Nutrition et mtabolisme bactrien

1 Besoins nutritifs des bactries : 1.1. Notions essentielles concernant les besoins nutritifs : Les bactries ont besoins de composs nutritifs pour leur mtabolisme, leur croissance et leur division. Ces composs nutritifs doivent tre prsents dans le milieu extrieur. Nutriment :

Cest un compos nutritif du milieu pouvant tre transfr dans la bactrie et tre incorpor lors de la synthse de constituants bactriens. Le nutriment peut participer au mtabolisme. Type trophique :

Chaque type trophique bactrien concerne un mode de nutrition et des conditions chimiques particulires. Mtabolite essentiel :

Cest un compos organique important pour la physiologie de la bactrie. Il participe soit la structure, soit au mtabolisme, soit la croissance. Il y a : Les substances lmentaires ou constitutives :

Elles entrent dans la constitution des glucides, lipides, protides, acides nucliques, etc. et permettent dlaborer les structures bactriennes. Macrolments Microlments Oligolments C, H, O, N, P, S K, Na, Cl, Mg, Ca, Fe Zn, Co, Cu, Va, Mo

Les substances nergtiques :

Elles fournissent aux bactries le moyen davoir une source dnergie utilise pour les biosynthses. Quelque soit leur mode de vie, les bactries doivent trouver dans le milieu environnant : De leau. Une source dnergie. Des composs lorigine dlments constitutifs de la bactrie. Eventuellement, des facteurs de croissance.
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1.2. Source dnergie : 1.2.1. Ncessit vitale dune source dnergie : Toute cellule consomme de lnergie pour raliser : Les biosynthses endothermiques des constituants bactriens. Diverses activits (mouvements, transferts actifs de composs). Lnergie biologique provient de lhydrolyse de lATP (Adnosine-Tri-Phosphate). Une hydrolyse se traduit par la coupure dune liaison avec lintervention de leau et dune ATPase. ATP + H2O ADP + Pi + Energie LATP est prsente, dans la cellule, en faible quantit. Les mcanismes nergtiques permettent de reconstituer sans cesse les synthses dATP : Photophosphorylation. Phosphorylation oxydative. Phosphorylation au niveau du substrat. Pour les bactries, lnergie peut avoir deux origines : Energie provenant des radiations lumineuses (phototrophie). Energie provenant de loxydation de composs chimiques (chimiotrophie).

1.2.2. Phototrophie : Bactries phototrophes ou photosynthtiques :

Elles utilisent lnergie provenant dune raction photochimique grce des pigments photosensibles. Les bactries utilisent certains radiants lumineux. Cest bactries assimilent le CO2 et synthses des composs organiques. Cest ractions photochimiques saccompagnent de synthse dATP. Photosynthse oxygnique :

Les organismes concerns sont les Cyanobactries. Les pigments photosynthtiques sont la chlorophylle a (qui absorbent la lumire) et le pigment accessoire (qui absorbe lnergie lumineuse).

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La photosynthse oxygnique seffectue en deux phases : La phase photochimique : Elle correspond lutilisation de lnergie lumineuse ou des photons. La lumire est absorbe par les pigments photosynthtiques chlorophylliens. Lapport nergtique permet la ralisation de ractions doxydorduction au niveau des structures membranaires. Elle saccompagne de : Loxydation de leau. La production de dioxygne. La rduction de coenzymes T. La formation de transporteurs rduits TH2. La libration de H. La synthse dATP.

La phase non photochimique : Elle assure lincorporation de CO2 avec des composs organiques. La rduction du CO2 est complexe, cyclique, localis dans le stroma et lextrieur des structures membranaires. Photosynthse anoxygnique :

Les organismes concerns sont des bactries anarobies strictes aquatiques des eaux profondes. Les pigments photosynthtiques sont les bactriochlorophylles. Les bactries photosynthtiques utilisent les radiations rouges et infrarouges. Cette photosynthse ne saccompagne pas de lintroduction du dioxygne. Pour incorporer le CO2, les bactries doivent synthtiser le NADH ou le NADPH par divers mcanismes. La photosynthse saccompagne de synthse dATP et dADP. Photolithotrophie-autotrophie : Les bactries photolithotrophes utilisant lnergie lumineuse demande lapport de compos minraux. Photoorganotrophie-htrotrophe : Les bactries photoorganotrophes utilisent lnergie est oxyd AH2 donneur dlectrons et de protons. Il y a rduction du CO2.
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1.2.3. Chimiotrophie : Les bactries chimiotrophes ou chimiosynthtiques : AH2 A + 2 H+ + 2 + nergie AH2 + B A + BH2 AH2 peut tre un compos minral ou organique. Les bactries chimiolithotrophes :

