UNIVERSITE CHEIKH ANTA DIOP DE DAKAR

FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUES

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE VEGETALE

PLATEFORME DE GENOMIQUE
FONCTIONNELLE

Licence 2 Biologie, Chimie et Géosciences

Travaux dirigés de biologie moléculaire

Prof. Diaga DIOUF

Laboratoire Campus de Biotechnologies Végétales

Exercice 1
Répondre par vrai ou faux

1. Le bromure d’éthidium (BET) est un agent intercalent mutagène.

2. Les séquences d’insertions sont des transposons simples que l’on trouve chez les
eucaryotes.
3. La dysgénésie des hybrides chez la drosophile résulte d’une coupure des ailes.
4. Les éléments transposables représentent 45% du génome humain.
5. On trouve l’ADN-T dans le chromosome d’Agrobacterium tumefaciens.
6. Soumettre des graines de plantes cultivées à des rayonnements γ n’a aucune importance en
agriculture.
7. Dans un gel d’agarose les fragments d’acide nucléique ne migrent pas en fonction de leur
taille et de leur charge.
8. La transcription inverse d’un fragment d’ARN donne un fragment d’ARN

Exercice 2
On veut amplifier un fragment du gène dont la séquence est représentée ci-dessous.

1-5’ gcttcaacagttttggaagcaaaggctcttttgaaagaagccctccaagcagaagttgga
61 ttgccggtggacgaaaaaattcctctcattggtttcattggtaggcttgaagagcaaaag
121 ggttcagatattcttgcagaagccattccccaatttatcaaggagaatgttcagctggta
181 gccctaggaacaggaaaaaaacaaatggaaaaacagcttcaggaacttgaaatcgcatac
241 cctgacaaggccagaggagtggcaaaattcaatgttcccctggcccacatgataattgct
301 ggtgctgattttatattggttcctagcagatttgagccttgtggtctcattcagttacaa
361 gctatgcgctatggaacagtacctattgttgcctcaaccggtggattagttgacactgtt
421 aaagaaggcttcacaggatttcagatgggttccttcaatgtagagtgtgaagctgtggat
481 gctgctgatgtggatgctatagcaaagactgtcacaagggcccttgcagtctacggaact 3’
Choisissez deux amorces de 20 nucléotides chacune parmi celles indiquées ci-dessous sachant
que la région à amplifier va de 277 à 522 ddATP ddGTP ddCTP ddTTP
A : 5’cccctggcccacatgataat3’ B : 3’cccctggcccacatgataat5’
C : 3’ggggaccgggtgtactatta5’ D : 5’ggcccttgtgacagtctttg3’
E : 3’ggcccttgtgacagtctttg5’ F : 5’caaagactgtcacaagggcc3’

Exercice 3
On séquence un fragment d’ADN dont le résultat est indiqué sur la
figure d’en face. Donner la séquence de son brin complémentaire et son
orientation. (1 pt)
Quel est le rôle des ddNTP ? (1 pt)
A : Les ddNTP bloquent l’élongation du fragment d’ADN naissant
B : Les ddNTP permettent l’élongation du fragment d’ADN naissant

Exercice 4

Le fragment d’ADN (Fig. 1a) contient la séquence codante (CDS) du gène Bt et le

gène qui code pour l’ampicilline. On veut cloner ce fragment dans le plasmide pBM203.
1. A l’aide de la figure 1b, indiquer les endonucléases de restriction utilisables au préalable
pour insérer ce fragment dans le plasmide.
A : HindIII/BglII B : BamHI/EcoRI
C : EcoRI/EcoRV D : BamHI/BglII E: Aucune
2. Quels sont les types d’extrémités générées ?
A : Bouts collants 5’ débordante B : Bouts francs C : Bouts collants 3’ débordantes
On incube les produits digérés (plasmide et fragment d’ADN) en présence de ligase afin de
réaliser le clonage.
3. Dessiner et donner la taille du plasmide obtenu en positionnant les sites des enzymes de
restriction. Comment appelle-t-on le plasmide obtenu après clonage?
4. Le nouveau plasmide obtenu est introduit dans E. coli lequel est cultivé sur milieu gélosé
nutritif solide. Quel est l’antibiotique de sélection des bactéries contenant le nouveau
plasmide que nous devons utiliser ?
A : Tétracycline B : Ampicilline C : Tétracycline et ampicilline

