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Universit´e Libre de Bruxelles Facult´e des Sciences Appliqu´ees

Ann´ee acad´emique

2005-2006

R´esum´e de biologie animale et v´eg´etale

Prof. Louis De Vos BIOL -G-101

Nguyen Anh Dung

Introduction

L’´etude de la biologie commenca vraiment avec l’apparition du microscope invent´e par A.Leeuwenhoek. Dans la mˆeme p´eriode, R.Hooke invente lui aussi le microscope mais en Angleterre. Avec ces appareils, ils vont tenter de voir ce qui est invisble `a l’œil nu. Cependant, il faudra attendre environ 200 ans pour que T.Wirshows tire des conclusions et ´emette un postulat important: ”Toute cellule provient d’une cellule existante”. Cela implique donc que les cellules ne naisssent pas `a partir de rien.

Comment d´efinit-on l’´etat vivant? Qu’est ce que la vie? En effet, il est assez difficile de d´efinir l’´etat vivant, de faire la diff´erence avec l’inanim´e. Pour cela, on d´efinit des caract´eristiques de l’´etat vivant:

– la croissance

– la reproduction

– la nutrition pour avoir de l’´energie. Cela entraine la d´ef´ecation (´elimination des ´el´ements, aliments non assimil´es par l’organisme) et l’excr´etion (´elimination des d´echets produits `a partir du m´etabolisme)

– la respiration (on capte l’oxyg`ene, on oxyde les aliments et on produit de l’´energie)

– la circulation (distribution et r´epartition des aliments)

Et pour que tout cela marche, il y a aussi une r´egulation.

On peut voir que c’est caract´eristiques se retrouvent bien dans le monde v´eg´etal. Au niveau de la croissance et de la reproduction, ca semble assez clair. La nutrition est par contre diff´erente de la nutrition animale. De plus, il n’y a ni d´ef´ecation ni excr´etion. La production d’´energie se fait par la photosynth`ese. La respiration consiste en l’utilisation et la consommation de l’oxyg`ene et le rejet de dioxyde de carbone. Quant `a la circulation, il s’agit de la circulation de la s`eve.

Une distinction doit ´egalement ˆetre faite entre:

– h´et´erotrophe (animaux et humains): qui mangent les autres

– autotrophes (v´eg´etaux): qui ne mangent personne, qui se nourissent tout seul.

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Chapitre 1

Les procaryotes

Les procaryotes sont les organites actuels les plus simples qui manifestent les caract´eristiques de la vie. Ils sont d´epourvues de noyau et de tout organite d´elimit´e par une structure membranaire. Les procaryotes comportent:

– Les eubact´eries qui englobent la majorit´e des bact´eries actuelles,

– Les arch´eobact´eries qui vivent dans des conditions environnementales extrˆemes,

– Les mycoplasmes qui sont de grandes tailles et se rapprochent des gros virus dont ils se dis- tinguent par le fait qu’ils assurent leurs propres synth`eses,

– Les rickettsies qui ne se d´eveloppent que dans les cellules de vert´ebr´es. Ce sont donc des parasites oblig´es,

– Les cyanophyc´ees qui sont des procaryotes autotrophes.

1.1 Importance des bact´eries

Les bact´eries jouent un rˆole essentiel dans l’´equilibre du monde vivant et pr´esentent, `a ca titre, de multiples interf´erences avec la biologie humaine. Toutefois, l’aspect le plus souvent soulign´e est le rˆole que certaines d’entre elles, dites pathog`enes, jouent dans l’apparition de maladie. Il importe cependant de ne pas oublier que la plupart des bact´eries ne sont pas pathog`enes. Cer- taines bact´eries, dites symbiotiques, constituent des symbiotes indispensables au bon fonctionnement du tube digestif. Chez l’homme, c’est l’Escherichia Coli qui transforme l’ensembles des d´etritus de la digestion en une pˆate f´ecale. Citons ´egalement le rˆole fondamental de certaines bact´eries, dites fixatrices d’azote, qui conver- tissent l’azote mol´eculaire N 2 de l’atmosph`ere en azote assimilable NO 2 , NO 3 ou NH 3 . Cette trans- formation est essentielle car aucun organisme vivant (sauf les bact´eries fixatrices d’azote) n’est capable d’utiliser directement l’azote mol´eculaire. Il existe aussi diverses bact´eries assurant la d´ecomposition des d´etritus organiques et permettant ainsi le recyclage des constituants majeurs des ˆetres vivants. On appelle fermentation, la d´egradation bact´erienne des polysaccharides en alcool et CO 2 et putr´efaction, la d´egradation bact´erienne des prot´eines et des acides nucl´eiques, c`ad des constituants azot´es. Notons pour finir qu’au cours de ces cinquante derni`eres ann´ees, les bact´eries sont devenues des outils extrˆemement oerformants pour l’´etude exp´erimentale de la biologie cellulaire ou moll´eculaire et de la g´en´etique.

1.2 Description d’une bact´erie (E.Coli)

La bact´erie E.Coli est la mieux connue actuellement pour plusieurs raisons:

– c’est un mat´eriel biologiques in´epuisable

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– elles se cultivent tr`es ais´ement au labo et ne sont pas pathog`enes

– on en connaˆıt de tr`es nombreuses souches mut´ees pour diverses fonctions

– elles se reproduisent rapidement (temps de g´en´eration dans de bonnes conditions: 20 min)

Cette bact´erie, en forme de bˆatonnet, est de petite taille, 2µm de long pour 1µm de diam`etre. Elles ne forment jamais de spores et se d´eplacent `a l’aide de filaments flagell´es.

Quand on regarde la composition chimique de la bact´erie en phase exponentielle de multiplication, on peut remarquer que 70 % de la masse totale est constitu´e d’eau (mˆeme pourcentage pour la plupart des cellules vivantes). L’eau est en effet indispensable au bon d´eroulement de la majorit´e des r´eactions biochimiques car elle est un dipˆole qui s’oriente dans un champ ´electrique, elle est un excellent solvant (cste di´electrique ´elev´e) et sa chaleur sp´ecifique est ´elev´ee. Les ions min´eraux et les petites mol´ecules organiques, qui repr´esentent 25 % de la masse s`eche sont extr`emement nombreux mais peu diversifi´es. Ces mol´ecules constituent les mat´eriaux de synth`ese n´ecessaires au m´etabolisme cellulaire. Les prot´eines quant `a elles sont tr`es diversifi´ees et repr´esentent pr`es de 50 % de la masse s`eche. Les acides nuc´eiques (25 % de la masse s`eche) comportent une seule esp`ece d’acide d´esoxy- ribonucl´eique (ADN) et quelques milliers d’esp`eces d’acides ribonucl´eiques (ARN). Les macromol´ecules s’associent pour former des structures qualifi´ees d’organites.

1.2.1 La paroi

Toutes les bact´eries sont entour´ees d’une paroi extensible constitu´ee de mucopeptides propres aux procaryotes: les mur´eines qui sont des prot´eoglycanes c`ad des mol´ecules constitu´ees de longues chaˆınes de polysaccharides li´es entre elles de mani`ere covalente par de courtes s´equences de peptides. Les chaˆınes ainsi cr´e´ees sont des copolym`eres de deux hexoses amin´es: la N-ac´etylglucosamine (NAG) et l’acide N-ac´etylmuramique (NAM) qui forment de longues chaˆınes parall`eles, pont´ees entre elles par des s´equences d’acides amin´es. (voir sch´ema p6 en bas)

En bact´eriologie, les bact´eries sont souvent r´epertori´ees selon leur affinit´e pour un r´eactif color´e (cfr Gram le danois). Les bact´eries GRAM , de loin les plus nombreuses, ne pr´esentent pas cette affinit´e. Leur paroi comporte en plus de la mur´eine une couche externe de nature phospholipidique. Celle-ci poss`ede les caract´eristiques fondamentales d’une membrane biologique mais aussi des particularit´es telles que la pr´esence de porines (=canal prot´einique) permettant la diffusion de petites mol´ecules et la pr´esence de glycolipides. La paroi bact´erienne constitue pour la cellule un v´eritable squelette externe qui oppose une r´esistance aux liquides contenus dans la cavit´e qu’elle d´elimite. Chez les bact´eries, la pression os- motique peut atteindre des valeurs de 5 `a 20 atmosph`eres. Le pouvoir pathog`ene de certaines souches bact´eriennes est fr´equemment li´ee `a l’existence de constituants particuliers de la paroi, sp´ecifiques de ces souches. Notons encore que parmi les antibiotiques qui repr´esentent un ensemble tr`es h´et´erog`ene de sub- stances produites au d´epart des microorganismes et susceptibles de tuer ou d’inhiber le m´etabolisme d’autres microorganismes, il en existe toute une gamme qui agissent directement au niveau de la paroi des bact´eries GAM + .

1.2.2 La capsule ou glycocalyx

Dans des conditions naturelles, de nombreuses bact´eries sont couvertes par une enveloppe mu- queuse ext´erieure `a la paroi: la capsule ou glycocalyx. Elle est compos´ee principalement de carbohy- drates complexes, d’acides organiques ou encore de prot´eines riches en un acide amin´es particulier:

l’acide glutamique.

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Cette capsule leur permet de se lier:

– `a des surfaces inertes telles les dents ou les rochers qui tapissent le lit d’une rivi`ere ou d’un torrent

– `a des cellules eucaryotes

– `a d’autres bact´eries par fusion des capsules et formation d’une enveloppe commune.

1.2.3 La membrane plasmique

Structure

D’un point de vue chimique, toutes le biomembranes sont compos´ees de prot´eines et de phos- pholipides complexes. Ces phospholipides sont ds mol´ecules amphiphiles et asym´etriques pr´esentant une extr´emit´e polaire, donc hydrophile, prolong´ee par deux longues chaˆınes aliphatiques fortement hydrophobes. En phase acqueuse, de tels lipides s’organisent spontan´ement soit en micelles, soit en bilames o`u les chaˆınes aliphatiques se font face de mani`ere `a minimiser les contacts entre ces chaˆınes et l’eau. Les couches hydrophobes des deux couches se font face. La membrane apparaˆıt donc comme un film hydrophobe imperm´eable s´eparant deux milieux hydrophiles. (voir sch´ema p23 des notes en haut) Une bonne repr´esentation est le mod`ele en mosa¨ıque fluide, propos´e par Singer et Nicholson en 1972, qui pr´esente l’avantage de tenir compte des fonctions d’´echange de la membrane.Selon ce mod`ele, la membrane plasmique est un syst`eme dynamiquedans lequel les les phospholipides sont anim´es de mouvement. Ceux-ci tournent rapidement autour de leur axe et changent lat´eralemenr de place avec leurs voisins. Par contre, ils ne basculent pratiquement jamais d’une lame `a la lame oppos´ee. De tr`es nombreuses prot´eines d´erivent dans cet ”oc´ean” de phospholipides, se disp`ersent de fa¸con al´eatoire ou au contraire, se rassemblent en divers endroits. Celles-ci sont soit des transporteurs, soit des r´ecepteurs de signaux, des enzymes ou des canaux ioniques. Les prot´eines membranaires sont soit int´egrales, c`ad qu’elles traversent la bilame de part en part une ou plusieurs fois, soit extrins`eques, c`ad partiellement ins´er´ees dans la bilame.

Contrˆole et r´ealisation des ´echanges avec le milieu

Il y a deux types d’´echanges: soit passifs, soit actifs.

Les ´echanges passifs sont tous ceux qui tendent `a r´etablir l’´egalit´e des concentrations et des charges ´electriques de part et d’autre de la membrane. Ils ne n´ec´essitent pas d’´energie. Ils s’effectuent par diffusion simple, par osmose, ou par diffusion facilit´ee, soit `a travers les bilames de phospholipides, soit par des canaux prot´einiques. La diffusion simple correspond au d´eplacement de la mati`ere sous l’effet des mouvements brow- niens. Compte tenu du caract`ere statistique de l’agitation thermique, le nombre de mol´ecules quittant une r´egion est proportionnel `a la concentration de cette mol´ecule dans la r´egion. La diffusion corres- pond donc au passage de mol´ecules ou d’ions, du cˆot´e o`u leur concentration est ´elev´ee vers le cˆot´e o`u leur concentration est plus faible. Dans le cas des ions, le passage r´epond non seulement au gradient de concentration, mais `a toute diff´erence de potentiel entre les deux faces de la membrane. Cette diffusion simple suit la Loi de Fick:

J i = D i A dC i

le taux de variation de concen-

tration en fonction de la distance. Il faut remarquer que le coefficient de diffusion d´epend de l’affinit´e de la substance diffusible pour la bilame hydrophobe. L’eau est quasiment le seul compos´e qui diffuse librement. C’est pourquoi on qualifie la membrane plasmique de semi-perm´eable.

o`u J i est le flux, D i le coefficient de diffusion, A la surface et dC i

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L’osmose peut ˆetre assimil´ee `a la diffusion mais, dans ce cas, le flux est limit´e au solvant, c`ad `a l’eau. Elle tend `a ´egaliser les pressions de part et d’autre de la membrane. La pression osmotique entraine un flux d’eau `a travers une membrane g´en´eralement semi-parm´eable, du cˆot´e `a faible concentration en substances dissoutes vers le cˆot´e `a haute concentration. La pression osmotique d’une solution d´epend uniquement du nombre de particules dissoutes et non de leurs poids ou de leurs charges. Suivant que la pression osmotique du milieu est sup´erieure, ´egale ou inf´erieure `a celle de la cellule, on parle de milieu hyper - iso ou hypotonique. En milieu fortement hypotonique (concentration dans la cellule sup´erieure `a la concentration du mileu), la p´en´etration d’eau aboutit le plus souvent l’´eclatement de la cellule. En mileu fortement hypertonique, toute cellule perd une partie plus ou moins importante de son eau et diminue de volume. Au-del`a d’un certain taux, la perte d’eau entraˆıne la mort de la cellule:

c’est la plasmolyse. La diffusion facilit´ee par des transporteurs est ´egalement assur´e par un gradient de concentra- tion ´electrochimique. Certaines petites mol´ecules hydrophiles se lient temporairement `a une prot´eine transporteuse (parfois appel´ees perm´eases) pour traverser la bilame de phospholipides. La diffusion facilit´ee est sp´ecifique c`ad que chaque prot´einene v´ehicule qu’un type de mol´ecule.

Les transports actifs sont tous ceux qui augmentent la dyssim´etrie des concentrations et/ou des charges ´electriques. Ils sont mis en œuvre par des prot´eines sp´ecialis´ees qui ne peuvent fournir de travail que si elles disposent d’une source d’´energie. Celle-ci est fournie le plus souvent sous forme d’ad´enosine triphosphate (ATP).

Oxydations phosphorylantes

Chez les bact´eries a´erobies qui requi`erent de l’oxyg`ene pour la production d’´energie, la membrane plasmique est le si`ege de la respiration c`ad de l’ensemble des r´eactions de phosphorilations oxydatives dont le bilan est:

Glucose + O 2 −→ CO 2 + H 2 O + Energie

ADP + P i + Energie −→ AT P

Chez un certains nombre de bact´eries GRAM + , la respiration est localis´ee au niveau d’invagina- tions membranaires: les m´esosomes.

1.2.4 Les ribosomes

Les ribosomes sont des organites essentiels car ils sont le si`ege de la synth`ese des prot´eines. Ce sont des particules subsph´eriques form´ees d’une petite et d’une grosse sous-unit´e et constitu´ees par 60 % d’ARN et 40 % de prot´eines. (voir sch´ema p11 milieu) Il peut sembler ´etrange que la somme des ”s” des deux sous unit´es ne fassent pas le nombre de ”s” du ribosome mais cela est normal et est dˆu au fait que le ribosome `a son propre nombre de ”s”. L’unit´e ”s” est le Svedberg qui donne les caract´eristiques de centrifugation, sur la masse de la particule. Les ribosomes des procaryotes est essentiellment semblables `a ceux des eucaryotes, mais ils sont plus petits. Chez E.Coli, leurs constantes de s´edimentation sont respectivement de 70s pour le ribosome complet, 30s pour la petite sous-unit´e et 50s pour la grande. La sous-unit´e comprend 21 prot´eines et un ARN de coefficient de s´edimentation 16s et la sous-unit´e 50s comprend 34 prot´eines et deux ARN dont le coefficient de s´edimentation sont respectivement de 23s et 5s. Dans un procaryote, on d´enombre de 20 `a 30000 ribosomes. Certains sont libres et inactifs alors que ceux qui sont le si`ege de la synth`ese des prot´eines sont group´es en courtes chaˆınes appel´ees polysomes.

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1.2.5

L’ADN bact´erien

Le centre de la cellule procaryote est occup´e par une mol´ecule g´eante bicat´enaire d’ADN annulaire, fortement pelotonn´ee sur elle-mˆeme et fix´ee au moins en un point `a la membrane plasmique. On la qualifie de nucl´eo¨ıde. Chaque brin de cette mol´ecule comporte environ 3.10 6 nucl´eotides. Ceux-ci sont constitu´es d’une base azot´ee (purine (ad´enine ou guanine) ou pyrimidine (cytosine ou thymine)), d’un sucre (d´esox´eribose) et d’un groupement phosphate. L’association d’une base azot´ee et d’un sucre constitue un nucl´eoside. On en compte quatre:

ad´enosine, guanosine, cytidine et thymidine. Par addition d’un groupe phosphate au carbone 5’ du sucre, on obtient un nucl´eotide ´egalement au nombre de quatre: ”nom du nucl´eotide + phosphate”. L’ADN (acide d´esoxyribonucl´eique) est un polym`ere de d´esoxyribonucl´eotides. La liaison des nucl´eotides se fait au niveau du sucre et du groupement phosphate (il est attach´e au carbone 5’ du sucre). La polym´eration des nucl´eotides se r´ealise entre le groupe phosphate (attach´e au carbone 5’) d’un nucl´eotide et le carbone 3’ du nucl´eotide suivant. L’ADN poss`ede les caract´eristiques suivantes:

– la liaison internucl´eotiques est de type 3’-5’

– cette liaison assym´etrique lui donne une orientation (extr´emit´e 3’ et extr´emit´e 5’)

– le squelette est une alternance de sucres et de phosphates

– les bases azot´ees forment les bras lat´eraux de la chaˆıne

Les bras lat´eraux sont reli´es par des liaisons faibles non covalentes mais suffisantes pour maintenir une coh´esion. Aussi, l’orientation de deux chaˆınes compl´ementaires est oppos´ee chaˆınes antipa- rall`eles.

Le mod`ele de Watson et Crick

Ils ont repr´esent´e l’ADN par deux longues chaˆınes de nucl´eotides enroul´ees l’une autour de l’autre en h´elice (double h´elice) o`u les parties hydrophobes des bases azot´ees ´evitent au maximum le contact avec l’eau car elles sont situ´ees au sein de la mol´ecule. Les bases sont unies par des liens hydrog`enes sp´ecifiques: l’ad´enine est toujours li´ee `a la thymine par deux liaisons hydrog`enes et la guannine `a la cytosine par trois liaisons. C’est le principe de compl´ementarit´e des bases. On a que la torsade des brins n’est pas sym´etrique. On a donc un sillon dit ”majeur” et un sillon ”mineur”.

1.2.6 L’hyaloplasme

Il s’agit de la partie non visible de la bact´erie et qui consiste en une solution tr`es complexe de mol´ecules, dont des prot´eines enzymatiques et ribonucl´eotides, et d’ions.

1.2.7 Autres organites

Ceux mentionn´es ont un rˆole important chez certaines bact´eries mais font totalement d´efaut chez l’homme.

– les flagelles sont des expansions filiformes qui leur permettent de se mouvoir. Ils sont constitu´es d’une prot´eine contractile: la flagelline.

– Les pili qui sont des expansions tubulaires rigides constitu´ees d’une prot´eine: la piline. La plupart participe `a l’adh´erence de la bact´erie `a divers substrats.

– Les chromatophores sont des invaginations de la membrane plasmique qui forment des saccules ou des empilements lamellaires et qui contiennent en particulier les pigments.

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– Les plasmides sont des petites mol´ecules d’ADN annulaires qui portent un nombre limit´es de g`enes et dont la r´eplication est ind´ependante de celle de l’ADN principal. Ils peuvent porter les g`enes responsables de la conjugaison de la r´esistance aux antibiotiques. Ces plasmides peuvent s’int´egrer ou s’exciser de l’ADN pricipal mais ´egalement passer par conjugaison dans une bact´erie ´etrang`ere. Cette facult´e fait des plasmides un outil essentiel de la g´en´etique mol´eculaire mais peut ´egalement devenir un fl´eau (cfr r´esistance aux antibiotiques).

1.3 Les virus

Les virus sont constitu´es des mˆemes macromol´ecules que les cellules vivantes mais ils n’ont pas de m´etabolisme propre et ils sont donc incapables de se reproduire. On les consid`erent donc comme des objets biologiques, non vivants qui se font reproduire par des cellules dont ils alt`erent le fonctionne- ment. Ils sont donc des parasites intracellulaires et peuvent causer des maladies graves. Certains virus sont parasites des bact´eries, ce sont les bact´eriophages ou phages. La forme infectieuse des virus est appel´ee ”virion”.

A quelques exceptions pr`es, les virus sont constitu´e exclusivement d’un ADN (virus `a ADN) ou

d’un ARN (virus `a ARN) central et d’une capside form´ee d’une ou plusieurs prot´eines. Le g´enome viral contient une seule mol´ecule d’acide nucl´eique lin´eaire ou circulaire. La coque des virus est appel´ee capside. Elle se compose d’un grand nombre de sous-unit´es peu vari´ees, nomm´ees capsom`eres. Certains virus ont des structures accesoires, comme une enveloppe par exemple, qui leur per- mettent d’infecter leur hˆote. Ceux qui ne poss`edent pas d’enveloppe sont qualifi´es de nus. L’absence de tout appareil de synth`ese chez le virus les rend totalement insensibles aux sub- stances qui interf`erent avec les biosynth`eses.La seule arme qui peut agir contre les virus est le syst`eme immunitaire.