Elles utilisent lnergie provenant dun compos minral rduit exogne. Elles ont un pouvoir de synthse important et interviennent dans les cycles biognes. Bactries nitrifiantes : NH3 + 2 H2O NO2- + 4 H+ + 3 + nergie NH2- + H2O NO3- + 2 H+ + 2 + nergie Bactries sulfooxydantes : Loxydation biologique des composs exognes du souffre et des sulfures saccompagne dune synthse dATP. Bactries du fer : Ces bactries utilisent lnergie provenant de loxydation des ions de fer II ou ferreux. Bactries oxydant lH2 : Ces bactries utilisent lnergie provenant de loxydation du dihydrogne. Les bactries chimioorganotrophes :

Provenant de loxydation et de la dshydrognation dune substance organique exogne. AH2 A + 2 H+ + 2 + nergie

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1.3. Besoins en macrolments : 1.3.1. Source de carbone : Gnralits :

Le carbone participe la constitution de toutes les molcules organiques. Cest un lment fondamental de la bactrie. Dautre part, des composs carbons interviennent dans le mtabolisme intermdiaire et dans le mtabolisme nergtique. Les bactries autotrophes :

Elles sont capables de se dvelopper en milieu minrale et peuvent assimils en CO2 de lair comme seul source de carbone. Elle ralise des synthses de composs organiques partir du CO2 Les bactries htrotrophes :

Elles exigent la prsence de compos organique donc, carbons, pour leur nutrition carbone. En gnrale, le compos organique est en mme temps source de carbone et source dnergie. Le CO2 a un rle important pour les bactries htrophiles.

1.3.2. Source dazote : Gnralits :

Il participe la constitution des acides amins, des peptides, des protines, de bases azotes, des acides nucliques, des coenzymes. Composs azots utilisables : N2 : N2 NH3 + acide glutamique + ATP glutamine + ADP + Pi NO3- : NO3- NO2- NH4+ NH3 + H+ NH4+ : NH4+ NH3 Acide -ctoglutarique acide glutamique + H2O

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Azote organique : Cest la principale source dazote pour les bactries. Cest une raction de transamination. Acide amin 1 + acide ctonique 2 acide ctonique 1 + acide amin 2

1.3.3. Source de phosphore : Cest un constituant des acides nucliques, des phospholipides, de certains coenzymes, des composs nergtiques. LATP joue le rle de navette nergtique entre les sites de synthse et les sites dutilisation dATP. Lassimilation du phosphore se fait sous forme dHPO42- et dH2PO4-.

1.3.4. Source de souffre : Le souffre est prsent dans les groupements soufrs de certains acides amins, dans certains composs et dans certains antibiotiques. Le souffre intervient dans le mtabolisme nergtique de certaines bactries.

1.4. Besoins de microlments : Ions Na+, K+, Cl- :

Ils jouent un rle dans le maintien de lquilibre physicochimique de la bactrie. La prsence de ces ions dans le milieu extracellulaire limite les changes deau. Ils sont apports sous forme de sels. Le potassium est un cofacteur de certaines enzymes. Fe, Mg, Ca :

Ces lments minraux sont ncessaires la constitution et au fonctionnement des enzymes et coenzymes.

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1.5. Les oligolments : Ils sont ncessaires en quantits infimes. Ils sont : Des activateurs enzymatiques. Ncessaires pour la synthse de composs spcifiques.

1.6. Facteur de dpart : Cest un compos biochimique qui doit tre prsent en faible quantit dans le milieu de culture ; Il favorise la croissance. Il permet des synthses enzymatiques, une adaptation rapide au nouveau milieu et donc, le dmarrage immdiat de la culture.

1.7. Besoins spcifiques en facteurs de croissance : 1.7.1. Notions prliminaires : Dfinitions : Milieu synthtique minimum :

Pour une espce bactrienne, un milieu synthtique minimum ne contient que des composs nutritifs indispensables cette espce. Sa composition est adapte au type trophique de la bactrie. Les composs nutritifs son chimiquement dfinis et en quantits prcises. Mtabolite essentiel : Cest un compos organique important pour la bactrie qui participe la structure ou au mtabolisme et la croissance bactrienne. Bactries prototrophes et auxotrophes : Bactries prototrophes :

Les bactries peuvent se dvelopper en milieu synthtique minimum contenant un compos organique, une source minrale dazote et des sels minraux. Elles peuvent raliser tous leurs constituants organiques, les coenzymes et les mtabolites essentiels partir du glucose.

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Bactries auxotrophes : Elles sont incapables de faire la synthse dun compos mtabolique essentiel. En labsence de ce compos dans le milieu, il ny a pas de culture. Vis--vis de X, elles exigent pour leur croissance lapport obligatoire dun compos spcifique en faible concentration dans le milieu de culture.

