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BIOLOGIE
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Harim Malak
@medecine_fantasy
Sommaire ˥
Génétique fondamentale
Fiche 0 : Introduction
Fiche 1 : Le génome
Fiche 2 : Réplication
Fiche 3 : Transcription
Fiche 4 :Traduction
Fiche 5 : Cytogénétique
Biologie cellulaire
Fiche 1 : La membrane plasmique
Fiche 2 : Échanges de substances
Fiche 3 : Interactions cellulaires
Fiche 4 :Signalisation Cellulaire
Fiche 5 : le Cytosquelette
Fiche 6 : Organites cellulaires
Fiche 7 : Rôle du RE
Fiche 8 : Rôle de l’AG
Fiche 9 : Vésicules d’endocytoses
Fiche 10 : Épuration cellulaire
Fiche 11 : Mitochondrie
Fiche 12 : Noyau interphasique
Examen Blanc 2021 et correction
Génétique
Fondamentale
Harim Malak
Introduction
Harim Malak
E
:
génétique inverse génétique projet ENCODE
inverse : découverte de visait à étudier les 80% du
gènes impliqués dans des fonctions des génome humain
pathologies gènes humains fonctionnel
Années 80-90 2003 2012
RT-PCR en
temps réel et la Pour le diagnostic d’un lymphome.
technique
microarray
Il est réparti sur plusieurs molécules d’ADN Nos caractères sont héréditaires et se transmettent
linéaires. En division, on remarque des petits des parents aux enfants.
filaments dans son noyau, des chromosomes Dans chaque cellule, les paires de chromosomes sont
. formés d’un exemplaire paternel et un maternel.
les gènes sont donc présents en deux copies qui
Télomère
§Ük§GÜN
peuvent être de différentes formes appelées
« allèles ».
centromère
chromatide
Génétique
ADN Gène Le gène est organisé de façon
Macromolécule constituée nucléotides Séquence de nucleotides de l’acide discontinue :
de 2 chaînes linéaires de nucléotides, désoxyribonucléique contenant l’info Exons : Séquences codantes
enroulé en double hélice et conservées dans l'ARNm
nécessaire pour la synthèse d’un =des séquences transcrites et
L’ADN est constitué de traduites.
parties codantes et acide ribonucléique ou d’une protéine
Introns : Séquences non
Génome humain = environ 25 000 codantes éliminées au cours du
non codantes gènes processus de transcription.
=séquences transcrites mais
non traduites.
Structure
Structure gène
D.
En amont : promoteur et
éléments régulateurs, un site
d’initiation de la transcription
Une suite d’introns et d’exons
A la fin : la fin de la
transcription à la fin du dernièr
exon
Le gène est orienté de 5’ vers 3’
Promoteur 1-
Exon et initiation
Situé en amont du gène en 5' Début du gène commence par exon 1 au niveau du site d'initiation de la
Elle est adjacente au site d'initiation de la
transcription.
transcription. Ce site intervient dans le début de la transcription.
Constitué de nombreuses séquences En aval de ce site, à une distance variable (quelques dizaines à centaines de
régulatrices de l'expression d'un gène soit
bases), se trouve le site d'initiation de la traduction (ATG initiateur) qui
spécifique d'un ou plusieurs tissus soit
ubiquitaire dans l'organisme. correspond au début de la partie codante du gène. Ce site d'initiation de la
De nombreux facteurs protéiques appelés traduction peut se trouver sur le premier exon ou sur un autre exon.
facteurs de transcription interagissent avec
ces séquences régulatrices modulant ainsi Sur un même gène, peuvent coexister plusieurs ATG initiateurs (codant pour
l'expression d'un gène. des isoformes protéiques).
Codons stop 3
Signal de polyadénylation AATAAA
4
En 3' du gène, sur le dernier exon, un En aval du codon stop dans la zone non traduite du derneier exon, en 3’
des 3 codons stop TAG, TGA ou TAA
signale l'arrêt de la traduction. Correspond au site d’ajout de la séquence polyA sur l’ARNm
Pseudogène
6
Introns 5
Séquence non codantes situées à l'intérieur des gènes =un gène inactif du fait d’altérations
génétiques le rendant non fonctionnel
90% de certains gènes = introns et donc incapable d’engendrer une
protéine, peut être transcrit mais non
traduit
ADN mitochondrial
La mitochondrie contient son propre adn different de celui de la Cellule.
