Universit e Libre de Bruxelles Facult e des Sciences Appliqu ees

Ann ee acad emique 2005-2006

R esum e de biologie animale et v eg etale

Prof. Louis De Vos BIOL -G-101

Nguyen Anh Dung

Introduction
L etude de la biologie commenca vraiment avec lapparition du microscope invent e par A.Leeuwenhoek. Dans la m eme p eriode, R.Hooke invente lui aussi le microscope mais en Angleterre. Avec ces appareils, ils vont tenter de voir ce qui est invisble ` a lil nu. Cependant, il faudra attendre environ 200 ans pour que T.Wirshows tire des conclusions et emette un postulat important: Toute cellule provient dune cellule existante. Cela implique donc que les cellules ne naisssent pas ` a partir de rien. Comment d enit-on l etat vivant? Quest ce que la vie? En eet, il est assez dicile de d enir l etat vivant, de faire la di erence avec linanim e. Pour cela, on d enit des caract eristiques de l etat vivant: la croissance la reproduction la nutrition pour avoir de l energie. Cela entraine la d ef ecation ( elimination des el ements, aliments non assimil es par lorganisme) et lexcr etion ( elimination des d echets produits ` a partir du m etabolisme) la respiration (on capte loxyg` ene, on oxyde les aliments et on produit de l energie) la circulation (distribution et r epartition des aliments) Et pour que tout cela marche, il y a aussi une r egulation. On peut voir que cest caract eristiques se retrouvent bien dans le monde v eg etal. Au niveau de la croissance et de la reproduction, ca semble assez clair. La nutrition est par contre di erente de la nutrition animale. De plus, il ny a ni d ef ecation ni excr etion. La production d energie se fait par la photosynth` ese. La respiration consiste en lutilisation et la consommation de loxyg` ene et le rejet de dioxyde de carbone. Quant ` a la circulation, il sagit de la circulation de la s` eve. Une distinction doit egalement etre faite entre: h et erotrophe (animaux et humains): qui mangent les autres autotrophes (v eg etaux): qui ne mangent personne, qui se nourissent tout seul.

Chapitre 1

Les procaryotes
Les procaryotes sont les organites actuels les plus simples qui manifestent les caract eristiques de la vie. Ils sont d epourvues de noyau et de tout organite d elimit e par une structure membranaire. Les procaryotes comportent: Les eubact eries qui englobent la majorit e des bact eries actuelles, Les arch eobact eries qui vivent dans des conditions environnementales extr emes, Les mycoplasmes qui sont de grandes tailles et se rapprochent des gros virus dont ils se distinguent par le fait quils assurent leurs propres synth` eses, Les rickettsies qui ne se d eveloppent que dans les cellules de vert ebr es. Ce sont donc des parasites oblig es, Les cyanophyc ees qui sont des procaryotes autotrophes.

1.1

Importance des bact eries

Les bact eries jouent un r ole essentiel dans l equilibre du monde vivant et pr esentent, ` a ca titre, de multiples interf erences avec la biologie humaine. Toutefois, laspect le plus souvent soulign e est le r ole que certaines dentre elles, dites pathog` enes, jouent dans lapparition de maladie. Il importe cependant de ne pas oublier que la plupart des bact eries ne sont pas pathog` enes. Certaines bact eries, dites symbiotiques, constituent des symbiotes indispensables au bon fonctionnement du tube digestif. Chez lhomme, cest lEscherichia Coli qui transforme lensembles des d etritus de la digestion en une p ate f ecale. Citons egalement le r ole fondamental de certaines bact eries, dites xatrices dazote, qui convertissent lazote mol eculaire N2 de latmosph` ere en azote assimilable N O2 , N O3 ou N H3 . Cette transformation est essentielle car aucun organisme vivant (sauf les bact eries xatrices dazote) nest capable dutiliser directement lazote mol eculaire. Il existe aussi diverses bact eries assurant la d ecomposition des d etritus organiques et permettant ainsi le recyclage des constituants majeurs des etres vivants. On appelle fermentation, la d egradation bact erienne des polysaccharides en alcool et CO2 et putr efaction, la d egradation bact erienne des prot eines et des acides nucl eiques, c` ad des constituants azot es. Notons pour nir quau cours de ces cinquante derni` eres ann ees, les bact eries sont devenues des outils extr emement oerformants pour l etude exp erimentale de la biologie cellulaire ou moll eculaire et de la g en etique.

1.2

Description dune bact erie (E.Coli)

La bact erie E.Coli est la mieux connue actuellement pour plusieurs raisons: cest un mat eriel biologiques in epuisable 3

 elles se cultivent tr` es ais ement au labo et ne sont pas pathog` enes on en conna t de tr` es nombreuses souches mut ees pour diverses fonctions elles se reproduisent rapidement (temps de g en eration dans de bonnes conditions: 20 min) Cette bact erie, en forme de b atonnet, est de petite taille, 2m de long pour 1m de diam` etre. Elles ne forment jamais de spores et se d eplacent ` a laide de laments agell es. Quand on regarde la composition chimique de la bact erie en phase exponentielle de multiplication, on peut remarquer que 70 % de la masse totale est constitu e deau (m eme pourcentage pour la plupart des cellules vivantes). Leau est en eet indispensable au bon d eroulement de la majorit e des r eactions biochimiques car elle est un dip ole qui soriente dans un champ electrique, elle est un excellent solvant (cste di electrique elev e) et sa chaleur sp ecique est elev ee. Les ions min eraux et les petites mol ecules organiques, qui repr esentent 25 % de la masse s` eche sont extr` emement nombreux mais peu diversi es. Ces mol ecules constituent les mat eriaux de synth` ese n ecessaires au m etabolisme cellulaire. Les prot eines quant ` a elles sont tr` es diversi ees et repr esentent pr` es de 50 % de la masse s` eche. Les acides nuc eiques (25 % de la masse s` eche) comportent une seule esp` ece dacide d esoxyribonucl eique (ADN) et quelques milliers desp` eces dacides ribonucl eiques (ARN). Les macromol ecules sassocient pour former des structures quali ees dorganites.

1.2.1

La paroi

Toutes les bact eries sont entour ees dune paroi extensible constitu ee de mucopeptides propres aux procaryotes: les mur eines qui sont des prot eoglycanes c` ad des mol ecules constitu ees de longues cha nes de polysaccharides li es entre elles de mani` ere covalente par de courtes s equences de peptides. Les cha nes ainsi cr e ees sont des copolym` eres de deux hexoses amin es: la N-ac etylglucosamine (NAG) et lacide N-ac etylmuramique (NAM) qui forment de longues cha nes parall` eles, pont ees entre elles par des s equences dacides amin es. (voir sch ema p6 en bas) En bact eriologie, les bact eries sont souvent r epertori ees selon leur anit e pour un r eactif color e (cfr Gram le danois). Les bact eries GRAM , de loin les plus nombreuses, ne pr esentent pas cette anit e. Leur paroi comporte en plus de la mur eine une couche externe de nature phospholipidique. Celle-ci poss` ede les caract eristiques fondamentales dune membrane biologique mais aussi des particularit es telles que la pr esence de porines (=canal prot einique) permettant la diusion de petites mol ecules et la pr esence de glycolipides. La paroi bact erienne constitue pour la cellule un v eritable squelette externe qui oppose une r esistance aux liquides contenus dans la cavit e quelle d elimite. Chez les bact eries, la pression osmotique peut atteindre des valeurs de 5 ` a 20 atmosph` eres. Le pouvoir pathog` ene de certaines souches bact eriennes est fr equemment li ee ` a lexistence de constituants particuliers de la paroi, sp eciques de ces souches. Notons encore que parmi les antibiotiques qui repr esentent un ensemble tr` es h et erog` ene de substances produites au d epart des microorganismes et susceptibles de tuer ou dinhiber le m etabolisme dautres microorganismes, il en existe toute une gamme qui agissent directement au niveau de la paroi des bact eries GAM + .

1.2.2

La capsule ou glycocalyx

Dans des conditions naturelles, de nombreuses bact eries sont couvertes par une enveloppe muqueuse ext erieure ` a la paroi: la capsule ou glycocalyx. Elle est compos ee principalement de carbohydrates complexes, dacides organiques ou encore de prot eines riches en un acide amin es particulier: lacide glutamique.

Cette capsule leur permet de se lier: a ` des surfaces inertes telles les dents ou les rochers qui tapissent le lit dune rivi` ere ou dun torrent ` a des cellules eucaryotes ` a dautres bact eries par fusion des capsules et formation dune enveloppe commune.

1.2.3

La membrane plasmique

Structure Dun point de vue chimique, toutes le biomembranes sont compos ees de prot eines et de phospholipides complexes. Ces phospholipides sont ds mol ecules amphiphiles et asym etriques pr esentant une extr emit e polaire, donc hydrophile, prolong ee par deux longues cha nes aliphatiques fortement hydrophobes. En phase acqueuse, de tels lipides sorganisent spontan ement soit en micelles, soit en bilames o` u les cha nes aliphatiques se font face de mani` ere ` a minimiser les contacts entre ces cha nes et leau. Les couches hydrophobes des deux couches se font face. La membrane appara t donc comme un lm hydrophobe imperm eable s eparant deux milieux hydrophiles. (voir sch ema p23 des notes en haut) Une bonne repr esentation est le mod` ele en mosa que uide, propos e par Singer et Nicholson en 1972, qui pr esente lavantage de tenir compte des fonctions d echange de la membrane.Selon ce mod` ele, la membrane plasmique est un syst` eme dynamiquedans lequel les les phospholipides sont anim es de mouvement. Ceux-ci tournent rapidement autour de leur axe et changent lat eralemenr de place avec leurs voisins. Par contre, ils ne basculent pratiquement jamais dune lame ` a la lame oppos ee. De tr` es nombreuses prot eines d erivent dans cet oc ean de phospholipides, se disp` ersent de fa con al eatoire ou au contraire, se rassemblent en divers endroits. Celles-ci sont soit des transporteurs, soit des r ecepteurs de signaux, des enzymes ou des canaux ioniques. Les prot eines membranaires sont soit int egrales, c` ad quelles traversent la bilame de part en part une ou plusieurs fois, soit extrins` eques, c` ad partiellement ins er ees dans la bilame. Contr ole et r ealisation des echanges avec le milieu Il y a deux types d echanges: soit passifs, soit actifs. Les echanges passifs sont tous ceux qui tendent ` a r etablir l egalit e des concentrations et des charges electriques de part et dautre de la membrane. Ils ne n ec essitent pas d energie. Ils seectuent par diusion simple, par osmose, ou par diusion facilit ee, soit ` a travers les bilames de phospholipides, soit par des canaux prot einiques. La diusion simple correspond au d eplacement de la mati` ere sous leet des mouvements browniens. Compte tenu du caract` ere statistique de lagitation thermique, le nombre de mol ecules quittant une r egion est proportionnel ` a la concentration de cette mol ecule dans la r egion. La diusion correspond donc au passage de mol ecules ou dions, du c ot e o` u leur concentration est elev ee vers le c ot e o` u leur concentration est plus faible. Dans le cas des ions, le passage r epond non seulement au gradient de concentration, mais ` a toute di erence de potentiel entre les deux faces de la membrane. Cette diusion simple suit la Loi de Fick: Ji = Di A dCi d

i o` u Ji est le ux, Di le coecient de diusion, A la surface et dC d le taux de variation de concentration en fonction de la distance. Il faut remarquer que le coecient de diusion d epend de lanit e de la substance diusible pour la bilame hydrophobe. Leau est quasiment le seul compos e qui diuse librement. Cest pourquoi on qualie la membrane plasmique de semi-perm eable.

Losmose peut etre assimil ee ` a la diusion mais, dans ce cas, le ux est limit e au solvant, c` ad ` a leau. Elle tend ` a egaliser les pressions de part et dautre de la membrane. La pression osmotique entraine un ux deau ` a travers une membrane g en eralement semi-parm eable, du c ot e` a faible concentration en substances dissoutes vers le c ot e` a haute concentration. La pression osmotique dune solution d epend uniquement du nombre de particules dissoutes et non de leurs poids ou de leurs charges. Suivant que la pression osmotique du milieu est sup erieure, egale ou inf erieure ` a celle de la cellule, on parle de milieu hyper - iso ou hypotonique. En milieu fortement hypotonique (concentration dans la cellule sup erieure ` a la concentration du mileu), la p en etration deau aboutit le plus souvent l eclatement de la cellule. En mileu fortement hypertonique, toute cellule perd une partie plus ou moins importante de son eau et diminue de volume. Au-del` a dun certain taux, la perte deau entra ne la mort de la cellule: cest la plasmolyse. La diusion facilit ee par des transporteurs est egalement assur e par un gradient de concentration electrochimique. Certaines petites mol ecules hydrophiles se lient temporairement ` a une prot eine transporteuse (parfois appel ees perm eases) pour traverser la bilame de phospholipides. La diusion facilit ee est sp ecique c` ad que chaque prot einene v ehicule quun type de mol ecule. Les transports actifs sont tous ceux qui augmentent la dyssim etrie des concentrations et/ou des charges electriques. Ils sont mis en uvre par des prot eines sp ecialis ees qui ne peuvent fournir de travail que si elles disposent dune source d energie. Celle-ci est fournie le plus souvent sous forme dad enosine triphosphate (ATP). Oxydations phosphorylantes Chez les bact eries a erobies qui requi` erent de loxyg` ene pour la production d energie, la membrane plasmique est le si` ege de la respiration c` ad de lensemble des r eactions de phosphorilations oxydatives dont le bilan est: Glucose + O2 CO2 + H2 O + Energie ADP + Pi + Energie AT P Chez un certains nombre de bact eries GRAM + , la respiration est localis ee au niveau dinvaginations membranaires: les m esosomes.

1.2.4

Les ribosomes

Les ribosomes sont des organites essentiels car ils sont le si` ege de la synth` ese des prot eines. Ce sont des particules subsph eriques form ees dune petite et dune grosse sous-unit e et constitu ees par 60 % dARN et 40 % de prot eines. (voir sch ema p11 milieu) Il peut sembler etrange que la somme des s des deux sous unit es ne fassent pas le nombre de s du ribosome mais cela est normal et est d u au fait que le ribosome ` a son propre nombre de s. Lunit e s est le Svedberg qui donne les caract eristiques de centrifugation, sur la masse de la particule. Les ribosomes des procaryotes est essentiellment semblables ` a ceux des eucaryotes, mais ils sont plus petits. Chez E.Coli, leurs constantes de s edimentation sont respectivement de 70s pour le ribosome complet, 30s pour la petite sous-unit e et 50s pour la grande. La sous-unit e comprend 21 prot eines et un ARN de coecient de s edimentation 16s et la sous-unit e 50s comprend 34 prot eines et deux ARN dont le coecient de s edimentation sont respectivement de 23s et 5s. Dans un procaryote, on d enombre de 20 ` a 30000 ribosomes. Certains sont libres et inactifs alors que ceux qui sont le si` ege de la synth` ese des prot eines sont group es en courtes cha nes appel ees polysomes.

1.2.5

LADN bact erien

Le centre de la cellule procaryote est occup e par une mol ecule g eante bicat enaire dADN annulaire, fortement pelotonn ee sur elle-m eme et x ee au moins en un point ` a la membrane plasmique. On la qualie de nucl eo de. Chaque brin de cette mol ecule comporte environ 3.106 nucl eotides. Ceux-ci sont constitu es dune base azot ee (purine (ad enine ou guanine) ou pyrimidine (cytosine ou thymine)), dun sucre (d esox eribose) et dun groupement phosphate. Lassociation dune base azot ee et dun sucre constitue un nucl eoside. On en compte quatre: ad enosine, guanosine, cytidine et thymidine. Par addition dun groupe phosphate au carbone 5 du sucre, on obtient un nucl eotide egalement au nombre de quatre: nom du nucl eotide + phosphate. LADN (acide d esoxyribonucl eique) est un polym` ere de d esoxyribonucl eotides. La liaison des nucl eotides se fait au niveau du sucre et du groupement phosphate (il est attach e au carbone 5 du sucre). La polym eration des nucl eotides se r ealise entre le groupe phosphate (attach e au carbone 5) dun nucl eotide et le carbone 3 du nucl eotide suivant. LADN poss` ede les caract eristiques suivantes: la liaison internucl eotiques est de type 3-5 cette liaison assym etrique lui donne une orientation (extr emit e 3 et extr emit e 5) le squelette est une alternance de sucres et de phosphates les bases azot ees forment les bras lat eraux de la cha ne

Les bras lat eraux sont reli es par des liaisons faibles non covalentes mais susantes pour maintenir une coh esion. Aussi, lorientation de deux cha nes compl ementaires est oppos ee cha nes antiparall` eles. Le mod` ele de Watson et Crick Ils ont repr esent e lADN par deux longues cha nes de nucl eotides enroul ees lune autour de lautre en h elice (double h elice) o` u les parties hydrophobes des bases azot ees evitent au maximum le contact avec leau car elles sont situ ees au sein de la mol ecule. Les bases sont unies par des liens hydrog` enes sp eciques: lad enine est toujours li ee ` a la thymine par deux liaisons hydrog` enes et la guannine ` a la cytosine par trois liaisons. Cest le principe de compl ementarit e des bases. On a que la torsade des brins nest pas sym etrique. On a donc un sillon dit majeur et un sillon mineur.

1.2.6

Lhyaloplasme

Il sagit de la partie non visible de la bact erie et qui consiste en une solution tr` es complexe de mol ecules, dont des prot eines enzymatiques et ribonucl eotides, et dions.

1.2.7

Autres organites

Ceux mentionn es ont un r ole important chez certaines bact eries mais font totalement d efaut chez lhomme. les agelles sont des expansions liformes qui leur permettent de se mouvoir. Ils sont constitu es dune prot eine contractile: la agelline. Les pili qui sont des expansions tubulaires rigides constitu ees dune prot eine: la piline. La plupart participe ` a ladh erence de la bact erie ` a divers substrats. Les chromatophores sont des invaginations de la membrane plasmique qui forment des saccules ou des empilements lamellaires et qui contiennent en particulier les pigments. 7

 Les plasmides sont des petites mol ecules dADN annulaires qui portent un nombre limit es de g` enes et dont la r eplication est ind ependante de celle de lADN principal. Ils peuvent porter les g` enes responsables de la conjugaison de la r esistance aux antibiotiques. Ces plasmides peuvent sint egrer ou sexciser de lADN pricipal mais egalement passer par conjugaison dans une bact erie etrang` ere. Cette facult e fait des plasmides un outil essentiel de la g en etique mol eculaire mais peut egalement devenir un eau (cfr r esistance aux antibiotiques).

1.3

Les virus

Les virus sont constitu es des m emes macromol ecules que les cellules vivantes mais ils nont pas de m etabolisme propre et ils sont donc incapables de se reproduire. On les consid` erent donc comme des objets biologiques, non vivants qui se font reproduire par des cellules dont ils alt` erent le fonctionnement. Ils sont donc des parasites intracellulaires et peuvent causer des maladies graves. Certains virus sont parasites des bact eries, ce sont les bact eriophages ou phages. La forme infectieuse des virus est appel ee virion. A quelques exceptions pr` es, les virus sont constitu e exclusivement dun ADN (virus ` a ADN) ou dun ARN (virus ` a ARN) central et dune capside form ee dune ou plusieurs prot eines. Le g enome viral contient une seule mol ecule dacide nucl eique lin eaire ou circulaire. La coque des virus est appel ee capside. Elle se compose dun grand nombre de sous-unit es peu vari ees, nomm ees capsom` eres. Certains virus ont des structures accesoires, comme une enveloppe par exemple, qui leur permettent dinfecter leur h ote. Ceux qui ne poss` edent pas denveloppe sont quali es de nus. Labsence de tout appareil de synth` ese chez le virus les rend totalement insensibles aux substances qui interf` erent avec les biosynth` eses.La seule arme qui peut agir contre les virus est le syst` eme immunitaire.

