacillus
et des entérobactéries.

c. Intestin grêle : La microflore intestinale est en interrelation permanente avec les aliments
et l’organisme humain, l’ensemble constituant un écosystème complexe. Indispensable au bon
fonctionnement de l’organisme. Chez l’homme la microflore intestinale renferme environ 100 000
milliards de bactéries appartenant à plus de 400 espèces différentes. Il s’agit d’une biomasse considérable
dont l’activité se traduit par la production in vivo d’enzymes et de métabolites.

L’intestin grêle est constitué de 2 compartiments physiologiques différents qui sont

le duodénum dont les conditions s’apparentent à celle de l’estomac, donc absences de microorganismes et
l’iléum où le pH augmente progressivement, jusqu’ au colon.

 Le duodénum contient peu de bactéries, de l’ordre de 103-104 UFC/g, essentiellement des

bactéries appartenant aux genres : Streptococcus, Lactococcus et Veillonella ;

 Le jéjunum (104-106 UFC/g) a une microflore à majorité anaérobie facultative : des Streptococcus
accompagnés de quelques bactéries anaérobies strictes des genres Bacteroides et
Bifidobacterium ;

 L’iléon héberge une microflore plus variée et plus abondante : de (106-108 UFC/g).

Les bactéries habituellement présentes dans l’intestin grêle appartiennent aux genres :

- Lactobacillus, Streptococcus, et à quelques espèces de la famille des Enterobacteriaceae à

des concentrations faibles jusqu’à l’iléon où elles apparaissent dominées par des espèces
anaérobies à Gram négatif appartenant au genre Bacteroïdes.

d. Au niveau du gros intestin = Colon : le colon contient la population microbienne la plus importante
du corps. Des masse importantes de nutriment issue des résidus alimentaire non digérée par les enzymes
intestinales (Allulose, pectine,…), constitue une source importante d’énergie pour le développement
bactérienne, de plus les conditions physicochimiques stable : T = 37°C, pH neutre sont favorables au
développement bactérienne.

Au niveau du colon le nombre de bactéries dépasse 100 milliards de bactéries par gramme
des selles, c'est-à-dire les bactéries représentent 40% de la masse fécale total.

- La population bactérienne se composent principalement par des bactéries anaérobies,

Gram négatives non sporulant, plus 95% appartenant au genre Lactobacillus, des bactéries aérobies
anaérobies facultative comme E. coli, Klebsielle, Enterobacter, Proteus. Chez les enfants
et les nourrissons la population de Bifidobacterium bifidus peut être importante.

Le colon est fonctionnés comme un fermenteur en absence totale d’O2, donc les bactéries assurent une
fermentation très active des résidus alimentaires dont les produits terminaux sont des gaz : CO2,
H2, CH4,…des acides gras volatiles comme : acétate, propionate, butyrate qui sont activement absorbés
par la muqueuse de colon et une partie utilisé comme source d’énergie par ces cellules.

Dans le colon, 99.9% des bactéries sont des anaérobies strictes et 0,1% bactéries anaérobies facultatives.
 4- Rôles de la flore intestinale humaine :

4.1. Effets digestifs

Des modifications anatomiques et histologiques liées à la présence de la microflore sont mises en

évidence en comparant ce qui se passe chez l’animal conventionnel par rapport à l’animal axénique
(dépourvu de germes). C’est ainsi que l’on constate que :

- l’absence de flore entraîne un ralentissement du transit intestinal et une dilatation du cæcum

(effet sur la motricité),

- la vitesse de renouvellement cellulaire et l’index mitotique sont significativement réduits chez l’animal
axénique.

4.2. Effets nutritionnels

a. bénéfiques pour l’hôte

- production d’acides gras à chaîne courte diminuant la synthèse hépatique du cholestérol ;

l’un d’eux, l’acide butyrique, est la principale source d’énergie de la muqueuse colique,

- dégradation des hydrates de carbone non absorbés (amidon, pectine, glycoprotéines) aboutissant
à la production d’acides organiques assimilables par l’hôte (acétate, propionate, butyrate) et de gaz
(CO2,H2),

- hydrolyse des lipides alimentaires non absorbés grâce aux lipases bactériennes et à la conjugaison des
acides biliaires primaires, indispensable pour une bonne absorption des graisses,

- dégradation de certaines protéines et de certains acides aminés (tryptophane), permettant

la récupération de l’azote,
- apport vitaminique : certaines bactéries anaérobies facultatives (E. coli, E. aerogenes)
sont capables de synthétiser in vitro un large éventail de vitamines (biotine, riboflavine,
acide pantothénique, pyridoxine et vitamine K). Des bactéries anaérobies strictes
(Clostridium butyricum, Veillonella sp.) sont capables de synthétiser la vitamine B12, d’une grande utilité
pour la croissance locale bactérienne.

b. défavorables pour l’hôte

- métabolisme glucidique : les activités de type ß-glucuronidase libèrent à partir des ß-glucuronides des
aglycones à pouvoir cancérigène,

