Cours de Biochimie Microbienne PR RIBA - 121110

Biochimie Microbienne M1 BTM/L3 Bioch.
Appl Année20/21 Pr Riba Amar
BIOCHIMIE MICROBIENNE
PLAN DU COURS
INTRODUCTION
Energie, anabolisme, catabolisme
I. NUTRITION MICROBIENNE
- Source d'énergie et types trophiques
- Accepteur final d'électrons et types de respiratoire
II. CATABOLISME DES GLUCIDES
- La glycolyse ou voie d'Embden-Meyer hoff.
- Les alternatives de la glycolyse
- Le métabolisme anaérobie du pyruvate
- Le cycle tricarboxylique de Krebs
- Le shunt glyoxylique
III: CATABOLISME DES AUTRES COMPOSES ORGANIQUES
- Les lipides
- Les protéines
- Les composés mono carbonés Ethanol et glycérol
IV. ANABOLISME : PRODUCTION DE BIOMASSE ET DE METABOLITES
V. IMPORTANCE DES VOIES METABOLIQUE CHEZ LES MICROORGANISMES
- Le catabolise des glucides chez les levures (anaérobies et aérobie, application)
Catabolisme des glucides:
- Chez les bactéries lactiques, applications
- Chez les clostridies (fermentations butyriques)
- Chez les bactéries propioniques
INTRODUCTION
Dans ce cours, nous aborderons trois domaines de la biochimie microbienne:
1. La nutrition et la croissance microbienne.
2. Les voies métaboliques centrales et les voies alternatives
3. La biosynthèse des éléments constitutifs des macromolécules.
Les microorganismes sont capables d’effectuer une grande diversité de réactions biochimiques se traduisant
par la production de biomasse et par la dégradation, la transformation et/ou la production de substances
organiques ou minérales. Pour leur vie (entretien = maintenance), pour leur développement (croissance =
multiplication), et pour l’expression de leurs propriétés (mobilité, sporulation, etc.), les microorganismes ont
besoin d’énergie et d’éléments nutritifs. L’énergie nécessaire est tirée du milieu (de culture ou naturel),
directement sous forme d’énergie lumineuse ou indirectement sous forme d’énergie chimique (par oxydation
de substances organiques ou minérales).
Le métabolisme est l’ensemble des réactions par lesquelles la cellule décompose ou biosynthétise divers
métabolites qui ont lieu dans une cellule. Ses rôles sont :
Production d’énergie (biosynthèses, locomotion, etc)
Biosynthèse (survie, croissance, réparation, etc) ;
Pour se développer, les cellules doivent incorporer les nutriments de leur environnement, les transformer en
molécules précurseurs, puis les utiliser pour se reproduire.
Le catabolisme est l’ensemble des réactions permettant la production d’énergie biologiquement utilisable et la
production de métabolites de base (métabolites primaires) à partir de substrats organiques ou de réserves
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cellulaires. Pendant le catabolisme, les nutriments sont canalisés dans quelques voies communes pour une
utilisation plus efficace des enzymes.
Les réactions du catabolisme sont des oxydations (ou des déshydrogénations) et elles
sont thermodynamiquement favorables, c'est-à-dire qu'elles sont exergoniques.
L’anabolisme est l’ensemble de réactions de biosynthèse à partir de métabolites de base issus du catabolisme
et d’éléments du milieu. Les réactions de l'anabolisme sont des réductions et ne sont pas spontanées, ce sont
des réactions endergoniques c'est-à-dire qu'elles nécessitent un apport en énergie pour avoir lieu.
Le cycle de l'acide tricarboxylique est la voie finale de l'oxydation aérobie des nutriments au CO2.
La voie la plus importante de synthèse d’ATP est la phosphorylation oxydative. Les voies cataboliques du
métabolisme génèrent des cofacteurs réduits (NADH, QH2). Les électrons seront ensuite transportés jusqu’à
l’oxygène. Ce processus fortement exergonique est catalysé par la chaîne respiratoire et utilisé indirectement
pour la synthèse d’ATP.
Une grande variété d'accepteurs d'électrons peut être utilisée dans le catabolisme: molécules organiques
endogènes (fermentation), O2 (respiration aérobie) et molécules exogènes inorganiques et organiques
oxydées autres que l'O2 (respiration anaérobie).
I. NUTRITION MICROBIENNE
1. Besoin nutritif
Carbone, azote et autres macronutriments
Toutes les cellules microbiennes nécessitent du carbone et de l'azote en grandes quantités, et la plupart des
procaryotes ont besoin de composés organiques comme source de carbone. Celui-ci provient surtout de la
décomposition des substances complexes ou par absorption de leurs constituants simples (monomères): les
acides aminés, les acides gras, les acides organiques, les sucres, les bases azotées, composés aromatiques et
autres composés organiques. Quelques micro-organismes sont autotrophes et peuvent synthétiser leurs
propres composés organiques à partir du CO2. La majeure partie de l'azote disponible dans la nature est sous
forme d'ammoniac (NH3), de nitrate (NO3-) ou d'azote gazeux (N2).
En plus de C et N (et O et H de H2O), de nombreux autres macronutriments sont nécessaires aux cellules, mais
généralement en plus petites quantités. Ex : Le phosphore pour les acides nucléiques et les phospholipides et
est généralement incorporé sous forme de phosphate (PO42-). Le soufre, présent dans l’acide aminé comme la
cystéine et la méthionine et également dans plusieurs vitamines (la thiamine, la biotine et l'acide lipoïque) et
est incorporé sous forme de sulfate (SO42-), de sulfure (H2S) ou de composés organiques soufrés. Le potassium
(K) est nécessaire à l'activité de plusieurs enzymes, alors que le magnésium (Mg) stabilise les ribosomes, les
membranes et les acides nucléiques et est également nécessaire pour l'activité de nombreuses enzymes. Le
Calcium (Ca) et le sodium (Na) sont des nutriments essentiels pour quelques organismes.
2- BESOIN ENERGETIQUE ET ELEMENTAIRES

Les microorganismes se multiplient à partir des éléments présents dans les milieux de culture. Ces
microorganismes ont un certain nombre de besoins communs: eau, source de carbone, sources d’azote et
éléments minéraux. Dans ces conditions beaucoup d’espèces peuvent croître et se multiplier. D’autres espèces
sont incapables de croître car un constituant essentiel est nécessaire à la synthèse d’un composé complexe
indispensable à la vie cellulaire leur fait default. Ce constituant doit leur être fourni pour leur développement :
on l’appelle facteur de croissance.
2-1- Sources d’énergie et types trophiques

On définit des catégories qu’on appelle types trophiques (du grec trophus = nourriture) et qui sont fondés sur :
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- La nature de source d’énergie.
- La nature de la source de carbone.
- La nature de l’accepteur final d’électrons dans les réactions d’oxydo-réduction.
Les microorganismes sont classés en deux types trophiques selon la source d’énergie :
- Les phototrophes = photosynthétiques.
- Les chimiotrophes = chimiosynthétiques.
L’énergie nécessaire aux microorganismes est fournie par la lumière (organismes phototrophes) ou par
l’oxydation de substances chimiques (organismes chimiotrophes). Dans les deux cas, l’énergie est stockée
sous forme d’énergie de liaison chimique biologiquement utilisable (ATP). La formation d’ATP à partir de la
source primaire d’énergie est plus ou moins complexe selon le type trophique ou métabolique. Les réactions
de synthèse utilisent l’énergie libérée par la décomposition de l’ATP en ADP+ Pi.
2-1-1- Les phototrophes

Les plantes tirent leur énergie de la lumière (l’énergie lumineuse), celle-ci intervient également chez les
algues vertes, les Cyanophycées et quelques espèces bactériennes. Cette énergie est produite par
photosynthèse qui comprend deux étapes: phase lumineuse et phase obscure.
La phase lumineuse (= photophosphorylation) aboutit à la formation d’ATP, c’est une réaction génératrice
d’énergie utilisable par la cellule. Cette phase nécessite la présence de pigments de type chlorophylle, la
nature des pigments chlorophylliens varie selon la nature de l’organisme phototrophe.
Il existe deux types de photophosphorylation:
1- la photophosphorylation cyclique ne produit que l’ATP,
2- la photophosphorylation non-cyclique qui produit à la fois de l’ATP et du « pouvoir réducteur » et nécessite
la présence d’un donneur d’électrons. C’est-à-dire la réaction de transformation de l’énergie lumineuse en
énergie chimique (formation d’ATP) est couplée avec l’apparition d’un pouvoir réducteur (formation de NAD+).
- Chez les plantes, algues et cyanophycées, la substance donatrice d’électrons et de protons intervenant dans
la phase de synthèse est l’H2O, il y a donc libération d’O2.
- Chez les bactéries photosynthétiques il n’y a jamais libération d’O2 (H2O ne peut être donneur = RH2 n’est
jamais H2O = R n’est jamais O). Le donneur d’électrons et de protons (RH2) exogène peut être :
- Un composé minéral comme H2S chez les bactéries sulfureuses vertes ou pourpres : familles des
Thiorhodaceae (bactéries pourpres sulfureuses) et les Chlorobacteriaceae (bactéries vertes sulfureuses) →
photo-lithotrophes = photo-autotrophes, ou
- Un composé organique comme l’acide succinique chez les Athiorhodaceae (bactéries pourpres non-
sulfureuses) → photo-organotrophes = photo-hétérotrophes. La plupart des bactéries photosynthétiques
peuvent aussi utiliser l’hydrogène moléculaire. L’accepteur d’électrons et de protons est le NADP+ (il se
transforme après réduction en NADPH, H+).
La phase obscure correspond à une phase de synthèse de composés organiques, elle aboutit à la formation
de réserves de nature glucidique en utilisant du CO2 ainsi que le pouvoir réducteur et l’ATP formés au cours de
la phase lumineuse. Cette synthèse s’effectue par une suite de réactions ou cycle de Calvin dont le bilan se
résume par la formule :
3 CO2 + 9 ATP + 6 NADPH + H2O → Glycéraldéhyde 3-phosphate + 8 Pi + 9 ADP + 6 NADP+
2-1-2- Les chimiotrophes