—>C’est un ADN circulaire, double brin
—>Codant pour des sous unités protéiques et des ARN ( R et T) étant indispensables à la traduction intra-mitochondriale
des protéines
—>ADN mitochondrial est indépendant de celui du noyau même lors réplication, transcription et traduction ‘indépendantes)
—>ADN cellule code pour des protéines intervenant dans la phosphorylation oxydative et des des fonctions et structures
mitochondriales.
Transmission
ADN mito contient pas d’introns.—>Transmission maternelle
Ne recombine pas et présente un taux élevé de mutations
2 à 10 copies de molécules d’ADN par mito
Harim Malak
Fiche 3
Réplication
Correspond à la synthèse d’ADN qui reproduit avec précision le génome au cours du cycle cellulaire afin de préparer la division
de cette cellule. Se produit lors de la phase S grâce à l’activité de l’ADN polymerase Sx
et
Réparation de l’ADN : ADN polymerase B
Réplication de l’ADN mito : ADN polymerase
:
→ ADN polymerase mettent
- 2n
- Chromatine accessible aux ARN polymerases
qui transcrivent les gènes en ARNm → donne naissance à 2¢ filles
chacune recevra des copies identiques
de l'ADN de chaque Chr.
Mécanisme :
1) Hélicase : enzyme qui déspiralise l'ADN et coupe les liaisons H entre les • Plus l’Hélicase avance, plus il déspiralise l'ADN et coupe les liaisons H, plus
bases azotéss. Des protéines spécifiques fixatrices d'ADN monocaténaire l'ADN polymérase Delta du brin direct continue à former le nouveau brin
(SSB) viennent se fixer sur chaque brin et les empèchent de se d’ADN
respiraliser
• Mais pour le brin retardé, vu qu'il est antiparallèle, alors, du coté de
2) Pour commencer la réplication , des amorces se mettent en place par
l’Hélicase sera l'extrémité 3’, et puisque l'ADN polymérase n'avance que de
des primases pour former des amorces d'ARN ( 10 nucléotide)
3'->5' pour le brin parental, alors le réplication vas se faire en discontinue
3) Et des ADN polymérases pour former des amorces d'ADN ( 20
nucleotides ) 5) Des amorces se mettent en place par des primases pour former des
amorces d'ARN (10 nucléotides) 6) Et des ADN polymérases a pour
former des amorces d'ADN (20 nucléotides) 7) Un ADN polymérase Delta
commence la réplication et polymérise environ 200 nucléotides. Il s’arrête
lorsqu'il atteint une autre amorce plus ancienne. Il forme alors les fragments
d'Okazaki • Rappel : pour le brin direct l'ADN polymérase Delta ne s’arrête
4) Le dernier nucléotide lié a l'amorce d'ADN servira de point d'initiation
pas parcequ’il ne rencontre jamais une
à l'activité de l'ADN polymérase Delta qui lie des nucléosides libre de
amorce dans son chemin
manière complémentaire au brin parental pour ainsi former un brin
néoformé •
Remarque : L’ADN polymérases avance de 3'->5' pour le brin parental
et de 5'->3' pour le brin néoformé • NB : Il y a également l'ajout de dNTP
à l'extrémité 3' du OH libre 8) Des ribonucléases (nucléases) (exonucléases) détruisent ou hydrolysent
les amorces d'ARN des 2 brin néoformés 3'->5’, en cas de
mésappariement, ils hydrolysent le dernier nucléotide incorporé
9) Des ADN polymérase Delta viennent polymériser des nucléotides à la
place ou était les amorces d'ARN
10) Des ADN ligases viennent ensuite relier tous les fragments d'ADN
(Okazaki... ) des 2 brins néoformés
• L'ADN polymérase démarre la polymérisation sur le OH en 3' du ribose du dernier nucléotide d'une amorce
• Les ADN polymérases ont une activité exonucléase « fonction d’édition » qui se fait dans le sens 5’ vers 3’ et s’active dans le cas d’un mésappariement
• Il existe diffèrent type d'ADN polymérase :
ADN polymérase Alpha (associé à la primase) synthétise les amorces
ADN polymérase Delta principale enzyme de réplication
D'autres ADN polymérases synthétisent l'ADN mitochondrial ou réparent l'ADN génomique
• La réplication peut être dérégulé aboutissant à un ralentissement/arrêt temporaire ou un blocage
complet qui dans certains cas évolue vers un cancer. Cela peut être due à :
Structure secondaire de l'ADN
Complexes d'ADN protéine
Modification de la chromatine
Lésions de l'ADN
Le peptide signal à
î
Fiche 5
Extrait de Chez Mehdi Kettani
Traduction
Fiche 6
Extrait de Chez Mehdi Kettani Cytogénétique Harim Malak
•
Le Caryotype peut fairese sur npq ¢ bloquée en métaphase
•
La translocation BCR / Abi est une translocation somatique qui se détecte dans certaines leucémies et correspond au
