Chapitre 2 : Les fixateurs libres de l’azote atmosphérique

1. Les bactéries
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Exemple : Azospirillum
Azospirillum est une bactérie mobile, à Gram négatif, appartenant à l’ordre des Rhodospirillales,
très mobiles qui vivent en général en aérobie, mais leur propriété fixatrice d’azote ne se développe
que sous certaines conditions particulières.
Azospirillum peut établir une symbiose associative avec les céréales mais contrairement aux
symbioses mutualistes (comme les rhizobia avec les plantes légumineuses), l’association n’est pas
accompagnée par la formation de nouveaux organes. La réaction de fixation d’azote nécessite de
l’énergie que les bactéries tirent à partir de l’oxydation des exsudats racinaires ou des substrats
carbonés présents dans le sol. Azospirillum agit sur la plante de manière directe, via la fixation
d’azote, la synthèse de phytohormones (notamment l’acide indole-3-acétique, AIA), et la modulation
de la balance hormonale de la plante par la désamination du précurseur de l’éthylène 1-
aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC). Ces propriétés peuvent améliorer l’élongation et la
ramification du système racinaire, ce qui favorise l’absorption de l’eau et des minéraux du sol et sont
donc qualifiées de Plant Growth-Promoting Rhizobacteria (PGPR). L’établissement de la symbiose
associative entre la PGPR Azospirillum et la plante débute à un stade précoce, c.à.d. pendant la
colonisation bactérienne des graines en cours de germination.
Deux espèces d’Azospirillum ont été initialement décrites en 1978 : A. brasilense et A. lipoferum.
1.2. Mécanisme de protection de la nitrogénase chez bactéries libres fixatrices d’azote
La nitrogénase, principale enzyme de la fixation, est extrêmement sensible à l’oxygène. Avec la
concentration en oxygène de l’air, les bactéries ont développé des moyens de protection de la
nitrogénase :
- Pour les anaérobies stricts, le problème est plus simple : cas de Clostridium pasteurianum. En effet,
comme ces bactéries n’évoluent qu’en absence d’oxygène, la nitrogénase ne risque pas d’être affectée
par l’oxygène.
- Pour les anaérobies facultatifs, le mécanisme de protection est de nature génétique. L’expression de
la fixation d’azote dépend d’abord de l’activité de la nitrogénase. Or, dans le cas présent, il n’y a de
synthèse de nitrogénase qu’à une concentration déterminée d’oxygène, cas de Klebsiella pneumonia.
- Pour les aérobies stricts, la fixation résulte d’un paradoxe : ces bactéries ont besoin d’oxygène pour
leur respiration (et la synthèse d’ATP, nécessaire à la fixation), alors qu’une forte concentration
inhibe l’enzyme. Les conditions optimales de la fixation se situent là où le niveau d’apport d’oxygène
correspond exactement aux besoins de la respiration. Si l’apport est insuffisant, la respiration et la
fixation se trouvent réduites ; par contre, s’il dépasse le niveau requis par la respiration, la
nitrogénase sera inactivée. Par conséquent, les bactéries aérobies strictes ne fixent l’azote qu’aux

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conditions microaérophiles (tension d’oxygène largement inférieure à celle de l’atmosphère). A cet

