Génie Génétique

Exercices et résolutions
 Exercices

1) Parmi ces molécules, lesquelles :

a) contiennent du ribose
b) contiennent du désoxyribose
c) contiennent une purine
d) contiennent une pyrimidine
e) contiennent de la guanine
f) sont des nucléosides
g) sont des nucléotides
h) se trouvent dans l’ARN
i) se trouvent dans l’ADN

2
 Exercices

2) Indiquer les extrémités 5’ et 3’ de la molécule A

3
 Exercices

3) Un plasmide peut exister sous les

trois formes ici à droite.
Lors de l’analyse d’un plasmide sur gel
d’agarose après coupure unique par
une enzyme de restriction, on obtient
l’image en-dessous à droite.

Identifier ces trois formes sur le gel

(flèches 1, 2, 3)

1
2

4
 Exercices

4) Voici deux séquences d’ADN double brin. Laquelle nécessite le moins

d’énergie pour séparer les deux brins complémentaires ? Justifiez.

A 5’-TTACACCATGTTAGAGGAATCACATAGCTAACA-3’
3’-AATGTGGTACAATCTCCTTAGTGTATCGATTGT-5’

B 5’-TTACACAATGTTAGATTAATCACATAGTTAACA-3’
3’-AATGTGTTACAATCTAATTAGTGTATCAATTGT-5’

5
 Exercices

5) Voici la séquence d’un des deux bris d’un ADN bicaténaire (double brin),
correspondant à un gène fictif.

5'-TTACACCATGTTAGAGGAGTCACATAGCTAACA-3’

a) Ecrire son brin complémentaire.

b) Que va donner la réplication?
c) Voici la séquence d’une amorce ARN synthétisée par une primase :

5’ - UCCUCU- 3’

Où cette amorce se fixera-t-elle sur la séquence d’ADN ?

d) Quelle séquence obtiendra-t-on après élongation par la DNA-polymérase ?
e) Sur l’ADN double brin, quel est le brin codant?
f) Que va donner la transcription?
g) Que va donner la traduction?

6
 Exercices
6) L'ADN d’un cosmide recombinant de 48,6
kpb a été hydrolysé par l'enzyme de
restriction Sal I. Cet ADN est analysé par
électrophorèse sur gel d’agarose (pistes 2 et
4). Un marqueur de taille (l'ADN du phage
lambda hydrolysé par l'enzyme de
restriction Hind III ) est déposé dans les
puits 1 et 3. Ce marqueur de taille est un
mélange équimolaire de fragments d’ADN
de tailles connues. La quantité d’ADN total
déposé dans les puits 1 et 2 est le double de
celle des puits 3 et 4. Après coloration par le
bromure d’ethidium, l’image suivante est
obtenue.

7
 Exercices

a. À l’aide des valeurs du tableau I, tracer la courbe étalon :

Log taille(pb) = f(distance de migration).

b. À partir de cette courbe, déduire la taille des fragments issus de la digestion par
l'enzyme de restriction Sal I de l'ADN du cosmide recombinant (pistes 2 et 4).

8
 Exercices

c. La somme des tailles des fragments obtenus vous semble-t-elle en accord avec la taille
attendue de 48,6 kpb ?

d. Le bromure d’ethidium s'intercale entre les bases de l'ADN de manière uniforme sur
une molécule d'ADN linéaire. Étudiez attentivement la photo du profil de restriction, que
remarquez vous? Qu’en déduisez-vous ?

9
 Exercices
7) Vous voulez étudier un fragment d'ADN de 536 paires de base correspondant à la
région régulatrice située en amont (5') du gène de votre protéine favorite. Cette
séquence est la suivante :

Brin sens :
5' GATTCAGGAGATTCACAC- - 500 nucléotides- -TCGGTACAGCTATACAGG 3'

Brin antisens:
3' CTAAGTCCTCTAAGTGTG- - 500 nucléotides- -AGCCATGTCGATATGTCC 5'