5. Deux colonies bactériennes ont été isolées du milieu solide (voir 4) et cultivées sur milieu
liquide pendant une nuit puis on procède à l’extraction de l’ADN plasmidique bactérien. Quel
liquide doit-on utiliser pour précipiter l’ADN ?
A : Ethanol 100% B : Chloroforme C : Aucun
6. Après extraction de l’ADN plasmidique, on quantifie la concentration de l’extrait à l’aide
d’un spectrophotomètre programmé à 260 nm. On dispose d’une cuve en quartz dont le
diamètre est de 0,5 cm dans laquelle on ajoute 250 µl d’H20 ultra pure et 2 µl d’extrait
d’ADN plasmidique. La cuve contenant ce mélange est placée dans le spectrophotomètre puis
ce dernier affiche une densité optique de 0,02. A l’aide ces valeurs, calculer la concentration
de l’ADN plasmidique contenu dans l’extrait.
A : 125 ng/µl B : 250 ng/µl C: 500 ng/µl D: Autre valeur
7. On digère l’ADN plasmidique (voir 5) avec Hind III puis les produits de digestion ont été
séparés par migration sur un gel d’agarose, colorés au bromure d’éthidium, visualisés aux
rayonnements UV (Figure 2). Les profils obtenus sont-ils ceux attendus ?
A : Oui B : Non
8. Une seconde méthode pour démontrer que le gène Bt est effectivement cloné dans le
plasmide pBM203 consiste à amplifier un fragment du gène Bt (Figure 3) en utilisant l’extrait
de l’ADN plasmidique. La portion du gène Bt à amplifier va du nucléotide 2314 à 2532, les
amorces ayant chacun une longueur de 20 nucléotides. Donner la séquence de chaque amorce.
A : Amorce 1 : 5’aggcacctttgatgagtgct3’ B : Amorce 1 : 3’tccgtggaaactactcacga5’
C : Amorce 2 : 5’ gagagccgaatcgatgcgcg3’ B : Amorce 2 : 3’ctctcggcttagctacgcgc5’

2/2
Figure 1b : Carte de restriction du plasmide pBM203

Enzymes Site de restrictions

BamHI 5’G/GATCC3’
BglII 5’A/GATCT3’
EcoRI 5’G/AATTC3’
EcoRV 5’GAT/ATC3’
HindIII 5’A/AGCTT3’
Figure 1c : Séquences des sites de restriction.
La barre indique le lieu de coupure de l’enzyme

2281 5’tgacgtattt aaagaaaatt acgtcacact atcaggcacc tttgatgagt gctatccaac

2341 atatttgtat caaaaaatcg atgaatcaaa attaaaagcc tttacccgtt atcaattaag
2401 agggtatatc gaagatagtc aagacttaga aatctattta attcgctaca atgcaaaaca
2461 tgaaacagta aatgtgccag gtacgggttc cttatggccg ctttcagccc aaagtccaat
2521 cggaaagtgt ggagagccga atcgatgcgc gccacacctt gaatggaatc ctgacttaga
2581 ttgctcgtgt agggatggag aaaagtgtgc ccatcattcg catcatttct ccttagacat3’
Figure 3 : Portion du gène Bt de Bacillus thuringiensis

Exercice 5
On réalise une extraction d’ADN à partir de jeunes feuilles de niébé puis on se livre à la quantification
de l’extrait. A cet effet, on prélève 2 µl de l’extrait d’ADN auxquels on ajoute 500 µl d’eau ultra pure,
le tout est mélangé et mis dans une cuve en quartz. La cuve est placée dans un spectrophotomètre
lequel nous donne une densité optique de 0,2. Calculer la concentration de l’ADN dans votre extrait
(exprimer l’unité en ng/µl).

Exercice 6

Quelles sont les conséquences de l’intégration d’un rétrotransposon (RT) dans l’expression des gènes
humains comme indiqué en figure 1 (A à E).
 A

Figure 1 : Intégration d’un rétrotransposon (RT) dans un gène X

Exercice 7
L’amorce indiquée ci-dessous peut-elle se fixer sur la séquence 1 ? Si oui représenter la zone
fixation en indiquant l’appariement des bases.

5’CCGATTTCGCCATATCCCCA3’

Séquence 1 :
5’TAGATGTCCAAATATCTGGGGATATGGCGAAATCGGTAGATAATTCTCATAAGGCCC3’

Exercice 8

On introduit un transposon (mPing) (Figure A) dans le Soja (Glycine max) grâce aux
techniques du génie génétique (bombardement à l’aide d’un canon à particules). Trois plantes
(2-9 ; 3-3 ; et 2-5) ont été régénérées puis on suit l’activité du transposon au stade 1 et 2 de
leur développement à l’aide de la PCR. Les résultats obtenus après électrophorèse sont
représentés sur la figure B.