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effet de fixation, elles adoptent diverses stratégies :
- Certaines migrent vers les faibles concentrations pour pouvoir effectuer la fixation (cas de
Azospirillum sp). Lorsque le niveau de concentration idéal est atteint, les bactéries s’établissent et
forment parfois une sorte de voile protecteur en culture.
- D’autres s’agglutinent en colonie, où la tension d’oxygène reste faible en son milieu (caractéristique
de Derxia gummosa). Seul ce milieu reste actif pour la fixation d’azote.
- Une intensification de la respiration, exemple : l’activité de la nitrogénase d’Azotobaceter
vinelandii est protégée contre O2 par une respiration très active qui l’élimine. La présence de l’O2
entraine une synthèse accrue de polysaccharides et donc une capsule plus compacte.
2. Les cyanobactéries
Les cyanobactéries sont des micro-organismes procaryotes photosynthétiques également appelées
cyanophytes ou cyanophycées. Elles sont classées du point de vue systématique dans le règne des
Eubactéries.
Les cyanobactéries sont des photoautotrophes, c'est à dire qu'elles utilisent la lumière comme source
d'énergie et le CO2 comme source de carbone. Elles sont les seuls procaryotes effectuant la photosynthèse
oxygénique comme le font les plantes, en utilisant l'eau comme donneur d'électrons pour produire de
l'oxygène.
Elles présentent une grande diversité morphologique. Certaines sont unicellulaires, sphériques ou en
bâtonnets et se multiplient par divisions binaires, d'autres sont filamenteuses et se propagent par rupture
du filament végétatif ou par germination des akinètes (spores). Certaines peuvent différencier des cellules
spécialisées, telles que les hétérocystes, les akinètes et les hormogonies. Certaines présentant des
ramifications qui peuvent être de plusieurs types.
Cette hétérogénéité leur a permis de coloniser la grande majorité des écosystèmes terrestres ou
aquatiques, ainsi que les milieux extrêmes chauds, salés et hypersalés et alcalins. Il existe des formes
terrestres, marines et dulçaquicoles, libres et symbiotiques.
Les cyanobactéries présentent des formes unicellulaires et filamenteuses qui peuvent être elles-mêmes
isolées ou coloniales.
Au maximum de leur complexité, les formes filamenteuses présentent trois sortes de cellules:
- les cellules végétatives; responsables de l'activité photosynthétique et de la nutrition carbonée de
l'organisme
- les hétérocystes cellules spécialisées responsables de l'activité fixatrice d'azote et de la nutrition azotée
de l'organisme
- les spores ou akinètes, organes de conservation et de dissémination.

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Certaines formes se multiplient par hormogonies, petits groupes de cellules qui s'échappent aux
extrémités des filaments.
En plus de ces trois types de cellules les Cyanobactéries peuvent présenter un certain nombre de
stuctures telles que des gaines mucilagineuses, des ramifications, etc.

Figure 2 : Trichome
Chez les formes filamenteuses on appelle trichome la file de cellules et filament l'ensemble du
trichome et de la gaine mucilagineuse entourant le trichome lorsqu'une gaine est formée (figure 2).
La gaine mucilagineuse peut réunir de nombreux filaments et former des colonies de forme
indéfinie ou définie. Suivant leur taille on peut distinguer de micro (< 1mm) et des macro-colonies.
Les hormogonies sont des formes de multiplication asexuée. Ce sont groupes de cellules qui
s'échappent à l'extrémité de la gaine de certaines formes de cyanobactéries filamenteuses ou qui résultent
de la germination d'akinètes.
Les hormogonies peuvent être mobiles ou immobiles.
L'hétérocyste (H) est une cellule à paroi épaisse, habituellement translucide, qui se rencontre chez
certaines cyanobactéries (dites hétérocystées).
Il est le site de la fixation d'azote et se forme à partir des cellules végétatives en conditions
limitantes d'azote.

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Il est caractérisé par la présence de nodules polaires aux points d'attache aux cellules végétatives.
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Suivant les espèces on rencontre des hétérocystes intercalaires et/ou terminaux.
2.1. Mécanisme de protection de la nitrogénase
➢ Chez les cyanobactéries hétérocystées la formation de cellules spécialisées dans lesquelles le
photosystème II responsable de la production d'oxygène est absent, et la possession d'une paroi
épaisse permet à la nitrogénase d'être protégée de l'oxygène (figure 3).

Figure 03 : Protection de la nitrogénase contre l’oxygène chez les cyanobactéries

hétérocystées

➢ Chez certaines cyanobactéries homocystées (Trichodesmium erythraeum) les filaments

s'aggrégent en faisceaux. Les filaments de la partie extérieure du faisceau ont une activité
photosynthétique alors que ceux du centre ne recoivent pas de lumière, et ne produisent donc pas
d'oxygène, ce qui permet à leur nitrogénase de fonctionner.
➢ Certaines formes unicellulaires telles que cette Aphanothece dans une rizière asiatique ont une
activité photosynthétique dans la journée et fixent l'azote la nuit lorsque l'absence d'énergie
lumineuse empêche la production d'oxygène par photosynthèse.

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