1.7.2. Facteur de croissance : Dfinition :

Cest une substance non synthtise et indispensable. Nature chimique et rles physiologiques des facteurs de croissance : Facteurs de croissance Bases azotes Acides amins Thiamine (vit. B1) Riboflavine (vit. B2) Pyridoxine (vit. B6) Cyanocobalamine Nicotinamide Acide paraaminobenzoique Hmatine Rle physiologique Constituants des acides nucliques Constituants des protines Mtabolisme glucidique des btadcarboxylation Constituant des flavines Transporteur dlectrons Dgradation des acides amins Ractions diverses du mtabolisme Constituant des coenzymes Ractions de dshydrognations Synthse de lacide folique Synthse des hmoprotines Mtabolisme respiratoire

Mode daction des facteurs de croissance :

Le facteur de croissance est en gnrale une petite molcule organique de structure parfois complexe pouvant intervenir tous les stades du mtabolisme.

1.7.3. Proprits des facteurs de croissance : Le besoin en facteurs de croissance dpend des caractres gntiques :

Lauxotrophie dune espce bactrienne, lgard dun facteur de croissance X, dpend de cette espce. Une mutation subie par une souche sauvage prototrophe peut la rendre auxotrophe vis--vis dun facteur de croissance.
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Action quantitative sur la croissance dune bactrie auxotrophe :

Les facteurs de croissance sont indispensables des concentrations trs faibles. Ils ne sont pas une source de carbone. Spcificit daction :

Un facteur de croissance est li leur structure spatiale, la nature et la position de leur groupement chimique. Un antimtabolite est un analogue de structure dun facteur de croissance X. Il diffre de X par la nature dun groupement. X est donc inefficace et il empche lefficacit de X, en sa prsence.

1.7.4. Synthrophie et symbiose : Coopration nutritive naturelle entre bactries :

Certaines espces bactriennes exigeantes, ltat isol, sont naturellement associes. Les bactries ont des besoins nutritifs et des activits de biosynthse complmentaire. Elles ralisent des changes rciproques de facteurs de croissance. Relation de coopration mutuelle entre espces dHaemophilus :

Deux espces bactriennes A et B auxotrophes pour X et Y, introduite ensemble dans un milieu dpourvu de X et Y, peuvent cultives. Elles changent les composs X et Y. Les deux espces cooprent pour leur besoin nutritif. Transfert orient de facteur de croissance (phnomne de satellitisme) :

Une espce bactrienne A labore un mtabolite essentiel X. Celui-ci est utilis par une autre espce bactrienne B, auxotrophes lgard de X.

2 Mcanismes nergtiques bactriens : Les bactries ont besoin dnergie pour raliser des biosynthses endergoniques ou pour diverses activits. Pour les bactries chimioorganotrophes, lnergie provient de ractions doxydation ou de dshydrognation de composs organiques nergtiques rduits AH2.

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2.1. LATP au centre du mtabolisme : Structure :

Cest une molcule universelle prsente chez tous les tres vivants. Synthse et hydrolyse : Synthse :

LATP est constamment synthtise. Elle seffectue par lATP synthtase. ADP + Pi + nergie ATP + H2O Hydrolyse : LATP est constamment hydrolyse. Elle seffectue grce lATPase. ATP + H2O ADP + Pi + nergie Importance dans le mtabolisme cellulaire :

LATP assure le couplage entre les ractions exergoniques du catabolisme et les ractions endergoniques danabolisme. Ainsi, les molcules dATP jouent le rle de navette nergtique entre les lieux de synthse et les lieux dutilisation de lATP.

2.2. Gnralits concernant les mcanismes nergtiques : 2.2.1. Les oxydations cellulaires ou dshydrognations : Oxydorduction en chimie :

Loxydation dun compos nergtique saccompagne dune perte dlectrons. La rduction dun compos est un gain dlectrons pour ce compos. Oxydorduction en biochimie :

Loxydation ou dshydrognation dun compos organique rduit saccompagne dune perte dlectrons, dune perte de protons et dune libration dnergie. Dshydrognations biologiques nergtiques.

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2.2.2. Les transporteurs dlectrons T : Leur fonction :

Les lectrons et les protons librs par le compos nergtique AH2 ne sont pas transmis immdiatement laccepteur final B dlectrons. Le transfert des lectrons et des protons, partir du compos nergtique rduit AH2, seffectue par une succession dtapes catalyses par des dshydrognases. Au cours de ces tapes biochimiques interviennent des transporteurs biochimiques dlectrons. Exemples : Les coenzymes pyridiniques. Les coenzymes flaviniques. Les coenzymes quinoniques. Les cytochromes.