Interpréter d’une façon succincte les résultats obtenus. 8 Pts

 A

Flank For et Flank Rev: amorces

A: Structure de la construction génique introduite dans la plante
B: Résultat de l’amplification obtenue après électrophorèse
M: Marqueur de taille moléculaire
NEG: Témoin négatif (sans transposon)
+mPing: fragment amplifié en présence de mPing
-mPing: fragment amplifié en l’absence de mPing

Exercice 9
Soit le fragment d’ADN (figure 1) dont seules les extrémités sont représentées d’une façon
détaillée. La flèche grisée contient une séquence bornée par un ATG et un codon Stop, codant
une protéine X. On veut digérer ce fragment afin de le cloner dans le plasmide pUC19
représenté sur la figure 2 mais on ne dispose que de deux enzymes de restriction BamHI et
PvUII dont les sites de coupure (restriction) sont :
BamHI : 5’G/GATCC3’
PvUII : 5’CAG/CTG3’
La barre indique les nucléotides entre lesquels la coupure a lieu.
a. Indiquer l’enzyme capable de couper ce fragment (1 pt)
b. Représenter le fragment après coupure en indiquant l’orientation de chaque brin (2 pts)
c. Comment s’appellent les extrémités du fragment obtenu après digestion (2 pts)
d. Avec quelle enzyme faudra-t-il couper le plasmide pUC19 pour pouvoir cloner le
fragment digéré dans le MCS (multiple cloning site ou polylinker) (1 pt)
e. On incube ce fragment et le pUC19 digérés ensemble dans un tube, quelle enzyme
doit-on ajouter pour favoriser leur soudure (1 pt)
f. Si le clonage a réussi, le gène LacZ sera-t-il toujours fonctionnel (1 pt)

Figure 1 : fragment d’ADN codant pour une protéine X

PvUII

Figure 2 : carte du plasmide pUC19, lacZ code pour la β-galactosidase

Exercice 10
La séquence en figure 3 représente celle de la partie codante d’un gène d’hémoglobine de
plante (filao ou Casuarina glauca). On veut amplifier par PCR la région allant de 100 à 460.
Chaque amorce doit avoir une taille de 20 nucléotides.
a. Donner la séquence de chacune des amorces, son orientation et son pourcentage en GC
1 cgctaacaaa gtgagtgtgt gagcttgtga gagaaagaga taaagaaatg gctttgacag
61 agaggcaaga agctttgtta aaacaatcat gggaggtctt gaagcaaaac atccctgggc
121 atagtcttcg tctctttgcc ttgatcatag aagcagcacc agaatccaag tatgtgttct
181 cctttttgaa agactcgaat gaaattcctg aaaataatcc aaagctcaag gcccatgctg
241 cagtgatttt caagacaata tgtgagtcag ccactgagct gcggcaaaaa ggccaggccg
301 tgtgggataa taatactttg aagcgcttgg gttcaattca tcttaagaac aaaatcactg
361 atccacattt tgaggtgatg aaaggagcct tactaggaac aatcaaagag gcagttaaag
421 agaattggag tgatgagatg ggttgtgctt ggactgaagc ctacaaccag ctggttgcca
481 ccatcaaggc tgagatgaaa gaataagcct atcctatatc tttaaattga gatatttaaa
541 tatatgtgtg tacttttatg cacatttact tatatgtatt tgaggtatca acccacatca
601 tacactttca catacttcat gtttgtgatt tgtgtataaa gggtgtaatg cttacaaagg
661 ttctcctagt aggcaagtaa atttcccatc tataataaat aaattttttt attggggttg
721 taaaaaaaaa
Figure 3 : Séquence d’un fragment d’un gène de l’hémoglobine de Casuarina glauca

Exercice 11
Indiquer la ou les réponses justes
a. La RNAase est une enzyme capable de: (1 pt)
digérer des fragments ARN,
digérer des fragments ADN,
ligaturer des acides nucléiques
b. Les techniques de mutagénèse appliquées aux plantes permettent de:
créer de nouvelles variétés végétales
tuer la plante
rendre la plante toxique
c. Chez Vibrio cholerae agent responsable du choléra, les intégrons sont responsables de
la:
Mort de la bactérie
Résistance à de nombreux antibiotiques
Sensibilité à plusieurs antibiotiques
d. Les transposons sont des
Protéines
Fragments ARN mobiles
Fragments ADN mobiles
e. Les MITES et les Hélitrons sont des :
Intégrons
Transposons
Rétrotransposons
f. Le rétrotransposon L1 est responsable chez l’homme:
Du cancer de la peau
Du cancer du sein
Du cancer du colon
De l’hémophilie
Exercice 12

