INTRODUCTION

1) Quelles sont les principales différences entre un procaryote et un eucaryote ?

Le procaryote n’a pas de noyau. De plus, son matériel génétique baigne dans le cytoplasme et n’est pas
délimité par une enveloppe. Il n’y a pas non plus d’organite délimité par une double membrane, ni de
structures complexes. Il n’y a pas de cytosquelette.

2) Définitions :
Eubactéries : ce sont des procaryotes. La majorité des procaryotes sont des eubactéries.
Archéobactéries : ce sont des ancêtres primitifs des eubactéries. Principalement en milieux extrêmes (chaud,
pression, gaz).
Virus : ce n’est ni un procaryote ni un eucaryote. C’est un organisme nucléo-protéique bien plus simple
qu’une cellule. Il est parasite.

3) Généralités sur les bactéries

Leur taille est de l’ordre du micromètre. Virus = nanomètre.
Elles peuvent être de différentes formes : allongées (bacilles) ou rondes (coques).
Elles sont parfois isolées, parfois associées. Le mode d’association est caractéristique et variable.

1 : capsule facultative. Rôle de protection.

2 : enveloppe bactérienne obligatoire. Confère leur forme aux bactéries.
3 : membrane plasmique obligatoire. Barrière perméable, respiration.
4 : fimbriae facultatifs. Adhésion.
5 : pilus facultatif. Transfert l’ADN d’une bactérie donneuse à une bactérie receveuse.
6 : flagelle facultatif. Mobilité.
7 : plasmide facultatif. Matériel génétique en dehors du chromosome.
8 : chromosome bactérien obligatoire dans le nucléoïde. Support de l’information génétique.
9 : ribosome obligatoire. Synthèse de protéines.
10 : cytoplasme obligatoires, riche en eau. Réactions enzymatiques.
11 : mésosome (invagination de la membrane plasmique) obligatoire. Réplication du chromosome en 2
chromosomes fils.
12 : inclusions facultatives. Stockage.

4,5,6 sont des appendices.

Le phénomène montré est la sporulation. Cela se produit chez certaines bactéries quand les conditions
deviennent défavorables. La spore protège la bactérie et est relâchée à l’extérieur. La forme noire ovale est
l’endospore.
La photo 2 montre que le bacille a éclaté : seule la spore libre persiste. Elle est délimitée par beaucoup
d’enveloppes, ce qui lui confère une importante résistance.
La photo 3 montre la germination, c’est le processus inverse de la sporulation. C’est la naissance d’une
bactérie identique à celle de départ, à partir de la spore. La spore se gonfle d’eau, ce qui déchire ses
enveloppes. Le bacille peut alors se multiplier à nouveau et avoir une vie végétative. La sporulation n’est
possible que chez les bactéries GRAM+ (coloration).

Ce sont des procaryotes qui font la photosynthèse : cyanobactéries. On voit des trichomes de cyanobactéries
(= chainettes). Quelques cellules sont différenciées (plus grosses et plus épaisses) et arrêtent de se
multiplier. Ces cellules sont des hétérocystes ; elles renferment une enzyme, la nitrogénase, qui permet de
fixer l’azote de l’air (N2).
La cyanobactérie sur cette photo est l’anabaena.

LA NUTRITION BACTERIENNE

Les bactéries se multiplient à partir de nutriments en milieu de culture. Elles utilisent une vaste gamme de
composés : sucres, AA, stérols, alcools, CO2, hydrocarbures. On classe les besoins nutritifs des bactéries en 3
grandes catégories : besoins constitutifs élémentaires, besoins énergétiques, besoins constitutifs spécifiques.

I / Besoins constitutifs élémentaires

Une cellule bactérienne est composée à 95% de CHON, SPK, Na, Mg, Fe. Ce sont des macroéléments. Ils sont
subdivisés en 2 catégories, en fonction des quantités nécessaires aux micro-organismes :
- Eléments majeurs, nécessaires en quantités élevées (g/L) : C, H, O, N, P. Ils participent à la synthèse
de protides, lipides, glucides, AN.
- Eléments mineurs (mg/L) : Ca, Mg, Fe, K. Ils sont présents à l’état de cations et interviennent dans
l’équilibre physico-chimique de la cellule (rôle enzymatique).
Il y a aussi les micro-éléments (oligoéléments) à l’état de traces (ug/L), impliqués dans les catalyses
enzymatiques. Il s’agit du manganèse, zinc, cobalt, cuivre, nickel.
 1) Eléments majeurs
Les besoins en CHO sont satisfaits ensemble. Le carbone est nécessaire à la formation du squelette,
constitutif essentiel des bactéries (50% chez E.Coli). 2 sources principales de carbone :
- Carbone minéral : CO2. Si les bactéries puisent leur carbone du CO2, elles prélèvent indirectement H
et O des molécules simples comme l’eau. Les bactéries sont alors autotrophes. Souvent
photosynthétiques, comme anabaena (cyanobactérie).
- Carbone organique : si une bactérie puise sont carbone de macromolécules (ex : glucide), cela lui
donne aussi directement H et O. La bactérie est alors hétérotrophe. C’est le cas de pseudomonas.
Elle assimile le carbone via glycolyse par ex. Également, elle dégrade d’autres substances
hydrocarbonées : sucres, alcool, acides organiques, voire le caoutchouc.

Certaines bactéries utilisent ces 2 sources de carbone. Ce sont alors des bactéries autotrophes facultatives,
ou hétérotrophes facultatives. Cette complexité leur confère un avantage si les conditions
environnementales changent. C’est le cas des cyanobactéries aquatiques (benthiques ou pélagiques).

A- Source d’azote
Pour synthétiser les protéines qui représentent 10% du poids sec des bactéries, il faut des substances
azotées. Toutes les formes azotées sont exploitées par le monde microbien :
- Azote inerte N2 : quelques bactéries le fixent directement (ex : clostridium) ou grâce à des
hétérocystes fixateurs (ex : anabaena). Aussi, des procaryotes le prélèvent grâce à une association
symbiotique très coûteuse en énergie (16 ATP pour fixer 1 N2), en urgence.
- Azote combiné, plus courant : nitrate (NO3-) chez les bacilles, ammonium (NH4+) chez les
nitrosomonas, nitrite (NO2) chez le nitrobacter. De nombreuses bactéries participent à ce cycle
d’azote et jouent un rôle primordial dans un phénomène important : la nitrification.

Fixation symbiotique (ex : rhizobium leguminosarum) : cette bactérie pénètre dans les poils des radicelles et
s’enfonce dans les racines où elle forme un filament infectieux dans le tissu radiculaire. Dans ce filament, les
bactéries se multiplient, ce qui forme des nodules (tumeurs) de bactéries. Elles fixent l’azote de l’air qui
diffuse dans le sol et le transforment en nitrate, qui est assimilé par la plante.
Autre exemple : Anabaena s’associe à des azolla (fougères aquatiques).
Nitrification : NH4+ => NO3-. Elle se fait en 2 étapes grâces à des microorganismes :
- Nitrosation : (ex : nitrosomonas)
- Nitratation : (ex : nitrobacter)
Le nitrate est assimilé par les animaux, végétaux et microorganismes.

B- Source de soufre
Le soufre est nécessaire à la synthèse de certains AA comme la cystéine ou la méthionine. Le soufre se
trouve sous forme de groupements thiols SH. Il participe aussi à la formation de certains coenzymes (biotine
ou CoA). La plupart des bactéries (ex : Desulfovibrio) ont comme source de soufre les sulfates SO₄²- qui sont
faciles à assimiler. De rares bactéries exploitent des composés soufrés organiques.

C- Source de phosphore
Le phosphore compose les AN, protéines, phospholipides, coenzymes, ATP. La source la plus courante est le
phosphate inorganique (PO43−), qui est assimilé directement par beaucoup d’organismes, dont les
microorganismes. Si le milieu est carencé en phosphates, la croissance bactérienne peut être limitée. Pour
contrer cela, des bactéries activent une enzyme : la phosphatase alcaline. Celle-ci a la particularité de
découper les molécules phosphorées (ex : AN). Chez les bactéries GRAM-négatives, comme E.Coli, cette
enzyme est présente dans l’espace périplasmique (entre la paroi bactérienne et la membrane plasmique).
 2) Eléments mineurs (K, Ca, Mg, Fe)
Ces éléments interviennent à différents niveaux : équilibre physico-chimique de la cellule, au niveau
enzymatique.
Le potassium est nécessaire à l’activité des enzymes qui interviennent dans la synthèse des protéines.
Le calcium joue un rôle dans l’acquisition de la thermo-résistance des spores bactériennes. Il intervient donc
indirectement dans la synthèse de l’enveloppe de ces spores.
Le magnésium est un cofacteur de nombreuses enzymes : il stabilise les ribosomes, les membranes
cellulaires.
Ces éléments mineurs entrent sous forme de cations à des taux très définis. Par exemple, la
Corynebacterium diphteriae fabrique une toxine en présence de 0.15mG/L de fer. S’il y a plus de fer, il n’y a
pas de toxine.

3) Les microéléments, ou oligo-éléments

Ils sont primordiaux en quantités très faible, et agissent principalement au niveau enzymatique. Ils aident à
la catalyse des réactions et au maintien de la structure des protéines. Par exemple, il faut de très faibles
quantités de manganèse pour effectuer un transfert de phosphate dans les bonnes conditions.

II / Besoins énergétiques

Beaucoup de réactions chimiques essentielles d’une cellule vivante consomment de l’énergie. Cette énergie
est également nécessaire à la mobilité des flagelles par exemple.
Les bactéries sont classées en 2 groupes en fonction de la source d’énergie utilisée. Quand l’énergie provient
de l’oxydation de produits chimiques organiques, les bactéries sont dites chimiotrophes (ou
chimiosynthétiques).

Ces 2 grands groupes sont eux-mêmes subdivisés, pour former 4 sous-groupes : les bactéries sont classées
selon leur source de carbone et leur source d’électrons. Ainsi :
- Photoautotrophes (photolithotrophes) : le CO2 minéral est utilisé pour le carbone, et les substrats
minéraux comme source d’électrons (sulfures).
o Cela correspond à la famille des chlorobactériacés (ex : chlorobium), ou la famille des
thiorhodacés (chromatium). Ces bactéries se développent dans un milieu purement minéral
et strictement anaérobie.
- Photohétérotrophes (photo-organotrophes) : des substrats organiques oxydables (comme l’acide
acétique) sont utilisés comme sources de carbone et d’électrons.
o Une seule famille : othiorhodacés (ex : rhodospirillum) : aéro-anaérobie.
- Chimio-autotrophes (chimio-lithotrophes) : elles tirent leur énergie des réactions d’oxydo-réduction.
Leurs donneurs d’électrons sont les substrats minéraux ; la source de carbone est minérale (CO2).
Les substances chimiques minérales utilisées sont variées : composés réduits (NH4+, Fe3+n Mn2+).
o Exemple : les bactéries nitrifiantes. Familles : nitrobacter (gallionella), nitrosomonas.
- Chimio-hétérotrophes (chimio-organotrophes) : les plus nombreuses. Elles dégradent la matière
organique, sont rencontrées dans les sols.
o Ce sont souvent des bacilles : GRAM- aérobies (pseudomonas) ou GRAM- aéro-anaérobies
(E. Coli), GRAM- anaérobies (Desulfovibrio). Voire des bacilles GRAM+ (bacillus).
o Bactéries incurvées (Vibrio) : les arthrobacter par exemple.
o Bactéries ramifiées : actinobactéries (actinomyces) telluriques.
o Rares coques.
Certaines bactéries ne tirent leur énergie ni de la lumière, ni des réactions d’oxydo-réduction. Elles
détournent l’énergie de cellules hôtes : bactéries intracellulaires obligatoires (parasites). On parle de
bactéries paratrophes :
- Genre chlamydia : immobiles, ovales, GRAM-. Elles ne se reproduisent qu’à l’intérieur de cellules
hôtes (muqueuses des ORL, voies génitales). Agents pathogènes car responsables d’infection
urinaires et de pneumonies. MST.
- Genre rickettsia : pléomorphes (allongées ou ovalaires), GRAM-, de très petite taille (um). Ce sont
des parasites obligatoires, qui utilisent des hôtes vecteurs pour passer de cellule en cellule (insectes
piqueurs). Pathogènes : typhus.