Les levures, les moisissures et la plupart des bactéries, sont incapables d’effectuer la photosynthèse. Ces
microorganismes utilisent exclusivement l’énergie libérée au cours de réactions chimiques d’oxydation, ce
sont les « chimiotrophes ». Il existe deux types :
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1- Microorganismes tirent leur énergie de l’oxydation de substances exogènes minérales → chimio-
lithotrophes. Ces microorganismes (généralement des bactéries) forment un groupe restreint intervenant au
cours des cycles de la matière vivante dans le sol et dans les eaux, comme :
- Les bactéries oxydant l’hydrogène : Hydrogenomonas.
- Les bactéries oxydant l’ammoniaque : Nitrosomonas.
- Les bactéries oxydant les nitrites : Nitrobacter.
- Les bactéries oxydant composés réduits du soufre : Thiobacillus.
2- alors que d’autres la tirent de l’oxydation de substances exogènes organiques → chimioorganotrophes,

comme les champignons (= moisissures), les levures, et la majorité absolue des bactéries.
Dans la plupart des cas, la perte d’électrons est couplée à une perte de protons. Ces électrons et protons
réduisent un accepteur final par l’intermédiaire d’une chaine d’oxydoréduction. La formation d’ATP s’effectue
en grande partie durant ce transport (d’électrons et de protons), elle est donc différée par rapport à la
réaction d’oxydation.
Il existe des mécanismes de formation d’ATP ne passant pas par une chaine d’oxydoréduction, il y a
phosphorylation d’un substrat organique par le phosphore inorganique avec oxydation par déshydrogénation
et génération d’une liaison riche en énergie, la déphosphorylation entraîne ensuite la formation d’une
molécule d’ATP.
La PHOSPHORYLATION OXYDATIVE :
C’est un processus essentiel de transfert d’énergie chez les eucaryotes et les procaryotes. Il consiste en une
production d’énergie fournie à partir du transfert du flux d’électrons libérés par les catabolites du
métabolisme intermédiaire à l’accepteur final d’e- :
O2 chez les aérobies stricts, e.g. Pseudomonas denitrificans.
substance minérale oxygénée tels que SO4 et NO3 chez les anaérobies stricts.
L’énergie libre récupérée est utilisée pour synthétiser l’ATP à partir de l’ADP. L’énergie est fournie par
l’oxydation des atomes d’hydrogène (somme protons plus électrons) récupérée à partir des coenzymes réduits
(NADH, H+ et FADH2). De l’eau est produite à partir de l’hydrogène et de l’oxygène, au terme de la chaîne des
réactions d’oxydoréduction dénommée chaîne respiratoire chez les aérobies stricts à titre d’exemple.
2-2- Sources de carbone

Les exigences nutritionnelles permettent d’entrevoir deux grandes catégories de microorganismes :
Microorganismes capables de se développer sur un milieu inorganique contenant le CO2 comme seule
source de carbone= autotrophes.
Pour certains autotrophes dits stricts, le CO2 est obligatoire, comme les bactéries nitrifiantes et les bactéries
sulfooxydantes. D’autres sont facultatifs, utilisant le CO2 ou un composé organique, comme les bactéries
pourpres non-sulfureuses (Athiorhodaceae).
Les autres exigent des composés organiques pour se reproduire= hétérotrophes.
Parmi les hétérotrophes, de nombreuse espèces sont peu exigeantes (E. coli) et réalisent elles-mêmes la
synthèse de leur composés cellulaires à partir de nombreux composés organiques simples comme les sucres,
les acides aminés et les acides organiques. Ces microorganismes sont appelés prototrophes, comme E. coli,
Pseudomonas, etc. D’autres espèces appelées « auxotrophes » ont des exigences nutritives spécifiques en
facteurs de croissance (vitamines, bases purique et pyrimidique…). La plupart des bactéries pathogènes sont
auxotrophes, d’où le lien obligatoire hôte-microorganisme.
2-3- Sources d’azote
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L’azote est un élément important car il est un constituant élémentaire des acides aminés, des protéines, des
bases azotées ainsi que d’un grand nombre de biomolécules essentielles. Ainsi, pour synthétiser leurs
protéines qui représentent 10% de leur poids sec, les microorganismes ont besoin de substances azotées.
Quelques bactéries sont capable de fixer l’azote sous sa forme la plus simple (= l’azote moléculaire = l’azote
atmosphérique = N2), cas du Rhizobium vivant en symbiose avec les légumineuses en leur permettant de fixer
l’azote atmosphérique. Exemples de bactéries fixatrices d’azote atmosphérique et qui fertilisent le sol :
Azotobacter et Clostridium.
D’autres composés inorganiques sont parfois utilisés : les nitrites par Nitrobacter, les nitrates par de nombreux
groupes, l’ammoniac par certaines espèces.
2-4- Sources de soufre et de phosphore

Le soufre présent dans les acides aminés, les protéines. Il est utilisé soit sous forme minérale dans le sol
(sulfure ou sulfate), soit sous forme organique.
Le phosphore : minéral ou organique. Il joue le rôle d’une véritable centrale énergétique à l’échelle cellulaire. Il
permet l’accumulation et la distribution de l’énergie dans la cellule. Le phosphore fait partie des acides
aminés, des acides nucléiques, de l’ATP et des coenzymes.
2-5- Autres éléments minéraux

- Certains éléments jouent un rôle dans l’équilibre physico-chimique de la cellule. Ce sont le sodium, le
potassium, le magnésium et le chlore.
- D’autres font partie d’enzyme ou de coenzyme comme le fer des cytochromes et le magnésium de la
chlorophylle.
- Le calcium, le magnésium, le cobalt, le cuivre, le manganèse, le molybdène et le vanadium jouent un rôle de
cofacteurs ou activateurs d’enzymes. On les appelle oligoéléments car ils sont indispensables mais en quantité
infime (très faible quantité).
Exemple : Lactobacillus exige des ions Mn++ et Mg++ pour se développer convenablement. A l’opposé, de
nombreux ions métalliques peuvent être toxiques pour certaines espèces.
Quelques ions sont exigés à des taux définis pour l’élaboration d’une substance. Par exemple, la production de
toxine diphtérique (exotoxine produite par Corynebacterium diphtheriae) est optimale à la concentration de
0,14 mg/l de fer dans le milieu, alors qu’elle est pratiquement nulle lorsqu’elle atteint 0,5 mg/l. La synthèse
des antibiotiques exige des ions minéraux : la pénicilline demande du fer, du soufre et du phosphore.
L’élaboration des pigments par les bactéries dites pigmentées est strictement régie par ces éléments : Serratia
marcescens l’est par le fer et le magnésium. Besoin en grande quantité de sodium pour les bactéries marines.
Besoin de silice pour les diatomées.
3- BESOIN SPECIFIQUES : FACTEURS DE CROISSANCE