Parmi les 8 amorces suivantes quelles sont les 2 amorces (à désigner par leurs lettres)
qui permettront l'amplification par PCR de ce fragment ?
a) 5' GATTCAGGAGATTCACAC 3‘
b) 5' CTAAGTCCTCTAAGTGTG 3'
c) 5' CACACTTAGAGGACTTAG 3'
d) 5' TCGGTACAGCTATACAGG 3'
e) 5' AGCCATGTCGATATGTCC 3'
f) 5' GTGTGAATCTCCTGAATC 3'
g) 5' CCTGTATAGCTGTACCGA 3'
h) 5' GGACATATCGACATGGCT 3'
10
 Exercices

8) On veut effectuer une amplification génique in vitro du fragment compris entre les
nucléotides 5 et 100 (inclus) de la séquence indiquée ci-dessous :

5’ GTGCATGAGC ATACATCTTG AAAAAAAAAG ATGAAAAATT TCGACTTTAA

GCTCGCTGTC TTACCTTTTA AAATCTTCTA CTTCTTGACA GTACTTATCT
TCTTA 3’

Quelles seront les séquences du couple d’amorces, chacune longue de 15

nucléotides qu’il faudra utiliser ?

11
 Exercices

9) La protéine Myoser est codée par un gène qui contient 3 exons (Figure 1).
Ce gène est impliqué dans l'atrophie des muscles striés chez une souche de
souris appelée Mdx. Pour déterminer l'origine de ce phénotype, l'expression du
gène Myoser est étudiée par Northern blot et par Western blot avec différents
tissus de souris contrôles et de souris Mdx (Figure 2).

a. Analyser et interpréter les résultats obtenus dans ces expériences de

Northern Blot et de Western Blot.

b. Est-ce que la taille de l'ARNm Myoser, chez les souris contrôles, est en
accord avec la structure du gène Myoser

12
Exercices

13
 Exercices

10) Un fragment linéaire d’ADN est coupé, d’une part par HindIII et d’autre
part par SmaI, puis par les deux enzymes ensemble. Les fragments obtenus
sont les suivants :
 
HindIII 2,5 kb et 5 kb
SmaI 2 kb et 5,5 kb
HindIII et SmaI 2,5 kb, 3 kb et 2 kb

Dessinez la carte de restriction.

14
 Exercices

11) La séquence d’un ADN bicaténaire (double brin), correspondant à un

gène, est partiellement reportée ci-dessous.

5’ ATACGGGATCCGAGCTCTCGATCGTCTGCAGAAATTCC 3’  

Soient les enzymes de restriction BamH I, Pst I, Xho I et Mbo I dont les sites
reconnus sont :
BamH I : 5' G/GATCC 3'
Pst I : 5' CTGCA/G 3'
Xho I : 5' C/TCGAG 3'
Mbo I : 5' /GATC 3‘

a. Recopier la séquence de l’ADN double brin et encadrer les sites de

restriction en indiquant la position des coupures.

b. Pour chaque enzyme, écrire les séquences des extrémités des molécules
d’ADN digérées et préciser le type d’extrémités obtenu.

15
 Exercices

12) Vous avez purifié de l’ADN (mais vous ne savez pas s’il est linéaire ou
circulaire) et vous voulez localiser des sites de restriction sur cet ADN.
• Après digestion par EcoRI, vous obtenez les fragments 1 et 2.
• Après digestion de chacun de ces fragments par HindIII, vous trouvez que
le fragment 1 donne deux sous-fragments (11 et 12).
• Après digestion de la molécule entière par HindIII, vous récupérez un
fragment A.

Dessinez la carte de restriction de ce segment d’ADN.

16
 Exercices

13) Un plasmide bactérien circulaire contenant un gène de résistance à

la tétracycline a été coupé par l’enzyme de restriction BglII.
L’électrophorèse montre une bande de 14 kb.

• Le plasmide a été coupé par EcoRV et l’électrophorèse a produit deux

bandes de 2,5 kb et 11,5 kb.
• La digestion conjointe par les deux enzymes a donné trois bandes, de
2,5 kb, 5,5 kb et 6 kb.
• L’ADN du plasmide coupé par BglII a été mélangé et ligaturé avec des
fragments de l’ADN donneur également coupé par BglII pour former
des molécules d’ADN recombinant. Tous les clones recombinants
sont sensibles à la tétracycline.

Que peut-on déduire de ces résultat ?