III / Besoins constitutifs spécifiques

Certaines bactéries peuvent exiger, en plus des macro et micro-éléments, des composés organiques qu’elles
sont incapables de fabriquer, manque d’enzymes pour.
Ces composés organiques sont des facteurs de croissance. Les bactéries qui en ont besoin sont des
auxotrophes. Celles qui n’en ont pas besoin sont des prototrophes.
Dans un milieu qui contient une source de C, de N, sels minéraux : E. Coli se développe normalement.
Une autre qui lui ressemble : proteus vulgaris. Elle ne peut se développer dans ce milieu que si on y ajoute
du nicotinamide. Cette substance est fondamentale autant à E. Coli qu’à proteus vulgaris. Sauf que E. Coli la
synthétise. Cette vitamine est un facteur de croissance uniquement pour proteus vulgaris (qui est
auxotrophe). E. Coli est donc prototrophe.

Certaines bactéries auxotrophes ne nécessitent qu’un facteur de croissance, alors que d’autres en
nécessitent un grand nombre. Les prototrophes colonisent des milieux très simples n’ayant que des
composés essentiels : milieux minimums de culture.
3 grands types de facteurs de croissance :
- AA : indispensables à la synthèse de protéines (25 mg/L)
- Bases (puriques et pyrimidiques) : acides nucléiques (10 mg/L)
- Vitamines : coenzymes ou précurseurs, qui agissent à de très faibles concentrations (ug/L)
o Par exemple, le nicotinamide est un précurseur du NAD (transport d’électrons)
o Par exemple, la choline est un coenzyme dans la synthèse des phospholipides

Les facteurs de croissance sont toujours en très faibles quantités. La croissance est proportionnelle à la
concentration. Si pas assez ou trop de facteurs, ces derniers deviennent facteurs limitants à la croissance. Les
facteurs de croissance ont une étroite spécificité.
Les besoins en facteurs de croissance d’une espèce peuvent être satisfaits par la présence d’une autre
espèce qui fabrique ledit facteur. Il y a alors syntrophie entre les bactéries. Cela se manifeste (dans une boite
de gélose), par la présence de colonies satellites, sur milieu solide.
IV / Recherche et absorption des nutriments par la cellule bactérienne

Les bactéries vivent généralement dans un milieu pauvre en nutriments. Elles doivent être capables de
localiser les nutriments et se diriger vers eux, par des phénomènes de tactisme. De plus, elles doivent être
capables de transporter ces nutriments à l’intérieur de leur cytoplasme.
Certaines bactéries semblent avoir un mouvement orienté, délibéré. Elles nagent vers les endroits les plus
riches et favorables, et s’éloignent des milieux défavorables. Ce mouvement orienté est le tactisme. Toutes
les bactéries n’en sont pas capables, par manque de mobilité.
Toutes les bactéries mobiles doivent être dotées de tactisme :
- Chimiotactisme : déplacement vers / d’une substance chimique
- Phototactisme : lumière
- Aéro-tactisme : mouvementF en fonction de la concentration en O2

Les bactéries sont également capables de réactions de tactisme vis-à-vis de l’absence d’un nutriment. Par
exemple, E. Coli s’échappe d’un milieu trop acide/alcalin. Elle reste vers des pH plus neutres.
Les bactéries ont de base un déplacement aléatoire, une trajectoire en zigzag, des arrêts (=culbutes). Avec
cela et des récepteurs, elles enregistrent de nombreux paramètres de leur environnement : variation de la
concentration en nutriments. Elles passent d’un mouvement aléatoire à un mouvement linéaire si elles
enregistrent une hausse du gradient de concentration d’un composé qui leur plait. Elles comparent les
mesures de variations en permanence > informations > changement ou non de rotation / direction des
flagelles. Cela implique des récepteurs complexes, des protéines transmembranaires : protéines du
chimiotactisme.
Si le gradient de concentration de la sérine augmente, par exemple, il y a chimiotactisme positif.

Les récepteurs impliqués dans le chimiotactisme sont les MCP (M : méthyle). Ils sont plus ou moins méthylés
en fonction de la variation de concentration en nutriments attractifs, ou nocifs / répulsifs. Plus il y a de
méthylation, plus le déplacement est prolongé et linéaire. Il existe plusieurs MCP à la surface des bactéries :
Tsr, Tar, Trg (le nom diffère en fonction des nutriments auxquels ils sont sensibles).

En haut, Tar change de conformation par fixation du maltose, ce qui expose davantage les sites de fixation
des groupements méthyles. Ces derniers se fixent donc Tar devient méthylé, etc.
En bas, c’est tout l’inverse.
Les bactéries motrices sont avantagées, car les immobiles doivent s’adapter à leur environnement, sinon
elles meurent.

V / Transport des nutriments dans la bactérie

Les mécanismes d’absorption doivent être spécifiques car il n’est pas bon qu’une substance entre dans une
bactérie qui n’en a pas besoin ou qui ne sait pas l’utiliser.
Comme les bactéries vivent souvent dans un environnement où les nutriments sont dilués, elles doivent être
capables de les transporter contre leur gradient de concentration. Pour entrer dans la cellule bactérienne,
les nutriments doivent traverser la membrane plasmique et la paroi bactérienne.
La paroi d’une bactérie GRAM+ renferme un peptidoglycane épais. Les nutriments doivent aussi le traverser.
Il est très perméable.

La membrane plasmique est une barrière perméable spécifique. Ce n’est donc pas la paroi qui pose
problème. Les nutriments sont transportés de plusieurs manières, car il y a différents types de transport.

1) Diffusion simple (eau, gaz, O2)

Elle concerne les petits éléments non chargés, certains éléments liposolubles. Le moteur de cette diffusion
est le gradient de concentration. Celui-ci décroit au fur et à mesure que le nutriment est absorbé. Cela ne
nécessite pas d’énergie supplémentaire. C’est très efficace chez les procaryotes, sauf pour le CO2.

2) Diffusion facilitée (ex : glycérol)

Le moteur de cette diffusion est aussi le gradient de concentration. On utilise des protéines
transmembranaires qui permettent le passage à travers la membrane. En absence de ces protéines, la
membrane est imperméable aux nutriments. La vitesse de transport en nutriments est proportionnelle au
nombre de protéines recrutées, jusqu’à un plateau. Les protéines de transport sont sélectives d’une
substance : on parle de perméases. Aucune énergie supplémentaire n’est nécessaire. Ce système est plus
répandu chez les eucaryotes.

3) Transport actif
La présence de nutriments en quantités très diluées dans les habitats, fait que les bactéries doivent être
capables de les absorber contre leur gradient de concentration. Il présente des points communs avec le
transport facilité : protéines de transport spécifiques, vitesse proportionnelle au nombre de protéines
recrutées. La grande différence est qu’il y a nécessité d’énergie métabolique (ATP). D’autres composés
phosphatés peuvent aussi produire de l’énergie utile à certains transports actifs. E. Coli absorbe le lactose
grâce aux perméases. Elles transportent aussi des AA (leucine, Glu…).
Du fait de l’énorme variété de nutriments, et de la complexité de l’absorption, les bactéries utilisent
plusieurs modes de transport à travers la membrane plasmique. Le transport actif est le plus usité chez les
procaryotes.
Pour se nourrir, une bactérie dispose de plusieurs systèmes de transport pour un même nutriment. Par
exemple, E. Coli dispose de 5 systèmes de transport pour le galactose et 3 pour la leucine.
Quand une bactérie possède plusieurs systèmes pour un même nutriment, ils diffèrent par leur source
d’énergie, l’affinité ou la vitesse de transport.

Cette diversité confère aux bactéries un avantage compétitif supplémentaire si l’environnement varie. Les
systèmes de transport interviennent également pour maintenir des nutriments à l’intérieur de la cellule,
dans le cytoplasme. C’est le cas pour les nutriments endogènes.
Très souvent, les nutriments sont absorbés en l’état, à une exception près. Ils doivent parfois être
transformés par une enzyme extracellulaire avant d’être absorbés, s’ils sont complexes. On parle alors de
système de translocation de groupe. C’est un mécanisme qui modifie chimiquement un nutriment en le
faisant traverser la membrane.

Le plus connu est le phosphotransférase (PTS) :

Il permet l’absorption d’une grande variété de sucres complexes transformés par phosphorylation. Il
implique au moins 3 protéines : E1, E2, HPR. Il correspond à une chaine de transporteurs qui transfèrent des
groupements phosphates.
Le sucre gagne le milieu intérieur en traversant la membrane sous forme phosphatée.
 LA CROISSANCE BACTERIENNE

La croissance est l’augmentation coordonnée des constituants cellulaires, se traduisant par une
augmentation de la taille.
Chez les procaryotes, la croissance aboutit à l’augmentation du nombre de cellules vivantes : division des
bactéries-mères en bactéries-filles. C’est intimement lié au phénomène de reproduction. En bactériologie,
on enregistre les variations numériques à l’échelle d’une population bactérienne.

I / Courbe de croissance bactérienne

Une population bactérienne croît avec un taux caractéristique de l’espèce, dans un milieu approprié. La
croissance n’est pas limitée, tant que la concentration en nutriments ne devient pas limitante ; et que la
concentration en composés nocifs / toxiques ne devient pas trop élevée.
Elle est limitée par des changements du milieu, provoqués par la croissance bactérienne, ou une
modification de l’environnement : baisse de la température, absence d’O2.

