Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
Durée : 2 heures
Coefficient : 2
CONCOURS N° 134
REMARQUES IMPORTANTES
Donnez vos réponses directement sur le sujet dans l’espace réservé après chaque question.
Aucun document n’est autorisé.
L’utilisation des téléphones portables est interdite.
Seul l’usage d’une calculatrice non programmable est autorisé.
Les parties et les questions au sein de chaque partie sont indépendantes.
4. Pour évaluer la pureté d’un échantillon d’ADN par rapport aux protéines, vous mesurez par
spectrométrie :
A. la densité optique à 260nm
B. le rapport de densité optique à 260nm et 280nm
C. la densité optique à 280nm
6. Quelle(s) méthode(s) utilise(nt)-on pour évaluer le niveau de pureté d’une protéine en cours
de purification ?
A. une mesure de diffusion de la lumière
B. un dosage de Bradford
C. une électrophorèse SDS-PAGE
D. un spectre RMN
2
CONCOURS EXTERNES IT 2015
Durée : 2 heures
Coefficient : 2
CONCOURS N° 134
REMARQUES IMPORTANTES
Donnez vos réponses directement sur le sujet dans l’espace réservé après chaque question.
Aucun document n’est autorisé.
L’utilisation des téléphones portables est interdite.
Seul l’usage d’une calculatrice non programmable est autorisé.
Les parties et les questions au sein de chaque partie sont indépendantes.
8. Quel(s) est (sont) la(les) molécule(s) utilisée(s) habituellement pour faire polymériser un gel
de polyacrylamide :
A. le TEMED
B. le persulfate d’ammonium
C. le bis-acrylamide
D. la glycine
9. La révélation des protéines séparées sur un gel de polyacrylamide peut se faire par :
A. coloration au réactif de Bradford
B. coloration au bleu de Coomassie
C. coloration au bleu de xylène cyanol
D. coloration au nitrate d’argent
11. Quel est le nom de la méthode utilisée pour transférer une protéine sur membrane ?
A. Southern blot
B. western blot
C. northern blot
D. eastern blot
13. En utilisant le code génétique standard, quel(s) couple(s) de codons, au niveau de l’ARNm,
délimite(nt) une phase ouverte de lecture ?
A. ATG et TAA
B. AUG et UAA
C. AUG et UGG
D. AUG et UAG
3
14. L’épigénétique correspond à :
A. L’étude des changements d’activité des gènes héritables mais indépendant de la
séquence d’ADN
B. Un phénomène pouvant impliquer certaines modifications réversibles de l’ADN
C. Un phénomène impliquant des modifications de la séquence de l’ADN
16. Le niveau d’expression d’un gène normalement traduit peut être déterminé par :
A. Southern blot
B. western blot
C. qPCR
D. RT-qPCR (reverse transcriptase qPCR)
18. Les gènes humains codant les protéines sont transcrits par :
A. l’ARN polymérase I
B. l’ARN polymérase II
C. l’ARN polymérase III
D. les ARN polymérases I et II
4
PARTIE 2 : EXERCICES ET QUESTIONS (Notée sur 62 points)
A. EXERCICE BIOLOGIE MOLÉCULAIRE (Noté sur 18 points)
• Figure 1 : Séquence d’ADN codant pour la protéine Artemin humaine
1 – ATGGAACTTGGAGGCCTCTCCACGCTGTCCCACTGCCCCTGGCCTAGGCA - 50
51 – GCAGGATCCACTTGGTCTCTCCGCGCAGCCTGCCCTGTGGCCCACCCTGG – 100
101 – CCGCTCTGGCTCTGCTGAGCAGCGTCGCAGAGGCCTCCCTGGGCTCCGCG - 150
151 – CCCCGCAGCCCTGCCCCCCGCGAAGGCCCCCCGCCTGTCCTGGCGTCCCC – 200
201 – CGCCGGCCACCTGCCGGGGGGACGCACGGCCCGCTGGTGCAGTGGAAGAG – 250
251 – CCCGGCGGCCGCCGCCGCAGCCTTCTCGGCCCGCGCCCCCGCCGCCTGCA – 300
301 – CCCCCATCTGCTCTTCCCCGCGGGGGCCGCGCGGCGCGGGCTGGGGGCCC – 350
351 – GGGCAGCCGCGCTCGGGCAGCGTGA – 375
Ptac
ori
5
6
Clonage moléculaire (8 points)
A.1) Vous allez réaliser le sous-clonage de l’intégralité de la séquence d’ADN codant pour la
protéine Artemin en amplifiant par PCR cette séquence que vous insérerez dans le
plasmide pGEX-6P3 linéarisé par les endonucléases de restriction BamHI et XhoI.