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Chapitre 2

La synth`ese des prot´eines

2.1 Importance des prot´eines

Les prot´eines constituent g´en´eralement plus de 50 % du poids sec des cellules animales. Elles remplissent de nombreuses fonctions parmi lesquelles: la fonction d’enzymes, d’hormones, de toxines, de prot´eines structurales, contractiles, de transport ou encore immunologiques. Ce sont toutefois les enzymes qui constituent la classe des prot´eines la plus importante et la plus diversifi´ee. Ceux-ci sont des catalyseurs qui permettent aux r´eactions biochimiques de se d´erouler dans des conditions de temp´eratures et de pression compatibles avec la vie, `a une vitesse contrˆol´ee et non explosive et d’une mani`ere sp´ecifique. En outre, ces mol´ecules se retrouvent intactes `a la fin de la r´eaction et peuvent donc servir un nombre illimit´e de fois.

2.2 Structure de prot´eines

Les prot´eines sont des coploym`eres d’acides amin´es (AA).Chez l’organisme vivant, il existe 20 AA qui diff`erent entre eux par le radical R qui peut ˆetre basique, acide, polaire neutre ou non polaire. Les AA sont des mol´ecules chirales et asym´etriques. (cfr image acide amin´e p21 en bas) A partir de ces 20 AA, les organismes vivants peuvent construire des milliers de prot´eines diff´erentes. La condensation de deux AA forme un dipeptide qui implique l’´etablissement d’une liaison peptidique

entre le groupement carboxyle d’un AA et le groupement amin´e du suivant et l’´elimination d’une mol´ecule d’eau. (cfr sch´ema p21 en bas) Cette liaison pr´esente deux caract´eristiques essentielles: il s’agit d’une structure plane et le carbone asym´etrique (carbone α) qui porte `a la fois le radical NH 2 et COOH offre une articulation libre autour de laquelle les radicaux peuvent pivoter librement. (cfr schema p22 haut) Les polypeptides sont de longues chaˆınes d’acides amin´es. La plupart en contiennent de 100 `a 300. L’AA d’une des extr´emit´es d’un peptide a un groupement amin´e intact, cette extr´emit´e est appel´ee N terminal. L’extr´emit´e oppos´ee, appel´ee C terminal, a un groupement carboxyle intact. On fait la distinction entre oligopeptide, form´e de moins de 30 AA, et polypeptide en poss´edant de 40 `a 1000. Les prot´eines sont des unit´es fonctionnelles form´ees d’une ou plusieurs chaˆınes polypeptidiques. La conformation des prot´eines comporte quatre niveaux d’organisation structurale. La structure primaire est la s´equence lin´eaire ordonn´ee de ses acides amin´es. Elle est orient´ee et

polaris´ee puisqu’une de ses extr´emit´es pr´esente en groupe NH

+ terminal libre et l’autre un groupe

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COO libre. La conformation tridimensionnelle due `a la rotation possible autour du carbone α est d´efinie par les structures secondaires et tertiaires (impos´ees par la primaire). La structure secondaire est un arrangement r´egulier dˆu `a des liaisons hydrog`ene qui s’´etablissent entre les r´esidus d’acides amin´es. En raison des angles de liaison caract´eristiques du lien peptidique,

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la chaˆıne polypeptidique tend `a adopter une structure en h´elice ou en feuillet. L’h´elice α, type le plus commun de strucure secondaire, r´esulte des liaisons hydrog`enes qui s’´etablissent entre le groupement amine NH d’une liaison peptidique et le groupement carboxyle CO d’une autre liaison de la mˆeme chaˆıne. Dans ces h´elices, les radicaux des AA sont tourn´es vers l’ext´erieur et sont de ce fait susceptibles de r´eagir avec le solvant ou avec d’autres mol´ecules voisines. Les feuillets pliss´es β forment le deuxi`eme type important de structure secondaire. Dans ce cas, la prot´eine se replie en formant des feuillets parall`eles. Des liaisons hydrog`enes se forment ´egalement entre des groupements amine et carboxyles mais les r´esidus d’AA appartiennent soit `a des chaˆınes diff´erentes soit `a des segments ´eloign´es de la mˆeme chaˆıne qui de ce fait se trouvent rapproch´es. (schema p23 haut) Une mˆeme prot´eine peut pr´esenter la strucure en h´elice et en feuillet. C’est notamment le cas des prot´eines transmembranaires o`u les h´elices α sont gen´eralement transmembranaires tandis que les feuillets β forment les coudes extramembranaires. Les h´elices α, enroul´ees comme des ressorts poss`edent une certaine ´elasticit´e tandis que les feuillets β sont inextensibles. La structure tertiaire est la configuration tridimensionnelle globale adopt´ee par chacune de chaˆınes constitutives de la prot´eine (schema p23 bas). Elle est fortement influenc´ee par trois types d’interac- tions entre les radicaux des diff´erentes parties de la chaˆıne.

– les liaisons ioniques entre radicaux charg´es positivement

– les liaisons disulfures covalentes unissant les atomes de soufre de deux r´esidus de l’AA cyst´eine

– les interactions hydrophobes attribuables `a la tendance des radicaux non polaires `a se regrouper `a l’int´erieur de la mol´ecule.

La fonction d’une prot´eine repose sur sa configuration spatiale ainsi que sur sa capacit´e `a re- connaˆıtre d’autres mol´ecules et de s’y lier sp´ecifiquement. La structure quaternaire r´esulte de l’association structur´ee de plusieurs chaˆınes polypeptidiques synth´etis´ees s´epar´ement.

2.3 Origine et transfert de l’information

2.3.1 La transmission bact´erienne: rˆole de l’ADN

C’est grˆace `a des souches bact´eriennes (S smooth pathog`enes et R rough non pathog`enes) que l’importance de l’ADN a ´et´e mise en ´evidence. Ils ont remarqu´e que si on cultive des bact´eries de souche R en pr´esence d’ADN purifi´es `a partir des bact´eries de souche S, certaines bact´eries sont transform´ees en bact´eries S. Ces bact´eries transform´ees transmettent le nouveau caract`ere `a leurs descendants.

2.3.2 Mise en œuvre de l’information

Les premiers chercheurs ont compris que l’information n’´etait pas transmise directement de l’ADN aux prot´eines. En effet, chez les eucaryotes, l’ADN se trouve dans le noyau alors que les prot´eines sont synth´etis´ees dans la cytoplasme, au niveau des ribosomes. De fait, un autre acide nucl´eique, l’ARN (acide ribonucl´eique) joue le rˆole d’interm´ediaire. Ce rˆole a ´et´e mis en ´evidence en montrant la corr´elation entre la quantit´e d’ARN et l’activit´e de synth`ese des prot´eines. Il faut remarquer que l’ARN poss`ede des propri´et´es tr`es diff´erentes de l’ADN: il est en g´en´eral monocat´enaire, il contient du ribose et non du d´esoxyribose et la thymine est remplac´ee par l’uracile. En outre, il existe trois types diff´erents d’ARN qui jouent chaucn un rˆole sp´ecifique dans le transfert de l’information `a partir de l’ADN: l’ARN messager ARN m (3 `a 5 %), de transfert ARN t (10 `a 20 %) et ribosomial ARN r (75 `a 85 %).

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2.3.3

La transcription

La transcription correspond `a la synth`ese d’un ARN m `a partir de ribonucl´eotides isol´es en pre- nant mod`ele sur un segment d’ADN. Ce m´ecanisme respecte les lois d’appariement des bases (C-G et A-U). La synth`ese du brin d’ARN s’effectue par copolym´erisation, c`ad l’addition successive de ribonucl´eotides compl´ementaires du brin d’ADN matriciel. Il n´ecessite l’intervention d’une enzyme, l’ARN polym´erase. La transcription se d´eroule en trois ´etape: l’initiation, l’´elongation et la terminaison.

L’initiation

Les r´egions de l’ADN qui signalent le d´ebut de la transcription sont appel´ees promoteurs. Chez E.Coli, ces promoteurs comportent deux r´egions dont les s´equences sont toujours les mˆemes TGTT- GACA d’une part et TATAAT d’autre part. L’ARN polym´erase se fixe sur l’ADN au niveau d’un promoteur grˆace `a l’un de ses sites actifs: le facteur σ. C’est d`es lors la position du promoteur qui d´etermine celui des deux brins qui sera lu. Ce brin est qualifi´e de brin matriciel. Losque le contact est ´etabli, l’enzyme d´eroule localement la double h´elice d’ADN et amorce la synth`ese de l’ARN. (schema p26 bas)

L’´elongation

Apr`es avoir initi´e la transcription, le facteur σ se dissocie de l’ARN polym´erase, tandis que la synth`ese des nucl´eotides se poursuit. Le sens de lecture de l’ADN est toujours de 3’ `a 5’. Par cons´equent, le sens de synth`ese de l’ARN form´e est n´ecessairement 5’ `a 3’. Il est donc compos´e d’une chaˆıne compl´ementaire du brin d’ADN transcrit. L’ARN polym´erase se d´eplace le long du brin matriciel dans la direction 3’-5’. Comme la chaˆıne d’ARN en formation lui est antiparall`ele, l’´elongation de l’ARN se fait dans le sens 5’-3’. Le brin d’ARN en formation se d´etache de l’ADN au fur et `a mesure de sa synth`ese, ce qui permet `a l’ADN de tr`es vite retrouver sa structure bicat´enaire.

La terminaison

L’ARN polym´erase reconnaˆıt ´egalement les signaux de terminaison de la chaˆıne. La terminaison de la transcription s’effectue g´en´eralement par la formation d’une structure en ´epingle `a cheveux:

deux segments riches en C et G constituent des s´equences compl´ementaires s´epar´ees par une courte s´equence non compl´ementaire. La chaˆıne se termine par une s´erie de UUUUUU-3’. (schema p28 bas)

2.3.4 Le code g´en´etique

Au cours de la transcription, l’ARN polym´erase ne fait que transposer le langage nucl´eotidique de l’ADN en un langage similaire, celui de l’ARN. Or au cours du transfert d’information, le langage nucl´eotidique est transform´e en langage polypeptidique c`ad en un alphabet compos´e d’acides amin´es. La relation entre les deux alphabets n’est pas imm´ediate puisque le premier comporte quatre lettres tandis que le second en comporte vingt. L’exp´erience a montr´e que les bases de l’ARN m sont lues par groupes de trois unit´es adjacentes. C’est `a ces triplets que l’on a donn´e le nom de codon. Toutefois, il faut noter que le nombre de combinaisons possibles de quatre bases prises trois `a trois s’´el`eve `a soixante-quatre. Quarante-quatre codons sont donc en principe exc´edentaires. Cet exc´edent est absorb´e par le fait que trois codons dits codons stop ne correspondent `a aucun acide amin´e et que certains codons, qualifi´es de synonymes, correspondent au mˆeme acide amin´e. On dit pour cette raison que le code g´en´etique est redondant ou d´eg´en´er´e.

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2.3.5

D´ecryptage du code g´en´etique

Toutes les ´etapes de la synth`ese des prot´eines peuvent se d´erouler in vitro dans un syst`eme comportant des ribosomes, des ARN t , des enzymes d’activation, de l’ARN m et des acides amin´es. Si ces derniers sont marqu´es par des isotopes radioactifs, les bouvelles prot´eines pourront ˆetre distingu´ees de celles introduites dans le syst`eme par leur marquage. En fournissant `a un tel syst`eme des ARN m artificiels, constitu´es d’un seul type de nucl´eotides ou de portions connues de deux ou trois nucl´eotides diff´erents, et en analysant les prot´eines ainsi produites, on a pu d´echiffrer la relation code nucl´eique-code prot´eine et d´emontrer que ce code est commun `a tous les ˆetres vivants. (schema p29 haut ou p62 des notes)

2.3.6 La traduction

L’ARN m est appel´e messager car il intervient comme une copie de l’ADN dirigeant la synth`ese des prot´eines. Toutefois, il n’existe aucun m´ecanisme qui permet `a un acide amin´e de reconnaˆıtre directement son ou ses codons sp´ecifiques dans l’ARN m .

Les ARN de transfert

Ils constituent une classe de petites mol´ecules form´ees d’environ 70 nucl´eotides. Tous pr´esentent une alternance de r´egions bicat´enaire enroul´ees en h´elice et stabilis´ees par des liaisons hydrog`ene et des r´egions monocat´enaires. Globalement, ils ont une structure en forme de tr`efle et sont caract´eris´es par plusieurs sites actifs: un triplet de nucl´eotides appel´e anticodon, un triplet CCA, 3’ terminal, site d’attachement d’un acide amin´e (acylation) et des sites d’attachement de l’ARN t aux ribosomes. Ils contiennent en plus des ribonucl´eotides `a base A, G, C, U certain nucl´eotides `a bases dites rares telles l’inosine (I) ou la pseudouridine (ψ). Ces bases jouent un rˆole sp´ecifique dans le reploiement de l’ARN t et constituent fr´equemment la troisi`eme base de l’anticodon. Cela explique que la liaison entre codon de l’ARN m et l’anticodon de l’ARN t est moins strictes que celles qui existe qu sein d’un ADN bicat´enaire. Ceci signifie aussi qu’un mˆeme ARN t peut se lier `a plusieurs codons qui ne diff`erent entre eux que par leur troisi`eme base. L’´etape appel´ee activation des acides amin´es consiste `a lier des AA `a leur ARN t correspondant. Cette r´eaction est catalys´ee par une enzyme, l’aminoacyl-tRNA et consomme de l’´energie sous forme d’ATP. La liaison se r´ealise entre l’extr´emit´e 3’ du ribose de l’ad´enosine et de l’ARN t et le groupement carboxyle de l’AA. Les diff´erents ARN t poss`edent chacun une configuration tridimensionnelle diff´erente ce qui leur permet d’ˆetre reconnu par l’amino-acyl-synth´etase correcte et donc d’ˆetre sp´ecifique `a un AA. Aussi, bien qu’il y ait 64 codons, il n’existe qu’une quarantaine d’ARN t . Ceci s’explique par le fait que pour de nombreux AA, le codon correspondant pr´esente plusieurs synonymes au niveau de la troisi`eme base du triplet. Celui-ci assure une liaison moins ferme avec l’anticodon et autorise une forme de ”wobbling” (oscillation).

Les ribosomes

Ceux-ci sont le si`ege de la copolym´erisation des AA, c`ad de la synth`ese prot´einique. Leur rˆole consiste `a assurer le bon positionnement des ARN T charg´es de leur AA vis-`a-vis des codons des ARN m et `a ´etablir le lien peptidique. Chacun comporte trois sites de liaison pour ARN t (site P, A et E), une enzyme assurant la liaison peptidique, la peptidyl-transf´erase et un site de liaison pour l’ARN m . (schema p31)

La traduction proprement dite

Comme la transcription, la traduction se d´eroule en trois ´etapes: l’initiation, l’´elongation et la terminaison.

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L’initiation. Les ARN m contiennent `a leur extr´emit´e 5’OH des s´equences initiatrices de la traduc- tion. Une de ces s´equences est le codon UAG qui commande l’insertion de la m´ethionine formyl´ee qui est transport´ee par l’ARN t -fMet. Celui-ci n’intervient qu’au moment de l’introduction du premier AA et ne peut donc servir qu’au d´emarrage. Sept bases en amont du codon AUG, une autre s´equence impliqu´ee dans l’initiation s’apparie `a une r´egion compl´ementaire de l’ARN r 16s de l’unit´e 30s du ribosome. Cela permet la mise en place pr´ecise de la petite sous-unit´e ribosomiale. La synth`ese d´ebute par la formation d’un complexe entre

l’unit´e 30s du ribosome, l’ARN t -fMet et les s´equences initiatrices. Cette ´etape consomme de l’´energie

sous forme de mol´ecule de GTP et fait intervenir des facteurs d’initiation IF1, IF2, IF3

sous-unit´e se fixe ensuite pour former le ribosome entier. (schema p32 haut) L’´elongation. Elle commence d`es que le ribosome entier est constitu´e. L’ARN t -fMet occupe `a ce stade le site P du ribosome, tandis qu’un autre ARN t charg´e d’un AA ins`ere le deuxi`eme AA de la future chaˆıne polypeptidique au niveau du site A. C’est la peptidyl-transf´erase qui unit ces deux AA par un lien peptidique. Ces ´ev`enements sont suivis par l’expulsion de l’ARN t initiateur du site E vesr le cytoplasme et de la progression du ribosome le long de l’ARN m sur une distance correspondant `a un codon. Simultan´ement, la chaˆıne naissante passe du site A au site P tandis que le site A lib´er´e expose le troisi`eme codon du messager. Ce processus se reproduit chaque fois qu’une liaison peptidique est ´etablie. Ainsi, le ribosome va parcourir l’ARN m codon par codon dans le sens 5’3’. L’´elongation n´ecessite l’intervention d’une mol´ecule ´energ´etique: le GTP et la participation de facteurs prot´einiques d’´elongation (EF1, EF2, EF3).(schema p32 bas) La terminaison. Lorsque la translocation du ribosome expose un codon stop(UAG , UGA ou UAA) au niveau du site A, des facteurs prot´einiques (facteurs de relargage) reconnaissant ces codons viennent se fixer sur le site. Ceux-ci favorisent la lib´eration de la chaˆıne d’AA du dernier ARN t . Le dernier peptide est alors lib´er´e dans le cytoplasme de la bact´erie, tandis que le ribosomese dissocie en ses deux sous-unit´es qui deviennent redisponible pour participer `a la synth`ese d’une nouvelle chaˆıne. (voir schema p33 milieu)

La grande

Tout comme la transcription, la traduction paut ˆetre inhib´ee par des antibiotiques sp´ecifiques.

La fonction des ribosomes dans la synth`ese des prot´eines

La lecture de l’ARN m par un ribosome assure plusieurs fonctions essentielles:

– elle conf`ere un sens `a la lecture car il se d´eplace dans un sens d´etermin´e: 3’5’

– elle assure la lin´earit´e de la lecture

– le ribosome ”d´emasque” les triplets successifs et v´erifie l’exactitude de la traduction du message.

– le ribosome poss`ede les sites de fixation: les sites A, P et E

Le m´ecanisme de glissement du ribosome a ´et´e ´elucid´e tr`es r´ecemment. Les deux sous-unit´es d’un ribosome sont mobiles l’une par rapport `a l’autre: tandis que l’ARN m se trouve ancr´e au niveau de la grosse sous-unit´e, la petite se d´eplace de la longueur d’un triplet puis revient `a sa position initiale en entraˆınant l’ARN m de la longueur correspondante.

2.3.7 Rˆoles des prot´eines dans la synth`ese des prot´eines

On a vu intervenir l’ARN polym´erase, les prot´eines ribosomiales telles que la peptidyl-transf´erase, les amino-acyl-synth´etases et les facteurs d’initiation, d’´elongation et de terminaison. On retrouve donc ici le dogme de Virchow: ”Toute cellule provient d’une cellule”.

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Chapitre 3

G´en´etique des procaryotes

3.1 La r´eplication de l’ADN

L’ADN est constitu´e de deux chaˆınes de nucl´eotides formant une double h´elice. Dans cette ´edifice, les parties hydrophobes des bases azot´ees ´evitent le contact avecl’eau car elles sont situ´ees au sein de la mol´ecule. La structure compl´ementaire des deux brins d’ADN implique qu’il est logiquement simple d’en obtenir une r´eplique, d’autant plus que les liaisons esters au sein d’une chaˆıne sont beaucoup plus stables que les liaisons hydrog`enes qui lient deux brins ce qui permet `a ces derniers d’ˆetre s´epar´es sans que la s´equence de leurs bases ne soit alt´er´ee.

3.1.1 Caract`ere semi-conservateur de la r´eplication

L’exp´erience r´ealis´ee par Meselson et Stahl sur E.Coli apermis de voir que la r´eplication de l’ADN est semi-conservative, c`ad que on obtient deux mol´ecules d’ADN en s´eparant les deux brins de la mol´ecules m`ere, cahque brin servant alors de matrice pour la synt`ese d’une chaˆıne compl´ementaire. (schema p35 bas) Pour leur exp´erience, Meselson et Stahl ont untilis´e de l’ADN ”lourd” fabriqu´e en pr´esence d’azote lourd qui s’incorpore dans les nucl´eotides. Si ensuite on transfert cet ADN lourd dans un milieu normal et qu’on laisse s’´ecouler une p´eriode qui lui permet de se diviser une seule fois, on constate que la densit´e de l’ADN nouvelle g´en´eration est interm´ediaire entre le lourd et le normal. Ceci correspond au fait que cgaque mol´ecule d’ADN est constitu´e d’un brin lourd et d’un brin normal, ce qui ne peut r´esulter que d’une r´eplication semi-conservative.

3.1.2 R´eplication de la double h´elice

Comme les deux brins sont antiparall`eles, la synth`ese de l’ADN pose plusieurs probl`emes. D’une part, l’ADN polym´erase ne travaille que dans un sens: l’addition de nucl´eotides `a l’extr´emit´e 3’. D’autre part, elle est incapable d’initier la polym´erisation. Par contre, l’ARN ploym´erase, qui travaille dans le mˆeme sens que l’ADN polym´erase, est, elle, capable d’initier la polym´erisation par la mise en place d’un premier nucl´eotide. Le principe g´en´eral de la r´eplication comporte plusieurs ´etapes et fait appel `a de nombreuses enzymes:

– La double h´elice d’ADN subit une d´espiralisation et un ´ecartement des deux brins. Deux enzymes participent respectivement `a la d´espiralisation et `a l’´ecartement des brins par rupture des ponts hydrog`enes: la topoisom´erase et l’h´elicase.