1- Latence : durée variable liée aux bactéries ou à l’environnement. Bactéries : âge de la population
(une jeune bactérie a moins de 18h), nombre. Environnement : composition chimique (en lien avec
le milieu d’où viennent les bactéries). C’est la période d’adaptation enzymatique des bactéries. Dans
des conditions parfaites, cette phase peut disparaitre.
2- Exponentielle : vitesse maximale de développement. Elle dépend du potentiel génétique des
bactéries, de la nature de l’environnement, des conditions de culture. Les bactéries multiplient par 2
leur développement, en un laps de temps régulier : c’est le temps de génération de la bactérie.
3- Stationnaire : la croissance s’arrête et on a un plateau. Elle est atteinte par des bactéries à
concentration élevée (1012 bactéries par litre). Pendant cette phase, le nombre de bactéries viables
est constant. C’est un équilibre entre les bactéries qui se multiplient et celles qui meurent. Cela peut
aussi s’expliquer par une population bactérienne qui cesse de se multiplier. La 1 ère cause serait
l’épuisement en nutriments. De plus, il peut y avoir l’accumulation de déchets toxiques, ou
l’évolution défavorable de l’environnement physique (pH, O2, température). Déchets organiques : ce
sont souvent des acides organiques.
4- Décroissance (déclin, mortalité) : les bactéries ne se multiplient plus. Beaucoup meurent et sont
lysées par les enzymes qu’elles libèrent. La population bactérienne viable chute. Cela correspond
souvent à une droite : une proportion constante de bactéries meurt pendant un laps de temps
régulier. L’inclinaison de cette pente dépend de l’espèce bactérienne, des conditions
environnementales.
5- Croissance cryptique : en phase décroissante, on peut observer un petit redémarrage de cellules
bactériennes. Cela ne dure pas très longtemps. Certaines bactéries survivantes amorcent une
nouvelle phase de multiplication. Cela s’explique par le fait que certaines bactéries exploitent les
cadavres d’autres bactéries (matière en décomposition). C’est le saprophytisme. C’est exceptionnel,
et chez un nombre limité de bactéries seulement.
Le temps de génération G dépend de l’espèce sélectionnée et des conditions de culture. Ainsi, la pente de la
phase exponentielle est sous la dépendance des conditions environnementales.

Thermophiles : milieux chauds (>40°C) à l’inverse des psychrophiles (<20°C).

Pour les bactéries thermophiles, la phase de latence est très courte, et la pente de la phase exponentielle est
importante. C’est l’inverse pour les bactéries psychrophiles.

II / Influence de l’environnement sur la croissance bactérienne

La croissance bactérienne est considérablement influencée par la nature chimique, la nature physique de
leur environnement. Les exigences essentielles à la croissance bactérienne comprennent une provision de
nourriture adéquate, une source d’énergie, de l’eau, température et pH appropriés, teneur en oxygène
adéquate. Aucun de ces facteurs n’agit seul. Les variations de l’un d’entre eux peuvent renforcer ou réduire
les effets d’un autre.

1) Température et croissance bactérienne

Les bactéries sont affectées par la température de leur environnement : ce sont des organismes
poïkilothermes. Leur température varie avec celle du milieu extérieur. La température influence donc
fortement le métabolisme des bactéries. Elle agit sur la vitesse des réactions chimiques. Ceci est lié à la
thermo-sensibilité des enzymes. Au-delà de certaines températures, la croissance bactérienne diminue. Les
températures trop élevées deviennent létales.

Quelle que soit l’espèce considérée, on distingue toujours 3 températures importantes pour une bactérie  : la
température minimale, optimale et maximale
- Température minimale : c’est la température en-dessous de laquelle la bactérie ne croît plus.
- Température optimale : c’est la température pour laquelle la bactérie croît à sa vitesse maximale.
- Température maximale : c’est la température au-dessus de laquelle la bactérie ne croît plus.
Bien que la courbe puisse avoir plusieurs aspects et varier, la température optimale est toujours plus proche
de la température maximale.

Ces 3 températures correspondent aux températures cardinales des bactéries. Elles varient
considérablement suivant les espèces.
Lorsqu’une bactérie se multiplie dans une gamme étroite de températures, on dira que la bactérie est
sténotherme.
Lorsqu’une bactérie se développe dans une gamme très large de températures, on dit que la bactérie est
eurytherme.

Suivant la température optimale de croissance, on classe les bactéries en 4 catégories :

- Mésophiles : elles préfèrent les températures moyennes, c’est-à-dire entre 20 et 40°C. La grande
majorité des bactéries font partie de cette catégorie.
- Psychrophiles : elles se développent à des températures inférieures à -20°C. Beaucoup de bactéries
aquatiques font partie de cette catégorie.
- Cryophiles : elles se développent à des températures inférieures à -10°C. Ce sont les bactéries qui
aiment les glaciers. Ce sont principalement des bacilles GRAM-.
- Thermophiles : elles se multiplient préférentiellement à des températures supérieures à 40°C. Elles
prospèrent dans les conduites / sources d’eau chaude, le compost.
Au-delà de 65°C, la majorité des bactéries ne survit pas, sauf exceptions, comme les bactéries qui sporulent.
Ainsi, on utilise le facteur « chaleur » comme facteur principal de stérilisation.

2) Teneur en oxygène et croissance bactérienne

Une bactérie capable de se développer en présence d’oxygène atmosphérique est une bactérie aérobie.
Une bactérie peut être complètement dépendante de l’oxygène atmosphérique. On parle alors de bactérie
aérobie stricte. Sans oxygène, elle ne peut pas se multiplier. Dans ce cas, elle tire son énergie de la
respiration. C’est le cas de Neisseria (coque GRAM-).

Parmi les bactéries à métabolisme respiratoire, certaines ne se développent que si la concentration en

oxygène de l’environnement est faible et inférieure à celle de l’air. On parle alors de bactérie micro-
aérophile. C’est le cas du Campylobacter (bacille GRAM-). Il faut 5% d’oxygène dans son environnement.
L’oxygène est nécessaire, en faible quantité, à la survie de la bactérie.

Certaines bactéries peuvent se développer indifféremment en présence ou en absence d’oxygène. Ce sont

les bactéries aéro-anaérobies. C’est le cas du genre Staphylococcus. Pour ces bactéries, l’énergie peut être
tirée soit de la respiration, soit de la fermentation : elles savent faire les 2.

Certaines bactéries se développent uniquement dans des milieux où il n’y a pas d’oxygène. On les qualifie
d’anaérobies strictes. C’est le cas du genre Clostridium (bacille GRAM+). Ces bactéries ne tirent leur énergie
que du métabolisme de fermentation.
 3) Classification des bactéries en fonction des pH de croissance

Des variations de pH peuvent affecter dramatiquement la croissance bactérienne. Chaque espèce

bactérienne se développe dans une gamme définie de pH.
On retrouve les bactéries alcalophiles principalement dans les eaux douces.

D’autres paramètres physiques influent sur la croissance des bactéries :

A- La pression atmosphérique
Les bactéries qui vivent en surface sont soumises à la pression atmosphérique, sans variation significative.
Par contre, en milieu marin profond, la pression peut atteindre 600 – 1000 atm. Certaines espèces
bactériennes y vivent : ce sont des bactéries baro-tolérantes. Certaines rares espèces se multiplient plus vite
à des pressions très élevées : ce sont des bactéries barophiles (archéobactéries notamment).

B- La pression osmotique
Les bactéries peuvent être influencées par des variations de la pression osmotique de leur environnement.
La présence de la paroi bactérienne protège la majorité des bactéries des chocs osmotiques. Mais, dans les
milieux marins, salés, les bactéries sont soumises à des pressions osmotiques plus importantes (35g/L de
sel). On parle alors de bactéries halophiles ([NaCl] entre 0.2 et 5.2M). C’est le cas du genre halobacterium.
Par opposition, certaines bactéries ne supportent que des concentrations osmotiques faibles ([NaCl] < 0.2M).
C’est le cas du genre pseudomonas.
On a des cas très particuliers de bactéries qui supportent facilement des concentrations osmotiques très
élevées ([NaCl] > 5.2M). C’est le cas des staphylocoques.

C- Radiations
La lumière solaire est la source principale des radiations. Les radiations ionisantes (longueurs d’onde courtes
comme les UV) peuvent gêner la croissance des bactéries, en entrainant par exemple des mutations ou la
mort bactérienne à forte dose. Ces rayons UV sont d’ailleurs utilisés comme des moyens de stérilisation.

III / Méthode de mesure de la croissance bactérienne

1) Méthode de mesure directe : comptage de PETROFF-HAUSSER

On compte les bactéries. Pour cela, il faut un microscope optique, un grossissement moyen (objectif 40-60),
des lames spécifiques qui font face au fait qu’on réduit le diamètre du champ optique avec un grossissement
moyen. Il existe différentes lames de comptage. La plus utilisée est la chambre de comptage de Petroff-
Hausser.

C’est une lame en verre creusée dans sa région médiane : chambres au fond desquelles on a quadrillé des
zones. La chambre de comptage a une épaisseur de 0.02 mm. C’est là qu’on met notre suspension. On a
subdivisé la région médiane en 2 sous-parties avec une rainure transversale. On a alors en haut et en bas 2
sous-unités qui portent un quadrillage identique.
Sur ce quadrillage, on ne s’intéresse qu’au gros carré central : 5 petits carrés par 5 (donc 25 carrés). Ce carré
médian a une longueur de 1mm, donc une surface de 1mm².

Calculer la concentration bactérienne (en bactéries/L) d’un échantillon :

- Compter le nombre de bactéries contenues dans le carré médian/central  : on obtient alors le
nombre de bactéries par mm²
- Diviser le nombre de bactéries comptées par l’épaisseur de la lame : on obtient le nombre de
bactéries par mm3
- Convertir ce résultat en bactéries par L
- S’il y a eu dilution préalable, on multiplie notre résultat par l’indice de dilution

Cette technique comporte des avantages et inconvénients. Premièrement, c’est une technique facile, rapide
et peu onéreuse. Par contre, les gros défauts sont : nécessité d’une population assez concentrée, et
impossibilité de distinguer les bactéries vivantes des mortes. On surestime alors le résultat. Pour faire face à
cela, on développe d’autres méthodes de comptage qui ne tiennent compte que des bactéries vivantes.
Ce comptage des bactéries a été automatisé par des compteurs Coulter qui renferment 2 enceintes en forme
de tubes, séparés par un micro-orifice. L’échantillon le traverse, de l’enceinte 1 à l’enceinte 2. Cependant,
cela ne marche pas très bien : certaines bactéries sont en chainettes, en grappes. Or, ces groupes ne sont
comptabilisés que comme « 1 ». Le comptage est alors sous-estimé.

2) Méthode de mesure directe : méthode des dilutions

Pour dénombrer les cellules bactériennes vivantes, on utilise une méthode qui fait un ensemencement par
dilution. Un échantillon de départ est dilué un certain nombre de fois. Ces échantillons de plus en plus dilués
sont disposés dans des boites pour être incubés en profondeur, dans une gélose tiède. On laisse incuber à
bonne température (37°C). Après incubation, le nombre de colonies qui apparait sur les boites reflète le
nombre de bactéries présentes dans le volume de suspension initial. Au labo, il faut :
- Homogénéiser la suspension de manière rigoureuse avant prélèvement
- Faire la manipulation en triplicata : on a 3 boites pour chaque suspension
Le lendemain, on compte le nombre de colonies sur la gélose : les colonies reflètent ce qu’il y a de vivant. S’il
y a moins de 30, ce n’est pas assez ; et s’il y en a plus de 300, c’est trop.
C’est pour cette raison qu’on effectue plusieurs dilutions : pour une dilution, au moins, on aura un nombre
de colonies compris entre 30 et 300.
Cette méthode est simple et très utilisée. Cependant, elle présente quelques inconvénients :
- Des bactéries rassemblées en diplocoques peuvent ne donner qu’une seule colonie : sous-évaluation
de la réalité.
Pour contrer ce désavantage, on compte les UFC/L. UFC = Unité Formant Colonie
On exprime le résultat en puissances de 10.

