Contenu de la matière : Biochimie microbienne

Chapitre I : Energie, anabolisme, catabolisme

Chapitre II : Métabolisme énergétique des micro-organismes
- Source d'énergie et types trophiques
- Accepteur final d'électrons et types de respiration
Chapitre III : Catabolisme des glucides
- La glycolyse ou voie d'Embden-Meyer hoff.
- Les alternatives de la glycolyse
- Le métabolisme anaérobie du pyruvate
- Le cycle tricarboxylique de Krebs
- Le shunt glyoxylique
- Fermentations dérivées au cycle de Krebs ou du shunt glyoxylique.
Importance relative de ces voies métabolique chez les différents types de microorganismes:
bactéries, levures, moisissures.
- Le catabolise des glucides chez les levures (anaérobies et aérobie, application)
Catabolisme des glucides:
- Chez les bactéries lactiques, applications
- Chez les clostridies (fermentations butyriques)
- Chez les bactéries propioniques
Chapitre IV: catabolisme des autres composés organiques
- Les lipides
- Les protéines
- Les glucides
- Les composés mono carbonés Ethanol et glycérol
- Applications: anabolisme et production de biomasse et de métabolites
- Production d'acides aminés
- Production de lipides
- Production de nucléotides
- Production d'antibiotiques
- Production d'hormones
- Production de toxines
- Production de polysaccharides
- Production d'enzymes
- Bioconversions
INTRODUCTION A LA BIOCHIMIE MICROBIENNE

Les microorganismes sont capables d’effectuer une grande diversité de réactions biochimiques se
traduisant par la production de biomasse et par la dégradation, la transformation et/ou la production
de substances organiques ou minérales. Pour leur vie (entretien = maintenance), pour leur
développement (croissance = multiplication), et pour l’expression de leurs propriétés (mobilité,
sporulation, etc.), les microorganismes ont besoin d’énergie et d’éléments nutritifs. L’énergie
nécessaire est tirée du milieu (de culture ou naturel), directement sous forme d’énergie lumineuse ou
indirectement sous forme d’énergie chimique (par oxydation de substances organiques ou
minérales).

Le catabolisme est l’ensemble des réactions permettant la libération (récupération) d’énergie

biologiquement utilisable et la production de métabolites de base (métabolites primaires) à partir de
substrats organiques ou de réserves cellulaires. Cette dégradation est plus ou moins complète et
donne lieu à la formation de métabolites (métabolites secondaires = déchets du catabolisme). Les
réactions de catabolisme sont des oxydations (ou des déshydrogénations) et elles
sont thermodynamiquement favorables, c'est-à-dire qu'elles sont exergoniques (cédant de l'énergie,
produisant de l'énergie).

L’anabolisme est l’ensemble de réactions de synthèses cellulaires à partir de métabolites de base

issus du catabolisme et d’éléments du milieu. Les réactions de l'anabolisme sont des réductions et ne
sont pas spontanées, ce sont des réactions endergoniques c'est-à-dire qu'elles nécessitent un apport
en énergie pour avoir lieu. On peut aussi parler de biosynthèse.

Le terme bioconversion est utilisé lorsque des microorganismes sont employés en tant que moyen de
transformation (jouent le rôle d’une enzyme ou d’un complexe enzymatique = multi-enzymes). Dans
ce cas-là, la croissance (et parfois même la vie cellulaire) n’est pas nécessaire. En revanche, le terme
biotransformation doit être utilisé lorsque la réaction s’effectue avec croissance du microorganisme.
 NUTRITION MICROBIENNE

1- INTRODUCTION

Pour étudier les microorganismes au laboratoire, il faut les faire croître en culture pur, et pour cela nous
devons connaitre les types de nutriments dont ils ont besoin (facteurs chimiques) ainsi que les différentes
conditions physiques (facteurs physiques) qui permettent une croissance optimales (pH, température, activité
de l’eau, etc.).
Les espèces microbiennes sont très hétérogènes quant à leurs besoins nutritifs et besoins physiques. Donc,
pour un groupe particulier de microorganismes, il faut adapter les conditions de culture selon leurs besoins.
La nutrition microbienne doit être satisfaite par deux types de substances :
1- Les substances énergétiques: permettant à la cellule de réaliser la synthèse de ses propres
constituants.
2- Les substances élémentaires : carbone, azote, sels minéraux.

2- BESOIN ENERGETIQUE ET ELEMENTAIRES

Les microorganismes se multiplient à partir des éléments présents dans les milieux de culture. Ces
microorganismes ont un certain nombre de besoins communs: eau, source de carbone, sources
d’azote et éléments minéraux. Dans ces conditions beaucoup d’espèces peuvent croître et se
multiplier.
D’autres espèces sont incapables de croître car un constituant essentiel est nécessaire à la synthèse
d’un composé complexe indispensable à la vie cellulaire leur fait default. Ce constituant doit leur être
fourni pour leur développement : on l’appelle facteur de croissance.

2-1- Sources d’énergie et types trophiques

On définit des catégories qu’on appelle types trophiques (du grec trophus = nourriture) et qui sont
fondés sur :
- La nature de source d’énergie.
- La nature de la source de carbone.
- La nature de l’accepteur final d’électrons dans les réactions d’oxydo-réduction.

En ce qui concerne la source d’énergie, les microorganismes sont classés en trois types trophiques
qui sont
- Les phototrophes = photosynthétiques.
- Les chimiotrophes = chimiosynthétiques.
- Les paratrophes.

L’énergie nécessaire aux microorganismes est fournie par la lumière (organismes phototrophes) ou
par l’oxydation de substances chimiques (organismes chimiotrophes). Dans les deux cas, l’énergie est
stockée sous forme d’énergie de liaison chimique biologiquement utilisable (il s’agit de la liaison
anhydride phosphorique de l’ATP). La formation d’ATP à partir de la source primaire d’énergie est
plus ou moins complexe selon le type trophique ou métabolique. Les réactions de synthèse utilisent
l’énergie libérée par la décomposition de l’ATP en ADP:
2-1-1- Organismes phototrophes

Les plantes tirent leur énergie de la lumière (l’énergie lumineuse), celle-ci intervient également
chez les algues vertes, les Cyanophycées et quelques espèces bactériennes. Cette énergie (nécessaire
pour la croissance) est procurée par une réaction photochimique. Le processus de photosynthèse
comprend deux étapes: phase lumineuse et phase obscure.

La phase lumineuse (= photophosphorylation) aboutit à la formation d’ATP, c’est une réaction

génératrice d’énergie utilisable par la cellule. Cette phase nécessite la présence de pigments de type
chlorophylle, la nature des pigments chlorophylliens varie selon la nature de l’organisme
phototrophe.

Il existe deux types de photophosphorylation:

1- la photophosphorylation cyclique ne produit que l’ATP,

2- la photophosphorylation non-cyclique qui produit à la fois de l’ATP et du « pouvoir réducteur » et

nécessite la présence d’un donneur d’électrons (et de protons). C’est-à-dire la réaction de
transformation de l’énergie lumineuse en énergie chimique (formation d’ATP) est couplée avec
l’apparition d’un pouvoir réducteur (formation de NAD red).

- Chez les plantes, algues et cyanophycées, la substance donatrice de protons (et d’électrons)
intervenant dans la phase de synthèse est H2O, il y a donc libération de O2.

- Chez les bactéries photosynthétiques il n’y a jamais libération d’O 2 (H2O ne peut être donneur = RH2
n’est jamais H2O = R n’est jamais O). Le donneur d’électrons et de protons (RH 2) exogène peut être :

- Un composé minéral comme H2S chez les bactéries sulfureuses vertes ou pourpres : familles des
Thiorhodaceae (bactéries pourpres sulfureuses) et les Chlorobacteriaceae (bactéries vertes
sulfureuses) → photo-lithotrophes = photo-autotrophes, ou

- Un composé organique comme l’acide succinique chez les Athiorhodaceae (bactéries pourpres non-
sulfureuses) → photo-organotrophes = photo-hétérotrophes. La plupart des bactéries
photosynthétiques peuvent aussi utiliser l’hydrogène moléculaire. L’accepteur d’électrons et de
protons est le NADP+ (il se transforme après réduction en NADPH, H+).