A.1.1) Que signifie le terme PCR ? En décrire succinctement les étapes. (1 point)
A.1.2) Quelle(s) particularité(s) possède(nt) généralement l’ADN polymérase utilisée
couramment pour la PCR ? (1 point)
A.2) Vous avez à votre disposition les enzymes de restriction suivantes pour réaliser le
sous-clonage de la séquence d’ADN :
Acc65I : NlaIV :
BamHI : SalI :
BglII : XhoI :
ClaI :
Les séquences de ces sites de restriction, présents dans la séquence d’ADN, sont
soulignées sur la figure 1.
7
A.2.1) Donnez le(s) couple(s) de sites de restriction à ajouter de part et d’autre de la
séquence d’ADN en vue de son sous-clonage dans le vecteur pGEX-6P3 précédemment
linéarisé ? Commentez votre choix. (2 points)
8
A.2.3) Dessinez, en les orientant de 5’ à 3’, le couple d’amorces (20 nucléotides chacune)
nécessaires pour amplifier la séquence d’ADN permettant de réaliser votre sous-clonage
en utilisant les sites de restrictions que vous aurez précédemment choisis. (1,5 point)
A.2.4) Vous disposez de vos amorces en solution stock à 0,1mM. Vous réalisez une
dilution intermédiaire de 20x. Quel volume de la dilution intermédiaire allez-vous
prélever sachant qu’il faut 10pmoles de chaque amorce dans la réaction de PCR ? (0,5
point)
A.3.2) Citez un autre système d’expression pour les protéines recombinantes. Indiquez
un de ses avantages. (1 point)
9
A.3.3) Quel type de chromatographie allez-vous utiliser préférentiellement pour purifier
la protéine recombinante produite dans la phase soluble de votre extrait cellulaire ?
Expliquez. (1,5 points)
A.3.5) Vos analysez vos échantillons en cours de purification sur SDS-PAGE. Le tampon de
charge contient du SDS et du β-mercaptoéthanol. Précisez le rôle de ces deux produits.
Quelles précautions devez-vous prendre pour préparer ces solutions ? (1,5 points)
10
A.4.1) Donnez la séquence en acides-aminés de la séquence d’ADN surlignée en gris dans
la figure 1 en débutant dans la première phase de lecture. (1 point)
A.4.2) Un codon est indiqué en gras dans la séquence. Pour quel acide-aminé code t’il ?
Vous décidez de muter ce codon pour qu’il code pour une lysine. Quel(s) changement(s)
de nucléotide(s) allez-vous faire ? (0,5 point)
11
B. EXERCICE GÉNÉTIQUE (Noté sur 12 points)
On a généré chez la souris une mutation par intégration homologue sur un des allèles du
génome d’une cellule souche d’un fragment d’ADN contenant un gène de sélection de façon
à éliminer l’exon 2 d’un gène d’intérêt en suivant le schéma ci-dessous. Les cellules ainsi
générées sont hétérozygotes pour la mutation. Elles ont ensuite servi à reconstituer une
lignée de souris transmettant le gène muté dans sa lignée germinale.
Techniquement, la détection des allèles sauvage et mutant peut se faire grâce aux réactions
de PCR indiquées sur le schéma. Le fragment généré sur l’allèle sauvage par la réaction PCR1
a une taille de 250 paires de bases. Celui généré pour l’allèle mutant par la réaction de PCR2
a une taille de 400 paires de bases. (Voir schéma.)
B.1) Expliquez « recombinaison homologue ». (3 lignes maximum – 2 points)
B.2) A quoi sert le gène NeoR dans cette expérience. (3 lignes maximum – 1 point)
12
B.3) D’après vous, que sera la conséquence de la mutation sur l’expression du gène ciblé ?