– La synth`ese de l’ADN commence par le synth`ese d’une courte chaˆıne d’ARN. Sur le brin 3’5’ (brin principal), une ARN polym´erase (primase) entame la synth`ese d’une courte s´equence d’ARN compl´ementaire, l’amorce (primer)

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– L’ADN polym´erase (III pour les procaryotes) prend le relais de l’ARN polym´erase. A la suite de cette amorce, l’ADN polym´erase est capable d’ajouter des d´esoxyribonucl´eotides `a l’extr´emit´e libre 3’ de l’amorce et de poursuivre la synth`ese de l’ADN. La copolym´erysationd’un brin d’ADN compl´ementaire se poursuit sans dicontinuer le long du brin pricipal.

– Le brin compl´ementaire est r´epliqu´e par fragments. Sur le brin orient´e 5’3’, appel´e brin re- tard´e, la synth`ese ne peut s’effectuer `a partir de l’extr´emit´e libre 5’. Aussi, la synth`ese su brin compl´ementaire commence par l’int´erieur de la fourche de r´eplication c`ad aussi dans le sens 3’5’. Elle se d´eroule selon les mˆemes modalit´es que sur le brin principal. Toutefois ceci implique que sur le brin retard´e, la r´epliaction progresse par segments successifs au fur et `a mesure que la fourche de r´eplication s’ouvre. Il se forme une s´erie de segments dis- continus appel´es fragments d’okasaki. Afin d’achever la r´eplication , il convient d’´eliminer les amorces, de r´eparer les egments laiss´es ouverts et de lier entre eux les fragments d’okasaki. Ces ´etapes utilisent diff´erentes enzymes:

– L’ADN polym´erase II qui foncyionne comme une ribonucl´ease d´etruit les amorces sur le brin principal et sur le brin compl´ementaire.

– Une enzyme de r´eparation (ADN polym´erase I) synth´etise les segments compl´emenatires de l’ADN monocat´enaire qinsi expos´e en ajoutant des nucl´eotides par l’extr´emit´e 3’.

– Une ligase ´etablit la liaison internucl´eotique entre deux segments r´epar´es. La respiralisation de chaque paire de brins ainsi form´es est assur´ee par une gyrase (topoisom´erase). L’ensemble des enzymes impliqu´ees dans la r´eplication sont associ´ees sous forme d’un complexe appel´e r´eplisome. Il semble bien ´etabli que les deux mol´ecules d’ADN polym´erase III, qui travaillent respectivement sur le brin principal et retard´e (qui a fait auparavant un boucle) soient associ´ees en tˆete-bˆeche et forment un dim`ere qui fonctionne dans des directions oppos´ees. De la sorte, la r´eplication des deux brins s’op`ere de mani`ere simultan´ee. (schema p36 bas)

La r´eplication est un m´ecanisme qui doit ˆetre extrˆemement pr´ecis et d´epourvu d’erreurs. Le taux d’errer de l’ADN polym´erase II est d’un nucl´eotides tout les 10 3 `a 10 5 nucl´eotides ce qui est inacceptable car elle entraˆınerait un taux de mutations trop ´elev´e au cours des divisions successives. Il existe un m´ecanisme d’autocorrection `a l’aide d’enzymes correctrices qui ram`ene le taux `a 10 7 chez les bact´eries et 10 9 `a 10 11 chez les eucaryotes. Ce taux est tout `a fait remearquable quand on sait que la vitesse de polym´erisation est de quelque 1000 nucl´eotides/seconde.

3.1.3 La r´eplication estr bi-directionnelle

La r´eplication commence en un point pr´ecis de la double chaˆıne appel´e origine de r´eplication (point O). Deux fourches de r´eplication se forment et progressent dans des sens oppos´es le long de la double h´elice. Dans la mesure o`u le chromosome est circulaire, les deux fourches parcourent un demi-tour et se rejoignent du cˆot´e oppos´e au point origine. Chez les bact´eries, la r´eplication du chromosome est fait en une seule fois mais sous forme de deux demi-tours: on dit que le chromosome tout entier forme une unit´e de r´eplication soit un seul r´eplicon. Quand on calcule la vitesse pour r´epliquer un chromosome (30min) et qu’on la compare avec celle observ´ee(20min), on voit qu’elles sont incompatibles. On en d´eduit qu’il y a probablement chevauchement entre plusieurs cycles de r´eplication. Ainsi, dans les cellules eucaryotes, il existe un grand nombre de points d’origine de telle sorte que la r´eplication peut d´emarrer simultan´ement en plusieurs points sur chaque chromosomes.

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3.2

Les modifications de l’information: les mutations

3.2.1 La notion d’´ev`enements al´eatoires

On appelle mutation toute modification h´er´editaire de l’information contenue dans l’ADN, c`adtoute modification transmissible de l’ADN. Les mutations sont al´eatoires c`ad qu’elles se produisent au hasard. Ceci ne signifie pas qu’il existe pour cet ´ev`enement une cause qui soit le hasard. Se produire au hasard signifie du point de bue scientifique:

– il est li´e `a une causalit´e trop complexe pour qu’il soit possible d’analyser compl`etement cette causalit´e,

– il survient d’une mani`ere qui n’est pas individuellement pr´evisible,

– il survient dans des conditions d´efinies, avec une fr´equence reproductible, qui peut ˆetre connue par l’observation ou l’exp´erience.

Toutefois en modifiant certaines conditions, on peut modifier la fr´equence sans cependant lui faire perdre son caract`ere al´eatoire.

3.2.2 Causes de mutations

Il y a trois grands types de mutations: par substitution, par insertion et par d´eletion d’un ou de quelques nucl´eotides. Un des m´ecanismes particulier provoquant des mutations est la tautom´erie. Certaines mol´ecules et notamment les bases azot´ees ne pr´esentent pas en permanence la mˆeme structure spatiale, mais peuvent exister sous diverses formes dites tautom`eres. Dans des conditions d´efinies, une des formes tautom`eres est cependant plus probable. Les autres tautom`eres n’ont pas les mˆemes propri´et´es notamment en ce qui concerne l’´etablissement de liaisons hydrog`enes entre elles.Par exemple, la guanine, dans sa forme habituelle, constitue trois liaisons avec la cytosine. Sa forme rare peut quant `a elle constitu´e trois liaisons avec la thymine. On eput donc se retrouver avec un T `a la place d’un C dans la chaˆıne d’ADN. Des agents qui modifie la fr´equence relative de l’un ou l’autre tautom`eres sont appel´es agents mutag`enes.

Mutations par substitution

La tautom´erie est `a l’origine de nombreuses mutations par substitution dont les cons´equences peuvent ˆetre diverses. En effet, le remplacement d’une base au niveau de l’ADN modifie le codon correspondant en: un codon synonyme, c`ad codant pour le mˆeme AA, un codon d´efinissant un AA diff´erent ou un codon stop. Dans le premier cas, la mutation n’a aucun effet. On la qualifie de muette. Les cons´equences du remplacement d’un AA par un autre sont plsu ou moins importantes et d´ependent du type de remplacement. Le troisi`eme type de substitution entraˆınantl’apparition pr´ematur´ee d’un codon stop dans l’ARN m conduira `a la synth`ese d’une mol´ecule tronqu´ee `a activit´e modifi´ee, r´eduite au nulle.

Mutations par d´el´etion

La perte de quelques nucl´eotides est fr´equemment provoqu´ee notamment par un rayonnement hautement ´energ´etique ou ionisant. Elle entraˆıne un d´ecalage de tous les triplets ult´erieurs (frame shift). C’est donc la totalit´e de la structure primaire de la prot´eine qui sera modifi´ee `a partir du point mut´e. On peut citer `a titre d’exemple la mucoviscidose.

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Mutations par insertion

L’insertion de nucl´eotides entraˆıne un d´ecalage de lecture pouvant aboutir parfois `a un codon stop de mani`ere pr´ematur´ee.

On peut aussi noter qu’il existe les mutations par inversion, par duplication et par translocation. (schema p42)

3.3 Multiplication des bact´eries

3.3.1 La division binaire

La croissance d’une cellule bact´erienne suivie de sa division en deux cellules filles est le mode de reproduction usuel chez les bact´eries. Leur temps de g´en´eration est de l’ordre de 20 `a 30 minutes pour

E.Coli. Au cours du processus de croissance, tous les constituants de la cellule se sont, soit multipli´es, soit ´etendus. Lorsque la bact´erie a atteint un volume critique, elle s’´etrangle en son milieu, les deux ´echevaux de l’ADN r´esultant de la r´eplication se s´egr`egent tandis que la paroi se cloisonne sans perdre sa coh´esion m´ecanique. Il faut remarquer que pour assurer la division en 20 minutes, la r´eplication doit se faire `a la vitesse de 3000 nucl´eotides par seconde.

A l’issue de la division binaire, les deux cellules filles auront, sauf mutation, le mˆeme patrimoine

g´en´etique, ce patrimoine ´etant par ailleurs identique `a celui de la cellule qui leur a donn´e naissance. Les individus descendant d’une mˆeme cellule et partageant le mˆeme mat´eriel g´en´etique constituent un clone. (schea p44 milieu)

3.3.2 Croissance d’une population bact´erienne

La courbe de croissance d’une population bact´erienne en fonction du temps `a une forme sigmo¨ıde. Elle peut ˆetre d´ecompos´ee en quatre phases(schema p91 des notes):

– La phase de latence correspond `a le phase d’adaptation des bact´eries au milieu

– La phase de croissance exponentielle est celle au cours de laquelle les bact´eries doublent en nombre `a chaque temps de g´en´eration. cette phase de croissance peut ˆetre traduite par l’expres- sion:

N t = N 0 .2 rt ⇐⇒ log 2

N t

N 0

o`u

N t = nb de bact´eries au temps t,

N 0 = nb de bact´eries au temps t 0 ,

= r.t

r

=nb de g´en´erations par unit´e de temps,

t

le temps total (en heures).

Pendant toute cette phase, l’accroissement de la population est proportionnel `a son effectif:

dN

dt

= r.N

– La phase de d´ec´el´eration qui correspond `a l’augmentation du temps de g´en´eration. Cetta aug- mentation est due `a l’accroissement de la population bact´erienne ce qui entraine la diminution en concentration des nutriments et l’augmentation des d´echets toxiques. Les bact´eries doivent alors d´epenser plus d’´energie pour absorber les nutriments et excr´eter les d´echets, ce qui aug- mente le temps de g´en´eration. Dans un milieu fini (non renouvel´e) on appelle capacit´e portante K l’effectif maximum que la culture peut atteindre. Dans la phase de croissance, N est petit par rapport `a K mais au fur

17

et `a mesure, que N augmente, la vitesse d’accroissement diminue jusqu’`a devenir nulle quand N=K. Cela est traduit par l’´equation logistique:

= K N

dN

dt

K

.rN

– La phase de stagnation est celle pour laquelle N = K, c`ad que l’effectif a atteint la capacit´e portante. Elle apparait quand un des facteurs essentiels du milieu est ´epuis´e; il est qualifi´e de limitant. Apr`es un certain temps, les bact´eries vont soit mourir soit sporuler. La sporulation permet `a la bact´erie de subsisiter `a l´etat latent en renfermant la mol´ecule d’ADN dans une sph´erule (spore) cytoplasmique ce qui la prot`ege.

3.4 Culture des bact´eries

La g´en´etique est l’´etude de la transmission des caract`eres d’une g´en´eration `a l’autre. L’analyse des caract`eres se fait soit par observation, soit par analyse biochimique. L’analyse des bact´erie est int´eressante car le nombre de caratct`eres est limit´e mais les fonctions biochimiques qu’elles peuvent manifester sur un milieu donn´e sont tr`es nombreuses et tr`es vari´ees. Il est donc essentiel de bien d´efinir les milieux de culture utilis´es.

3.4.1 Composition chimique des milieux de culture

On distingue trois types de milieu de culture:

– Les mileux minimums qui sont tr`es simples. Ils ne comportent que de l’eau, des cations (N a + ,K + ,

4 ), certains ions `a

l’´etat de traces et une source de carbone et d’´en´ergie telle le glucose ou l’acide succinique. Du point de vue g´en´etique, une bact´erie capable de vivre sur un mileu minimu est dite sau- vage. Une telle bact´erie devra synth´etiser tous les monom`eres n´ecessaires `a l’´elaboration de ses macromol´ecules.

Mg ++ ,Ca ++ etNH

++

4

) comme source d’azote, des anions (Cl ,SO

4 ,P O

−−

−−−

– Les milieux complets qui comportent outre les constituants d’un milieu, tout un assortiment d’acides amin´es et de bases azot´ees.

– Les milieux sp´eciaux qui sont destin´es `a tester la sensibilit´e d’une souche bact´erienne `a un facteur donn´e (milieu auquel on ajoute la substance `a tester) ou sa capacit´e `a synth´etiser un ´el´ement essentiel (milieu dont on a soustrait un ´el´ement.

3.4.2 Forme physique des milieux de culture

Les milieux peuvent ˆetre soit liquides soit consolid´es. Les milieux liquides sont utilis´es pour la culture en masse. Les milieux consolid´es comportent en plus un gel macromol´eculaire. Les bact´eries sont alors ´etal´ees sur ce gel et chacune d’elle, pour autant qu’elle se multiplie donne naissance `a un petit amas d’aspect caract´eristique dit ”colonie”.

3.4.3 Isolement des bact´eries

Technique des dilutions

A partir d’excr´ements humains, on peut isoler des bact´eries E.Coli par dilutions successives dans des milieu de culture jusqu’`a 10 bact´eries par millilitre. Si on verse cette derni`ere dilution dans un milieu consolid´es, les bact´eries vont s’y d´eposre au hasard. Au cours de leur multiplication, les bact´eries vont rester group´ees et former des colonies au niveua de la bact´erie initiale qui leur a donn´e naissance. Tous les individus n´es d’une bact´erie poss`edent sauf mutation, le mˆeme patrimoine g´en´etique et constituent donc un clone.

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Technique des tampons de velours

Si l’on veut analyser ces clones, on pourra prendre une empreinte des clones de cette boˆıte `a l’aide d’un tampoon de velours et transplanter cette r´eplique sur une nouvelle boˆıte contenant le milieu ad´equat(schema p47 milieu).

3.5 Principes de l’analyse g´en´etique

Les caract`eres les plus fr´equemment ´etudi´es sont les fonctions biochimiques des bact´eries dans un milieu donn´e. On appelle fonction l’ensemble des r´eactions qui conduisent `a la biosynth`ese ou `a la biod´egradation d’une mol´ecule biologique. Ces r´eactions sont catalys´ees par une ou plusieurs enzymes elles-mˆemes synth´etis´ees par un segment d’ADN. L’ensemble des segments d’ADN impliqu´es dans la r´ealisation d’une fonction constitue un g`ene de fonction. Ceux-ci sont d´esign´es par un sigle de trois lettres ´ecrites en italiques majuscules si la fonction est normale et en italiques minuscules si la fonction est d´eficiente.

3.5.1 Notion de marqueur g´en´etique

Les marqueurs g´en´etiques sont des all`eles ou des g`enes mut´es qui permettent de caract´eriser un organisme ou une cellule grˆace `a un ph´enotype d´etermin´e. Il s’agit donc d’un segment d’ADN qui ayant subi une mutation, peut retrouver sa fonction initiale `a la suite de l’apport d’un segment ´equivalent d’ADN exog`ene.

3.5.2 Cartographie g´en´etique

La position des g`enes sur l’ADN peut ˆetre soit al´eatoire soit orconn´ee. Dans le cas o`u la localisation est al´eatoire, la probabilit´e pour qu’un transfert d’ADN porte en mˆeme temps sur deux marqueurs donn´es ne d´ependra que de la longueur des segments concern´es et pas de leur nature. Dans le cas o`u est ordonn´ee, la probabilit´e que deux marqueurs soient transmis ensemble est d’autant plus grande que ces deux marqueurs sont proches l’un de l’autre. Pour pouvoir choisir entre ces deux hypoth`eses, il faut pouvoir localiser les g`enes sur l’ADN bact´erien c`ad faire de la cartographie g´en´etique. L’outil qui permet de cartographier les g`enes est la recombinaison g´en´etique.

3.5.3 Notion de recombinaison g´en´etique

Il y a trois grandes techniques pour transmettre des informatons g´en´etiques d’une bact´erie `a une autre en trasnf´erant de l’ADN de la premi`ere `a la seconde: la transformation, la conjugaison et la transduction.

La transformation

C’est un processus qui consiste `a fournir de l’ADN purifi´e `a une population bact´erienne. Cepen- dant, la transformation bact´erienne n’est gu`ere utilis´ee dans l’´etablissemnt d’une carte et ce pour deux raisons: premi`erement, chez beaucoup d’esp`eces bact´eriennes, le transformation est inexistante et secondement, il n’est gu`ere possible de d´eterminer au pr´ealable la longueur du fragment d’ADN qui p´en`etrera effectivement dans la cellule.

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La conjugaison

C’est le processus par lequel deux bact´eries s’apparient. Au cours de cet appariement, l’une d’elle, la donneuse introduit son ADN dans la bact´erie r´eceptrice grˆace aux pili. Un contact direct entre bact´eries est n´ec´essaire pour obtenir la gonjugaison. Elle ne peut se faire qu’entre une bact´erie r´eceptrice et une bact´erie pourvu d’un facteur de fertilit´e initiateur de la conjugaison. Ce facteur F est port´e par un plasmide qui pet ˆetre libre ou int´egr´e dans l’ADN bact´erien. Les bact´eries qui poss`edent un g`ene F ins´er´e dans un plasmide libre sont dites bact´eries F + . Elles ont une fr´equence de recombinaison faible de l’ordre de 10 6 . Cependant, ce plasmide est transmis tr`es efficacement par conjugaison entre bact´eries et bact´eries F . Le contact physique entre bact´eries est assur´e par les pili de la bact´erie F . Lorsque le plasmide portant le facteur F est int´egr´e dans l’ADN bact´erien, les bact´eries F + se caract´erisent par une haute fr´equence de recombinaison, de l’ordre de 10 2 . On les appelle Hfr. Dans les croisements Hfr/F , pratiquement aucun bact´erie F n’est convertie en F + ou en Hfr (sch´ema

p49).

Lorsqu’une bact´erie Hfr et une bact´erie F conjuguent, une nouvelle mol´ecule d’ADN lin´eaire commence `a ˆetre synth´etis´ee. Le point d’initiation de la synth`ese correspond `a peu pr`es au niveau o`u le plasmide F + est int´egr´e. C’est cette mol´ecule n´eoform´e qui va p´en´etrer dans F . Dans la bact´erie F , certains segments provenant de la bact´erie Hfr pourront s’ins´erer dans l’ADN de la bact´erie r´eceptrice et par-l`a mˆeme, y restaurer certaines fonctions d´eficientes. Ce transfert d’ADN de la bact´erie Hfr vers la bact´erie r´eceptrice r´epond toujours `a plusieurs r`egles:

– Le point d’insertion du plasmide F + dans la bact´erie Hfr pour une souche donn´ee est toujours le mˆeme.

– L’ouverture de la boucle d’ADN que constitue le chromosome bact´erien se fait toujours ”en avant” du point d’insertion di plasmide.

– La vitesse de passage de l’ADN de la bact´erie Hfr dans la bact´erie F semble uniforme tout au long du transfert.

– Le transfert s’accompagne d’un ph´enom`ene de r´eplication de sorte qu’un seul des deux brins passe dans la bact´erie r´eceptrice.

Au cours de la conjugaison, il est rare que la totalit´e de l’ADN de la bact´erie Hfr passe dans la bact´erie F car la moindre perturbation provoque la s´eparation des conjuguants. En particulier, il est exceptionnel que le g`ene F soit transf´er´e. D`es lors, dans le croisement Hfr/F pratiquement aucune bact´erie F n’est convertie en F + ou en Hfr.

On peut aussi avoir une conjugaison interrompue. En m´elangeant des Hfr et des F , puis en rompant les contacts entre conjugants par agitation violente, on peut ´etudier la cin´etique du transfert de l’ADN et sur cette base, ´etablir une carte g´en´etique portant sur des segments tr`es longs de l’ADN. Ces r´esultats permettent de pr´eciser la s´equence des g`enes et d’estimer la distance qui les s´epare.

La transduction

C’est le processus par lequel un virus parasite successivement deux bact´eries et am`ene un fragment d’ADN de la prmi`ere bact´erie hˆote dans la deuxi`eme.

a)Cycle lytique d’un phage Si l’on infecte une culture bact´erienne avec des phages T4, on observe la s´equence de ph´enom`enes suivants:

– Le phage s’adsorbe sur la paroi bact´erienne par ses fibres caudales, perfore la paroi grˆace `a une enzyme (le lysozyme), contenue dans la queue du phage, puis il injecte son ADN dans la bact´erie (sch´ema p50 haut + milieu).

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– D`es qu’il a p´en´etr´e dans la cellule hˆote, l’ADN viral induit la transcription et la synth`ese des prot´eines virales n´ecessaires `a la r´eplication du phage, puis la synth`ese des prot´eines de la capside.