Un fragment d’ADN d’une taille de 5 Kpb isolé chez le Niébé est digéré par des enzymes de
restriction. Les produits de digestion sont faits migrer dans un gel d’agarose puis colorés au
bromure d’éthidium et photographiés sous ultraviolets (Figure 1).
1. Compléter le tableau 1 en indiquant le nombre de sites de restriction pour chaque enzyme.
(5 Pts)
Tableau 1 : Nombre de sites de restriction identifiés
au niveau du génome X
Piste (puits) du Enzyme de Nombre de site de
gel restriction restriction
1 Aucun
2 EcoRI
3 BamHI
4 HindIII
5 PvuII

Figure 1 : Electrophorèse dans gel

d’agarose des fragments obtenus. 1 :
témoin (ADN non digéré)
N.B. : Tous les fragments obtenus
apparaissent sur le gel.
Exercice 13

Le plasmide pBR322 (Fig. 2) contient des gènes de résistance à des antibiotiques (amp :
Ampicilline ; tet : Tétracycline). On veut utiliser ce plasmide pour cloner des fragments. A cet
effet, le plasmide et les fragments à cloner sont digérés au préalable par des enzymes de
restriction représentés dans le Tableau 2. Indiquer dans le Tableau 3 le ou les antibiotiques à
utiliser pour sélectionner les bactéries contenant le plasmide recombinant. (6 Pts)
Tableau 2 : Enzymes et sites de restriction. La barre indique le lieu de coupure

Enzymes Site de restriction

PstI CTGCA/G
EcoRI G/AATTC
EcoRV GAT/ATC

Figure 2 : Carte de restriction du plasmide pBR322

Tableau 3 : Enzymes utilisées pour le clonage

Extrémité du fragment à Enzymes de restriction Antibiotique (s) à utiliser pour la

cloner utilisées pour la digestion du sélection des bactéries contenant le
plasmide plasmide recombinant
PstI + EcoRI PstI + EcoRI
EcoRI + Hind III EcoRI + Hind III
EcoRI + Sal I EcoRI + Sal I
PstI EcoR V
Hind III + Sal I Hind III + Sal I
PstI + Nde I PstI + Nde I

Exercice 14

On veut amplifier un fragment du gène dont le produit est impliqué dans la biosynthèse de
l’amidon (séquence ci-dessous) chez le Niébé.

1141 5’gcttcaacag ttttggaagc aaaggctctt ttgaaagaag ccctccaagc agaagttgga

1201 ttgccggtgg acgaaaaaat tcctctcatt ggtttcattg gtaggcttga agagcaaaag
1261 ggttcagata ttcttgcaga agccattccc caatttatca aggagaatgt tcagctggta
1321 gccctaggaa caggaaaaaa acaaatggaa aaacagcttc aggaacttga aatcgcatac
1381 cctgacaagg ccagaggagt ggcaaaattc aatgttcccc tggcccacat gataattgct
1441 ggtgctgatt ttatattggt tcctagcaga tttgagcctt gtggtctcat tcagttacaa
1501 gctatgcgct atggaacagt acctattgtt gcctcaaccg gtggattagt tgacactgtt
1561 aaagaaggct tcacaggatt tcagatgggt tccttcaatg tagagtgtga agctgtggat
1621 gctgctgatg tggatgctat agcaaagact gtcacaaggg cccttgcagt ctacggaact3’

Choisissez deux amorces de 20 nucléotides chacune parmi celles indiquées ci-dessous sachant
que la région à amplifier va de 1173 à 1663. (5 Pts)

A : 5’GAAAGAAGCCCTCCAAGCAG3’ B : 3’CTTTCTTCGGGAGGTTCGTC5’
C : 5’CAAAGACTGTCACAAGGGCC3’ D : 5’GGCCCTTGTGACAGTCTTTG3’

Exercice 15

Répondre par vrai ou faux

1. Le système SOS induit des mutations dans l’ADN de la cellule. (1 Pt)
2. Lors de la recombinaison réalisée par les tyrosines recombinases il n’y a pas formation de
jonctions de Holliday. (1 Pt)
3. Les intégrons sont des plateformes qui ne peuvent pas capter des ORF par recombinaison
spécifique de site. (1 Pt)
4. Une transposase possède une zone de fixation et de coupure sur les séquences inversées
répétées du transposon qui le code. (1 Pt)
Exercice 16
1. Intérêt du Bromure d’éthidium et précautions en laboratoire
Le transposon indiqué ci-dessous peut être intégré à différents endroits du gène X.
(1) dans un exon du gène X,
(2) à l’extrémité proximale du gène X
(3) , à l’extrémité distale du gène X.
a. Donner les éventuelles conséquences que peut engendrer chacune de ces intégrations. (3
pts)
transposon

début de la transcription

2. La séquence ci-dessous a été isolée du génome de maïs (Zea mays). Elle contient le
transposon mPIF dont la séquence va du nucléotide 1322 au nucléotide 1681 soit 360 bp.
a. Donner la séquence du site d’insertion de ce transposon, justifier votre réponse (5 pts)
Vous avez appris en cours qu’il existe des transposons autonomes qui codent pour une
transposase et des transposons non autonomes ne codant pas pour une transposase.
b. Sachant que le début d’une partie codante est ATG dans quelle catégorie classeriez-vous le
transposon mPIF, justifier votre réponse (5 pts).
c. Quel rôle les transposons de cette catégorie peuvent-ils jouer dans le génome (3 pts)