Pourquoi ? (5 lignes maximum – 4 points)
B.4) La souris hétérozygote portant un allèle muté dans sa lignée germinale a été croisée
avec une souris sauvage. Pour chacun des 5 souriceaux résultant de ce croisement, de
l’ADN génomique a été isolé et les réactions de PCR1 et 2 ont été effectuées. Les produits
de la réaction de PCR ont été fractionnés sur un gel d’agarose, et photographiés après une
coloration appropriée. Les résultats sont présentés dans le schéma suivant. Donnez le
génotype de chacun des souriceaux. (1 point)
13
B.5) L’assistant-ingénieur qui suit cette lignée a effectué plusieurs croisements entre souris
mâles et femelles tous hétérozygotes pour la mutation. Il a caractérisé le génotype de tous
les souriceaux obtenus par la stratégie décrite ci-dessus et rassemblé les données :
- Nombre de souris sauvages : 52
- Nombre de souris hétérozygotes : 98
Un autre génotype était-il attendu ? Que concluez-vous de cette expérience ? (On
considérera que toute différence d’un nombre supérieur à 10 souris par rapport au
nombre théorique attendu est significative, et que toute différence inférieure résulte des
aléas de l’expérimentation.) (5 lignes maximum – 4 points)
[..]
14
C.1.1) Traduire les phrases encadrées en noir. (1,5 points)
C.1.2) Quelle technique est utilisée pour rompre les parois bactériennes afin de libérer
les protéines ? Quel(s) est(sont) le(s) inconvénient(s) de cette technique ? Citez une autre
technique de lyse cellulaire. (1,75 points)
15
C.1.3) Comment se déroule l’élimination de l’étiquette GST ? (1,5 points)
16
C.1.5) Question en anglais à répondre en anglais :
C.1.5.1) Why using imidazole for eluting proteins bound to Ni-NTA resin? (1 point)
C.1.5.2) Which is the role of the size exclusion chromatography step? (1 point)
A.
B.
C.
D.
E.
F.
17
G.
- - - - - - -
Plusieurs catégories d’ARN coexistent dans une cellule eucaryote dont les ARN messagers
(mRNA), les « miRNA » et les longs ARN non-codants.
Quelles sont les caractéristiques de ces différentes classes d’ARN ? Comment sont-ils
synthétisés (présence de précurseurs, étapes de maturation) ? Quelles sont les fonctions des
ARN matures ? (15 lignes maximum)
18
D.2) QUESTION 2 (2 points)
19
D.4) QUESTION 4 (3 points)
Comment la présence de groupe méthyl sur l’ADN modifie l’expression des gènes chez les
plantes et les insectes ? (5 lignes maximum)
20
E. QUESTIONS GÉNÉRALES (Noté sur 10 points)
E.1) EXERCICE 1 (1,5 points)
On veut faire 250 ml d'une solution aqueuse d'acide trichloracétique à 80% (poids/volume).
Ce produit se présente sous forme d'une poudre. On dispose d'une balance, d’un bécher,
d'une éprouvette de 0,5 l graduée. Décrire précisément comment procéder. (3 lignes
maximum).
E.2.3) Comment préparer 200 ml d'un tampon Tris de molarité 1 M, ajusté à pH 7.2 par
l'acide chlorhydrique ? On présentera la méthode la plus simple. Le Tris est fourni en
poudre, l'acide chlorhydrique sous forme d'une solution concentrée. On dispose de tout
l'équipement classique d'un laboratoire de biochimie. À titre d'indication, on donne: le
poids moléculaire du Tris = 121.1 g.mol-1, son pKa = 8,1 et la normalité de la solution
d'acide chlorhydrique fournie : 10 N.
NB : ces renseignements ne sont pas tous indispensables pour répondre à la question,
aucun calcul compliqué n'est nécessaire. (5 lignes maximum – 1,5 points)
21
E.3) EXERCICE 3 : Hygiène et sécurité (5 points)
E.3.1) Indiquez une signification simple aux pictogrammes ci-dessous : (1,5 points)
E.3.2) Définir le terme OGM et donner un exemple d’OGM. Les OGMs ont été répartis en
plusieurs classes. Expliquez pourquoi et quelles en sont les conséquences pour leur
manipulation au laboratoire. (10 lignes maximum – 3,5 points).
22