chromosome de "
Philadelphia "
Biologie
Cellulaire
Harim Malak
La Membrane
Harim Malak
Fiche 1
Plasmique
Composition Biochimique
Analyse biochimiques de fragments membranaire d’hématies (globule
rouge) a révélé :
40% de lipides
50 % de protéines
10 % de glucides liés aux protéines (glycoprotéines) ou aux lipides
(glycolipides), les glucides sont toujours liés
Lipides Cholestérol
=Acide gras et alcool. Rôle structural
Lipide simple formé de :
Phospholipide
Lipide complexe formé d’un glycérol (alcool) lié 2 acides gras et -une molécule d’alcool (hydrophile)
un phosphate -quatre cycles
Le phosphate est lié à l’une des 4 molécules hydrophiles : ! -une chaîne hydrocarbonée (hydrophobe)
Joue un rôle important dans l’étanchéité de la MP c’est à
Choline L L J >
Sérine Inositol -Ethanol
(vitamine B4) dire limiter le passage, la fluidité de la MP. (Exemple d’une
(vitamine B7)
plante quand il pleut elle n’absorbe pas tout)
PL membranaires sont amphothères :
- Têtes hydrophiles (polaires) qui interagissent avec l’eau Acide gras saturés : chaînes sont droites, elles ont tous des
queue collé il n’y a pas de ' places pour le cholestérol (beurre…)
- Queues hydrophobes (non polaires) qui fuient l’eau et se
mettent face à face Acide gras insaturés : il y a de l’espace pour C Si on fait frire on
est entrain de saturés
Protéines
Protéines intégrées amphoteres Protéines périphériques hydrophiles
-une partie hydrophobe enfouie dans bicouche lipidique - des 2 côtés de la MP (hyaloplasmique et
-une partie hydrophile émergente dans cytoplasme ou dans extracellulaire)
milieu extracellulaire - établissent des liaisons faibles avec les molécules de la
Les protéines intégrées sont fortement liées aux lipides MP
Et peuvent :
-soit s’intégrer dans une seule hémi-couche, externe
-soit traverser une ou plusieurs fois la bicouche lipidique; ce
sont les protéines transmembranaires
ex : pompes, perméases, canaux ioniques…
Rôle enzymatique
Harim Malak
Glucides
Oligo ou polysaccharides Rôles :
-fixés par liaisons covalentes aux lipides •Adsorption et rétention de molécules dans certaines
ou aux protéines. sûr .
Radeaux lipidiques
IL
Organisation Moléculaire MP
1. Lipides : en double couche dont les parties hydrophobes (queues) sont face à face et les parties hydrophiles
(têtes) vers les milieux aqueux (cytoplasmique et extracellulaire)
2. Protéines : dispersées dans bicouche lipidique, périphériques hydrophiles et intégrées hydrophobes sur
parties enfouies et hydrophiles sur parties émergentes
3. Glucides : uniquement du côté extracellulaire => MP asymétrique
Echange de substances
Fiche 2
Rôles physiologiques de la MP
Interactions Cellulaires
Fiche 3
j
Signalisation Cellulaire
Fiche 4
Mp contient des
Catherines (aident à
la courber pour
former les vésicules)
Ne contient pas
d’AA, d’ions
QCM Harim Malak
La membrane plasmique est constituée de : Le radeau lipidique :
A. phospholipides A) est une structure de la membrane plasmique
B. cholestérol B) permet de stabiliser les récepteurs
C. glucides C) présente des phospholipids développés
D. protéines intégrées D) est dépourvu de cholestérol
E. microtubules. E) est une structure fluide
D) en monocouche
d' intensité + claire
D) Cholestérol
.
Clathrines •
concentration concentration
1 2
Diffusion simple Diffusion facilitée
Gaz
/
Perméabilité passive accélérée par transporteurs
Ions et petites molécules non chargées
travers canaux ioniques qui sont des protéines membranaires : perméases
transmembranaire aaa
Hypertonique : riches en soluté, -Fixation ligand sur son site spécifique sur perméase
le moins concentré en eau -Changement conformation de la permease
-Penetration ligand
Adsorption -Retour conformation initiale
Infiltration via des interstices
Harim Malak
Transport actif primaire 3
-Fixation Na+ intracellulaire sur site spécifique -Fixation xénobiotique intracel sur MRD
ATPase -Degradation ATP et phosphorylation MRD
-Hydrolyse ATP et phosphorylation ATPase -Changement conformation MRD
-Changement conformation ATPase -expulsion xenobiotique
-Expulsion Na+ et fixation K+ extracell sur site -Dephosphorylation MRD
spécifique -Retour conformation initiale
-Dephosphorilation ATPase
-Retour conformation initiale
-Internalisation K
*
Le trans p Actif
concerne les ions !