1261 atgtttgtac actggaatgg atgggacata tatgtaatgt attctgaata cctttctctt

1321 acgctccgtt tggatcatta gaatcgaatt ccattctaat aatagtaatt agccatatat
1381 caattaagat aatttggttt tatacaaaat atatttgtat attattatta gcaagatgtc
1441 gaagatattt atgtgttaca tttttactat aaaggagtga gacgaagagt gttgtataag
1501 ttacatagtc gaaacaaatt ctactaatga ataaaatcat tttccatcct ccacccaata
1561 aatttgacat atgtttatat ctgaactttg gaatgtggtg gaatgccaaa tttcaaacta
1621 aataagttat tttattgagt gaatttcaat ttctctaaaa tgaagggatc taaacgcccc
1681 gttagcgaaa taggacgaat ggtggggata
3. Le Tableau 1 indique la liste des enzymes dont vous disposez pour digérer le transposon
mPIF.
a. Indiquer la ou les enzyme (s) pouvant digérer mPIF et donner à l’appui le type de coupure
avec représentation de la ou des zone(s) coupée(s) (2 pts)
La barre indique les nucléotides entre lesquels la coupure a lieu.

Enzymes Site de restrictions

BamHI G/GATCC
BglII A/GATCT
EcoRI G/AATTC
HindIII A/AGCTT

b. Donner la nomenclature de EcoRI (1 pt)

Exercice 17

On veut amplifier par PCR la région allant du nucléotide 3 au nucléotide 255 du fragment
représenté ci-dessous. A cet effet, on choisit deux amorces de 20 nucléotides chacune.
L’amorce de gauche est appelée amorce 1 et celle de droite amorce 2
1 5’ctccggaaag ctggcaaagt tactgtgagg gagtcaagtt tgaaaaagtt gggtgcttcc
61 cactttaaac atggagtggc cgatgaacac tttgaggtag tatccccacc catctggaaa
121 tgtcctgtca ataaataagc tgtaaatgct tatctttcaa tttagtaact aagtggctga
181 ttcttttcct gcctttgtaa atggctcaca ggtaacaaaa tttgcgttgc tggaaacaat
241 caaggaagca gtcccag3’
La séquence de l’amorce 1 est : 3 Pts
A: 5’ctccggaaagctggcaaagt3’
B : 5’ccggaaagctggcaaagtta3’
C: 3’ccggaaagctggcaaagtta5’
D: 3’ggcctttcgaccgtttcaat5’
La séquence de l’amorce 2 est :
A: 5’acaatcaaggaagcagtccc3’
B: 3’acaatcaaggaagcagtccc5’
C: 3’tgttagttccttcgtcaggg5’
D: 3’ttgttagttccttcgtcagg5’

Exercice 18

On réalise une extraction d’ADN d’un fragment d’une jeune feuille de plante puis évalue la
densité optique (D.O.) aux longueurs d’ondes 260 nm, 280 nm, 230 nm et on trouve
respectivement 0,047 ; 0,026 et 0,12. Pour calculer le degré de contamination en protéines on
procède de la façon suivante :
A: DO260/DO230
B: DO260/DO280
C: DO280/DO260
D: on ne peut pas calculer le degré de contamination en protéines
Si on peut calculer le degré de contamination en protéines de l’extrait quelle est votre
conclusion?
A: pas de contamination en protéines
B: forte contamination en protéines
C: On ne peut pas calculer le degré de contamination en protéines
Exercice 19
Pour séquencer le génome d’une espèce végétale les méthodes classiques étaient basées sur
l’extraction de l’ADN, digestion puis clonage des fragments dans des :
A: Plasmides
B: Cosmides
C: BAC ou YAC

Exercice 20
Agrobacterium tumefaciens possède
A: un plasmide uniquement
B: un chromosome uniquement
C: Un chromosome et un plasmide

Exercice 21

On incube l’enzyme de restriction XhoI avec le fragment ci-dessous sachant que son site de
restriction c/tcgag (le lieu de coupure est indiqué par la barre).

gagccggagctatccctgttacgtgcgctatataagctactcgagatttgccagtaagtcccataacagtagccatttttccaacgctcctg

Après incubation, que doit-on obtenir ?