Chapitre 2

La synth` ese des prot eines

2.1 Importance des prot eines

Les prot eines constituent g en eralement plus de 50 % du poids sec des cellules animales. Elles remplissent de nombreuses fonctions parmi lesquelles: la fonction denzymes, dhormones, de toxines, de prot eines structurales, contractiles, de transport ou encore immunologiques. Ce sont toutefois les enzymes qui constituent la classe des prot eines la plus importante et la plus diversi ee. Ceux-ci sont des catalyseurs qui permettent aux r eactions biochimiques de se d erouler dans des conditions de temp eratures et de pression compatibles avec la vie, ` a une vitesse contr ol ee et non explosive et dune mani` ere sp ecique. En outre, ces mol ecules se retrouvent intactes ` a la n de la r eaction et peuvent donc servir un nombre illimit e de fois.

2.2

Structure de prot eines

Les prot eines sont des coploym` eres dacides amin es (AA).Chez lorganisme vivant, il existe 20 AA qui di` erent entre eux par le radical R qui peut etre basique, acide, polaire neutre ou non polaire. Les AA sont des mol ecules chirales et asym etriques. (cfr image acide amin e p21 en bas) A partir de ces 20 AA, les organismes vivants peuvent construire des milliers de prot eines di erentes. La condensation de deux AA forme un dipeptide qui implique l etablissement dune liaison peptidique entre le groupement carboxyle dun AA et le groupement amin e du suivant et l elimination dune mol ecule deau. (cfr sch ema p21 en bas) Cette liaison pr esente deux caract eristiques essentielles: il sagit dune structure plane et le carbone asym etrique (carbone ) qui porte ` a la fois le radical N H2 et COOH ore une articulation libre autour de laquelle les radicaux peuvent pivoter librement. (cfr schema p22 haut) Les polypeptides sont de longues cha nes dacides amin es. La plupart en contiennent de 100 ` a 300. LAA dune des extr emit es dun peptide a un groupement amin e intact, cette extr emit e est appel ee N terminal. Lextr emit e oppos ee, appel ee C terminal, a un groupement carboxyle intact. On fait la distinction entre oligopeptide, form e de moins de 30 AA, et polypeptide en poss edant de 40 ` a 1000. Les prot eines sont des unit es fonctionnelles form ees dune ou plusieurs cha nes polypeptidiques. La conformation des prot eines comporte quatre niveaux dorganisation structurale. La structure primaire est la s equence lin eaire ordonn ee de ses acides amin es. Elle est orient ee et + polaris ee puisquune de ses extr emit es pr esente en groupe N H3 terminal libre et lautre un groupe COO libre. La conformation tridimensionnelle due ` a la rotation possible autour du carbone est d enie par les structures secondaires et tertiaires (impos ees par la primaire). La structure secondaire est un arrangement r egulier d u` a des liaisons hydrog` ene qui s etablissent entre les r esidus dacides amin es. En raison des angles de liaison caract eristiques du lien peptidique, 9

la cha ne polypeptidique tend ` a adopter une structure en h elice ou en feuillet. Lh elice , type le plus commun de strucure secondaire, r esulte des liaisons hydrog` enes qui s etablissent entre le groupement amine NH dune liaison peptidique et le groupement carboxyle CO dune autre liaison de la m eme cha ne. Dans ces h elices, les radicaux des AA sont tourn es vers lext erieur et sont de ce fait susceptibles de r eagir avec le solvant ou avec dautres mol ecules voisines. Les feuillets pliss es forment le deuxi` eme type important de structure secondaire. Dans ce cas, la prot eine se replie en formant des feuillets parall` eles. Des liaisons hydrog` enes se forment egalement entre des groupements amine et carboxyles mais les r esidus dAA appartiennent soit ` a des cha nes di erentes soit ` a des segments eloign es de la m eme cha ne qui de ce fait se trouvent rapproch es. (schema p23 haut) Une m eme prot eine peut pr esenter la strucure en h elice et en feuillet. Cest notamment le cas des prot eines transmembranaires o` u les h elices sont gen eralement transmembranaires tandis que les feuillets forment les coudes extramembranaires. Les h elices , enroul ees comme des ressorts poss` edent une certaine elasticit e tandis que les feuillets sont inextensibles. La structure tertiaire est la conguration tridimensionnelle globale adopt ee par chacune de cha nes constitutives de la prot eine (schema p23 bas). Elle est fortement inuenc ee par trois types dinteractions entre les radicaux des di erentes parties de la cha ne. les liaisons ioniques entre radicaux charg es positivement les liaisons disulfures covalentes unissant les atomes de soufre de deux r esidus de lAA cyst eine les interactions hydrophobes attribuables ` a la tendance des radicaux non polaires ` a se regrouper ` a lint erieur de la mol ecule. La fonction dune prot eine repose sur sa conguration spatiale ainsi que sur sa capacit e ` a reconna tre dautres mol ecules et de sy lier sp eciquement. La structure quaternaire r esulte de lassociation structur ee de plusieurs cha nes polypeptidiques synth etis ees s epar ement.

2.3
2.3.1

Origine et transfert de linformation

La transmission bact erienne: r ole de lADN

Cest gr ace ` a des souches bact eriennes (S smooth pathog` enes et R rough non pathog` enes) que limportance de lADN a et e mise en evidence. Ils ont remarqu e que si on cultive des bact eries de souche R en pr esence dADN puri es ` a partir des bact eries de souche S, certaines bact eries sont transform ees en bact eries S. Ces bact eries transform ees transmettent le nouveau caract` ere ` a leurs descendants.

2.3.2

Mise en uvre de linformation

Les premiers chercheurs ont compris que linformation n etait pas transmise directement de lADN aux prot eines. En eet, chez les eucaryotes, lADN se trouve dans le noyau alors que les prot eines sont synth etis ees dans la cytoplasme, au niveau des ribosomes. De fait, un autre acide nucl eique, lARN (acide ribonucl eique) joue le r ole dinterm ediaire. Ce r ole a et e mis en evidence en montrant la corr elation entre la quantit e dARN et lactivit e de synth` ese des prot eines. Il faut remarquer que lARN poss` ede des propri et es tr` es di erentes de lADN: il est en g en eral monocat enaire, il contient du ribose et non du d esoxyribose et la thymine est remplac ee par luracile. En outre, il existe trois types di erents dARN qui jouent chaucn un r ole sp ecique dans le transfert de linformation ` a partir de lADN: lARN messager ARNm (3 ` a 5 %), de transfert ARNt (10 ` a 20 %) et ribosomial ARNr (75 ` a 85 %).

10

2.3.3

La transcription

La transcription correspond ` a la synth` ese dun ARNm ` a partir de ribonucl eotides isol es en prenant mod` ele sur un segment dADN. Ce m ecanisme respecte les lois dappariement des bases (C-G et A-U). La synth` ese du brin dARN seectue par copolym erisation, c` ad laddition successive de ribonucl eotides compl ementaires du brin dADN matriciel. Il n ecessite lintervention dune enzyme, lARN polym erase. La transcription se d eroule en trois etape: linitiation, l elongation et la terminaison. Linitiation Les r egions de lADN qui signalent le d ebut de la transcription sont appel ees promoteurs. Chez E.Coli, ces promoteurs comportent deux r egions dont les s equences sont toujours les m emes TGTTGACA dune part et TATAAT dautre part. LARN polym erase se xe sur lADN au niveau dun promoteur gr ace ` a lun de ses sites actifs: le facteur . Cest d` es lors la position du promoteur qui d etermine celui des deux brins qui sera lu. Ce brin est quali e de brin matriciel. Losque le contact est etabli, lenzyme d eroule localement la double h elice dADN et amorce la synth` ese de lARN. (schema p26 bas) L elongation Apr` es avoir initi e la transcription, le facteur se dissocie de lARN polym erase, tandis que la synth` ese des nucl eotides se poursuit. Le sens de lecture de lADN est toujours de 3 ` a 5. Par cons equent, le sens de synth` ese de lARN form e est n ecessairement 5 ` a 3. Il est donc compos e dune cha ne compl ementaire du brin dADN transcrit. LARN polym erase se d eplace le long du brin matriciel dans la direction 3-5. Comme la cha ne dARN en formation lui est antiparall` ele, l elongation de lARN se fait dans le sens 5-3. Le brin dARN en formation se d etache de lADN au fur et ` a mesure de sa synth` ese, ce qui permet ` a lADN de tr` es vite retrouver sa structure bicat enaire. La terminaison LARN polym erase reconna t egalement les signaux de terminaison de la cha ne. La terminaison de la transcription seectue g en eralement par la formation dune structure en epingle ` a cheveux: deux segments riches en C et G constituent des s equences compl ementaires s epar ees par une courte s equence non compl ementaire. La cha ne se termine par une s erie de UUUUUU-3. (schema p28 bas)

2.3.4

Le code g en etique

Au cours de la transcription, lARN polym erase ne fait que transposer le langage nucl eotidique de lADN en un langage similaire, celui de lARN. Or au cours du transfert dinformation, le langage nucl eotidique est transform e en langage polypeptidique c` ad en un alphabet compos e dacides amin es. La relation entre les deux alphabets nest pas imm ediate puisque le premier comporte quatre lettres tandis que le second en comporte vingt. Lexp erience a montr e que les bases de lARNm sont lues par groupes de trois unit es adjacentes. Cest ` a ces triplets que lon a donn e le nom de codon. Toutefois, il faut noter que le nombre de combinaisons possibles de quatre bases prises trois ` a trois s el` eve ` a soixante-quatre. Quarante-quatre codons sont donc en principe exc edentaires. Cet exc edent est absorb e par le fait que trois codons dits codons stop ne correspondent ` a aucun acide amin e et que certains codons, quali es de synonymes, correspondent au m eme acide amin e. On dit pour cette raison que le code g en etique est redondant ou d eg en er e.

11

2.3.5

D ecryptage du code g en etique

Toutes les etapes de la synth` ese des prot eines peuvent se d erouler in vitro dans un syst` eme comportant des ribosomes, des ARNt , des enzymes dactivation, de lARNm et des acides amin es. Si ces derniers sont marqu es par des isotopes radioactifs, les bouvelles prot eines pourront etre distingu ees de celles introduites dans le syst` eme par leur marquage. En fournissant ` a un tel syst` eme des ARNm articiels, constitu es dun seul type de nucl eotides ou de portions connues de deux ou trois nucl eotides di erents, et en analysant les prot eines ainsi produites, on a pu d echirer la relation code nucl eique-code prot eine et d emontrer que ce code est commun ` a tous les etres vivants. (schema p29 haut ou p62 des notes)

2.3.6

La traduction

LARNm est appel e messager car il intervient comme une copie de lADN dirigeant la synth` ese des prot eines. Toutefois, il nexiste aucun m ecanisme qui permet ` a un acide amin e de reconna tre directement son ou ses codons sp eciques dans lARNm . Les ARN de transfert Ils constituent une classe de petites mol ecules form ees denviron 70 nucl eotides. Tous pr esentent une alternance de r egions bicat enaire enroul ees en h elice et stabilis ees par des liaisons hydrog` ene et des r egions monocat enaires. Globalement, ils ont une structure en forme de tr` ee et sont caract eris es par plusieurs sites actifs: un triplet de nucl eotides appel e anticodon, un triplet CCA, 3 terminal, site dattachement dun acide amin e (acylation) et des sites dattachement de lARNt aux ribosomes. Ils contiennent en plus des ribonucl eotides ` a base A, G, C, U certain nucl eotides ` a bases dites rares telles linosine (I) ou la pseudouridine ( ). Ces bases jouent un r ole sp ecique dans le reploiement de lARNt et constituent fr equemment la troisi` eme base de lanticodon. Cela explique que la liaison entre codon de lARNm et lanticodon de lARNt est moins strictes que celles qui existe qu sein dun ADN bicat enaire. Ceci signie aussi quun m eme ARNt peut se lier ` a plusieurs codons qui ne di` erent entre eux que par leur troisi` eme base. L etape appel ee activation des acides amin es consiste ` a lier des AA ` a leur ARNt correspondant. Cette r eaction est catalys ee par une enzyme, laminoacyl-tRNA et consomme de l energie sous forme dATP. La liaison se r ealise entre lextr emit e 3 du ribose de lad enosine et de lARNt et le groupement carboxyle de lAA. Les di erents ARNt poss` edent chacun une conguration tridimensionnelle di erente ce qui leur permet d etre reconnu par lamino-acyl-synth etase correcte et donc d etre sp ecique ` a un AA. Aussi, bien quil y ait 64 codons, il nexiste quune quarantaine dARNt . Ceci sexplique par le fait que pour de nombreux AA, le codon correspondant pr esente plusieurs synonymes au niveau de la troisi` eme base du triplet. Celui-ci assure une liaison moins ferme avec lanticodon et autorise une forme de wobbling (oscillation). Les ribosomes Ceux-ci sont le si` ege de la copolym erisation des AA, c` ad de la synth` ese prot einique. Leur r ole consiste ` a assurer le bon positionnement des ARNT charg es de leur AA vis-` a-vis des codons des ARNm et ` a etablir le lien peptidique. Chacun comporte trois sites de liaison pour ARNt (site P, A et E), une enzyme assurant la liaison peptidique, la peptidyl-transf erase et un site de liaison pour lARNm . (schema p31) La traduction proprement dite Comme la transcription, la traduction se d eroule en trois etapes: linitiation, l elongation et la terminaison. 12

Linitiation. Les ARNm contiennent ` a leur extr emit e 5OH des s equences initiatrices de la traduction. Une de ces s equences est le codon UAG qui commande linsertion de la m ethionine formyl ee qui est transport ee par lARNt -fMet. Celui-ci nintervient quau moment de lintroduction du premier AA et ne peut donc servir quau d emarrage. Sept bases en amont du codon AUG, une autre s equence impliqu ee dans linitiation sapparie ` a une r egion compl ementaire de lARNr 16s de lunit e 30s du ribosome. Cela permet la mise en place pr ecise de la petite sous-unit e ribosomiale. La synth` ese d ebute par la formation dun complexe entre lunit e 30s du ribosome, lARNt -fMet et les s equences initiatrices. Cette etape consomme de l energie sous forme de mol ecule de GTP et fait intervenir des facteurs dinitiation IF1, IF2, IF3... La grande sous-unit e se xe ensuite pour former le ribosome entier. (schema p32 haut) L elongation. Elle commence d` es que le ribosome entier est constitu e. LARNt -fMet occupe ` a ce stade le site P du ribosome, tandis quun autre ARNt charg e dun AA ins` ere le deuxi` eme AA de la future cha ne polypeptidique au niveau du site A. Cest la peptidyl-transf erase qui unit ces deux AA par un lien peptidique. Ces ev` enements sont suivis par lexpulsion de lARNt initiateur du site E vesr le cytoplasme et de la progression du ribosome le long de lARNm sur une distance correspondant ` a un codon. Simultan ement, la cha ne naissante passe du site A au site P tandis que le site A lib er e expose le troisi` eme codon du messager. Ce processus se reproduit chaque fois quune liaison peptidique est etablie. Ainsi, le ribosome va parcourir lARNm codon par codon dans le sens 53. L elongation n ecessite lintervention dune mol ecule energ etique: le GTP et la participation de facteurs prot einiques d elongation (EF1, EF2, EF3).(schema p32 bas) La terminaison. Lorsque la translocation du ribosome expose un codon stop(UAG , UGA ou UAA) au niveau du site A, des facteurs prot einiques (facteurs de relargage) reconnaissant ces codons viennent se xer sur le site. Ceux-ci favorisent la lib eration de la cha ne dAA du dernier ARNt . Le dernier peptide est alors lib er e dans le cytoplasme de la bact erie, tandis que le ribosomese dissocie en ses deux sous-unit es qui deviennent redisponible pour participer ` a la synth` ese dune nouvelle cha ne. (voir schema p33 milieu) Tout comme la transcription, la traduction paut etre inhib ee par des antibiotiques sp eciques. La fonction des ribosomes dans la synth` ese des prot eines La lecture de lARNm par un ribosome assure plusieurs fonctions essentielles: elle conf` ere un sens ` a la lecture car il se d eplace dans un sens d etermin e: 35 elle assure la lin earit e de la lecture le ribosome d emasque les triplets successifs et v erie lexactitude de la traduction du message. le ribosome poss` ede les sites de xation: les sites A, P et E

Le m ecanisme de glissement du ribosome a et e elucid e tr` es r ecemment. Les deux sous-unit es dun ribosome sont mobiles lune par rapport ` a lautre: tandis que lARNm se trouve ancr e au niveau de la grosse sous-unit e, la petite se d eplace de la longueur dun triplet puis revient ` a sa position initiale en entra nant lARNm de la longueur correspondante.

2.3.7

R oles des prot eines dans la synth` ese des prot eines

On a vu intervenir lARN polym erase, les prot eines ribosomiales telles que la peptidyl-transf erase, les amino-acyl-synth etases et les facteurs dinitiation, d elongation et de terminaison. On retrouve donc ici le dogme de Virchow: Toute cellule provient dune cellule.

13

Chapitre 3

G en etique des procaryotes

3.1 La r eplication de lADN

LADN est constitu e de deux cha nes de nucl eotides formant une double h elice. Dans cette edice, les parties hydrophobes des bases azot ees evitent le contact avecleau car elles sont situ ees au sein de la mol ecule. La structure compl ementaire des deux brins dADN implique quil est logiquement simple den obtenir une r eplique, dautant plus que les liaisons esters au sein dune cha ne sont beaucoup plus stables que les liaisons hydrog` enes qui lient deux brins ce qui permet ` a ces derniers d etre s epar es sans que la s equence de leurs bases ne soit alt er ee.

3.1.1

Caract` ere semi-conservateur de la r eplication

Lexp erience r ealis ee par Meselson et Stahl sur E.Coli apermis de voir que la r eplication de lADN est semi-conservative, c` ad que on obtient deux mol ecules dADN en s eparant les deux brins de la mol ecules m` ere, cahque brin servant alors de matrice pour la synt` ese dune cha ne compl ementaire. (schema p35 bas) Pour leur exp erience, Meselson et Stahl ont untilis e de lADN lourd fabriqu e en pr esence dazote lourd qui sincorpore dans les nucl eotides. Si ensuite on transfert cet ADN lourd dans un milieu normal et quon laisse s ecouler une p eriode qui lui permet de se diviser une seule fois, on constate que la densit e de lADN nouvelle g en eration est interm ediaire entre le lourd et le normal. Ceci correspond au fait que cgaque mol ecule dADN est constitu e dun brin lourd et dun brin normal, ce qui ne peut r esulter que dune r eplication semi-conservative.