– Il induit enfin la transcription et la synth`ese d’une prot´eine: le lysozime, responsable de la lyse bact´erienne. Cette lyse lib`ere les virions et permet `a l’infection de se r´epandre. En moyenne, une bact´erie infect´ee par un virion lib`ere une centaine de virions lorsqu’elle se lyse.

b)Cycle lysog`ene d’un phage Dans certains cas, l’ADN viral une fois inject´e dans la bact´erie d´eclenche un processus qui entrave sa propre r´eplication et s’int`egre `a l’ADN bact´erien dont il devient un segment appel´e prophage. Celui-ci est alors r´epliqu´e en mˆeme temps que l’ADN et de fait, il constitue une partie du patri- moine g´en´etique de la bact´erie. Les phages participant `a de tels processus sont appel´es phages latents ou temp´er´es, tandis que les bact´eries renfermant un ou plusieurs prophages sont qualifi´ees de bact´eries lysog`enes (sch´ema p51 bas).

c)La transduction proprement dite Lors de la perte de la lysog´enie, l’excision du prophage ne se fait pas n´ecessairement en respectant les limites initiales. En effet, il arrive souvent qu’un prophage entraineun segment d’ADN bact´erien dont la longueur peut atteindre un vingti`eme de cet ADN. Lors de la formation des virions, le mat´eriel g´en´etique sera constitu´e non seulement de l’ADN viral mais aussi d’un segment d’ADN bact´erien. Il se constitue alors un phage transducteur qui pourra infecter une nouvelle bact´erie lysog`ene et lui injecter une partie de l’ADN de la bact´erie donneuse. Pour la plupart des virus, le prophage s’ins`ere dans l’ADN bact´erien `a un locus pr´ecis, toujours le mˆeme. Le segment d’ADN transduit comportera donc les marqueurs bact´eriens proches du locus d’insertion du prophage avec une fr´equence invers´ement proportionnelle `a leur distance par rapport `a ce point. Il est donc th´eoriquement possible de dresser la carte des g`enes proches du point d’insertion d’un phage donn´e. Avec divers phages ins´er´es en diff´erents loci, on peut donc dresser de proche en proche la carte de tous les g`enes connus le long de l’ADN bact´erien.

3.5.4 Carte du chromosome bact´erien

Grˆace `a ces m´ethodes, des cartes tr`es d´etaill´ees ont ´et´e ´etablies. Le marqueur g´en´etique est d’abord localis´e dans un secteur par la technique du croisment interrompu (souche Hfr) puis sa position pr´ecise est d´efinie grˆace `a des exp´eriences de transduction.

3.6 La notion de compl´ementation

Il arrive qu’en introduisant dans une bact´erie d´eficiente pour une fonction, l’ADN d’une autre bact´erie d´eficiente pour la mˆeme fonction, on r´etablisse la fonction dans la bact´erie r´eceptrice. Ceci implique qu’un g`ene puisse subir des mutations en diff´erents site. Il est alors th´eoriquement possible d’´etablir une carte de la structure fine du g`ene en proc´edant `a des tests de compl´ementation.

3.6.1 Exp´erience de Benzer

Benzer a ´etudi´e la r´egion rII du phage T4 responsable de l’activit´e lytique de ca phage. L’´etude syst´ematique d’un grand nombre de recombinaisons entre phages d´eficients pour cette fonction a amen´e l’id´ee que les mutations se r´epartissaient en deux groupes A et B correspondants `a deux segments diff´erents d’ADN.

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La compl´ementation entre deux phages tous deux mut´es soit en A soit en B, ne r´etablit pas la fonction. Dans ce cas, les g`enes sont mut´es en position CIS, c`ad dans les mˆemes limites. Il en r´esulte que dans l’h´et´erog´enote, la fonction lytique n’est pas r´etablie (sch´ema p55). Au contraire, la complementation entre deux phages mut´es l’un en A, l’autre en B r´etablit la fonction. Dans ce cas, les g`enes mut´es sont en position TRANS. Il en r´esulte que la fonction lytique est r´etablie.

3.6.2 La notion de cistron

Un cistron est une unit´e g´en´etique de fonction ou de compl´ementation, au sein de laquelle deux mutants ne peuvent se compl´ementer qu’en cis-trans. Par extension, un cistron d´efinit ´egalement une r´egion d’ADN encodant une chaˆıne polypeptidique.

3.7 R´egulation de la synth`ese des prot´eines: adaptation enzyma- tique

On peut classer les enzymes de microorganismes cultiv´es dans divers cat´egories en deux cat´egories. Les enzymes constitutives pr´esentes dans les cellules quelle que soit la composition du milieu de culture et les enzymes inductibles que les cellules ne synth´etisent qu’en pr´esence de leur substrat dans le milieu de culture. Pour exemple, prenons le cas du lactose: Le catabolisme du lactose est de nature inductible. Si des bact´eries cultiv´ees sur un milieu d´epourvue de lactose, sont transf´er´ees dans un milieu qui ne contient que du lactose comme source de carbone et d’´energie, la croissance de la population est interrompue pendant une heure au moins (phase de latence) puis reprend. Le catabolisme du lactose n´ecessite au moins deux enzymes: la β galactosidase et la β galactoside perm´ease. La premi`ere hydrolyse le lactose en glucose et galactose tandis que le second fait entrer le lactose dans la cellule. Si on compare des bact´eries en phase exponentielle, les unes se d´eveloppant sur un milieu d´epourvu de lactose, les autres sur un milieu lactos´e, on constate qu’il y a effectivement 1000 fois plus de β galactosidase en milieu lactos´e. Lorsu’on passe d’un milieu sans lactose `a un milieu lactos´e, la synth`ese de la β galactosidase aini que de la β galactoside perm´ease se fait pendant la p´eriode de latence. Tout se passe donc comme si le lactose induisait la synth`ese de ces deux enzymes (sch´ema p56).

3.7.1 Induction enzymatique: r´egulation de l’op´eron LAC

Constitution de l’op´eron LAC

Le g`ene LAC comporte des g`enes de structure mais aussi des g`enes de r´egulation qui ont pour unique fonction de contrˆoler l’expression d’autres g`enes. Le g`ene de la fonction LAC comporte: un g`ene inhibiteur (i), un site ”promoteur” (p), un site ”op´erateur” (o) et trois g`enes de structure (z-y-a) constituant l’op´eron (sch´ema p56 bas). L’op´eron est constitu´e de trois g`enes de structure contigus. Le g`ene z code pour la synth`ese de la β galactosidase, le g`ene y pour la β galactoside perm´ease et le g`ene a pour la thiogalactoside polym´erase ou transcriptase qui vient s’ins´erer en amont de l’op´eron sur un locus nomm´e promoteur. Un tel ARN m est qualifi´e de polycistronique puisqu’il d´etient l’information n´ecessaire `a la synth`ese de plusieurs peptides. Le promoteur est une s´equence sp´ecifique d’ADN au niveau de laquelle se fixe l’ARN polym´erase ou transcriptase. Lorsque le syst`eme est induit, les mol´ecules d’ARN polym´erase qui ´ecartent les deux brins d’ADN de l’op´eron et assurent sa transcription s’y succ`edent. Chacune d’elles entame la synth`ese d’un ARN m dont la traduction se fera au niveau des ribosomes.

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Le g`ene inhibiteur situ´e en amont du promoteur code pour la synth`ese d’une prot´eine diffusable:

le r´epresseur. Celui-ci pr´esente une structure tridimensionnelle caract´eristique, dite helix-turn-helix. Il pr´esente deux sites d’affinit´es, l’un pour le lactose et l’autre pour un segment particulier d’ADN:

l’op´erateur. L’op´erateur est une courte s´equence r´egulatrice d’ADN situ´ee entre le promoteur et l’op´eron qui contrˆole la transcription des trois g`enes de structure. En absence de lactose, le r´epresseur se fixe sur l’op´erateur, ce qui empˆeche la polym´erase d’assurer la transcription de l’op´eron. Ce verrouillage explique que dans un milieu sans lactose, il n’y a pas de synth`ese des enzymes inductibles.

L’induction enzymatique

Si l’on transfert des bact´eries d’un milieu sans lactose dans un milieu qui en contient, pendant la p´eriode de latence, un peu de lactose p´en`etre dans la cellule grˆace `a une perm´ease non sp´ecifique et se fixe sur le r´epresseur (sch´ema p57 haut). Suite `a cette modification, le r´epresseur modifie sa configuration spatiale, ce qui lui fait perdre son affinit´e pour l’ADN. D`es lors, le r´epresseur lactos´e se d´etache de l’op´erateur, ce qui autorise la fixation de la polym´erase et ainsi la transcription de l’op´eron. Tout se passe donc comme si le lactose induisant la synth`ese adaptative des enzymes est n´ecessaire `a son catabolisme. Le lactose est l’inducteur de la synth`ese adaptative. Si l’on transf`ere des bact´eries d’un milieu lactos´e vers un milieu qui en est d´epourvu, le lactose contenu dans les cellules est rapide- ment d´egrad´e par la β galactosidase encore pr´esente. Quand la concentration cellulaire en lactose est devenue suffisamment basse, le lactose se d´ecouple du r´epresseur qui retrouve alors son affinit´e pour l’op´erateur. Le syst`eme est alors r´eprim´e.

La r´epression catabolique carbon´ee

Il existe un second syst`eme de r´egulation qui est positif. Il contrˆole l’ensemble des op´erons du catabolisme carbon´e. Ce contrˆole positif est connu sous le nom de r´epression catabolique. Le sucre le plus simple, utilis´e comme source de carbone et d’´energie par les bact´eries, est le glucose dont le catabolisme ne requiert aucune induction enzymatique. En pr´esence de glucose; les enzymes n´ecessaires au catabolisme des autres sucres, tels le lactose ou l’arabinose, ne sont pas induites. De plus, la concentration en AMP c varie fortement en fonction de la pr´esence ou de l’absence de glucose dans le milieu de culture. Tr`es basse en pr´esence de glucose, la concentration en AMP c peut augmenter de cinquante fois lors d’une carence en glucose. L’AMP c intracellulaire exerce un contrˆole sur l’activit´e de l’op´eron LAC par exemple en s’associant `a une prot´eine activatrice du catabolisme, la prot´eine CAP (catabolic activator prot´ein). Seule, la prot´eine CAP ne pr´esente pas d’affinit´e pour l’ADN; mais associ´e en un complexe `a l’AMP c , elle subit une modification allost´erique qui la rend apte `a se fixer sur une r´egion d´etermin´ee du promoteur. En se fixant sur l’ADN, lr complexe CAP-AMP c entraine `a son tour une modification allost´erique du promoteur qui favorise la fixation de la transcriptase ou ARN polym´erase. La r´epression catabolique exerc´ee par le glucose est un contrˆole positif qui requiert outre la pr´esence de l’inducteur, l’intervention d’un signal activateur: l’AMP c .

3.7.2 R´egulation du g`ene tryptophane (TRP)

Cor´epression enzymatique

Vu que les bact´eries peuvent se c´evelopper sur un milieu minimum, elles sont donc capables de synth´etiser les vingt acides amin´es qui entrent dans la composition des prot´eines. Cependant, les bact´eries ont d´evelopp´e des m´ecanismes capables de r´eprimer la synth`ese des enzymes n´ecessaires `a la biosynth`ese de certains acides amin´es lorsque ceux-ci sont disponibles dans le milieu. L’exemple consid´er´e sera celui de la tryptophane qui est un r´egulateur n´egatif de sa propore synth`ese.

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Le g`ene de la fonction TRP comporte cinq g`enes de structure n´ecessaires `a la biosynth`ese de la tryptophane et un g`ene inhibiteur qui code pour le sybth`ese d’un r´epresseur qui seul, est incapable de se fixer `a l’op´erateur. Si du tryptophane est fourni `a la bact´erie, il se couple au r´epresseur et par effet allost´erique, le rend apte `a se lier `a l’op´erateur. La liaison du complexe r´epresseur/tryptophane `a l’op´erateur empˆeche la polym´erase d’effectuer la transcription de l’op´eron. La tryptophane agit donc comme un cor´epresseur du g`ene de la fonction TRP. Le r´epresseur ´etant incapable d’agir seul, l’inhibition est lev´ee lorsque la bact´erie se trouve dans un milieu d´epourvu de tryptophane.

R´etrocontrˆole

En pr´esence de tryptophane, la synth`ese des enzymes n´ecessaires `a sa production est interrom- pue mais ´egalement, l’activit´e des enzymes pr´eexistantes n’est pas maintenue. L’induction et la cor´epression enzymatiques ont pour effet de bloquer la synth`ese d’enzymes qui seraient inutiles `a la cellule, soit parce que leur substrat fait d´efaut, soit parce que les substances dont elles catalysent la synth`ese sont fournies `a la cellule. La r´etro-inhibition agit de mˆeme mais au niveau de l’activit´e des enzymes. L’´etape initiale d’une chaˆıne de m´ecanismes est contrˆol´ee par la possibilit´e, l’utilit´e ou le degr´e d’avancement de l’´etape finale. Les m´ecanismes assurant un tel contrˆole sont appel´es des r´etrocontrˆoles ou feed-back.

L’installation de la lysog´enie

Cette installation chez les phages temp´er´es constitue un autre exemple de r´egulation de l’expression des g`enes. Cette r´egulation peut revˆetir des formes complexes et agir `a la fois sur les brins de l’ADN dans des sens oppos´es. Du point de vue g´en´etique, la lysog´enie implique trois stades: l’´etablissement de la lysog´enie, son maintien et sa perte. Son maintien est assur´e par un r´epresseur (λ) dont la synth`ese est cod´ee par le g`ene CI. Le r´epresseur λ peut se lier `a OL (op´erateur gauche) et `a OR (op´erateur droit), op´erateurs qui contrˆolent la transcription des g`enes codant pour la synth`ese des prot´eines de la capside et la synth`ese des prot´eines n´ecessaires `a la synth`ese de l’ADN viral. Egalement, la fixation du r´epresseur sur les sites OR et OL renforce la transcription du g`ene CI. La fonction du g`ene L est donc compl`etement inhib´ee(??). L’inactivation du g`ene CI permet aux g`enes responsables de la lyse de s’exprimer, ce qui entraˆıne l’excision du prophage et l’apparition du cycle lytique (sch´ema p60 haut).

Quelques d´efinitions

Le g´enome d’un organisme est l’ensemble des informations g´en´etiques qu’il comporte. Le g´enotype d´efinit la constitution g´en´etique d’un caract`ere qu’il soit ou non exprim´e. Le ph´enotype d´efinit le caract`ere r´eellement exprim´e. Il d´epend de l’ensemble des conditions physico-chimiques du milieu et notamment des effets inducteurs ou r´epresseurs qu’il peut avoir et de la constitution du g´enotype et des effets de dominance et de r´ecessivit´e. L’adaptation ph´enotypique individuelle: dans ce que nous avons vu plus haut, chaque bact´erie a, individuellement, modifi´e son ph´enotype et non son g´enotype, de mani`ere `a s’adapter `a un nouveau milieu c`ad `a y vivre et `a s’y multiplier avec une plus grande ´economie de mati`ere et d’´energie.

3.7.3 L’adaptation g´enotypique ou adaptation statistique

Mise en ´evidence du ph´enom`ene

Si on transfert un grand nombre de bact´erie E.Coli lac d’un milieu glucos´e `a un milieu lactos´e, apr`es un certain temps de latence, la culture se d´eveloppe normalement. Fonctionnellement, il semblerait que l’on ait des LAC. Se pose alors la question de savoir si l’aptitude `a utiliser le lactose est apparue

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`a point nomm´e sous l’influence du milieu lactos´e, ou si elle est apparue pr´ealablement dans le milieu glucos´e o`u elle ´etait inutile.

La mutation pr´ealable `a l’adaptation

L’apparition de souches r´esistantes `a un phage dans une culture de E.Coli initialement sensibles, r´esulte d’´ev`enements al´eatoires ant´erieurs au contact entre les bacilles et les phages. L’apparition de mutants r´esistants ne d´epend pas de l’exposition `a l’agent auquel ils r´esistent et l’augmentation de leur fr´equence dans la population est le r´esultat d’une s´election qui peut ˆetre faite par l’homme (exp´erience de J. et E. Lederberg) aussi bien que par le milieu. La fr´equence de cette mutation, en l’absence de traitemetn mutag`ene, est de 2.10 7 .

La s´election

Lorsqu’on transf`ere 10 9 E.Coli d’une souche lac cultiv´ee sur un milieu glucos´e das un milieu lactos´e, il se produit trois ph´enom`enes:

1. Les mutants LAC pr´esentent l’adaptation ph´enotypique individuelle au nouveau milieu,

2. ceci fait, ils se multiplient exponentiellement,

3. quelque nombreux qu’ils soient `a l’origine, les lac sont incapables de croˆıtre et de se multiplier. Ils ne participent donc pas `a la constitution de la nouvelle population.

Ces deux derniers ph´enom`enes constitue la s´election qui est la modification dirig´ee, non al´eatoire, de la fr´equence relative des g´enotypes dans la population. Certains aspects apparemment paradoxaux de la s´election sont soulign´es ici car ils peuvent faire sous-estimer le rˆole capital de ce processus dans l’´evolution.

– La s´election est un ph´enom`ene directif mais dont la mati`ere premi`ere est constitu´ee des individus mut´es qui r´esultent eux d’un processus al´eatoire.

– La s´election est la survie diff´erentielle des g´enotypes, en fonction de diff´erences dans la valeur adaptative des ph´enotypes; ce n’est jamais que dans la mesure o`u il s’exprime ph´enotypiquement qu’un g`ene peut voir sa fr´equence modifi´ee par la s´election.

– A l’´echelle individuelle, la s´election apparait comme un ph´enom`ene destructif, puisqu’elle tue certains individus ou les empˆeche de se reproduire. A l’´echelle des populations, elle est un ph´enom`ene constructif, puisu’elle assure l’adaptation g´enotypique de ces populations `a leur milieu.

– Le rˆole constructif peut ˆetre conservateru ou novateur. Dans un milieu stable, la s´election main- tient l’identit´e g´en´etique de la souche bien adapt´ee en empˆechant la prolif´eration des mutants qui le sont moins. Dans un milieu changeant par contre, nous avons vu qu’elle peut mener au remplacement d’une population par une autre, diff´erent.

3.7.4 La mesure de l’adaptation

Dans l’exemple du lac et LAC, l’adaptation ´etait une question de tout ou rien. Cepandant, la situation n’est pas toujours un dilemne pur et simple. Il existe des E.Coli lac c o`u les enzymes du syst`eme lactose sont devenues constructives c`ad non r´epressibles, notamment `a la suite de mutations soit du g`ene inhibiteur soit du g`ene op´erateur. En milieu lactos´e, LAC et lac c se reproduisent ´egalement bien. En milieu glucos´e, les LAC se reproduisnet plus vite que les lac c . La proportion en LAC dans la population augmente tr`es rapidement (allure exponentielle). Dans ce cas ci, l’avantage s´el´ectif des LAC n’est pas absolu mais relatif. Elles sont plus adapt´ees que les lac c . C’est en comparant les vitesses de reproduction de deux mutants qu’on peut donner une mesure de l’adaptation de l’un par rapport `a l’autre. L’introduction dans le milieu d’un facteur s´electif nouveau provoque alors, non pas de nouvelles mutations, mais une s´election de mutants, qui sans arrˆet, apparaissent spontan´ement.

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3.8

R´esum´e r´ecapitulatif

– R´egulation n´egative

– Agissant au niveau de la synth`ese enzymatique via un r´epresseur

– Induction enzymatique (voies cataboliques)

– Cor´epression enzymatiques (voies anaboliques)

– Agissant au niveau de l’activit´e enzymatique

– R´etrocontrˆole

– R´egulation positive r´egule l’efficait´e du syst`eme via un activateur

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Chapitre 4

La cellule eucaryote

La plupart des cellules eucaryotes sont beaucoup plus grosses que les cellules procaryotes; elles contiennent une grande vari´et´e d’organites limit´es par une membrane, dont le noyau. De plus, une ossature de fibres prot´eiques, le cytosquelette, qui s’´etend `a travers le cytoplasme donne sa forme `a la cellule.

4.1 La membrane plasmique

4.1.1 La membrane plasmique est une structure essentiellement plastique et dy- namique

Cette membrane plasmique a une structure proche de la membrane des procaryotes. En effet, celle-ci est constitu´ee de bilame de phospholipides complexes et de prot´eines. En plus de ceux-ci, les membranes plasmiques d’eucaryotes contiennent ordinairement des glycolipides, des glycoprot´eines et de grandes quantit´e de cholest´erol. Ce dernier est un st´ero¨ıde tr`es hydrophobe qui s’ins`ere entre les chaˆınes aliphatiques des phospholipides. Sa pr´esence empˆeche le tassement des chaˆınes aliphatiques et r´eduit la fluidit´e de la bilame de phospholipides. L’asym´etrie est uen caract´eristique importante des membranes biologiques. Les prot´eines pr´esentent une mobilit´e lat´erale dans le plan de la membrane. En fonction de ses besoins,, la cellule peut donc faire varier la distribution, le nombre et la localisation tant des prot´eines que des lipides. Parmi les lipides de la couche externe de la membrane, il y a les glycolipides dont certains au moins agissent comme des r´ecepteurs de reconnaissance et lient des mol´ecules sp´ecifiques provenant de l’ext´erieur de la cellule. Ces composants peuvent ˆetre des composants membranaires d’autres cellules, des hormones ou d’autres signaux chimiques. On connait mieux les glycoprot´eines de la surface cellulaire qui agissent effectivement comme r´ecepteurs et permettent entre autres fonctions la reconnaissance cellulaire. Les membranes ont donc deux fonctions principales: elles constituent une barri`ere physique autour d’un organite cellulaire ou d’une cellule enti`ere et elles contrˆolent le trafic de substances vers l’int´erieur ou l’ext´erieur de la r´egion qu’elles d´elimitent.