A: pas de coupure du fragment
B: coupure avec extrémités 5’ débordantes
C: Coupure avec extrémités 3’ débordantes
D: coupure avec extrémités franches

Exercice 22
1. Citer deux agents chimiques mutagènes étudiés en cours.
2. Un transposon non autonome a un gène qui code pour une transposase.
Réponse
a. vrai b. faux
3. Agrobacterium tumefaciens est une bactérie phytopathogène qu’on peut utiliser pour
introduire un gène dans :
Réponse : A : Plante B : Animale C : un plasmide
3. La séquence ci-dessous représente celle d’une portion d’un gène d’ATPase de la Luzerne
choisissiez les amorces permettant d’amplifier la région du nucléotide 1822 à 2071. Les
amorces ont chacune une longueur de 20 nucléotides.

1741 aagctggaca ataatgctaa gaacctcata ttacaagctc ttcatgagat gtccaccagt

1801 gcattacgct gtttgggatt tgcctacaag gacgagctca ctaattttga aaactataat
1861 gggaacgagg atcatccagc ccaccagctt ttgcttgacc ctaacaatta ttcatcaatt
1921 gaagatgaac tcatttttgt tggcttggtt ggattgaggg atcctcctag ggaggaggtt
1981 taccaggcaa ttgaagactg cagagcagct ggaattcgtg ttatggttat aacaggagac
2041 aacaaaaaca ctgctgaagc tatatgccgt gaaataggtg tatttgcacc caatgaaaac
2101 attagttcaa aaagtttaac
Réponse
A : 5’GTGAGCTCGTGGTTAGGC3’ B : 5’ GCCTACAAGGACGAGCTCAC3’
C : 3’GTGCCGTATATCGAAGTCGT5’ D : 5’CACGGCATATAGCTTCAGCA3’
4. On veut établir une carte de restriction de ce fragment du gène d’ATPase à l’aide des
enzymes indiqués dans le tableau. Compléter le tableau ci-dessous après digestion du
fragment.

Enzymes Site de restriction Nombre de coupures Type de coupure Type d’extrémités

BamHI 5’g/gatcc3’
MunI 5’c/aattg3’
Ecl136II 5’gag/ctc3’
PstI 5’ctgca/g3’
BglII 5’a/gatct3’
NB : La barre indique le lieu de coupure de l’enzyme
5. Peut-on cloner ce fragment de gène d’ATPase dans le plasmide ci-dessous en utilisant au
préalable les enzymes figurant dans le tableau ?

Exercice 23
Soit le fragment d’ADN (figure 1) dont seules les extrémités sont représentées d’une façon
détaillée. La flèche grisée contient une séquence bornée par un ATG et un codon Stop, codant
une protéine X. On veut digérer ce fragment afin de le cloner dans le plasmide pUC19
représenté sur la figure 2 mais on ne dispose que de deux enzymes de restriction BamHI et
PvUII dont les sites de coupure (restriction) sont :
BamHI : 5’G/GATCC3’
PvUII : 5’CAG/CTG3’
La barre indique les nucléotides entre lesquels la coupure a lieu.
g. Indiquer l’enzyme capable de couper ce fragment (1 pt)
h. Représenter le fragment après coupure en indiquant l’orientation de chaque brin (2 pts)
i. Comment s’appellent les extrémités du fragment obtenu après digestion (2 pts)
j. Avec quelle enzyme faudra-t-il couper le plasmide pUC19 pour pouvoir cloner le
fragment digéré dans le MCS (multiple cloning site ou polylinker) (1 pt)
k. On incube ce fragment et le pUC19 digérés ensemble dans un tube, quelle enzyme
doit-on ajouter pour favoriser leur soudure (1 pt)
l. Si le clonage a réussi, le gène LacZ sera-t-il toujours fonctionnel (1 pt)