Fonction des transporteurs dlectrons :

Les transporteurs dlectrons interviennent dans lordre des potentiels doxydorduction croissants. Le potentiel doxydorduction dun couple rducteur-oxydant traduit laptitude cder ou capter des lectrons.

2.2.3. Libration dnergie : Lnergie forme au cours des ractions de dshydrognation est libre par petites tapes. Loxydation des coenzymes rduits saccompagne dune synthse dATP pas phosphorylation de lADP.

2.2.4. Accepteur final dlectrons : Selon la nature de laccepteur final dlectrons B, on distingue divers types de mcanismes nergtiques respiratoires. Tous ces mcanismes permettent la roxydation des transporteurs rduits apparus au cours du catabolisme.

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2.3. Respiration arobie par voie oxydative directe : 2.3.1. Caractristiques : Dans cette voie ralise en arobiose, le dioxygne est bien sur laccepteur final dlectrons. Les ractions doxydorduction font intervenir des enzymes et coenzymes localiss. Ainsi les lectrons et les protons sont fixs directement sur le dioxygne, accepteur final dlectrons. Il se forme H2O2. Or, l H2O2 est un compos toxique effet bactricide. Les bactries ralisant cette respiration doivent tre pourvues denzyme assurant llimination rapide d H2O2.

2.3.2. Ractions dlimination du H2O2 : Catalase : Nature :

Cest une enzyme porphyrinique ferrique non inductible prsente de faon constante chez les bactries qui consomment du dioxygne. Fonction physiologique : La catalase permet dliminer rapidement lH2O2 form par la voie oxydative directe. Formation chez les bactries cultivant en arobiose : La catalase est produite par les bactries anarobies strictes ou aro-anarobie facultatives ou microarophiles. Ces bactries oxybiontiques ralisent un mtabolisme respiratoire. Intrt de sa recherche pour lidentification bactrienne : Pour les bactries gram +, coques ou bacilles. Les bactries gram + se dveloppant en arobiose ont une catalase sauf Enterococcus, Streptococcus, Lactobacillus. Peroxydase : Fonction :

Les peroxydases permettent dliminer H2O2 en catalysant la dshydrognation dun compos rduit. Formation : Les peroxydases sont prsentes chez de nombreuses bactries arobies et chez les bactries anarobies facultatives. Les bactries anarobies facultatives peuvent ainsi liminer H2O2 et sont ainsi arotolrantes.

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2.3.3. Production dnergie : Ces ractions respiratoires cytoplasmiques ont un but nergtique. Elles permettent la synthse dATP au niveau du substrat. Au cours de loxydation dun compos AH2, un des produits de dgradation AH2 est phosphoryl. Il engendre un compos portant une liaison riche en nergie . Transfrer un ADP, il permet la synthse dATP.

2.4. Respiration arobie : 2.4.1. Notions essentielles : Une respiration arobie est une oxydation complte biologique du compos nergtique not AH2. Elle est caractrise par une consommation dO2 et une production de CO2. Les protons, les lectrons sont transfrs une chaine respiratoire arobie. Laccepteur final dlectron est lO2. Le produit final est H2O. Elle est associe une production dATP. Cette respiration arobie par voie cytochromique est le processus nergtique le plus courant utilis par les bactries oxybiontiques. 2.4.2. Caractristiques importantes de ce mcanisme nergtique : Les bactries oxybiontiques ralisent loxydation complte du compos nergtique rduit AH2. Ces ractions de dshydrognation dAH2 produisent des coenzymes rduits. En arobiose, la roxydation des coenzymes rduits fait intervenir la chaine respiratoire arobie de la membrane plasmique. La chaine respiratoire arobie est constitue par des transporteurs membranaires. Ils interviennent successivement dans lordre de leur potentiel doxydorduction croissant. La chaine respiratoire membranaire arobie assure le transfert des lectrons et des protons depuis AH2, compos nergtique rduit jusquau dioxygne. Loxydation complte du compos AH2 est trs exergonique. Lnergie accompagnant cette oxydation est libre par fractions successives. Ainsi les ractions doxydation exergoniques sont associes des phosphorylations de lADP et permettent ainsi des synthses dATP.