4.1.2 Les transports transmembranaires

Les membranes des cellules animales sont le si`ege de transports. Toutefois, les cellules animales sont d´epourvues de paroi rigide. Elles sont cependant soumises au mˆeme probl`eme osmotique que les cellules v´eg´etales ou les bact´eries. Pour y faire face, celles-ci ont d´evelopp´e plusieurs syst`emes permettant de r`egler `a la fois la teneur en eau et la concentration ensubstances dissoutes dans leur cytoplasme et dans les fluides intersticiels. Les unicellulairs (protozoaires) qui vivent tous en milieu aquatique ont d´evelopp´e des organites particuliers, des vacuoles pulsatiles, dont le rˆole est double: d’une part chasser hors de la cellule l’exc`es

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d’eau qui a tendance `a y p´en´etrer par osmose et d’autre part, ´eliminer certains d´echets de la cellule. Chez les organites pluricellulaires, on trouve divers types de syst`emes dits excr´eteurs qui assurent les mˆemes fonctions en relation ´etroite avec le sang. Le transport actif est ´egalement pr´esent dans les membranes eucaryotes comme pour les proca- ryotes. Un exemple du transport actif est celui du transport d’ions `a travers la membrane de la cellule nerveuse. La diff´erence de perm´eabilit´e et des concentrations interne et externe entre le sodium et le potas- sium cr´e´e une diff´erence de potentiel entre l’int´erieur et l’ext´erieur. La diff´erence de potentiel th´eorique (la ddp due `a la diff´erence de charge s’opposant au mouvement net de l’ion) pour un seul ion, dit potentiel d’´equilibre, peut ˆetre calcul´ee. In vivo, le gradient de concentration et la diff´erence de potentiel qui r´esultent des migrations diff´erentielles sont maintenus grˆace `a l’existence d’un syst`eme de transport actif des ions sodium et potassium: la pompe `a N a + et K + . Il s’agit d’un complexe enzymatique intramembranaire capable d’hydroliser l’ATP et de trans- porter simultan´ement 3 sodium vers l’ext´erieur et 2 potassium vers l’int´erieur de la cellule dont un inhibiteur est l’ouaba¨ıne. Ce type de transport est appel´e un syst`eme antiport. Les prot´eines canaux qui servent de canaux `a ions peuvent ˆetre activ´ees ou stimul´ees de diverses mani`eres: Stimulation ´electrique, par un ligand, m´ecanique (organes des sens) ou par la prot´eine G.

(Si la motivation arrive d’un coup

il y a d’autres exemples de transports actifs p136 des notes)

4.1.3 L’endocytose

Les eucaryotes sont capables d’ing´erer de tr`es grosses mol´ecules ou mˆeme des particules plus grosses encore. Ces ´el´ements ne peuvent franchir la membrane en p´en´etrant la bicouche ni en empruntant des m´ecanismes de transport prot´eique. Cette ingestion est possible grˆace `a la fluidit´e de la membrane qui lui permet de changer de forme et de s’invaginer pour former des v´esicules d’endocytose. Lors de l’endocytose, la tendance spontan´ee des bicouches lipidiques `a former des surfaces continues entre en jeu et la membrane se ressoude automatiquement. La phagocytose est un ph´enom`ene d’endocytose propre aux cellules animales, qui leur permet d’ing´erer de grosses particules comme des bact´eries ou des d´ebris cellulaires. Cette ingestion est li´ee `a la nutrition et est le mode principal d’alimentation des unicellulaires et de certains pluricellulaires simples. Par exemple, l’amibe entoure sa nourriture de prolongements cytoplasmiques appel´es pseudopodes qui se referment, fusionnent et enfermentla nourriture dans une vacuole `a l’int´erieur de la cellule, la phagosome. Cette phagocytose tend `a disparaitre en tan que processus de nutrition d`es qu’apparait un syst`eme digestif. Cependant, chez les organismes sup´erieures (particuli`erement chez les mammif`eres), la pha- gocytose participe aux m´ecanismes de d´efense contre la maladie (ex: globules blancs macrophages). Chez les vert´ebr´es, ce sont aussi les phagocytes (macrophages) qui nettoient l’organisme des d´ebris de cellules comme les globules rouges vieillis. Egalement, l’endocytose participe fortment au renouvellement des membranes plasmiques. Si- gnalons enfin que, par l’interm´ediaire des r´ecepteurs membranaires, l’endocytose permet de pr´elever s´electivement des petits ´el´ements comme les lipoprot´eines ou des prot´eines. La pinocytose est un type d’endocyte qui se caract´erise par l’ingestion d’une petite portion de liquide extracellulaire et de macromol´ecules en solution. La membrane s’invagine, formant dans le cytoplasme un long canal ´etroit `a l’extr´emit´e duquel des v´esicules se d´etachent.

4.1.4 L’exocytose

Ce m´ecanisme se produit losrqu’une vacuole cytoplasmique fusionne avec la membrane plasmique qui s’oubre ensuite `a l’ext´erieur pour permettre `a la v´esicule de d´echarger son contenu (d´echets indigestes de nourriture ou s´ecretion de produits de synth`ese de la cellule).

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Le jeu de la pinocytose-exocytose permet le transport au travers du cytoplasme de mol´ecules puis´ees dans le milieu par une face cellulaire et d´evers´ees dans un milieu de composition diff´erente par une autre face cellulaire.

4.1.5 Les microvillosit´es

Ce sont de minuscules prolongements digitiformes permanents de la membrane plasmique soutenus par des microfilaments qui forment un v´eritable cytosquelette et qui augmente consid´erablement la surface cellulaire.

4.1.6 Les jonctions cellulaires

Il y a deux types de tissus chez les animaux pluricellulaires: les tissus ´epith´eliaux et les tissus conjonctifs. Dans les tissus conjonctifs, les cellules sont envelopp´ees par une matrice extracellulaire importante. L’essentiel du volume d’un tissu conjonctif est occup´e par la matrice et les cellules sont fortement dispers´ees. Cette matrice peut ˆetre liquide, semi-solide ou solide. Les tissus ´epith´eliaux sont des tissu de revˆetement. Ils sont constitu´es de cellules ´etroitement accol´ees les unes aux autres et soud´ees entre elles par une membrane faite de collag`ene. Il existe trois (ou quatre??) types de jonction assurant la coh´esion des cellules dans un tissu ´epith´elial.

Les desmosomes ou jonctions adh´erentes renforcent la coh´esion m´ecanique des cellules. On les trouve dans des tissus soumis `a de fortes tensions m´ecaniques. Dans ce cas, l’espace intercelluliare contient un mat´eriel fibreux. Les jonctions adh´eren,tes peuvent former une bande adh´esive autour de la cellule (zonula adherens). Des faisceaux de filaments d’actine doublent la membrane `a leur niveau. Ce sont de vrais rivets cellulaires (sch´ema p69). Chez certains desmosomes, le cˆot´e cytoplasmique de chaque membrane pr´esente une plaque `a partir de laquelle des microfilaments -appel´es tonofibrilles- rayonnent dans le cytoplasme.

Les jonctions ´etanches (tight junction) sont des r´egions o`u les membranes plasmiques de cellules adjacentes sont soud´ees par des prot´eines transmembranaires (sch´ema p69). Ces prot´eines cerclent les cellules ´epith´eliales et forment une barri`ere imp´en´etrable.

Les jonctions communicantes (gap junction) permettent le passage direct d’ions et de petites mol´ecules d’une cellule `a l’autre (sch´ema p69 et 71). L’espace intercellulaire est de 2.7 nm (10 `a 15 nm quand il n’y a pas de jonctions). A l’endroit o`u elles sont rapproch´ees, les deux membranes contiennent chacune des rosettes de prot´eines transmembranaires, les connexons, form´es de six unit´es de connexine. Les connexons des membranes voisines sont en vis-`a-vis et forment des canaux permettant le passage d’ions et de substances entre cellules. La structure de ces gaps est complexe et compose de vrais canaux prot´eiques entre deux cellules voisines. Ces canaux peuvent laisser passer des signaux ´electriques et des substances chimiques.

Les plasmodesmes sont des canaux cytoplasmiques qui relient des cellules voisines chez les v´eg´etaux. Ceux-ci traversent des interstices perc´es dans les parois des cellules adjacentes. Le cytoplasme et la membrane plasmique de ces cellules sont continus.

4.1.7 Le glycocalyx

La plupart des prot´eines expos´ees `a la surface cellulaire et certains phospholipides de la couche externe sont associ´es par liaisons covalentes `a de courtes chaˆınes d’oligosaccharides qui constituent un v´eritable manteau celluliare appel´e glycocalyx. Ces associations mol´eculaires portent le nom de glycoprot´eines ou de glycolipides. Les chaˆınes d’oligosaccharides sont tr`es diversifi´ees et leur importance r´esulte notamment de leur capacit´e `a ´etablir de multiples liaisons covalentes entre elles.

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Certaines membranes comportent en outre des prot´eoglycanes qui sont des prot´eines int´egrales associ´ees `a des polysaccharides qui forment une partie de la matrice extracellulaire. Le glycocalyx prot`ege la surface cellulaire contre les agressions m´ecaniques et chimiques. Par ailleurs, certaines chaˆınes d’oligosaccharides sot reconnues par des prot´eines particuli`eres, les lectines, qui assurent l’adh´esion sp´ecifique de certaines associations cellulaires (ex: complexe spermatozo¨ıde- ovule), l’agglutination des globules rouges ou la r´eponse inflammatoire.

4.2 Les lysosomes

Les lysosomes sont des organites limit´es par une membrane unitaire, qui contiennent des enzymes hydrolitiques, les hydrolases acides, dont l’activit´e optimale se situe `a pH 5. La forme et la taille des lysosomes sont tr`es variables. Les enzymes lysosomiales hydrolisent les macromol´ecules en mol´ecules plus petites suivant le sch´ema:

AB + H 2 O

−→

hydrolase

AH + BOH

L’activit´e la plus souvent mise en ´evidence est celle de la phosphatase acide qui hydrolyse la majorit´e des esters monophosphates. L’ensemble des hydrolases permet d’hydroliser pratiquement toutes les macromol´ecules biolo- giques. Il est donc essentiel que les enzymes lysosomiales soient parfaitement isol´ees du reste du cytoplasme. Dans des conditions normales, la membrane lysosomiale, qui n’est pas dig´er´ee par les hydrolases, assure cet isolement. Les lysosomes constituent un v´eritable appareil digestif `a l’´echelle cellulaire.

4.2.1 H´et´erophagie

Il s’agit de la capture et de la digestion de mat´eriaux extracellulaires. Elle repr´esente le principal m´ecanisme d’alimentation des protozoaires et jouent un rˆole important chez les macrophages des vert´ebr´es. Cependant, il y a une diff´erence entre un protozoaire qui vit librement et un macrophage. Pour le premier, l’endocytose est une fonction vitale tandis que le macrophage, lui, vit dans le plasma sanguin, milieu riche en petites mol´ecules qui peuvent ˆetre utilis´ees sans digestion pr´ealable. et de fait, l’h´et´erophagie le tue. Chez les vert´ebr´es, l’h´et´erophagie exerce encore d’autres fonctions dont la r´egulation de l’activit´e hormonale. Elle intervient aussi dans le renouvellement et le remodelage des structures extracellulaires.

La digestion intracellulaire (processus d’h´et´erophagie) se d´eroule en plusieurs ´etapes:

– la phagocytose avec formation d’un phagosome

– la fusion d’un ou plusieurs lysosomes primaires avec un phagosome ce qui entraine la formation d’un phagolysosome (ou lysosome secondaire)

– la digestion ds macromol´ecules qui entraine la diffusion de petites mol´ecules utiles vers le cyto- plasme et la formation de d´echets

– l’´elimination des d´echets, soit par exocytose, soit parl’´elaboration de v´esicules r´esiduelles (vieillis- sement cellulaire).

4.2.2 Autophagie

Lorsque la cellule d´etruit tout ou une partie de ses propres constituants, la fonction digestive est appel´ee autophagie. Elle se d´eroule au sein des vacuoles autophagiques qui sont de v´eritables

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bourgeons internes de cytoplasme et qui font saillie dans la lumi`ere d’un lysosome et finissent par ˆetre compl`etement s´equestr´ees. L’autophagie intervient dans deux types de processus: les uns normaux et les autres pathologiques.

Processus normaux

Rajeunissement cellulaire. Les cellules, mˆeme si elles peuvent vivre de nombreuses ann´ees, renfre- ment des organites ecllulaires g´en´eralement ˆag´es de moins d’un mois. Source de nourriture. L’autophagie reste une r´eponse cellulaire primordiale au manque de nourri- ture chez la plupart des organismes, y compris les organismes sup´erieures. M´etamorphose. Certaines m´etamorphoses impliquent une autophagie d’un tr`es grand nombre de cellules (ex: queue du t´etard).

Processus pathologiques

Surcharges lysosomiales. Suite `a une d´eficience g´en´etique de l’une ou l’autre enzyme lysosomiale, les lysosomes gonflent, atteignent des tailles ´enormes et finissent par ´etouffer les cellules. Alt´erations de la membrane lysosomiale. (voir ´eventuellement l’exemple de la goutte dans les notes) Lysosomes et infection. Les bact´eries pathog`enes sont par d´efinition des bact´eries qui d’une certaine mani`ere r´esistent aux lysosomes soit:

– parce que n’´etant pas opsonis´ees c`ad envelopp´ees par le complexe antig`ene-anticorps, elles ´evitent la phagocytose,

– parce qu’elles inhibent la fusion phagosome-lysosome,

– parce qu’elles alt`erent la membrane es lysosomes `a l’aide d’une exotoxine,

– Parce qu’apr`es avoir ´et´e tu´ees par l’organisme, elles l’empoisonnent par une endotoxine lib´er´ee suite `a la digestion de leur paroi.

4.3 Le reticulum endoplasmique

Il est constitu´e d’un ensemble de membranes qui d´elimitent des cavit´es aplaties ou citernes de formes tr`es diverses. Ces cavit´es communiquent entre elles et forment un r´eseau canaliculaire ca- ract´eristique des cellules eucaryotes. Ce reticulum endoplasmique constitue le plus vaste syst`eme membranaire des cellules eucaryotes. Ses membranes sont constitu´ees de phospholipides pauvres en cholest´erol et de prot´eines qui leur sont propres. Elles peuvent ˆetre ou non associ´ees `a des ribosomes.

4.3.1 Le reticulum granulaire (REG)

Les membranes de REG portent des ribosomes attach´es par la grosse sous-unit´e sur leur face cytoplasmique. Les ribosomes d’eucaryotes diff`erent des ribosomes de procaryotes par leur constante de s´edimentation et par leur insensibilit´e au chloramph´enicol. Cependant, les ribosomes d’eucaryotes peuvent traduire de l’ARN m bact´erien et r´eciproquement. Les ribosomes associ´es au RE sont le si`ege de la synth`ese des prot´eines membranaires des diff´erents organites, des enzymes lysosomiales et des prot´eines destin´ees `a l’exportation c`ad des prot´eines s´ecr´et´ees. Toutes les cellules eucaryotes contiennent du REG car il est indispensable `a l’´elaboration des prot´eines membranaires. Toutefois, le REG est particuli`erement d´evelopp´e dans les cellules s´ecrtrices.

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4.3.2

Le reticulum lisse (REL)

Le REL, d´epourvu de ribosomes, est le si`ege de la synth`ese et du m´etabolisme des acides gras et des phospholipides, du cholest´erol et des polusaccharides. La quantit´e de REl varie selon les cellules mais en g´en´eral, il y en a peu. Cependant, il est tr`es d´evelopp´e dans certaines zones.

4.3.3 Les cavit´es du reticulum

Ceux-ci forment un compartiment intracytoplasmique dans lequel mol´ecules et ions sont isol´es du cytoplasme. On y trrouve des produits d’origine endog`ene mais ´egalement d’origine exog`ene captur´ees par pinocytose. Ces cavit´es jouent un rˆole capital dans l’isolement, la s´egr´egation et l’accumulation de diverses substances. On dira qu’il permet la ”s´equestration” ou le ”relargage” d’ions ou de mol´ecules ´energ´etiques.

4.4 L’appareil de Golgi

L’appareil de Golgi est une structure polaris´ee, faite d’un ou plusieurs empilements de saccules. Ceux-ci sont organis´es en une s´erie de trois compartiments de transformation appel´es Golgi cis, m´edian et trans. Les saccules golgiens proviennent de la fusion de v´esicules de la membrane du reticulum. D`es lors, de nouveaux saccules se forment sans cesse du cˆot´e reticulm (cˆot´e cis). En revanche, du cˆot´e oppos´e, les saccules se fragmentent notamment en v´esicules de s´ecretion (cˆot´e trans). L’appareil de Golgi est donc une structure dynamique qui permet notamment la reg´en´eration des membranes consomm´ees par endocytose.

4.5 Les voies de transport intracellulaire

L’appareil de Golgi re¸coit du reticulum endoplasmique des prot´eines n´eosynth´etis´ees et les dis- tribue vers la membrane plasmique, les lysosomes et les v´esicules de s´ecretion. Ces prot´eines sont transf´er´ees de la lumi`ere du reticulum vers la face cis du Golgi grˆace `a des v´esicules de transport. Les prot´eines destin´ees aux v´esicules de s´ecretion, `a la membrane plasmique et aux lysosomes se d´eplacent `a traver les saccules en direction cis-trans. Elles sont aussi ´etiquet´ees en fonction de leur destination en se combinant avec divers radicaux. Lorsqu’elles atteignent le niveau trans du Golgi, chaque type de prot´eine se dirige vers sa destination finale dans un type particulier de v´esicules. Par ailleurs, les cavit´es du RE interviennent dans le cheminenemt intracellulaire de nombreuses mol´ecules. Th´eoriquement, une fois entr´ees dans les cavit´es du RE, les mol´ecules ne peuvent plus en sortir. Cependant, l’exp´erience montre que des mol´ecules migrent dans les cavit´es puis les quittent. Les unes sont stock´ees dans un autre compartiment, les autres, telles les s´ecretions sont export´ees dans le milieu extracellulaire. Les enzymes lysosomiales. Les prot´eines enzymatiques destin´ees `a ˆetre incorpor´ees dans les lyso- somes, sont tri´ees au niveau de l’appareil de Golgi. Les lysosomes constituent d`es lors des v´esicules d’origine golgienne. Celles-ci sont reconnaissables car elles portent le r´ecepteur du mannose6P. Les prot´eines de s´ecretion. Les mol´ecules qui doivent ˆetre export´ees de la cellule sont enfer´ees dans des v´esicules de s´ecretion qui se dirigent vers la membrane plasmique o`u elles d´eversent leur contenu par exocytose.

4.6 Le recyclage membranaire est assur´e par un circuit de v´esicules

Les ph´enom`enes de phago-, pino- et d’exo-cytose provoquent d’importantes modifications de la membrane cytoplasmique, tant du point de vue de la surface que de celui de la composition chimique des compartiments membranaires.

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Il existe dans la cellule, des transferts de portions de membranes sous forme de v´esicules qui migrent de la surface vers le cytoplasme ou invers´ement. Il y a donc un remodelage permanent de la membrane et d’autres constituants membranaires de la cellule. Les prot´eines intrins`eques caract´eristiques des diff´erents compartiments membranaires synth´etis´ees au niveau du RER sont dirig´ees vers et transf´er´ees aux diff´erentes r´egions membranaires par un syst`eme de v´esicules d’origine golgienne. Toute une s´erie de substances (surtout des macromol´ecules) ne p´en`etrent dans la cellule que dans la mesure o`u elles sont reconnues par des r´ecepteurs sp´ecifiques situ´es `a la surface de la membrane plasmique. Dans ce cas, les v´esicules d’endocytose sont tapiss´ees du cˆot´e cytoplasmique par une couche prot´eique en r´eseau (les clathrines). On les appelle les v´esicules recouvertes ou tapiss´ees.

4.7 Les mitochondries

4.7.1 Structure

Chez les eucaryotes, elles sont le si`ege de la respiration cellulaire. Ce sont de gros organites d’environ 1µm de diam`etre. En moyenne, il y a de l’ordre de 500 mitochondries par cellule. Les mitochondries sont limit´ees par deux membranes emboˆıt´ees l’une dans l’autre. La membrane externe, de composition proche du reticulum lisse, contient une prot´eine constituant un important canal, appel´e porine, perm´eable aux mol´ecules de poids faibles. Par contre, la membrane interne pr´esente de nombreux prolongements appel´es crˆetes qui sont de formes variables. La membrane interne diff`ere profond´ement des autres biomembranes. Elle est constitu´e `a 80% de prot´eines enzymatiques et peut ˆetre assimil´ee aux m´esosomes des bact´eries. L’espace entre les deux membranes est dit intermembranaire et celui d´elimit´e par la membrane interne constitue la matrice. Celle-ci et remplie d’un fluide amorphe riche en prot´eines. Elle contient par ailleurs des ribosomes de type bact´erien et une mol´ecule annulaire d’ADN. Cet ADN ne comprend pas d’histone et la transcription se fait de mani`ere polycistronique. Les g`enes n´ecessaires `a la constitution et au bon fonctionnement des mitochondries se trouvent r´epartis `a la fois dans l’ADN nucl´eaire et mitochondriale. Le nombre total de mitochondries d’une cellule reste plus ou moins constant de g´en´eration en g´en´eration.

4.7.2 La respiration cellulaire

Elle consiste `a oxyder par ´etapes des mol´ecules nutritives (ex: glucose) en utilisant une substance inorganique comme accepteur final d’´electrons et `a r´ecup´erer l’´energie lib´er´ee sous forme d’ATP. La respiration des eucaryotes est g´en´eralement a´erobie et c’est l’oxyg`ene qui sert d’accepteur final d’´electrons. Les sous produits sont le CO 2 et le H 2 O pauvres en ´energie.

Mol´ecules organiques + O 2 H 2 O + CO 2 + ´energie

Les coenzymes

Pour catalyser les diverses ´etapes de la respiration cellulaire, beaucoup d’enzymes ont besoin en plus de leur substrat, de mol´ecules organiques non prot´einiques appel´ees coenzymes. Au niveau de la respiration cellulaire, il existe cinq coenzymes importants que l’on consid`ere comme des transporteurs car elles v´ehiculent des substances d’une r´eaction `a l’autre:

– le nicotinamide ad´enine dinucl´eotide (NAD + ) et la flavine dinucl´eotide (F AD) qui apportent des atomes d’hydrog`ene `a la chaˆıne respiratoire,

– la flavine mononucl´eotide (FMN ), premier transporteur d’´electrons de la chaˆıne respiratoire, et qui accepte l’hydrog`ene de NADH + H + ),

– le coenzyme A qui apporte des groupements ac´etyles au cycle de Krebs,

– le coenzyme Q qui accepte l’hydrog`ene du F ADH 2 .