Figure 1 : fragment d’ADN codant pour une protéine X

 Figure 2 : carte du plasmide pUC19, lacZ code pour la β-galactosidase

Exercice 24
La séquence en figure 3 représente celle de la partie codante d’un gène d’hémoglobine de
plante (filao ou Casuarina glauca). On veut amplifier par PCR la région allant de 100 à 460.
Chaque amorce doit avoir une taille de 20 nucléotides.
a. Donner la séquence de chacune des amorces, son orientation et son pourcentage en GC (6
pts)
1 cgctaacaaa gtgagtgtgt gagcttgtga gagaaagaga taaagaaatg gctttgacag
61 agaggcaaga agctttgtta aaacaatcat gggaggtctt gaagcaaaac atccctgggc
121 atagtcttcg tctctttgcc ttgatcatag aagcagcacc agaatccaag tatgtgttct
181 cctttttgaa agactcgaat gaaattcctg aaaataatcc aaagctcaag gcccatgctg
241 cagtgatttt caagacaata tgtgagtcag ccactgagct gcggcaaaaa ggccaggccg
301 tgtgggataa taatactttg aagcgcttgg gttcaattca tcttaagaac aaaatcactg
361 atccacattt tgaggtgatg aaaggagcct tactaggaac aatcaaagag gcagttaaag
421 agaattggag tgatgagatg ggttgtgctt ggactgaagc ctacaaccag ctggttgcca
481 ccatcaaggc tgagatgaaa gaataagcct atcctatatc tttaaattga gatatttaaa
541 tatatgtgtg tacttttatg cacatttact tatatgtatt tgaggtatca acccacatca
601 tacactttca catacttcat gtttgtgatt tgtgtataaa gggtgtaatg cttacaaagg
661 ttctcctagt aggcaagtaa atttcccatc tataataaat aaattttttt attggggttg
721 taaaaaaaaa
Figure 3 : Séquence d’un fragment d’un gène d’hémoglobine de Casuarina glauca

Exercice 25
Indiquer la ou les réponses justes
a. La RNAase est une enzyme capable de: (1 pt)
digérer des fragments ARN,
digérer des fragments ADN,
ligaturer des acides nucléiques
b. Les techniques de mutagénèse appliquées aux plantes permettent de: (1 pt)
créer de nouvelles variétés végétales
tuer la plante
rendre la plante toxique
c. Chez Vibrio cholerae agent responsable du choléra, les intégrons sont responsables de
la: (1 pt)
Mort de la bactérie
Résistance à de nombreux antibiotiques
Sensibilité à plusieurs antibiotiques
d. Les transposons sont des (1 pt)
Protéines
Fragments ARN mobiles
Fragments ADN mobiles
e. Les MITES et les Hélitrons sont des : (1 pt)
Intégrons
Transposons
Rétrotransposons
f. Le rétrotransposon L1 est responsable chez l’homme: (1 pt)
Du cancer de la peau
Du cancer du sein
Du cancer du colon
De l’hémophilie

Exercice 26
1. On veut amplifier par PCR la région allant du nucléotide 43 au nucléotide 143 du fragment
représenté ci-dessous en vue de l’utiliser comme sonde.
a. Choisissez deux amorces qu’on peut utiliser pour amplifier ladite région sachant que
l’amorce sens et antisens ont respectivement une longueur de 18 et 20 nucléotides. Parmi les
amorces proposées (A, B, C, D, E) choisir celles qui peuvent amplifier cette région ?
1 5’tggttggaac ttaccaagta ataattttca aattcagaga aaccctggaa ttcacaatgg
61 gcaatcctga gccaaatcct gttttctgaa aacaaagaaa aattcagaaa gttataataa
121 aaaagggata ggtgcagaga ctctatggaa gctgttctaa caaacgaaat tgacgacttt
181 ttttattgca ttagtaaaag aatcctttca ccaaaattac aggaatggat cactgaaata 3’

A. 5’CCCTGGAATTCACAATGG 3’ B. 5’CCATTGTGAATTCCAGGG 3’
C. 5’ AGGGATAGGTGCAGAGACTC 3’ D. 5’GAGTCTCTGCACCTATCCCT 3’
E. autres

b. Chez les individus à peau blanche, le fragment d’ADN représenté ci-dessus, sous
l’influence des UV peut subir une altération, laquelle ? Quelle peut être la conséquence de
cette altération ?

2. On réalise une extraction d’ADN d’un fragment d’une jeune feuille de plante. On prélève 4
µl de l’extrait d’ADN puis on le met dans une cuve dont le trajet optique (diamètre) est de 0,5
cm et on ajoute 500 µl d’eau ultra pure. Après avoir homogénéisé, la cuve est placée dans un
spectrophotomètre puis on évalue la densité optique (D.O.) avec les longueurs d’ondes 260
nm, 280 nm, 230 nm et on trouve respectivement 0,05; 0,03 et 0,14. On vous rappelle qu’une
unité de densité optique pour une solution d’ADN pure dans une cuve de 1 cm de diamètre est
50 µg/ml.
a. Quelle type de cuve doit-on utiliser ?
b. Calculer la concentration en ADN (en ng/µl) de l’extrait obtenu.
c. Calculer le degré de contamination en protéines et en polysaccharide.
d. L’extrait d’ADN est-il contaminé en protéines et en polysaccharides?