- métabolisme azoté : la dégradation par la microflore des nitrates et des amines secondaires aboutit à la
production de nitrosamines cancérigènes,

- métabolisme des xénobiotiques : possibilité d’inactivation de médicaments (inactivation de la digoxine

par Eubacterium lentum) ou de production de métabolites toxiques. Ainsi les myrosinases d’origine
bactériennes, capables d’hydrolyser les glucosinolates des crucifères (choux, navets…) peuvent être
responsables de diarrhées. De même, après consommation importante et prolongée de choux, les
métabolites dérivés de la 5-vinyl-oxazolidine-2-thione (goitrine) sont responsables d’une diminution
importante de la captation de l’iode par la thyroïde.

4.3. Rôle de protection Contre la colonisation par d'autres bactéries:

 Compétition pour les nutriments
 Production de molécules antibactériennes
 Aide à la maturation du système immunitaire
 Induction de la réponse immunitaire

4.4. Rôle de structure

 Maturation de l'épithélium intestinal
 Vascularisation des villosités (angiogenèse)
 Renforcement des jonctions cellulaires

II- Microflore digestive des ruminants :

1. L’anatomie du tube digestif des ruminants :

L’appareil digestif des ruminants se distingue des autres espèces animales par le particularisme
anatomique des estomacs. En effet, leur appareil est composé de trois compartiments placés avant la
caillette qui est le véritable estomac. Ce sont successivement le rumen (panse), le réseau (réticulum) et le
feuillet (omasum).
D’un point de vue anatomique, le système digestif des bovins se compose de la bouche, de la langue,
des dents, du pharynx digestif, de l’œsophage, des estomacs, des intestins, du rectum et de l’anus. Les
estomacs se composent du réseau, du rumen, du feuillet et de la caillette. Ils sont particulièrement adaptés
à la digestion d’aliments riches en fibres, tels que les fourrages. Le rôle de la digestion est d’extraire les
nutriments contenu dans les aliments pour les rendre absorbables par le tube digestif et disponibles pour le
métabolisme des cellules animales. La digestion combine des mécanismes physiques et chimiques.
2. Rumination ou Mastication mérycique :
C'est l'acte par lequel les aliments sont ramenés du rumen dans la cavité buccale pour être soumis à une
seconde mastication rendant les particules plus fines et à une deuxième salivation avant de retourner dans
la panse pour y être fermentés. En effet, la rumination facilite l'action des fermentations microbiennes et
la digestion de tous les composés alimentaires.

Par ailleurs, la rumination de la brebis parait avoir des caractéristiques très comparables à celles de la
vache ou de la chèvre. Elle rumine 7 à 8 heures par jour mais 75% de son activité mérycique s'effectue
préférentiellement la nuit avec un cycle de rumination de 51,2 secondes contre 62,4
secondes chez la chèvre (25,19). Quand le broyage est trop fin, le temps total de rumination
est diminué au point de devenir insuffisant.

Une fois le broyage mécanique terminé, les aliments se trouvent dans la panse où ils vont subir une
deuxième digestion.

3. Digestion :
La digestion met en jeu des phénomènes physiques (broyage, transit, ...) et des phénomènes dus à des
sécrétions digestives ou à l'action de la population microbienne développée dans le tube digestif et qui
permet à l'animal à la fois d'utiliser la cellulose des végétaux et d'assurer sa nutrition azotée en dégradant
les composés azotés simples et de synthétiser les vitamines du groupe B et la vitamine K.

Chez les ruminants, la caractéristique principale est que les aliments soient soumis à des actions
microbiennes dans les pré-estomacs avant de subir l'action des enzymes du tube digestif.
Ces phénomènes concernent principalement la partie antérieure du tractus digestif (réticulo-rumen) où les
conditions physico-chimiques sont favorables à l'action des micro-organismes.

Les conditions ambiantes sont définies par :

 un milieu riche en eau (85 à 90%),
  un apport régulier de nutriments,
 un pH élevé (6,4 à 7,0) tamponné par l'apport de minéraux (bicarbonates et phosphates)
de la salive,
 une température de 39 à 40°C,
 une élimination continue des produits terminaux de la digestion microbienne,
 des échanges permanents à travers la paroi du rumen.

4. Importance (Rôles) des microbes chez les ruminants :

4.1. Ils fournissent l'énergie à l'animal hôte :

Les aliments ingérés subissent d'abord une fermentation grâce aux microbes du rumen ; cette
fermentation microbienne est très importante puisque 60 à 90% des glucides de la ration, y compris ceux
des parois végétales, y sont fermentes. Ces parois, qui sont les composants essentiels des fourrages
pauvres sont partiellement dégradées par les microbes à l'aide de l'enzyme cellulolytique qu'ils sécrètent et
que ne possède pas l'animal hôte. La fermentation des glucides conduit à la production d'énergie sous
forme d'adénosine triphosphate (ATP) utilisée par les microbes pour leurs besoins d'entretien et de
multiplication.
Les produits terminaux de cette fermentation sont :

- les acides gras volatils (AGV): essentiellement l'acide acétique, l'acide propionique et l'acide
butyrique, dont les proportions dépendent de la nature des glucides alimentaires,
- le gaz carbonique et le méthane.