La phase obscure correspond à une phase de synthèse de composés organiques, elle aboutit à la
formation de réserves de nature glucidique en utilisant du CO 2 ainsi que le pouvoir réducteur et l’ATP
formés au cours de la phase lumineuse. Cette synthèse s’effectue par une suite de réactions ou cycle
de Calvin dont le bilan se résume par la formule :

2-1-2- Organismes chimiotrophes

Les levures, les moisissures et la plupart des bactéries, sont incapables d’effectuer la photosynthèse.
Ces microorganismes utilisent exclusivement l’énergie libérée au cours de réactions chimiques
d’oxydation (non-numineuse), ce sont les « chimiotrophes ». Les réactions d’oxydation s’effectuent
de plusieurs façons :
 Il existe deux types :
1- Certains microorganismes tirent leur énergie de l’oxydation de substances exogènes minérales →
chimio-lithotrophes. Ces microorganismes (généralement des bactéries) forment un groupe restreint
intervenant au cours des cycles de la matière vivante dans le sol et dans les eaux, comme :
- Les bactéries oxydant l’hydrogène : Hydrogenomonas.
- Les bactéries oxydant l’ammoniaque : Nitrosomonas.
- Les bactéries oxydant les nitrites : Nitrobacter.
- Les bactéries oxydant composés réduits du soufre : Thiobacillus.

2- alors que d’autres la tirent de l’oxydation de substances exogènes organiques →

chimioorganotrophes, comme les champignons (= moisissures), les levures, et la majorité absolue des
bactéries (dans le sol, et les bactéries utilisées dans l’industrie pour la synthèse des antibiotiques, de
vitamines, d’acide aminés, etc.

Dans la plupart des cas la perte d’électrons est couplée à une perte de protons. Ces électrons et
protons réduisent un accepteur final par l’intermédiaire d’une chaine d’oxydoréduction. La formation
d’ATP s’effectue en grande partie durant ce transport (d’électrons et de protons), elle est donc
différée par rapport à la réaction d’oxydation.

Il existe des mécanismes de formation d’ATP ne passant pas par une chaine d’oxydoréduction, il y a
phosphorylation d’un substrat organique par le phosphore inorganique avec oxydation par
déshydrogénation et génération d’une liaison riche en énergie, la déphosphorylation entraîne ensuite
la formation d’une molécule d’ATP.

2-2- Sources de carbone

L’étude des besoins nutritifs des bactéries a progressée grâce à l’utilisation des milieux chimiquement
définis. Les exigences nutritionnelles permettent d’entrevoir deux grandes catégories de
microorganismes :

- Microorganismes capables de se développer sur un milieu inorganique contenant le CO 2 comme

seule source de carbone → autotrophes.

Parmi les autotrophes, certains sont stricts (le CO 2 est obligatoire) comme les bactéries nitrifiantes et
les bactéries sulfooxydantes. D’autres sont facultatifs, utilisant le CO2 ou un composé organique,
comme les bactéries pourpres non-sulfureuses (Athiorhodaceae).

- Les autres exigent des composés organiques pour se reproduire → hétérotrophes.

Parmi les hétérotrophes, de nombreuse espèces sont peu exigeantes (E. coli) et réalisent elles-
mêmes la synthèse de leur composés cellulaires à partir de nombreux composés organiques simples
comme les sucres, les acides aminés et les acides organiques. Ces microorganismes sont appelés
prototrophes, comme E. coli, Pseudomonas, etc. D’autres espèces ont des exigences nutritives plus
complexes et doivent trouver dans le milieu nutritif certains de leurs appelés auxotrophes. La plupart
des bactéries pathogènes sont auxotrophes, d’où le lien obligatoire hôte-microorganisme.

2-3- Sources d’azote

L’azote est un élément important car il est un constituant élémentaire des acides aminés, des
protéines, des bases azotées ainsi que d’un grand nombre de biomolécules essentielles. Ainsi, pour
synthétiser leurs protéines qui représentent 10% de leur poids sec, les microorganismes ont besoin
de substances azotées.

Quelques bactéries sont capable de fixer l’azote sous sa forme la plus simple (= l’azote moléculaire =
l’azote atmosphérique = N2), cas du Rhizobium vivant en symbiose avec les légumineuses en leur
permettant de fixer l’azote atmosphérique. Exemples de bactéries fixatrices d’azote atmosphérique
et qui fertilisent le sol : Azotobacter et Clostridium.

D’autres composés inorganiques sont parfois utilisés : les nitrites par Nitrobacter, les nitrates par de
nombreux groupes, l’ammoniac par certaines espèces.

2-4- Sources de soufre et de phosphore

Le soufre présent dans les acides aminés, les protéines. Il est utilisé soit sous forme minérale dans le
sol (sulfure ou sulfate), soit sous forme organique.

Le phosphore : minéral ou organique. Il joue le rôle d’une véritable centrale énergétique à l’échelle
cellulaire. Il permet l’accumulation et la distribution de l’énergie dans la cellule. Le phosphore fait
partie des acides aminés, des acides nucléiques, de l’ATP et des coenzymes.

2-5- Autres éléments minéraux

- Certains éléments jouent un rôle dans l’équilibre physico-chimique de la cellule. Ce sont le sodium,
le potassium, le magnésium et le chlore.

- D’autres font partie d’enzyme ou de coenzyme comme le fer des cytochromes et le magnésium de
la chlorophylle.

- Le calcium, le magnésium, le cobalt, le cuivre, le manganèse, le molybdène et le vanadium jouent un

rôle de cofacteurs ou activateurs d’enzymes. On les appelle oligoéléments car ils sont indispensables
mais en quantité infime (très faible quantité).

Exemple : Lactobacillus exige des ions Mn++ et Mg++ pour se développer convenablement. A l’opposé,
de nombreux ions métalliques peuvent être toxiques pour certaines espèces.

Quelques ions sont exigés à des taux définis pour l’élaboration d’une substance. Par exemple, la
production de toxine diphtérique (exotoxine produite par Corynebacterium diphtheriae) est optimale
à la concentration de 0,14 mg/l de fer dans le milieu, alors qu’elle est pratiquement nulle lorsqu’elle
atteint 0,5 mg/l. La synthèse des antibiotiques exige des ions minéraux : la pénicilline demande du
fer, du soufre et du phosphore.

L’élaboration des pigments par les bactéries dites pigmentées est strictement régie par ces
éléments : Serratia marcescens l’est par le fer et le magnésium. Besoin en grande quantité de sodium
pour les bactéries marines. Besoin de silice pour les diatomées.

3- BESOIN SPECIFIQUES : FACTEURS DE CROISSANCE

C’est un constituant qui doit être fourni à la cellule pour qu’elle puisse synthétiser un composé
complexe indispensable à la vie du microorganisme. Ainsi, en fonction de leurs besoins nutritifs, on a
classé les microorganismes en deux catégories :

- Les prototrophes : ne nécessitent pas de facteurs de croissance.

- Les auxotrophes : qui exigent des facteurs de croissance.

Par exemple, dans un milieu de culture contenant une source de carbone comme le glucose, une
source d’azote et des sels minéraux, E. coli se développe normalement alors que Proteus vulgaris
(une autre entérobactérie) est incapable a moins d’ajouter à ce milieu une faible quantité de
nicotinamide (facteur de croissance).

Types respiratoires : destinée des électrons

1- Chaines de transport d’électrons

Le système de transport des électrons est plus ou moins complexe selon la nature du substrat
oxydé, et varie d’un organisme à l’autre. Il fait intervenir des enzymes (déshydrogénases,
cytochromes réductases,…) et des coenzymes (FAD, NAD, NADP, cytochromes,…) qui constituent des
intermédiaires à la fois accepteurs et donneurs d’électrons (et parfois de protons). Il s’agit d’une suite
de réactions couplées d’oxydoréductions. L’énergie libérée par les réactions d’oxydoréductions
successives est utilisée pour le transfert membranaire des protons (théorie de Mitchell), ce qui crée
un gradient électrochimique dont le rééquilibrage permet la genèse de l’ATP. Il y a souvent
découplage entre le transport des protons et celui des électrons, exemple:

Les H+ vont directement à l’accepteur tandis que les électrons sont transportés par une chaine
spécifique. Le type classique de transport est celui de la « chaine respiratoire » ou « chaine des
phosphorylations oxydatives » des eucaryotes, cette chaine est localisée pour sa plus grande partie
dans les mitochondries. Sa présence et sa structure peuvent être mises en évidence par l’action de
différents inhibiteurs : cyanure, azide, antimycine A, roténone,…

Généralement, la longueur des chaines est plus ou moins grande selon les potentiels redox respectifs
du donneur initial et l’accepteur final d’électrons et il peut exister des voies branchées ou des voies
parallèles (voies alternes). Chez les bactéries, la localisation est membranaire (membrane
cytoplasmique) et il existe de nombreuses variantes.