3.1.2

R eplication de la double h elice

Comme les deux brins sont antiparall` eles, la synth` ese de lADN pose plusieurs probl` emes. Dune part, lADN polym erase ne travaille que dans un sens: laddition de nucl eotides ` a lextr emit e 3. Dautre part, elle est incapable dinitier la polym erisation. Par contre, lARN ploym erase, qui travaille dans le m eme sens que lADN polym erase, est, elle, capable dinitier la polym erisation par la mise en place dun premier nucl eotide. Le principe g en eral de la r eplication comporte plusieurs etapes et fait appel ` a de nombreuses enzymes: La double h elice dADN subit une d espiralisation et un ecartement des deux brins. Deux enzymes participent respectivement ` a la d espiralisation et ` a l ecartement des brins par rupture des ponts hydrog` enes: la topoisom erase et lh elicase. La synth` ese de lADN commence par le synth` ese dune courte cha ne dARN. Sur le brin 35 (brin principal), une ARN polym erase (primase) entame la synth` ese dune courte s equence dARN compl ementaire, lamorce (primer)

14

 LADN polym erase (III pour les procaryotes) prend le relais de lARN polym erase. A la suite de cette amorce, lADN polym erase est capable dajouter des d esoxyribonucl eotides ` a lextr emit e libre 3 de lamorce et de poursuivre la synth` ese de lADN. La copolym erysationdun brin dADN compl ementaire se poursuit sans dicontinuer le long du brin pricipal. Le brin compl ementaire est r epliqu e par fragments. Sur le brin orient e 53, appel e brin retard e, la synth` ese ne peut seectuer ` a partir de lextr emit e libre 5. Aussi, la synth` ese su brin compl ementaire commence par lint erieur de la fourche de r eplication c` ad aussi dans le sens 35. Elle se d eroule selon les m emes modalit es que sur le brin principal. Toutefois ceci implique que sur le brin retard e, la r epliaction progresse par segments successifs au fur et ` a mesure que la fourche de r eplication souvre. Il se forme une s erie de segments discontinus appel es fragments dokasaki. An dachever la r eplication , il convient d eliminer les amorces, de r eparer les egments laiss es ouverts et de lier entre eux les fragments dokasaki. Ces etapes utilisent di erentes enzymes: LADN polym erase II qui foncyionne comme une ribonucl ease d etruit les amorces sur le brin principal et sur le brin compl ementaire. Une enzyme de r eparation (ADN polym erase I) synth etise les segments compl emenatires de lADN monocat enaire qinsi expos e en ajoutant des nucl eotides par lextr emit e 3. Une ligase etablit la liaison internucl eotique entre deux segments r epar es. La respiralisation de chaque paire de brins ainsi form es est assur ee par une gyrase (topoisom erase). Lensemble des enzymes impliqu ees dans la r eplication sont associ ees sous forme dun complexe appel e r eplisome. Il semble bien etabli que les deux mol ecules dADN polym erase III, qui travaillent respectivement sur le brin principal et retard e (qui a fait auparavant un boucle) soient associ ees en t ete-b eche et forment un dim` ere qui fonctionne dans des directions oppos ees. De la sorte, la r eplication des deux brins sop` ere de mani` ere simultan ee. (schema p36 bas) La r eplication est un m ecanisme qui doit etre extr emement pr ecis et d epourvu derreurs. Le 3 5 taux derrer de lADN polym erase II est dun nucl eotides tout les 10 ` a 10 nucl eotides ce qui est inacceptable car elle entra nerait un taux de mutations trop elev e au cours des divisions successives. Il existe un m ecanisme dautocorrection ` a laide denzymes correctrices qui ram` ene le taux ` a 107 9 11 chez les bact eries et 10 ` a 10 chez les eucaryotes. Ce taux est tout ` a fait remearquable quand on sait que la vitesse de polym erisation est de quelque 1000 nucl eotides/seconde.

3.1.3

La r eplication estr bi-directionnelle

La r eplication commence en un point pr ecis de la double cha ne appel e origine de r eplication (point O). Deux fourches de r eplication se forment et progressent dans des sens oppos es le long de la double h elice. Dans la mesure o` u le chromosome est circulaire, les deux fourches parcourent un demi-tour et se rejoignent du c ot e oppos e au point origine. Chez les bact eries, la r eplication du chromosome est fait en une seule fois mais sous forme de deux demi-tours: on dit que le chromosome tout entier forme une unit e de r eplication soit un seul r eplicon. Quand on calcule la vitesse pour r epliquer un chromosome ( 30min) et quon la compare avec celle observ ee( 20min), on voit quelles sont incompatibles. On en d eduit quil y a probablement chevauchement entre plusieurs cycles de r eplication. Ainsi, dans les cellules eucaryotes, il existe un grand nombre de points dorigine de telle sorte que la r eplication peut d emarrer simultan ement en plusieurs points sur chaque chromosomes.

15

3.2
3.2.1

Les modications de linformation: les mutations

La notion d ev` enements al eatoires

On appelle mutation toute modication h er editaire de linformation contenue dans lADN, c` adtoute modication transmissible de lADN. Les mutations sont al eatoires c` ad quelles se produisent au hasard. Ceci ne signie pas quil existe pour cet ev` enement une cause qui soit le hasard. Se produire au hasard signie du point de bue scientique: il est li e` a une causalit e trop complexe pour quil soit possible danalyser compl` etement cette causalit e, il survient dune mani` ere qui nest pas individuellement pr evisible, il survient dans des conditions d enies, avec une fr equence reproductible, qui peut etre connue par lobservation ou lexp erience. Toutefois en modiant certaines conditions, on peut modier la fr equence sans cependant lui faire perdre son caract` ere al eatoire.

3.2.2

Causes de mutations

Il y a trois grands types de mutations: par substitution, par insertion et par d eletion dun ou de quelques nucl eotides. Un des m ecanismes particulier provoquant des mutations est la tautom erie. Certaines mol ecules et notamment les bases azot ees ne pr esentent pas en permanence la m eme structure spatiale, mais peuvent exister sous diverses formes dites tautom` eres. Dans des conditions d enies, une des formes tautom` eres est cependant plus probable. Les autres tautom` eres nont pas les m emes propri et es notamment en ce qui concerne l etablissement de liaisons hydrog` enes entre elles.Par exemple, la guanine, dans sa forme habituelle, constitue trois liaisons avec la cytosine. Sa forme rare peut quant ` a elle constitu e trois liaisons avec la thymine. On eput donc se retrouver avec un T ` a la place dun C dans la cha ne dADN. Des agents qui modie la fr equence relative de lun ou lautre tautom` eres sont appel es agents mutag` enes. Mutations par substitution La tautom erie est ` a lorigine de nombreuses mutations par substitution dont les cons equences peuvent etre diverses. En eet, le remplacement dune base au niveau de lADN modie le codon correspondant en: un codon synonyme, c` ad codant pour le m eme AA, un codon d enissant un AA di erent ou un codon stop. Dans le premier cas, la mutation na aucun eet. On la qualie de muette. Les cons equences du remplacement dun AA par un autre sont plsu ou moins importantes et d ependent du type de remplacement. Le troisi` eme type de substitution entra nantlapparition pr ematur ee dun codon stop dans lARNm conduira ` a la synth` ese dune mol ecule tronqu ee ` a activit e modi ee, r eduite au nulle. Mutations par d el etion La perte de quelques nucl eotides est fr equemment provoqu ee notamment par un rayonnement hautement energ etique ou ionisant. Elle entra ne un d ecalage de tous les triplets ult erieurs (frame shift). Cest donc la totalit e de la structure primaire de la prot eine qui sera modi ee ` a partir du point mut e. On peut citer ` a titre dexemple la mucoviscidose.

16

Mutations par insertion Linsertion de nucl eotides entra ne un d ecalage de lecture pouvant aboutir parfois ` a un codon stop de mani` ere pr ematur ee. On peut aussi noter quil existe les mutations par inversion, par duplication et par translocation. (schema p42)

3.3
3.3.1

Multiplication des bact eries

La division binaire

La croissance dune cellule bact erienne suivie de sa division en deux cellules lles est le mode de reproduction usuel chez les bact eries. Leur temps de g en eration est de lordre de 20 ` a 30 minutes pour E.Coli. Au cours du processus de croissance, tous les constituants de la cellule se sont, soit multipli es, soit etendus. Lorsque la bact erie a atteint un volume critique, elle s etrangle en son milieu, les deux echevaux de lADN r esultant de la r eplication se s egr` egent tandis que la paroi se cloisonne sans perdre sa coh esion m ecanique. Il faut remarquer que pour assurer la division en 20 minutes, la r eplication doit se faire ` a la vitesse de 3000 nucl eotides par seconde. A lissue de la division binaire, les deux cellules lles auront, sauf mutation, le m eme patrimoine g en etique, ce patrimoine etant par ailleurs identique ` a celui de la cellule qui leur a donn e naissance. Les individus descendant dune m eme cellule et partageant le m eme mat eriel g en etique constituent un clone. (schea p44 milieu)

3.3.2

Croissance dune population bact erienne

La courbe de croissance dune population bact erienne en fonction du temps ` a une forme sigmo de. Elle peut etre d ecompos ee en quatre phases(schema p91 des notes): La phase de latence correspond ` a le phase dadaptation des bact eries au milieu La phase de croissance exponentielle est celle au cours de laquelle les bact eries doublent en nombre ` a chaque temps de g en eration. cette phase de croissance peut etre traduite par lexpression: Nt Nt = N0 .2rt log2 = r.t N0 o` u Nt = nb de bact eries au temps t, N0 = nb de bact eries au temps t0 , r =nb de g en erations par unit e de temps, t le temps total (en heures). Pendant toute cette phase, laccroissement de la population est proportionnel ` a son eectif: dN = r.N dt La phase de d ec el eration qui correspond ` a laugmentation du temps de g en eration. Cetta augmentation est due ` a laccroissement de la population bact erienne ce qui entraine la diminution en concentration des nutriments et laugmentation des d echets toxiques. Les bact eries doivent alors d epenser plus d energie pour absorber les nutriments et excr eter les d echets, ce qui augmente le temps de g en eration. Dans un milieu ni (non renouvel e) on appelle capacit e portante K leectif maximum que la culture peut atteindre. Dans la phase de croissance, N est petit par rapport ` a K mais au fur

17

et ` a mesure, que N augmente, la vitesse daccroissement diminue jusqu` a devenir nulle quand N=K. Cela est traduit par l equation logistique: dN K N = .rN dt K La phase de stagnation est celle pour laquelle N = K, c` ad que leectif a atteint la capacit e portante. Elle apparait quand un des facteurs essentiels du milieu est epuis e; il est quali e de limitant. Apr` es un certain temps, les bact eries vont soit mourir soit sporuler. La sporulation permet ` a la bact erie de subsisiter ` a l etat latent en renfermant la mol ecule dADN dans une sph erule (spore) cytoplasmique ce qui la prot` ege.

3.4

Culture des bact eries

La g en etique est l etude de la transmission des caract` eres dune g en eration ` a lautre. Lanalyse des caract` eres se fait soit par observation, soit par analyse biochimique. Lanalyse des bact erie est int eressante car le nombre de caratct` eres est limit e mais les fonctions biochimiques quelles peuvent manifester sur un milieu donn e sont tr` es nombreuses et tr` es vari ees. Il est donc essentiel de bien d enir les milieux de culture utilis es.

3.4.1

Composition chimique des milieux de culture

On distingue trois types de milieu de culture: Les mileux minimums qui sont tr` es simples. Ils ne comportent que de leau, des cations (N a+ ,K + , ++ ), certains ions ` a ,P O4 M g ++ ,Ca++ etN H4 ) comme source dazote, des anions (Cl ,SO4 l etat de traces et une source de carbone et d en ergie telle le glucose ou lacide succinique. Du point de vue g en etique, une bact erie capable de vivre sur un mileu minimu est dite sauvage. Une telle bact erie devra synth etiser tous les monom` eres n ecessaires ` a l elaboration de ses macromol ecules. Les milieux complets qui comportent outre les constituants dun milieu, tout un assortiment dacides amin es et de bases azot ees. Les milieux sp eciaux qui sont destin es ` a tester la sensibilit e dune souche bact erienne ` a un facteur donn e (milieu auquel on ajoute la substance ` a tester) ou sa capacit e` a synth etiser un el ement essentiel (milieu dont on a soustrait un el ement.

3.4.2

Forme physique des milieux de culture

Les milieux peuvent etre soit liquides soit consolid es. Les milieux liquides sont utilis es pour la culture en masse. Les milieux consolid es comportent en plus un gel macromol eculaire. Les bact eries sont alors etal ees sur ce gel et chacune delle, pour autant quelle se multiplie donne naissance ` a un petit amas daspect caract eristique dit colonie.

3.4.3

Isolement des bact eries

Technique des dilutions A partir dexcr ements humains, on peut isoler des bact eries E.Coli par dilutions successives dans des milieu de culture jusqu` a 10 bact eries par millilitre. Si on verse cette derni` ere dilution dans un milieu consolid es, les bact eries vont sy d eposre au hasard. Au cours de leur multiplication, les bact eries vont rester group ees et former des colonies au niveua de la bact erie initiale qui leur a donn e naissance. Tous les individus n es dune bact erie poss` edent sauf mutation, le m eme patrimoine g en etique et constituent donc un clone. 18

Technique des tampons de velours Si lon veut analyser ces clones, on pourra prendre une empreinte des clones de cette bo te ` a laide dun tampoon de velours et transplanter cette r eplique sur une nouvelle bo te contenant le milieu ad equat(schema p47 milieu).

3.5

Principes de lanalyse g en etique

Les caract` eres les plus fr equemment etudi es sont les fonctions biochimiques des bact eries dans un milieu donn e. On appelle fonction lensemble des r eactions qui conduisent ` a la biosynth` ese ou ` a la biod egradation dune mol ecule biologique. Ces r eactions sont catalys ees par une ou plusieurs enzymes elles-m emes synth etis ees par un segment dADN. Lensemble des segments dADN impliqu es dans la r ealisation dune fonction constitue un g` ene de fonction. Ceux-ci sont d esign es par un sigle de trois lettres ecrites en italiques majuscules si la fonction est normale et en italiques minuscules si la fonction est d eciente.

3.5.1

Notion de marqueur g en etique

Les marqueurs g en etiques sont des all` eles ou des g` enes mut es qui permettent de caract eriser un organisme ou une cellule gr ace ` a un ph enotype d etermin e. Il sagit donc dun segment dADN qui ayant subi une mutation, peut retrouver sa fonction initiale ` a la suite de lapport dun segment equivalent dADN exog` ene.

3.5.2

Cartographie g en etique

La position des g` enes sur lADN peut etre soit al eatoire soit orconn ee. Dans le cas o` u la localisation est al eatoire, la probabilit e pour quun transfert dADN porte en m eme temps sur deux marqueurs donn es ne d ependra que de la longueur des segments concern es et pas de leur nature. Dans le cas o` u est ordonn ee, la probabilit e que deux marqueurs soient transmis ensemble est dautant plus grande que ces deux marqueurs sont proches lun de lautre. Pour pouvoir choisir entre ces deux hypoth` eses, il faut pouvoir localiser les g` enes sur lADN bact erien c` ad faire de la cartographie g en etique. Loutil qui permet de cartographier les g` enes est la recombinaison g en etique.

3.5.3

Notion de recombinaison g en etique

Il y a trois grandes techniques pour transmettre des informatons g en etiques dune bact erie ` a une autre en trasnf erant de lADN de la premi` ere ` a la seconde: la transformation, la conjugaison et la transduction. La transformation Cest un processus qui consiste ` a fournir de lADN puri e` a une population bact erienne. Cependant, la transformation bact erienne nest gu` ere utilis ee dans l etablissemnt dune carte et ce pour deux raisons: premi` erement, chez beaucoup desp` eces bact eriennes, le transformation est inexistante et secondement, il nest gu` ere possible de d eterminer au pr ealable la longueur du fragment dADN qui p en` etrera eectivement dans la cellule.

19

La conjugaison Cest le processus par lequel deux bact eries sapparient. Au cours de cet appariement, lune delle, la donneuse introduit son ADN dans la bact erie r eceptrice gr ace aux pili. Un contact direct entre bact eries est n ec essaire pour obtenir la gonjugaison. Elle ne peut se faire quentre une bact erie r eceptrice et une bact erie pourvu dun facteur de fertilit e initiateur de la conjugaison. Ce facteur F est port e par un plasmide qui pet etre libre ou int egr e dans lADN bact erien. Les bact eries qui poss` edent un g` ene F ins er e dans un plasmide libre sont dites bact eries F + . Elles ont une fr equence de recombinaison faible de lordre de 106 . Cependant, ce plasmide est transmis tr` es ecacement par conjugaison entre bact eries et bact eries F . Le contact physique entre bact eries est assur e par les pili de la bact erie F . Lorsque le plasmide portant le facteur F est int egr e dans lADN bact erien, les bact eries F + se 2 caract erisent par une haute fr equence de recombinaison, de lordre de 10 . On les appelle Hfr. Dans les croisements Hfr/F , pratiquement aucun bact erie F nest convertie en F + ou en Hfr (sch ema p49). Lorsquune bact erie Hfr et une bact erie F conjuguent, une nouvelle mol ecule dADN lin eaire commence ` a etre synth etis ee. Le point dinitiation de la synth` ese correspond ` a peu pr` es au niveau o` u + le plasmide F est int egr e. Cest cette mol ecule n eoform e qui va p en etrer dans F . Dans la bact erie F , certains segments provenant de la bact erie Hfr pourront sins erer dans lADN de la bact erie r eceptrice et par-l` a m eme, y restaurer certaines fonctions d ecientes. Ce transfert dADN de la bact erie Hfr vers la bact erie r eceptrice r epond toujours ` a plusieurs r` egles: Le point dinsertion du plasmide F + dans la bact erie Hfr pour une souche donn ee est toujours le m eme. Louverture de la boucle dADN que constitue le chromosome bact erien se fait toujours en avant du point dinsertion di plasmide. La vitesse de passage de lADN de la bact erie Hfr dans la bact erie F semble uniforme tout au long du transfert. Le transfert saccompagne dun ph enom` ene de r eplication de sorte quun seul des deux brins passe dans la bact erie r eceptrice. Au cours de la conjugaison, il est rare que la totalit e de lADN de la bact erie Hfr passe dans la bact erie F car la moindre perturbation provoque la s eparation des conjuguants. En particulier, il est exceptionnel que le g` ene F soit transf er e. D` es lors, dans le croisement Hfr/F pratiquement aucune bact erie F nest convertie en F + ou en Hfr. On peut aussi avoir une conjugaison interrompue. En m elangeant des Hfr et des F , puis en rompant les contacts entre conjugants par agitation violente, on peut etudier la cin etique du transfert de lADN et sur cette base, etablir une carte g en etique portant sur des segments tr` es longs de lADN. Ces r esultats permettent de pr eciser la s equence des g` enes et destimer la distance qui les s epare. La transduction Cest le processus par lequel un virus parasite successivement deux bact eries et am` ene un fragment dADN de la prmi` ere bact erie h ote dans la deuxi` eme. a)Cycle lytique dun phage Si lon infecte une culture bact erienne avec des phages T4, on observe la s equence de ph enom` enes suivants: Le phage sadsorbe sur la paroi bact erienne par ses bres caudales, perfore la paroi gr ace ` a une enzyme (le lysozyme), contenue dans la queue du phage, puis il injecte son ADN dans la bact erie (sch ema p50 haut + milieu). 20

 D` es quil a p en etr e dans la cellule h ote, lADN viral induit la transcription et la synth` ese des prot eines virales n ecessaires ` a la r eplication du phage, puis la synth` ese des prot eines de la capside. Il induit enn la transcription et la synth` ese dune prot eine: le lysozime, responsable de la lyse bact erienne. Cette lyse lib` ere les virions et permet ` a linfection de se r epandre. En moyenne, une bact erie infect ee par un virion lib` ere une centaine de virions lorsquelle se lyse. b)Cycle lysog` ene dun phage Dans certains cas, lADN viral une fois inject e dans la bact erie d eclenche un processus qui entrave sa propre r eplication et sint` egre ` a lADN bact erien dont il devient un segment appel e prophage. Celui-ci est alors r epliqu e en m eme temps que lADN et de fait, il constitue une partie du patrimoine g en etique de la bact erie. Les phages participant ` a de tels processus sont appel es phages latents ou temp er es, tandis que les bact eries renfermant un ou plusieurs prophages sont quali ees de bact eries lysog` enes (sch ema p51 bas). c)La transduction proprement dite Lors de la perte de la lysog enie, lexcision du prophage ne se fait pas n ecessairement en respectant les limites initiales. En eet, il arrive souvent quun prophage entraineun segment dADN bact erien dont la longueur peut atteindre un vingti` eme de cet ADN. Lors de la formation des virions, le mat eriel g en etique sera constitu e non seulement de lADN viral mais aussi dun segment dADN bact erien. Il se constitue alors un phage transducteur qui pourra infecter une nouvelle bact erie lysog` ene et lui injecter une partie de lADN de la bact erie donneuse. Pour la plupart des virus, le prophage sins` ere dans lADN bact erien ` a un locus pr ecis, toujours le m eme. Le segment dADN transduit comportera donc les marqueurs bact eriens proches du locus dinsertion du prophage avec une fr equence invers ement proportionnelle ` a leur distance par rapport a ce point. ` Il est donc th eoriquement possible de dresser la carte des g` enes proches du point dinsertion dun phage donn e. Avec divers phages ins er es en di erents loci, on peut donc dresser de proche en proche la carte de tous les g` enes connus le long de lADN bact erien.