3. Le plasmide pBR322 ci-dessous possède un seul site de restriction EcoRI (G/AATTC) sur
lequel on réalise les opérations suivantes :
a. on incube pBR322 avec EcoRI
b. après le traitement en (a) on ajoute une phosphatase alcaline
c. Quelque temps après le traitement (b) on ajoute une T4 polynucléotide kinase en présence
d’ATP
d. on incube le fragment obtenu en (c) avec un fragment X ci-dessous digéré avec EcoRI et on
ajoute une T4 ligase en présence d’ATP
e. Schématiser la réaction qui se déroule à chaque étape.

pBR322

Représentation schématique du plasmide pBR322

La barre indique le lieu de coupure au niveau du site de restriction de EcoRI

Exercice 27
1. on veut mettre en évidence dans le génome de la variété X d’arachide (Arachis hypogea), la
présence du gène Ara h 2.02 qui code pour une protéine responsable de l’allergie chez
l’homme. On synthétise par PCR, une sonde complémentaire au fragment du gène Ara h 2.02.
Sachant qu’on amplifie la région du gène Ara h 2.02 allant de 66 à 300, choisissez parmi les
amorces A, B, C et D le couple d’amorces sens et antisens (20 nucléotides chacune) à utiliser.
Quelle est la longueur du fragment amplifié ?
1- 5’atggccaagc tcaccatact agtagccctc gcccttttcc tcctcgctgc ccacgcatct
61 gcgaggcagc agtgggaact acaaggagac agaagatgcc agagccagct cgagagggcg
121 aaccttaggc cctgcgagca acatctcatg cagaaaatcc aacgtgacga ggattcatat
181 ggacgggacc cgtacagccc tagtcaggat ccgtacagcc ctagtcagga cccggacaga
241 cgtgatccgt acagccctag tccatatgat cggagaggcg ctggatcctc tcagcaccaa
301 gagaggtgtt 3’
Figure 1: Séquence de l’exon 1 du gène Ara h 2.02.
Séquence des amorces proposées
A. 5’gcagcagtgggaactacaag3’ B. 5’ctggatcctc tcagcaccaa3’
C. 5’cttgtagttcccactgctgc3’ D. 5’ttggtgctgagaggatccag3’

b. La sonde doit-elle avoir nécessairement la même longueur que le gène à détecter ?

2. Des graines de la variété X d’arachide (Arachis hypogea) sont immergées dans une solution
contenant 1,2% d’acide sulfonique éthyl méthane (EMS) pendant 4 h 30 min, rincées à l’eau
puis semées au champ pour obtenir des plantes lesquelles produisent des graines M2. On sème
ces graines M2 pour obtenir des plantes M3. On séquence à nouveau l’exon 1 du gène de Ara
h 2.02 chez les plantes M3. Le début de la séquence est représenté ci-dessous.

1- 5’atagccaagc tcaccatact agtagccctc gcccttttcc tcctcgctgc ccacgcatct 3’

Figure 2: Début de séquence de l’exon 1 du gène Ara h 2.02.

a. Au vu des séquences présentées sur les figures 1 et 2, l’acide sulfonique éthyl méthane
(EMS) a-t-il un effet sur l’ADN ? Si oui lequel ?

b. Est-il probable que les graines des plantes M3 produisent une protéine allergène ? Justifiez
votre réponse.

3. Choisissez la bonne réponse

1. Une banque d’ADNc est produite à partir des :

A. ARNt B. ARNm C. ARNr D. ADN génomique

2. le rétrotransposon L1 peut avoir des conséquences sur :

A. le transcriptome B. le génome

3. Les éléments SINE sont des rétrotransposons :

A. avec Séquence LTR B. sans séquence LTR C. autonomes
D. non autonomes

4. Chez la drosophile, la dysgénésie des hybrides est causée par :

A. L’élément P B. la non excision de l’intron 3 de l’élément P dans les cellules
germinales C. la non excision de l’intron 3 de l’élément P dans les cellules somatique

5. L’expression du gène CI chez le phage Lambda :

A. Induit la lysogénie B. Induit le cycle lytique C. Induit la transcription du gène
Cro
D. Favorise la transcription à partir du promoteur PRM

6. La DNAse I est capable de couper l’ADN simple ou double au hasard.

Vrai Faux

7. La RNA ligase est capable de ligaturer une extrémité 5’-phosphate et une extrémité 3‘-OH
d’un acide nucléique simple brin.
Vrai Faux
8. La ribonucléase H clive la chaine d'ADN à partir de l'extrémité 3' des duplex ADN/ARN
libérant un ARN simple brin.
Vrai Faux

9. On réalise par la technique de Sanger, le séquençage d’un fragment d’ADN dont le résultat
est représenté sur la figure ci-dessous. Donner la séquence et l’orientation du fragment lu. 2
Pt

Sens de
migration