En principe, le rendement énergétique des chaines longues est supérieur à celui des chaines courtes.
Le rendement énergétique maximal par couple d’électrons et de protons est de 3ATP (non compris
les ATP éventuellement formés par le mécanisme de phosphorylation du substrat), il est souvent
inférieur. Chez les bactéries, la présence d’ATPases gêne l’étude des rendements énergétiques.
2- Accepteurs finaux d’électrons

Le comportement « respiratoire » du microorganisme et ses relations vis-à-vis de l’air sont

conditionnés par la nature de l’accepteur final d’électrons et de protons. Il existe plusieurs définitions
des termes respiration et fermentation. Au sens strictement biochimique, le terme respiration, ou
métabolisme oxydatif, est appliqué aux processus d’oxydation dans lesquels l’accepteur final est une
molécule minérale, alors que le terme fermentation, ou métabolisme fermentaire, est appliqué au
cas où l’accepteur final est un composé organique, généralement endogène. Il existe également un
mécanisme d’élimination directe des électrons et protons. Ce mécanisme, propre à de nombreuses
bactéries anaérobies, entraine la formation d’hydrogène sous l’action d’une hydrogénase. Ce
système n’est énergétique que si l’hydrogénation est liée à une phosphorylation directe du substrat.
Lorsqu’il y a métabolisme oxydatif, les produits carbonés (déchets du métabolisme) ont un degré
d’oxydation du carbone supérieur à celui du substrat. La respiration « classique » d’un substrat
organique conduit à la dégradation complète de son squelette carboné avec formation de CO2
(forme biologique la plus oxydée du carbone).

En microbiologie, toute dégradation incomplète du substrat, donnant des métabolites carbonés, est
appelée fermentation, même s’il s’agit d’un métabolisme oxydatif (il est préférable dans ce cas de
parler d’une fermentation oxydative).

2-1- Respiration aérobie

Il existe divers mécanismes de respiration aérobie (l’accepteur final des protons est l’oxygène
de l’air), ils ne peuvent intervenir que dans des conditions d’aérobiose. Les microorganismes ne
possédant qu’un système de ce type sont des « aérobies strictes ».

La voie la plus couramment rencontrée chez les microorganismes aérobies est la voie classique des
cytochromes. L’enzyme terminale est la cytochrome oxydase, il y a formation de H2O. Ce type de
respiration est habituellement lié à la dégradation complète du substrat. La formation de H2O peut
se faire sans intervention de la cytochrome oxydase ou être totalement cytochrome-indépendante.
Des cas de respiration « insensible au cyanure » ont été décrits chez des microorganismes
eucaryotes. Ces voies alternes peuvent présenter une part importante de la respiration et sont aussi
localisées dans la mitochondrie. Chez certaines levures, ces oxydations interviennent au niveau
du coenzyme Q et sont sensibles à l’action des acides hydroxamiques (acide salicylhydroxamique :
SHAM). Il y a des systèmes équivalents chez les bactéries.

Certains processus d’oxydation entrainent la production de peroxyde d’hydrogène (H2O2). Ils font
intervenir des flavine oxydases fonctionnant avec l’oxygène moléculaire, ainsi qu’une superoxyde
dismutase (parfois qualifiée de « peroxydase »):

Ce système est généralement court et peu, ou pas, énergétique. Le peroxyde d’hydrogène est
toxique pour la cellule sauf si elle possède la catalase, capable de décomposer le H2O2 en H2O
et O2. Lorsqu’un microorganisme possède ce système et pas de catalase, le contact avec l’oxygène
de l’air est toxique et il est donc anaérobie strict. Les microorganismes anaérobies aérotolérants
dépourvus de catalase ont des flavine oxydases ne réagissant pas avec O2 et ne possèdent pas de
superoxyde dismutase. Certains ont une croissance stimulée par des milieux contenant une catalase
(sang). Chez Peptococcus anaerobicus, microorganisme aérotolérant, la réaction est :

2-2- Respiration anaérobie

La respiration anaérobie est un processus où l’accepteur final d’hydrogène est une substance
minérale oxydée. De nombreux microorganismes sont capables d’oxyder complètement le glucose en
l’absence d’air à condition qu’il y ait du nitrate dans le milieu. Outre les nitrates, d’autres produits
peuvent être utilisés : nitrites, sulfates, soufre, CO2…

L’oxydation anaérobie de l’hydrogène (H2) chez les chimiotrophes fait intervenir le même type de
réaction :

Lors de la respiration anaérobie, la dégradation du substrat organique source d’hydrogène (H+, e-)
peut ne pas être complète et aboutit à d’autres substances (acides organiques).

2-3- La fermentation
Une substance organique, généralement endogène et issue de la dégradation du substrat, sert
d’accepteur d’électrons (et de protons) : ce substrat est souvent l’acide pyruvique ou un produit
dérivé (acétaldéhyde, acétolactate…). La transformation fumarate /succinate est également
fréquente : rencontrée chez Escherichia coli, en anaérobiose sur glycérol, ou chez Bacteroides, à
partir de substrats comme H2 ou l’acide formique. De nombreuses fermentations peuvent s’effectuer
en anaérobiose car tous les électrons et protons issus de l’oxydation du substrat servent à réduire
l’accepteur organique (cas de la fermentation homolactique). Pour d’autres fermentations, une partie
seulement des électrons et protons est ainsi utilisée : l’oxygène intervient comme accepteur
complémentaire, de manière facultative (certaines fermentations hétérolactiques bactériennes) ou
obligatoire (fermentation des pentoses par certaines levures).
2-4- Fermentation oxydative
Les fermentations oxydatives donnent des produits plus oxydés que le substrat et nécessitent
habituellement la présence d’oxygène comme accepteur d’électrons et de protons (fermentation
gluconique, fermentation acétique…). Il s’agit de respirations « incomplètes ».
Chapitre III CATABOLISME DES GLUCIDES

Les glucides susceptibles d’être dégradés par les microorganismes sont nombreux et variés.
Les polyholosides comme l’amidon, la cellulose, l’inuline et parfois des plus petites molécules comme
le saccharose sont incapables de pénétrer dans la cellule. Ils doivent être au préalable découpés en
fragments de faible poids moléculaire par des enzymes hydrolytiques, excrétées par le
microorganisme dans le milieu. Les produits formés pénètrent ensuite dans la cellule. Dans la plupart
des cas, la transformation des macromolécules glucidiques, ainsi que de diverses autres substances
organiques, aboutit à la formation d’hexose (essentiellement glucose) ou de pentoses. Le glucose est
le point de départ des principales voies du catabolisme cellulaire.

1- Dégradation de l’amidon

L’amidon constitue la principale réserve glucidique végétale, il renferme deux polysaccharides en

proportions variables selon les cas : l’amylose (constituant majeur) et l’amylopectine (constituant
mineur).

L’amylose est une molécule flexible, de structure linéaire correspondant à plusieurs centaines de
résidus α-D-glucopyranose unis par des liaisons 1-4.

L’amylopectine est aussi un polymère du glucose, composé de chaines linéaires similaires à celle
de l’amylose, mais reliées les unes aux autres par des liaisons α(1-6). Les points de branchement sont
distants d’environ 20 à 30 unités de glucose.

Les amylases microbiennes peuvent être classées essentiellement en deux grands groupes en
fonction de leur mode d’attaque :

- α-amylase ou α(1-4)-glucane glucanohydrolase (EC 3.2.1.1), dont l’action est toujours de type
endomoléculaire et conduit à la formation de D-glucose, de maltose et d’une petite quantité de
maltodextrines. Les α-amylases se rencontrent chez de nombreuses bactéries (des
genres Bacillus et Clostridium), de nombreuses moisissures (des genres Aspergillus et Rhizopus), ainsi
que chez quelques levures (des genres Candida, Pichia, Endomycopsis, lipomyces et
Schwanniomyces).