C’est un constituant qui doit être fourni à la cellule pour qu’elle puisse synthétiser un composé complexe
indispensable à la vie du microorganisme. Ainsi, en fonction de leurs besoins nutritifs, on a classé les
microorganismes en deux catégories :
- Les prototrophes : ne nécessitent pas de facteurs de croissance.
- Les auxotrophes : qui exigent des facteurs de croissance.
Par exemple, dans un milieu de culture contenant une source de carbone comme le glucose, une source
d’azote et des sels minéraux, E. coli se développe normalement alors que Proteus vulgaris (une autre
entérobactérie) est incapable a moins d’ajouter à ce milieu une faible quantité de nicotinamide (facteur de
croissance).
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TYPES RESPIRATOIRES : DESTINEE DES ELECTRONS
Respiration: Les électrons traversent un système de transfert des électrons. Cela génère une force
proton-motrice (FPM) qui est utilisée pour synthétiser de l’ATP par un mécanisme appelé phosphorylation
oxydative.
Fermentation: Des molécules endogènes agissent comme accepteurs d’électrons. Le flux d’électrons n’est pas
couplé à une synthèse d’ATP, et cette dernière n’est formée que par phosphorylation au niveau du substrat.
1- Chaines de transport d’électrons
La chaîne respiratoire ou chaîne de transport d'électrons réalise l'oxydation des coenzymes réduites issues
de la dégradation de composés organiques ou minéraux. Ces coenzymes sont notamment le NADH et
le Q10H2 produits dans les mitochondries par le cycle de Krebs et par la β-oxydation des acides gras. Les chaînes
respiratoires sont formées d'enzymes membranaires et de transporteurs d'électrons-
cytochromes, quinones, flavoprotéines- organisés autour de la membrane plasmique chez les procaryotes et
des crêtes mitochondriales de la membrane mitochondriale interne chez les eucaryotes.
Les bactéries possèdent une grande variété d'enzymes de transfert d'électrons, qui utilisent également une
grande variété de substrats. Les chaînes de transport d'électrons des procaryotes fonctionnent en utilisant les
mêmes principes fondamentaux. Bien qu'il transporte les électrons du NADH vers les accepteurs et déplace les
protons à travers la membrane plasmique, la chaîne E. coli est tout à fait différente de la chaîne
mitochondriale. Une vue simplifiée de la chaîne de transport d’E. Coli est présenté par la figure 1 .
Fig. 1. Chaîne de transfert des électrons chez les procaryotes (membrane plasmique):
La principale différence entre la chaîne respiratoire des procaryotes et celle des eucaryotes est que les
bactéries et les archées utilisent une grande variété de substances comme donneurs et accepteurs d'électrons.
Ceci permet aux procaryotes de croître dans des conditions environnementales très diverses.
2- Accepteurs finaux d’électrons
Le comportement « respiratoire » du microorganisme et ses relations vis-à-vis de l’air sont conditionnés par la
nature de l’accepteur final d’électrons et de protons. Il existe plusieurs définitions des termes respiration et
fermentation. Au sens strictement biochimique, le terme respiration, ou métabolisme oxydatif, est appliqué
aux processus d’oxydation dans lesquels l’accepteur final est une molécule minérale, alors que le terme
fermentation, ou métabolisme fermentaire, est appliqué au cas où l’accepteur final est un composé organique,
généralement endogène. Il existe également un mécanisme d’élimination directe des électrons et protons. Ce
mécanisme, propre à de nombreuses bactéries anaérobies, entraine la formation d’hydrogène sous l’action
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d’une hydrogénase. Ce système n’est énergétique que si l’hydrogénation est liée à une phosphorylation
directe du substrat. Lorsqu’il y a métabolisme oxydatif, les produits carbonés (déchets du métabolisme) ont un
degré d’oxydation du carbone supérieur à celui du substrat. La respiration « classique » d’un substrat
organique conduit à la dégradation complète de son squelette carboné avec formation de CO2 (forme
biologique la plus oxydée du carbone).
En microbiologie, toute dégradation incomplète du substrat, donnant des métabolites carbonés, est appelée
fermentation, même s’il s’agit d’un métabolisme oxydatif (il est préférable dans ce cas de parler d’une
fermentation oxydative).
Accepteurs d’électrons chez les microorganismes
2-1- Respiration aérobie
- Le substrat énergétique est dégradé en utilisant l’oxygène comme accepteur d’électrons exogène.
- S’effectue en conditions aérobiques.
- Génère une grande quantité d’énergie, principalement grâce à l’activité de la chaîne de transfert d’électrons.
Il existe divers mécanismes de respiration aérobie, ils ne peuvent intervenir que dans des conditions
d’aérobiose. Les microorganismes ne possédant qu’un système de ce type sont des « aérobies strictes ».
La voie la plus couramment rencontrée chez les microorganismes aérobies est la voie classique des
cytochromes. L’enzyme terminale est la cytochrome oxydase, il y a formation de H2O. Ce type de respiration
est habituellement lié à la dégradation complète du substrat. La formation de H2O peut se faire sans
intervention de la cytochrome oxydase ou être totalement cytochrome-indépendante.
2-2- Respiration anaérobie
- La respiration anaérobie est un processus où l’accepteur final d’hydrogène est une substance minérale (NO3-,
SO42-, Fumarate,CO2, carbonates..)
- S’effectue en conditions anaérobiques.
- Peut produire une grande quantité d’énergie (dépendant du potentiel de réduction de la source d’énergie et
des accepteurs d’électrons), principalement grâce à l’activité de la chaîne de transfert d’électrons.
L’oxydation anaérobie de l’hydrogène (H2) chez les chimiotrophes fait intervenir le même type de réaction :
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Lors de la respiration anaérobie, la dégradation du substrat organique source d’hydrogène (H+, e-) peut ne pas
être complète et aboutit à d’autres substances (acides organiques).
2-3- LA FERMENTATION
Dans la fermentation le substrat énergétique est dégradé en utilisant des accepteurs d’électrons endogènes. Elle
s’effectue souvent en conditions anaérobiques. Une quantité d’énergie limitée est rendue disponible .
Une substance organique, généralement endogène et issue de la dégradation du substrat, sert d’accepteur
d’électrons (et de protons): ce substrat est souvent l’acide pyruvique ou un produit dérivé (acétaldéhyde,
acétolactate…).
La transformation fumarate /succinate est également fréquente : rencontrée chez Escherichia coli, en
anaérobiose sur glycérol, ou chez Bacteroides, à partir de substrats comme H2 ou l’acide formique. De
nombreuses fermentations peuvent s’effectuer en anaérobiose car tous les électrons et protons issus de
l’oxydation du substrat servent à réduire l’accepteur organique (cas de la fermentation homolactique). Pour
d’autres fermentations, une partie seulement des électrons et protons est ainsi utilisée : l’oxygène intervient
comme accepteur complémentaire, de manière facultative (certaines fermentations hétérolactiques
bactériennes) ou obligatoire (fermentation des pentoses par certaines levures).
1- Métabolisme anaérobie du pyruvate
Différents microorganismes, en particulier des bactéries anaérobies strictes ou facultatives, métabolisent le
pyruvate en anaérobiose par des voies variées.
2-4- Fermentation oxydative

Les fermentations oxydatives donnent des produits plus oxydés que le substrat et nécessitent habituellement
la présence d’oxygène comme accepteur d’électrons et de protons (fermentation gluconique, fermentation
acétique…). Il s’agit de respirations « incomplètes ».
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II. CATABOLISME DES GLUCIDES

Les glucides susceptibles d’être dégradés par les microorganismes sont nombreux et variés. Les polyholosides
comme l’amidon, la cellulose, l’inuline et parfois des plus petites molécules comme le saccharose sont
incapables de pénétrer dans la cellule. Ils doivent être au préalable découpés en fragments de faible poids
moléculaire par des enzymes hydrolytiques, excrétées par le microorganisme dans le milieu. Les produits formés
pénètrent ensuite dans la cellule. Dans la plupart des cas, la transformation des macromolécules glucidiques,
ainsi que de diverses autres substances organiques, aboutit à la formation d’hexose (essentiellement glucose)
ou de pentoses. Le glucose est le point de départ des principales voies du catabolisme cellulaire.
Les trois étapes de la respiration aérobie chez un chimio-organohétérotrophe

- Grosses molécules organiques nutritives (protéines, polysaccharides et lipides) → petites molecules plus simples
- Les petites molécules sont dégradées en pyruvate et/ou Acétyl-CoA.
- Ces molécules sont oxydées et dégradées par le cycle des acides tricarboxyliques.
1- Dégradation de l’amidon
L’amidon constitue la principale réserve glucidique végétale, il renferme deux polysaccharides en proportions
variables selon les cas : l’amylose (constituant majeur) et l’amylopectine (constituant mineur).
L’amylose est une molécule flexible, de structure linéaire correspondant à plusieurs centaines de résidus α-D-
glucopyranose unis par des liaisons 1-4.
L’amylopectine est aussi un polymère du glucose, composé de chaines linéaires similaires à celle de
l’amylose, mais reliées les unes aux autres par des liaisons α(1-6). Les points de branchement sont distants
d’environ 20 à 30 unités de glucose.
Les amylases microbiennes peuvent être classées essentiellement en deux grands groupes en fonction de leur
mode d’attaque :
- α-amylase ou α(1-4)-glucane glucanohydrolase (EC 3.2.1.1), dont l’action est toujours de type
endomoléculaire et conduit à la formation de D-glucose, de maltose et d’une petite quantité de maltodextrines.
Les α-amylases se rencontrent chez de nombreuses bactéries (des genres Bacillus et Clostridium), de
nombreuses moisissures (des genres Aspergillus et Rhizopus), ainsi que chez quelques levures (des
genres Candida, Pichia, Endomycopsis, lipomyces et Schwanniomyces).
- Glucoamylase ou α(1-4)-glucane glucohydrolase (EC 3.2.1.3), elle libère des unités de glucose à partir des
extrémités non réductrices des polymères. Elle hydrolyse l’amylopectine et l’amylose complètement en D-
glucose et est également capables d’hydrolyser les liaisons α(1-6) ainsi que les liaisons α(1-4) et α(1-3). Elle
hydrolyse aussi le maltose. L’amyloglucosidase (glucoamylase ou γ-amylase) est rencontrée chez les moisissures
(Aspergillus, Rhizopus), les levures (Endomyces, Endomycopsis, Candida, Saccharomyces diastaticus…) et chez les
bactéries.
Il existe des β-amylases (Bacillus subtilis, quelques moisissures), dont l’action est exomoléculaire. Elle est
répandue chez les végétaux et rare chez les microorganismes.
2- Dégradation de la cellulose
La cellulose est un polymère linéaire de D-glucose, les molécules de glucose sont liées entre elles par des
liaisons β(1-4). Des microorganismes cellulolytiques sont rencontrés dans une grande variété de genres
bactériens(Acetivibrio, Bacillus, Cellovibrio, cellulomonas, Clostridium, Cytophaga, Erwinia, Streptomyces…) et de
moisissures (Aspergillus, cladosporium, Penicillium, Fusarium…), qui jouent un rôle de premier plan dans le cycle
du carbone. Chez les levures ces enzymes sont rares.
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3- Catabolisme du glucose
La voie de dégradation des hexoses la plus anciennement connue est la glycolyse qui conduit à la formation
transitoire d’acide pyruvique.
Il existe des alternatives de la glycolyse chez une grande variété de microorganismes aérobies ou
anaérobies.ces voies sont empruntées soit de façon exclusive, soit concurremment avec la glycolyse.
3-1- La glycolyse ou voie d’Embden-Meyerhof ou d’Embden-Meyerhof-Parnas (EMP)
Cette voie dite de l’hexose diphosphate, est très largement répandue parmi les microorganismes : levures,
moisissures, bactéries aéro-anaérobies (Entérobactéries…). Pour certains, le glucose est dégradé exclusivement,
ou presque, par cette voie (Streptomyces griseus 97%, Trypanosoma 100%).
Les points importants de la chaine de la glycolyse sont :