17
 Exercices

14) Soit le plasmide suivant où on a cloné le gène A de 1 kb:

9 kb Gène A

12 kb 0 kb

Ori (1 kb)

Ce plasmide est coupé par EcoRI. On obtient trois fragments: un de 1 kb

qui correspond au gène A, un de 4 kb qui contient l’origine de réplication
et un dernier de 7 kb.

Ce plasmide est coupé par BamHI. On obtient trois fragments: un de 3

kb qui contient l’origine de réplication, un de 6,8 kb qui contient une
partie du gène A et un de 2,2 kb qui contient aussi une partie du gène A.
Un des sites de restriction se trouve en position 0 du plasmide.

Etablir la carte de restriction de ce plasmide.

18
 Exercices
14) Suite
• Calculer la taille des fragments de restriction obtenus lors de la
double digestion du plasmide.
• Dessiner l’allure du gel d’électrophorèse obtenu lors des deux simples
digestions et lors de la double digestion.

• Dans une expérience de Southern Blot, on utilise comme sonde le

fragment de 200 bp obtenu lors de la double digestion.
o Quel(s) fragment(s) généré(s) par EcoRI s’hybridera avec la
sonde?
o Quel(s) fragment(s) généré(s) par BamHI s’hybridera avec la
sonde?

19
 Exercices
15) Une même quantité de DNA double brin d’un virus est complètement hydrolysée
par différentes enzymes de restriction utilisées seules (digestions simples) ou
conjointement (digestions doubles). Après séparation par électrophorèse en gel
d’agarose, la taille des fragments générés est estimée (tableau ci dessous).
 
Enzymes utilisées Tailles des fragments en Kpb
BamH I 6 et 12
Hind III 6 et 12
Sal I 2 et 16
BamH I + Hind III 6
BamH I + Sal I 2, 6 et 10
Hind III + Sal I 2, 4 et 12

Etablir la carte des sites de restriction.

20
 Exercices

16) On s’intéresse à une portion d’ADN présentant 4 sites de coupure par l’enzyme
de restriction EcoR I, selon la carte de restriction représentée sur le schéma ci-contre
(taille en pb).

On dispose des amorces pour amplifier spécifiquement un fragment de 1100 pb

incluant les 4 sites de coupure de A à D.
On soumet l’ADN amplifié à l’action de EcoR I et on analyse les fragments par
électrophorèse et puis par southern blot (la révélation est assurée soit par une sonde
radioactive x*, soit par une sonde radioactive y*, qui reconnaissent spécifiquement
la portion d’ADN d’intérêt comme indiqué sur le schéma.

21
 Exercices
16) Suite
a. Positionner sur le gel d’électrophorèse I ci-contre les fragments obtenus lorsque
les 4 sites de coupure sont présents (P1) et dans l’hypothèse où le site C a
disparu (P2).

b. Positionner sur le schéma de Southern blot II les fragments révélés par

autoradiographie avec la sonde x* lorsque les 4 sites de coupure sont présents
(P1) et dans l’hypothèse où le site C a disparu (P2).

c. Même question avec la sonde y* (autoradiogramme III).

22
 Exercices

17) Trois méthodes d’extraction d’ADN plasmidique sont réalisées en

parallèle sur la même quantité du même échantillon biologique:
- Méthode A: extraction au phénol,
- Méthode B: précipitation dans l’iodure de sodium,
- Méthode C: extraction par chromatographie sur colonne
échangeuse d’anions.

Les résultats sont les suivants:

- Méthode A: A258nm = 0,65 et A260nm/A280nm = 1,8
- Méthode B: A259nm = 0,45 et A260nm/A280nm = 1,6
- Méthode C: A257nm = 0,55 et A260nm/A280nm = 1,8

Calculez les concentrations en ADN dans les trois extraits et

comparez les méthodes employées.

23
 Exercices

18) On souhaite étudier la fonctionnalité d’un

gène M d’une bactérie. Pour cela, on essaie de
cloner au site EcoRI du vecteur plasmidique
pBR330 (voir schéma) un fragment Eco RI-Eco
RI d'ADN génomique de la bactérie d’intérêt.
a. Proposez un protocole de clonage et indiquez
comment vous sélectionnez les clones
recombinants.
Un des plasmides recombinants contenant le
gène M (appelé pBM1) est digéré par les
enzymes de restriction Bam HI et Eco RI. Après
migration et séparation des fragments d'ADN par
électrophorèses sur gel d'agarose puis coloration
au bromure d'éthidium, on obtient les profils de
restriction ci contre.
b. Donnez la carte de restriction du plasmide
recombinant pBM1.