- Glucoamylase ou α(1-4)-glucane glucohydrolase (EC 3.2.1.3), elle libère des unités de glucose à
partir des extrémités non réductrices des polymères. Elle hydrolyse l’amylopectine et l’amylose
complètement en D-glucose et est également capables d’hydrolyser les liaisons α(1-6) ainsi que les
liaisons α(1-4) et α(1-3). Elle hydrolyse aussi le maltose. L’amyloglucosidase (glucoamylase ou γ-
amylase) est rencontrée chez les moisissures (Aspergillus, Rhizopus), les levures (Endomyces,
Endomycopsis, Candida, Saccharomyces diastaticus…) et chez les bactéries.

Il existe des β-amylases (Bacillus subtilis, quelques moisissures), dont l’action est exomoléculaire.
Elle est répandue chez les végétaux et rare chez les microorganismes.

2- Dégradation de la cellulose

La cellulose est un polymère linéaire de D-glucose, les molécules de glucose sont liées entre elles
par des liaisons β(1-4). Des microorganismes cellulolytiques sont rencontrés dans une grande variété
de genres bactériens(Acetivibrio, Bacillus, Cellovibrio, cellulomonas, Clostridium, Cytophaga, Erwinia,
Streptomyces…) et de moisissures (Aspergillus, cladosporium, Penicillium, Fusarium…), qui jouent un
rôle de premier plan dans le cycle du carbone. Chez les levures ces enzymes sont rares.
 3- Catabolisme du glucose

La voie de dégradation des hexoses la plus anciennement connue est la glycolyse qui conduit à la
formation transitoire d’acide pyruvique.

Il existe des alternatives de la glycolyse chez une grande variété de microorganismes aérobies ou
anaérobies.ces voies sont empruntées soit de façon exclusive, soit concurremment avec la glycolyse.

3-1- La glycolyse ou voie d’Embden-Meyerhof ou d’Embden-Meyerhof-Parnas (EMP)

Cette voie dite de l’hexose diphosphate, est très largement répandue parmi les microorganismes :
levures, moisissures, bactéries aéro-anaérobies (Entérobactéries…). Pour certains, le glucose est
dégradé exclusivement, ou presque, par cette voie (Streptomyces griseus 97%, Trypanosoma 100%).

Les points importants de la chaine de la glycolyse sont :

- Activation du glucose sous forme de glucose-6P au moyen d’ATP, isomérisation et seconde

phosphorylation pour donner du fructose-1,6-diphosphate et deux ADP.

- Clivage du fructose-1,6diP en deux molécules de triose-phosphate, sous l’action de l’aldolase

(enzyme caractéristique de cette voie métabolique).

- Isomérisation 3-phosphoglycéraldéhyde/dihydroxyacétone-phosphate et déshydrogénation avec

réduction de NAD+. Cette réaction s’accompagne d’une phosphorylation au niveau du substrat et
conduit à la formation de 1,3diphosphoglycérate (possède une liaison riche en énergie).

- Transfert d’une liaison ester phosphorique du 1,3diphosphoglycérate à l’ADP.

- Transfert de la liaison ester phosphorique du phosphoénolpyruvate à l’ADP et formation de

pyruvate et ATP.

Le bilan est :

3-2- Voie de l’hexose monophosphate (HMP) ou voie de Warburg-Dickens-Horecker

Cette voie aérobie est très importante car elle fournit des pentoses, requis pour la synthèse des
acides nucléiques et des groupements prosthétiques contenant des nucléotides. Elle fournit
également les éléments nécessaires à la synthèse des acides aminés aromatiques et des vitamines. La
voie de l’hexose monophosphate ne produit pas directement de l’énergie, mais le NADPH2 formé est
une source d’ATP lorsque les électrons sont transportés jusqu’à l’oxygène par l’intermédiaire de la
chaine respiratoire ; le NADPH2peut être également utilisé par le métabolisme lipidique.

Cette voie est présente, aux cotés de la glycolyse à des proportions variables, chez de nombreux
microorganismes. Elle est utilisée, au moins partiellement, par les levures et moisissures et de
nombreuses bactéries aéro-anaérobies comme Escherichia coli. Elle joue un rôle fondamental chez
les bactéries aérobies dépourvues de glycolyse (Pseudomonas, Xanthomonas, Acetobacter xylinum…).

Les premières étapes conduisent à la formation de gluconate-6P et sont communes avec des
d’autres voies respiratoires et fermentaires. A partir du gluconate-6P, il y a formation de ribulose-5P,
point de départ du cycle oxydatif des pentoses-P.

L’équation globale est :

 3-3- Voie du 2-céto-3-désoxygluconate ou voie d’Entner-Doudoroff

Cette voie possède des étapes communes à la fois avec la voie de l’hexose monophosphate et avec
la glycolyse. Elle a été découverte par Entner et Doudoroff en étudiant l’oxydation du glucose par des
espèces de Pseudomonas(microorganismes aérobies). Elle est rencontrée aussi chez Azotobacter et
certaines moisissures. Actuellement, il n’y a qu’une seule bactérie, Zymomonas mobilis, qui utilise
cette voie pour la fermentation anaérobie du glucose.

Les étapes essentielles de cette voie sont :

- Activation du glucose par l’ATP.

- Oxydation du groupement aldéhyde du glucose-6P pour former le 6-phosphogluconate avec

réduction parallèle du NADP+.

- Déshydratation du 6-phosphogluconate et formation du CDPG ou KDPG (2-céto-3-désoxy-6-

phosphogluconate).

- Clivage par la CDPG-aldolase pour donner d’une part du glycéraldéhyde-3P et d’autre part du
pyruvate.

- Transformation du glycéraldéhyde-3P en pyruvate au moyen de la glycolyse avec formation de 2

moles d’ATP et 1 mole de NADH2 par mole de triose phosphate.

Pour une molécule de glucose, il y a formation de 1 ATP, 1 NADPH2 et 1 NADH2.

Chez les Pseudomonas, cette voie est utilisée conjointement avec celle de l’hexose
monophosphate.

3-4- Fermentations dérivées de la voie de l’hexose monophosphate

Le métabolisme des bactéries hétérolactiques en est un bon exemple « voie des pentoses-
phosphates ». Elle aboutit, en dehors du lactate, à la formation d’éthanol, de CO2 et d’acétate. Les
bactéries hétérolactiques possèdent le système « glycéraldéhyde-P déshydrogénase », mais elles sont
en revanche dépourvues de fructose-6P kinase. Il existe plusieurs systèmes de fermentation
hétérolactique bactérienne.

Il existe en outre d'autres fermentations comme les fermentations gluconiques et kojique.

4- Dégradation des autres sucres

4-1- catabolisme des pentoses

La dégradation des pentoses a été très bien étudiée chez les Entérobactéries et les
Lactobacilles. Quel que soit le pentose métabolisé, sa dégradation aboutit à la formation de D-
xylulose-5P, lequel est ensuite métabolisé soit par la voie de l’hexose monophosphate (cycle des
pentoses) soit par celle des pentoses-phosphates (voie des bactéries hétérolactiques) avec
intervention de la phosphocétolase. Selon le pentose de départ, il y a intervention d’isomérases,
transcétolases et transaldolases, avant d’aboutir au xylulose-5P.
 4-2- dégradation du fructose
Le fructose peut être soit oxydé en 5-céto-D-fructose par la D-fructose-NADP-5oxydo-réductase
(Acetobacter cerinus, bactérie aérobie stricte), soit phosphorylé en fructose-1P (Escherichia coli,
Zymomonas, Clostridium) ou plus rarement en fructose-6P. La première phosphorylation est suivie
d’une seconde qui aboutit au fructose-1,6-diphosphate, celui-ci est ensuite dégradé par la voie de la
glycolyse.

4-3- dégradation du mannose

Le mannose peut être catabolisé par deux mécanismes différents : un mécanisme cyclique et
un mécanisme non cyclique. Les deux mécanismes existent pour l’isomère D, alors que l’isomère L
semble n’être catabolisé que par le mécanisme non cyclique.

Dans le mécanisme cyclique (Aerobacter aerogenes), le D-mannose est phosphorylé en

mannose-6P, qui est ensuite transformé en fructose-6P (métabolisé ensuite par la glycolyse). La
phosphorylation du mannose se fait par transfert du phosphate du glucose-6P au mannose. Le
glucose-6P est ensuite régénéré soit par isomérisation du mannose-6P en fructose-6P, soit par
phosphorylation directe du glucose, grâce à une glucokinase.