- Activation du glucose sous forme de glucose-6P au moyen d’ATP, isomérisation et seconde phosphorylation
pour donner du fructose-1,6-diphosphate et deux ADP.
- Clivage du fructose-1,6diP en deux molécules de triose-phosphate, sous l’action de l’aldolase (enzyme
caractéristique de cette voie métabolique).
- Isomérisation 3-phosphoglycéraldéhyde/dihydroxyacétone-phosphate et déshydrogénation avec réduction
de NAD+. Cette réaction s’accompagne d’une phosphorylation au niveau du substrat et conduit à la formation
de 1,3diphosphoglycérate (possède une liaison riche en énergie).
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voie d’Embden-Meyerhof-Parnas= glycolyse
- Transfert d’une liaison ester phosphorique du 1,3diphosphoglycérate à l’ADP.

- Transfert de la liaison ester phosphorique du phosphoénolpyruvate à l’ADP et formation de pyruvate et ATP.
Le bilan est : Glu + 2ADP + 2Pi + 2NDA+ 2 CH3CH2COOH+ 2NADH,H+ + 2ATP+H20
Quand la fructose kinase est absente ou inhibée : Voie des Pentose-P et Voie d'Entner-Doudoroff
3-2- Voie de l’hexose monophosphate (HMP) ou voie de Warburg-Dickens-Horecker

La Voie de l’hexose monophosphate aérobie est très importante car elle fournit des pentoses, requis pour la
synthèse des acides nucléiques et des groupements prosthétiques contenant des nucléotides. Elle fournit
également les éléments nécessaires à la synthèse des acides aminés aromatiques et des vitamines. La voie de
l’hexose monophosphate ne produit pas directement de l’énergie, mais le NADPH2 formé est une source d’ATP
lorsque les électrons sont transportés jusqu’à l’oxygène par l’intermédiaire de la chaine respiratoire ; le
NADPH2peut être également utilisé par le métabolisme lipidique.
Cette voie est présente, aux cotés de la glycolyse à des proportions variables, chez de nombreux
microorganismes. Elle est utilisée, au moins partiellement, par les levures et moisissures et de nombreuses
bactéries aéro-anaérobies comme Escherichia coli. Elle joue un rôle fondamental chez les bactéries aérobies
dépourvues de glycolyse (Pseudomonas, Xanthomonas, Acetobacter xylinum…).
Les premières étapes conduisent à la formation de gluconate-6P et sont communes avec des d’autres voies
respiratoires et fermentaires. A partir du gluconate-6P, il y a formation de ribulose-5P, point de départ du cycle
oxydatif des pentoses-P.
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Après un tour de cycle, la réaction nette est :
G-6-P + 2NADP+ ---→ R-5-P + CO2 + 2NADPH + 2H+
Trois tours de cycle sont nécessaires pour produire un ATP:
3G-6-P + 6NADP+ 3H20 ---→ 3CO2 + 2Fructose-6-P + GA-3-P + 6NADPH + 6H+
L'action répétitive du cycle pourrait expliquer l'oxydation complète du G-6-P:
3-3- Voie du 2-céto-3-désoxygluconate ou voie d’Entner-Doudoroff
Cette voie possède des étapes communes à la fois avec la voie de l’hexose monophosphate et avec la
glycolyse. Elle a été découverte par Entner et Doudoroff en étudiant l’oxydation du glucose par des espèces
de Pseudomonas(microorganismes aérobies). Elle est rencontrée aussi chez Azotobacter et certaines
moisissures. Actuellement, il n’y a qu’une seule bactérie, Zymomonas mobilis, qui utilise cette voie pour la
fermentation anaérobie du glucose.
Les étapes essentielles de cette voie sont :
- Activation du glucose par l’ATP.
- Oxydation du groupement aldéhyde du glucose-6P pour former le 6-phosphogluconate avec réduction
parallèle du NADP+.
- Déshydratation du 6-phosphogluconate et formation du CDPG ou KDPG (2-céto-3-désoxy-6-
phosphogluconate).
- Clivage par la CDPG-aldolase pour donner d’une part du glycéraldéhyde-3P et d’autre part du pyruvate.
- Transformation du glycéraldéhyde-3P en pyruvate au moyen de la glycolyse avec formation de 2 moles
d’ATP et 1 mole de NADH2 par mole de triose phosphate.
Pour une molécule de glucose, il y a formation de 1 ATP, 1 NADPH2 et 1 NADH2.
Chez les Pseudomonas, cette voie est utilisée conjointement avec celle de l’hexose monophosphate.
Voie des pentoses phosphates
Voie d’Entner-Doudoroff
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3-4- Fermentations dérivées de la voie de l’hexose monophosphate
Le métabolisme des bactéries hétérolactiques en est un bon exemple « voie des pentoses- phosphates ». Elle
aboutit, en dehors du lactate, à la formation d’éthanol, de CO2 et d’acétate. Les bactéries hétérolactiques
possèdent le système « glycéraldéhyde-P déshydrogénase », mais elles sont en revanche dépourvues de
fructose-6P kinase. Il existe plusieurs systèmes de fermentation hétérolactique bactérienne. Il existe en outre
d'autres fermentations comme les fermentations gluconiques et kojique.
4- Dégradation des autres sucres

4-1- catabolisme des pentoses
La dégradation des pentoses a été très bien étudiée chez les Entérobactéries et les Lactobacilles. Quel que
soit le pentose métabolisé, sa dégradation aboutit à la formation de D-xylulose-5P, lequel est ensuite métabolisé
soit par la voie de l’hexose monophosphate (cycle des pentoses) soit par celle des pentoses-phosphates (voie
des bactéries hétérolactiques) avec intervention de la phosphocétolase. Selon le pentose de départ, il y a
intervention d’isomérases, transcétolases et transaldolases, avant d’aboutir au xylulose-5P.
4-2- dégradation du fructose
Le fructose peut être soit oxydé en 5-céto-D-fructose par la D-fructose-NADP-5oxydo-réductase (Acetobacter
cerinus, bactérie aérobie stricte), soit phosphorylé en fructose-1P (Escherichia coli, Zymomonas, Clostridium) ou
plus rarement en fructose-6P. La première phosphorylation est suivie d’une seconde qui aboutit au fructose-1,6-
diphosphate, celui-ci est ensuite dégradé par la voie de la glycolyse.
4-3- dégradation du mannose
Le mannose peut être catabolisé par deux mécanismes différents : un mécanisme cyclique et un mécanisme non
cyclique. Les deux mécanismes existent pour l’isomère D, alors que l’isomère L semble n’être catabolisé que par
le mécanisme non cyclique.
Dans le mécanisme cyclique (Aerobacter aerogenes), le D-mannose est phosphorylé en mannose-6P, qui
est ensuite transformé en fructose-6P (métabolisé ensuite par la glycolyse). La phosphorylation du mannose se
fait par transfert du phosphate du glucose-6P au mannose. Le glucose-6P est ensuite régénéré soit par
isomérisation du mannose-6P en fructose-6P, soit par phosphorylation directe du glucose, grâce à une
glucokinase.
L’utilisation du L-mannose fait intervenir le mécanisme non cyclique. Le L-mannose est d’abord converti
en L-fructose par une isomérase. Il y a ensuite phosphorylation du fructose en fructose-1P, lequel est coupé en
dihydroxyacétone-phosphate et en L-glycéraldéhyde, dont la métabolisation s’effectue par la glycolyse.
4-4- dégradation du saccharose

Le saccharose est d’abord hydrolysé en glucose et fructose par l’invertase présente chez de nombreuses
levures (Candida utilis, Saccharomyces cereviciae…), de nombreuses moisissures (Aspergillus niger, Penicillium
chrysogenum…) et de nombreuses bactéries (Clostridium pasteurianum, Streptococcus…). Le glucose et le
fructose sont dégradés par les voies précédemment décrites.
Le saccharose est hydrolysé à l’extérieur de la cellule chez les levures et moisissures. Chez de nombreuses
bactéries (bactéries lactiques, Bacillus subtilis), le saccharose est transporté à l’intérieur de la cellule sous forme
de saccharose-P et ensuite hydrolysé en glucose-6P et fructose.
Chez diverses bactéries (Bacillus subtilis, Zymomonas), il existe en outre une levane saccharase qui
contribue à la synthèse des levanes :
4-5- catabolisme du lactose et galactose