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La d´egradation du glucose

Celui-ci est d´egrad´e dans une s´erie de r´eactions exergoniques, l’´energie lib´er´ee servant `a synth´etiser l’ATP. La plus grande partie du transfert d’´energie est li´ee au transport des atomes d’hydrog`ene et des ´electrons retir´es aux produits de d´egradation du glucose `a travers une s´erie de r´eactions d’oxy- dor´eduction.

La glycolyse

La glycolise qui se d´eroule dans le cytoplasme comprend une s´erie de r´eactions au cours desquelles une mol´ecule de glucose est convertie en deux mol´ecules de pyruvate. Elle produit ´egalement deux produits importants: l’ATP et le NADH + H + . Il y a production de deux ATP par phosphorylation du substrat. L’´equation g´en´erale de la glycolise peut s’´ecrire:

C 6 H 12 O 6 + 2AT P + 4ADP + 2P + 2NAD + 2C 3 H 4 O 3 + 2ADP + 4AT P + 2NADH + 2H +

Le cycle de Krebs

Avant d’entrer dans le cycle de Krebs qui se d´eroule dans la matrice mitochondriale, le pyruvate provenant de la glycolyse perd un atome de carbone sous forme de CO 2 . Cette d´ecarboxylisation s’accompagne de la procuction d’une mol´ecule de NADH + H + . Il reste donc un groupement ac´etyle qui sera transf´er´e par la coenzyme A vers le cycle de Krebs. Celui-ci correspond `a l’oxydation compl`ete du groupement ac´etyle en CO 2 . Cette oxydation com- prend ´egalement deux d´ecarboxylisations et est coupl´ee `a la r´eduction des transporteurs d’´electrons NAD + et F AD. A la fin du cycle, le glucose est compl`etement oxyd´e. Une partie de l’´energie lib´er´ee a servi `a faire de l’ATP (sous forme de GTP) par phosphorylation au niveau du substrat. Cepenadnt, la plus grande partie de l’´energie demeure dans les ´electrons transport´es par les coenzymes r´eduites NADH + H + et F ADH 2 (sch´ema p84). Sans oxyg`ene, l’acide pyruvique peut entrer soit dans l’un ou l’autre type de fermentation, soit lactique, soit alcoolique. La d´egradation ana´erobie de glucose r´ealise une oxydation tr`es imparfaite du glucose, fournit peu d’´energie et conduit `a la formation d’alcool ou d’acide lactique.

La phosphorilation oxydative

Au cours de la phosphorylation oxydative, des coenzymes vont ˆetre oxyd´es, leur hydrog`ene (y compris les ´electrons) passant `a la chaˆıne respiratoire. Le NADH 2 et le F ADH 2 vont transf´erer leurs ´electrons par une s´erie d’oxydor´eductions `a diff´erents accepteurs situ´es dans les crˆetes de la membrane interne et dans les oxysomes. La membrane interne de la mitochondrie comporte des unit´es redox compos´ees de cytochromes. La chaˆıne compl`ete des transporteurs d’´electrons comporte cinq mol´ecules de cytochromes diff´erents. Ces r´eactions d’oxydor´eductions sont coupl´ees `a des phosphorylation d’ADP en ATP, l’ensemble formant la s´erie des phosphorylations oxydatives.

Le m´ecanisme de la pompe `a protons. Au cours du transfert des ´electrons `a travers la chaˆıne des transporteurs de la membrane interne, des protons sont expuls´es de la matrice mitochondriale vers l’espace intermembranaire. Cette mi- gration d’ions H + cr´e´e un gradient de concentration en protons mais aussi un gradient de pH ainsi qu’un gradient ´electrochimique. Les protons retournent vers la matrice mitochondriale en suivant ce gradient ´electrochimique. Ce retour s’effectue via le complexe F1-F0 et est coupl´e `a la transformation d’ATP.

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Les oxysomes sont de v´eritables petits moteurs mol´eculaires. La tˆete d’un oxysome est form´ee de six sous-unit´es (α et β en alternance) comportant l’activit´e ATPsynth´etase. L’ensemble de l’oxysome constitue une structure en forme de canal permettant le passage de protons. De plus, les deux parties F1-F0 peuvent tourner librement l’une par rapport `a l’autre. Chaque paire d’ions H + qui traverse ce complexe provoque la rotation du fragment F1 par rapport au fragment F0 et permet la formation d’une mol´ecule d’ATP. Cjque rotation compl`ete engendre 3ATPs.

Au bout de la chaˆıne des transporteurs, l’´electron est transf´er´e `a une mol´ecule d’O 2 et forme un

ion superoxyde O

O 2

−→

. Une enzyme, la catalase, transforme le peroxyde d’hydrog`ene form´e en H 2 O et

2

4 + 2O 2

+

2O

2

2O

2

2H +

−→ superoxyde dismutase −→ catalase

−→ superoxyde dismutase −→ catalase

H 2 O 2 + O 2

H 2 O + 1 2 O 2

H 2 O 2

Pour le bilan, voir p163 des notes R´eaction globale:

C 6 H 12 O 6 + 6O 2 + 36ADP + 36P i −→ 6CO 2 + 6H 2 O + 36AT P

Quelques particularit´es des mitochondries

D’autres ions H + traversent la membrane mitochondriale interne en mˆeme temps que des grou- pements phospates et des mol´ecules d’ADP grˆace `a un syst`eme de cotransport (symport). Plusieurs syst`emes de symport et d’antiport transmembranaires font en sorte que pour chaque mol´ecule d’ATP qui quitte la mitochondrie, un nombre ´egal d’ions phosphates et d’ADP retournent dans la matrice mitochondriale.

Les poisons des mitochondries

Plusieurs substances peuvent bloquer s´electivement le fonctionnement des mitochondries. L’action de ces inhibiteurs s’exerce notamment au niveau des cytochromes.

Pour les exemples

voir cours p165

4.8 Les chloroplastes

4.8.1

Structure

Ce sont des organites propres aux cellules aucaryotes autotrophes. Ils sont le site de la photo- synth`ese dont l’´equation est:

6CO 2 + 6H 2 O −→ C 6 H 12 O 6 + 6O 2

Les membranes externes et internes sont lisses et ne pr´esentent pas de crˆetes. Cependant, un troisi`eme syst`eme de membranes internes forme un r´eseau de saccules empil´es les uns sur les autres et d´elimite un troisi`eme compartiment interne prtant le nom ´evocateur d’espace intrathylako¨ıdien; le syst`eme de membranes constitue les thylako¨ıdes. Entre les lamelles des thylako¨ıdes, on trouve des empilements de disques appel´es grana (granum) (sch´ema p92 bas). Le compartiment limit´e par la membrane interne est appel´e stroma. Comme dans la mitochon- drie, les diverses membranes pr´esentent des caract´eristiques chimiques particuli`eres. La caract´eristique

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essentielle est la pr´esence, dans les membranes des grana, de grandes quantit´es de pigments chloro- phylliens (parmi lesquels la chloraphylle a et b, les carot´eno¨ıdes et les xanthophiles) group´es sous forme d’unit´es photosynth´etiques (sch´ema p93 haut). La structure mol´eculaire de la chlorophylle comprend un h`eme dont le centre est occup´e par un atome de magn´esium. Il existe trois types importants de mol´ecules dans les membranes des thylako¨ıdes:

1. la chlorophylle, pigment photosynth´etique capable d’absorber la lumi`ere,

2. les enzymes et les cofacteurs du syst`eme de transport d’´electrons,

3. les complexes enzymatiques qui assurent la synth`ese de l’ATP.

Les chloroplastes sont, comme les mitochondries, capables d’autor´eplication. Ils comportent dans leur matrice un ADN annulaire et des ribosomes et sont donc capables d’assurer la synth`ese de certaines de leur enzymes. Le stroma contient aussi les enzymes qui convertissent le CO 2 en mol´ecules glucidiques.

4.8.2 D´eroulement de la photosynth`ese

Les organismes autotrophes sont les seuls qui peuvent utiliser une source d’´energie autre que l’´energie chimique, en l’occurrence l’´energoe lumineuse. Le processus global de la photosynth`ese se compose d’environ une centaine d’´etapes subdivis´ees en deux phases s´equentielles, la phase claire et la phase sombre.

La phase claire

Les pigments chlorophylliens sont rassembl´es dans les membranes des thylako¨ıdes en photo- syst`emes. Le photosyst`eme I contient de la chlorophylle a et absorbe la lumi`ere `a 700nm (P700). Le photsyst`eme II contient de la chlorophylle b et absorbe la lumi`ere `a 680nm (P680). Lorsque la lumi`ere frappe le P700, l’´energie des est utilis´ee pour exciter un ´electron et le porter au niveau ´energ´etique sup´erieure. Cet ´electron retourne par ´etapes successives `a son potentiel initial. Au cours de ce transfert, il y a formation d’ATP. Toutefois, l’´electron excit´e peut emprunter une autre voie et retourner `a un potentiel inf´erieur par transfrets successifs `a des accepteurs d’´electrons parmi lesquels le dernier est le NADP:

2NADP + 2H + + 2 2NADP H

Le photosyst`eme II r´ealise la photolsye de l’eau

Sous l’action de la lumi`ere, l’eau est lys´ee en H + , ´electron et en O 2 .

H 2 O 2H + + 2 +

1

2 O 2

Par aielleurs, l’´energie lumineuse est utilis´ee pour la d´elocalisation d’un ´electron du photsyst`eme II. Cet ´electron va ´egalement retourner `a son ´etat initial en empruntant une voie comportant `a nouveau des cytochromes et en formant une mol´ecule d’ATP. En fin de parcours, l’´electron servira `a combler le ”trou” cr´e´e pr´ec´edemment dans le P700 par la perte de l’´electron initial. Les deux ´electrons produits par la photolyse de l’eau s’incorporent au photosyst`eme II qui avait perdu les siens au profit du photosyst`eme I. La succession compl`ete des r´eactions est donc:

P 700 + LUM IERE() 2 (excit´es)

2 + 2NADP + + 2H + 2NADP H

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P 680 + LUM IERE() 2 (excit´es)

2 P 700

1

H 2 O + LUM IERE() 2 O 2 + 2H + + 2

2 P 680

La photosynth`ese produit donc du NADP + + H + , de l’ATP et de l’O 2 . au cours de la r´eaction dont la forme globale peut s’´ecrire:

2H 2 O + 2NADP + + 2ADP + 2P + 4 O 2 + 2NADP H + 2H + 2AT P

En r´esum´e, la phase claire assure la conversion de l’´energie lumineuse en ´energie chimique et produit de l’oxyg`ene mol´eculaire qui se d´egage.

La phase sombre

Au cours de celle-ci, qui se d´eroule dans le stroma, le CO 2 atmosph´erique est r´eduit et incorpor´e `a des mol´ecules organiques complexes via une longue chaˆıne enzymatique qui le convertit en glucose. La s´erie de r´eactions conduisant `a la formation de ca produit forme un cycle. Dans les chloroplastes, la premi`ere ´etape se situe au niveau d’un sucre en C 5 , le ribulose P-P qui r´egait avec une mol´ecule de CO 2 pour former deux sucres en C 3 :

Ribulose P-P + CO 2 2acide phospho glyc´erique

Cette fixation de CO 2 utilise le pouvoie r´educteur du NADPH et l’´energie g´en´er´ee sous forme d’ATP au cours de la phase claire. Cette ´energie est utilis´ee pour la synth`ese de mol´ecules organiques, des sucres qui `a laur tour relib`erent dans les mitochondries l’´energie stock´ee. Ce cycle est appel´e cycle des pentoses phosphates. L’´energie n´ecessaire `a cette biosynth`ese (ATP) et les atomes d’hydrog`ene (NADP H 2 ) sont fournis par la phase claire. Aussitot synth´etis´e, le glucose est g´en´eralement polym´eris´e en amidon, ce qui ´evite les probl`emes osmotiques.

4.8.3 Rˆole de la photosynth`ese

Il y a trois grands rˆoles jou´es par la photosynth`ese:

1. Toute l’´energie mise en œuvre par tous les ˆetres vivants provient en derni`ere analyse de la d´egradation des mol´ecules organiques issues de la photosynth`ese chlorophyllienne.

2. Parall`element, tout l’oxyg`ene de notre atmosph`ere y a ´et´e accumul´e et continue de se renouveler par photosynth`ese.

3. Toutes les atomes de carbone constitutifs des organismes vivants, toutes les mol´ecules d’oxyg`ene sont au moins pass´ees une fois dans un chloroplaste.

la r´eaction globale de la photosynth`ese peut s’´ecrire:

6CO

2

+

6H 2 O

−→

chlorophylle

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C 6 H 12 O 6 + 6O 2

4.8.4

Les cycles en C4

Dans un certain nombre de plantes, il existe un syst`eme interm´ediaire de fixation du CO 2 . Il s’agit du cylce de Calvin qui se d´eroule dans des conditions environneentales drastiques. Il se r´ealise dans les cellules entourant le fasceau libero-ligneux. Les cellules du m´esophyle (parenchyme lacuneux) pr´esentent dans ce cas un cycle de capture du CO 2 qui fait intervenir une mol´ecule de PEP (phospho´enol-pyruvate) qui fixe le CO 2 pour former une mol´ecule d’oxaloac´etate. Cette derni`ere c`ede le CO 2 au cycle de Calvin par d´ecomposition de la mol´ecule en acide pyruvique et en CO 2 .

4.9 Cytosquelette et motilit´e cellulaire

Le cytosquelette donne `a la cellule sa forme, la capacit´e de se mouvoir et son aptitude `a ordonner ses organites et `a les transporter d’un endroit `a l’autre. La motilit´e qui traduit l’aptitude `a effectuer des mouvements spontan´es ou r´eactionnels chez les ˆetres vivants est une propri´et´e g´en´erale des eucaryotes. Ces mouvements se manifestent `a trois niveaux:

– au niveau tissulaire, `a l’occasion de la contraction des muscles par exemple.

– au niveau cellulaire, `a l’occasion du d´eplacement de cellules isol´ees tels les spermatozo¨ıdes. Ces cellules isol´ees se d´eplacent plus ou moins rapidement selon le milieu. Sur un support solide ou tr`es visqueux, elles progressent lentement en formant des voiles ou des pseudopodes. En milieu liquide, elles progressent vivement `a l’aide de cils ou de flagelles.

– au niveau intracellulaire, `a l’occasion des mouvements de la membrane li´es `a l’endocytose. Ces mouvements intracellulaires jouent un rˆole essentiel dans la vie de la cellule.

Ces mouvements sont li´ees `a l’existence de prot´eines attach´ees `a la membrane plasmique et `a diff´erents organites. Ce r´eseau prot´einique est qualifi´e de cytosquelette car il fournit une ossature permettant le maintien de la forme de la cellule et l’ex´ecution des ses mouvements. Ob compte trois types de fibres prot´eiques dans le cytosquelette: le microtubules, les filaments interm´ediaires et les microfilaments. Les dux premiers pevent exister tels quels dans les cellules ou ˆetre int´egr´es `a des appareils cellulaires complexes.

4.9.1 Les microtubules

Les microtubules sont constitu´es de sous-unit´es prot´einiques globulaires dont l’arrangement en h´elice creuse constitue des structures tubulaires de longueur variable. Chaque sous-unit´e prot´einique correspond `a un dim`ere de tubuline α et β. Ces mol´ecules s’associent spontan´ement en dim`eres αβ tandis que leur polym´erisation, qui corres- pond `a la formation de protofilaments, s’effectue `a partir de centres organisateurs de microtubules. Chaque microtubule r´esulte de l’association en forme de cylindre de 13 protofilaments. La polym´erisation des dim`eres de tubuline est r´eversible.Les microtubules poss`edent une extr´emit´e (not´ee +) par laquelle il peut croˆıtre par addition de dim`eres et une extr´emit´e (not´ee -) par laquelle il peut se raccourcir. Il peut donc ´egalement disparaˆıtre par largage de dim`eres dans le cytoplasme. Les microtubules croissent `a partir de centres particuliers de la cellule appel´es centres organisateurs des microtubules (M T O C). Les centres organisateurs des microtubules jouent un rˆole imporatnt notamment lors de la division cellulaire. Dans les cellules animales, on trouve au centre des MTOC une paire de centrioles. Par contre dans les cellules v´eg´etales, d´epourvues de centrioles, les MTOC seuls constituent les pˆoles `a partir desquels s’assemblent les microtubules du fuseau mitotique.

Les centrioles

Un centriole est form´e par un ensemble de neuf triplets de microtubules constituant un cylindre. Le centiolr est g´en´eralement situ´e `a proximit´e du noyau de la cellule. Dans ce cas, il est le plussouvent

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pr´esent en deux exemplaires perpendiculaires l’un `a l’autre: le diplosome (sch´ema p98 bas). Celui-

ci joue un rˆole important dans la formation et l’accrochage du fuseau mitotique lors de la division

cellulaire. Toutes les cellules eucaryotes (sauf les cellules v´eg´etales sup´erieures) contiennent un diplosome. Avant la division, les centioles servent de centre organisateur pour la formation d’un nouveau diplo- some, puis la formation du fuseau. Si les centrioles servent de centres organisateurs `a la formation des cils ou des flagelles, ils sont qualifi´es de cin´etosome. Dans ce cas, les deux microtubules les plus internes de cahque tiplet sont en continuit´e avec les microtubules des doublets de l’axon`eme ciliaire. D’autre part, le cin´estosome `a la base des cils ou des flagelles peut pr´esenter des d´ecorations relativement complexes, parmi lesquelles on trouve souvent les racines ciliaires. Les microtubules A comportent 13 protofilaments, alors que les microtubules B et C n’en com-

portent que 11.

Les cils et les flagelles

Ceux-ci sont des digitations mobiles de la surface cellulaire. Bien que les cils soient plsu souvent plus courts et plus nombreux que les flagelles, ces deux types d’organites locomoteurs partagnet

la mˆeme structure de base. Ce sont des expansions cylindriques du cytoplasme. Neuf doublets de

microtubules sont dispos´es suivant les g´enratrices du cylindre, chaque doublet prolongeant deux des trois tubules du triplets du cin´estosome. De plus, ils poss`edent deux tubules parall`eles situ´es pr`es de son axe et qui ne se prolongent pas dans le cin´estosome. Ces structures longitudinales sont li´ees par des bras prot´einiques transversaux dispos´es le long des microtubules. Certains de ces bras sont capables d’hydroliser l’ATP et d’utiliser l’´energie ainsi d´egag´ee `a provoquer localement une translation longitudinale des microtubules les uns par rapport aux autres. I en r´esulte une flexion locale du faisceau de tubules et donc du cil ou de la flagelle. Si les cils et les flagelles ont une structure identique, leur mode de battement est tout `a fait diff´erent. Les flagelles sont parcourus de la base au sommet d’ondes de flexions sym´etriques. Les flagelles exercent alors sur l’eau des pouss´ees obliques dont les composantes lat´erales s’annuletn et dont les composantes longitudinales s’additionnent. Les cils quant `a eux ont un battement dissym´etrique qui comporte l’alternance entre une flexion rapide du cil rigide et une relaxation lente du cil souple. Cette dissym´etrie implique une in´egalit´e entre les impulsions communiqu´ees `a l’eau dans un sens puis dans l’autre et donc le transfert d’une certaine impulsion r´esultante `a la cellule par rapport au liquide ambiant (sch´ema p179 bas des notes). Ces organites locomoteurs servent `a propulser la cellule dans son milieu si elle est libre, soit `a d´eplacer le fluide extracellulaire si la cellule est incluse dans un tissu.

4.9.2 Les microfilaments

Les filaments d’actine

Les mol´ecules d’actine, une prot´eine globulaire, peuvent s’autoassembler pour constituer une

vari´et´e de polym`eres appel´es microfilaments et par la suit se d´efaire en monom`eres r´eutilisables. Ces microfilaments peuvents’organiser en faisceaux de fibres parall`eles localis´ees imm´ediatement sous

la membrans plasmique, soit sous forme de v´eritables r´eseaux. Ils sont toujours fix´es `a la membrane

plasmique. L’actine est une prot´eine globulaire, actine G, susceptible de s’associer en une double chaˆınette enroul´ee en h´elice et formant de longs filaments: l’actine F. Ces filaments d’actine sont ancr´es `a la membrane cytoplasmique de la cellule. Dans les cellules musculaires, l’actine forme les filaments fins tandis qu’une autre prot´eine glo- bulaire, la myosine, constitue les filaments ´epais. Cette actine est un composant essentiel des unit´es

contactiles: les sarcom`eres. Dans le sillon de l’h´elice d’actine, deux autres prot´eines viennent se loger:

la troponine et la tropomyosine qui toutes deux participent `a la contraction musculaire.

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Mais l’actine est ´egalement une prot´eine abondante dans la plupart des types cellulaires o`u elle intervient dans diverses activit´es cellulaires. La d´esorganisation et l’accumulation incotrˆol´ee des filaments d’actine dans la cellule constituent une des caract´eristiques du vieillissement cellulaire. Les contractions ou les d´eformations des cellules r´esultent du glissemnt des microfilaments les uns par rapport aux autres. Les microfilaments jouent un rˆole actif. En effet, ce sont eux qui ´etranglent la cellule m`ere et qui sont donc responsables de la division du cytoplasme. Notons que la cytochalasine, substance toxique empˆeche la polym´erisation de l’actine et donc plusieus mouvements cellulaires mais pas la s´eparation des chromosomes.