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2.4.3. Notions sur la structure et le fonctionnement de la chaine respiratoire arobie membranaire : Cas gnral : Localisation :

Elle est localise dans la membrane plasmique bactrienne. Structure : La chaine respiratoire arobie de la membrane plasmique est aussi nomme chaine cytochromique arobie. Les protines de la chaine respiratoire interviennent comme enzymes. Les protines et coenzymes sont souvent organiss en units fonctionnelles ou complexes (ceux-ci augmente lefficacit du transfert dlectrons. Composition de la chaine respiratoire : Intervention dune dshydrognase NAD+ : AH2 + NAD+ A + NADH, H+ Intervention dune flavoprotines membranaire FAD ou FMN : NADH, H+ + FAD NAD+ + FADH2 Intervention de coenzymes quinoniques CoQ : CoQ + 2H+ + 2 CoQH2 Intervention des cytochromes : Cyt x (Fe3+) + cyt x (Fe2+) Le cytochrome terminal-cytochrome oxydase : Cest la seule protine capable de transfrer ses lectrons au dioxygne. O2 + 4H+ + 4 2 H2O

Chaine respiratoire des bactries oxydase + :

La chaine des transporteurs dlectrons est plus complexe : NAD FMN CoQ cyt b cyt o cyt (a + a3)

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Couplage du transfert dlectrons la formation dATP :

La dshydrognation de compos nergtique AH2 constitue une cascade de ractions doxydorduction avec transfert dlectrons vers des couples redox de potentiel redox croissant. Ces ractions sont exergoniques. Lexpulsion de protons en dehors de la membrane cre un gradient lectrochimique de protons de part et dautre de la membrane. Le gradient de concentration de protons est lorigine dune force proton motrice. Ceci engendre un flux de protons vers le cytoplasme. Lentre de protons dans le cytoplasme est associe la synthse dATP au niveau de lATP synthase. Cest une protine membranaire qui catalyse la formation dadnosine triphosphate partir dADP et de phosphate.

2.5. Respiration anarobie : La dshydrognation biochimique du compos nergtique AH2 se droule en anarobiose. Les lectrons cds par le compos nergtique rduit AH2 sont transmis une chaine respiratoire anarobie avec des transporteurs dlectrons et des cytochromes.

2.5.1. Respiration minrale anarobie des nitrates : Fonction de la respiration nitrate :

Au cours de ce mcanisme nergtique, le compos nergtique rduit AH2 est dshydrogn. Les protons et les lectrons librs sont transfrs des transporteurs membranaires dlectrons T. Finalement, les nitrates exognes peuvent tre utiliss comme accepteur finaux dlectrons et de protons en anarobiose. La respiration nitrate est ralise dans la membrane plasmique. Elle fait intervenir une chaine respiratoire membranaire anarobie avec des transporteurs T et une enzyme membranaire particulire, la nitrate rductase de type A. Ainsi, en anarobiose, les ions NO3- permettent la roxydation des transporteurs rduits TH2. Ils servent daccepteurs finaux dlectrons et de protons. Ces ions jouent le mme rle que le dioxygne dans la respiration arobie par voie cytochromique. La respiration nitrate permet des synthses dATP. La nitrate rductase A catalyse la rduction des nitrates en nitrites. Cette respiration possde une fonction respiratoire et nergtique.

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Schma gnral du mcanisme :

La respiration vraie des nitrates permet la roxydation des coenzymes rduits TH2. La respiration nitrate permet la synthse dnergie biologique. La synthse de la nitrate rductase A est induite en anarobiose par les nitrates exognes, prsents dans le milieu. Cette synthse est rprime par le dioxygne. Respiration nitrate sans dnitrification :

Pour cela, il faut : La prsence dune nitrate rductase A. Quon soit en anarobiose. La prsence de nitrate exogne. La prsence dun compos non fermentescible. La respiration nitrate est dabord une rduction des ions nitrates sous laction de la nitrate rductase A. Pour Escherichia coli, cette rduction sarrte au stade nitre. Les nitrites saccumulent dans le milieu. Ils ne reprsentent pas une source nutritive dazote assimilable pour les bactries. La nitrate rductase de type A exerce une fonction respiratoire et nergtique non assimilatrice de lazote. Respiration nitrate avec dnitrification :

Dans ce cas, la respiration des nitrates est aussi une rduction des nitrates mais, elle est plus pousse que le stade nitrites. Elle fait intervenir successivement plusieurs enzymes dont la nitrate rductase A, la nitrite rductase A. Elle forme de loxyde dazote et surtout du diazote. Cest un mcanisme nergtique permettant la roxydation des coenzymes rduits. Production dnergie biologique ATP :