De nombreux microorganismes possèdent une β-galactosidase : des levures (Kluyveromyces, Candida…),
des moisissures (Aspergillus…), des bactéries (E. coli, Lactobacillus, Bacillus…). Après hydrolyse du lactose, le
glucose formé est dégradé par l’une des voies précédemment décrites. Quant au galactose, il est dégradé,
notamment chez les levures, par la voie de Leloir-Kalchar. Il est d’abord phosphorylé puis transformé en
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glucose-1P, métabolite directement utilisable par la cellule après isomérisation en glucose-6P. les réactions
d’isomérisation font intervenir l’uridine diphospho-glucose (UDPG) et l’uridine diphospho-galactose (UDP-Gal) .
Chez Escherichia coli, le métabolisme du lactose dépend d’une perméase spécifique et utilise la voie de Leloir
comme chez la levure.
Chez Lactobacillus casei, le lactose est phosphorylé par un système phosphotransférase en lactose-P qui
est scindé dans la cellule en glucose et en galactose-6P ; la métabolisation a lieu par la voie du tagarose.
La voie du tagarose est également utilisée chez Staphylococcus aureus pour le métabolisme du lactose
et du galactose.
4-6- catabolisme du maltose
Il est généralement hydrolysé en 2 molécules de glucose par une maltase (ou glucoamylase). Chez E. coli,
il est métabolisé avec intervention d’une transglycosylation.
DESTINEES DU PYRUVATE
1- Métabolisme anaérobie du pyruvate
Différents microorganismes, en particulier des bactéries anaérobies strictes ou facultatives, métabolisent le
pyruvate en anaérobiose par des voies variées.
1-1- Fermentation alcoolique
Il s’agit d’une fermentation très répandue chez les levures (Saccharomyces, Kluyveromyces,
Brettanomyces,…). Les bactéries capables de réaliser la fermentation alcoolique sont peu nombreuses
(Zymomonas mobilis). La glycolyse constitue la première grande étape de la fermentation alcoolique des
levures. Dans le cas de Zymomonas mobilis, le glucose est dégradé par la voie d’Entner-Doudoroff. Les deux
voies aboutissent au pyruvate, celui-ci est décarboxylé en acétaldéhyde et CO2.
La réduction de l’acétaldéhyde engendre la formation d’éthanol. D’autres substances peuvent être
produites en faibles quantités (glycérol et acide acétique en particulier). La conversion d’une molécule de
glucose en éthanol, par les levures, se traduit par la synthèse de 2 molécules d’ATP.
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1-2- fermentations homolactiques
L’acide lactique est le produit essentiel de ce type de fermentation (>90% des produits formés),
contrairement à la fermentation hétérolactique (entre 25 et 90% d’acide lactique). L’acide lactique provient de
la réduction de l’acide pyruvique catalysée par la lacticodéshydrogénase. Il peut être de forme D, L, ou DL, ceci
dépend de la stéréospécificité de la lacticodéshydrogénase et de la présence ou l’absence de racémase (le
microorganisme peut posséder une L- lacticodéshydrogénase, une D- lacticodéshydrogénase ou les deux).
La fermentation homolactique est effectuée par tous les membres des genres bactériens Streptococcus,
Pediococcus et Microbacterium, par beaucoup de Lactobacillus, par certains Bacillus et certaines moisissures
(Phycomycètes : Oomycètes). L’acide lactique est utilisé comme additif alimentaire. Les fermentations homo- et
hétérolactiques interviennent également dans la fabrication de nombreux produits alimentaires (fromages,
choucroute, salaisons, saumure de légumes…).
1-3- Fermentation hétérolactique fongique
Parmi les moisissures, Rhizopus oryzae constitue un cas particulier. Cultivé en aérobiose, il produit un mélange
d’acide lactique, de l’acide acétique et du CO2, alors que dans des conditions anaérobies, il produit un mélange
d’acide lactique, d’éthanol, et de CO2. Ces produits sont identiques à ceux obtenus au cours de la fermentation
hétérolactique des Leuconostoc mais le mécanisme de formation est différent : la dégradation du glucose
s’effectue par la voie de la glycolyse. En aérobiose, une partie du pyruvate est transformée en acide lactique,
l’autre est oxydée.
En anaérobiose, une partie du pyruvate est transformée en éthanol et CO2, l’autre en acide lactique. L’acide
lactique formé dans les deux cas est de forme D.
1-4- Fermentation acide mixte et butylène-glycolique

La fermentation acide mixte est réalisée par des Entérobactéries appartenant aux genres Escherichia,
Salmonella, Proteus, Shigella, Yersinia. Elle est aussi rencontrée chez les Vibrio, certains Aeromonas… Elle est
caractérisée par la production d’éthanol et de plusieurs acides organiques : acides lactique, acétique, succinique
et formique. Certaines espèces (Escherichia coli, Proteus, certaines Salmonella) possèdent l’hydrogène lyase
formique et décomposent immédiatement l’acide formique en H2 et CO2 à pH neutre ou acide
:
La fermentation butylène glycolique est réalisée par les membres des genres Enterobacter, Klebsiella,
Serratia(entérobactéries), mais aussi par certains Aeromonas et Bacillus. Elle aboutit aux produits de la
fermentation acide mixte. Il y a en outre formation de 2,3-butanediol (ou 2,3-butylène glycol), qui est avec
l’éthanol la substance la plus abondante. Le 2,3-butanediol est formé par réduction de l’acétylméthylcarbinol
(ou acétoïne), produit issu du pyruvate par l’intermédiaire de l’acétolactate. L’acétoïne et le diacétyle sont
formés en aérobiose.
Généralement, les acides sont en faible quantité, bien que Serratia produise beaucoup d’acide formique. Chez
les autres Entérobactéries à fermentation butylène-glycolique, la présence d’hydrogène lyase formique entraine
la formation d’H2 et de CO2 ; ce dernier est plus abondant que l’H2 car il est également formé au cours d la
synthèse du 2,3-butanediol. A pH neutre ou basique, le pourcentage des produits acides augmente.
1-5- Fermentations butyriques et acétono-butyliques
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Certains Clostridium (C.butyricum, C.perfringens) les Butyribacterium, certaines Serratia et Zymosarcina
produisent de l’acide butyrique, ainsi que de l’acide acétique, du CO2 et de l’hydrogène. L’acide butyrique est
formé par condensation de deux molécules d’acétyl-CoA en acétolactate, lequel est ensuite réduit en β-
hydroxybutyrate puis en butyrate. Une partie de l’acétyl-CoA, formé à partir du pyruvate, conduit à la formation
d’ATP et d’acide acétique.
Chez les Clostridium, la décarboxylation du pyruvate se fait par réaction phosphoroclastique :
Outre les produits de la fermentation butyrique, certains Clostridium peuvent donner des alcools (butanol,
éthanol, isopropanol) et de l’acétone.
1-6- Fermentations propioniques

Diverses bactéries anaérobies strictes ou facultatives (Propionibacterium,
certains Clostridium, Corynebacterium, Neisseria, Veillonella…) produisent par fermentation l’acide propionique,
l’acide acétique, CO2 et l’acide succinique. L’acide propionique est formé par réduction du pyruvate (l’acide
lactique étant l’intermédiaire), mais il peut l’être aussi par décarboxylation de l’acide succinique
(Propionibacterium pentosaceum).
La fermentation propionique peut s’effectuer aussi à partir du lactate avec le pyruvate comme intermédiaire,
sauf chez Clostridium propionicum où l’intermédiaire est l’acide acrylique.
Les Propionibacterium jouent un rôle important dans le tube digestif des ruminants. Propionibacterium
intervient dans la fabrication des fromages à pâte cuite.
2- Métabolisme aérobie du pyruvate
2-1- cycle de Krebs (cycle des acides tricarboxyliques « TCA » ou cycle citrique
Aussi appelé cycle du citrate ou