La myosine

Il s’agit d’une grande prot´eine comportant une extr´emit´e globulaire (tˆete) et une longue queue filamenteuse. Elle peut ˆetre d´ecompos´ee en deux sous-unit´es: une sous-unit´e de m´eromyosine, dite lourde, qui comprend la partie globulaire et un segment de la partie filamenteuse, et une chaˆıne de m´eromyosine l´eg`ere form´ee de l’extr´emit´e distale de la partie filamenteuse. La ”mol´ecule” de myosine est un dim`ere constitu´e par l’enroulement en h´elice α de deux mol´ecules de myosine dont les chaˆınes l´eg`eres sont situ´ees du mˆeme cˆot´e. Le filament ´epais est form´e d’un faisceau de mol´ecules de myosine pr´esentant une orientation et une disposition tr`es pr´ecises. La contraction musculaire est assur´ee par l’interaction des filaments minces d’actine avec les filaments ´epais de myosine. La myosin n’est pas un type de mol´ecules mais bien une famille enti`ere de mol´ecules. D’autre part, la myosine existe ´egalement dans le cytoplasme de la plupart des cellules.

Les filaments interm´ediaires

Les filaments interm´ediaires (FI) ont un diam`etre interm´ediaire entre celui des microfilaments et celui des microtubules.Divers types cellulaires poss`edent leurs propres types de filaments qui diff`erent par le type de prot´eine mise en jeu. Parmi ceux-ci, on peut citer:

– la vimentine qui sert notammene `a maintenir en place les diff´erents organites cytoplasmiques,

– la desmine qui s’attache transversalement entre les bandes Z des sarcom`eres et maintien ainsi la coh´erence des fibres stri´ees etqui constituent les filaments d’ancrage des desmosomes,

– les neurofilaments qui s’associent aux microtubules et particiepnt au transport axonal,

– les cytok´eratines qui se retrouvent dasn des ´epith´eliums ”durs” k´eratinis´es.

Les monom`eres des FI sont des prot´eines filamenteuses dont l’organisation rappelle celle de la myosine. Egalement, les FI se montrent plus stables et r´esistent mieux `a la d´enaturation que les autres types de filaments.

Les autres prot´eines du mouvement

Parmi celles-ci on peut citer la dyn´eine et la kin´esine. Les kin´esines sont des mol´ecules en forme de bˆatonnets form´ees de deux chaˆınes lourdes enroul´ees en h´elice et de deux extr´emit´es globulaires, le tout formant un Y. Ces prot´eines s’attachent `a la face des microtubules ainsi qu’`a des ´el´ements du reticulum tels que des micro v´esicules. Elles sont responsables du transport actif de ces v´esicules d’un endroit `a l’autre de la cellule. Les microtubule sont donc les autoroutes intracytoplasmique. Les kin´esines sont sp´ecialis´ees dans le transport centrifuge, c`ad de l’extr´emit´e - des microtubules vers les extr´emit´es +. Les dy´enines effectuent les transports dans les directions opos´ee.

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4.9.3

Le cytosquelette a de multiples fonctions

L’´etude des globules rouges a montr´e qu’ils pr´esentaient une forme bien pr´ecise. Le maintien de cette forme est dˆu `a un r´eseau cytosquelettique dense. Les prot´eines de la bande III sont r´eparties de mani`ere uniforme dans la membrane et constituent les points d’ancrage d’un r´eseau de filaments de spectrine. Ces filaments tissent un filet cytosquelettique dont les noeuds sont maintenus par des ´el´ements d’actine. L’ensemble forme un r´eseau serr´e qui procure `a la cellule sa forme particuli`ere.

4.9.4 Les ”poisons” du cytosquelette

Les cytchalasines A et B bloquent l’assemblage des filaments d’actine et donc ralentissent ou arrˆetent les d´eplacements cellulaires, La phalo¨ıdine inhibe la d´epolym´erisation des filaments d’actine. La colchicine est un inhibiteur de l’assemblage des microtubules. Elle bloque donc la mitose. D’autres substances comme la vinscristine et vinblastine inhibent ´egalement la polym´erisation des microtubules. Le nocodazole inhibe ´egalement l’assemblage des microtubules. Par contre le taxol favorise la formation des microtubules.

4.10 Le noyau en intercin`ese

L’intercin`ese est la p´eriode qui s’´etend entre deux divisions cellulaires successives. C’est pendant cette p´eriode que se produisent toutes les biosynth`eses nucl´eaires et notamment la r´eplication de l’ADN et la transcription des ARN. L’aspect structural du noyau est tr`es diff´erent suivant qu’il se trouve en intercin`ese ou en cours de division cellulaire.

4.10.1 L’enveloppe nucl´eaire

Chez les eucaryotes, le noyau est s´epar´e du cytoplasme par l’enveloppe nucl´eaire qui est une protion sp´ecialis´ee du reticulum endoplasmique. La citerne, qui forme cette enveloppe, est limit´ee par une membrane lisse cˆot´e noyau et par une membrane portant des polysomes cˆot´e cytoplasmique. On a `a l’int´erieur du noyau un r´eseau de microfilaments qui constitue la matrice nucl´eaire. Ce r´eseau est attach´e `a la lame nucl´eaire et forme un feutrage des microfilaments qui tapissent la face nucl´eaire de la membrane interne de l’enveloppe nucl´eaire. Cet ensemble cytosquelettique est form´e de filaments interm´ediaires de laminine et sert `a accrocher et maintenir la chraomatine mais aussi `a soutenir l’enveloppe nucl´eaire (sch´ema p105 milieu). Membranes nucl´eaires externe et inetrne s’unissent de place en place r´ealisant dans l’enveloppe des perforations circulaires appel´ees pores nucl´eaires. Ces pores sont des structures prot´einiques complexes qui assurent le contrˆole des transits nucl´eocytoplasmiques en ´etant les voies de passage oblig´e entre noyau et cytoplasme. Ce sont des structures toriques complexes form´ees d’un anneau prot´einique entourant des ´el´ements dispos´es en rayon de charette. La membrane interne d´elimite un espace: le nucl´eoplasme qui contient le suc nucl´eaire, la chro- matine ainsi que le ou les nucl´eoles.

4.10.2 La chromatine

Le noyau en intercin`ese contient un r´eseau fibrillaire appel´e chromatine. Celle-ci se pr´esente soit sous forme de masses compactes qualifi´ees d’h´et´erochromaitine, soit sous une forme fibrillaire appel´ee euchromatine, ces deux formes coexistant dans un mˆeme noyau. Il s’agit d’une substance complexe form´ee d’ADN, d’histones (prot´eines basiques participant `a la structure de la chromatine) et de prot´eines non histones (des r´egulateurs de transcription ou traduction ou des enzymes).

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Chez les eucaryotes, les noyaux contiennent une quantit´e ´enhaurmes d’ADN, quantit´e qu est largement en exc`es par rapport `a celle qui est n´ecessaire pour coder les prot´eines pr´esentent dans la cellule. On a environ 30% d’ADN dit non-codant.

4.10.3 Structure de la chromatine

La chromatine est une sturcture tass´ee `a l’extrˆeme. Elle peut se d´erouler en une structure qui

figure un collier de perles

Un nucl´eosome est form´e d’un octet d’histones, c`ad d’une paire de chacune des histones H2A, H2B, H3 et H4, complex´ees `a 146 paires de bases d’ADN et d’une histone H1 stu´ee en dehors du nucl´eosome et li´ee `a une soixantaine de paires de bases. Cette histone arrime l’ADN qui cercle les autres histones et joue un rˆole dans l’empaquetage des nucl´eosomes (sch´ema p106 milieu).

Ces perles sont des complexes d’ADN et d’histones appel´es nucl´eosomes.

4.10.4 L’ADN r´ep´etitif

Il a ´et´e montr´e qu’il y avait tr`es peu de rapport entre d’une part la quantit´e d’ADn du g´enome et d’autre part la complexit´e des individus de l’esp`ece consid´er´ee ou le nombre de prot´eines qu’ils synth´etisent. Si le g´enome complet d’une cellule humaine contient 3 `a 4.10 9 paires de bases, celui-ci contient l’in- formation pour 10 7 prot´eines (100 acides amin´es par prot´eines). Or, le nimbre maximum de prot´eines identifi´ees aujourd”’hui est de 50 150.10 3 . Dans un g´enome, la plupart des g`enes existent en une seule copie ou en un petit nombre de copies (d´ependant des besoins en quantit´e de la cellule amplification g´enique). Le s´equencage syst´emayique de l’ADN a r´ev´el´e l’existence d’un grand nombre de courtes s´equences r´ep´et´ees d’ADN. Ces s´equences r´ep´et´ees sont non codantes. On peut citer: les oligonucl´eotides et des segments d’ADN mobiles comme les transposons(= g`enes sauteurs). Les ADN r´ep´etitifs peuvent ˆetre class´es en plusieurs cat´egories:

– les ADN r´ep´etitifs en tandem qui ont une longueur variable,

– l’ADN r´ep´etitif simple s´equence formant 10 `a 15% de l’ADN total,

– l’ADN r´ep´etitif s´equences dispers´ees formant 20 `a 40% de l’ADN total.

On peut observer aussi la pr´esence d’un ADN r´ep´etitif non codant appel´e ADN satellite dont la proportion peut aller jusqu’`a 10% du g´enome. Il se compose de 1 `a 250 nucl´eotides qui peuvent dans certains cas ˆetre r´ep´et´es plusieurs millions de fois. Cet ADN se trouve en g´en´eral au niveau du centrom`ere des chromosomes. On voit donc qu’au total, `a peine 10% de l’ADN nucl´eaire est r´eellemnt informatif et que 1% seulement code pour des prot´eines. Si on le compare `a l’ADN codant, on constate que l’ADN hautement r´ep´et´e subit des mutations relativement fr´equentes et sans cons´equences. Cet ADN peut donc ˆetre assez diff´erent chez deux esp`eces ´etroitement apparent´ees ou mˆeme chez deux individus de la mˆeme esp`ece.

4.10.5 Structure des chromosomes

Dans le noyau, l’ADN est pr´esent sous forme de structures discr`etes, les chromosomes. Chaque chromosome est une longue double h´elice d’ADN invisible entre deux divisions cellulaires et confondue dans l’eu- et l’h´et´erochromatine. Entre deux divisions cellulaires, ces chromosomes sont attach´es par leurs extr´emit´es `a la face interne de l’enveloppe nucl´eaire. Au moment de la division, les chromosomes s’individualisent, se condensent. Les enroulements successifs en h´elices de plus en plus compactes des chaˆınes de nucl´eosomes assurent la condensation de l’ADN en grosses boucles serr´ees. La structure du chromosome m´etaphysique comporte une armature centrale, une matrice faite de prot´eines acides non-histones, sur laquelle viennent s’attacher en spirale les boucles d’ADN condens´e. L’empaquetage de l’ADN en nucl´eosomes r´eduit sa longueur native d’un facteur de six. La fibre nucl´eosomique est elle mˆeme enroul´ee en un arrangement h´elico¨ıdal qui apparait tel un sol´eno¨ıde. A

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la suit de ce deuxi`eme tassement, la fibre d’ADN est r´eduite d’un facteur 50. Mais c’est encore insuffi- sant.Ansi, les colliers fortement enroul´es de nucl´eosomes se disposent en larges boucles maintenues en place par des prot´eines non histones. On dit de la chromatine fortement tass´ee qu’elle est condens´ee (sch´ema p192 des notes). Quand l’ADN est dans cet ´etat, les enzymes ne peuvent y avoir acc`es. D`es lors, la chromatine doit se d´erouler au moins jusqu’`a la formation d’un coliier de nucl´eosomes pour que l’ADN puisse servir de matrice pour la synth`ese de l’ADN ou d’ARN. Le d´egr´e de tassement de la chromatine est h´et´erog`ene: l’euchromatine, qui peut ˆetre traduite, est peu condens´ee tandis que l’h´et´erochromatine l’est fortement.

4.10.6 La transcription chez les eucaryotes

Chez les eucaryotes, le transcrit originel d’ARN doit subie des modifications dans le noyau avant d’entrer sious forme d’ARN m mature dans le cytoplasme.

Il existe en fait plusiseurs types d’ARN polym´erases ayant des localisations et des fonctions

diff´erentes:

– l’ARN polym´erase I localis´ee dans le nucl´eole et ayant pour fonction sp´ecifique la transcription des ARN r de grande taille,

– l’ARN polym´erase II localis´ee dans le noyau et ´etant responsable de la transcription des ARN m de la plupart des prot´eines,

– l’ARN polym´erase III ´egalement localis´ee dans le noyau et responsable de la transcription des ARN t et des petits ARN r .

L’ARN messager se forme dans le noyau

L’ARN m produit dans le noyau est g´en´eralement tr`es long (plus que n´ecessaire `a la traduction de la prot´eine). Ces ARN m natifs sont appel´es hnARN m (ARN m nucl´eaires h´et´erog`enes). L’hnARN m se voit ajouter `a son extr´emit´e 5’ une coiffe (cap) faite d’un nucl´eotide particulier, la 7 m´ethyl guanosine. La liaison est de type 5’-5’.

M´eth 7 P P P 5 5 ARN m

A l’autre extr´emit´e, s’ajoute une s´equence de 150-200 nucl´eotides tous identiques (ad´enosine), la

”queue” poly A (polyad´enosine).

L’´epissage

La s´equence codante est g´en´eralement interrompue en de nombreux endroits par des s´equences non codantes: les introns. Les s´equences codantes d’un mˆeme g`ene sont appel´ees des exons. Les limites des introns sont indiqu´ees par une s´equence d’une paire particuli`ere de bases aux deux extr´emit´es de chaque intron:

5 GU − − − Intron − − − AG 3

L’´epissage consiste en l’excision des s´equences non codantes et le recollage bout `a bout des s´equences codantes. Il semble que ce travail se r´ealise dans le noyau. Plusieurs m´ecanismes d’´epissage sont connus parmi lesquels l’auto´epissage pour lequel l’intron s’excise lui mˆeme sans l’intervention d’une enzyme et l’´epissage. L’´epissage quant `a lui fait appel `a un complexe enzymatique appel´e particule d’´epissage (ou spli- ceosome). Celle-ci est form´e de prot´eines et d’ARN et constitue les RNPsn (petites ribonucl´eoprot´eines nucl´eaires).Chaque spliceosome contient 5 segments d’ARN appel´es U1, U2, U4, U5 et U6 (snRNAs), U2, U3 et U5 participant `a l’´epissage et U1 et U4 servant de sites de reconnaissance.

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A la fin de ce processus de maturation (processing), l’ARN m est enfin prˆet pour la traduction (sch´ema p111). Dans le cas de l’aut´epissage, l’ARN lui mˆeme forme une boucle et sans l’aide d’aucune prot´eine assure la coupure de l’intron et le collage des deux exons successifs. Chez les eucaryotes, l’ARN m final ne code g´en´eralement que pour une seule chaˆıne polypeptidique. Ils sont dits monocistroniques tandis que les ARN m des bact´eries sont polycistroniques.

Les ribozymes sont des ARN s `a fonction enzymatique

Certaines prot´eines de ceratins ARN s sont capables de d´evelopper une activit´e enzymatique de polym´erase ou nucl´ease par le fait qu’ils sont capables d’ajouter ou d’enlever un nucl´eotide `a la fin d’une chaˆıne nucl´eotidique. On trouve des introns dans presque tous les g`enes d’eucaryotes `a l’exception de ceratins, comme ceux codant pour les histones. On trouve aussi des introns dans certains g`enes de mitochondries humaines. Un g`ene qui contient des introns est transcrit en entier, mais apr`es l’addition de la queue poly A, les introns sont ´episs´es et les exons li´es entre eux. On ne sait que fort peu de choses sur la fonction des introns. Par contre les introns ne sont d´epourvus de sens que pour une prot´eine donn´ee. On se retrouve ainsi confront´e `a une nouvel as- pect qui illustre la complexit´e de l’encodage de l’information g´en´etique dans la mol´ecule d’ADN par l’existence de g`enes recouvrants (intron pour une prot´eines et exon pour une autre).

4.10.7 Les nucl´eoles

Les nucl´eoles sont le si`ege de la formation des ribosomes. Ce sont ds sph´erules r´efringentes et tr`es basophiles.On peut y voir une zone fibrillaire peu dense entour´e d’une zone fibrillaire dense et d’une zone granulaire p´eriph´erique. Leur nombre par noyau varie avec le type cellulaire. Morphologiquement, ils se composent de zones fibrillaires et de zones granulaires. Ils contiennent environ 85% de prot´eines, 10% d’ARN et 5% d’ADN. La plus grande partie de l’ARN nucl´eolaire est constitu´e d’ARN de type ribosomial. Le nucl´eole est une r´egion distincte du noyau qui se forme `a partir de segments terminaux d’un ou plusieurs chromosomes, les organisateurs nucl´eolaires. L’ADN des organisateurs nucl´eolaires comporte les g`enes codant pour la synth`ese des ARN r . Les g`enes codant pour les prot´eines ribosomiales sont port´es par des r´egions distinctes des chromosomes en dehors de l’organisateur nucl´eolaire. Les prot´eines ribosomiales sont synth´etis´ees dans le cytoplasme et migrent dans le noyau vers les nucl´eoles. Elles y sont associ´ees aux ARN r et forment les pr´eribosomes. Ceux-ci retournent dans le cytoplasme pour y ˆetre assembl´es en ribosomes complets.

4.11 L’activation des g`enes

4.11.1 R´egulation de la transcription

La r´egulation chez les aucaryotes est diff´erente de celle chez les procaryotes. Chez les eucaryotes, l’ARN polym´erase ne peut initier seule la transcription. Elle n´ecessite l’in- terve,tion d’une s´erie de prot´eines qui ensemble constitue le facteur g´en´eral de transcription. L’assem- blage de ces prot´eines s’effectue au niveua d’une courte s´equence de quetrenucl´eotides –TATA– plac´ee en tˆete du promoteur.Apr`es quoi, le facteur g´en´eral de la transcription et l’ARN polym´erase fix´ee sur le promoteur s’associent et la transcription peut commencer. L’assemblage du facteur g´en´eral se fait en plusieurs ´etapes sue lesquelles des prot´eines de r´egulation peuvent jouer sur la vitesse. Egalement, chez les eucaryotes, les prot´eines r´egulatrices peuvent se fixer sur l’ADN `a quelques centaines, voire quelques milliers de paires de baseqs du promoteurs qu’elles r´egulent.Cette situation implique que l’ADN puisse se d´eformer et constituer des boucles de mani`ere `a rapprocher les deux sites.

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Cela signifie qu’un seul promoteur peut ˆetre contrˆol´e par plusieurs s´equences r´egulatrices dispers´ees sur l’ADN. La r´egion r´egulatrice d’un g`ene d’eucaryote comporte donc trois types d’´el´ements:

– un promoteur et la TATA box o`u s’assemblent le facteur g´en´eral et l’ARN polym´erase,

– des s´equences r´egulatrices o`u se fixent des prot´eines de r´egulation,

– des espaceurs qui sont les s´equences d’ADN qui s´eparent les r´egions r´egulatrices entre elles.

4.11.2 Les prot´eines de r´egulation

L’activation de g`enes particuliers est `a la base de toute diff´erenciation cellulaire. En outre, des g`enes sp´ecifiques s’expriment aux divers stades du d´eveloppement, tandis que d’autres r´epondent `a des signaux de leur environnement. L’expression des g`enes est command´ee par des prot´eines de r´egulation qui se fixent sur des sites sp´ecifiquent de l’ADN. Ces prot´eines sont soit des activateurs soit des inhibiteurs de la transcription. Celles-ci se caract´erisent par au moins deux domaines: le domaine de fixation `a l’ADN qui permet `a la prot´eine de reconnaitre son g`ene cible et le domaine d’action sur la transcription. Il existe quatre grands types de domaines de fixation qui utilisent soit l’h´elice α, soit le feuillet β pour se lier au garnd sillon de l’ADN (sch´ema p113 milieu). Le motif h´elice-tourne-h´elice est le mod`ele le plus simple et le plus commun.Il est constitu´e de deux h´elices α reli´ees par un coude β. Les autres motifs sont: le motif en doigt de zinc qui fait intervenir un atome de zinc, le motif fermeture `a leucine dans lequel on retrouve une leucine tous les sept acides amin´es c`ad `a chaque pas de l’h´elice et le motif h´elice-boucle-h´elice.

4.11.3 Les histones dans la r´egulation

Les histones sont plus que de simple supports pour l’enroulement de l’ADN. En effet, lorsque l’histone H3 est m´ethyl´ee, les g`enes correspondants sont inactiv´es `a la suite d’une s´erie de r´eactions complexes. A l’oppos´e, l’ac´etylation des histones induit une activation des g`enes correspondants. Les histones jouent donc un rˆole dans la r´egulation de l’expression des g`enes.

4.12 La mitose

Arriv´ee a sa taille maximale, une cellule peut soit mourir soit se diviser en deux cellules filles. Le processus de division g´en´erale est la mitose.A l’issue de chaque division mitotique, la cellule m`ere donne naissance `a deux cellules filles qui lui sont g´en´etiquement identiques La mitose est un ph´enom`ene continu qui se d´eroule plus ou moins rapidement selon le type cellulaire. Elle comprend la division du noyau ou caryocin`ese qui correspond `a la mitose proprement dite, suivie de la division du cytoplasme ou cytocin`ese. On d´efinit donc la mitose comme une s´erie d’´ev`enements au cours desquels les chromosomes d’une cellule, d´ej`a dupliqu´es pendant l’intercin`ese, sont s´epar´es en deux groupes ´egaux. On peut diviser la mitose en six stades principaux: la prophase, la pr´em´etaphase, la m´etaphase, l’anaphase, la t´elophase et la cytocin`ese.