Na + sort et Kt neutre
Transporteurs actifs secondaires 4
couplent le passage d’une molécule suivant le gradient de concentration au
passage d’une autre molécule contre le gradient de concentration ; symport,
antiport,
Symport =2 sortes de solutes se déplacent dans le même sens
Antiport = 2 sortes de solutés traversent la membrane dans 2 directions
opposées
Endocytose 5 Exocytose 6
IÏÏÏ
Types (cellules) Héterotypique Homo Homo/hetero. Héterotypique
Applications médicales
- Cellules cancéreuses perdent ou
modifient leurs intégrines =>
métastases.
- Plaquettes avec déficit en
intégrines sont incapables
d’adhérer au substrat pour
former un caillot, ce qui
entraîne des saignements
continus.
Fiche 4
Signalisation Harim Malak
Cellulaire
Cellule émettrice envoie message ou signal vers cellule réceptrice (cible) au moyen d’un Récepteur qui reconnaît
spécifiquement la molécule signal
3 types de Molécules signales 3 types de récepteurs membranaires
Neurotransmetteurs (NT) Récepteur couplé à la protéine G (RCPG) : hormones
Hormones (H) Récepteur couplé à un canal ionique (RCCI) :neurotransmetteurs
Médiateurs chimiques locaux (MCL) Récepteur couplé à une enzyme (RCE) : MCL, facteurs de
croissance, cytokines
Voies de signalisation
Hormonale
Neuronale Médiateur chimique locaux
PKA PKC
ça ,
Signalisation hormonale
Aka B
Hormones liposolubles Hormones
Traversent la MP hydrosolubles
Récepteurs Ne traversent pas la MP
Récepteurs
intracellulaires :
membranaires : protéines
cytosoliques ou nucléaires transmembranaires,
récepteurs
hormonaux, type RCPG
QCM Harim Malak
La photo suivante présente :
A.le récepteur RCPG
B.la voie PKA
C.la signalisation hormonale
D.la voie PKC
E.la voie MAPK.
1 2 3
Microtubules
Structure 1 Protéines liées
Petits tubes protéiques, longs et Protéines de stabilités des MT : Moteurs moléculaires
rigides (L=20 µ) - γTURC : au niveau de l’extrémité Complexe de protéines qui transforme
hétéropolymères de tubulines alpha -, assure la nucléation du MT l’E chimique (ATP ou GTP hydrolysé)
et beta qui s’associent en dimères, - Kinétochore du chromosome : en E mécanique (déplacement,
plusieurs dimères s’associent pour fixe le MT polaire du fuseau contraction cellulaires) 2 types :
former un protofilament mitotique et les stabilise kinésines
13 protofilaments =un microtubule. Assure nucléation ou
assemblage dynéines
des MT
Filaments intermédiaires
Structure Familles
Monomères filamenteux Cytokératine dans Cellules épithéliales
Stables (ne polymérisent/ Desmine dans Cellules musculaires
dépolymérisent jamais)
Vimentine dans Cellules conjonctives
Les FI permettent de déterminer le
type de cancer par GFAP (Fibrilary Acidic Proteins) dans Cellules gliales
immunohistochimie car elles varient Neurofilaments dans cellules nerveuses
d’un type cellulaire à l’autre.