3.5.4

Carte du chromosome bact erien

Gr ace ` a ces m ethodes, des cartes tr` es d etaill ees ont et e etablies. Le marqueur g en etique est dabord localis e dans un secteur par la technique du croisment interrompu (souche Hfr) puis sa position pr ecise est d enie gr ace ` a des exp eriences de transduction.

3.6

La notion de compl ementation

Il arrive quen introduisant dans une bact erie d eciente pour une fonction, lADN dune autre bact erie d eciente pour la m eme fonction, on r etablisse la fonction dans la bact erie r eceptrice. Ceci implique quun g` ene puisse subir des mutations en di erents site. Il est alors th eoriquement possible d etablir une carte de la structure ne du g` ene en proc edant ` a des tests de compl ementation.

3.6.1

Exp erience de Benzer

Benzer a etudi e la r egion rII du phage T4 responsable de lactivit e lytique de ca phage. L etude syst ematique dun grand nombre de recombinaisons entre phages d ecients pour cette fonction a amen e lid ee que les mutations se r epartissaient en deux groupes A et B correspondants ` a deux segments di erents dADN.

21

La compl ementation entre deux phages tous deux mut es soit en A soit en B, ne r etablit pas la fonction. Dans ce cas, les g` enes sont mut es en position CIS, c` ad dans les m emes limites. Il en r esulte que dans lh et erog enote, la fonction lytique nest pas r etablie (sch ema p55). Au contraire, la complementation entre deux phages mut es lun en A, lautre en B r etablit la fonction. Dans ce cas, les g` enes mut es sont en position TRANS. Il en r esulte que la fonction lytique est r etablie.

3.6.2

La notion de cistron

Un cistron est une unit e g en etique de fonction ou de compl ementation, au sein de laquelle deux mutants ne peuvent se compl ementer quen cis-trans. Par extension, un cistron d enit egalement une r egion dADN encodant une cha ne polypeptidique.

3.7

R egulation de la synth` ese des prot eines: adaptation enzymatique

On peut classer les enzymes de microorganismes cultiv es dans divers cat egories en deux cat egories. Les enzymes constitutives pr esentes dans les cellules quelle que soit la composition du milieu de culture et les enzymes inductibles que les cellules ne synth etisent quen pr esence de leur substrat dans le milieu de culture. Pour exemple, prenons le cas du lactose: Le catabolisme du lactose est de nature inductible. Si des bact eries cultiv ees sur un milieu d epourvue de lactose, sont transf er ees dans un milieu qui ne contient que du lactose comme source de carbone et d energie, la croissance de la population est interrompue pendant une heure au moins (phase de latence) puis reprend. Le catabolisme du lactose n ecessite au moins deux enzymes: la galactosidase et la galactoside perm ease. La premi` ere hydrolyse le lactose en glucose et galactose tandis que le second fait entrer le lactose dans la cellule. Si on compare des bact eries en phase exponentielle, les unes se d eveloppant sur un milieu d epourvu de lactose, les autres sur un milieu lactos e, on constate quil y a eectivement 1000 fois plus de galactosidase en milieu lactos e. Lorsuon passe dun milieu sans lactose ` a un milieu lactos e, la synth` ese de la galactosidase aini que de la galactoside perm ease se fait pendant la p eriode de latence. Tout se passe donc comme si le lactose induisait la synth` ese de ces deux enzymes (sch ema p56).

3.7.1

Induction enzymatique: r egulation de lop eron LAC

Constitution de lop eron LAC Le g` ene LAC comporte des g` enes de structure mais aussi des g` enes de r egulation qui ont pour unique fonction de contr oler lexpression dautres g` enes. Le g` ene de la fonction LAC comporte: un g` ene inhibiteur (i), un site promoteur (p), un site op erateur (o) et trois g` enes de structure (z-y-a) constituant lop eron (sch ema p56 bas). Lop eron est constitu e de trois g` enes de structure contigus. Le g` ene z code pour la synth` ese de la galactosidase, le g` ene y pour la galactoside perm ease et le g` ene a pour la thiogalactoside polym erase ou transcriptase qui vient sins erer en amont de lop eron sur un locus nomm e promoteur. Un tel ARNm est quali e de polycistronique puisquil d etient linformation n ecessaire ` a la synth` ese de plusieurs peptides. Le promoteur est une s equence sp ecique dADN au niveau de laquelle se xe lARN polym erase ou transcriptase. Lorsque le syst` eme est induit, les mol ecules dARN polym erase qui ecartent les deux brins dADN de lop eron et assurent sa transcription sy succ` edent. Chacune delles entame la synth` ese dun ARNm dont la traduction se fera au niveau des ribosomes.

22

Le g` ene inhibiteur situ e en amont du promoteur code pour la synth` ese dune prot eine diusable: le r epresseur. Celui-ci pr esente une structure tridimensionnelle caract eristique, dite helix-turn-helix. Il pr esente deux sites danit es, lun pour le lactose et lautre pour un segment particulier dADN: lop erateur. Lop erateur est une courte s equence r egulatrice dADN situ ee entre le promoteur et lop eron qui contr ole la transcription des trois g` enes de structure. En absence de lactose, le r epresseur se xe sur lop erateur, ce qui emp eche la polym erase dassurer la transcription de lop eron. Ce verrouillage explique que dans un milieu sans lactose, il ny a pas de synth` ese des enzymes inductibles. Linduction enzymatique Si lon transfert des bact eries dun milieu sans lactose dans un milieu qui en contient, pendant la p eriode de latence, un peu de lactose p en` etre dans la cellule gr ace ` a une perm ease non sp ecique et se xe sur le r epresseur (sch ema p57 haut). Suite ` a cette modication, le r epresseur modie sa conguration spatiale, ce qui lui fait perdre son anit e pour lADN. D` es lors, le r epresseur lactos e se d etache de lop erateur, ce qui autorise la xation de la polym erase et ainsi la transcription de lop eron. Tout se passe donc comme si le lactose induisant la synth` ese adaptative des enzymes est n ecessaire a son catabolisme. Le lactose est linducteur de la synth` ` ese adaptative. Si lon transf` ere des bact eries dun milieu lactos e vers un milieu qui en est d epourvu, le lactose contenu dans les cellules est rapidement d egrad e par la galactosidase encore pr esente. Quand la concentration cellulaire en lactose est devenue susamment basse, le lactose se d ecouple du r epresseur qui retrouve alors son anit e pour lop erateur. Le syst` eme est alors r eprim e. La r epression catabolique carbon ee Il existe un second syst` eme de r egulation qui est positif. Il contr ole lensemble des op erons du catabolisme carbon e. Ce contr ole positif est connu sous le nom de r epression catabolique. Le sucre le plus simple, utilis e comme source de carbone et d energie par les bact eries, est le glucose dont le catabolisme ne requiert aucune induction enzymatique. En pr esence de glucose; les enzymes n ecessaires au catabolisme des autres sucres, tels le lactose ou larabinose, ne sont pas induites. De plus, la concentration en AM Pc varie fortement en fonction de la pr esence ou de labsence de glucose dans le milieu de culture. Tr` es basse en pr esence de glucose, la concentration en AM Pc peut augmenter de cinquante fois lors dune carence en glucose. LAM Pc intracellulaire exerce un contr ole sur lactivit e de lop eron LAC par exemple en sassociant a une prot ` eine activatrice du catabolisme, la prot eine CAP (catabolic activator prot ein). Seule, la prot eine CAP ne pr esente pas danit e pour lADN; mais associ e en un complexe ` a lAM Pc , elle subit une modication allost erique qui la rend apte ` a se xer sur une r egion d etermin ee du promoteur. En se xant sur lADN, lr complexe CAP-AM Pc entraine ` a son tour une modication allost erique du promoteur qui favorise la xation de la transcriptase ou ARN polym erase. La r epression catabolique exerc ee par le glucose est un contr ole positif qui requiert outre la pr esence de linducteur, lintervention dun signal activateur: lAM Pc .

3.7.2

R egulation du g` ene tryptophane (TRP)

Cor epression enzymatique Vu que les bact eries peuvent se c evelopper sur un milieu minimum, elles sont donc capables de synth etiser les vingt acides amin es qui entrent dans la composition des prot eines. Cependant, les bact eries ont d evelopp e des m ecanismes capables de r eprimer la synth` ese des enzymes n ecessaires ` a la biosynth` ese de certains acides amin es lorsque ceux-ci sont disponibles dans le milieu. Lexemple consid er e sera celui de la tryptophane qui est un r egulateur n egatif de sa propore synth` ese.

23

Le g` ene de la fonction TRP comporte cinq g` enes de structure n ecessaires ` a la biosynth` ese de la tryptophane et un g` ene inhibiteur qui code pour le sybth` ese dun r epresseur qui seul, est incapable de se xer ` a lop erateur. Si du tryptophane est fourni ` a la bact erie, il se couple au r epresseur et par eet allost erique, le rend apte ` a se lier ` a lop erateur. La liaison du complexe r epresseur/tryptophane a lop ` erateur emp eche la polym erase deectuer la transcription de lop eron. La tryptophane agit donc comme un cor epresseur du g` ene de la fonction TRP. Le r epresseur etant incapable dagir seul, linhibition est lev ee lorsque la bact erie se trouve dans un milieu d epourvu de tryptophane. R etrocontr ole En pr esence de tryptophane, la synth` ese des enzymes n ecessaires ` a sa production est interrompue mais egalement, lactivit e des enzymes pr eexistantes nest pas maintenue. Linduction et la cor epression enzymatiques ont pour eet de bloquer la synth` ese denzymes qui seraient inutiles ` a la cellule, soit parce que leur substrat fait d efaut, soit parce que les substances dont elles catalysent la synth` ese sont fournies ` a la cellule. La r etro-inhibition agit de m eme mais au niveau de lactivit e des enzymes. L etape initiale dune cha ne de m ecanismes est contr ol ee par la possibilit e, lutilit e ou le degr e davancement de l etape nale. Les m ecanismes assurant un tel contr ole sont appel es des r etrocontr oles ou feed-back. Linstallation de la lysog enie Cette installation chez les phages temp er es constitue un autre exemple de r egulation de lexpression des g` enes. Cette r egulation peut rev etir des formes complexes et agir ` a la fois sur les brins de lADN dans des sens oppos es. Du point de vue g en etique, la lysog enie implique trois stades: l etablissement de la lysog enie, son maintien et sa perte. Son maintien est assur e par un r epresseur () dont la synth` ese est cod ee par le g` ene CI. Le r epresseur peut se lier ` a OL (op erateur gauche) et ` a OR (op erateur droit), op erateurs qui contr olent la transcription des g` enes codant pour la synth` ese des prot eines de la capside et la synth` ese des prot eines n ecessaires ` a la synth` ese de lADN viral. Egalement, la xation du r epresseur sur les sites OR et OL renforce la transcription du g` ene CI. La fonction du g` ene L est donc compl` etement inhib ee(??). Linactivation du g` ene CI permet aux g` enes responsables de la lyse de sexprimer, ce qui entra ne lexcision du prophage et lapparition du cycle lytique (sch ema p60 haut). Quelques d enitions Le g enome dun organisme est lensemble des informations g en etiques quil comporte. Le g enotype d enit la constitution g en etique dun caract` ere quil soit ou non exprim e. Le ph enotype d enit le caract` ere r eellement exprim e. Il d epend de lensemble des conditions physico-chimiques du milieu et notamment des eets inducteurs ou r epresseurs quil peut avoir et de la constitution du g enotype et des eets de dominance et de r ecessivit e. Ladaptation ph enotypique individuelle: dans ce que nous avons vu plus haut, chaque bact erie a, individuellement, modi e son ph enotype et non son g enotype, de mani` ere ` a sadapter ` a un nouveau milieu c` ad ` a y vivre et ` a sy multiplier avec une plus grande economie de mati` ere et d energie.

3.7.3

Ladaptation g enotypique ou adaptation statistique

Mise en evidence du ph enom` ene Si on transfert un grand nombre de bact erie E.Coli lac dun milieu glucos e` a un milieu lactos e, apr` es un certain temps de latence, la culture se d eveloppe normalement. Fonctionnellement, il semblerait que lon ait des LAC. Se pose alors la question de savoir si laptitude ` a utiliser le lactose est apparue 24

` point nomm a e sous linuence du milieu lactos e, ou si elle est apparue pr ealablement dans le milieu glucos e o` u elle etait inutile. La mutation pr ealable ` a ladaptation Lapparition de souches r esistantes ` a un phage dans une culture de E.Coli initialement sensibles, r esulte d ev` enements al eatoires ant erieurs au contact entre les bacilles et les phages. Lapparition de mutants r esistants ne d epend pas de lexposition ` a lagent auquel ils r esistent et laugmentation de leur fr equence dans la population est le r esultat dune s election qui peut etre faite par lhomme (exp erience de J. et E. Lederberg) aussi bien que par le milieu. La fr equence de cette mutation, en labsence de traitemetn mutag` ene, est de 2.107 . La s election Lorsquon transf` ere 109 E.Coli dune souche lac cultiv ee sur un milieu glucos e das un milieu lactos e, il se produit trois ph enom` enes: 1. Les mutants LAC pr esentent ladaptation ph enotypique individuelle au nouveau milieu, 2. ceci fait, ils se multiplient exponentiellement, 3. quelque nombreux quils soient ` a lorigine, les lac sont incapables de cro tre et de se multiplier. Ils ne participent donc pas ` a la constitution de la nouvelle population. Ces deux derniers ph enom` enes constitue la s election qui est la modication dirig ee, non al eatoire, de la fr equence relative des g enotypes dans la population. Certains aspects apparemment paradoxaux de la s election sont soulign es ici car ils peuvent faire sous-estimer le r ole capital de ce processus dans l evolution. La s election est un ph enom` ene directif mais dont la mati` ere premi` ere est constitu ee des individus mut es qui r esultent eux dun processus al eatoire. La s election est la survie di erentielle des g enotypes, en fonction de di erences dans la valeur adaptative des ph enotypes; ce nest jamais que dans la mesure o` u il sexprime ph enotypiquement quun g` ene peut voir sa fr equence modi ee par la s election. A l echelle individuelle, la s election apparait comme un ph enom` ene destructif, puisquelle tue certains individus ou les emp eche de se reproduire. A l echelle des populations, elle est un ph enom` ene constructif, puisuelle assure ladaptation g enotypique de ces populations ` a leur milieu. Le r ole constructif peut etre conservateru ou novateur. Dans un milieu stable, la s election maintient lidentit e g en etique de la souche bien adapt ee en emp echant la prolif eration des mutants qui le sont moins. Dans un milieu changeant par contre, nous avons vu quelle peut mener au remplacement dune population par une autre, di erent.

3.7.4

La mesure de ladaptation

Dans lexemple du lac et LAC, ladaptation etait une question de tout ou rien. Cepandant, la situation nest pas toujours un dilemne pur et simple. Il existe des E.Coli lacc o` u les enzymes du syst` eme lactose sont devenues constructives c` ad non r epressibles, notamment ` a la suite de mutations soit du g` ene inhibiteur soit du g` ene op erateur. En milieu lactos e, LAC et lacc se reproduisent egalement bien. En milieu glucos e, les LAC se c reproduisnet plus vite que les lac . La proportion en LAC dans la population augmente tr` es rapidement (allure exponentielle). Dans ce cas ci, lavantage s el ectif des LAC nest pas absolu mais relatif. Elles sont plus adapt ees que les lacc . Cest en comparant les vitesses de reproduction de deux mutants quon peut donner une mesure de ladaptation de lun par rapport ` a lautre. Lintroduction dans le milieu dun facteur s electif nouveau provoque alors, non pas de nouvelles mutations, mais une s election de mutants, qui sans arr et, apparaissent spontan ement. 25

3.8

R esum e r ecapitulatif
Agissant au niveau de la synth` ese enzymatique via un r epresseur Induction enzymatique (voies cataboliques) Cor epression enzymatiques (voies anaboliques) Agissant au niveau de lactivit e enzymatique R etrocontr ole

R egulation n egative

R egulation positive r egule lecait e du syst` eme via un activateur

26

Chapitre 4

La cellule eucaryote
La plupart des cellules eucaryotes sont beaucoup plus grosses que les cellules procaryotes; elles contiennent une grande vari et e dorganites limit es par une membrane, dont le noyau. De plus, une ossature de bres prot eiques, le cytosquelette, qui s etend ` a travers le cytoplasme donne sa forme ` a la cellule.

4.1
4.1.1

La membrane plasmique
La membrane plasmique est une structure essentiellement plastique et dynamique

Cette membrane plasmique a une structure proche de la membrane des procaryotes. En eet, celle-ci est constitu ee de bilame de phospholipides complexes et de prot eines. En plus de ceux-ci, les membranes plasmiques deucaryotes contiennent ordinairement des glycolipides, des glycoprot eines et de grandes quantit e de cholest erol. Ce dernier est un st ero de tr` es hydrophobe qui sins` ere entre les cha nes aliphatiques des phospholipides. Sa pr esence emp eche le tassement des cha nes aliphatiques et r eduit la uidit e de la bilame de phospholipides. Lasym etrie est uen caract eristique importante des membranes biologiques. Les prot eines pr esentent une mobilit e lat erale dans le plan de la membrane. En fonction de ses besoins,, la cellule peut donc faire varier la distribution, le nombre et la localisation tant des prot eines que des lipides. Parmi les lipides de la couche externe de la membrane, il y a les glycolipides dont certains au moins agissent comme des r ecepteurs de reconnaissance et lient des mol ecules sp eciques provenant de lext erieur de la cellule. Ces composants peuvent etre des composants membranaires dautres cellules, des hormones ou dautres signaux chimiques. On connait mieux les glycoprot eines de la surface cellulaire qui agissent eectivement comme r ecepteurs et permettent entre autres fonctions la reconnaissance cellulaire. Les membranes ont donc deux fonctions principales: elles constituent une barri` ere physique autour dun organite cellulaire ou dune cellule enti` ere et elles contr olent le trac de substances vers lint erieur ou lext erieur de la r egion quelles d elimitent.