4.12.1 La prophase

La prophase est marqu´ee par la condensation de la chromatine en une s´erie de chromosomes qui deviennent visibles individuellement. Lenombre de chromosomes est d´etermin´e pour une esp`ece donn´ee. Chaque chromosome est constitu´e de deux chromatides qui r´esultent de la r´eplication de l’ADN au cours de l’intercin`ese. Ces chromatides, qualifi´ees de chromatides sœurs, sont s´epar´ees l’une de l’autre sauf en une r´egion, le centrom`ere, o`u elles sont ´etroitement associ´ees. C’est `a ce niveau qu’´edifient en contact ´etroit avec les chromatides, en position sym´etriques et oppos´ees,les

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kin´etochores. Ces structures pluristratifi´ees constituent des centres organisateurs de la polym´erisation des microtubules. La condensation des chromosomes se poursuit tout au long de la prophase et le nucl´eole disparait progressivement. En d´ebut de prophase, le diplosome se duplique. Les deux complexes centriolaires sont rapide- ment entour´es de microtubules dont la formation est induite par le mat´eriel p´ericentriolaire. Ces microtubules s’orientent de main`ere rayonn´ee autour de chaque diplosome et constituent les asters. Les diplosomes migrent alors progressiveemnt en direction oppos´ee dans le cytoplasme. l’´elongation des microtubules polaires situ´es entre les deux diplosomes est plus importante que celle des asters. Ces microtubules constituent l’´ebauche du fuseau mitotique (sch´ema p115 bas). Il est important de bien diff´erencierla paire de centrioles appel´ee diplosoem et le centrososme. Ce dernier est une petite r´egion circulaire du cytoplasme qui r´egule la polym´erisation des asters. C’est la position du centrosome qui d´etermine l’axe du fuseau et par cons´equent le plan de la division de la cellule. Cette disposition est d’une grande importance lors de l’embryogen`ese notamment. La pr´esence de centrosomes multiples conduit `a la formation de fuseaux multipolaires et est li´e `a la cancerisation des cellules.

4.12.2 La pr´em´etaphase

Cette ´etape est marqu´ee par la rupture de l’enveloppe nucl´eaire qui se fait simultan´ement en plu- sieurs points., les fragments de l’enveloppe se dispersant rapidement dans le cytoplasme. Parall`element, le fuseau mitotique qui ´etait localis´e en dehors du noyau occupe d`es ce moment tout l’espace nucl´eaire. Les kin´etochores deviennent fonctionnels et induisent la formation de microtubules kin´etochoriens ou chromosomiques qui s’´edifient perpendiculairement au grand axe du chromosome (sch´ema p204 des notes). Les chromosomes s’orientent alors par rapport aux pˆoles de mani`ere telle que chacun des deux kin´etochores se trouve en face d’un pˆole oppos´e. Cela entraine l’imbrication des microtubules kin´etocho- riens et polaires dont les trajets deviennent parall`eles. Les microtunules kin´etochoriens s’allongent tandis que les chromosomes migrent vers le plan ´equatorial du fuseau.

4.12.3 La m´etaphase

La formation de la plaque ´equatoriale

La m´etaphase est caract´eris´ee par le rassemblement des chromosomes `a l’´equateur du fuseau. C’est `a ca stade que les chromosomes sont le plus condens´es. Leur situation sur le plan ´equatorial est telle que leurs kin´etochores font faces chacun `a un pˆole oppos´e et son ´equidistant de ce pˆole. Les microtubules kin´etochoriens vont du kin´etochore dont ils sont issus vers le pˆole auquel ce kin´etochore fait face. La microtubules polaires s’´etendent soit d’un pˆole a`a l’autre, soit du pˆole dont ils sont issus au plan ´equatorial.

Ce qui fait coller les chromatides ensemble

Depuis la fin de la r´eplication jusqu’`a la fin de la m´etaphase, les chromatides sont maintenues s´epar´ees mais proches l’une de l’autre `a l’aide de mol´ecules de coh´esine. Ces mol´ecules seront d´etruites par une s´erie de r´eactions complexes faisant intervenirdes s´eparines (l’inhibition des s´eparines avant l’anaphase est assur´ee par les s´ecurines) et lib`ereront les chromatides lors de l’anaphase. Ce m´ecanisme est distinct de celui qui permettra la cassure du centrom`ere.

4.12.4 L’anaphase

C’est lors de cette ´etape que se produit la partage des chromosomes en deux lots identiques. Au d´ebut de l’anaphase, les chromatides sœurs se s´eparent au niveau du centrom`ere, chaque chromatide devenant autonome et ind´ependant (on les dit chromosomes anaphasiques).

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Les chromosomes migrent alors en sens opos´e vers un pˆole du fuseau, kin´etochores en tˆete. Le dplacement des chromosomes est synchrone. L’anaphase se d´ecompose en deux temps. Les microtubules polaires des deux extr´emit´es du fuseau s’allongent et glissent les uns sur les autrs grˆace `a la kin´esine: le fuseau s’allonge. Le centrom`ere de chaque chromosome secasse et lib`ere les deux chromatides, tandis que les microtubules chromoso- miauxx se raccourcissent du cˆot´e des kin´etochores et tirent les chromatides vers les pˆoles. L’action conjugu´ee des deux mouvements entraine une chromatide de chaque paire vers un des pˆoles de la cellule. La fin de l’anaphase est marqu´ee par le rasemblement de chaque lot de chromosomes `a un pˆole oppos´e du fuseau. A ce stade, les microtubules kin´etochoriens sont totalement d´epolym´eris´es. On observe ´egalement une l´eg`ere invagination de la membrane plasmique qui ceinture la cellule au niveau du plan ´equatorial, ce qui amorce la cytocin`ese.

4.12.5 La t´elophase

Elle commence quand les deux lots ont atteint chacun un pˆole du fuseau. Elle est marqu´ee pa la formation d’un noyau dans chacune des cellules filles. A ce stade, les microtubules polaires perdent leurs connexions avec les pˆoles er l’enveloppe nucl´eaire s’´edifie `a partir de v´esicules du reticulum endoplasmique. Les pores nucl´eaires apparaissent pr´ecoc´ement `a mesure que l’envloppe s’´edidfie. Lorsque celle-ci est compl`ete, le volume du noyau augmente tandis que les chromosomes se d´econdensent et que la chromatine reprend son aspect interphasique. Cette d´econdensation s’ac- compagne de la repise des activit´es m´etaboliques des chromosomes, il y a `a nouveau transcription. Le nucl´eole r´eapparait au niveau de l’organisateur nucl´eolaire.

4.12.6 La cytocin`ese

Lors de ladivision, un faisceau de microfilaments, parall`eles entre eux, se met en place sous la membrane plasmique. Ces microfilaments constitu´es d’actine forment un anneau concentrique appel´e sillon de division. Cet anneau est contracile et joue un rˆole fondamental dans la cytocin`ese. Lorsque ce sillon atteint la r´egion m´ediane o`u subsistent quelques microtubules polaires, l’anneau disparait suite `a la dispersion des microfilaments.

4.12.7 La mitose dans les cellules v´eg´etales (particularit´es)

Etant donn´e la pr´esence d’une paroi rigide et l’absence de centrioles dans les cellules v´eg´etales, la mitose en leur sein est quelque peu diff´erente. On a la formation d’un fuseau mitotique sans diplosomes. Egalement, la pr´esence d’une paroi rigide entourant la cellule v´eg´etale impose un certains nombre de limitations `a la croissance cellulaire. L’´edification d’une paroi entre les deux cellules filles lors de la mitose implique ainsi la participation de plusieurs organites cellulaires. A la fin de la t´elophase, des saccules issus du reticulum endoplasmique lisse s’alignent au centre de la cellule et, en fusionnant, les uns avec les autres, viennent reconstituer la membrane plasmique entre les deux cellules filles. De plus les microtubules du fuseau ne disparaisent pas totalement de sorte quela membrane plasmique nouvellement form´ee se trouve d’embl´ee perfor´ee par des ouvertures correspondant au passage de ces microtubules. Apr`es disparition de celles-ci, et formation de la paroi, cest trous formeront les plasmodesmes.

4.12.8 Chronologie de la mitose

La dur´ee de d´eroulement de la mitose varie tr`es fort selon le type cellulaire mais dans tousles cas, la prohase est l’´etape la plus longue.

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4.13

Le cycle cellulaire

Chaque type de cellule a une dur´ee de vie caract´eristique. Certaines cellules ne peuvent mˆeme plus se diviser une fois qu’elles sont diff´erenci´ees: tˆot ou tard, elles devront mourir. Les cellules se divisent selon un cycle typique, appel´e cycle cellulaire qui va du moment o`u la cellule est form´ee par divison jusqu’`a la fin de sa propre division. Ce cycle comporte quatre phases:

M, G1, S et G2. Durant la phase mitotique (M), le noyau et le cytoplasme se divisent et forment deux nouvelles cellules. Le reste du cycle forme l’interphase ou intercin`ese et comporte les trois autres phases. La phase centrale S (synth`ese) correspond `a la synth`ese de l’ADN c`ad `a la duplication du mat´eriel g´en´etique en vue de la prochaine division cellulaire. La phase G1 (Gap = intervalle)va de la naissance d’une nouvelle cellule jusqu’au d´ebut de la synth`ese de son ADN. La phase G2 se situe entre la phase S et la division cellulaire. Dans la plupart des cas, l’interphase repr´esente plsu de 90% du cycle cellulaire et c’est la dur´ee de la phase G1 qui est la plus variable. La r´eplication de l’ADN au cours de l’intercin`eseimplique qu’une cellule diplo¨ıde qui entre en mitoseposs`ede non seulement deux lots de chromosomes homologues mais que pour chacun de ces homologues, il existe deux copies identiques , mat´erialis´ees par l’existence de chromatides sœurs.

4.13.1 Le rˆole des cyclines

Les cyclines jouent un rˆole d’horloge biologique. Le d´eclenchement de la mitose semble r´epondre `a la stimulation d’un m´ecanisme dans lequel intervient les cyclines et les prot´eines de la classe CdK. Il existe effectivement plusieurs points de contrˆole lors de la mitose (sch´ema p117 haut). Les prot´eines CdK (prot´eines kinases cyclines d´ependantes) sont des prot´eines r´egulatrices qui consomment de l’ATP. Le cycle cellulaire est sous la d´ependance d’un double contrˆole:

– la production constante de cycline dont l’accumulation finit par d´eclencher la mitose lorsque celle-ci a atteint une concentration seuil.

– une s´erie de prot´eine CdK qui r´egulent le rythme cellulaire et qui permet d’allonger ou de raccourcir le cycle cellulaire. La production et la concentration intracellulaire des ces diff´erentes prot´eines agiraient comme des horloges internes de la cellule. Le contrˆole du cycle mitotiqe s’exerce en diff´erents points strat´egiques que sont les phases G1 et G2.

D`es lors si pour une esp`ece donn´ee, q est la quantit´e d’ADN pr´esente dans un spermatozo¨ıde, on trouve dans chaque noyau d’un organe autre que les gonades 2n chromosomes et 2q d’ADN juste apr`es une division et 2n chromosomes et 4q d’ADN avant la division suivante.

4.13.2 Les t´elom`eres

On appelle t´elom`ere l’extr´emit´es des chromosomes. Ces r´egions sont form´ees d’ADN r´ep´etitif. Leur rˆole serait de prot´eger les extr´emit´es des chromosomes qui sont des zones fragiles de ces structures. Les t´elom`eres sont des r´egions hautement conserv´ees du g´enome depuis des millions d’ann´ees. Par ailleurs, ces r´egions ont ´et´e identifi´ees dasn un grand nombre d’esp`eces animales comme v´eg´etales. Une des caract´eristiques remarquables de ces t´elom`eres est qu’ils sont faits de brins simples `a l’extr´emit´e 3’ de la double h´elice et qui se raccourcissent progressivement au cours de la vie d’un organisme. On a pu ´egalement d´eterminer qu’ils jouent un rˆole d’horloge mitotique et ils empˆechent l’atta- cheemnt bout `a bout des extr´emit´es des chromosomes. Il existe par aileurs une ADN polym´erase appel´ee t´elom´erase qui a pour fonction de rallonger les t´elom`eres en reconstituant les segments perdus. Elle agit comme une transcriptase inverse.L’enzyme

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est constitu´ee d’une sous-unit´e catalytique qui forme un complexe avec une s´equence d’ARN (11 bases) compl´ementaire de la s´equence t´elom`erique et qui sert donc de mod`ele pour la synth`ese de nouvelles s´equences t´elom`eriques.

(CUAACCCUAAC)

La t´elom´erase est capable d’ajouter dess nucl´eotides `a l’extr´emit´e 3’ du simple brin. Apr`es la fin du d´eveloppement embryonnaire, la t´elom´erase est inactiv´ee dasn les cellules soma- tiques cq qui les condamnent `a mourir au bout d’un certain nombre de divisions cellulairesen raison du raccourcissement des t´elom`eres. Par contre, dans la lign´ee germinale, lat´elom´erase reste active ce qui permet`a ces cellules d’accompir une sorte de mise `a z´ero de la longueur des chromosomes lors de la formation du zygote (l’embryon). On peut remarquer que dans les cellules canc´ereuses, la t´elom´erase est fortement active ce qui explique l’”immortalit´e” de ces cellules.

4.13.3 La prot´eine P53

Lorsque se prodisent des erreurs de r´eplication, la procuction d’une prot´eine appel´ee P53 est activ´ee. Celle-ci empˆeche (au niveau de la phase G1) la mitose de se produire et la cellule de se diviser. En se fixant sur l’ADN, elle empˆeche aussi toute forme de transcription. Dans certains cas, ce blocage conduit `a l’apoptose de la cellule (mort cellulaire) empˆechant ainsi la prolif´eration et la propagation des erreurs d’une g´en´eration `a l’autre. Ces erreurs de r´eplication sont souvent la cause de cancer er donc la prot´eine P53 peut ˆetre consid´er´ee comme une prot´eine suppresseur de tumeurs. Lorsque celle-ci est mut´ee et d`es lors inactive, la r´eplication n’est pas srtopp´e et l’ADN endommag´e se propage de g´en´eration en g´en´eration dans les cellules filles.

4.13.4 La technique de la PCR (Polymerase Chain Reaction)

Cette technique permet d’obtenir en un temps tr`es court une quantit´e ´enorme de copies d’une s´equence d’ADN donn´ee. Elle se base sur les propri´et´es de l’ADN et sur un ADN polym´erase fonc- tionnant `a haute temp´erature. Principe de la m´ethode:

1. un segment d’ADN double brin est d´enatur´e par chauffage (les deux brins sont s´epar´es).

2. On dispose d’un pool de courtes s´equences d’ARN destin´ees `a servir d’amorces (primer).

3. Dans le milieu d’incubation, on ajoute `a la pr´eparation contenant l’ADN d´enatur´e un exc`es de s´equences ARN primer. On la refroidit alors afin de permettre l’hybridation antre ADN et primers.

4. On ajoute ensuite de l’ADN polym´erase et on laisse se d´erouler un premier cycle de po- lym´erisation de lADN compl´ementaire.

5. En remontant la temp´erature, on d´enature les nouveaux brins synth´etis´es. On r´ep`ete alors les op´erations un nombre ind´efini de fois juqqu’`a l’obtention de la quantit´e d´esir´ee de l’ADN initial.

4.14 Las caryotypes

Les caryotypes permettent de d´eterminer d’une part le nombre de chromosomes par cellule et d’autre part la forme des chromosomes. L’observation de caryotypes d’un grand nombre d’esp`eces a permis de pr´eciser que pour une esp`ece donn´ee, le nombre et l’aspect des chromosomes m´etaphasiques sont identiques d’un organe et d’un individu `a l’autre. Chez les animaux pluricellulaires, ces chromosomes sont en g´en´eral semblables deux `a deux. L’as- sortiment chromosomial comporte alors n paires de chromosomes homologues et le cellule est dite

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diplo¨ıde. En revanche, les cellules germinales des ces mˆemes organismes ne poss`edent qu’un seul assortiment de xhromosomes, elles sont dites haplo¨ıdes.

4.15 La m´eiose

Il s’agit d’un mode de division cellulaire directemetn et exclusivement li´e `a la reproduction sexu´ee. Elle constitue une ´etape essentielle de la spermatogzn`ese et de l’ovog´en`ese. Les cellules diplo¨ıdes d’un organisme comportent deux assortiments de chromosomes: l’un venant du p`ere, l’autre de la m`ere. Ces assortiments sont qualifi´es d’homologues. La m´eiose est un processus long et complexe qui comporte deux divisions successives qui ne sont pas s´epar´ees par une interphase. Il n’y a donc pas de r´eplication de l’ADN entre les deux divisions. Au terme de ces deux divisions, une cellule diplo¨ıde produit quatre cellule haplo¨ıdes.

4.15.1 Division 1

Comme la m´eiose produit des noyaux haplo¨ıdes `a partir de noyaux diplo¨ıdes, elle doit permettre au chromosomes homologues de la cellule de se r´epartir de fa¸con pr´ecise en deux groupes contenant chacun un membre de chaque paire de chromosomes. Les ´ev`enements qui permettent ce tri se produisent lors de la prophase I. Les chromosomes trouve son homologue et ils s’alignent l’un en face de l’autre sur toute leur longueur. Ils sont maintenus par un complexe prot´einique appel´e synapton`eme. Comme les chromo- somes ont d´ej`a ´et´e r´epliqu´es pendant la phase S, le groupe r´esultant comporte quatre chromatides ou t´etrade. Le processus d’appariement des chromosomes porte le nom de synapsis. Au sein des t´etrades, des ph´enom`enes d’enjambement des chromatides non sœurs assurent jus- qu’`a l’anaphase la coh´erence entre chomosomes homologues. Les points d’enjambement sont appel´es chiasmas. A ce niveau ces chromosomes peuvent ´echanger des portions de chromatides par un m´ecanisme de recombinaison g´en´etique: le crossing over. Au cours d l’ovogen`ese, c’est pendant la prophase I que se r´ealise l’accumulation des r´eserves ou vitellogen`ese. Le noyau pr´esente, pendant ces phases de synth`ese, ds aspects particuliers des chroma- tides et des nucl´eoles li´es `a l’activit´e m´etabolique. Au cours dela m´etaphase I, toutes les t´etrades s’alignent pour former la plaque ´equatoriale. Cahque chromosome fait face `a son homologue, de part et d’autre de l’´equateur et ne pr´esente de microtu- bules kin´etochoriens que sur la face orient´ee vers un pˆole. Cette disposition permet la s´eparation des chromosomes homologues au moment de l’anaphase. Pendant l’anaphase I, les centrom`eres restent intacts, de sorte que les deux chromatides de chaque chromosomes se d´eplacent ensemble vers un pˆole du faisceau tandis que les deux autre chromatides des la t´etrade se d´eplacent vers le pˆole oppos´e. Chaque group de chromosomes s’organise alors en un nouveau noyau durant la t´elophase I. En r´esum´e, la division I r´eduit un noyau diplo¨ıde en deux noyaux haplo¨ıdes, contenat des chro- mosomes d´ej`a dupliqu´es. C’est la raison pour laquelle la division I est parfois appel´ee division r´eductionnelle.

4.15.2 Divsion II

Elle se r´esume essentiellement `a la division mitotique d’un noyau haplo¨ıde en deux nouveaux noyaux haplo¨ıdes. Elle est plus rapide que la division I. Pendant la prophase II, un fuseau se forme dans chacune des deux cellules filles. Lors de la m´etaphase, les chromosomes forment une plaque ´equatoriale, les centrom`eres se s´eparent lib´erant les chromatides sœurs sous la forme de chromosomes individuels. Ces derniers se s´eparent ensuite en deux groupes et, au moment de la t´elophase II, ils s’organisent en deux noyaux haplo¨ıdes. Comme

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la division I avait produit deux cellules haplo¨ıdes, la division de celles-ci donne un total de quatre cellules haplo¨ıdes.

4.15.3 La recombinaison g´en´etique

La m´eiose assure le maintien du nombre de chromosomes `a travers les g´en´erations chez les esp`eces `a reproduction sexu´ee mais elle entraine aussi un brassage du mat´eriel g´en´etique permettant la formation de nouvelles combinaisons. La m´eiose assure la recombinaison g´en´etque de deux fa¸cons:

– par le production de nouveaux assortiments de chromosomes lors de l’anaphase I,

– par l’´echange de segmentsentre chromosomes homologues lors de la prophase I.

Les nouveaux assortiments de chromosomes r´esultent de la fa¸con dint les chromosomes homologues se r´epartissent `a l’anaphase I. Dans cahque cellule fille, un chromosome a autant de chances de se retrouver avec l’un ou l’autre repr´esentant de chacune des autres paires de chromosomes homologues. En g´en´eralisant, on peut dire que la s´egr´egation de n paires de chromosomes entre deux cellules haplo¨ıdes peut donner naissance `a 2 n combinaisons diff´erentes. Le crossing over impliquent la cassure des doubles h´elices d’ADN maternelle et paternelle de chacune des deux chromatides et leur r´eunion crois´ee par un processus de recombinaison g´entique. Cela a pour r´esultat de placer sur le mˆeme chromosome des g`enes qui se trouvaient auparavant sur des chromosomes diff´erents et vice-versa. Le crossing over a pour effet de combiner sur une mˆeme chromatide des g`enes provenant les uns du p`ere, les autres de la m`ere. Par recombinaisons g´en´etiques, les indivicus sexu´es engendrent une descendance d’une diversit´e impr´evisible dont les g´enotypes, qui ne sont dus qu’au hasard, ont au moins autant de chances de repr´esenter un changement n´efaste qu’un changement b´en´efique. L’avantage est que si un parent engendre une nombreuse descendance poss´edant une grande vari´et´e de recombinaisons g´en´etiques; il y a plus de chances pour qu’un de ses descendants au moins poss`ede l’assortiment n´ecessaire `a la survie.

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