QCM Harim Malak
Parmi les rôles des microtubules il y a : Les microfilaments d’actinie assurent :
A) La division cellulaire A) migration cellulaire
B) La diapédèse B) contraction musculaire
C) La contraction musculaire C) Diapédèse
D)les courants cytoplasmiques D) soutien des flagelles
E) La migration cellulaire E) soutien des cils
L
✓ )
Système endomembranaire Peroxysome Mitochondrie
d- 2 3
Système endomembranaire
1- -3 4-
Reticulum -2
Endosome Lysosome
-
Appareil de Golgi
- _
-
endoplasmique
Organiste de tri, de digestion Appareil digestif de la cellule
L'AG assure la maturation des protéines
Granuleux REG Lisse REL et de recyclage Vésicule sphérique contenant
et lipides constitué de 3 région : C'est la fusion d’un :
Cavité aplatie Cavité tubulaire des enzymes lytiques
portant des absence de Face cis : rapport avec RE -Endosome précoce (hydrobases acides dégradant
ribosomes et ribosome Face médiane : entre la face cis et trans =vésicule d’endocytose (taille sub organiques). On a 2
assurant la assurant la moyenne) types :
Face Trans : rapport avec MP
synthèse des synthèse des -Endosome tardif =
lipides, hormones Réseau formé par 20 dictyosomes Lysosome 1 : Lysosome II :
protéines vésicule provenant de l’AG et
stéroïdes et le petite taille Grande taille
(communique entre eux par des tubes contenant des hydrolyses
stockage du acides (t’aille importante) aspect Aspect
périphériques) qui sont formé par 4 a 6 homogène hétérogène
Ca2+
saccules qui sont formés par la fusion enzymes Enzymes
de vésicules de transition provenant du lytiques seules lytiques avec
RE et chaque saccule présente sur ses substances en
dégradation.
bords des vacuoles de concentration
Mitochondrie Peroxysome
Organite membranaire creux • En bâtonnet ou arrondi, • Matrice entourée d’une double
membrane • Assure production ATP (énergie cellulaire) • Dans toutes les cellules eucaryotes
aérobies • Nombre mitochondries important si activité cellule importante (15000/ hépatocyte) Peroxysome
1) Synthèse débute à l'axtrémité N-terminale par un peptide hydrophobe appelé peptide signal PS
2) Arret de l'élongation de la chaine polypeptidique
3) PS reconnu par SRP
4) SRP tire PS, ARNm et ribosome vers son récépteur sur la membrane du RE
5) PS entraine la formation d'un translocon dans membrane du RE
6) PS se fixe sur le translocon puis la SRP lache ce dernier
7) Réactivation de l'élongation de la chaine polypeptidique jusqu'au codon STOP
8) Ribosome se lache et le translocon se referme sur une protéine endoluminale
9) Coupure enzymatique du PS et de la protéine de la lumière qui peut aller vers l'AG par un transport
vésiculaire
REL
• Réactions de détoxification )
• A lieu dans REL hépatocytes, cellules rénales, pulmonaires et intestinales.
• Les produits toxiques (drogues, médicaments ou métabolites toxiques du cytoplasme) s’insèrent
dans la bicouche lipidique de la membrane du REL
• Synthèse de lipides et hormones • ils sont hydroxylés par le cytochrome P450, deviennent hydrophiles • Ils sont transloqués dans
stéroïdiennes la lumière du REL
• ils sont ensuite conjugués à d’autres composés, comme l’acide
glucoronique, pour devenir neutres.
• Les drogues ainsi solubilisées et neutralisées sont ensuite véhiculées
• Glycosylation protéines
par le flux membranaire et éliminés par exocytose dans la bile ou
dans les urines.
. Reserves Calcium
Harim Malak
Fiche 8
Rôle de l’appareil de
golgi
Assure complexation de molécules
fixer une molécule (sucre, sulfate, phosphate ou autres) sur une protéine ou sur un lipide => glycosylation,
phosphorylation, sulfatation, …
Flux endomembranaire
les protéines et lipides du RE progressent du RE vers l’AG, vésicules puis vers la MP => déplacement de
molécules = flux membranaire permanent dans cellule appelé flux endomembranaire
Harim Malak
Fiche 9
Vésicules d’endocytoses
Endosome Lysosome
Exogène Endogène
-
Hétérophagie Autophagie
-
Pinocytose
Sources de ROS
oxydants
Harim Malak
Fiche 11
Mitochondrie
=/
Noyau interphasique
Harim Malak
Fiche 12
- environnement
-
taille
j
en métaphase
T T
régulatrice catalytique
+ Facteurs de mort #
+
casp effectrice +
caspase effectrice
Externe
Interne
✗2
+3 ☒ 1
Harim Malak
Correction
%
* petites molécules
0 → perméabilité
0 molécules
* grosses
° vésiculaires
→ échange ,
:
O
puce questions types
↳
%
O
O
O
O
O O
⑧ utilise les kinases
O
O
O
O
O
8 °
type de
Question i7 bis) rôle MFA et microtubules
B et D
.
%
8 O
O
G
Aa
O
O
O
O
O
O
:
O
O
O
O
O
°
8
g
-
o → 813,9 ,
Get 5
O
O
§ → Hook "