Les Banques et Bases Spécialisées

Donnés Triées par Informations

Précises
Homogènes

Thématique Organisme
(groupe taxonomique)
Bases spécialisées dans certaines
molécules particulières
Contenir des informations

Bases spécialisées dans certaines

- Séquences (ADN, ARN, gènes)
structures particulières
- génome de l’espèce
Bases spécialisées dans certaines - Carte chromosomique (caryotype)
Voies métaboliques
- Carte génétique (position des
gènes sur les chromosomes)
Bases de séquences immunologiques - Gènes et maladies (Oncogènes)
- Séquences (récepteurs de cellules T,
cellules B,…)
- Gènes de CMH, Système HLA,…

- Taille de Vecteurs
Banques de vecteurs de Clonage
- Séquences marqueurs (gènes de
(Plasmides, phages, cosmide, YAC,… résistances aux antibiotiques, Lac Z)
- Polylinker
Bases spécialisées sur les
médicaments

D’expression de gènes
 Exemples sur les Banques et Bases Spécialisées

Thématique

Nom de la base Thème

Prosite Base de données sur les domaines des protéines

Pfam Base de données sur les familles des protéines (Pfam = Proteins familly)

Base de données spécialisées dans la nomenclature et la classification des

Enzyme enzymes

LEAp db Base de données sur les protéines LEA (Les protéines abondantes de
l'embryogenèse tardive) impliqués dans la tolérance à de nombreux stress,
notamment le déficit hydrique et le froid.

KEEG Pathway Base de données sur les différentes voies métaboliques

DrugBank Base de données sur les médicaments = s’intéresse aux données liées au
métabolome
Base de données sur les maladies génétiques chez l’Homme
OMIM
Tree of Life Base de données de taxonomie

Vector db Addgene Base de données sur les vecteurs de Clonage

Organisme

Base de données consacrée uniquement sur l’Escherichia coli

Colibase
Flybase Base de données spécialisées dans les séquences nucléotidiques de la
Drosophile (la mouche de vinaigre)
Base de données consacrée uniquement sur l’Arabidopsis thaliana
TAIR
 Les Banques de séquences Généralistes
(de connaissances)

Donnés Globales Grande diversité Grand nombre Informations

des organismes de séquences hétérogènes
(très riches) représentés accessibles

Banques de Diffusées par

séquences
génomiques

GenBank NCBI

Banques
ENA (EMBL) EBI Interconnectées
Nucléiques

DDBJ NIG

TrEMBL
Banques
Protéiques SwissProt UniProt

PIR/NBRF
Cristallographie à
rayon X
Banques e Structures
structures 3 D des PDB obtenues in Vitro RMN
protéines par

Cryo-microscopie
électronique

Banques Articles Medline

Bibliographiques scientifiques (PubMed)