Calculer la concentration bactérienne d’un échantillon (UFC/L) :

- Choisir la bonne boite, comptable : celle qui renferme entre 30 et 300 colonies.
- Compter le nombre de colonies. Et noter le volume prélevé (1mL généralement).
- Multiplier le résultat par l’indice de dilution.
- Ramener ce dernier résultat en UFC/L. Et noter le résultat en puissances de 10 (ex : 1,7.106).

3) Méthode de mesure directe : mesure de la biomasse

Les bactéries dispersent la lumière incidente. La quantité de lumière diffractée est toujours proportionnelle à
la concentration bactérienne.
Quand une concentration bactérienne atteint entre 1M et 10M de bactéries par mL, le milieu apparait
trouble. Une augmentation de la concentration bactérienne donne une plus grande turbidité. La lumière
traverse alors moins facilement le milieu.
Une concentration bactérienne peut donc être estimée par la méthode de turbidimétrie (capacité à
diffracter une partie de l’intensité lumineuse). La lumière qui devait traverser en ligne droite, est diffractée.
Cela se mesure par un spectrophotomètre.

Cette méthode correspond à une méthode de mesure de l’absorbance au spectrophotomètre. L’importance

de l’absorbance pour une population bactérienne pure est mesurée au spectrophotomètre pour une
longueur d’onde de 420 nm. L’absorbance est linéaire pour une population bactérienne à 420 nm. En réalité,
ce n’est pas complètement une droite (surtout en TP).

Cette technique permet de mesurer la concentration bactérienne à partir de la biomasse par turbidimétrie.
Elle est applicable seulement à des milieux non colorés. Enfin, point faible : elle est incapable de différencier
les bactéries mortes des vivantes. Il y a donc une surestimation du nombre de bactéries.
La concentration bactérienne s’exprime ici en mg/mL ou en mg/L.

La biomasse bactérienne peut être estimée par une autre méthode : déshydrater les suspensions de
bactéries pures, et peser le poids sec de matière à partir des suspensions déshydratées. Il faut des quantités
énormes de bactéries, et c’est assez long.

Il existe des méthodes indirectes de mesure de la concentration bactérienne : on se sert alors des
constituants cellulaires. Pour cela, il faut que ces derniers disparaissent rapidement des bactéries après leur
mort, qu’ils soient absents du milieu pour ne pas avoir d’interférences, et qu’ils soient en concentration
constante quel que soit l’état physiologique des bactéries.

La méthode indirecte la plus répandue est fondée sur le dosage de l’ATP. L’ATP est un bon marqueur de la
masse microbienne vivante : il disparait avec la mort bactérienne et est très utilisé pour les processus de
transfert d’énergie. Il existe des méthodes par bioluminescence qui mesurent l’ATP.
D’autres s’intéressent aux protéines totales : mesures de l’azote.
D’autres s’intéressent à certaines enzymes : mesures de la concentration de la phosphatase alcaline.
D’autres encore s’intéressent aux substrats dans le milieu : moins il y en a, moins il y aura de bactéries.
D’autres encore aux déchets du milieu, aux variations physico-chimiques.
Toutes ces méthodes sont indirectes, beaucoup moins précises que les précédentes, mais qui donnent une
idée sur la tendance de la croissance bactérienne.
 CONTROLE DE LA CROISSANCE BACTERIENNE

On contrôle la croissance bactérienne pour contrer les effets nuisibles de bactéries pathogènes (altération
des aliments par exemple). Des agents permettent de contrôler la croissance.
Quelques définitions :
- Stérilisation : elle tue tous les microorganismes / bactéries (à 100%)
- Désinfection : cela élimine une partie des bactéries, germes, spores
- Septique : il renferme des microorganismes
- Aseptique : stérile
- Antisepsie : désinfection qui s’applique à des tissus vivants
- Bactéricide : qui tue les bactéries
- Bactériostatique : qui empêche le développement des bactéries

I / Les agents physiques contrôlant la croissance bactérienne

L’action de la température sur les bactéries dépend de plusieurs facteurs : l’environnement, état physico-
chimique des bactéries et de leur densité dans la population.
En solution aqueuse, la plupart des bactéries végétatives sont rapidement tuées à 100°C. Dans un milieu
déshydraté, les bactéries sont plus résistantes ; c’est pourquoi la stérilisation à sec de la verrerie par exemple
nécessite des températures plus élevées (180°C).
Les formes végétatives sont en général plus facilement inactivées, alors que les formes sporulées sont
thermorésistantes. Il faut alors plusieurs dizaines de minutes à des températures supérieures à 100°C.
Plus la population bactérienne est dense, plus le pourcentage de formes thermorésistantes est élevé, et
donc plus il faut augmenter la durée et la température de chauffage pour contrôler la population
bactérienne.

Il existe 2 grands procédés pratiques de stérilisation par la chaleur.

1) Contrôle de la croissance bactérienne par la chaleur humide

La méthode la plus répandue est l’autoclavage. On place les échantillons 20 minutes à 120°C, dans une
enceinte sous pression : l’autoclave. La vapeur d’eau sous pression tue les bactéries en les faisant coaguler.
La grande efficacité tient à la dégradation des AN, à la dénaturation de nombreuses enzymes, et à la
détérioration des membranes cellulaires.

Certains milieux ne peuvent pas supporter de traitement brusque. On utilise alors la tyndallisation par
exemple. C’est une opération qui consiste à chauffer le milieu pendant 30 minutes – 1h à 60-70°C  ; 3 fois de
suite, en ménageant un intervalle de 24h à 37°C entre chaque chauffage. Les chauffages successifs ont pour
but d’éliminer les formes végétatives. Les temps d’incubation à 37°C intercalés ont pour objectif de faire
germer des spores thermorésistantes. Elles donnent alors naissance à des formes végétatives qui seront
éliminées par le chauffage suivant.

D’autres méthodes existent : la pasteurisation. On diminue le nombre de bactéries sans en tuer la globalité.
On élimine les bactéries pathogènes en gardant les non-pathogènes. Le but est d’améliorer la conservation
des produits, en conservant le goût, la qualité organoleptiques. C’était à l’origine pour conserver la qualité
du vin (le vin devenait du vinaigre), dans les années 1860.
Le but est donc de détruire la presque totalité de la flore.
Il existe 3 grands types de pasteurisation :

Pour améliorer le goût et augmenter la durée de vie d’un produit : durée courte de traitement, température
élevée, suivi d’un refroidissement très rapide.

2) Contrôle de la croissance bactérienne par la chaleur sèche

C’est utilisé pour la verrerie, les pinces. On les place à l’intérieur de fours Pasteur, etc. On les place de 45
minutes à 3h, de 160 à 180°C.
Les protéines des bactéries sont alors oxydées, dénaturées, ce qui permet la stérilisation.

3) Contrôle de la croissance bactérienne par les radiations

Les UV sont de précieux agents naturels de stérilisation : les plus létaux sont proches des 260nm, cependant
ils traversent mal le verre. On les utilise donc seulement dans quelques cas particuliers. Les lampes UV
stérilisent l’air des hottes, des salles de laboratoire, voire de l’eau.

Les radiations ionisantes sont d’excellents agents de stérilisation qui pénètrent en profondeur dans les
objets : les rayons gamma (longueurs d’onde courtes) sont radioactifs naturels et stérilisent des matériels
chirurgicaux, antibiotiques, seringues.
Les radiations ionisantes sont aussi parfois utilisées pour stériliser les aliments (conserves, viandes).
Cependant, il y a de forts risques de cancers, de mutagénèse.

Les microondes sont des radiations électromagnétiques qui ne stérilisent pas, ne pasteurisent pas et ne
contrôlent pas à court terme la croissance des bactéries.

4) Filtration sur membrane

C’est une excellente méthode pour réduire la population bactérienne dans des solutions de substances qui
pourraient être thermosensibles, et donc pour lesquelles on ne pourrait appliquer les méthodes
précédentes.
Cela permet de retenir les bactéries sur le filtre. Le filtrat qui passe à travers sera débarrassé des bactéries.
On se sert de membranes filtrantes particulières à très fines porosités (0.2um). Ces filtres sont très utilisés en
agroalimentaire, pharmaceutique. On peut aussi stériliser l’air : exemple du masque chirurgical.
Dans les hottes de laboratoire, il y a des filtres HEPA, qui retiennent 99.97% des particules de 0.3um ou plus.
Cela évite la contamination de la pièce où se trouve la hotte.

5) Centrifugation (ex : Bactofugation)

Elle permet de séparer les particules en suspension dans un liquide, en fonction de leur densité. Cela fait
précipiter les bactéries au fond des tubes.
Cela ne permet pas une stérilisation. Elle n’élimine pas totalement les bactéries.
On s’en sert dans l’industrie laitière, avant la pasteurisation. On appelle cela la bactofugation, qui permet de
faire précipiter une grosse partie des bactéries. On récupère le surnagent, moins riche en bactéries  : il sera
ensuite pasteurisé.

II / Les agents chimiques contrôlant la croissance bactérienne

Plusieurs agents chimiques contrôlent la croissance bactérienne :

- Alcools : parmi les désinfectants et antiseptiques les plus utilisés. Ils sont bactéricides, mais pas
sporicides. Les 2 alcools les plus populaires sont l’éthanol et l’isopropanol. Ils sont utilisés à une
concentration de 70-80. Ces alcools dénaturent les protéines bactériennes. Ils sont utilisés pour la
conservation de fruits par exemple.

- Le chlore et ses dérivés : il est universellement employé pour le traitement des eaux usées,
l’industrie alimentaire. Il est sous forme d’eau de javel : hypochlorite de sodium (ou de calcium :
chlorure de chaux). Avec ces dérivés de chlore, l’action bactéricide est très rapidement obtenue par
destruction des protéines structurales des bactéries. L’eau de javel élimine également les spores, les
champignons, quelques virus. C’est un excellent désinfectant facile à utiliser.

- L’iode et ses dérivés : utilisé depuis longtemps comme antiseptique de la peau. Il tue par oxydation
et iodation des protéines cellulaires. Il peut être aussi sporicide à concentration élevée. La teinture
d’iode (à 2%) est composée d’iode, eau et éthanol. Elle est efficace mais peut entrainer des brûlures
et allergies, teinter la peau. Pour pallier à ces problèmes, on a créé des iodophores (bétadine) :
complexe iodé moins agressif, pas tâchant, stable et soluble dans l’eau.