Les acides gras volatils, issus de la fermentation ruminale, sont absorbés dans le sang surtout
à travers la paroi du rumen. Ils constituent la principale source d'énergie pour l'animal hôte puisqu'ils
fournissent de 70 à 80% de l'énergie totale absorbée chez le ruminant.

4.2. Ils fournissent des protéines pour l'animal hôte :

Les matières azotées (protéiques et non protéiques) ingérées par l'animal sont soumises à l'action
protéolytique des microbes (bactéries, protozoaires et champignons) du rumen. Elles sont partiellement
dégradées dans des proportions variables selon plusieurs facteurs, en particulier leur solubilité. Les
matières azotées non protéiques des aliments, comme l'urée qui peut être ajoutée à la ration, sont dissoutes
en totalité et hydrolysées en ammoniac.

4.3. Ils fournissent des Eléments minéraux :

a. Les macro-éléments exercent des rôles important :

 tampon minéral : permet de limiter la chute rapide du pH, conséquente de l’ingestion des régimes
riches en glucides hautement fermentescibles ;
 maintien d’une pression osmotique favorable aux fermentations dû essentiellement aux ions
minéraux (Na, K, PO4, Cl, Mg, Ca) ;
 favorise la protéosynthèse microbienne : sont associés aux composants essentiels
de la cellule bactérienne et sont nécessaires à la majorité des activités enzymatique intra
ou extracellulaire (les activités amylasiques et cellulasiques sont stimulées par le Ca).

b. Les oligo-éléments : jouent des rôles important dans :

 de nombreuses activités enzymatiques bactériennes sont régulées par des oligo-éléments tels que le
fer (Fe), le manganèse (Mn), le zinc (Zn), le cobalt (Co), le sélénium (Se), le nickel (Ni)...
 la composition d’éléments cellulaires comme les ribosomes ou les membranes ;
 la synthèse de certaines vitamines, notamment la vitamine B12 qui nécessite l’apport du Co.
5. La microflore du tube digestif :
La micro population du rumen se caractérise par son extrême diversité car l'on y trouve un important
nombre de bactéries, de protozoaires, de champignons, et de bactériophages.

5.1. Les bactéries

Les bactéries sont très nombreuses dans le rumen : de l’ordre de 10 milliards par ml de jus
de rumen. Plus de 200 espèces bactériennes sont présentes, composée essentiellement de bactéries
anaérobiques strictes non sporulées. Elle constitue environ 50% de la biomasse du rumen.
Ces bactéries sont classées selon les substrats qu’elles sont capables de fermenter ou de dégrader :
bactéries cellulolytiques (Bacteroides succinogenes, Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens,
Butyrivibrio fibrisolvens), Hémicellulolytiques (Bacteroides ruminicola, Butyrivibrio fibrisolvens),
pectinolytiques, amylolytiques (Bacteroides amylophilus, Streptococcus bovis (aérobie facultatif),
Bacteroides ruminicola), uréolytiques, E coli, etc...
Elles synthétisent la plus grande partie des vitamines.

Le rôle joué par ces bactéries est très important :

1) hydrolyser l’urée ;
2) dégrader les cellules épithéliales fortement kératinisées ;
3) éliminer l’oxygène qui diffuse à travers la paroi du rumen depuis la voie sanguine ;

5.2. Les protozoaires

Les protozoaires constituent prés de la moitié de la biomasse microbienne et leur concentration varie
de 104 à 106 cellules/ml. Ils ont plusieurs fonctions parmi lesquelles :

o La dégradation de la cellulose, des hémicelluloses et des pectines ;

o L’activité protéolytique ;
o L’activité de macrophage :;
o Source d’acides aminés.

5.3. Les champignons : Les champignons présents dans le rumen sont des champignons anaérobies
cellulolytiques. Ils dégradent donc la cellulose et les hémicelluloses, et sont particulièrement abondants
lors de rations riches en fourrages.

Les champignons du rumen n'ont été découverts que tardivement. La population fongique
est estimée à 103 et 105 cellules/ml soit environ 10% de la biomasse microbienne.

5.4. Les archées : Les archées sont connues principalement pour leurs activités méthanogènes dans les
fermentations anaérobiques, où 108 à 109 archées / g de contenu ruminal.
Majoritairement: Methanobrevibacter Methanomicrobium Methanobacterium Methanosarcina

5.5. Les virus : 125 types morphologiques de bactériophages ont été observés dans le rumen. Leur rôle
parm la population microbienne n'est pas bien connu. Bien qu'ils lysent Streptococcus bovis
et Bifidobactéruim thermophilus in vitro.