La respiration des nitrates avec ou sans dnitrification saccompagne dune production dnergie biologique. En, effet, une phosphorylation de lADP est associe au transfert dlectrons faisant intervenir cette chaine respiratoire anarobie. La roxydation du NADH, H+ utilisant la respiration vraie des nitrates saccompagne de lexpulsion de protons hors du cytoplasme. Un gradient de protons est ainsi ralis de part et dautre de la membrane plasmique. LATP synthase utilise la force proton motrice pour synthtiser lATP.
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2.5.2. Respiration minrale anarobie sulfate : Certaines bactries peuvent dshydrogner les substances organiques nergtiques AH2 en anarobiose, en utilisant les sulfates exognes. Pour ces bactries, les sulfates exognes servent daccepteurs finaux dlectrons. Ce mcanisme est membranaire. Le transfert des lectrons fait intervenir des cytochromes membranaires. Cette rduction des sulfates a une fonction respiratoire. Cette rduction des sulfates est ralise sous laction denzymes spcifiques (sulfate rductase, sulfite rductase). SO42- SO32- S2-

2.5.3. Respiration du fumarate : Dans certaines respirations anarobies, laccepteur final dlectrons et de protons est un compos organique B, le fumarate. Les composs organiques rduits AH2 sont : NADH, H+. Acide mthanoque. Acide lactique. Glycrol. Ces composs nergtiques AH2 sont dshydrogns sous laction de dshydrognases spcifiques des composs. Le transfert des lectrons se fait grce une chaine respiratoire anarobie de la membrane plasmique. Les lectrons cds par le compos AH2 sont transfrs des enzymes et des transporteurs membranaires T. Laccepteur final dlectrons et de protons est le fumarate.

3 Catabolisme glucidique : Les bactries peuvent cataboliser certains glucides dans un but nergtique ou dans un but de synthse des constituants bactriens. Le glucose est en gnral dgrad par de nombreuses bactries. Il peut tre dgrad selon plusieurs voies fonctionnant en parallle.

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Pour les bactries chimioorganotrophes htrotrophes, le compos glucidique exerce deux rles : Le glucide peut tre dshydrogn ou oxyd et il est accompagn de synthse dATP. Le glucide peut servir de source de carbone et il permet des biosynthses de composs organiques.

3.1. Notions lmentaires concernant la glycolyse : Gnralits :

Cest la premire squence tudie de ractions biochimiques concernant le mtabolisme intermdiaire. Cest une voie trs rpandue dans le monde vivant de dgradation du glucose. La glycolyse est une srie de conversions biochimiques successives ralises partir du glucose et catalyses par des enzymes. Elle conduit la formation de lacide pyruvique. Ractions : Etapes 1, 2 et 3 :

Phosphorylation du glucose avec utilisation dATP. Elles permettent la formation de fructose1,6-bi-phosphate. Etapes 4 et 5 : Coupure du fructose-1,6-bi-phosphate conduisant la formation de trioses phosphates (dihydroxyactone phosphate et glycraldhyde-3-phosphate. Etapes 6 10 : Dshydrognation en anarobiose du glycraldhyde-3-phosphate. Elles conduisent la production de coenzymes rduits, la formation dATP et aboutissant au pyruvate. Il y a formation de deux ATP par molcule de glycraldhyde-3-phosphate ainsi dshydrogn. Caractristiques :

Les ractions ne ncessitent pas la prsence d dioxygne. Elles peuvent se drouler en anarobiose ou arobiose. Elle se droule dans le cytoplasme. Les enzymes de la glycolyse sont des enzymes solubles du cytoplasme. Bilan : Glucose + 2 NAD+ + 2 (ADP + Pi) 2 acide pyruvique + 2 (NADH, H+) + 2 ATP
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Consquences :

Le NADH, H+ doit tre rgnr sous forme oxyd, NAD+, pour permettre la continuit de ce mcanisme.

3.2. Devenir du pyruvate en arobiose (cycle de Krebs) : Le catabolisme du pyruvate est oxydatif. Dcarboxylation oxydative :

Elle est ralise dans la membrane des bactries et fait intervenir la pyruvate dshydrognase. Pyruvate + CoA SH CO2 + Actyl CoA Cycle de Krebs ou cycle des acides tricarboxyliques :

Lactyl CoA est finalement oxyd par el cycle de Krebs. Elle se combine une molcule doxaloactate pour donner une molcule de citrate. Le cycle de Krebs est lensemble des ractions biochimiques que subit le citrate. Au cours de ce cycle, il y a formation de deux molcules de CO2 par molcule de pyruvate dgrad. Coenzymes :

Loxydation complte dune molcule dactylCoA permet la formation de : 3 molcules de NADH, H+. 1 molcule de FADH2. 1 molcule de GTP. Les coenzymes rduits NADH, H+ et FADH2 sont roxyds par lintermdiaire de la chaine respiratoire arobie membranaire. Ncessit de dioxygne :

Cette voie se droule en arobiose. Le dioxygne est laccepteur final dlectrons et de protons. Il y a formation deau.