- Les métaux lourds : toxiques (mercure, argent, zinc, arsenic, cuivre). C’était des sporicides assez
efficaces. Le problème était que cette toxicité s’exerçait aussi bien sur les protéines des bactéries
que sur les protéines des cellules de l’hôte (humaines). Ils sont à l’origine de nombreux plasmides de
résistance que les bactéries ont développés.

- Les détergents : grosses molécules très complexes qui ont une extrémité polaire hydrophile et une
extrémité non polaire hydrophobe. Ils sont utilisés en tant qu’émulsifiants, mouillants. Ils sont
souvent cationiques. On ne les utilise que sur des supports inertes (pas sur tissus vivants). Les plus
courants sont les sels d’ammonium (chlorure de benzalkonim : riche en chlore et azote). Elle détruit
les membranes bactériennes et dénature les protéines. Elle est bactéricide et sporicide. Ils sont
souvent source de pollution des eaux douces.

- Aldéhydes : agissent sur les protéines et AN, par réduction chimique. Cela leur confère des
propriétés bactéricide et sporicide. Le formaldéhyde et le glutaraldéhyde sont les plus utilisés. Ils
désinfectent des surfaces de hottes, de paillasse, les instruments. Ils sont utilisés seuls ou associés à
des détergents.

- Gaz stérilisants : désinfectent de nombreux objets thermosensibles (boites de Pétri, plastiques,

cathéter, fils de suture). On utilise l’oxyde d’éthylène, qui est à la fois bactéricide et sporicide. Il se
fixe aux protéines bactériennes et les dénature.

- Conservateurs alimentaires (sel, nitrate) : substances qui peuvent avoir un effet désinfectant. Le sel
est utile contre certains genres de bactéries mais pas tous. En effet, les staphylocoques aiment le sel
 et sont donc plus enclins à se développer en milieu salé. Ces conservateurs alimentaires sont plutôt
bactéricides que bactériostatiques. Ils ont une action sélective.

- Huiles essentielles (essence d’eucalyptus) : pouvoir bactériostatique (faible cependant), lié à la

présence de composés phénoliques et terpéniques (alcools, aldéhydes). On peut ainsi aseptiser
certaines pièces grâce aux huiles essentielles.

III / Action des antibiotiques sur la croissance bactérienne

La chimiothérapie a connu un véritable essor au début du 20 e siècle (1929). Ehrlich découvre les
arsphénamines, à partir de l’arsenic, pour lutter de façon sélective contre la syphilis entraînée par la
spirochète Treponema. Le médicament correspondant était le Salvarsan.

Le 1er antibiotique à usage antibiotique est la pénicilline. Elle a été découverte en 1928 par Alexander
Fleming. Il travaillait sur les staphylocoques. Par hasard, il a découvert que lorsque des moisissures
poussaient sur des géloses avec staphylocoques, ces moisissures sécrétaient une substance qui stoppait la
croissance des staphylocoques. Il en a extrait le principe actif : la pénicilline. Il n’a pas réussi à montrer ces
résultats in vivo car il n’a pas pu purifier la pénicilline.
Florey et Chain ont réussi à la purifier, ce qui a ensuite permis la commercialisation de la pénicilline. Ces 3
chercheurs ont reçu le prix Nobel de Médecine.
Duchenne (un étudiant en médecine dans les années 1890) avait déjà remarqué ça, sans en parler
publiquement. C’est pourquoi son nom n’apparait pas.

La découverte de la pénicilline a stimulé la recherche d’autres antibiotiques. Par exemple, Waxman a

annoncé avoir découvert un nouvel antibiotique (par le genre Streptomyces). La substance fabriquée par
cette bactérie a été appelée « streptomycine ». On cherche ensuite les levures, les bactéries telluriques, les
moisissures, productrices d’antibiotiques.
On découvre alors la tétracycline, la néomycine, érythromycine.
Depuis 1965, une nouvelle période prolonge cette époque glorieuse des antibiotiques. Elle est caractérisée
par la synthèse des antibiotiques, et leur modification : chloramphénicol, ampicilline (semi-synthétique).
Dans les années 60-70-80, beaucoup de nouveaux antibiotiques sont fabriqués et prescrits.

Un antibiotique est un produit d’origine naturelle ou semi-synthétique, ou synthétique, qui tue les bactéries
ou qui inhibe leur développement et multiplication (bactériostatique). Dans le cas d’un antibiotique
bactériostatique, la disparition de l’infection nécessite une réponse immunitaire efficace, qui va compléter
l’effet bactériostatique de l’antibiotique. Pour les personnes immunodépressives, on prescrit plutôt un
antibiotique bactéricide.

On distingue 2 grandes catégories d’antibiotiques selon leurs spectres d’action. Certains n’agissent que sur
un nombre très restreint d’espèces bactériennes (ex : que les GRAM+). A l’inverse, il existe des antibiotiques
qui ont un large spectre d’action, qui agissent sur des bactéries très différentes les unes des autres : dans ce
cas, on dit qu’ils ont un spectre large. Dans ce cas, il peut être bactéricide pour certaines espèces et
bactériostatique pour d’autres.
Certaines définitions sont à connaître. Ce sont 2 paramètres utilisés pour évaluer l’effet d’un antibiotique :
- CMI (Concentration Minimale Inhibitrice) : c’est la plus petite concentration d’un antibiotique qui
inhibe la multiplication des bactéries et leur croissance visible en 24h. On explore seulement les
capacités bactériostatiques de l’antibiotique. Si la CMI est trop élevée, l’échec thérapeutique est
habituel. Si elle est faible, le succès est pratiquement assuré.
- CML (Concentration Minimale Létale) : c’est la plus petite concentration en antibiotique capable de
tuer la bactérie. Elle est moins utilisée, car très peu reproductible, et parce qu’elle s’appuie aussi sur
la bactéricidie.

Les CMI et CML des différents antibiotiques pour une bactérie donnée sont définies dans des tableaux, par le
Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie.

Les antibiotiques ont plusieurs cibles : les éléments structuraux (membranes), étapes du métabolisme
bactérien, paroi bactérienne.
Principaux mécanismes d’action des antibiotiques :

- Inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne (Pénicillines – Céphalosporines) : surtout chez les

antibiotiques bactéricides, qui agissent sur les bactéries en phase exponentielle de croissance. En
présence de ces antibiotiques, les cellules continuent de croître mais la synthèse de leur paroi est
arrêtée. Les bactéries éclatent si leur paroi n’est pas complète. Les antibiotiques inhibent les
enzymes impliquées dans le pontage des chaines polysaccharidiques du peptidoglycane. Sans
peptidoglycane complet, il n’y a pas de paroi.

- Inhibition de la synthèse protéique (Chloramphénicol – Erythromycine – Tétracyclines) : ce sont les

antibiotiques qui se fixent sur les ribosomes (petite sous-unité ou grande sous-unité) et faussent la
lecture du code. Ils empêchent donc la formation de longues chaines peptidiques. On trouve des
bactéries avec des protéines fragmentées et fragilisées. Cela concerne surtout des antibiotiques
bactériostatiques.

- Inhibition de la synthèse des acides nucléiques (Quinolones) : ils inhibent par exemple des enzymes
clés de la réplication, de la transcription de l’ADN. Les quinolones inhibent l’ADN gyrase des
bactéries : empêche le super-enroulement de l’ADN. Il n’y a donc pas de nucléoïde possible donc pas
de génome viable. Cela empêche la bactérie de survivre.

- Destruction de la membrane plasmique (Polymyxines) : ils s’accrochent à la membrane plasmique et

en perturbent la structure et ses propriétés de perméabilité sélective. Les antibiotiques agissent à la
manière d’une substance tensioactive : cela fragilise la membrane et l’empêche de jouer son rôle de
 barrière osmotique. Ainsi, de nombreux constituants internes indispensables à la vie des bactéries
qui étaient dans le cytoplasme, s’échappent de la cellule bactérienne. Cette dernière finit par
dégénérer.

- Antagonisme métabolique : par exemple, les sulfamides (analogues de vitamines) bloquent la

synthèse de l’acide folique. Ces antibiotiques ressemblent beaucoup (analogues structuraux) aux
métabolites particuliers des bactéries. Ils prennent leurs places dans le métabolisme. Ils bloquent le
fonctionnement des voies métaboliques en inhibant de manière compétitive les enzymes clés. Il
existe des antibiotiques analogues des acides aminés, qui s’incorporent aux protéines à la place des
acides aminés. C’est la même chose pour les ARN, ADN : ils conduisent à des modifications
génétiques qui peuvent avoir des conséquences graves sur les bactéries.

L’abus d’antibiotiques et la résistance aux antibiotiques : Pourquoi les éleveurs mettaient des antibiotiques
dans l’alimentation de leur bétail (intérêt) ? Quelles conséquences à l’échelle de la population bactérienne
du rumen des bovins ?
- 150 à 300L de rumen chez le bovin : cuve de fermentation anaérobie, où les aliments sont plongés
pendant 30 à 70h sous l’action de microorganismes (protozoaires, bactéries, champignons en
symbiose avec le bovin). La flore bactérienne dans le rumen est très importante.
- Permettent au bovin de digérer la cellulose et d’autres constituants de végétaux, qu’ils auraient été
incapables de digérer seuls. Ils assimilent aussi mieux l’azote. Ils gardent un taux de vitamines B
satisfaisant. Cela permet au bovin de tirer de l’énergie.
- Ajouter des antibiotiques dans l’alimentation des animaux permet une meilleure efficacité et une
vitesse de prise de poids plus rapide. Permet également de limiter la propagation des maladies dans
la population. Le but était aussi de tuer les bactéries méthanogènes (qui ne font pas de viande), pour
que les bactéries hydrolytiques puissent d’avantage agir.
- Cela augmente le nombre de bactéries résistantes aux antibiotiques, dans leur système intestinal
(bactéries mutantes). Cela a aussi créé un déséquilibre dans la flore bactérienne du rumen.

La propagation des bactéries résistantes aux antibiotiques est une des menaces les plus sérieuses pour un
traitement efficace d’une maladie.
Il y a 4 grands mécanismes de résistance des bactéries aux antibiotiques :

- Certaines bactéries empêchent les antibiotiques de pénétrer dans la cellule : bactéries GRAM-
(membrane externe épaisse). Elles empêchent l’entrée de la Pénicilline G.
- Certaines bactéries inactivent des antibiotiques en les modifiant chimiquement : elles les
dénaturent. Elles fabriquent la pénicillinase qui hydrolyse la Pénicilline G.
- Certaines bactéries ajoutent des groupements chimiques. Par exemple, certaines bactéries ajoutent
un groupement acétyle au chloramphénicol. Certaines les phosphorylent. Les antibiotiques
deviennent complètement inactifs.
- Certaines bactéries modifient la cible des antibiotiques. Par exemple, elles font en sorte que les
ribosomes ne soient plus atteignables : elles modifient l’ARN ribosomial. Les antibiotiques ne
peuvent donc plus agir sur la synthèse des protéines.
- Certaines bactéries doublent des voies métaboliques, en créent de nouvelles pour court-circuitées
celles qui ont été bloquées par les antibiotiques.