4.1.2

Les transports transmembranaires

Les membranes des cellules animales sont le si` ege de transports. Toutefois, les cellules animales sont d epourvues de paroi rigide. Elles sont cependant soumises au m eme probl` eme osmotique que les cellules v eg etales ou les bact eries. Pour y faire face, celles-ci ont d evelopp e plusieurs syst` emes permettant de r` egler ` a la fois la teneur en eau et la concentration ensubstances dissoutes dans leur cytoplasme et dans les uides intersticiels. Les unicellulairs (protozoaires) qui vivent tous en milieu aquatique ont d evelopp e des organites particuliers, des vacuoles pulsatiles, dont le r ole est double: dune part chasser hors de la cellule lexc` es 27

deau qui a tendance ` a y p en etrer par osmose et dautre part, eliminer certains d echets de la cellule. Chez les organites pluricellulaires, on trouve divers types de syst` emes dits excr eteurs qui assurent les m emes fonctions en relation etroite avec le sang. Le transport actif est egalement pr esent dans les membranes eucaryotes comme pour les procaryotes. Un exemple du transport actif est celui du transport dions ` a travers la membrane de la cellule nerveuse. La di erence de perm eabilit e et des concentrations interne et externe entre le sodium et le potassium cr e e une di erence de potentiel entre lint erieur et lext erieur. La di erence de potentiel th eorique (la ddp due a ` la di erence de charge sopposant au mouvement net de lion) pour un seul ion, dit potentiel d equilibre, peut etre calcul ee. In vivo, le gradient de concentration et la di erence de potentiel qui r esultent des migrations di erentielles sont maintenus gr ace ` a lexistence dun syst` eme de transport actif des ions sodium et potassium: la pompe ` a N a+ et K + . Il sagit dun complexe enzymatique intramembranaire capable dhydroliser lATP et de transporter simultan ement 3 sodium vers lext erieur et 2 potassium vers lint erieur de la cellule dont un inhibiteur est louaba ne. Ce type de transport est appel e un syst` eme antiport. Les prot eines canaux qui servent de canaux ` a ions peuvent etre activ ees ou stimul ees de diverses mani` eres: Stimulation electrique, par un ligand, m ecanique (organes des sens) ou par la prot eine G. (Si la motivation arrive dun coup.. il y a dautres exemples de transports actifs p136 des notes)

4.1.3

Lendocytose

Les eucaryotes sont capables ding erer de tr` es grosses mol ecules ou m eme des particules plus grosses encore. Ces el ements ne peuvent franchir la membrane en p en etrant la bicouche ni en empruntant des m ecanismes de transport prot eique. Cette ingestion est possible gr ace ` a la uidit e de la membrane qui lui permet de changer de forme et de sinvaginer pour former des v esicules dendocytose. Lors de lendocytose, la tendance spontan ee des bicouches lipidiques ` a former des surfaces continues entre en jeu et la membrane se ressoude automatiquement. La phagocytose est un ph enom` ene dendocytose propre aux cellules animales, qui leur permet ding erer de grosses particules comme des bact eries ou des d ebris cellulaires. Cette ingestion est li ee a la nutrition et est le mode principal dalimentation des unicellulaires et de certains pluricellulaires ` simples. Par exemple, lamibe entoure sa nourriture de prolongements cytoplasmiques appel es pseudopodes qui se referment, fusionnent et enfermentla nourriture dans une vacuole ` a lint erieur de la cellule, la phagosome. Cette phagocytose tend ` a disparaitre en tan que processus de nutrition d` es quapparait un syst` eme digestif. Cependant, chez les organismes sup erieures (particuli` erement chez les mammif` eres), la phagocytose participe aux m ecanismes de d efense contre la maladie (ex: globules blancs macrophages). Chez les vert ebr es, ce sont aussi les phagocytes (macrophages) qui nettoient lorganisme des d ebris de cellules comme les globules rouges vieillis. Egalement, lendocytose participe fortment au renouvellement des membranes plasmiques. Signalons enn que, par linterm ediaire des r ecepteurs membranaires, lendocytose permet de pr elever s electivement des petits el ements comme les lipoprot eines ou des prot eines. La pinocytose est un type dendocyte qui se caract erise par lingestion dune petite portion de liquide extracellulaire et de macromol ecules en solution. La membrane sinvagine, formant dans le cytoplasme un long canal etroit ` a lextr emit e duquel des v esicules se d etachent.

4.1.4

Lexocytose

Ce m ecanisme se produit losrquune vacuole cytoplasmique fusionne avec la membrane plasmique qui soubre ensuite ` a lext erieur pour permettre ` a la v esicule de d echarger son contenu (d echets indigestes de nourriture ou s ecretion de produits de synth` ese de la cellule). 28

Le jeu de la pinocytose-exocytose permet le transport au travers du cytoplasme de mol ecules puis ees dans le milieu par une face cellulaire et d evers ees dans un milieu de composition di erente par une autre face cellulaire.

4.1.5

Les microvillosit es

Ce sont de minuscules prolongements digitiformes permanents de la membrane plasmique soutenus par des microlaments qui forment un v eritable cytosquelette et qui augmente consid erablement la surface cellulaire.

4.1.6

Les jonctions cellulaires

Il y a deux types de tissus chez les animaux pluricellulaires: les tissus epith eliaux et les tissus conjonctifs. Dans les tissus conjonctifs, les cellules sont envelopp ees par une matrice extracellulaire importante. Lessentiel du volume dun tissu conjonctif est occup e par la matrice et les cellules sont fortement dispers ees. Cette matrice peut etre liquide, semi-solide ou solide. Les tissus epith eliaux sont des tissu de rev etement. Ils sont constitu es de cellules etroitement accol ees les unes aux autres et soud ees entre elles par une membrane faite de collag` ene. Il existe trois (ou quatre??) types de jonction assurant la coh esion des cellules dans un tissu epith elial. Les desmosomes ou jonctions adh erentes renforcent la coh esion m ecanique des cellules. On les trouve dans des tissus soumis ` a de fortes tensions m ecaniques. Dans ce cas, lespace intercelluliare contient un mat eriel breux. Les jonctions adh eren,tes peuvent former une bande adh esive autour de la cellule (zonula adherens). Des faisceaux de laments dactine doublent la membrane ` a leur niveau. Ce sont de vrais rivets cellulaires (sch ema p69). Chez certains desmosomes, le c ot e cytoplasmique de chaque membrane pr esente une plaque ` a partir de laquelle des microlaments -appel es tonobrilles- rayonnent dans le cytoplasme. Les jonctions etanches (tight junction) sont des r egions o` u les membranes plasmiques de cellules adjacentes sont soud ees par des prot eines transmembranaires (sch ema p69). Ces prot eines cerclent les cellules epith eliales et forment une barri` ere imp en etrable. Les jonctions communicantes (gap junction) permettent le passage direct dions et de petites mol ecules dune cellule ` a lautre (sch ema p69 et 71). Lespace intercellulaire est de 2.7 nm (10 ` a 15 nm quand il ny a pas de jonctions). A lendroit o` u elles sont rapproch ees, les deux membranes contiennent chacune des rosettes de prot eines transmembranaires, les connexons, form es de six unit es de connexine. Les connexons des membranes voisines sont en vis-` a-vis et forment des canaux permettant le passage dions et de substances entre cellules. La structure de ces gaps est complexe et compose de vrais canaux prot eiques entre deux cellules voisines. Ces canaux peuvent laisser passer des signaux electriques et des substances chimiques. Les plasmodesmes sont des canaux cytoplasmiques qui relient des cellules voisines chez les v eg etaux. Ceux-ci traversent des interstices perc es dans les parois des cellules adjacentes. Le cytoplasme et la membrane plasmique de ces cellules sont continus.

4.1.7

Le glycocalyx

La plupart des prot eines expos ees ` a la surface cellulaire et certains phospholipides de la couche externe sont associ es par liaisons covalentes ` a de courtes cha nes doligosaccharides qui constituent un v eritable manteau celluliare appel e glycocalyx. Ces associations mol eculaires portent le nom de glycoprot eines ou de glycolipides. Les cha nes doligosaccharides sont tr` es diversi ees et leur importance r esulte notamment de leur capacit e` a etablir de multiples liaisons covalentes entre elles. 29

Certaines membranes comportent en outre des prot eoglycanes qui sont des prot eines int egrales associ ees ` a des polysaccharides qui forment une partie de la matrice extracellulaire. Le glycocalyx prot` ege la surface cellulaire contre les agressions m ecaniques et chimiques. Par ailleurs, certaines cha nes doligosaccharides sot reconnues par des prot eines particuli` eres, les lectines, qui assurent ladh esion sp ecique de certaines associations cellulaires (ex: complexe spermatozo deovule), lagglutination des globules rouges ou la r eponse inammatoire.

4.2

Les lysosomes

Les lysosomes sont des organites limit es par une membrane unitaire, qui contiennent des enzymes hydrolitiques, les hydrolases acides, dont lactivit e optimale se situe ` a pH 5. La forme et la taille des lysosomes sont tr` es variables. Les enzymes lysosomiales hydrolisent les macromol ecules en mol ecules plus petites suivant le sch ema: AB + H2 O hydrolase AH + BOH

Lactivit e la plus souvent mise en evidence est celle de la phosphatase acide qui hydrolyse la majorit e des esters monophosphates. Lensemble des hydrolases permet dhydroliser pratiquement toutes les macromol ecules biologiques. Il est donc essentiel que les enzymes lysosomiales soient parfaitement isol ees du reste du cytoplasme. Dans des conditions normales, la membrane lysosomiale, qui nest pas dig er ee par les hydrolases, assure cet isolement. Les lysosomes constituent un v eritable appareil digestif ` a l echelle cellulaire.

4.2.1

H et erophagie

Il sagit de la capture et de la digestion de mat eriaux extracellulaires. Elle repr esente le principal m ecanisme dalimentation des protozoaires et jouent un r ole important chez les macrophages des vert ebr es. Cependant, il y a une di erence entre un protozoaire qui vit librement et un macrophage. Pour le premier, lendocytose est une fonction vitale tandis que le macrophage, lui, vit dans le plasma sanguin, milieu riche en petites mol ecules qui peuvent etre utilis ees sans digestion pr ealable. et de fait, lh et erophagie le tue. Chez les vert ebr es, lh et erophagie exerce encore dautres fonctions dont la r egulation de lactivit e hormonale. Elle intervient aussi dans le renouvellement et le remodelage des structures extracellulaires. La digestion intracellulaire (processus dh et erophagie) se d eroule en plusieurs etapes: la phagocytose avec formation dun phagosome la fusion dun ou plusieurs lysosomes primaires avec un phagosome ce qui entraine la formation dun phagolysosome (ou lysosome secondaire) la digestion ds macromol ecules qui entraine la diusion de petites mol ecules utiles vers le cytoplasme et la formation de d echets l elimination des d echets, soit par exocytose, soit parl elaboration de v esicules r esiduelles (vieillissement cellulaire).

4.2.2

Autophagie

Lorsque la cellule d etruit tout ou une partie de ses propres constituants, la fonction digestive est appel ee autophagie. Elle se d eroule au sein des vacuoles autophagiques qui sont de v eritables 30

bourgeons internes de cytoplasme et qui font saillie dans la lumi` ere dun lysosome et nissent par etre compl` etement s equestr ees. Lautophagie intervient dans deux types de processus: les uns normaux et les autres pathologiques. Processus normaux Rajeunissement cellulaire. Les cellules, m eme si elles peuvent vivre de nombreuses ann ees, renfrement des organites ecllulaires g en eralement ag es de moins dun mois. Source de nourriture. Lautophagie reste une r eponse cellulaire primordiale au manque de nourriture chez la plupart des organismes, y compris les organismes sup erieures. M etamorphose. Certaines m etamorphoses impliquent une autophagie dun tr` es grand nombre de cellules (ex: queue du t etard). Processus pathologiques Surcharges lysosomiales. Suite ` a une d ecience g en etique de lune ou lautre enzyme lysosomiale, les lysosomes gonent, atteignent des tailles enormes et nissent par etouer les cellules. Alt erations de la membrane lysosomiale. (voir eventuellement lexemple de la goutte dans les notes) Lysosomes et infection. Les bact eries pathog` enes sont par d enition des bact eries qui dune certaine mani` ere r esistent aux lysosomes soit: parce que n etant pas opsonis ees c` ad envelopp ees par le complexe antig` ene-anticorps, elles evitent la phagocytose, parce quelles inhibent la fusion phagosome-lysosome, parce quelles alt` erent la membrane es lysosomes ` a laide dune exotoxine, Parce quapr` es avoir et e tu ees par lorganisme, elles lempoisonnent par une endotoxine lib er ee suite ` a la digestion de leur paroi.

4.3

Le reticulum endoplasmique

Il est constitu e dun ensemble de membranes qui d elimitent des cavit es aplaties ou citernes de formes tr` es diverses. Ces cavit es communiquent entre elles et forment un r eseau canaliculaire caract eristique des cellules eucaryotes. Ce reticulum endoplasmique constitue le plus vaste syst` eme membranaire des cellules eucaryotes. Ses membranes sont constitu ees de phospholipides pauvres en cholest erol et de prot eines qui leur sont propres. Elles peuvent etre ou non associ ees ` a des ribosomes.

4.3.1

Le reticulum granulaire (REG)

Les membranes de REG portent des ribosomes attach es par la grosse sous-unit e sur leur face cytoplasmique. Les ribosomes deucaryotes di` erent des ribosomes de procaryotes par leur constante de s edimentation et par leur insensibilit e au chloramph enicol. Cependant, les ribosomes deucaryotes peuvent traduire de lARNm bact erien et r eciproquement. Les ribosomes associ es au RE sont le si` ege de la synth` ese des prot eines membranaires des di erents organites, des enzymes lysosomiales et des prot eines destin ees ` a lexportation c` ad des prot eines s ecr et ees. Toutes les cellules eucaryotes contiennent du REG car il est indispensable ` a l elaboration des prot eines membranaires. Toutefois, le REG est particuli` erement d evelopp e dans les cellules s ecrtrices.

31

4.3.2

Le reticulum lisse (REL)

Le REL, d epourvu de ribosomes, est le si` ege de la synth` ese et du m etabolisme des acides gras et des phospholipides, du cholest erol et des polusaccharides. La quantit e de REl varie selon les cellules mais en g en eral, il y en a peu. Cependant, il est tr` es d evelopp e dans certaines zones.

4.3.3

Les cavit es du reticulum

Ceux-ci forment un compartiment intracytoplasmique dans lequel mol ecules et ions sont isol es du cytoplasme. On y trrouve des produits dorigine endog` ene mais egalement dorigine exog` ene captur ees par pinocytose. Ces cavit es jouent un r ole capital dans lisolement, la s egr egation et laccumulation de diverses substances. On dira quil permet la s equestration ou le relargage dions ou de mol ecules energ etiques.

4.4

Lappareil de Golgi

Lappareil de Golgi est une structure polaris ee, faite dun ou plusieurs empilements de saccules. Ceux-ci sont organis es en une s erie de trois compartiments de transformation appel es Golgi cis, m edian et trans. Les saccules golgiens proviennent de la fusion de v esicules de la membrane du reticulum. D` es lors, de nouveaux saccules se forment sans cesse du c ot e reticulm (c ot e cis). En revanche, du c ot e oppos e, les saccules se fragmentent notamment en v esicules de s ecretion (c ot e trans). Lappareil de Golgi est donc une structure dynamique qui permet notamment la reg en eration des membranes consomm ees par endocytose.

4.5

Les voies de transport intracellulaire

Lappareil de Golgi re coit du reticulum endoplasmique des prot eines n eosynth etis ees et les distribue vers la membrane plasmique, les lysosomes et les v esicules de s ecretion. Ces prot eines sont transf er ees de la lumi` ere du reticulum vers la face cis du Golgi gr ace ` a des v esicules de transport. Les prot eines destin ees aux v esicules de s ecretion, ` a la membrane plasmique et aux lysosomes se d eplacent a traver les saccules en direction cis-trans. ` Elles sont aussi etiquet ees en fonction de leur destination en se combinant avec divers radicaux. Lorsquelles atteignent le niveau trans du Golgi, chaque type de prot eine se dirige vers sa destination nale dans un type particulier de v esicules. Par ailleurs, les cavit es du RE interviennent dans le cheminenemt intracellulaire de nombreuses mol ecules. Th eoriquement, une fois entr ees dans les cavit es du RE, les mol ecules ne peuvent plus en sortir. Cependant, lexp erience montre que des mol ecules migrent dans les cavit es puis les quittent. Les unes sont stock ees dans un autre compartiment, les autres, telles les s ecretions sont export ees dans le milieu extracellulaire. Les enzymes lysosomiales. Les prot eines enzymatiques destin ees ` a etre incorpor ees dans les lysosomes, sont tri ees au niveau de lappareil de Golgi. Les lysosomes constituent d` es lors des v esicules dorigine golgienne. Celles-ci sont reconnaissables car elles portent le r ecepteur du mannose6P. Les prot eines de s ecretion. Les mol ecules qui doivent etre export ees de la cellule sont enfer ees dans des v esicules de s ecretion qui se dirigent vers la membrane plasmique o` u elles d eversent leur contenu par exocytose.

4.6

Le recyclage membranaire est assur e par un circuit de v esicules

Les ph enom` enes de phago-, pino- et dexo-cytose provoquent dimportantes modications de la membrane cytoplasmique, tant du point de vue de la surface que de celui de la composition chimique des compartiments membranaires. 32

Il existe dans la cellule, des transferts de portions de membranes sous forme de v esicules qui migrent de la surface vers le cytoplasme ou invers ement. Il y a donc un remodelage permanent de la membrane et dautres constituants membranaires de la cellule. Les prot eines intrins` eques caract eristiques des di erents compartiments membranaires synth etis ees au niveau du RER sont dirig ees vers et transf er ees aux di erentes r egions membranaires par un syst` eme de v esicules dorigine golgienne. Toute une s erie de substances (surtout des macromol ecules) ne p en` etrent dans la cellule que dans la mesure o` u elles sont reconnues par des r ecepteurs sp eciques situ es ` a la surface de la membrane plasmique. Dans ce cas, les v esicules dendocytose sont tapiss ees du c ot e cytoplasmique par une couche prot eique en r eseau (les clathrines). On les appelle les v esicules recouvertes ou tapiss ees.

4.7
4.7.1

Les mitochondries
Structure

Chez les eucaryotes, elles sont le si` ege de la respiration cellulaire. Ce sont de gros organites denviron 1m de diam` etre. En moyenne, il y a de lordre de 500 mitochondries par cellule. Les mitochondries sont limit ees par deux membranes embo t ees lune dans lautre. La membrane externe, de composition proche du reticulum lisse, contient une prot eine constituant un important canal, appel e porine, perm eable aux mol ecules de poids faibles. Par contre, la membrane interne pr esente de nombreux prolongements appel es cr etes qui sont de formes variables. La membrane interne di` ere profond ement des autres biomembranes. Elle est constitu e` a 80% de prot eines enzymatiques et peut etre assimil ee aux m esosomes des bact eries. Lespace entre les deux membranes est dit intermembranaire et celui d elimit e par la membrane interne constitue la matrice. Celle-ci et remplie dun uide amorphe riche en prot eines. Elle contient par ailleurs des ribosomes de type bact erien et une mol ecule annulaire dADN. Cet ADN ne comprend pas dhistone et la transcription se fait de mani` ere polycistronique. Les g` enes n ecessaires ` a la constitution et au bon fonctionnement des mitochondries se trouvent r epartis ` a la fois dans lADN nucl eaire et mitochondriale. Le nombre total de mitochondries dune cellule reste plus ou moins constant de g en eration en g en eration.