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3.3. Devenir du pyruvate en anarobiose : Le catabolisme du pyruvate est fermentatif. Dans le cas dune fermentation, laccepteur final B dlectrons et de protons est le pyruvate ou un driv du pyruvate.

4 Fermentations : 4.1. Dfinition : Dgradation incomplte nergtique dun compos fermentescible. Cest un ensemble de raction doxydorduction destiner produire un peu dnergie et permettre la roxydation des coenzymes rduits. Laccepteur final dlectron et de protons est un compos organique endogne labor par la bactrie.

4.2. Fermentation homolactique : 4.2.1. Caractristiques de la fermentation lactique : Les bactries lactiques sont les Lactobacilles et les Streptocoques lactiques. En labsence de dioxygne, le pyruvate provenant de la glycolyse anarobie. Le pyruvate est laccepteur final dlectrons et de protons. La LDH (lactate dshydrognase) fonctionne avec le coenzyme NADH, H. Lacide lactique est le produit final prpondrant de cette fermentation homolactique.

4.2.2. Bilan de la dgradation du glucose avec la fermentation homolactique : Glucose + 2ADP + 2Pi + 2 2 acide lactique + 2 ATP La fermentation lactique permet la synthse dATP par phosphorylation au niveau du substrat.

4.3. Fermentation htrolactique : 4.3.1. Caractristiques de la fermentation htrolactique : Les bactries concernes sont les Leuconostoc et les Lactobacillus htrofermentaires.

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4.3.2. Bilan de la dgradation du glucose avec la fermentation htrolactique : Glucose + ATP + NADH, H+ + 2ADP acide lactique + thanol + 2 ATP + CO2 + NAD+

4.4. Fermentation alcoolique : 4.4.1. Caractristiques de la fermentation alcoolique : La fermentation alcoolique intervient dans la fermentation du vin, de la bire, du pain. Elle est due des levures.

4.4.2. Bilan de la dgradation du glucose avec la fermentation alcoolique : Glucose + 2 ADP + 2 Pi 2 thanol + 2 CO2 + 2 ATP

4.5. Fermentations des bactries anarobies strictes: 4.5.1. Fermentation butyrique (butanoque) : Les germes concerns sont les Clostridium. Glucose + actylCoA + 2 H+ thanoate + acide butanoque + CO2 + H2

4.5.2. Fermentation actonobutylique : Elle est ralise par certains Clostridium. Deux produits finaux sont essentiels : Le butanol. Lactone.

4.5.3. Fermentation propionique : Elle est ralise par les Propionibacterium et Clostridium propionicum. Les produits forms sont : Ethanoate. Propionate. CO2.
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4.5. Fermentation acide mixte et butane diolique : 4.5.1. Fermentation acide mixte : Germes concerns :

Ce sont les Entrobactries et les Aeromonas. Caractristiques :

La fermentation acide mixte comprend diverses ractions : La rduction directe de lacide pyruvique (production dacide lactique). La phosphorylation de lacide pyruvique puis carboxylation (production dacide succinique). Scission de lacide pyruvique en prsence de CoA-SH (formation dacide mthanoque et dactylCoA). LactylCoA est transform en Actyl-P puis, en acide thanoque ou thanol.

Produits terminaux de la fermentation acide mixte : Acide lactique. Acide mthanoque. H2. CO2. Acide thanoque. Ethanol. Acide succinique.

4.5.2. Fermentation butane diolique : Germes concerns :

Ce sont les Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Hafnia, Aeromonas hydrophila, certains Vibrio et Bacillus. Caractristiques :

Cette voie dpend troitement du pH. Produits terminaux de la fermentation butane diolique : Acide lactique (faible quantit). Acide succinique. Acide mthanoque. Butane diol.
Arnaud Delahaye

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5 Catabolisme : 5.1. Catabolisme lipidique : Les lipides sont des esters dacides gras longue chaine carbone et dalcools. Les lipides sont hydrolyss sous laction denzymes lipidiques. Les enzymes intervenant dans le catabolisme lipidique sont des lipases vraies , des estrases, des lcithinases. Ce sont des enzymes constitutives. Certains produits forms sont rintgrs dans le mtabolisme intermdiaire : Les acides gras fournissent des fragments carbons sous la forme dactylCoA. LactylCoA est intgr dans le cycle de Krebs. Le glycrol rejoint les voies du mtabolisme glucidique. Les diffrentes recherches sont : La recherche des lipases vraies :

Voir fiche technique. La recherche destrases :

Voir fiche technique. La recherche de la lcithinase :

Voir fiche technique. La recherche des lipoprotases :

Voir fiche technique.