L’origine génétique de la résistance aux antibiotiques peut être rencontrée sur le chromosome ou les
plasmides bactériens. Certaines mutations spontanées très rares sur le chromosome bactérien peuvent les
rendre résistantes aux antibiotiques. De très nombreux mutants sont détruits par la sélection naturelle, très
peu survivent. On appelle cela la transmission verticale.

Une bactérie pathogène peut devenir résistante aux antibiotiques si elle contient un plasmide porteur d’un
ou de plusieurs gènes de résistance : ce sont les plasmides R. Ces gènes codent souvent pour des enzymes de
destruction ou de modification des antibiotiques. Le caractère le plus important des plasmides R est leur
capacité à se transférer de bactérie donatrice à receveuse, via des mécanismes de conjugaison. Cela peut
aussi se transmettre par des phénomènes de transduction qui impliquent des bactériophages. On appelle
cela la transmission horizontale, elle est très développée.

Du fait qu’un seul plasmide puisse porter plusieurs gènes de résistance à différents antibiotiques, une
population bactérienne pathogène peut devenir simultanément résistante à plusieurs antibiotiques même si
le patient infecté n’est traité que par un antibiotique. C’est ce qu’on appelle « gène de multirésistance ».

La présence de transposons dans l’ADN des chromosomes ou plasmides bactériens peut expliquer la
propagation de la résistance aux antibiotiques.
On prescrit aujourd’hui beaucoup moins d’antibiotiques, et surtout quasiment plus d’antibiotiques à large
spectre d’action. On essaie d’abord de connaitre l’espèce bactérienne pathogène présente, pour prescrire
des antibiotiques à spectre d’action très étroit.
Pour prescrire un antibiotique à spectre d’action étroit sans se tromper, on effectue un prélèvement (nez,
gorge), on cultive et identifie les bactéries. Ensuite, on teste leur sensibilité à plusieurs antibiotiques, à l’aide
d’antibiogrammes.

CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE DES BACTERIES

Une espèce bactérienne rassemble un grand nombre de souches bactériennes. Elles ont en commun de
nombreuses propriétés morphologiques, physiologiques, métaboliques, écologiques, génétiques. Une
souche est une population de bactéries qui descendent d’un organisme unique. Les similitudes entre les
souches d’une mêmes espèces bactérienne montrent que ces dernières possèdent un patrimoine génétiques
proche et descendre probablement d’un ancêtre commun.
De nombreux caractères classent les bactéries. La classification bactérienne a été fondée sur des caractères
phénotypiques (ou phénétiques). Une similitude morphologique est une bonne indiction de parenté
phylogénétique. Au fil du temps, on a fait appel à des caractéristiques physiologiques et métaboliques, qui
sont directement en lien avec la nature et l’activité des enzymes bactériennes, donc en relation avec les
protéines bactériennes. L’analyse de ces caractéristiques fournit une comparaison indirecte entre les
génomes.
On a rajouté les caractéristiques écologiques, qui ont une valeur taxonomique (comme l’habitat). Les
propriétés physico-chimiques du milieu, les interactions hautes bactéries, le pouvoir pathogène des
bactéries, montrent si les souches bactériennes sont proches ou non.

Depuis l’explosion des techniques de biologie moléculaire, on s’est intéressé à l’information génétique des
bactéries directement (ADN et ARN). Cette classification génétique semble davantage refléter les relations
évolutives naturelles entre les micro-organismes, même si la classification phénétique a fourni les clés de la
classification bactérienne et a permis l’adoption d’un système de dénomination logique, toujours en vigueur.
I / Classification bactérienne en fonction des propriétés morphologiques, métaboliques et
écologiques

Le règne procaryote est divisé en 2 groupes : eubactéries et archées.

Les eubactéries correspondent à la grande majorité des bactéries qu’on peut rencontrer dans les flores
normales, commensales. On en trouve aussi dans les milieux environnementaux (eaux, sols…). Certaines
peuvent être pathogènes.
Les archées correspondent aux bactéries qui vivent en milieux extrêmes. Exemples : Halobacterium,
Thermococcus (milieux très chauds), Methanobacterium (méthanogènes).

Aujourd’hui, on positionne les archées sur l’arbre phylogénétique, entre les eubactéries et les eucaryotes.
Leur paroi est plus complexe que celle des eubactéries. C’est pourquoi elles peuvent se multiplier dans des
milieux extrêmes.

Pour classer les bactéries cultivables sur des milieux artificiels, on se base sur leur morphologie, sur leur
aptitude au cours de la coloration de GRAM, et sur leur type respiratoire.

1) Coques aéro-anaérobies GRAM+

Leur importance médicale est grande, elles sont très répandues.
Il en existe 2 grandes familles : celle des micrococcaceae et celle des streptococcaceae.

A- Les micrococcaceae
Elles réunissent des coques GRAM+ d’un diamètre de 0.5 à 3.5um, qui se divisent suivant plusieurs modes
caractéristiques. On peut avoir des tétracoques, des amas en grappes de raisin, des diplocoques.
Cette famille est caractérisée par des coques qui renferment une enzyme : la catalase. Cette dernière
dissocie l’eau oxygénée en eau et en oxygène.
On rencontre 2 genres principaux : staphylococcus, et micrococcus.

Le genre staphylococcus regroupent des coques immobiles, qui forment majoritairement des amas en
grappe de raisin. On trouve aussi des diplocoques.
Ces bactéries renferment l’enzyme catalase, et elles ne sporulent jamais. Elles se développent en milieux
salés : nous utiliserons le milieu Chapman (milieu sélectif).
Elles sont ubiquitaires (rencontrées partout) et qui peuvent être présentes en plus grande quantité sur les
surfaces cutanéo-muqueuses des mammifères. Le staphylocoque epidermidis est couramment rencontré
dans ces cas-là. Elle n’est pas pathogène et fait partie de notre flore normale.
Certaines espèces sont pathogènes : le staphylocoque aureus (doré) cause des furoncles, abcès, infection de
cellules. Il se présente souvent sous la forme de diplocoques et grappes de raisin, qui élaborent un pigment
jaune doré très caractéristique. Cette espèce est caractéristique par la présence d’une enzyme  : la coagulase.
Elle est responsable de la coagulation du sang. Pour tester, on peut utiliser du plasma de lapin, au bain
marie.
Il faut prescrire des antibiotiques spécifiques si on détecte un staphylococcus aureus.

Les micrococcus renferment aussi la catalase. Elles sont associées en tétracoques principalement
(caractéristique), en grappes de raisin ou diplocoques. Elles sont généralement immobiles, et donnent des
colonies pigmentées, jaunes-orangées. Les luteus donnent des jaunes pâles.
Ils sont aussi assez répandus (eau, sol, peau des mammifères). Ils sont très rarement pathogènes. Ils font
partie de la flore normale et jouent un rôle de barrière. Ils aiment aussi les milieux riches en sels, comme le
Chapman (NaCl).
On différencie les microcoques des staphylocoques grâce à une enzyme : la lysostaphine. Les bactéries
staphylocoques disparaissent au bout de 24h, car elles y sont sensibles.
On peut aussi les différencier selon leur comportement vis-à-vis du glucose. Les staphylocoques le
fermentent ou le dégradent par respiration. Les microcoques le dégradent uniquement par la respiration : ils
sont donc aérobies préférentielles.
On peut aussi les différencier grâce à la galerie API STAPH.

B- Les streptococcaceae
Elles sont anaérobies préférentiel. Elles se divisent souvent en un seul plan pour former des chainettes de
coques et des diplocoques. Elles sont toutes dépourvues de catalase. Elles ne sporulent pas et sont
généralement immobiles.
On retrouve 2 principaux genres : streptococcus et enterococcus. Ils sont tous ubiquitaires. Certains vivent à
l’état commensal chez l’animal et l’homme (streptocoques : bouche et voies respiratoires => salivarius ; ou
enterococcus : faecalis). Ils peuvent être indicateurs de contamination fécale de l’eau.
Certains causent des maladies plus ou moins graves : le streptococcus pyogenes (amygdales, rhinopharynx)
peut entrainer des infections ORL aigues. On prescrit la pénicilline contre cette espèce.
Le S. pneumoniae cause les pneumonies. Ils sont entourés d’une capsule, qui est le support de sa virulence.
On le trouve sous forme de diplocoques.
On peut différencier ces 2 genres :
- Sensibilité à la liqueur de tournesol (couleur rosée), pendant plusieurs heures à 37°C : seul le genre
enterococcus y est sensible et la réduit (la solution devient incolore). Les streptocoques
n’interagissent pas avec la liqueur, qui reste rose au bout de 4h.
- Utiliser des galeries API (20 STREP) : connaitre le genre et l’espèce des streptococcaceae.
- Géloses sélectives (substrats ou pigments en plus) : on reconnait les enterococcus grâce à une gélose
riche en azote (la gélose de Slanetz et Barltey) => colonies teintées de rouge caractéristique.

2) Coques aérobies GRAM-

Une famille est très majoritaire : neisseriaceae. Un genre très dominant : neisseria. Ce genre renferme des
bactéries aérobies strictes. Ce sont des coques réniformes, transformées, associées en diplocoques. On en
trouve parfois en amas irréguliers et en tétracoques.
Aucune bactérie GRAM- ne sporule. Donc elles ne sporulent pas.
Ces coques sont immobiles et parfois capsulées (dans ce cas, elles sont pathogènes).
Beaucoup de neisseria vivent dans les muqueuses à l’état commensal (flore normale), comme les neisseria
flava ou sicca.
Les N. gonorrhoeae et meningitidis sont pathogènes :
- Meningitidis (rhinopharynx) : méningites cérébrospinales, septicémies. Il est sensible à 2
antibiotiques : l’ampicilline et la céphalosporine. L’efficacité dépend de sa précocité.
- Gonorrhoeae : diplocoques. Les cellules s’accolent par la face aplatie. Responsables d’une IST
(organes génitaux et urinaires atteints). On prescrit un antibiotique : l’amoxicilline.
La coloration de GRAM permet de reconnaitre facilement la famille des Neisseriaceae. En effet, les bactéries
prennent une couleur rosée caractéristique.

3) Bacilles aéro-anaérobies GRAM+

Ils sont aérobies préférentiels. On dénote 4 genres principaux : bacillus, listeria, corynebacterium,
lactobacillus.

A- Genre Bacillus
Il est très répandu dans l’environnement et est facile à reconnaitre. En effet, c’est le seul à savoir sporuler.
Ce sont des bactéries aérobies préférentielles, mais elles peuvent fermenter. On en rencontre dans les sols
(subtilis), les eaux. Ils peuvent contaminer les végétaux. Tous les bacillus sont chimio-organotrophes.
Ils sont mobiles ou immobiles ; majoritaires à posséder l’enzyme catalase.
Quelques-uns sont pathogènes : B. cereus (intoxication alimentaire) rencontré dans le sol ; B. anthracis
(maladie du charbon, transmise à l’homme par contact direct avec des animaux infectés).