L’utilisation du L-mannose fait intervenir le mécanisme non cyclique. Le L-mannose est d’abord
converti en L-fructose par une isomérase. Il y a ensuite phosphorylation du fructose en fructose-1P,
lequel est coupé en dihydroxyacétone-phosphate et en L-glycéraldéhyde, dont la métabolisation
s’effectue par la glycolyse.

4-4- dégradation du saccharose

Le saccharose est d’abord hydrolysé en glucose et fructose par l’invertase présente chez de
nombreuses levures (Candida utilis, Saccharomyces cereviciae…), de nombreuses moisissures
(Aspergillus niger, Penicillium chrysogenum…) et de nombreuses bactéries (Clostridium pasteurianum,
Streptococcus…). Le glucose et le fructose sont dégradés par les voies précédemment décrites.

Le saccharose est hydrolysé à l’extérieur de la cellule chez les levures et moisissures. Chez de
nombreuses bactéries (bactéries lactiques, Bacillus subtilis), le saccharose est transporté à l’intérieur
de la cellule sous forme de saccharose-P et ensuite hydrolysé en glucose-6P et fructose.

Chez diverses bactéries (Bacillus subtilis, Zymomonas), il existe en outre une levane saccharase
qui contribue à la synthèse des levanes :

4-5- catabolisme du lactose et galactose

De nombreux microorganismes possèdent une β-galactosidase : des levures (Kluyveromyces,

Candida…), des moisissures (Aspergillus…), des bactéries (E. coli, Lactobacillus, Bacillus…). Après
hydrolyse du lactose, le glucose formé est dégradé par l’une des voies précédemment décrites. Quant
au galactose, il est dégradé, notamment chez les levures, par la voie de Leloir-Kalchar. Il est d’abord
phosphorylé puis transformé en glucose-1P, métabolite directement utilisable par la cellule après
isomérisation en glucose-6P. les réactions d’isomérisation font intervenir l’uridine diphospho-glucose
(UDPG) et l’uridine diphospho-galactose (UDP-Gal) .
 Chez Escherichia coli, le métabolisme du lactose dépend d’une perméase spécifique et utilise la
voie de Leloir comme chez la levure.

Chez Lactobacillus casei, le lactose est phosphorylé par un système phosphotransférase en

lactose-P qui est scindé dans la cellule en glucose et en galactose-6P ; la métabolisation a lieu par la
voie du tagarose.

La voie du tagarose est également utilisée chez Staphylococcus aureus pour le métabolisme du
lactose et du galactose.

4-6- catabolisme du maltose

Il est généralement hydrolysé en 2 molécules de glucose par une maltase (ou

glucoamylase). Chez E. coli, il est métabolisé avec intervention d’une transglycosylation.

Destinée du pyruvate

1- Métabolisme anaérobie du pyruvate

Différents microorganismes, en particulier des bactéries anaérobies strictes ou facultatives,

métabolisent le pyruvate en anaérobiose par des voies variées.

1-1- Fermentation alcoolique

Il s’agit d’une fermentation très répandue chez les levures (Saccharomyces, Kluyveromyces,
Brettanomyces,…). Les bactéries capables de réaliser la fermentation alcoolique sont peu
nombreuses (Zymomonas mobilis). La glycolyse constitue la première grande étape de la
fermentation alcoolique des levures. Dans le cas de Zymomonas mobilis, le glucose est dégradé par la
voie d’Entner-Doudoroff. Les deux voies aboutissent au pyruvate, celui-ci est décarboxylé en
acétaldéhyde et CO2. La réduction de l’acétaldéhyde engendre la formation d’éthanol. D’autres
substances peuvent être produites en faibles quantités (glycérol et acide acétique en particulier). La
conversion d’une molécule de glucose en éthanol, par les levures, se traduit par la synthèse de 2
molécules d’ATP.

1-2- fermentations homolactiques

L’acide lactique est le produit essentiel de ce type de fermentation (>90% des produits formés),
contrairement à la fermentation hétérolactique (entre 25 et 90% d’acide lactique). L’acide lactique
provient de la réduction de l’acide pyruvique catalysée par la lacticodéshydrogénase. Il peut être de
forme D, L, ou DL, ceci dépend de la stéréospécificité de la lacticodéshydrogénase et de la présence
ou l’absence de racémase (le microorganisme peut posséder une L- lacticodéshydrogénase, une D-
lacticodéshydrogénase ou les deux).

La fermentation homolactique est effectuée par tous les membres des genres
bactériens Streptococcus, Pediococcus et Microbacterium, par beaucoup de Lactobacillus, par
certains Bacillus et certaines moisissures (Phycomycètes : Oomycètes). L’acide lactique est utilisé
comme additif alimentaire. Les fermentations homo- et hétérolactiques interviennent également
dans la fabrication de nombreux produits alimentaires (fromages, choucroute, salaisons, saumure de
légumes…).
1-3- Fermentation hétérolactique fongique

Parmi les moisissures, Rhizopus oryzae constitue un cas particulier. Cultivé en aérobiose, il produit
un mélange d’acide lactique, de l’acide acétique et du CO2, alors que dans des conditions anaérobies,
il produit un mélange d’acide lactique, d’éthanol, et de CO2. Ces produits sont identiques à ceux
obtenus au cours de la fermentation hétérolactique des Leuconostoc mais le mécanisme de
formation est différent : la dégradation du glucose s’effectue par la voie de la glycolyse. En aérobiose,
une partie du pyruvate est transformée en acide lactique, l’autre est oxydée.

En anaérobiose, une partie du pyruvate est transformée en éthanol et CO2, l’autre en acide
lactique. L’acide lactique formé dans les deux cas est de forme D.

1-4- Fermentation acide mixte et butylène-glycolique

La fermentation acide mixte est réalisée par des Entérobactéries appartenant aux
genres Escherichia, Salmonella, Proteus, Shigella, Yersinia. Elle est aussi rencontrée chez les Vibrio,
certains Aeromonas… Elle est caractérisée par la production d’éthanol et de plusieurs acides
organiques : acides lactique, acétique, succinique et formique. Certaines espèces (Escherichia coli,
Proteus, certaines Salmonella) possèdent l’hydrogène lyase formique et décomposent
immédiatement l’acide formique en H2 et CO2 à pH neutre ou acide :

La fermentation butylène glycolique est réalisée par les membres des genres Enterobacter,
Klebsiella, Serratia(entérobactéries), mais aussi par certains Aeromonas et Bacillus. Elle aboutit aux
produits de la fermentation acide mixte. Il y a en outre formation de 2,3-butanediol (ou 2,3-butylène
glycol), qui est avec l’éthanol la substance la plus abondante. Le 2,3-butanediol est formé par
réduction de l’acétylméthylcarbinol (ou acétoïne), produit issu du pyruvate par l’intermédiaire de
l’acétolactate. L’acétoïne et le diacétyle sont formés en aérobiose.

Généralement, les acides sont en faible quantité, bien que Serratia produise beaucoup d’acide
formique. Chez les autres Entérobactéries à fermentation butylène-glycolique, la présence
d’hydrogène lyase formique entraine la formation d’H2 et de CO2 ; ce dernier est plus abondant que
l’H2 car il est également formé au cours d la synthèse du 2,3-butanediol. A pH neutre ou basique, le
pourcentage des produits acides augmente.

1-5- Fermentations butyriques et acétono-butyliques

Certains Clostridium (C.butyricum, C.perfringens), les Butyribacterium,

certaines Serratia et Zymosarcina produisent de l’acide butyrique, ainsi que de l’acide acétique, du
CO2 et de l’hydrogène. L’acide butyrique est formé par condensation de deux molécules d’acétyl-
CoA en acétolactate, lequel est ensuite réduit en β-hydroxybutyrate puis en butyrate. Une partie de
l’acétyl-CoA, formé à partir du pyruvate, conduit à la formation d’ATP et d’acide acétique.
 Chez les Clostridium, la décarboxylation du pyruvate se fait par réaction phosphoroclastique :

Outre les produits de la fermentation butyrique, certains Clostridium peuvent donner des alcools
(butanol, éthanol, isopropanol) et de l’acétone.

