République démocratique populaire d'Algérie

Le Ministère de l'Enseignement Supérieur et la Recherche

Scientifique
Université Chadli Bendjedid –ELTAREF -

Exposé:
détermination des
structures 3 D des
Biomolécules
Présenter par :
Présenter par :
Naceredine wissem
Naceredine wissem
Messaoudi manel
Messaoudi manel
Plan du Travail :
01 Contents

02 Contents

03 Contents
.

04 Contents
 Quelques notions de bases SUR LES PROTIENE .

Qu'est ce qu'une protéine?  : C'est une séquence linaires d'acide aminées...

Ce sont des molécules qui entrent dans la

composition des protéines grâce à leur
Qu'est ce qu'un acide aminée  : assemblage par des liaisons que l'on appelle
peptidiques
• Combien ya t'il d’acide aminée ?
• • Les acides aminées se lient via Les Liaisons peptidiques.
 La séquence (Backbone) peut pivoter:
Angle diédral (angle entre deux plans) .

Une protéine de 100 AA peut avoir 99 MACHINE LEARNING

torsions!

•Grande liberté de mouvement.

 • Qu'est ce qu'elle fait une protéine? Qu'est ce qu'elle ne fait pas?
Enzymes

Vien du
Réserve mot
d’énergie
Signalisatio (glucide , lipide) ou
grec proteios-
d’information
n cellulaire PRIMAIRE
(ADN,ARN).

Fo
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Protéine alit
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structurelle
Protéine

Anticorps
 Séquence → Protéine

Comment une protéine fait autant?

Les protéines se replient spontanément
 Prennent une forme 3D spécifique
La forme dépend notamment des séquences en AA
 La forme confère une fonction spécifique
 La fonction d'une Protéine

STRUCTURE 3D → FONCTION : Ce n'est pas automatique.

 La détermination de la structure 3D d'une protéine ne résout pas sa fonction.
Deux techniques principales permettent de déterminer la structure:
Cristallographie aux rayons X
Résonance magnétique nucléaire (RMN)
→ méthodes lourdes et beaucoup de protéines ne cèdent pas à ces
méthodes.
 Ensuite les structures protéiques résolues expérimentalement sont déposées
dans une banque de données de structures protéiques, la « Protein Data
Bank » (PDB) afin de rendre celles-ci accessibles à la communauté
scientifique.
 Niveau d'organisation des protéines

Les structures de protéines sont souvent décrite sur 4 niveaux

différents:
Structure primaire.
Structure secondaire.
Structure tertiaire.
Structure Quaternaire.

Organisation Hydrophobique/ Hydrophilique .

La partie Hydrophobe se trouve à l'intérieur de la protéine .
 Qu’est-ce qu’un modèle 3D ?

Une représentation 3D d’une protéine.

PDB, SAXS, ME, etc.… …sont des modèles
 Structure 3D et fonction

les biologistes s’intéressent à la fonction des protéines.

 la fonction d’une protéine dépend étroitement de la structure 3D.
 la structure 3D est atteinte lors du repliement de la chaîne
polypeptidique.
la séquence spécifie d’une manière unique la structure 3D.
Prédiction des structures 3D des protéines Diagramme général
 Techniques de prédiction de structure 3D:

MODÉLISATION PAR HOMOLOGIE :

Définition : Prédiction la structure 3D d'une protéine inconnue en utilisant comme modèle, une
structure 3D connue d'une autre protéine homologue.
Modèle d'homologie (homology modelling) :
 La séquence protéique cible est alignée sur toutes les séquences protéiques de la PDB
 Si le degré d'homologie est significatif, un modèle est construit.
Construction du modèle
Utilisation de la protéine homologue comme "empreinte" (Template) pour déduire la structure tertiaire de la
protéine inconnue

Méthode la plus utilisée :

 Si la protéine étudiée partage plus de 30% d'acides aminés, après alignement, avec une protéine
connue, on peut supposer que ces deux séquences possèdent des structures 3D proches.
La protéine connue peut alors servir d'empreinte pour construire un modèle structural de la protéine
étudiée ( modélisation moléculaire ).
Plus la similarité sera grande, meilleure sera la modélisation.
 Les étapes pour la modélisation des structures en se basant sur l'homologie :

Utiliser la séquence inconnue en entrée pour la recherche de structures connues de

protéines.
 Produire le meilleur alignement global possible de la séquence inconnue et d'une (des)
séquences de références.
 Positionner les carbones Cα, en prenant les coordonnées de ceux de la protéine de
référence comme modèle.
 Dans les régions comportant des brèches, soit dans la cible, soit dans la référence,
utiliser une procédure pour modéliser les boucles, pour substituer les segments de
longueur appropriée.
 Ajouter les chaînes latérales au modèle du squelette
 Optimiser la position des chaînes latérales (stœchiométrie)
 Optimiser la structure avec une minimisation d'énergie.
Prédiction basée sur l'homologie des séquences
 Limites de la modélisation par Homologie

1.Structure unique de protéine ne peut pas être prédite.

2. Limitation avec performances des algorithmes
d'alignement utilisées.
3. Mauvaise gestion de positionnement des chaînes
latérales.
4. Difficulté de modéliser les régions des nœuds.
5. Si le choix du modèle n'est pas le meilleur.
 le threading

RECONNAISSANCE DE REPLIEMENTS (THREADING) :
 Utilisée lorsque la modélisation par homologie a échoué.
 Alignement de la séquence cible sur des modèles de repliements.
 Fondée sur les propriétés hydrophobes des résidus.

Méthode moyennement utilisée

MÉTHODOLOGIE :
 Séquence cible déplacée position par position sur la structure.
 Le repliement est modelé par calcul de paires interatomiques pour aligner la séquence sur le
Backbone de l'empreinte.
 Optimisation du modèle par minimisation pseudo énergétiques.
 L'alignement le plus stable énergétiquement est considéré comme le plus favorable.
 Nécessite des calculs intensifs.
(modélisation par enfilage ou repliement)

Score = Énergie libre + Force électrostatique

 Usage des profils 3D

 Les profils 3D sont utilisés dans la recherche de similarité de

structures/coude pour des protéines inconnues.
 Les profil 3D peuvent être utilisés dans l'évaluation des modèles
prédits .
 Les profils 3D peuvent être utilisé pour prédire des structures par
l'alignement de de séquences avec une librairie de profils 3D
(Threading structure prédiction).
 Quelques banques de données expérimentales

PROTEIN DATA BANK OU PDB

Définition :
Est une collection mondiale de données
sur la structure tridimensionnelle (ou
structure 3D) de macromolécules
biologiques : protéines, essentiellement,
et acides nucléiques.