cycle de Krebs.
- Oxydation et dégradation
complètes du glucose et
d’autres molécules.
- Commun chez les bactéries
aérobiques, les protozoaires
libres, les champignons.
- Pour chaque molécule
d’acetyl-CoA oxydée, le cycle
des acides tricarboxyliques
produit:
- 2 molécules de CO2
- 3 molécules de NADH
- 1 FADH2
- 1 GTP
En présence d’air, les microorganismes aérobies stricts ou facultatifs assurent l’oxydation complète du glucose.
Le pyruvate formé est oxydé par le cycle de Krebs et le shunt glyoxylate. Le cycle de Krebs est la voie d’oxydation
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aérobie de l’acétate provenant non seulement de la glycolyse ou du shunt de l’hexose monophosphate, mais
encore de la β-oxydation des acides gras. Ses composantes enzymatiques participent directement ou
indirectement à la dégradation du squelette carboné de la plupart des aminoacides. Le cycle fournit les
composés de départ des réactions de synthèse. Il existe des différences sensibles entre organismes : dans le
cycle « classique », le malate est oxydé en oxaloacétate par la malate déshydrogénase NAD-dépendante (E. coli),
chez Serratia ou Pseudomonas, il existe une déshydrogénase directement liée aux cytochromes. Chaque tour du
cycle produit, à partir de l’acétate, deux molécules de CO2 et 8 (H+, e-), sous forme de 2 NADH2, 1NADPH2 et 1
FADH2. Ces électrons et protons sont transportés vers l’oxygène par la chaine respiratoire. Il y a formation au
maximum de 3 molécules d’ATP par paire d’électrons transportée entre les NAD et l’oxygène. Le rendement
global par mole de glucose oxydé par l’intermédiaire de la glycolyse et du cycle de Krebs est donc au maximum
de 38 ATP. Chez les bactéries, il est difficile de connaitre le nombre réel d’ATP libérés, la présence d’ATPase
gênant la mise en évidence de l’ATP formé. Des mesures indirectes suggèrent que le bilan est identique à celui
des organismes supérieurs alors que les mesures directes ne permettent de mettre en évidence que 16 ATP par
mole de glucose.
Le cycle de Krebs ne peut fonctionner en conditions anaérobies car la succinate déshydrogénase et l’α-
cétoglutarate déshydrogénase sont inactives. Cependant, il peut encore se produire des réactions à partir de
l’oxaloacétate vers le succinate (branche réductrice « à contre-sens » avec intervention d’une fumarate
réductase) et vers l’ α-cétoglutarate (branche oxydative) : cas d’Escherichia coli.
Le cycle peut entièrement fonctionner à « contre-sens » de manière réductrice pour la fixation autotrophique
du CO2 (chez de nombreuses bactéries photosynthétiques et des archéobactéries, en particulier les
méthanogènes).
2-2- shunt glyoxylique
Certains microorganismes (E. coli et de nombreuses espèces de moisissures et de Pseudomonas) sont
capables de se développer à partir de l’acétate comme seule source de carbone et d’énergie. Ces organismes
ont toutes les enzymes du cycle de Krebs mais ont en plus :
- l’isocitrase lyase, coupe l’isocitrate en succinate et glyoxylate.
- la malate synthétase condense le glyoxylate avec l’acétyl-CoA pour former le malate.
Le shunt glyoxylique ne fournit aucune énergie biologiquement utilisable. Il ne fonctionne que lorsque le
micro-organisme est cultivé sur acétate car le glucose réprime ces deux enzymes.
Lors de la croissance sur acétate, les cellules décarboxylent l’oxaloacétate pour fournir du
phosphoénolpyruvate, point de départ de la biosynthèse des hexoses et des pentoses.
Il existe plusieurs fermentations dérivées du cycle de Krebs et du shunt glyoxylate.
III: CATABOLISME DES AUTRES COMPOSES ORGANIQUES

Les microorganismes ont la capacité d’utiliser un large éventail d'autres composés comme sources de carbone
et d'énergie. La plupart de ces voies mènent à la production d'intermédiaires qui peuvent entrer dans une des
voies centrales décrites précédemment (Glycolyse, Entner-Doudoroff, Voie des pentoses P, cycle de Krebs et
cycle du glyoxylate). De nombreuses sources de carbone alternatives sont utilisées uniquement après une
période d'induction des enzymes nécessaires à leur transport et leur métabolisme. La présence de glucose dans
le milieu de croissance inhibe généralement l'expression des enzymes cataboliques pour ces substrats
(répression catabolique) ou « effet glucose ».
Dans les milieux contenant du glucose et un autre hydrate de carbone, la bactérie commence à utiliser d
’abord le glucose ensuite l’autre source de carbone. Le glucose empêche l'entrée du second substrat par un
processus appelé inducteur l'exclusion et réprime l'induction des gènes codant pour les enzymes nécessaires à
l'utilisation du second substrat.
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Dégradation des lipides
Les triglycérides sont hydrolysés en acides gras et glycérol, grâce à des lipases ou à des estérases moins
spécifiques, souvent exocellulaires. Ces lipases se rencontrent chez les moisissures (Aspergillus, Penicillium,
Rhizopus, Geotrichum…), les levures (Candida, Torulopsis, Saccharomyces, Saccharomycopsis…) et les bactéries
(Serratia, Pseudomonas, Xanthomonas, Chromobacterium, Alcaligenes, Staphylococcus…).
Le glycérol entre dans la glycolyse au niveau de la dihydroxyacétone-P. les acides gras, quant à eux, sont
d’abord activés par l’ATP en présence de coenzyme A pour former un acyl-CoA, lequel est oxydé en β-céto-
acyl-CoA. Après hydrolyse, il se forme de l’acétyl-CoA et un acyl-CoA possédant deux carbones de moins. Les
réactions d’oxydation se poursuivent autant qu’il est nécessaire selon la longueur de la chaine carbonée.
L’acétyl-CoA formé peut être incorporé dans le cycle de Krebs et le shunt glyoxylique.
Triglycérides : Hydrolysée en glycérol et acides gras par des lipases.

- Le glycérol est dégradé par la glycolyse.
- Les acides gras sont souvent oxydés dans la voie de la β- oxydation.
La β-oxidation des acides gras
CATABOLISME DES PROTEINES

Les protéines sont des composés organiques de haut poids moléculaire, constituées d’acide aminés liés entre
eux par des liaisons peptidiques. Leur dégradation comporte les étapes suivantes :
1- Protéolyse : protéases et peptidases
Il existe de nombreuses protéases microbiennes (généralement exocellulaires) plus ou moins spécifiques :
collagénases, gélatinases… Elles agissent aussi bien sur les protéines que sur les oligopeptides. Elles scindent la
molécule protéique en fragments polypeptidiques, constitués de quelques acides aminés seulement. Les
espèces protéolytiques les plus connues appartiennent aux genres bactériens Clostridium, Bacillus, Proteus,
Streptomyces, Pseudomonas, Aeromonas… ainsi qu’à de nombreux genres fongiques.
Les peptidases hydrolysent les polypeptides et les transforment en leurs sous-unités constitutives, les acides
aminés. De petits polypeptides pénètrent dans les cellules : chez la levure, il s’agit essentiellement de di- et
tripeptides. L’entrée des acides aminés dépend de la présence de systèmes « perméase» nombreux et variés.
Les peptidases sont de deux types, les endopeptidases et les exopeptidases, en fonction de leur mode
d’attaque de la chaine polypeptidique. Les exopeptidases sont elles-mêmes subdivisées en deux catégories :
- Les aminopeptidases commencent leur action par l’extrémité –NH2 libre du polypeptide et leur activité
dépend souvent de la présence d’ions métalliques.
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- Les carboxypeptidases débutent leur attaque par l’extrémité –COOH libre du polypeptide.
L’activité de ces différentes enzymes conduit à la libération de di- et tripeptides qui sont ensuite hydrolysés en
acides aminés.
2- Catabolisme des acides aminés libérés
Il existe deux voies principales : la désamination et la décarboxylation.
Les aminoacides désaminases sont à la fois des enzymes oxydatives et des enzymes non oxydatives.
La désamination oxydative conduit à la formation d’un imino-acide qui est ensuite hydrolysé en ammoniaque
et en acide α-cétonique : elle fait intervenir des coenzymes flaviniques (FAD).
La désamination non oxydative peut être de trois types :

-La désamination désaturante produit l’ammoniaque et un acide insaturé (exemple: aspartate se transforme
en fumarate).
-La désamination par déshydratation est particulière aux acides aminés hydroxylés (serine), elle est
exclusivement microbienne. Il y a formation d’ammoniaque et d’un acide cétonique. La dégradation de la
cystéine se fait par une réaction voisine mais il y a libération de SH2 (cystéine sulfhydrase).
-La désamination réductive consiste en une réduction de l’acide aminé en acide saturé correspondant, avec
formation d’ammoniaque.
Il existe un dernier type de désamination, appelé :
Désamination couplée (réaction de Stickland). Il s’agit d’une réaction d’oxydoréduction couplée entre deux
acides aminés, l’un jouant le rôle d’accepteur d’hydrogène, l’autre de donneur :
La réaction de Stickland est réalisée par un grand nombre de bactéries anaérobies strictes sporulées
(Clostridium) : elle fait intervenir un coenzyme à NAD.
Les Clostridium qui ne réalisent pas cette réaction dégradent les acides aminés grâce à un processus
catalytique de transamination proche de celui des animaux supérieurs.
Les acides issus de la désamination intègrent les voies du métabolisme glucidique : pyruvate (alanine,
glycine, sérine, cystéine…), acétyl-CoA (leucine, isoleucine, lysine…), oxaloacétate (aspartate) …
Les décarboxylases agissent sur les aminoacides pour former du CO2 et une amine :
Cette réaction est effectuée par un grand nombre de microorganismes protéolytiques ou non. Les amines
sont des composés nauséabonds, parfois toxiques (histamine). La manière de dégrader un aminoacide est
contrôlée en partie par le pH du milieu. Un milieu acide favorise la formation de décarboxylases alors que le
milieu alcalin stimule celle de désaminases.
Catabolisme d'autres composés organiques