B- Genre Listeria
Très petits bacilles (moins de 2 um de long). Ils ne sporulent jamais, ne sont jamais capsulés. Tous
renferment par contre la catalase.
Ils sont isolés, soit en chainettes, soit en diplobacilles (très caractéristique : 2 cellules formant un V).
Ils sont mobiles à 20-25°C, car entourés de flagelles. Au-delà, ils deviennent immobiles.
Ils sont ubiquitaires, largement distribués dans le milieu extérieur (végétaux en décomposition, sols, eaux de
rivières). Ils contaminent les hommes et les animaux par l’alimentation, comme par le lait. Ils peuvent être
contaminants.
Un petit pourcentage d’humains sont porteurs sains de listeria.
Quelques espèces :
- L. grayi : non pathogène
- L. monocytogenes : pathogène pour l’homme et les animaux. Elle est responsable de la listériose : le
système immunitaire est déjà perturbé. Le temps d’incubation varie de 2 à 70 jours. 2 formes de
listériose : bénigne (épisode de fièvre) ou maligne. Traitement : pénicilline + streptomycine +
sulfamides. Les résultats dépendent de la précocité du traitement et de l’état du patient.

C- Genre Corynebacterium
Ce genre comprend des bacilles droits ou incurvés, avec des extrémités particulières. Ils ne sporulent jamais,
ont toujours la catalase.
Modes d’association caractéristiques : amas en caractères chinois ou en palissades.
Ils sont souvent inoffensifs, rencontrés dans le sol, l’eau.
Ils sont souvent saprophytes.
Quelques espèces peuvent devenir pathogènes pour l’homme et les animaux ; comme C. diphtheriae. La
diphtérie est humaine dont les principales formes sont l’angine, et la laryngite (+ grave). Il existe un vaccin
très efficace.

D- Genre Lactobacillus
Ce genre ressemble à de longs bacilles très fins. Ils sont immobiles, ne sporulent jamais et ne renferment
jamais la catalase.
Ils sont caractérisés par leur métabolisme fermentatif : fermentation lactique (acide lactique comme produit
final).
Ils se présentent comme aérobies facultatifs et font partie de la flore intestinale normale de l’homme et des
animaux. C’est le cas de la L. acidophilus (rôle dans la digestion).
Ils sont très rarement pathogènes.
Ils sont importants en bactériologie alimentaire : production de yaourts, fromages :
- L. lactis
- L. bulgaricus
- L. plantarum (saucisses)

4) Bacilles aéro-anaérobie GRAM-

Ce sont principalement des bacilles aérobies préférentiels, mais qui tolèrent l’anaérobiose. On compte une
énorme famille : enterobacteriaceae + 2 genres à part : pseudomonas et aeromonas.
Pour différencier la grande famille des 2 genres à part, on fait un test oxydase : cela consiste à rechercher
l’oxydase grâce à un substrat chromogène, qui change de couleur en présence de l’enzyme.

A- Enterobacteriaceae
Ces espèces sont souvent des hôtes normaux de l’intestin, et parfois pathogènes. On les appelle les bactéries
entériques. Ce sont principalement des bacilles et des coccobacilles mobiles ou immobiles qui se multiplient
principalement dans des températures proches de 37°C (mésophiles). Elles sont chimioorganotrophes.
Toutes les entérobactéries sont oxydase-.
Il y a un grand nombre de genres qui appartiennent à cette famille :
- Escherichia Coli : on a séquencé tout son génome. Elle peut être mobile ou immobile. Elle a ou non
une capsule (souvent pas). Ce sont des hôtes communs de l’intestin de l’Homme : 80% de la flore
intestinale aéro-anaérobie. On peut parler de colibacille. On se sert souvent de cette espèce comme
témoin de contamination fécale de l’eau ou des aliments par exemple. Rarement, certaines souches
sont pathogènes. Elles causent des infections urinaires, génitales, gastro-entérites, diarrhée. On peut
prescrire des antibiotiques très efficaces : aminosides ou des quinolones.

- Klebsiella (pneumoniae) : coccobacilles GRAM-. Ce sont des bactéries toujours immobiles, possédant
une volumineuse capsule polysaccharidique (visible par coloration à l’encre de Chine ou au
microscope optique à contraste de phases). Ces bactéries sont très répandues dans l’environnement
(eau, sol…). Elles peuvent contaminer l’homme ou l’animal : TD ou voies respiratoires supérieures.
Certaines sont pathogènes et provoquent des infections des voies ORL, infections respiratoires. La K.
pneumoniae peut entrainer une septicémie si elle pénètre l’appareil circulatoire, voire une
méningite. Les Klebsiella sont souvent dans les milieux humides (eaux douces) et peuvent aussi être
impliquées dans les maladies nosocomiales (contractées à l’hôpital). Certaines espèces sont
devenues résistantes aux antibiotiques. Les K. pneumoniae sont encore sensibles à quelques
antibiotiques, dont les aminosides.

- Proteus (mirabilis) : coccobacilles GRAM- de petite taille. Ils sont souvent très mobiles (flagelles), qui
peuvent présenter un certain polymorphisme. Les proteus sont souvent saprophytes (matière en
décomposition) qu’on rencontre dans les eaux, les sols. Ce sont rarement des hôtes de l’intestin. Ce
qui est assez caractéristique du genre, c’est son mode de multiplication et les colonies que ces
bactéries donnent. Elles se reproduisent par essaimage : à l’intérieur d’une colonie de proteus,
certaines cellules périphériques grandissent plus que les autres. Elles développent plus de flagelles
que les autres. Elles s’échappent donc plus rapidement de la colonie et s’établissent plus loin sur le
 milieu. Elles s’y multiplient pour donner une sorte d’auréole de bactéries à quelques millimètres de
départ. Le cycle se poursuit : succession d’anneaux concentriques qui se forment à partir de la
colonie de départ. On dit que les cellules périphériques sont migratrices. Certaines espèces de
proteus sont pathogènes : P. mirabilis. Elle est responsable d’infections urinaires ou de surinfection
de plaies / brûlures. Souvent, elles sont impliquées dans les maladies nosocomiales, car l’espèce est
résistante à beaucoup d’antibiotiques. On peut toutefois prescrire quelques antibiotiques efficaces,
comme les b-lactamines.

- Salmonella : petits coccobacilles GRAM-. Ils sont presque toujours mobiles, sont ubiquitaires (eau,
TD). Plusieurs espèces font partie de la flore normale de l’intestin. Chez les volailles, l’espèce S.
gallinarium appartient à leur flore intestinale. Chez l’homme, l’espèce S. enterica peut faire partie de
la flore normale. Certaines sous-espèces peuvent être pathogènes : c’est le cas de S. enterica typhi,
suite à l’absorption de produits contaminés. Il y a alors contraction d’une maladie : la salmonellose
(2 formes : septicémique = fièvre, maux de tête ou de ventre ; digestive = maux de ventre, diarrhée).
Dans le cas d’une fièvre typhoïde, on prescrit l’ampicilline ou des céphalosporines. En milieu
médical, on classe les salmonelles en fonction des sérotypes (anticorps).

- Shigella : courts bacilles / coccobacilles GRAM-. Ils sont toujours immobiles qui sont parfois
pathogènes uniquement pour l’Homme et les primates. Une espèce est souvent impliquée dans des
maladies : S. dysentieriae. Elle est responsable d’une maladie diarrhéique aigue : dysenterie
bacillaire. Cela correspond à une colite infectieuse (inflammation du colon) : cela entraine des
spasmes abdominales. Cela se soigne grâce à un antibiotique, la colimycine. Il faut aussi bien
s’hydrater. Il existe d’autres maladies, qui sont souvent entrainées par des aliments contaminés.

Identification biochimique des Entérobactéries à l’aide des galeries API 20E : Toutes ces bactéries se
ressemblent énormément au niveau phénotypique. On a développé des méthodes biochimiques
standardisées : les galeries API. On teste 20 enzymes clés pour identifier les espèces d’entérobactéries.

B- Autres bacilles aéro-anaérobie GRAM-

2 genres supplémentaires sont mis à part car ils ne font pas partie des entérobactéries  : pseudomonas et
aeromonas.
Le genre pseudomonas est incapable de fermenter, contrairement aux entérobactéries. Il est plutôt aérobie
préférentiel. Il peut survivre dans un milieu sans oxygène. C’est un genre qui comprend un très grand
nombre d’espèces, dont la plupart sont saprophytes, rencontrées dans le sol, l’eau, les végétaux, l’air. Ce
sont des coccobacilles, bacilles courts mobiles grâce à la présence d’au moins un flagelle aux pôles. De rares
pseudomonas sont immobiles.
Parmi toutes les espèces de pseudomonas, certaines sont pathogènes. C’est le cas de P. aeruginosa. Cette
espèce est aussi appelée « bacille pyocyanine » (pigment bleu-vert caractéristique de l’espèce). Elle est
largement répandue dans l’eau, se multiplie en milieux humides. Elle peut coloniser le TD et la peau de
l’homme par contact direct. Cette bactérie est mobile grâce à un flagelle polaire. Elle est pathogène
opportuniste : peu virulente sur un sujet normal, mais elle peut entrainer des maladies surtout chez des
sujets fragiles immunodéprimés. Cette espèce entraine des infections locales (urinaires), des septicémies.
Cette bactérie est sensible aux céphalosporines et carboxypénicillines. Elle est facile à reconnaitre.
Contrairement aux entérobactéries, elle possède l’oxydase : coloration violette.

Le 2e genre est celui d’aeromonas. Ce sont des courts bacilles habituellement mobiles grâce à la présence
d’un flagelle polaire monotriche. Le métabolisme de ce genre est fermentatif et respiratoire. Il est oxydase+.
Ce genre rassemble des bactéries naturellement présentes en milieux aquatiques : eaux salines, douces,
courantes, boues. Certaines espèces sont pathogènes chez certains animaux ou l’homme. Par exemple, A.
salmonicida est responsable de la furonculose des poissons. Chez l’homme, A. hydrophyla est pathogène
chez l’homme. Elle entraine des hémorragies internes chez les animaux puis infections chez l’homme (cela
passe donc d’abord par un animal avant de contaminer l’Homme). Si la bactérie gagne l’appareil circulatoire,
cela peut donner des troubles gastriques, une septicémie.
Ces bacilles sont sensibles au chloramphénicol.

Les galeries API 20E peuvent les différencier : enzymes utiles aux métabolismes des 2 genres permettent
l’identification des espèces.