1-6- Fermentations propioniques

Diverses bactéries anaérobies strictes ou facultatives (Propionibacterium,

certains Clostridium, Corynebacterium, Neisseria, Veillonella…) produisent par fermentation l’acide
propionique, l’acide acétique, CO2 et l’acide succinique. L’acide propionique est formé par réduction
du pyruvate (l’acide lactique étant l’intermédiaire), mais il peut l’être aussi par décarboxylation de
l’acide succinique (Propionibacterium pentosaceum).
La fermentation propionique peut s’effectuer aussi à partir du lactate avec le pyruvate comme
intermédiaire, sauf chez Clostridium propionicum où l’intermédiaire est l’acide acrylique.
Les Propionibacterium jouent un rôle important dans le tube digestif des ruminants.
Propionibacterium intervient dans la fabrication des fromages à pâte cuite.

2- Métabolisme aérobie du pyruvate

2-1- cycle de Krebs (cycle des acides tricarboxyliques « TCA » ou cycle citrique
En présence d’air, les microorganismes aérobies stricts ou facultatifs assurent l’oxydation complète
du glucose. Le pyruvate formé est oxydé par le cycle de Krebs et le shunt glyoxylate. Le cycle de Krebs
est la voie d’oxydation aérobie de l’acétate provenant non seulement de la glycolyse ou du shunt de
l’hexose monophosphate, mais encore de la β-oxydation des acides gras. Ses composantes
enzymatiques participent directement ou indirectement à la dégradation du squelette carboné de la
plupart des aminoacides. Le cycle fournit les composés de départ des réactions de synthèse. Il existe
des différences sensibles entre organismes : dans le cycle « classique », le malate est oxydé en
oxaloacétate par la malate déshydrogénase NAD-dépendante (E. coli), chez Serratia ou Pseudomonas,
il existe une déshydrogénase directement liée aux cytochromes. Chaque tour du cycle produit, à
partir de l’acétate, deux molécules de CO2 et 8 (H+, e-), sous forme de 2 NADH2, 1NADPH2 et 1
FADH2. Ces électrons et protons sont transportés vers l’oxygène par la chaine respiratoire. Il y a
formation au maximum de 3 molécules d’ATP par paire d’électrons transportée entre les NAD et
l’oxygène. Le rendement global par mole de glucose oxydé par l’intermédiaire de la glycolyse et du
cycle de Krebs est donc au maximum de 38 ATP. Chez les bactéries, il est difficile de connaitre le
nombre réel d’ATP libérés, la présence d’ATPase gênant la mise en évidence de l’ATP formé. Des
mesures indirectes suggèrent que le bilan est identique à celui des organismes supérieurs alors que
les mesures directes ne permettent de mettre en évidence que 16 ATP par mole de glucose.
Le cycle de Krebs ne peut fonctionner en conditions anaérobies car la succinate déshydrogénase et
l’α-cétoglutarate déshydrogénase sont inactives. Cependant, il peut encore se produire des réactions
à partir de l’oxaloacétate vers le succinate (branche réductrice « à contre-sens » avec intervention
d’une fumarate réductase) et vers l’ α-cétoglutarate (branche oxydative) : cas d’Escherichia coli.
Le cycle peut entièrement fonctionner à « contre-sens » de manière réductrice pour la fixation
autotrophique du CO2 (chez de nombreuses bactéries photosynthétiques et des archéobactéries, en
particulier les méthanogènes).

2-2- shunt glyoxylique

Certains microorganismes (E. coli et de nombreuses espèces de moisissures et de Pseudomonas)

sont capables de se développer à partir de l’acétate comme seule source de carbone et d’énergie.
Ces organismes ont toutes les enzymes du cycle de Krebs mais ont en plus :
- l’isocitrase lyase, coupe l’isocitrate en succinate et glyoxylate.
- la malate synthétase condense le glyoxylate avec l’acétyl-CoA pour former le malate.
Le shunt glyoxylique ne fournit aucune énergie biologiquement utilisable. Il ne fonctionne que
lorsque le micro-organisme est cultivé sur acétate car le glucose réprime ces deux enzymes.
Lors de la croissance sur acétate, les cellules décarboxylent l’oxaloacétate pour fournir du
phosphoénolpyruvate, point de départ de la biosynthèse des hexoses et des pentoses.

Il existe plusieurs fermentations dérivées du cycle de Krebs et du shunt glyoxylate.

Dégradation des lipides

Les triglycérides sont hydrolysés en acides gras et glycérol, grâce à des lipases ou à des estérases
moins spécifiques, souvent exocellulaires. Ces lipases se rencontrent chez les moisissures
(Aspergillus, Penicillium, Rhizopus, Geotrichum…), les levures (Candida, Torulopsis, Saccharomyces,
Saccharomycopsis…) et les bactéries (Serratia, Pseudomonas, Xanthomonas, Chromobacterium,
Alcaligenes, Staphylococcus…).

Le glycérol entre dans la glycolyse au niveau de la dihydroxyacétone-P. les acides gras, quant à eux,
sont d’abord activés par l’ATP en présence de coenzyme A pour former un acyl-CoA, lequel est oxydé
en β-céto-acyl-CoA. Après hydrolyse, il se forme de l’acétyl-CoA et un acyl-CoA possédant deux
carbones de moins. Les réactions d’oxydation se poursuivent autant qu’il est nécessaire selon la
longueur de la chaine carbonée. L’acétyl-CoA formé peut être incorporé dans le cycle de Krebs et le
shunt glyoxylique.

Catabolisme des protéines

Dégradation des protéines

Les protéines sont des composés organiques de haut poids moléculaire, constituées d’acide aminés
liés entre eux par des liaisons peptidiques. Leur dégradation comporte les étapes suivantes :

1- Protéolyse : protéases et peptidases

Il existe de nombreuses protéases microbiennes (généralement exocellulaires) plus ou moins

spécifiques : collagénases, gélatinases… Elles agissent aussi bien sur les protéines que sur les
oligopeptides. Elles scindent la molécule protéique en fragments polypeptidiques, constitués de
quelques acides aminés seulement. Les espèces protéolytiques les plus connues appartiennent aux
genres bactériens Clostridium, Bacillus, Proteus, Streptomyces, Pseudomonas, Aeromonas… ainsi qu’à
de nombreux genres fongiques.

Les peptidases hydrolysent les polypeptides et les transforment en leurs sous-unités constitutives,
les acides aminés. De petits polypeptides pénètrent dans les cellules : chez la levure, il s’agit
essentiellement de di- et tripeptides. L’entrée des acides aminés dépend de la présence de systèmes
« perméase» nombreux et variés.

Les peptidases sont de deux types, les endopeptidases et les exopeptidases, en fonction de leur
mode d’attaque de la chaine polypeptidique. Les exopeptidases sont elles-mêmes subdivisées en
deux catégories :

- Les aminopeptidases commencent leur action par l’extrémité –NH2 libre du polypeptide et leur
activité dépend souvent de la présence d’ions métalliques.

- Les carboxypeptidases débutent leur attaque par l’extrémité –COOH libre du polypeptide.
L’activité de ces différentes enzymes conduit à la libération de di- et tripeptides qui sont ensuite
hydrolysés en acides aminés.

2- Catabolisme des acides aminés libérés

Il existe deux voies principales : la désamination et la décarboxylation.

Les aminoacides désaminases sont à la fois des enzymes oxydatives et des enzymes non
oxydatives.

La désamination oxydative conduit à la formation d’un imino-acide qui est ensuite hydrolysé en
ammoniaque et en acide α-cétonique : elle fait intervenir des coenzymes flaviniques (FAD).

La désamination non oxydative peut être de trois types :

-La désamination désaturante produit l’ammoniaque et un acide insaturé (exemple: aspartate se

transforme en fumarate).

-La désamination par déshydratation est particulière aux acides aminés hydroxylés (serine), elle est
exclusivement microbienne. Il y a formation d’ammoniaque et d’un acide cétonique. La dégradation
de la cystéine se fait par une réaction voisine mais il y a libération de SH2 (cystéine sulfhydrase).

-La désamination réductive consiste en une réduction de l’acide aminé en acide saturé
correspondant, avec formation d’ammoniaque.

Il existe un dernier type de désamination, appelé :

Désamination couplée (réaction de Stickland). Il s’agit d’une réaction d’oxydoréduction couplée
entre deux acides aminés, l’un jouant le rôle d’accepteur d’hydrogène, l’autre de donneur :

La réaction de Stickland est réalisée par un grand nombre de bactéries anaérobies strictes
sporulées (Clostridium) : elle fait intervenir un coenzyme à NAD.
Les Clostridium qui ne réalisent pas cette réaction dégradent les acides aminés grâce à un
processus catalytique de transamination proche de celui des animaux supérieurs.

