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Cours n°3
Agrobiodiversité et amélioration
Module : Ressources phytogénétiques et pastorale
Par : Hamini Faiza
Master 1 écologie végétale et environnement
2017/2018
Plan
Historique de la biodiversité
Biodiversité et développement durable
Concept de l’agrobiodiversité
Importance de l’agrobiodiversité
Etat de l’agrobiodiversité
Bases de la diversité génétique agricole
Biotechnologie et création variétale
La filière semence et plants
Historique de la biodiversité
• Attestée depuis l'Antiquité, l'étude de la diversité du
vivant va connaître à partir du XVIIIe siècle des
développements successifs, marqués notamment par la
classification de Linné, l'apparition de la théorie de
l'évolution puis de la génétique, et le développement,
dans les années 1950, de l'écologie. Les deux étapes
suivantes de cette histoire scientifique sont liées à
l'émergence de deux concepts : celui de "biodiversité",
dans les années 80, et plus tard celui de diversité
fonctionnelle et de services des écosystèmes.
Le néologisme "biodiversité", a été popularisé par le
Sommet de la Terre de Rio en 1992. Il englobe trois
niveaux d'organisation du vivant : la diversité écologique,
la diversité spécifique, la diversité génétique. C’est
également en 1992 que sera signée la Convention pour la
diversité biologique (CDB).
Les trois piliers de la CDB sont :

• La conservation de la diversité
biologique

• L'utilisation durable de ses éléments

• Le partage juste et équitable des


avantages issus de l'utilisation des
ressources génétiques.
En d’autres termes c’est:
Le développement durable
Agrobiodiversité
• L’agrobiodiversité ou diversité biologique agricole englobe les
espèces cultivées ou utilisées par l’homme, leurs variétés et
cultivars sélectionnés par celui-ci depuis l’origine de l’agriculture
(CIRAD, 2005).

• Dans une définition plus large donnée par INRA (INRA ,


2013): « (…) désigne de façon générale tous les éléments
constitutifs de la diversité biologique qui relèvent de
l’alimentation et de l’agriculture, ainsi que tous les composants
de la diversité biologique qui constituent l’agro-écosystème : la
variété et la variabilité des animaux, des plantes, des
microorganismes, aux niveaux génétiques, spécifiques et
écosystèmiques, nécessaires au maintien des fonctions clés de
l’agro-écosystèmes, de ses structures et de ses processus (…) ».
Importance
• Cette diversité est importante pour la
sécurité alimentaire, elle permet de
cultiver dans différents sols, régions ou
conditions météorologiques.

• La diversité phytogénétique peut


également fournir des caractéristiques
utiles pour relever les défis futurs,
comme adapter nos cultures aux
évolutions climatiques ou aux maladies.
Etat de l’agrobiodiversité

On estime qu’actuellement, 30 espèces seulement couvrent


95 % des besoins énergétiques humains et quatre d’entre
elles (le riz, le blé, le maïs et la pomme de terre), plus de
60%. Au vu du rôle important que joue ce nombre
relativement restreint d’espèces cultivables pour la sécurité
alimentaire, il apparaît crucial de maintenir la diversité
existante en leur sein (FAO, 2013).
Bases de la diversité
génétique agricole

Beaucoup de facteurs entrent en considération


pour expliquer l’existante de la diversité
génétique chez une espèce.
Les populations et leurs biologies
L’unité de base qui est soumise a l’évolution est la population, c’est-à-dire
l’ensemble des individus concrets échangeant des gènes entre eux du fait de
leur proximité géographique. On doit étudié plusieurs éléments:

 Les systèmes de reproduction: Ils sont variés chez les plantes


Sexué: autofécondation ou allofécondation
Végétatif : clones et variabilité somaclonale
Parthénogenèse: formation de l’embryon a partir de l’ovule sans
fécondation
Aposporie: formation de l’embryon a partir de cellules somatiques

 Le niveau de ploïdie: il joue un rôle dans l’adaptation au milieu (niches


écologiques plus larges), il permet aussi de stabiliser l’hétérozygote lors de
la reproduction car ils possèdent plusieurs exemplaire du même allèle.

 La variabilité inter-population: On distinguera les races géographiques, les


écotypes et les sous-espèces et les variations clinales (lorsque l’habitat
varie d’une façon insensible et continue).

 Les stratégies de survie: adaptabilité au milieu, défenses naturelles


(constitutives ou induites) contre les bioagresseurs, degrés de
dissimulation des organes de reproduction, caractéristiques des semences
(nombre, viabilité et dispersion).
Les espèces
L’espéce est l’unité de base qui permet d’apprécier la
biodiversité. Les espèces sont des groupes de populations
naturelles qui se ressembles et qui sont suscéptibtibles de se
croiser et de produire un hybride fertile. L’espéce est isolée
reproductivement des autres groupes. Deux espèces peuvent
se reproduire entre elles si elles appartiennent au même genre
et si elles sont compatibles (biologiquement et génétiquement).

La spéciation (théorie de l’évoltion) est quand deux population


ont développé entre elles des barrières génétiques.
Pool génétique ou réservoir génétique
On distingue 3 niveaux de pools génétiques :

 Au sein du pool primaire, à chaque espèce cultivée peut normalement


être associée une espèce sauvage.

 Le pool secondaire est constitué d'espèces un peu plus éloignées; des


techniques particulières sont nécessaires pour transférer des gènes
d'une espèce à une autre.

 Le pool tertiaire nécessite des technologies de transfert de gène


avancées, beaucoup plus lourdes à mettre en œuvre. Si l'on considère
les techniques à l'origine des OGM, ce pool tertiaire peut s'étendre
considérablement.
Complexe d’espéces de blé
C’est un groupe d’espéces apparentées, dans lequel la séparation exacte
entre les espéces est souvent difficile ou cryptique. La difficulté de
démarcation peut être due a leur isolement reproductif récent ou encore
incomplet.