1- catabolisme des hydrocarbures
Beaucoup de Pseudomonas, d’autres groupes bactériens (Micrococcus, Actinomycètes), de levures et des

moisissures sont capables d’utiliser comme seule source de carbone la quasi-totalité des hydrocarbures
paraffiniques et aromatiques.
1-1- hydrocarbures paraffiniques
Les hydrocarbures paraffiniques sont oxydés par des étapes successives grâce à des déshydrogénases à NAD
via l’aldéhyde et l’acide carboxylique. Une acyl-CoA synthétase permet d’activer cet acide monocarboxylique
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en acyl-CoA qui subit la β-oxydation génératrice de molécules d’acétyl-CoA par scissions successives. Il y a
intervention d’une ω-hydroxylase NADP-dépendante, elle existe chez divers microorganismes et notamment
chez Pseudomonas oleovorans cultivé sur hexane.
Chez les levures, le passage se fait dans les microsomes et peroxysomes. Le passage de l’acétyl-CoA vers les
mitochondries fait intervenir la carnitine sous forme transitoire d’acétylcarnitine. La régénération des FADH2
et NADH2 n’est pas directement couplée à la chaine respiratoire. Une partie du FADH2 entraine la formation
d’H2O2 ensuite dégradé par la catalase. Le NADH2 passe par le système PGA/PDHA avant d’aboutir au FADH2
mitochondrial.
1-2- Catabolisme des hydrocarbures aromatiques et autres composés aromatiques

Certains microorganismes, notamment des Pseudomonas (P. aeruginosa, P. putida…) sont capables de
croitre en utilisant des composés aromatiques. Leur oxydation aboutit, dans un premier temps, à des
composés à un seul cycle aromatique (catéchol, protocatéchuate, gentisate, homogentisate). Ensuite, il y a
clivage du cycle, soit entre deux carbones portant les hydroxyles (orthofission), soit entre un carbone portant
un hydroxyle et un carbone n’en portant pas (métafission).
Les composés aromatiques halogénés peuvent aussi être dégradés biologiquement : cas d’épuration des
sédiments contenant des polychlorobenzènes. Après la déchloration anaérobie, il se produit une dégradation
aérobie des produits phénoliques qui en sont issus.
2- Catabolisme du méthane et méthanol
Les microorganismes capables de croître sur méthane et méthanol, comme seule source de carbone,
(ex.Pseudomonas) oxydent le méthane selon la chaîne :
Ces microorganismes sont dits « méthylotrophes ». Ils peuvent être méthylotrophes stricts (ne dégradant
que le méthane ou méthanol), ou méthylotrophes facultatifs (capables de dégrader, outre le méthane et
méthanol, de nombreux composés à un ou plusieurs atomes de carbone).
3- Dégradation de l’éthanol
L’éthanol peut être dégradé totalement en CO2 et H2O comme chez certaines levures (Brettanomyces,
debaryomyces, Hansenula, Pichia…) comme il peut être transformé en acide acétique (Acetobacter,
Gluconobacter). Dans les deux cas, la première étape conduit à la formation d’acétaldéhyde :
Cette fermentation (base de la fabrication du vinaigre) est aérobie. Certaines bactéries acétiques peuvent
ensuite transformer l’acide acétique en CO2 et H2O par l’intermédiaire de l’acétyl-CoA.
Le vinaigre, fabriqué traditionnellement par une culture de surface (procédé d’Orléans) ou par ruissellement
sur des copeaux de bois sur lesquels sont adsorbées les bactéries (procédé de Schutzenbach), est actuellement
fabriqué par culture agitée fortement aérée (acétator, cavitator…).
4- Dégradation du glycérol
Le catabolisme du glycérol a été étudié chez les Entérobactéries, les lactobacilles, les bactéries acétiques et
chezClostridium butyricum. Le glycérol est dégradé, en particulier chez les bactéries acétiques, par deux
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voies . Acetobacter suboxydans, qui ne possède pas de cycle de Krebs, peut cependant métaboliser le glycérol.
Cette bactérie est utilisée pour la production de dihydroxyacétone, intermédiaire de la dégradation du
glycérol. La dihydroxyacétone est employée comme agent tannant et en cosmétologie.
Les Entérobactéries catabolisent le glycérol en le transformant en dihydroxyacétone ou en glycéraldéhyde-
3P, lesquels sont ensuite dégradés par la voie de la glycolyse. Le processus est uniquement fermentaire.
Le catabolisme du glycérol chez Escherichia coli fait intervenir une glycérol kinase qui donne naissance à l’α-
glycérophosphate, qui est encore transformé en dihydroxyacétone-phosphate.
IV. ANABOLISME : PRODUCTION DE BIOMASSE ET DE METABOLITES

Les réactions anaboliques ont pour but la synthèse des constituants cellulaires.
1- Production de biomasse et de protéines
Au cours de la synthèse de la biomasse, il y a formation de composés glucidiques par une gluconéogénèse
qui résulte de l’activité de différentes voies métaboliques : il s’agit de voies inverses (« réverses ») issues du
pyruvate si le microorganisme est cultivé sur des substrats autres que des sucres (acides, alcools…).
Cependant, la pyruvate kinase et la phosphofructokinase ne sont pas réversibles :
Applications
La production de biomasse constitue souvent le but de nombreuses « fermentations » industrielles :
- Production de « biomasse-aliment » et plus particulièrement production de protéines (Single Cell Protéins =
Protéines d’Organismes Unicellulaires), essentiellement de levures, plus rarement de bactéries, moisissures ou
algues. Lorsque la biomasse est produite dans ce but, les protéines ne sont que rarement extraites et purifiées
et le produit, en contenant environ 50%, est habituellement utilisé tel quel (alimentation animale).
- Production de levure diététique
- Production de levains pour les industries de fermentations
- Production d’agents biologiques pour bioconversions (cellules utilisées libres ou immobilisées, comme
catalyseur)
-Production pour des applications particulières comme la lutte biologique (action insecticide).
Pour obtenir de bonnes productions de biomasse, il est nécessaire de se placer dans des conditions où le
rendement énergétique est le meilleur, c'est-à-dire lorsqu’il ya oxydation complète du substrat par l’oxygène
de l’air et que toute l’énergie potentielle est libérée et utilisée pour les synthèses. Il est donc préférable,
lorsqu’il est possible, d’utiliser des germes aérobies ne possédant pas de métabolisme fermentaire ou
d’orienter le métabolisme d’un germe ayant plusieurs voies énergétiques vers la voie oxydative. Pour obtenir
les meilleurs résultats, il faut fournir une quantité d’oxygène pour permettre l’oxydation complète et tenir
compte des mécanismes de régulation.
2-Production d’acides aminés

Les acides aminés synthétisés dans la cellule sont utilisés, pour la plus grande partie d’entre eux, pour la
formation de protéines car de nombreux systèmes de régulation sont présents dans la cellule. De nombreux
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mutants ont été isolés pour augmenter la production d’acides aminés. Les acides aminés les plus intéressants
du point de vue industriel sont les acides aminés « indispensables ».
La synthèse des acides aminés s’effectue à partir de produits intermédiaires du métabolisme des glucides :
érythrose-P, trioses-P (phosphoénolpyruvate, phosphoglycérate), pyruvate, acétyl-CoA, oxaloacétate, α-
cétoglutarate.
La forme d’azote la plus facilement utilisée est la forme ammoniacale, mais d’autres formes peuvent être
intégrées, y compris la forme moléculaire N2. Les nitrates et les nitrites sont utilisés sous forme d’ammonium
grâce à l’existence des réductases correspondantes. L’utilisation de l’azote moléculaire n’est possible que chez
un nombre limité de microorganismes (Azotobacter, Achromobacter, Klebsiella, Bacillus, Enterobacter,
Actinomyces, certainsClostridium, bactéries photosynthétiques, Cyanophycées…), dont certains sont
symbiotiques(Rhizobium, Frankia).
L’incorporation du NH3 fait intervenir deux systèmes :
2-1- synthèse des acides aminés issus du glutamate et de l’α-cétoglutarate

Le L-glutamate est formé par amination de l’α-cétoglutarate (produit du cycle de Krebs).
Le L-glutamate est préparé par fermentation, en présence d’un excès de NH3, d’une bactérie ayant perdu
l’enzyme capable de former le succinate à partir du cétoglutarate. Micrococcus glutamicus est l’espèce la plus
utilisée (classée parfois comme un Corynebacterium).
A partir du glutamate s’ouvrent les voies de synthèse de la glutamine, de l’ornithine, de l’arginine et la
proline. La proline est synthétisée par cyclisation du 5-phosphoglutamate (elle a peu d’intérêt industriel).
L’ornithine peut être produite par des mutants de Micrococcus glutamicus auxotrophes pour la citruline ou
l’arginine.
Chez les levures et moisissures, la lysine est produite à partir de l’α-cétoglutarate alors que chez les
bactéries, elle est issue de l’aspartate.
2-2- Synthèse des acides aminés issus de l’aspartate

Le L-aspartate est formé par amination du fumarate (produit du cycle de Krebs).
A partir de l’aspartate, s’ouvrent les voies de la biosynthèse de la lysine (bactéries), de la méthionine, de la

thréonine et de l’isoleucine. L’accumulation de lysine peut être obtenue chez des mutants auxotrophes pour
la méthionine et la thréonine. La thréonine peut quant à elle, être accumulée par des mutants d’Escherichia
coli auxotrophes pour la lysine et la méthionine.
L’isoleucine (la L-isoleucine est l’un des acides aminés les plus chers) peut être préparée à partir de milieux
riches en thréonine par Streptomyces rimosus ou Serratia et à partir de milieux contenant de l’α-ABA (acide α-
aminobutyrique) par des souches de Bacillus subtilis, Pseudomonas, E.coli… L’α-ABA et l’isoleucine exercent un
effet stimulant sur l’accumulation d’homosérine par des mutants auxotrophes pour la thréonine.
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2-3- Synthèse de la leucine et de la valine
La voie de biosynthèse de ces deux acides aminés se rattache au pyruvate et utilise des enzymes communes à
la voie de transformation de la thréonine en isoleucine. La valine peut être accumulée par des mutants de
certains Aerobacter ou de Micrococcus glutamicus auxotrophes pour l’isoleucine et la leucine.
Anabolisme : production de biomasse et de métabolites
3- Biosynthèse des lipides