Les acides issus de la désamination intègrent les voies du métabolisme glucidique : pyruvate
(alanine, glycine, sérine, cystéine…), acétyl-CoA (leucine, isoleucine, lysine…), oxaloacétate
(aspartate) …
Les décarboxylases agissent sur les aminoacides pour former du CO2 et une amine :

Cette réaction est effectuée par un grand nombre de microorganismes protéolytiques ou non. Les
amines sont des composés nauséabonds, parfois toxiques (histamine). La manière de dégrader un
aminoacide est contrôlée en partie par le pH du milieu. Un milieu acide favorise la formation de
décarboxylases alors que le milieu alcalin stimule celle de désaminases.

Catabolisme d'autres composés organiques

1- catabolisme des hydrocarbures

Beaucoup de Pseudomonas, d’autres groupes bactériens (Micrococcus, Actinomycètes), de levures

et des moisissures sont capables d’utiliser comme seule source de carbone la quasi-totalité des
hydrocarbures paraffiniques et aromatiques.

1-1- hydrocarbures paraffiniques

Les hydrocarbures paraffiniques sont oxydés par des étapes successives grâce à des
déshydrogénases à NAD via l’aldéhyde et l’acide carboxylique. Une acyl-CoA synthétase permet
d’activer cet acide monocarboxylique en acyl-CoA qui subit la β-oxydation génératrice de molécules
d’acétyl-CoA par scissions successives. Il y a intervention d’une ω-hydroxylase NADP-dépendante,
elle existe chez divers microorganismes et notamment chez Pseudomonas oleovorans cultivé sur
hexane.
Chez les levures, le passage se fait dans les microsomes et peroxysomes.
Le passage de l’acétyl-CoA vers les mitochondries fait intervenir la carnitine sous forme transitoire
d’acétylcarnitine. La régénération des FADH2 et NADH2 n’est pas directement couplée à la chaine
respiratoire. Une partie du FADH2 entraine la formation d’H2O2 ensuite dégradé par la catalase. Le
NADH2 passe par le système PGA/PDHA avant d’aboutir au FADH2 mitochondrial.

1-2- Catabolisme des hydrocarbures aromatiques et autres composés aromatiques

Certains microorganismes, notamment des Pseudomonas (P. aeruginosa, P. putida…) sont

capables de croitre en utilisant des composés aromatiques. Leur oxydation aboutit, dans un premier
temps, à des composés à un seul cycle aromatique (catéchol, protocatéchuate, gentisate,
homogentisate). Ensuite, il y a clivage du cycle, soit entre deux carbones portant les hydroxyles
(orthofission), soit entre un carbone portant un hydroxyle et un carbone n’en portant pas
(métafission).
Les composés aromatiques halogénés peuvent aussi être dégradés biologiquement : cas d’épuration
des sédiments contenant des polychlorobenzènes. Après la déchloration anaérobie, il se produit une
dégradation aérobie des produits phénoliques qui en sont issus.

2- Catabolisme du méthane et méthanol

Les microorganismes capables de croître sur méthane et méthanol, comme seule source de
carbone, (ex.Pseudomonas) oxydent le méthane selon la chaîne :

Ces microorganismes sont dits « méthylotrophes ». Ils peuvent être méthylotrophes stricts (ne
dégradant que le méthane ou méthanol), ou méthylotrophes facultatifs (capables de dégrader, outre
le méthane et méthanol, de nombreux composés à un ou plusieurs atomes de carbone).

3- Dégradation de l’éthanol

L’éthanol peut être dégradé totalement en CO2 et H2O comme chez certaines levures
(Brettanomyces, debaryomyces, Hansenula, Pichia…) comme il peut être transformé en acide
acétique (Acetobacter, Gluconobacter). Dans les deux cas, la première étape conduit à la formation
d’acétaldéhyde :

Cette fermentation (base de la fabrication du vinaigre) est aérobie. Certaines bactéries acétiques
peuvent ensuite transformer l’acide acétique en CO2 et H2O par l’intermédiaire de l’acétyl-CoA.
Le vinaigre, fabriqué traditionnellement par une culture de surface (procédé d’Orléans) ou par
ruissellement sur des copeaux de bois sur lesquels sont adsorbées les bactéries (procédé de
Schutzenbach), est actuellement fabriqué par culture agitée fortement aérée (acétator, cavitator…).

4- Dégradation du glycérol

Le catabolisme du glycérol a été étudié chez les Entérobactéries, les lactobacilles, les bactéries
acétiques et chezClostridium butyricum. Le glycérol est dégradé, en particulier chez les bactéries
acétiques, par deux voies . Acetobacter suboxydans, qui ne possède pas de cycle de Krebs, peut
cependant métaboliser le glycérol. Cette bactérie est utilisée pour la production de
dihydroxyacétone, intermédiaire de la dégradation du glycérol. La dihydroxyacétone est employée
comme agent tannant et en cosmétologie.
Les Entérobactéries catabolisent le glycérol en le transformant en dihydroxyacétone ou en
glycéraldéhyde-3P, lesquels sont ensuite dégradés par la voie de la glycolyse. Le processus est
uniquement fermentaire.
Le catabolisme du glycérol chez Escherichia coli fait intervenir une glycérol kinase qui donne
naissance à l’α-glycérophosphate, qui est encore transformé en dihydroxyacétone-phosphate.
 Anabolisme : production de biomasse et de métabolites

Les réactions anaboliques ont pour but la synthèse des constituants cellulaires.

1- Production de biomasse et de protéines

Au cours de la synthèse de la biomasse, il y a formation de composés glucidiques par une

gluconéogénèse qui résulte de l’activité de différentes voies métaboliques : il s’agit de voies inverses
(« réverses ») issues du pyruvate si le microorganisme est cultivé sur des substrats autres que des
sucres (acides, alcools…). Cependant, la pyruvate kinase et la phosphofructokinase ne sont pas
réversibles :

Applications

La production de biomasse constitue souvent le but de nombreuses « fermentations » industrielles :

- Production de « biomasse-aliment » et plus particulièrement production de protéines (Single Cell

Protéins = Protéines d’Organismes Unicellulaires), essentiellement de levures, plus rarement de
bactéries, moisissures ou algues. Lorsque la biomasse est produite dans ce but, les protéines ne sont
que rarement extraites et purifiées et le produit, en contenant environ 50%, est habituellement
utilisé tel quel (alimentation animale).
- Production de levure diététique
- Production de levains pour les industries de fermentations
- Production d’agents biologiques pour bioconversions (cellules utilisées libres ou immobilisées,
comme catalyseur)
-Production pour des applications particulières comme la lutte biologique (action insecticide).

Pour obtenir de bonnes productions de biomasse, il est nécessaire de se placer dans des conditions
où le rendement énergétique est le meilleur, c'est-à-dire lorsqu’il ya oxydation complète du substrat
par l’oxygène de l’air et que toute l’énergie potentielle est libérée et utilisée pour les synthèses. Il est
donc préférable, lorsqu’il est possible, d’utiliser des germes aérobies ne possédant pas de
métabolisme fermentaire ou d’orienter le métabolisme d’un germe ayant plusieurs voies
énergétiques vers la voie oxydative. Pour obtenir les meilleurs résultats, il faut fournir une quantité
d’oxygène pour permettre l’oxydation complète et tenir compte des mécanismes de régulation.

2-Production d’acides aminés

Les acides aminés synthétisés dans la cellule sont utilisés, pour la plus grande partie d’entre eux,
pour la formation de protéines car de nombreux systèmes de régulation sont présents dans la cellule.
De nombreux mutants ont été isolés pour augmenter la production d’acides aminés.
 Les acides aminés les plus intéressants du point de vue industriel sont les acides aminés «
indispensables ».