Exemple du blé:

Dans le complexe des blés, l'espèce cultivée n'est directement apparentée à


aucune espèce sauvage. Le blé tendre Triticum aestivum, utilisé pour
fabriquer le pain, est un hexaploïde (3 génomes de base 7). A l'état normal
diploïde, il comporte 42 chromosomes, et ses gamètes en ont 21.

Ses ancêtres se composent d'une espèce diploïde classique, Triticum


monococcum, qui a apporté le premier génome (A), et d'une espèce dont on
ne possède plus exactement la forme sauvage mais qui s’apparente de très
près génétiquement à Aegilops speltoides. Il n'y a jamais eu directement de
domestication sur ce deuxième génome (B). Le croisement entre le blé
diploïde (génome A) et cette espèce sauvage (génome B) aboutit normalement
à des hybrides stériles. Mais grâce à un phénomène de non réduction en
méiose (gamètes non réduits), assez fréquent chez les plantes, il est possible
de récupérer quelques graines fertiles qui ont doublé leur stock
chromosomique.
Cette forme a permis de donner différentes espèces : l’amidonnier, qui n’est
plus très cultivé maintenant, et surtout le blé dur, cultivé pour la fabrication
des pâtes alimentaires et semoules. Le blé dur est largement répandu dans
tout le bassin méditerranéen. En cultivant le blé dur dans la zone du croissant
fertile, des croisements spontanés se sont produits avec Aegilops
squarosa (génome D) aboutissant à un hybride stérile à 3 génomes (ABD), ou
exceptionnellement hexaploïdes (en cas de non réduction en méiose)
capables d'avoir des descendants.

On a génétiquement la preuve que cela s’est produit dans des champs


cultivés, c’est-à-dire que c’est un apport de pollen sauvage sur des formes
cultivées de blé dur qui a donné la forme cultivée de blé tendre. Si des formes
tétraploïdes sauvages ont pu été domestiquées, il n’existe aucune forme
hexaploïde sauvage. La génétique montre que c’est à partir de l’hybridation
d'une forme sauvage sur une forme déjà cultivée qu’est apparue cette forme
cultivée. Si l'on désire conserver de la diversité pour le blé tendre, il est donc
nécessaire de conserver dans les collections la diversité du blé dur, de
l'Engrain (blé cultivé), et de toutes les formes sauvages diploïdes
apparentées.
Les espèces végétales cultivées
On distingue les variétés botaniques, les variétés
cultivé ou cultivar, les variétés clones, les lignées
pures (autogames), les variétés population (variété
paysanne), les hybrides F1 (hétérosis/commerciale),
les variétés composites (croisement au hasard de
parents spécifiques) et les variétés synthétiques
(allogames/pas de contrôle du croisement).
Les centres d’origine
et de diversification
Un centre d’origine désigne la région ou l’espèce est apparue ( voir la carte).

Un centre de diversité  est une zone  biogéographique dans laquelle existe une
forte variation génétique pour une espèce donnée, ou, à une échelle taxonomique
plus élevée, un grand nombre d'espèces pour un genre ou une famille. Cette zone
peut indiquer le centre d'origine de cette espèce, ou de ce genre ou famille. Ces
deux domaines peuvent coïncider mais ce n'est pas toujours le cas.

- la Chine pour la laitue, la rhubarbe, le soja et le navet ;


- l'Inde pour le concombre, le riz, le manguier et le coton asiatique ;
- l'Indochine pour le bananier, le cocotier et le riz ;
Les centres d’origine
et de diversification
Un centre d’origine désigne la région ou l’espèce est apparue ( voir la carte).

Un centre de diversité  est une zone  biogéographique dans laquelle existe une
forte variation génétique pour une espèce donnée, ou, à une échelle taxonomique
plus élevée, un grand nombre d'espèces pour un genre ou une famille. Cette zone
peut indiquer le centre d'origine de cette espèce, ou de ce genre ou famille. Ces
deux domaines peuvent coïncider mais ce n'est pas toujours le cas.

- la Chine pour la laitue, la rhubarbe, le soja et le navet ;


- l'Inde pour le concombre, le riz, le manguier et le coton asiatique ;
- l'Indochine pour le bananier, le cocotier et le riz ;
Biotechnologie
et création variétale

Quelques établissements de recherche publiques:


 L'Institut national de la recherche agronomique en France
(INRA)
 L’equivalent de l’INRA en Algérie est l’INRAA (Alger)
 En Tunisie INRAT
 Au Maroc INRA
Isolement
écologique

Hybride Différence
non viable
Barrières de cycles
ou stérile reproductives reproductif

Problème
d’assortiment
chromosomique
Culture in-vitro
Sauvetage d’embryons
Fusion de protoplastes
La filière semence et plants
• La semence certifiée est considérée comme le résultat d’un travail
de recherche en sélection variétale. Elle a une valeur scientifique
et économique.
• Le travail du sélectionneur moderne consiste en le ressemblent et
l’étude d’une collection de travail, ainsi que la compréhension des
caractéristiques biologique de l’espèce, se poursuit par la
réalisation d’un programme de croisement et l’utilisation de
techniques biotechnologiques.
• Suivi par l’observation du comportement en laboratoire et au
champs.
• Ensuite l’obtention de géniteurs performants ou de lignées
(caractéristiques génétiques identiques et contrôlées)
• Vient alors la création variétale.
• Enfin l’inscription au catalogue : une variété ou un cultivar doivent
rependre aux critères DHS « distinction, homogénéité, stabilité »
• Cela se termine par la commercialisation des semences
Fin