Génie cellulaire

& moléculaire
 Génie cellulaire &
moléculaire UEF1/crédits:
6, Coef:3

Génomique Etude du
Techniques de cultures transcriptome
Génomique appliquée
¢aires animales
Analyse fonctionnelle d’un gène
Cultures Cultures
Quantification de l’expression
Analyse du polymorphisme
bactériennes levuriennes d’un G

Inactivation épigénétique &

applications
Transgénèse animale
Modification & analyse
fonctionnelle du génome végétal
Cultures de ¢
végétales Etude d’expression différentielle
de Gs
Intérêt de l’étude des grands
génomes Cinétique cellulaire
Etudes du transcriptome chez la
Génomique appliquée à Introduction de molécules ds la
l’mélioration des plantes levure à l’aide de puces à ADN
¢ de transfection cellulaire
Identification des gènes Introudction de molécules
de susceptibilité ds la ¢

TD: Exposés/posters/ Contrôles

continus+ EF
Génomique
 Ch 1: Génomique
Plan du cours
• Définitions et généralités.
• Analyse fonctionnelle d’un gène.
• Analyse du polymorphisme.
• Inactivation épigénétique et applications.
• Transgénèse animale.
• Modification et analyse fonctionnelle du génome végétal.
 III. Génome/Génomique
A. Taille
Quelques dizaines de milliers de bases pour le
génome d’un virus.
Quelques millions de p bases pour 1e bactérie
3 milliards de p bases pour le génome humain.
16 milliards de p bases pour le génome du blé
 B. Différences entre Gn P & Gn E
Caractéristiques du Gn
 Chr circulaire unique  Noyau*/taille/+ieurs Chr
 Présence possible de petites  Leur N°, taille & forme st
séquences d’ADN circulaires caractéristiques d’1e
indépendantes (plasmides) espèce/ H: 23 paires de Chr,
 Contenu en GC variable selon les vache & la chèvre: 30,
espèces. Ex: cheval: 32
 22% chez 1 parasite: Wiggleworthia  +ieurs ori/chr
glossinidia  Gène disloqué: exons+
 67% chez 1e B deinicoccus introns
radiodurans
Fig. Microscopie E à balayage d’1
Chr H en métphasique
 Taux de GC est très peu homogène, aussi bien entre les espèces qu'au
sein du Gm d‘1e espèce.
 Il peut cependant être homogène sur une certaine région de l'ADN,
laquelle est alors appelée isochore
 I. Généralités/Génomique
D. Différences entre GP & GE
Répartit° des gènes
 Longueur du gène  Densité en gène
950 NT en moy (E. coli) Densité moyenne
 Densité en gènes Ex
Haute densité (95% du Gn est Humain: 1 gène tous les
transcrit chez E. coli 100kb en moy.
 Gènes organisés en opérons C. elegans: 1 gène/5-6kb .
600 opérons ds le Gn de E. coli S. Cerevisiae: 1 gène/2kb.
 Fraction codante  Gènes
est de 85 à 90%/codent des Moins de 5% d’1 Gn nucléaire
prts ou des ARNr/t humain
Gn P: gènes organisés en opérons
 I. Généralités/Génomique
D. Différences entre GP & GE
Répartit° des gènes ‘

 Nbr de pseudogènes  Nbr de gènes

= gènes mutés, non transcrits 20 000 à 25 000 gènes
ou non traduits est faible (1 à 2%). nucléaires &
 Domaines non codants mitochondriaux
Régions intergéniques contenant  Grandes régions
les séquences régulatrices. intergéniques, fonction
 Séquences répétées inconnue*.
beaucoup + rares.
 e
PS/chromatine: particularité du Gn eucaryote
1
L’ADN est empaqueté
Taille du Gm humain: 3 Milliard pb
e
Tient ds 1 cellule de 6 µm de diamètre.
Nécessité d’empaquetage de l’ADN
Chromosome

Nucléole = assemblage dense

d’ADN, protéines et t-ARN
Des régions non transcrites du Gn st extrêmement bien conservées
entre organismes depuis des millions d'années.
Leur fonct° est toujours inconnue.
 E. Ressemblance entre Gn
 Homme C/ homme B:
99,5% identique (0,5% différence)
 Homme/chimpanzé:
Codant: 98,5% identique.
Non codant: ~97% identique.
 Homme/souris:
Codant: 90% identique.
Non codant: la majorité est sans identité apparente, mais on
trouve de nombreux segments semblables «conservés ».
 Homme/poulet:
Codant: 80% identique.
 Homme/poisson: Codant: 70% identique
 IV. Analyse fonctionnelle d’un gène
 Deux types de molécules support de la bioinformat° :
 Acides nucléiques.
 Protéines.
 Le "matériau de base" de la génomique, de la
transcriptomique et de la protéomique est l’enchaînement
ordonné et orienté de:
 NT
 aa.
 II. Analyse fonctionnelle d’un gène
Comment déterminer la fonction d'un gène?
 Analyse de la séquence, comparaison avec des gènes
similaires (motifs conservés, homologues dans d'autres
espèces,…).
 Localisation dans la cellule, tissu, organisme.
 Interactions avec d'autres produits de gènes.
 Mutants, surexpression, knock-outs.
 Analyse de l'expression
 Gènes orphelins = gènes avec fonction inconnue (40%)
Cartographie des gènes sur un segments des
Chr
Fig. Répartit° des fonct° moléculaires des gènes présomptifs (codant des prtn
ds le gn humain