La synthèse des acides aminés s’effectue à partir de produits intermédiaires du métabolisme des
glucides : érythrose-P, trioses-P (phosphoénolpyruvate, phosphoglycérate), pyruvate, acétyl-CoA,
oxaloacétate, α-cétoglutarate.
La forme d’azote la plus facilement utilisée est la forme ammoniacale, mais d’autres formes
peuvent être intégrées, y compris la forme moléculaire N2. Les nitrates et les nitrites sont utilisés
sous forme d’ammonium grâce à l’existence des réductases correspondantes. L’utilisation de l’azote
moléculaire n’est possible que chez un nombre limité de microorganismes (Azotobacter,
Achromobacter, Klebsiella, Bacillus, Enterobacter, Actinomyces, certainsClostridium, bactéries
photosynthétiques, Cyanophycées…), dont certains sont symbiotiques(Rhizobium, Frankia).
L’incorporation du NH3 fait intervenir deux systèmes :

2-1- synthèse des acides aminés issus du glutamate et de l’α-cétoglutarate

Le L-glutamate est formé par amination de l’α-cétoglutarate (produit du cycle de Krebs).

Le L-glutamate est préparé par fermentation, en présence d’un excès de NH3, d’une bactérie ayant
perdu l’enzyme capable de former le succinate à partir du cétoglutarate. Micrococcus glutamicus est
l’espèce la plus utilisée (classée parfois comme un Corynebacterium).

A partir du glutamate s’ouvrent les voies de synthèse de la glutamine, de l’ornithine, de l’arginine

et la proline. La proline est synthétisée par cyclisation du 5-phosphoglutamate (elle a peu d’intérêt
industriel). L’ornithine peut être produite par des mutants de Micrococcus glutamicus auxotrophes
pour la citruline ou l’arginine.

Chez les levures et moisissures, la lysine est produite à partir de l’α-cétoglutarate alors que chez les
bactéries, elle est issue de l’aspartate.

2-2- Synthèse des acides aminés issus de l’aspartate

Le L-aspartate est formé par amination du fumarate (produit du cycle de Krebs).

A partir de l’aspartate, s’ouvrent les voies de la biosynthèse de la lysine (bactéries), de la
méthionine, de la thréonine et de l’isoleucine. L’accumulation de lysine peut être obtenue chez des
mutants auxotrophes pour la méthionine et la thréonine. La thréonine peut quant à elle, être
accumulée par des mutants d’Escherichia coli auxotrophes pour la lysine et la méthionine.

L’isoleucine (la L-isoleucine est l’un des acides aminés les plus chers) peut être préparée à partir
de milieux riches en thréonine par Streptomyces rimosus ou Serratia et à partir de milieux contenant
de l’α-ABA (acide α-aminobutyrique) par des souches de Bacillus subtilis, Pseudomonas, E.coli… L’α-
ABA et l’isoleucine exercent un effet stimulant sur l’accumulation d’homosérine par des mutants
auxotrophes pour la thréonine.

2-3- Synthèse de la leucine et de la valine

La voie de biosynthèse de ces deux acides aminés se rattache au pyruvate et utilise des enzymes
communes à la voie de transformation de la thréonine en isoleucine.
La valine peut être accumulée par des mutants de certains Aerobacter ou de Micrococcus
glutamicus auxotrophes pour l’isoleucine et la leucine.
Anabolisme : production de biomasse et de métabolites

3- Biosynthèse des lipides

Les lipides microbiens sont constitués essentiellement de glycérides. Il peut y avoir aussi présence
de stérols (en particulier chez les organismes eucaryotes) mais aussi des glycolipides, des
phosphoglycérides, des alkyl-1-ényl éthers, parfois des alkyls éthers… La composition en lipides et en
acides gras est une caractéristique qui dépend, outre de l’espèce et de la souche, du stade
physiologique de croissance et surtout des conditions de culture : paramètres physiques
(température, aération) ou chimiques (constituants du milieu, rapport C/N) qui peuvent modifier des
activités biologiques.

Les glycérides sont synthétisés à partir de glycérol et d’acides gras (mono, di et surtout
triglycérides). Le glycérol est un produit intermédiaire du métabolisme des glucides et les acides gras
sont synthétisés à partir d’acétyl-CoA. Les bactéries contiennent en général peu d’acides gras à plus
de 19 atomes de carbone. L’acide gras le plus abondant est généralement l’acide palmitique (acide
gras saturé à 18 C), les principaux acides gras insaturés sont monoéniques. Il y a aussi des acides gras
banchés ou contenant un cycle. Chez la levure, l’acide gras prédominant est l’acide palmitoléique
(acide gras monoinsaturé à 16 C).

Les stérols sont synthétisés selon une voie commune à celle des terpènes. Par condensation de
deux acétyl-CoA, il ya formation d’acide mévalonique, qui évolue en isopentényl-pyrophosphate ou
en diméthylallylpyrophosphate, produits de base des chaines terpéniques (géranyl C10, farnesyl C15,
géranylgéranyl C20, géranylfarnesyl C25…), d’où dérivent les terpènes, stéroïdes, carotènoides,
ubiquinones… Les stéroïdes sont formés à partir de deux farnesyl-pyrophosphate par l’intermédiaire
du squalène (C30). Il y a dans les stéroïdes microbiens de l’ergostérol et divers autres composés
(fucostérol, lanostérol,…). La formation des stérols et de certains acides gras insaturés n’est parfois
possible que dans des conditions aérobies (levures).
En anaérobiose, ces produits doivent se trouver dans le milieu pour permettre la croissance.
La production de lipides microbiens s’effectue toujours par production de biomasse puis extraction et
purification.
Des algues, levures et moisissures peuvent être des sources importantes de lipides. Il est possible
d’augmenter la production (plus de 20% de lipides en masse de la matière sèche) en effectuant des
cultures carencées en azote ou en certains éléments minéraux.

4-Biosynthèse des nucléotides

Les nucléotides, composants de base des acides nucléiques sont synthétisés :

A partir de l’inosine-monophosphate, provenant du ribose-phosphate pour les nucléotides
puriques. A partir de l’aspartate et du cabamyl-phosphate par un intermédiaire commun, l’acide
uridylique, pour les nucléotides pyrimidiques. Leur production est obtenue par perturbation des
systèmes de régulation.

5-Biosynthèse des vitamines

Les microorganismes prototrophes sont capables de synthétiser tous les facteurs de croissance, et
en particulier toutes les vitamines dont ils ont besoin ; certains en libèrent dans le milieu des
quantités intéressantes. Il est possible, par perturbation du métabolisme, de faire préparer par des
microorganismes la plupart des vitamines ou provitamines (panthoténate, pyridoxine, biotine,
thiamine, acide folique, acide lipoїque, nicotinamide, riboflavine, cyanocobalamine, précurseurs des
vitamines A, C, D, vitamine K, coenzyme Q, inositol…). Certaines de ces productions ont un grand
intérêt industriel, comme la vitamine B2 ou riboflavine et surtout la vitamine B12 ou
cyanocobalamine dont la seule source est microbienne. En outre, le β-carotène, précurseur de la
vitamine A, est souvent préparé par voie microbiologique.

6-Biosynthèse des toxines

Certaines bactéries et moisissures excrètent des toxines. Dans certains cas, la production
industrielle de ces toxines présente un grand intérêt car elles sont utilisées pour la fabrication
d’antigènes, de vaccins et antitoxines utilisés en médecine.

Chez les bactéries, il y a deux types de toxines :

Les exotoxines, de nature protéique, très actives mais thermolabiles, excrétées généralement
pendant la croissance et rencontrées essentiellement chez des bactéries à Gram positif.
Les principales sont la toxine diphtérique (Corynebacterium diphteriae), les entérotoxines
staphylococciques (Staphylococcus aureus), la toxine tétanique (Clostridium tetani), les toxines
botuliniques (Clostridium botulinum), les toxines de Clostridium perfringens. Elles sont utilisées
comme source d’antigènes mais surtout comme source d’anatoxines (vaccins).

Les endotoxines, de nature plus complexe (glucidolipidoprotéiques), moins actives et thermostables,

libérées par lyse des cellules et rencontrées surtout chez les bactéries à Gram négatif.
Les principales sont l’entérotoxine cholérique (Vibrio cholerae) et l’endotoxine typhoїdienne
(Salmonella). Certains produits peuvent jouer un grand rôle dans la lutte biologique (insecticide).

Diverses moisissures excrètent aussi des substances toxiques :

Alcaloїdes de l’ergot de seigle : ces substances sont produites par Claviceps purpurea et sont
dotées de propriétés pharmacologiques et ont un intérêt médical.

Aflatoxines et autres mycotoxines : les aflatoxines dérivées de la coumarine sont produites

par Aspergillus flavus et espèces de la section Flavi. De nombreuses autres moisissures produisent
des mycotoxines.