4.7.2

La respiration cellulaire

Elle consiste a ` oxyder par etapes des mol ecules nutritives (ex: glucose) en utilisant une substance inorganique comme accepteur nal d electrons et ` a r ecup erer l energie lib er ee sous forme dATP. La respiration des eucaryotes est g en eralement a erobie et cest loxyg` ene qui sert daccepteur nal d electrons. Les sous produits sont le CO2 et le H2 O pauvres en energie. Mol ecules organiques + O2 H2 O + CO2 + energie Les coenzymes Pour catalyser les diverses etapes de la respiration cellulaire, beaucoup denzymes ont besoin en plus de leur substrat, de mol ecules organiques non prot einiques appel ees coenzymes. Au niveau de la respiration cellulaire, il existe cinq coenzymes importants que lon consid` ere comme des transporteurs car elles v ehiculent des substances dune r eaction ` a lautre: le nicotinamide ad enine dinucl eotide (N AD+ ) et la avine dinucl eotide (F AD) qui apportent des atomes dhydrog` ene ` a la cha ne respiratoire, la avine mononucl eotide (F M N ), premier transporteur d electrons de la cha ne respiratoire, et qui accepte lhydrog` ene de N ADH + H + ), le coenzyme A qui apporte des groupements ac etyles au cycle de Krebs, le coenzyme Q qui accepte lhydrog` ene du F ADH2 . 33

La d egradation du glucose Celui-ci est d egrad e dans une s erie de r eactions exergoniques, l energie lib er ee servant ` a synth etiser lATP. La plus grande partie du transfert d energie est li ee au transport des atomes dhydrog` ene et des electrons retir es aux produits de d egradation du glucose ` a travers une s erie de r eactions doxydor eduction. La glycolyse La glycolise qui se d eroule dans le cytoplasme comprend une s erie de r eactions au cours desquelles une mol ecule de glucose est convertie en deux mol ecules de pyruvate. Elle produit egalement deux produits importants: lATP et le N ADH + H + . Il y a production de deux ATP par phosphorylation du substrat. L equation g en erale de la glycolise peut s ecrire: C6 H12 O6 + 2AT P + 4ADP + 2P + 2N AD+ 2C3 H4 O3 + 2ADP + 4AT P + 2N ADH + 2H + Le cycle de Krebs Avant dentrer dans le cycle de Krebs qui se d eroule dans la matrice mitochondriale, le pyruvate provenant de la glycolyse perd un atome de carbone sous forme de CO2 . Cette d ecarboxylisation saccompagne de la procuction dune mol ecule de N ADH + H + . Il reste donc un groupement ac etyle qui sera transf er e par la coenzyme A vers le cycle de Krebs. Celui-ci correspond ` a loxydation compl` ete du groupement ac etyle en CO2 . Cette oxydation comprend egalement deux d ecarboxylisations et est coupl ee ` a la r eduction des transporteurs d electrons N AD+ et F AD. A la n du cycle, le glucose est compl` etement oxyd e. Une partie de l energie lib er ee a servi ` a faire de lATP (sous forme de GTP) par phosphorylation au niveau du substrat. Cepenadnt, la plus grande partie de l energie demeure dans les electrons transport es par les coenzymes r eduites N ADH + H + et F ADH2 (sch ema p84). Sans oxyg` ene, lacide pyruvique peut entrer soit dans lun ou lautre type de fermentation, soit lactique, soit alcoolique. La d egradation ana erobie de glucose r ealise une oxydation tr` es imparfaite du glucose, fournit peu d energie et conduit ` a la formation dalcool ou dacide lactique. La phosphorilation oxydative Au cours de la phosphorylation oxydative, des coenzymes vont etre oxyd es, leur hydrog` ene (y compris les electrons) passant ` a la cha ne respiratoire. Le N ADH2 et le F ADH2 vont transf erer leurs electrons par une s erie doxydor eductions ` a di erents accepteurs situ es dans les cr etes de la membrane interne et dans les oxysomes. La membrane interne de la mitochondrie comporte des unit es redox compos ees de cytochromes. La cha ne compl` ete des transporteurs d electrons comporte cinq mol ecules de cytochromes di erents. Ces r eactions doxydor eductions sont coupl ees ` a des phosphorylation dADP en ATP, lensemble formant la s erie des phosphorylations oxydatives. Le m ecanisme de la pompe ` a protons. Au cours du transfert des electrons ` a travers la cha ne des transporteurs de la membrane interne, des protons sont expuls es de la matrice mitochondriale vers lespace intermembranaire. Cette migration dions H + cr e e un gradient de concentration en protons mais aussi un gradient de pH ainsi quun gradient electrochimique. Les protons retournent vers la matrice mitochondriale en suivant ce gradient electrochimique. Ce retour seectue via le complexe F1-F0 et est coupl e` a la transformation dATP. 34

Les oxysomes sont de v eritables petits moteurs mol eculaires. La t ete dun oxysome est form ee de six sous-unit es ( et en alternance) comportant lactivit e ATPsynth etase. Lensemble de loxysome constitue une structure en forme de canal permettant le passage de protons. De plus, les deux parties F1-F0 peuvent tourner librement lune par rapport a lautre. Chaque paire dions H + qui traverse ce complexe provoque la rotation du fragment F1 ` par rapport au fragment F0 et permet la formation dune mol ecule dATP. Cjque rotation compl` ete engendre 3ATPs. Au bout de la cha ne des transporteurs, l electron est transf er e` a une mol ecule dO2 et forme un ion superoxyde O2 . Une enzyme, la catalase, transforme le peroxyde dhydrog` ene form e en H2 O et O2 4 + 2O2 2O2 + 2H + H2 O2 superoxyde dismutase catalase
2O2 H2 O2 + O2 1 H2 O + 2 O2

Pour le bilan, voir p163 des notes R eaction globale: C6 H12 O6 + 6O2 + 36ADP + 36Pi 6CO2 + 6H2 O + 36AT P Quelques particularit es des mitochondries Dautres ions H + traversent la membrane mitochondriale interne en m eme temps que des groupements phospates et des mol ecules dADP gr ace ` a un syst` eme de cotransport (symport). Plusieurs syst` emes de symport et dantiport transmembranaires font en sorte que pour chaque mol ecule dATP qui quitte la mitochondrie, un nombre egal dions phosphates et dADP retournent dans la matrice mitochondriale. Les poisons des mitochondries Plusieurs substances peuvent bloquer s electivement le fonctionnement des mitochondries. Laction de ces inhibiteurs sexerce notamment au niveau des cytochromes. Pour les exemples.. voir cours p165

4.8
4.8.1

Les chloroplastes
Structure

Ce sont des organites propres aux cellules aucaryotes autotrophes. Ils sont le site de la photosynth` ese dont l equation est: 6CO2 + 6H2 O C6 H12 O6 + 6O2 Les membranes externes et internes sont lisses et ne pr esentent pas de cr etes. Cependant, un troisi` eme syst` eme de membranes internes forme un r eseau de saccules empil es les uns sur les autres et d elimite un troisi` eme compartiment interne prtant le nom evocateur despace intrathylako dien; le syst` eme de membranes constitue les thylako des. Entre les lamelles des thylako des, on trouve des empilements de disques appel es grana (granum) (sch ema p92 bas). Le compartiment limit e par la membrane interne est appel e stroma. Comme dans la mitochondrie, les diverses membranes pr esentent des caract eristiques chimiques particuli` eres. La caract eristique
h

35

essentielle est la pr esence, dans les membranes des grana, de grandes quantit es de pigments chlorophylliens (parmi lesquels la chloraphylle a et b, les carot eno des et les xanthophiles) group es sous forme dunit es photosynth etiques (sch ema p93 haut). La structure mol eculaire de la chlorophylle comprend un h` eme dont le centre est occup e par un atome de magn esium. Il existe trois types importants de mol ecules dans les membranes des thylako des: 1. la chlorophylle, pigment photosynth etique capable dabsorber la lumi` ere, 2. les enzymes et les cofacteurs du syst` eme de transport d electrons, 3. les complexes enzymatiques qui assurent la synth` ese de lATP. Les chloroplastes sont, comme les mitochondries, capables dautor eplication. Ils comportent dans leur matrice un ADN annulaire et des ribosomes et sont donc capables dassurer la synth` ese de certaines de leur enzymes. Le stroma contient aussi les enzymes qui convertissent le CO2 en mol ecules glucidiques.

4.8.2

D eroulement de la photosynth` ese

Les organismes autotrophes sont les seuls qui peuvent utiliser une source d energie autre que l energie chimique, en loccurrence l energoe lumineuse. Le processus global de la photosynth` ese se compose denviron une centaine d etapes subdivis ees en deux phases s equentielles, la phase claire et la phase sombre. La phase claire Les pigments chlorophylliens sont rassembl es dans les membranes des thylako des en photosyst` emes. Le photosyst` eme I contient de la chlorophylle a et absorbe la lumi` ere ` a 700nm (P700). Le photsyst` eme II contient de la chlorophylle b et absorbe la lumi` ere ` a 680nm (P680). Lorsque la lumi` ere frappe le P700, l energie des h est utilis ee pour exciter un electron et le porter au niveau energ etique sup erieure. Cet electron retourne par etapes successives ` a son potentiel initial. Au cours de ce transfert, il y a formation dATP. Toutefois, l electron excit e peut emprunter une autre voie et retourner ` a un potentiel inf erieur par transfrets successifs ` a des accepteurs d electrons parmi lesquels le dernier est le NADP: 2N ADP + 2H + + 2

2N ADP H

Le photosyst` eme II r ealise la photolsye de leau Sous laction de la lumi` ere, leau est lys ee en H + , electron et en O2 . 1 + O2 2 Par aielleurs, l energie lumineuse est utilis ee pour la d elocalisation dun electron du photsyst` eme II. Cet electron va egalement retourner ` a son etat initial en empruntant une voie comportant ` a nouveau des cytochromes et en formant une mol ecule dATP. En n de parcours, l electron servira ` a combler le trou cr e e pr ec edemment dans le P700 par la perte de l electron initial. Les deux electrons produits par la photolyse de leau sincorporent au photosyst` eme II qui avait perdu les siens au prot du photosyst` eme I. La succession compl` ete des r eactions est donc: H2 O 2H + + 2

P 700 + LU M IERE (h ) 2 2

(excit es)

+ 2N ADP + + 2H + 2N ADP H 36

P 680 + LU M IERE (h ) 2 2

(excit es)

P 700

1 H2 O + LU M IERE (h ) O2 + 2H + + 2 2 2

P 680

La photosynth` ese produit donc du N ADP + + H + , de lATP et de lO2 . au cours de la r eaction dont la forme globale peut s ecrire: 2H2 O + 2N ADP + + 2ADP + 2P + 4

O2 + 2N ADP H + 2H + 2AT P

En r esum e, la phase claire assure la conversion de l energie lumineuse en energie chimique et produit de loxyg` ene mol eculaire qui se d egage. La phase sombre Au cours de celle-ci, qui se d eroule dans le stroma, le CO2 atmosph erique est r eduit et incorpor e a des mol ` ecules organiques complexes via une longue cha ne enzymatique qui le convertit en glucose. La s erie de r eactions conduisant ` a la formation de ca produit forme un cycle. Dans les chloroplastes, la premi` ere etape se situe au niveau dun sucre en C5 , le ribulose P-P qui r egait avec une mol ecule de CO2 pour former deux sucres en C3 : Ribulose P-P + CO2 2acide phospho glyc erique Cette xation de CO2 utilise le pouvoie r educteur du NADPH et l energie g en er ee sous forme dATP au cours de la phase claire. Cette energie est utilis ee pour la synth` ese de mol ecules organiques, des sucres qui ` a laur tour relib` erent dans les mitochondries l energie stock ee. Ce cycle est appel e cycle des pentoses phosphates. L energie n ecessaire ` a cette biosynth` ese (ATP) et les atomes dhydrog` ene (N ADP H2 ) sont fournis par la phase claire. Aussitot synth etis e, le glucose est g en eralement polym eris e en amidon, ce qui evite les probl` emes osmotiques.

4.8.3

R ole de la photosynth` ese

Il y a trois grands r oles jou es par la photosynth` ese: 1. Toute l energie mise en uvre par tous les etres vivants provient en derni` ere analyse de la d egradation des mol ecules organiques issues de la photosynth` ese chlorophyllienne. 2. Parall` element, tout loxyg` ene de notre atmosph` ere y a et e accumul e et continue de se renouveler par photosynth` ese. 3. Toutes les atomes de carbone constitutifs des organismes vivants, toutes les mol ecules doxyg` ene sont au moins pass ees une fois dans un chloroplaste. la r eaction globale de la photosynth` ese peut s ecrire:
6CO2

+ 6H 2 O

h chlorophylle

C6 H12 O6 + 6O2

37

4.8.4

Les cycles en C4

Dans un certain nombre de plantes, il existe un syst` eme interm ediaire de xation du CO2 . Il sagit du cylce de Calvin qui se d eroule dans des conditions environneentales drastiques. Il se r ealise dans les cellules entourant le fasceau libero-ligneux. Les cellules du m esophyle (parenchyme lacuneux) pr esentent dans ce cas un cycle de capture du CO2 qui fait intervenir une mol ecule de PEP (phospho enol-pyruvate) qui xe le CO2 pour former une mol ecule doxaloac etate. Cette derni` ere c` ede le CO2 au cycle de Calvin par d ecomposition de la mol ecule en acide pyruvique et en CO2 .

4.9

Cytosquelette et motilit e cellulaire

Le cytosquelette donne ` a la cellule sa forme, la capacit e de se mouvoir et son aptitude ` a ordonner ses organites et ` a les transporter dun endroit ` a lautre. La motilit e qui traduit laptitude ` a eectuer des mouvements spontan es ou r eactionnels chez les etres vivants est une propri et e g en erale des eucaryotes. Ces mouvements se manifestent ` a trois niveaux: au niveau tissulaire, ` a loccasion de la contraction des muscles par exemple. au niveau cellulaire, ` a loccasion du d eplacement de cellules isol ees tels les spermatozo des. Ces cellules isol ees se d eplacent plus ou moins rapidement selon le milieu. Sur un support solide ou tr` es visqueux, elles progressent lentement en formant des voiles ou des pseudopodes. En milieu liquide, elles progressent vivement ` a laide de cils ou de agelles. au niveau intracellulaire, ` a loccasion des mouvements de la membrane li es ` a lendocytose. Ces mouvements intracellulaires jouent un r ole essentiel dans la vie de la cellule. Ces mouvements sont li ees ` a lexistence de prot eines attach ees ` a la membrane plasmique et ` a di erents organites. Ce r eseau prot einique est quali e de cytosquelette car il fournit une ossature permettant le maintien de la forme de la cellule et lex ecution des ses mouvements. Ob compte trois types de bres prot eiques dans le cytosquelette: le microtubules, les laments interm ediaires et les microlaments. Les dux premiers pevent exister tels quels dans les cellules ou etre int egr es ` a des appareils cellulaires complexes.

4.9.1

Les microtubules

Les microtubules sont constitu es de sous-unit es prot einiques globulaires dont larrangement en h elice creuse constitue des structures tubulaires de longueur variable. Chaque sous-unit e prot einique correspond ` a un dim` ere de tubuline et . Ces mol ecules sassocient spontan ement en dim` eres tandis que leur polym erisation, qui correspond ` a la formation de protolaments, seectue ` a partir de centres organisateurs de microtubules. Chaque microtubule r esulte de lassociation en forme de cylindre de 13 protolaments. La polym erisation des dim` eres de tubuline est r eversible.Les microtubules poss` edent une extr emit e (not ee +) par laquelle il peut cro tre par addition de dim` eres et une extr emit e (not ee -) par laquelle il peut se raccourcir. Il peut donc egalement dispara tre par largage de dim` eres dans le cytoplasme. Les microtubules croissent ` a partir de centres particuliers de la cellule appel es centres organisateurs des microtubules (M T O C). Les centres organisateurs des microtubules jouent un r ole imporatnt notamment lors de la division cellulaire. Dans les cellules animales, on trouve au centre des MTOC une paire de centrioles. Par contre dans les cellules v eg etales, d epourvues de centrioles, les MTOC seuls constituent les p oles ` a partir desquels sassemblent les microtubules du fuseau mitotique. Les centrioles Un centriole est form e par un ensemble de neuf triplets de microtubules constituant un cylindre. Le centiolr est g en eralement situ e` a proximit e du noyau de la cellule. Dans ce cas, il est le plussouvent 38

pr esent en deux exemplaires perpendiculaires lun ` a lautre: le diplosome (sch ema p98 bas). Celuici joue un r ole important dans la formation et laccrochage du fuseau mitotique lors de la division cellulaire. Toutes les cellules eucaryotes (sauf les cellules v eg etales sup erieures) contiennent un diplosome. Avant la division, les centioles servent de centre organisateur pour la formation dun nouveau diplosome, puis la formation du fuseau. Si les centrioles servent de centres organisateurs ` a la formation des cils ou des agelles, ils sont quali es de cin etosome. Dans ce cas, les deux microtubules les plus internes de cahque tiplet sont en continuit e avec les microtubules des doublets de laxon` eme ciliaire. Dautre part, le cin estosome ` a la base des cils ou des agelles peut pr esenter des d ecorations relativement complexes, parmi lesquelles on trouve souvent les racines ciliaires. Les microtubules A comportent 13 protolaments, alors que les microtubules B et C nen comportent que 11. Les cils et les agelles Ceux-ci sont des digitations mobiles de la surface cellulaire. Bien que les cils soient plsu souvent plus courts et plus nombreux que les agelles, ces deux types dorganites locomoteurs partagnet la m eme structure de base. Ce sont des expansions cylindriques du cytoplasme. Neuf doublets de microtubules sont dispos es suivant les g enratrices du cylindre, chaque doublet prolongeant deux des trois tubules du triplets du cin estosome. De plus, ils poss` edent deux tubules parall` eles situ es pr` es de son axe et qui ne se prolongent pas dans le cin estosome. Ces structures longitudinales sont li ees par des bras prot einiques transversaux dispos es le long des microtubules. Certains de ces bras sont capables dhydroliser lATP et dutiliser l energie ainsi d egag ee ` a provoquer localement une translation longitudinale des microtubules les uns par rapport aux autres. I en r esulte une exion locale du faisceau de tubules et donc du cil ou de la agelle. Si les cils et les agelles ont une structure identique, leur mode de battement est tout ` a fait di erent. Les agelles sont parcourus de la base au sommet dondes de exions sym etriques. Les agelles exercent alors sur leau des pouss ees obliques dont les composantes lat erales sannuletn et dont les composantes longitudinales sadditionnent. Les cils quant ` a eux ont un battement dissym etrique qui comporte lalternance entre une exion rapide du cil rigide et une relaxation lente du cil souple. Cette dissym etrie implique une in egalit e entre les impulsions communiqu ees ` a leau dans un sens puis dans lautre et donc le transfert dune certaine impulsion r esultante ` a la cellule par rapport au liquide ambiant (sch ema p179 bas des notes). Ces organites locomoteurs servent ` a propulser la cellule dans son milieu si elle est libre, soit ` a d eplacer le uide extracellulaire si la cellule est incluse dans un tissu.