24
 Exercices

19) Un petit fragment d’ADN a été séquencé selon la

méthode d’interruption des chaînes. Une fois la
réaction de séquence terminée, la taille des
fragments obtenus est déterminée par une
chromatographie. Le séquenceur automatique
pourvu d’une source laser ou infra-rouge qui excite
les fluorochromes portés par les ddNTP, détecte la
fluorescence sortant des colonnes de
chromatographie, repérant ainsi les fragments
d'ADN et leur taille précise. Le résultat est présenté
sous forme de courbes présentant la fluorescence
détectée, et l'interprétation qui en est faite en
terme de nucléotides.
Donnez la séquence du brin amplifié et du brin
modèle.

25
 Exercices

20) Vous disposez d’un brin d’ADN à séquencer (matrice), d’une amorce, d’une ADN
polymérase (fragment de Klenow), des quatre 2’-désoxyribonucléotides (dNTP) et d’un jeu
des différents 2’,3’-didésoxyribonucléotides (ddNTP). L’amorce est radiomarquée par du
phosphore radioactif 32P. L’ADN matriciel à séquencer 5’- ACGTAATCGC----3’ comporte, à
son extrémité 3’, une séquence supplémentaire (représentée ici par un segment de droite
en pointillé) sur laquelle l’amorce va s’hybrider, créant ainsi le site d’initiation de l’ADN
polymérase.

Complétez le tableau suivant en indiquant la composition des différents milieux

réactionnels et, pour chaque milieu, la séquence et la taille des fragments néosynthétisés.

26
 Exercices

20) (suite) Sur le gel ci-dessous, représentez la taille des fragments néosynthétisés dans
chaque milieu réactionnel (utilisez l’échelle de taille représentée à gauche du schéma) et
reportez, à droite, la séquence du brin synthétisé puis la séquence recherchée, en
indiquant le sens de lecture des séquences établies.

27
 Exercices

21) L’autoradiographie ci-jointe provient de l’étude qui a fourni la première séquence

du gène de la mucoviscidose (J.R. Riordan et al. 1989. Science 245: 1066-1073).
Lisez sur l’autoradiographie la séquence de l’allèle mutant morbide (à droite).
Indiquez la position de la mutation responsable de la mucoviscidose.

CTAG CTAG

28
 Solutions des Exercices

1) Parmi ces molécules, lesquelles

a) contiennent du ribose : B
b) contiennent du désoxyribose : A, C
c) contiennent une purine : A
d) contiennent une pyrimidine : B, C, D
e) contiennent de la guanine : A
f) sont des nucléosides : B
g) sont des nucléotides : A, C
h) se trouvent dans l’ARN : B
i) se trouvent dans l’ADN : A, C et D

29
 Solutions des Exercices

2) Indiquer les extrémités 5’ et 3’ de la molécule A

5’

3’

30
 Solutions des Exercices

3) Un plasmide peut exister sous les

trois formes ici à droite. 3
Lors de l’analyse d’un plasmide sur gel
d’agarose après coupure unique par
une enzyme de restriction, on obtient 1
l’image en-dessous à droite. 2

Identifier ces trois formes sur le gel

(flèches 1, 2, 3)

1
2

31
 Solutions des Exercices

4) Voici deux séquences d’ADN double brin. Laquelle nécessite le moins

d’énergie pour séparer les deux brins complémentaires ? Justifiez.

A 5’-TTACACCATGTTAGAGGAATCACATAGCTAACA-3’
3’-AATGTGGTACAATCTCCTTAGTGTATCGATTGT-5’

B 5’-TTACACAATGTTAGATTAATCACATAGTTAACA-3’
3’-AATGTGTTACAATCTAATTAGTGTATCAATTGT-5’

A : 21 A-T et 12 G-C
B : 25 A-T et 8 G-C
C’est donc l’ADN B qui demandera le moins d’énergie pour séparer les
deux brins étant donné qu’il y a plus de paires de bases A-T se liant par
2 pont H alors que les paires de bases G-C se lient par 3 ponts H. Plus
il y a de paires de bases G-C, plus il faut de l’énergie pour séparer les
deux brins.