Les lipides microbiens sont constitués essentiellement de glycérides. Il peut y avoir aussi présence de stérols
(en particulier chez les organismes eucaryotes) mais aussi des glycolipides, des phosphoglycérides, des alkyl-1-
ényl éthers, parfois des alkyls éthers… La composition en lipides et en acides gras est une caractéristique qui
dépend, outre de l’espèce et de la souche, du stade physiologique de croissance et surtout des conditions de
culture : paramètres physiques (température, aération) ou chimiques (constituants du milieu, rapport C/N) qui
peuvent modifier des activités biologiques.
Les glycérides sont synthétisés à partir de glycérol et d’acides gras (mono, di et surtout triglycérides). Le
glycérol est un produit intermédiaire du métabolisme des glucides et les acides gras sont synthétisés à partir
d’acétyl-CoA. Les bactéries contiennent en général peu d’acides gras à plus de 19 atomes de carbone. L’acide
gras le plus abondant est généralement l’acide palmitique (acide gras saturé à 18 C), les principaux acides gras
insaturés sont monoéniques. Il y a aussi des acides gras banchés ou contenant un cycle. Chez la levure, l’acide
gras prédominant est l’acide palmitoléique (acide gras monoinsaturé à 16 C).
Les stérols sont synthétisés selon une voie commune à celle des terpènes. Par condensation de deux acétyl-
CoA, il ya formation d’acide mévalonique, qui évolue en isopentényl-pyrophosphate ou en
diméthylallylpyrophosphate, produits de base des chaines terpéniques (géranyl C10, farnesyl C15,
géranylgéranyl C20, géranylfarnesyl C25…), d’où dérivent les terpènes, stéroïdes, carotènoides, ubiquinones…
Les stéroïdes sont formés à partir de deux farnesyl-pyrophosphate par l’intermédiaire du squalène (C30). Il y a
dans les stéroïdes microbiens de l’ergostérol et divers autres composés (fucostérol, lanostérol,…). La formation
des stérols et de certains acides gras insaturés n’est parfois possible que dans des conditions aérobies
(levures).
En anaérobiose, ces produits doivent se trouver dans le milieu pour permettre la croissance.
La production de lipides microbiens s’effectue toujours par production de biomasse puis extraction et
purification.
Des algues, levures et moisissures peuvent être des sources importantes de lipides. Il est possible
d’augmenter la production (plus de 20% de lipides en masse de la matière sèche) en effectuant des cultures
carencées en azote ou en certains éléments minéraux.
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4-Biosynthèse des nucléotides
Les nucléotides, composants de base des acides nucléiques sont synthétisés :
A partir de l’inosine-monophosphate, provenant du ribose-phosphate pour les nucléotides puriques. A partir
de l’aspartate et du cabamyl-phosphate par un intermédiaire commun, l’acide uridylique, pour les nucléotides
pyrimidiques. Leur production est obtenue par perturbation des systèmes de régulation.
5-Biosynthèse des vitamines

Les microorganismes prototrophes sont capables de synthétiser tous les facteurs de croissance, et en
particulier toutes les vitamines dont ils ont besoin ; certains en libèrent dans le milieu des quantités
intéressantes. Il est possible, par perturbation du métabolisme, de faire préparer par des microorganismes la
plupart des vitamines ou provitamines (panthoténate, pyridoxine, biotine, thiamine, acide folique, acide
lipoїque, nicotinamide, riboflavine, cyanocobalamine, précurseurs des vitamines A, C, D, vitamine K, coenzyme
Q, inositol…). Certaines de ces productions ont un grand intérêt industriel, comme la vitamine B2 ou
riboflavine et surtout la vitamine B12 ou cyanocobalamine dont la seule source est microbienne. En outre, le
β-carotène, précurseur de la vitamine A, est souvent préparé par voie microbiologique.
6-Biosynthèse des toxines

Certaines bactéries et moisissures excrètent des toxines. Dans certains cas, la production industrielle de ces
toxines présente un grand intérêt car elles sont utilisées pour la fabrication d’antigènes, de vaccins et
antitoxines utilisés en médecine.
Chez les bactéries, il y a deux types de toxines :
- Les exotoxines, de nature protéique, très actives mais thermolabiles, excrétées généralement pendant la
croissance et rencontrées essentiellement chez des bactéries à Gram positif.
Les principales sont la toxine diphtérique (Corynebacterium diphteriae), les entérotoxines staphylococciques
(Staphylococcus aureus), la toxine tétanique (Clostridium tetani), les toxines botuliniques (Clostridium
botulinum), les toxines de Clostridium perfringens. Elles sont utilisées comme source d’antigènes mais surtout
comme source d’anatoxines (vaccins).
- Les endotoxines, de nature plus complexe (glucidolipidoprotéiques), moins actives et thermostables, libérées
par lyse des cellules et rencontrées surtout chez les bactéries à Gram négatif.
Les principales sont l’entérotoxine cholérique (Vibrio cholerae) et l’endotoxine typhoїdienne
(Salmonella). Certains produits peuvent jouer un grand rôle dans la lutte biologique (insecticide).
Diverses moisissures excrètent aussi des substances toxiques :
Alcaloїdes de l’ergot de seigle : ces substances sont produites par Claviceps purpurea et sont dotées de
propriétés pharmacologiques et ont un intérêt médical.
Aflatoxines et autres mycotoxines : les aflatoxines dérivées de la coumarine sont produites par Aspergillus
flavus et espèces de la section Flavi. De nombreuses autres moisissures produisent des mycotoxines.
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Appl Année20/21 Pr Riba Amar

2- BESOIN ENERGETIQUE ET ELEMENTAIRES

2-1- Sources d’énergie et types trophiques

2-1-1- Les phototrophes

2-1-2- Les chimiotrophes

2- alors que d’autres la tirent de l’oxydation de substances exogènes organiques → chimioorganotrophes,

2-2- Sources de carbone

2-4- Sources de soufre et de phosphore

2-5- Autres éléments minéraux

3- BESOIN SPECIFIQUES : FACTEURS DE CROISSANCE

1- Chaines de transport d’électrons

Accepteurs d’électrons chez les microorganismes

2-1- Respiration aérobie

2-2- Respiration anaérobie

2-4- Fermentation oxydative

II. CATABOLISME DES GLUCIDES

Les trois étapes de la respiration aérobie chez un chimio-organohétérotrophe

Les points importants de la chaine de la glycolyse sont :

voie d’Embden-Meyerhof-Parnas= glycolyse

- Transfert d’une liaison ester phosphorique du 1,3diphosphoglycérate à l’ADP.

Le bilan est : Glu + 2ADP + 2Pi + 2NDA+ 2 CH3CH2COOH+ 2NADH,H+ + 2ATP+H20

3-2- Voie de l’hexose monophosphate (HMP) ou voie de Warburg-Dickens-Horecker

Voie des pentoses phosphates

4- Dégradation des autres sucres

4-4- dégradation du saccharose

contribue à la synthèse des levanes :

4-5- catabolisme du lactose et galactose

4-6- catabolisme du maltose

1-1- Fermentation alcoolique

1-2- fermentations homolactiques

1-3- Fermentation hétérolactique fongique

1-4- Fermentation acide mixte et butylène-glycolique

1-5- Fermentations butyriques et acétono-butyliques

Chez les Clostridium, la décarboxylation du pyruvate se fait par réaction phosphoroclastique :

1-6- Fermentations propioniques

2- Métabolisme aérobie du pyruvate

Aussi appelé cycle du citrate ou

Il existe plusieurs fermentations dérivées du cycle de Krebs et du shunt glyoxylate.

III: CATABOLISME DES AUTRES COMPOSES ORGANIQUES

Triglycérides : Hydrolysée en glycérol et acides gras par des lipases.

La β-oxidation des acides gras

CATABOLISME DES PROTEINES

La désamination non oxydative peut être de trois types :

Catabolisme d'autres composés organiques

Beaucoup de Pseudomonas, d’autres groupes bactériens (Micrococcus, Actinomycètes), de levures et des

1-1- hydrocarbures paraffiniques

1-2- Catabolisme des hydrocarbures aromatiques et autres composés aromatiques

IV. ANABOLISME : PRODUCTION DE BIOMASSE ET DE METABOLITES

2-Production d’acides aminés

2-1- synthèse des acides aminés issus du glutamate et de l’α-cétoglutarate

2-2- Synthèse des acides aminés issus de l’aspartate

A partir de l’aspartate, s’ouvrent les voies de la biosynthèse de la lysine (bactéries), de la méthionine, de la

Anabolisme : production de biomasse et de métabolites

3- Biosynthèse des lipides

5-Biosynthèse des vitamines

6-Biosynthèse des toxines

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