4.9.2

Les microlaments

Les laments dactine Les mol ecules dactine, une prot eine globulaire, peuvent sautoassembler pour constituer une vari et e de polym` eres appel es microlaments et par la suit se d efaire en monom` eres r eutilisables. Ces microlaments peuventsorganiser en faisceaux de bres parall` eles localis ees imm ediatement sous la membrans plasmique, soit sous forme de v eritables r eseaux. Ils sont toujours x es ` a la membrane plasmique. Lactine est une prot eine globulaire, actine G, susceptible de sassocier en une double cha nette enroul ee en h elice et formant de longs laments: lactine F. Ces laments dactine sont ancr es ` a la membrane cytoplasmique de la cellule. Dans les cellules musculaires, lactine forme les laments ns tandis quune autre prot eine globulaire, la myosine, constitue les laments epais. Cette actine est un composant essentiel des unit es contactiles: les sarcom` eres. Dans le sillon de lh elice dactine, deux autres prot eines viennent se loger: la troponine et la tropomyosine qui toutes deux participent ` a la contraction musculaire. 39

Mais lactine est egalement une prot eine abondante dans la plupart des types cellulaires o` u elle intervient dans diverses activit es cellulaires. La d esorganisation et laccumulation incotr ol ee des laments dactine dans la cellule constituent une des caract eristiques du vieillissement cellulaire. Les contractions ou les d eformations des cellules r esultent du glissemnt des microlaments les uns par rapport aux autres. Les microlaments jouent un r ole actif. En eet, ce sont eux qui etranglent la cellule m` ere et qui sont donc responsables de la division du cytoplasme. Notons que la cytochalasine, substance toxique emp eche la polym erisation de lactine et donc plusieus mouvements cellulaires mais pas la s eparation des chromosomes. La myosine Il sagit dune grande prot eine comportant une extr emit e globulaire (t ete) et une longue queue lamenteuse. Elle peut etre d ecompos ee en deux sous-unit es: une sous-unit e de m eromyosine, dite lourde, qui comprend la partie globulaire et un segment de la partie lamenteuse, et une cha ne de m eromyosine l eg` ere form ee de lextr emit e distale de la partie lamenteuse. La mol ecule de myosine est un dim` ere constitu e par lenroulement en h elice de deux mol ecules de myosine dont les cha nes l eg` eres sont situ ees du m eme c ot e. Le lament epais est form e dun faisceau de mol ecules de myosine pr esentant une orientation et une disposition tr` es pr ecises. La contraction musculaire est assur ee par linteraction des laments minces dactine avec les laments epais de myosine. La myosin nest pas un type de mol ecules mais bien une famille enti` ere de mol ecules. Dautre part, la myosine existe egalement dans le cytoplasme de la plupart des cellules. Les laments interm ediaires Les laments interm ediaires (FI) ont un diam` etre interm ediaire entre celui des microlaments et celui des microtubules.Divers types cellulaires poss` edent leurs propres types de laments qui di` erent par le type de prot eine mise en jeu. Parmi ceux-ci, on peut citer: la vimentine qui sert notammene ` a maintenir en place les di erents organites cytoplasmiques, la desmine qui sattache transversalement entre les bandes Z des sarcom` eres et maintien ainsi la coh erence des bres stri ees etqui constituent les laments dancrage des desmosomes, les neurolaments qui sassocient aux microtubules et particiepnt au transport axonal, les cytok eratines qui se retrouvent dasn des epith eliums durs k eratinis es. Les monom` eres des FI sont des prot eines lamenteuses dont lorganisation rappelle celle de la myosine. Egalement, les FI se montrent plus stables et r esistent mieux ` a la d enaturation que les autres types de laments. Les autres prot eines du mouvement Parmi celles-ci on peut citer la dyn eine et la kin esine. Les kin esines sont des mol ecules en forme de b atonnets form ees de deux cha nes lourdes enroul ees en h elice et de deux extr emit es globulaires, le tout formant un Y. Ces prot eines sattachent ` a la face des microtubules ainsi qu` a des el ements du reticulum tels que des micro v esicules. Elles sont responsables du transport actif de ces v esicules dun endroit ` a lautre de la cellule. Les microtubule sont donc les autoroutes intracytoplasmique. Les kin esines sont sp ecialis ees dans le transport centrifuge, c` ad de lextr emit e - des microtubules vers les extr emit es +. Les dy enines eectuent les transports dans les directions opos ee. 40

4.9.3

Le cytosquelette a de multiples fonctions

L etude des globules rouges a montr e quils pr esentaient une forme bien pr ecise. Le maintien de cette forme est d u` a un r eseau cytosquelettique dense. Les prot eines de la bande III sont r eparties de mani` ere uniforme dans la membrane et constituent les points dancrage dun r eseau de laments de spectrine. Ces laments tissent un let cytosquelettique dont les noeuds sont maintenus par des el ements dactine. Lensemble forme un r eseau serr e qui procure ` a la cellule sa forme particuli` ere.

4.9.4

Les poisons du cytosquelette

Les cytchalasines A et B bloquent lassemblage des laments dactine et donc ralentissent ou arr etent les d eplacements cellulaires,.. La phalo dine inhibe la d epolym erisation des laments dactine. La colchicine est un inhibiteur de lassemblage des microtubules. Elle bloque donc la mitose. Dautres substances comme la vinscristine et vinblastine inhibent egalement la polym erisation des microtubules. Le nocodazole inhibe egalement lassemblage des microtubules. Par contre le taxol favorise la formation des microtubules.

4.10

Le noyau en intercin` ese

Lintercin` ese est la p eriode qui s etend entre deux divisions cellulaires successives. Cest pendant cette p eriode que se produisent toutes les biosynth` eses nucl eaires et notamment la r eplication de lADN et la transcription des ARN. Laspect structural du noyau est tr` es di erent suivant quil se trouve en intercin` ese ou en cours de division cellulaire.

4.10.1

Lenveloppe nucl eaire

Chez les eucaryotes, le noyau est s epar e du cytoplasme par lenveloppe nucl eaire qui est une protion sp ecialis ee du reticulum endoplasmique. La citerne, qui forme cette enveloppe, est limit ee par une membrane lisse c ot e noyau et par une membrane portant des polysomes c ot e cytoplasmique. On a ` a lint erieur du noyau un r eseau de microlaments qui constitue la matrice nucl eaire. Ce r eseau est attach e` a la lame nucl eaire et forme un feutrage des microlaments qui tapissent la face nucl eaire de la membrane interne de lenveloppe nucl eaire. Cet ensemble cytosquelettique est form e de laments interm ediaires de laminine et sert ` a accrocher et maintenir la chraomatine mais aussi ` a soutenir lenveloppe nucl eaire (sch ema p105 milieu). Membranes nucl eaires externe et inetrne sunissent de place en place r ealisant dans lenveloppe des perforations circulaires appel ees pores nucl eaires. Ces pores sont des structures prot einiques complexes qui assurent le contr ole des transits nucl eocytoplasmiques en etant les voies de passage oblig e entre noyau et cytoplasme. Ce sont des structures toriques complexes form ees dun anneau prot einique entourant des el ements dispos es en rayon de charette. La membrane interne d elimite un espace: le nucl eoplasme qui contient le suc nucl eaire, la chromatine ainsi que le ou les nucl eoles.

4.10.2

La chromatine

Le noyau en intercin` ese contient un r eseau brillaire appel e chromatine. Celle-ci se pr esente soit sous forme de masses compactes quali ees dh et erochromaitine, soit sous une forme brillaire appel ee euchromatine, ces deux formes coexistant dans un m eme noyau. Il sagit dune substance complexe form ee dADN, dhistones (prot eines basiques participant ` a la structure de la chromatine) et de prot eines non histones (des r egulateurs de transcription ou traduction ou des enzymes). 41

Chez les eucaryotes, les noyaux contiennent une quantit e enhaurmes dADN, quantit e qu est largement en exc` es par rapport ` a celle qui est n ecessaire pour coder les prot eines pr esentent dans la cellule. On a environ 30% dADN dit non-codant.

4.10.3

Structure de la chromatine

La chromatine est une sturcture tass ee ` a lextr eme. Elle peut se d erouler en une structure qui gure un collier de perles.. Ces perles sont des complexes dADN et dhistones appel es nucl eosomes. Un nucl eosome est form e dun octet dhistones, c` ad dune paire de chacune des histones H2A, H2B, H3 et H4, complex ees ` a 146 paires de bases dADN et dune histone H1 stu ee en dehors du nucl eosome et li ee ` a une soixantaine de paires de bases. Cette histone arrime lADN qui cercle les autres histones et joue un r ole dans lempaquetage des nucl eosomes (sch ema p106 milieu).

4.10.4

LADN r ep etitif

Il a et e montr e quil y avait tr` es peu de rapport entre dune part la quantit e dADn du g enome et dautre part la complexit e des individus de lesp` ece consid er ee ou le nombre de prot eines quils synth etisent. Si le g enome complet dune cellule humaine contient 3 ` a 4.109 paires de bases, celui-ci contient lin7 formation pour 10 prot eines (100 acides amin es par prot eines). Or, le nimbre maximum de prot eines 3 identi ees aujourdhui est de 50 150.10 . Dans un g enome, la plupart des g` enes existent en une seule copie ou en un petit nombre de copies (d ependant des besoins en quantit e de la cellule amplication g enique). Le s equencage syst emayique de lADN a r ev el e lexistence dun grand nombre de courtes s equences r ep et ees dADN. Ces s equences r ep et ees sont non codantes. On peut citer: les oligonucl eotides et des segments dADN mobiles comme les transposons(= g` enes sauteurs). Les ADN r ep etitifs peuvent etre class es en plusieurs cat egories: les ADN r ep etitifs en tandem qui ont une longueur variable, lADN r ep etitif simple s equence formant 10 ` a 15% de lADN total, lADN r ep etitif s equences dispers ees formant 20 ` a 40% de lADN total. On peut observer aussi la pr esence dun ADN r ep etitif non codant appel e ADN satellite dont la proportion peut aller jusqu` a 10% du g enome. Il se compose de 1 ` a 250 nucl eotides qui peuvent dans certains cas etre r ep et es plusieurs millions de fois. Cet ADN se trouve en g en eral au niveau du centrom` ere des chromosomes. On voit donc quau total, ` a peine 10% de lADN nucl eaire est r eellemnt informatif et que 1% seulement code pour des prot eines. Si on le compare ` a lADN codant, on constate que lADN hautement r ep et e subit des mutations relativement fr equentes et sans cons equences. Cet ADN peut donc etre assez di erent chez deux esp` eces etroitement apparent ees ou m eme chez deux individus de la m eme esp` ece.

4.10.5

Structure des chromosomes

Dans le noyau, lADN est pr esent sous forme de structures discr` etes, les chromosomes. Chaque chromosome est une longue double h elice dADN invisible entre deux divisions cellulaires et confondue dans leu- et lh et erochromatine. Entre deux divisions cellulaires, ces chromosomes sont attach es par leurs extr emit es ` a la face interne de lenveloppe nucl eaire. Au moment de la division, les chromosomes sindividualisent, se condensent. Les enroulements successifs en h elices de plus en plus compactes des cha nes de nucl eosomes assurent la condensation de lADN en grosses boucles serr ees. La structure du chromosome m etaphysique comporte une armature centrale, une matrice faite de prot eines acides non-histones, sur laquelle viennent sattacher en spirale les boucles dADN condens e. Lempaquetage de lADN en nucl eosomes r eduit sa longueur native dun facteur de six. La bre nucl eosomique est elle m eme enroul ee en un arrangement h elico dal qui apparait tel un sol eno de. A 42

la suit de ce deuxi` eme tassement, la bre dADN est r eduite dun facteur 50. Mais cest encore insusant.Ansi, les colliers fortement enroul es de nucl eosomes se disposent en larges boucles maintenues en place par des prot eines non histones. On dit de la chromatine fortement tass ee quelle est condens ee (sch ema p192 des notes). Quand lADN est dans cet etat, les enzymes ne peuvent y avoir acc` es. D` es lors, la chromatine doit se d erouler au moins jusqu` a la formation dun coliier de nucl eosomes pour que lADN puisse servir de matrice pour la synth` ese de lADN ou dARN. Le d egr e de tassement de la chromatine est h et erog` ene: leuchromatine, qui peut etre traduite, est peu condens ee tandis que lh et erochromatine lest fortement.

4.10.6

La transcription chez les eucaryotes

Chez les eucaryotes, le transcrit originel dARN doit subie des modications dans le noyau avant dentrer sious forme dARNm mature dans le cytoplasme. Il existe en fait plusiseurs types dARN polym erases ayant des localisations et des fonctions di erentes: lARN polym erase I localis ee dans le nucl eole et ayant pour fonction sp ecique la transcription des ARNr de grande taille, lARN polym erase II localis ee dans le noyau et etant responsable de la transcription des ARNm de la plupart des prot eines, lARN polym erase III egalement localis ee dans le noyau et responsable de la transcription des ARNt et des petits ARNr . LARN messager se forme dans le noyau LARNm produit dans le noyau est g en eralement tr` es long (plus que n ecessaire ` a la traduction de la prot eine). Ces ARNm natifs sont appel es hnARNm (ARNm nucl eaires h et erog` enes). LhnARNm se voit ajouter ` a son extr emit e 5 une coie (cap) faite dun nucl eotide particulier, la 7 m ethyl guanosine. La liaison est de type 5-5. M eth7 P P P5 5 ARNm A lautre extr emit e, sajoute une s equence de 150-200 nucl eotides tous identiques (ad enosine), la queue poly A (polyad enosine). L epissage La s equence codante est g en eralement interrompue en de nombreux endroits par des s equences non codantes: les introns. Les s equences codantes dun m eme g` ene sont appel ees des exons. Les limites des introns sont indiqu ees par une s equence dune paire particuli` ere de bases aux deux extr emit es de chaque intron:
5

GU Intron AG3

L epissage consiste en lexcision des s equences non codantes et le recollage bout ` a bout des s equences codantes. Il semble que ce travail se r ealise dans le noyau. Plusieurs m ecanismes d epissage sont connus parmi lesquels lauto epissage pour lequel lintron sexcise lui m eme sans lintervention dune enzyme et l epissage. L epissage quant ` a lui fait appel ` a un complexe enzymatique appel e particule d epissage (ou spliceosome). Celle-ci est form e de prot eines et dARN et constitue les RNPsn (petites ribonucl eoprot eines nucl eaires).Chaque spliceosome contient 5 segments dARN appel es U1, U2, U4, U5 et U6 (snRNAs), U2, U3 et U5 participant ` a l epissage et U1 et U4 servant de sites de reconnaissance.

43

A la n de ce processus de maturation (processing), lARNm est enn pr et pour la traduction (sch ema p111). Dans le cas de laut epissage, lARN lui m eme forme une boucle et sans laide daucune prot eine assure la coupure de lintron et le collage des deux exons successifs. Chez les eucaryotes, lARNm nal ne code g en eralement que pour une seule cha ne polypeptidique. Ils sont dits monocistroniques tandis que les ARNm des bact eries sont polycistroniques. Les ribozymes sont des ARNs ` a fonction enzymatique Certaines prot eines de ceratins ARNs sont capables de d evelopper une activit e enzymatique de polym erase ou nucl ease par le fait quils sont capables dajouter ou denlever un nucl eotide ` a la n dune cha ne nucl eotidique. On trouve des introns dans presque tous les g` enes deucaryotes ` a lexception de ceratins, comme ceux codant pour les histones. On trouve aussi des introns dans certains g` enes de mitochondries humaines. Un g` ene qui contient des introns est transcrit en entier, mais apr` es laddition de la queue poly A, les introns sont episs es et les exons li es entre eux. On ne sait que fort peu de choses sur la fonction des introns. Par contre les introns ne sont d epourvus de sens que pour une prot eine donn ee. On se retrouve ainsi confront e ` a une nouvel aspect qui illustre la complexit e de lencodage de linformation g en etique dans la mol ecule dADN par lexistence de g` enes recouvrants (intron pour une prot eines et exon pour une autre).

4.10.7

Les nucl eoles

Les nucl eoles sont le si` ege de la formation des ribosomes. Ce sont ds sph erules r efringentes et tr` es basophiles.On peut y voir une zone brillaire peu dense entour e dune zone brillaire dense et dune zone granulaire p eriph erique. Leur nombre par noyau varie avec le type cellulaire. Morphologiquement, ils se composent de zones brillaires et de zones granulaires. Ils contiennent environ 85% de prot eines, 10% dARN et 5% dADN. La plus grande partie de lARN nucl eolaire est constitu e dARN de type ribosomial. Le nucl eole est une r egion distincte du noyau qui se forme ` a partir de segments terminaux dun ou plusieurs chromosomes, les organisateurs nucl eolaires. LADN des organisateurs nucl eolaires comporte les g` enes codant pour la synth` ese des ARNr . Les g` enes codant pour les prot eines ribosomiales sont port es par des r egions distinctes des chromosomes en dehors de lorganisateur nucl eolaire. Les prot eines ribosomiales sont synth etis ees dans le cytoplasme et migrent dans le noyau vers les nucl eoles. Elles y sont associ ees aux ARNr et forment les pr eribosomes. Ceux-ci retournent dans le cytoplasme pour y etre assembl es en ribosomes complets.

4.11
4.11.1

Lactivation des g` enes

R egulation de la transcription

La r egulation chez les aucaryotes est di erente de celle chez les procaryotes. Chez les eucaryotes, lARN polym erase ne peut initier seule la transcription. Elle n ecessite linterve,tion dune s erie de prot eines qui ensemble constitue le facteur g en eral de transcription. Lassemblage de ces prot eines seectue au niveua dune courte s equence de quetrenucl eotides TATA plac ee en t ete du promoteur.Apr` es quoi, le facteur g en eral de la transcription et lARN polym erase x ee sur le promoteur sassocient et la transcription peut commencer. Lassemblage du facteur g en eral se fait en plusieurs etapes sue lesquelles des prot eines de r egulation peuvent jouer sur la vitesse. Egalement, chez les eucaryotes, les prot eines r egulatrices peuvent se xer sur lADN ` a quelques centaines, voire quelques milliers de paires de baseqs du promoteurs quelles r egulent.Cette situation implique que lADN puisse se d eformer et constituer des boucles de mani` ere ` a rapprocher les deux sites. 44

Cela signie quun seul promoteur peut etre contr ol e par plusieurs s equences r egulatrices dispers ees sur lADN. La r egion r egulatrice dun g` ene deucaryote comporte donc trois types d el ements: un promoteur et la TATA box o` u sassemblent le facteur g en eral et lARN polym erase, des s equences r egulatrices o` u se xent des prot eines de r egulation, des espaceurs qui sont les s equences dADN qui s eparent les r egions r egulatrices entre elles.

4.11.2

Les prot eines de r egulation

Lactivation de g` enes particuliers est ` a la base de toute di erenciation cellulaire. En outre, des g` enes sp eciques sexpriment aux divers stades du d eveloppement, tandis que dautres r epondent ` a des signaux de leur environnement. Lexpression des g` enes est command ee par des prot eines de r egulation qui se xent sur des sites sp eciquent de lADN. Ces prot eines sont soit des activateurs soit des inhibiteurs de la transcription. Celles-ci se caract erisent par au moins deux domaines: le domaine de xation ` a lADN qui permet a la prot ` eine de reconnaitre son g` ene cible et le domaine daction sur la transcription. Il existe quatre grands types de domaines de xation qui utilisent soit lh elice , soit le feuillet pour se lier au garnd sillon de lADN (sch ema p113 milieu). Le motif h elice-tourne-h elice est le mod` ele le plus simple et le plus commun.Il est constitu e de deux h elices reli ees par un coude . Les autres motifs sont: le motif en doigt de zinc qui fait intervenir un atome de zinc, le motif fermeture ` a leucine dans lequel on retrouve une leucine tous les sept acides amin es c` ad ` a chaque pas de lh elice et le motif h elice-boucle-h elice.

4.11.3

Les histones dans la r egulation

Les histones sont plus que de simple supports pour lenroulement de lADN. En eet, lorsque lhistone H3 est m ethyl ee, les g` enes correspondants sont inactiv es ` a la suite dune s erie de r eactions complexes. A loppos e, lac etylation des histones induit une activation des g` enes correspondants. Les histones jouent donc un r ole dans la r egulation de lexpression des g` enes.

4.12

La mitose

Arriv ee a sa taille maximale, une cellule peut soit mourir soit se diviser en deux cellules lles. Le processus de division g en erale est la mitose.A lissue de chaque division mitotique, la cellule m` ere donne naissance ` a deux cellules lles qui lui sont g en etiquement identiques La mitose est un ph enom` ene continu qui se d eroule plus ou moins rapidement selon le type cellulaire. Elle comprend la division du noyau ou caryocin` ese qui correspond ` a la mitose proprement dite, suivie de la division du cytoplasme ou cytocin` ese. On d enit donc la mitose comme une s erie d ev` enements au cours desquels les chromosomes dune cellule, d ej` a dupliqu es pendant lintercin` ese, sont s epar es en deux groupes egaux. On peut diviser la mitose en six stades principaux: la prophase, la pr em etaphase, la m etaphase, lanaphase, la t elophase et la cytocin` ese.