5.2. Catabolisme des protines : 5.2.1. Protolyse ou hydrolyse enzymatique des protines : Nature et rles des protinases : Endoenzymes :

Toutes les bactries possdent des protinases endocellulaires. Elles hydrolysent les protines intracellulaires. Elles permettent le renouvellement des protines bactriennes et elles sont responsables de lautolyse des bactries.

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Exoenzymes : Ces exoenzymes sont produites par les germes protolytiques qui sont souvent des agents de putrfaction. Ces protinases engendrent la lyse des protines des cadavres animaux et vgtaux. Elles peuvent tre responsables de lsion tissulaire lors de lexpression de pouvoir pathogne. Equations catalyses par les protinases et les peptidases : Protinases : Protines + H2O Peptides + acides amins Peptidases : Peptide + H2O oligopeptide + acides amins

5.2.2. Mise en vidence des protases exocellulaires : Peu de bactries possdent des protases exocellulaires, aussi les milieux de cultures contiennent rarement des protines mais contiennent des peptones hydrolysables par les bactries. Les protases caractrisent certains genres bactriens. Leur recherche constitue parfois un caractre didentification. Mise en vidence dune glatinase :

Voir fiche technique. Mise en vidence dune casinase :

Voir fiche technique : Protolyse du srum de buf coagul :

Voir fiche technique.

5.2.3. Catabolisme des acides amins : Des permases, protines membranaires des acides amins, permettent le passage rapide et efficace des acides amins dans le cytoplasme.

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Puis, la dgradation des acides amins fait intervenir des ractions de : Dcarboxylations. Dsaminations. Transaminations. Les ractions de dgradation des acides amins ne produisent pas dATP mais, elles engendrent des composs carbons qui peuvent tre lorigine dune production dnergie. Recherche des dcarboxylases :

Voir fiche technique. Recherche des dsaminases :

Voir fiche technique. Production dindole :

Voir fiche technique.

5.3. Catabolisme du lactose : 5.3.1. Notions sur lutilisation bactrienne du lactose : Lactose permase :

La protine membranaire permet le transport rapide et efficace du lactose et des -galactoside dans la bactrie. Le transport du lactose est un transport actif secondaire. Elle peut tre induite, chez certaines bactries, en prsence de lactose. Lactase :

Elle hydrolyse le lactose en galactose et glucose. Enzymes intervenants dans le catabolisme du galactose et du glucose :

Une bactrie Glucose + et lactose + possde donc ncessairement la lactose permase et la lactase. De plus, elle possde les enzymes du catabolisme du glucose et du galactose.

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5.3.2. Caractristiques de ces enzymes : Induction enzymatique :

Les enzymes adaptatives ne sont synthtises quen prsence de compos inducteur. Leur prsence importante dans la bactrie dpend de la prsence dinducteur. Rpression enzymatique :

Si un milieu contient du glucose et du lactose, les bactries dgradent dabord le glucose. La prsence de glucose empche la synthse de lactase. Le glucose doit tre entirement dgrad pour permettre la synthse de lactase.

5.3.3. Recherche de lONPG hydrolase : Voir fiche technique.

5.3.4. Recherche de la PNPG hydrolase : Voir fiche technique.

5.3.5. Catabolisme des produits dhydrolyse du lactose : Le glucose va engendrer du glucose-6-phosphate qui va suivre la voie de la glycolyse. Le galactose est converti en glucose-6-phosphate qui va suivre la voie de la glycolyse.

5.4. Catabolisme dautres diholosides : 5.4.1. Transfert dans la bactrie : Les diholosides entrent dans la bactrie grce des permases localises dans la membrane. Les permases, de nature protique, correspond lexpression dun gne de lADN. Leur synthse est empche par le chloramphnicol. Les permases sont spcifiques du glucide transport. Elles sont susceptibles dinhibition comptitive par des analogues de structure. Elles sont inductibles.

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5.4.2. Hydrolyse enzymatique sous laction dosidases : Les osidases sont des hydrolases qui catalysent lhydrolyse des osides donc elles coupent la liaison osidique avec intervention deau. Elles sont spcifiques de la liaison osidique implique entre les deux oses.

5.4.3. Catabolisme des oses : Les oses subissent des conversions biochimiques. Ils donnent des oses phosphoryls. Ces oses phosphoryls suivent la voie de la glycolyse.

5.5. Catabolisme des htrosides : Hydrolyse de lesculine :

Voir fiche technique. La salicine :

Htroside prsent dans le milieu Hektoen. Lamygdaline :

Htroside.

5.6. Catabolisme des polyosides : Lamidon :

Les amylases sont des hydrolases qui coupent les liaisons osidiques. Ces enzymes exocellulaires sont excrtes par la bactrie. Elles permettent dobtenir des molcules de taille rduite. La cellulose :

La cellulose est hydrolyse par des cellulases.

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