5) Bacilles aérobies strictes

Un genre est principal : Legionella. Ce sont des bacilles qui ont un métabolisme non fermentatif mais
respiratoire. Ils sont mobiles, par un ou plusieurs flagelles : polaires, péritriches. Les légionelles non mobiles
sont très rares. Ces bacilles se multiplient à pH légèrement acide (6.8). Ils supportent des températures
élevées (50°C) et se multiplient lentement (2 à 5 jours pour que la population double).
Ce sont des bactéries présentes dans la plupart des milieux aquatiques. On en trouve aussi souvent dans des
circuits de distribution d’eau potable (canalisation, climatisation). Leur développement est favorisé par des
températures entre 35 et 45°C ; et par une association symbiotique avec des eucaryotes unicellulaires
(amibes en milieux aquatiques). Ainsi, Legionella est protégée du chlore, des variations environnementales.
Elle est aussi transportée par ce biais.
Toutes les espèces de Legionella sont potentiellement pathogènes. L’espèce L. pneumophila est la plus
fréquente chez l’homme : elle est responsable de la légionellose (maladie du légionnaire). La contamination
se fait au contact de l’eau : baignade, douche. Elle entre dans les voies respiratoires, gagne les poumons et y
entraine une pneumopathie aigue (fièvre, toux sèche et atteinte importante de l’état général). Les
complications sont la détresse respiratoire (asphyxie) et l’insuffisance rénale. La létalité est encore
importante (10 à 20%). L’antibiotique rifampicine peut être efficace si pris assez tôt.

6) Bacilles anaérobies stricts GRAM-

Dans ce groupe, il s’agit principalement d’espèces Bactéroïdes. Elles peuvent être mobiles ou immobiles.
Elles tirent leur énergie de la fermentation.
Ce genre colonise souvent l’appareil respiratoire et le TD, ou encore les voies génitales. Il fait partie de la
flore normale, commensale. Il représente 99% de la flore bactérienne anaérobie strict fécale de l’homme.
Parmi ce genre, quelques espèces peuvent être pathogènes pour l’Homme. Elles entrainent des abcès qui
sont le point de départ de la septicémie :
- B. fragilis : rencontré dans les infections intra-abdominales à partir d’un abcès abdominal
- B. oralis : isolé dans les infections bucco-dentaires
Les Bacteroides pathogènes sont sensibles à certains antibiotiques, notamment les Sulfamides.

7) Bacilles anaérobie stricts GRAM+

Ce sont des bactéries qui fermentent. Le genre Clostridium est très dominant. Souvent, ce genre est mobile
grâce à des flagelles péritriches. Certaines espèces sont immobiles. La majorité des bactéries de ce genre
sont tuées au contact de l’air.
Certaines espèces peuvent sporuler. Cette sporulation leur confère une grande résistance à différents
facteurs physico-chimiques : par exemple, Clostridium résiste à des températures très élevées. Ce genre est
chimio-organotrophe et ubiquitaire (sols, végétaux, TD de l’homme et de certains animaux).
Plusieurs espèces de Clostidium sont pathogènes car elles libèrent des toxiques et entrainent des
intoxications :
- C. tetani : agent du tétanos (toxi-infection qui se manifeste par des contractures douloureuses,
fièvre), qui peut entrainer la mort. Un vaccin est efficace contre cette espèce : DTPolio.
- C. botulinum : agent du botulisme. Intoxication alimentaire qui entraine des troubles digestifs
(vomissement, diarrhée) et une paralysie des muscles.
- C. difficile : provoque des colites (inflammations du colon).
- C. perfringens : responsable des gangrènes. Cette espèce fabrique des enzymes capables de
dégrader les tissus. Elle fabrique aussi des toxiques à l’origine de troubles aigus du TD. Elle est
sensible à la pénicilline. Il faut aussi couper rapidement les membres nécrosés.

8) Bactéries intracellulaires obligatoires

Ces bactéries sont souvent de très petites tailles, plus petites que les autres. Elles sont incapables de se
multiplier en milieux de cultures, même si ce dernier est enrichi. Pour les isoler, on est obligé de travailler à
l’intérieur de cellules vivantes : dans des souris par exemple.
On compte 2 principaux genres : Rickettsia et Chlamydia.

A- Rickettsia
Les espèces du genre Rickettsia possèdent une structure caractéristique de bacille GRAM- immobile et
aérobie. Ces bactéries exigent un agent vecteur ou un hôte intermédiaire pour être transmise à l’hôte
définitif. Le vecteur est souvent un arthropode : pou, puce, tique. Les hôtes définitifs sont souvent les rats,
chiens, chats, hommes. Souvent, ces bactéries vont parasiter les globules rouges de l’hote définitif. La
transmission du vecteur à l’hôte définitif se fait par piqures. La plupart des bactéries de ce genre sont
pathogènes et les maladies varient en fonction de l’espèce impliquée.
Exemple : R. prowazekii. C’est une bactérie qui est agent du typhus : éruption cutanée, céphalée, forte
agitation (comportement inhabituel). L’Hôte définitif est l’homme et l’agent vecteur est le pou. Il faut en
premier lieu lutter contre les poux puis prescrire des antibiotiques à base de Chloramphénicol.
R. conorii se transmet au chien par le vecteur tique. Cela entraine chez le chien la fièvre boutonneuse
méditerranéenne : état fébrile, éruptions, comportement agité. Antibiothérapie et retrait des tiques.

B- Chlamydia
Ce genre est parasite. Ce sont des bactéries pléomorphes, elles sont souvent ovalaires (coccobacilles). Elles
sont très petites, immobiles et GRAM-. Elles présentent un cycle plutôt complexe pour des procaryotes : 2
phases de multiplication. Elles se présentent sous 2 formes de vie distinctes, chacune étant adaptée à un
environnement spécifique.
La première forme est ce qu’on appelle le corps élémentaire. Les corps élémentaires sont des cellules de très
petite taille (200 à 300 nm), extracellulaires. Ils sont denses aux électrons en ME et correspondent à la forme
infectante de la bactérie. C’est sous cette forme qu’ils pénètrent dans la cellule hôte. Une fois à l’intérieur,
les corps élémentaires changent d’aspect et passent à la 2 e forme de vie.
Ce sont les corps réticulés : cellules plus grosses (700nm à 1um). Ils sont plus fragiles, mais aussi capables de
multiplication. A la suite de la multiplication, les corps réticulés très nombreux donnent, près éclatement de
la cellule hôte, des corps élémentaires. Ces derniers se retrouvent à l’extérieur de la cellule et peuvent
entreprendre un nouveau cycle pour parasiter de nouvelles cellules hôtes.
Ce genre est souvent impliqué dans des maladies, néanmoins ces maladies ne sont jamais très graves :
- C. trachomatis : elle touche l’Homme, et particulièrement les cellules des muqueuses génitales. Ce
sont des bactéries à l’origine de MST (urétrite qui entraine chez la femme une cervicite :
inflammation du col de l’utérus). Les organes génitaux deviennent purulents. Il faut traiter ces
maladies à l’aide de cyclines et macrolides.

Il y a quelques controverses à propos des Rickettsia et Chlamydia. Certains biologistes disent que ces
bactéries rappellent beaucoup les virus mais il ne faut pas les considérer comme tel. En effet, ces bactéries
sont capables de synthétiser leurs propres nutriments par exemple. Les virus sont plus dépendants de leurs
hôtes.

II / Biologie moléculaire et taxonomie bactérienne

Les progrès réalisés dans la connaissance des génomes des bactéries ont permis une classification plus
rigoureuse. Aujourd’hui, 3 principaux critères génétiques sont évalués :
- Coefficient de Chargaff : c’est le rapport des bases Guanine + Cytosine sur le nombre total de bases.
Ce rapport s’exprime en pourcentage. Plus les gammes de pourcentages sont étroites et voisines
entre 2 bactéries, plus les genres bactériens sont apparentés.
- Taux d’hybridation ADN / ADN : on prend 2 genres bactériens différents et on s’intéresse à leur ADN.
On sépare les 2 brins d’ADN de bactéries, in vitro, et on prend le brin 3’-5’ de la 1 ère bactérie qu’on
met en face du brin 5’-3’ de la 2e. On regarde le résultat de l’hybridation de ces brins. Plus on a de
séquences complémentaires, plus il y a de parentés entre les bactéries.
- Séquence des ARNr (ribosomal) : on trouve les ARNr dans tous les organismes vivants, on peut les
séquencer rapidement et facilement, ils sont constants au niveau de leurs fonctions. L’ARNr 16S est
digéré et donne naissance à de courts fragments d’oligonucléotides. Ces oligonucléotides sont donc
facilement séquencés. Ces séquences sont comparées : quand les ARNr de 2 bactéries différents
contiennent plusieurs séquences semblables, alors elles sont apparentées. On se sert de statistiques
pour comparer automatiquement les séquences et construire des arbres phylogénétiques en
fonction de ces séquences.

Toutes ces techniques de biologie moléculaire ont permis de peaufiner la classification des bactéries sans
remettre en question les critères morphologiques ou écologiques. Ces techniques permettent de
comprendre l’évolution du monde bactérien.
Dans certains laboratoires, en plus de ces critères, on se sert d’un critère supplémentaire : la taille du
génome. Il est montré que ce peut être un critère supplémentaire pour démontrer le lien de parenté des
bactéries entre elles.

Classification par sérotypage :

On s’intéresse aussi à la taxonomie immunologique. Les bactéries sont des mozaiques d’antigènes. A la
surface des bactéries, il y a une complexité antigénique qui est mise à profit dans la classification et
l’identification bactériennes. On utilise des lots d’anticorps différents qu’on soumet aux bactéries. On classe
les bactéries les unes en fonctions des autres selon la fixation des anticorps à la surface des bactéries. Plus le
nombre de mêmes lots d’anticorps se fixant à la surface des bactéries est élevé, plus ces bactéries sont
apparentées. A l’intérieur d’une espèce bactérienne, on peut créer des sous-groupes en fonctions des
anticorps spécifiques qui s’accrochent en surface.
Ces sous-groupes sont appelés « sérotypes ». La méthode de classification associée est le sérotypage.

Sur une plaque noire : on dépose en ligne les souches pures bactériennes à 4 endroits. On rajoute ensuite
des lots d’anticorps. Pour toutes les souches, on met une goutte de chaque anticorps. On agite ensuite avec
un bâtonnet en verre. On regarde si les anticorps réagissent avec les antigènes de surface des bactéries. Si
c’est le cas, des coagulums blancs se forment. Il faut exactement les mêmes résultats (les bactéries
réagissent exactement aux mêmes anticorps) pour dire que 2 types de bactéries ont le même sérotypage. Si
les résultats se ressemblent avec quelques différences, on peut dire que les souches sont apparentées.

Classification par lysotypage :

Le lysotypage correspond au classement des bactéries en fonction des bactériophages spécifiques de ces
bactéries. La surface des bactéries est recouverte de récepteurs, dont certains permettent aux
bactériophages de s’accrocher, de manière spécifique, à certaines bactéries.
On a soumis des lots de bactériophages à des groupes de bactéries pour identifier quels genres bactériens
étaient sensibles aux mêmes bactériophages. Cela permet de classer les bactéries en plusieurs groupes, en
fonction de leur sensibilité aux bactériophages. Les groupes obtenus sont appelés « lysotypes » ou
« lysovares ».

On coule en nappe une souche bactérienne pure à la surface de la gélose. Sur cette nappe, on dépose des
gouttes de bactériophages différents. On incube la boite 24h sous la bonne température (37°C). Quand une
souche bactérienne est sensible à un bactériophage, on peut observer, à l’endroit où on a mis la goutte de
bactériophage, une lyse (trou).

Ici, la souche B et la souche D font partie du même lysotype. La souche A est apparentée aux souches B et D.