Applications de BLAST

Comparaison de séquences biologiques :

➢Identification d’homologues.

➢Recherche de contraintes fonctionnelles.

➢Prédiction de structure (ARN, protéine). Prédiction de

fonction.

➢Reconstitution des relations évolutives entre séquences

(phylogénie).

➢Assemblage de lectures (séquençage).

C’est une approche in silico de la biologie

C’est l’utilisation des outilles inforamtique des algorithme pour gérer, manipuler, comprendre, organiser et analyser une masse de données
biologique.

Annotation d’un génome

Identification des gènes codant pour :
les ARNr
les ARNt
les protéines
Identification des unités de transcription (promoteur et terminateur)
Identification des unités de traduction
Pour les gènes codant pour les protéines, prédiction fonctionnelle par
recherche de similarité de séquences (BLAST) et prédiction de fonction ou
classification en grandes classes fonctionnelles (ex: biosynthèse des acides
aminés, métabolisme énergétique, …)
Prédiction/reconstruction
du réseau métabolique
du réseau de régulation de l’expression des gènes
des interactions protéine-protéine
La première difficulté a été d'organiser cette énorme masse d'information
et de la rendre disponible à l'ensemble de la communauté scientifique.
Intérêt d’un alignement Utilisations :
➢Identification de sites fonctionnels.
➢Prédire la ou les fonctions d'une protéine, si on détecte une
homologie avec une protéine de fonction connue.
➢Prédiction de structures secondaires et tertiaires des
protéines,
➢Inférence de phylogénies, Assemblages de séquences
➢Etablir une phylogénie entre elles.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)Alignement de
séquencesScore de similitude
Les résultats d'une recherche BLAST sont divisés en trois
sections: le volet graphique, un tableau de résultats et les
alignements entre la requête et les résultats. Bien que
certaines conclusions puissent être obtenues sur la base
d'interprétations des sections individuellement, il est
préférable de considérer les trois sections et de s'appuyer sur
leur contenu complémentaire lors de votre analyse. Ces
sections sont décrites séquentiellement ci-dessous, mais
lorsque vous examinez vos résultats, vous devez passer d'une
section à l'autre au besoin.