32
 Solutions des Exercices

5) Voici la séquence d’un des deux bris d’un ADN bicaténaire (double brin),
correspondant à un gène fictif.

5'-TTACACCATGTTAGAGGAATCACATAGCTAACA-3’
3'-AATGTGGTACAATCTCCTTAGTGTATCGATTGT-5‘
a) Ecrire son brin complémentaire (en vert ci-dessus).
b) Que va donner la réplication?

5'-TTACACCATGTTAGAGGAATCACATAGCTAACA-3’
3'-AATGTGGTACAATCTCCTTAGTGTATCGATTGT-5‘

5'-TTACACCATGTTAGAGGAATCACATAGCTAACA-3’
3'-AATGTGGTACAATCTCCTTAGTGTATCGATTGT-5‘

c) Voici la séquence d’une amorce ARN synthétisée par une primase :5’-UCCUCU-3’
Où cette amorce se fixera-t-elle sur la séquence d’ADN ?
5'-TTACACCATGTTAGAGGAATCACATAGCTAACA-3’
3'-UCUCCU-5‘uuu

33
 Solutions des Exercices

5) Voici la séquence d’un des deux brins d’un ADN bicaténaire (double brin),
correspondant à un gène fictif.
5'-TTACACCATGTTAGAGGAGTCACATAGCTAACA-3’

d) Quelle séquence obtiendra-t-on après élongation par la DNA-polymérase ?

5’-UCCUCUAACATGGTGTAA-3’
Amorce ARN ADN synthétisé par l’ADN polymérase I (Réplication)
L’ADN polymérase ajoute les nouveaux nucléotides du côté 3’.

e) Sur l’ADN double brin, quel est le brin codant?

5'-TTACACCATGTTAGAGGAATCACATAGCTAACA-3’
f) Que va donner la transcription?
5'-UUACACCAUGUUAGAGGAAUCACAUAGCUAACA-3’
Start Stop
g) Que va donner la traduction?
Nt-Met-Leu-Glu-Glu-Ser-His-Ser- Ct
34
 Solutions des Exercices
6)
phage l cosmide
mig cm taille pb log pd Mig cm taille log pb
2,3 23600 4,373 2,8 11559 4,063
3,2 9630 3,984 3,2 10358 4,015
4,1 6630 3,822 3,6 9282 3,968
5,4 4330 3,636 4,1 8093 3,908
8,2 2250 3,352 6,5 4190 3,622
8,8 1980 3,297
14,7 560 2,748
taille: 43482 pb

5.000

4.500

4.000 f(x) = − 0.119133394142459 x + 4.39644356524067

R² = 0.93870205277075
3.500

3.000

2.500

2.000

1.500

1.000

0.500

0.000
0 2 4 6 8 10 12 14 16

35
 Solutions des Exercices
7)
a) 5' GATTCAGGAGATTCACAC 3‘
b) 5' CTAAGTCCTCTAAGTGTG 3'
c) 5' CACACTTAGAGGACTTAG 3'
d) 5' TCGGTACAGCTATACAGG 3'
e) 5' AGCCATGTCGATATGTCC 3'
f) 5' GTGTGAATCTCCTGAATC 3'
g) 5' CCTGTATAGCTGTACCGA 3'
h) 5' GGACATATCGACATGGCT 3'

8) Quelles seront les séquences du couple d’amorces, chacune longue de 15

nucléotides qu’il faudra utiliser ?

5’- ATGAGCATACATCTT-3’
5’-AGATAAGTACTGTCA-3’

9)
a) Les ARNm analysés dans la souris WT et la mutantes ont la même taille.. Mais l’analyse du Western blot
montre une protéine plus courte chez la souris mutante donc protéine tronquée…changement d’AA et
protéique plus courte donc probablement un codon stop a été intégré à la chaine d’AA.
b) non, les exons font 1,1kb, donc taille du fragment sur northern blot du à l’addition de la coiffe et de la
queue poly A. 36