4.12.1

La prophase

La prophase est marqu ee par la condensation de la chromatine en une s erie de chromosomes qui deviennent visibles individuellement. Lenombre de chromosomes est d etermin e pour une esp` ece donn ee. Chaque chromosome est constitu e de deux chromatides qui r esultent de la r eplication de lADN au cours de lintercin` ese. Ces chromatides, quali ees de chromatides surs, sont s epar ees lune de lautre sauf en une r egion, le centrom` ere, o` u elles sont etroitement associ ees. Cest ` a ce niveau qu edient en contact etroit avec les chromatides, en position sym etriques et oppos ees,les 45

kin etochores. Ces structures pluristrati ees constituent des centres organisateurs de la polym erisation des microtubules. La condensation des chromosomes se poursuit tout au long de la prophase et le nucl eole disparait progressivement. En d ebut de prophase, le diplosome se duplique. Les deux complexes centriolaires sont rapidement entour es de microtubules dont la formation est induite par le mat eriel p ericentriolaire. Ces microtubules sorientent de main` ere rayonn ee autour de chaque diplosome et constituent les asters. Les diplosomes migrent alors progressiveemnt en direction oppos ee dans le cytoplasme. l elongation des microtubules polaires situ es entre les deux diplosomes est plus importante que celle des asters. Ces microtubules constituent l ebauche du fuseau mitotique (sch ema p115 bas). Il est important de bien di erencierla paire de centrioles appel ee diplosoem et le centrososme. Ce dernier est une petite r egion circulaire du cytoplasme qui r egule la polym erisation des asters. Cest la position du centrosome qui d etermine laxe du fuseau et par cons equent le plan de la division de la cellule. Cette disposition est dune grande importance lors de lembryogen` ese notamment. La pr esence de centrosomes multiples conduit ` a la formation de fuseaux multipolaires et est li e` a la cancerisation des cellules.

4.12.2

La pr em etaphase

Cette etape est marqu ee par la rupture de lenveloppe nucl eaire qui se fait simultan ement en plusieurs points., les fragments de lenveloppe se dispersant rapidement dans le cytoplasme. Parall` element, le fuseau mitotique qui etait localis e en dehors du noyau occupe d` es ce moment tout lespace nucl eaire. Les kin etochores deviennent fonctionnels et induisent la formation de microtubules kin etochoriens ou chromosomiques qui s edient perpendiculairement au grand axe du chromosome (sch ema p204 des notes). Les chromosomes sorientent alors par rapport aux p oles de mani` ere telle que chacun des deux kin etochores se trouve en face dun p ole oppos e. Cela entraine limbrication des microtubules kin etochoriens et polaires dont les trajets deviennent parall` eles. Les microtunules kin etochoriens sallongent tandis que les chromosomes migrent vers le plan equatorial du fuseau.

4.12.3

La m etaphase

La formation de la plaque equatoriale La m etaphase est caract eris ee par le rassemblement des chromosomes ` a l equateur du fuseau. Cest a ca stade que les chromosomes sont le plus condens ` es. Leur situation sur le plan equatorial est telle que leurs kin etochores font faces chacun ` a un p ole oppos e et son equidistant de ce p ole. Les microtubules kin etochoriens vont du kin etochore dont ils sont issus vers le p ole auquel ce kin etochore fait face. La microtubules polaires s etendent soit dun p ole a` a lautre, soit du p ole dont ils sont issus au plan equatorial. Ce qui fait coller les chromatides ensemble Depuis la n de la r eplication jusqu` a la n de la m etaphase, les chromatides sont maintenues s epar ees mais proches lune de lautre ` a laide de mol ecules de coh esine. Ces mol ecules seront d etruites par une s erie de r eactions complexes faisant intervenirdes s eparines (linhibition des s eparines avant lanaphase est assur ee par les s ecurines) et lib` ereront les chromatides lors de lanaphase. Ce m ecanisme est distinct de celui qui permettra la cassure du centrom` ere.

4.12.4

Lanaphase

Cest lors de cette etape que se produit la partage des chromosomes en deux lots identiques. Au d ebut de lanaphase, les chromatides surs se s eparent au niveau du centrom` ere, chaque chromatide devenant autonome et ind ependant (on les dit chromosomes anaphasiques). 46

Les chromosomes migrent alors en sens opos e vers un p ole du fuseau, kin etochores en t ete. Le dplacement des chromosomes est synchrone. Lanaphase se d ecompose en deux temps. Les microtubules polaires des deux extr emit es du fuseau sallongent et glissent les uns sur les autrs gr ace ` a la kin esine: le fuseau sallonge. Le centrom` ere de chaque chromosome secasse et lib` ere les deux chromatides, tandis que les microtubules chromosomiauxx se raccourcissent du c ot e des kin etochores et tirent les chromatides vers les p oles. Laction conjugu ee des deux mouvements entraine une chromatide de chaque paire vers un des p oles de la cellule. La n de lanaphase est marqu ee par le rasemblement de chaque lot de chromosomes ` a un p ole oppos e du fuseau. A ce stade, les microtubules kin etochoriens sont totalement d epolym eris es. On observe egalement une l eg` ere invagination de la membrane plasmique qui ceinture la cellule au niveau du plan equatorial, ce qui amorce la cytocin` ese.

4.12.5

La t elophase

Elle commence quand les deux lots ont atteint chacun un p ole du fuseau. Elle est marqu ee pa la formation dun noyau dans chacune des cellules lles. A ce stade, les microtubules polaires perdent leurs connexions avec les p oles er lenveloppe nucl eaire s edie ` a partir de v esicules du reticulum endoplasmique. Les pores nucl eaires apparaissent pr ecoc ement ` a mesure que lenvloppe s edide. Lorsque celle-ci est compl` ete, le volume du noyau augmente tandis que les chromosomes se d econdensent et que la chromatine reprend son aspect interphasique. Cette d econdensation saccompagne de la repise des activit es m etaboliques des chromosomes, il y a ` a nouveau transcription. Le nucl eole r eapparait au niveau de lorganisateur nucl eolaire.

4.12.6

La cytocin` ese

Lors de ladivision, un faisceau de microlaments, parall` eles entre eux, se met en place sous la membrane plasmique. Ces microlaments constitu es dactine forment un anneau concentrique appel e sillon de division. Cet anneau est contracile et joue un r ole fondamental dans la cytocin` ese. Lorsque ce sillon atteint la r egion m ediane o` u subsistent quelques microtubules polaires, lanneau disparait suite ` a la dispersion des microlaments.

4.12.7

La mitose dans les cellules v eg etales (particularit es)

Etant donn e la pr esence dune paroi rigide et labsence de centrioles dans les cellules v eg etales, la mitose en leur sein est quelque peu di erente. On a la formation dun fuseau mitotique sans diplosomes. Egalement, la pr esence dune paroi rigide entourant la cellule v eg etale impose un certains nombre de limitations ` a la croissance cellulaire. L edication dune paroi entre les deux cellules lles lors de la mitose implique ainsi la participation de plusieurs organites cellulaires. A la n de la t elophase, des saccules issus du reticulum endoplasmique lisse salignent au centre de la cellule et, en fusionnant, les uns avec les autres, viennent reconstituer la membrane plasmique entre les deux cellules lles. De plus les microtubules du fuseau ne disparaisent pas totalement de sorte quela membrane plasmique nouvellement form ee se trouve dembl ee perfor ee par des ouvertures correspondant au passage de ces microtubules. Apr` es disparition de celles-ci, et formation de la paroi, cest trous formeront les plasmodesmes.

4.12.8

Chronologie de la mitose

La dur ee de d eroulement de la mitose varie tr` es fort selon le type cellulaire mais dans tousles cas, la prohase est l etape la plus longue.

47

4.13

Le cycle cellulaire

Chaque type de cellule a une dur ee de vie caract eristique. Certaines cellules ne peuvent m eme plus se diviser une fois quelles sont di erenci ees: t ot ou tard, elles devront mourir. Les cellules se divisent selon un cycle typique, appel e cycle cellulaire qui va du moment o` u la cellule est form ee par divison jusqu` a la n de sa propre division. Ce cycle comporte quatre phases: M, G1, S et G2. Durant la phase mitotique (M), le noyau et le cytoplasme se divisent et forment deux nouvelles cellules. Le reste du cycle forme linterphase ou intercin` ese et comporte les trois autres phases. La phase centrale S (synth` ese) correspond ` a la synth` ese de lADN c` ad ` a la duplication du mat eriel g en etique en vue de la prochaine division cellulaire. La phase G1 (Gap = intervalle)va de la naissance dune nouvelle cellule jusquau d ebut de la synth` ese de son ADN. La phase G2 se situe entre la phase S et la division cellulaire. Dans la plupart des cas, linterphase repr esente plsu de 90% du cycle cellulaire et cest la dur ee de la phase G1 qui est la plus variable. La r eplication de lADN au cours de lintercin` eseimplique quune cellule diplo de qui entre en mitoseposs` ede non seulement deux lots de chromosomes homologues mais que pour chacun de ces homologues, il existe deux copies identiques , mat erialis ees par lexistence de chromatides surs.

4.13.1

Le r ole des cyclines

Les cyclines jouent un r ole dhorloge biologique. Le d eclenchement de la mitose semble r epondre ` a la stimulation dun m ecanisme dans lequel intervient les cyclines et les prot eines de la classe CdK. Il existe eectivement plusieurs points de contr ole lors de la mitose (sch ema p117 haut). Les prot eines CdK (prot eines kinases cyclines d ependantes) sont des prot eines r egulatrices qui consomment de lATP. Le cycle cellulaire est sous la d ependance dun double contr ole: la production constante de cycline dont laccumulation nit par d eclencher la mitose lorsque celle-ci a atteint une concentration seuil. une s erie de prot eine CdK qui r egulent le rythme cellulaire et qui permet dallonger ou de raccourcir le cycle cellulaire. La production et la concentration intracellulaire des ces di erentes prot eines agiraient comme des horloges internes de la cellule. Le contr ole du cycle mitotiqe sexerce en di erents points strat egiques que sont les phases G1 et G2. D` es lors si pour une esp` ece donn ee, q est la quantit e dADN pr esente dans un spermatozo de, on trouve dans chaque noyau dun organe autre que les gonades 2n chromosomes et 2q dADN juste apr` es une division et 2n chromosomes et 4q dADN avant la division suivante.

4.13.2

Les t elom` eres

On appelle t elom` ere lextr emit es des chromosomes. Ces r egions sont form ees dADN r ep etitif. Leur r ole serait de prot eger les extr emit es des chromosomes qui sont des zones fragiles de ces structures. Les t elom` eres sont des r egions hautement conserv ees du g enome depuis des millions dann ees. Par ailleurs, ces r egions ont et e identi ees dasn un grand nombre desp` eces animales comme v eg etales. Une des caract eristiques remarquables de ces t elom` eres est quils sont faits de brins simples ` a lextr emit e 3 de la double h elice et qui se raccourcissent progressivement au cours de la vie dun organisme. On a pu egalement d eterminer quils jouent un r ole dhorloge mitotique et ils emp echent lattacheemnt bout ` a bout des extr emit es des chromosomes. Il existe par aileurs une ADN polym erase appel ee t elom erase qui a pour fonction de rallonger les t elom` eres en reconstituant les segments perdus. Elle agit comme une transcriptase inverse.Lenzyme 48

est constitu ee dune sous-unit e catalytique qui forme un complexe avec une s equence dARN (11 bases) compl ementaire de la s equence t elom` erique et qui sert donc de mod` ele pour la synth` ese de nouvelles s equences t elom` eriques. (CU AACCCU AAC ) La t elom erase est capable dajouter dess nucl eotides ` a lextr emit e 3 du simple brin. Apr` es la n du d eveloppement embryonnaire, la t elom erase est inactiv ee dasn les cellules somatiques cq qui les condamnent ` a mourir au bout dun certain nombre de divisions cellulairesen raison du raccourcissement des t elom` eres. Par contre, dans la lign ee germinale, lat elom erase reste active ce qui permet` a ces cellules daccompir une sorte de mise ` a z ero de la longueur des chromosomes lors de la formation du zygote (lembryon). On peut remarquer que dans les cellules canc ereuses, la t elom erase est fortement active ce qui explique limmortalit e de ces cellules.

4.13.3

La prot eine P53

Lorsque se prodisent des erreurs de r eplication, la procuction dune prot eine appel ee P53 est activ ee. Celle-ci emp eche (au niveau de la phase G1) la mitose de se produire et la cellule de se diviser. En se xant sur lADN, elle emp eche aussi toute forme de transcription. Dans certains cas, ce blocage conduit ` a lapoptose de la cellule (mort cellulaire) emp echant ainsi la prolif eration et la propagation des erreurs dune g en eration ` a lautre. Ces erreurs de r eplication sont souvent la cause de cancer er donc la prot eine P53 peut etre consid er ee comme une prot eine suppresseur de tumeurs. Lorsque celle-ci est mut ee et d` es lors inactive, la r eplication nest pas srtopp e et lADN endommag e se propage de g en eration en g en eration dans les cellules lles.

4.13.4

La technique de la PCR (Polymerase Chain Reaction)

Cette technique permet dobtenir en un temps tr` es court une quantit e enorme de copies dune s equence dADN donn ee. Elle se base sur les propri et es de lADN et sur un ADN polym erase fonctionnant ` a haute temp erature. Principe de la m ethode: 1. un segment dADN double brin est d enatur e par chauage (les deux brins sont s epar es). 2. On dispose dun pool de courtes s equences dARN destin ees ` a servir damorces (primer). 3. Dans le milieu dincubation, on ajoute ` a la pr eparation contenant lADN d enatur e un exc` es de s equences ARN primer. On la refroidit alors an de permettre lhybridation antre ADN et primers. 4. On ajoute ensuite de lADN polym erase et on laisse se d erouler un premier cycle de polym erisation de lADN compl ementaire. 5. En remontant la temp erature, on d enature les nouveaux brins synth etis es. On r ep` ete alors les op erations un nombre ind eni de fois juqqu` a lobtention de la quantit e d esir ee de lADN initial.

4.14

Las caryotypes

Les caryotypes permettent de d eterminer dune part le nombre de chromosomes par cellule et dautre part la forme des chromosomes. Lobservation de caryotypes dun grand nombre desp` eces a permis de pr eciser que pour une esp` ece donn ee, le nombre et laspect des chromosomes m etaphasiques sont identiques dun organe et dun individu ` a lautre. Chez les animaux pluricellulaires, ces chromosomes sont en g en eral semblables deux ` a deux. Lassortiment chromosomial comporte alors n paires de chromosomes homologues et le cellule est dite 49

diplo de. En revanche, les cellules germinales des ces m emes organismes ne poss` edent quun seul assortiment de xhromosomes, elles sont dites haplo des.

4.15

La m eiose

Il sagit dun mode de division cellulaire directemetn et exclusivement li e` a la reproduction sexu ee. Elle constitue une etape essentielle de la spermatogzn` ese et de lovog en` ese. Les cellules diplo des dun organisme comportent deux assortiments de chromosomes: lun venant du p` ere, lautre de la m` ere. Ces assortiments sont quali es dhomologues. La m eiose est un processus long et complexe qui comporte deux divisions successives qui ne sont pas s epar ees par une interphase. Il ny a donc pas de r eplication de lADN entre les deux divisions. Au terme de ces deux divisions, une cellule diplo de produit quatre cellule haplo des.

4.15.1

Division 1

Comme la m eiose produit des noyaux haplo des ` a partir de noyaux diplo des, elle doit permettre au chromosomes homologues de la cellule de se r epartir de fa con pr ecise en deux groupes contenant chacun un membre de chaque paire de chromosomes. Les ev` enements qui permettent ce tri se produisent lors de la prophase I. Les chromosomes trouve son homologue et ils salignent lun en face de lautre sur toute leur longueur. Ils sont maintenus par un complexe prot einique appel e synapton` eme. Comme les chromosomes ont d ej` a et e r epliqu es pendant la phase S, le groupe r esultant comporte quatre chromatides ou t etrade. Le processus dappariement des chromosomes porte le nom de synapsis. Au sein des t etrades, des ph enom` enes denjambement des chromatides non surs assurent jusqu` a lanaphase la coh erence entre chomosomes homologues. Les points denjambement sont appel es chiasmas. A ce niveau ces chromosomes peuvent echanger des portions de chromatides par un m ecanisme de recombinaison g en etique: le crossing over. Au cours d lovogen` ese, cest pendant la prophase I que se r ealise laccumulation des r eserves ou vitellogen` ese. Le noyau pr esente, pendant ces phases de synth` ese, ds aspects particuliers des chromatides et des nucl eoles li es ` a lactivit e m etabolique. Au cours dela m etaphase I, toutes les t etrades salignent pour former la plaque equatoriale. Cahque chromosome fait face ` a son homologue, de part et dautre de l equateur et ne pr esente de microtubules kin etochoriens que sur la face orient ee vers un p ole. Cette disposition permet la s eparation des chromosomes homologues au moment de lanaphase. Pendant lanaphase I, les centrom` eres restent intacts, de sorte que les deux chromatides de chaque chromosomes se d eplacent ensemble vers un p ole du faisceau tandis que les deux autre chromatides des la t etrade se d eplacent vers le p ole oppos e. Chaque group de chromosomes sorganise alors en un nouveau noyau durant la t elophase I. En r esum e, la division I r eduit un noyau diplo de en deux noyaux haplo des, contenat des chromosomes d ej` a dupliqu es. Cest la raison pour laquelle la division I est parfois appel ee division r eductionnelle.

4.15.2

Divsion II

Elle se r esume essentiellement ` a la division mitotique dun noyau haplo de en deux nouveaux noyaux haplo des. Elle est plus rapide que la division I. Pendant la prophase II, un fuseau se forme dans chacune des deux cellules lles. Lors de la m etaphase, les chromosomes forment une plaque equatoriale, les centrom` eres se s eparent lib erant les chromatides surs sous la forme de chromosomes individuels. Ces derniers se s eparent ensuite en deux groupes et, au moment de la t elophase II, ils sorganisent en deux noyaux haplo des. Comme

50

la division I avait produit deux cellules haplo des, la division de celles-ci donne un total de quatre cellules haplo des.

4.15.3

La recombinaison g en etique

La m eiose assure le maintien du nombre de chromosomes ` a travers les g en erations chez les esp` eces ` a reproduction sexu ee mais elle entraine aussi un brassage du mat eriel g en etique permettant la formation de nouvelles combinaisons. La m eiose assure la recombinaison g en etque de deux fa cons: par le production de nouveaux assortiments de chromosomes lors de lanaphase I, par l echange de segmentsentre chromosomes homologues lors de la prophase I. Les nouveaux assortiments de chromosomes r esultent de la fa con dint les chromosomes homologues se r epartissent ` a lanaphase I. Dans cahque cellule lle, un chromosome a autant de chances de se retrouver avec lun ou lautre repr esentant de chacune des autres paires de chromosomes homologues. En g en eralisant, on peut dire que la s egr egation de n paires de chromosomes entre deux cellules haplo des peut donner naissance ` a 2n combinaisons di erentes. Le crossing over impliquent la cassure des doubles h elices dADN maternelle et paternelle de chacune des deux chromatides et leur r eunion crois ee par un processus de recombinaison g entique. Cela a pour r esultat de placer sur le m eme chromosome des g` enes qui se trouvaient auparavant sur des chromosomes di erents et vice-versa. Le crossing over a pour eet de combiner sur une m eme chromatide des g` enes provenant les uns du p` ere, les autres de la m` ere. Par recombinaisons g en etiques, les indivicus sexu es engendrent une descendance dune diversit e impr evisible dont les g enotypes, qui ne sont dus quau hasard, ont au moins autant de chances de repr esenter un changement n efaste quun changement b en eque. Lavantage est que si un parent engendre une nombreuse descendance poss edant une grande vari et e de recombinaisons g en etiques; il y a plus de chances pour quun de ses descendants au moins poss` ede lassortiment n ecessaire ` a la survie.

51