Chapitre 2 : la vie des microbes

I- Couverture des besoins nutritionnels et énergétiques

I-1- Besoins énergétiques et élémentaires

Pour se multiplier les micro-organismes ont besoin de :

 Eau, source d’énergie, source de carbone, source d’azote, de soufre et des éléments
minéraux.

 D’autres ont besoins en plus d’un métabolisme essentiel qui assure leur développement ; on
l’appelle facteur de croissance.

a. Source d’énergie :

En se référant à la source d’énergie, on peut reconnaître deux grandes classes de

microorganismes :

Bactéries phototrophes ou photosynthétiques: Grâce à des pigments photosensibles,

transforment l’énergie lumineuse en ATP.

Bactéries Chimiotrophes ou chimiosynthétiques dont l'énergie provient de l'oxydation

de la matière organique ou minérale.

– source minérale : bactérie chimiolithotrophe

– source organique : bactérie chimioorganotrophe

 La grande majorité des bactéries rentrent dans les catégories des chimioorganotrophes,
notamment les bactéries de contamination alimentaire et celles utilisées dans l’industrie et
dans la biopharmacologie pour la fabrication des antibiotiques ;

 Les bactéries pathogènes ne sont rencontrées que chez les chimioorganotrophe

b. Couverture des besoins en carbone :

En fonction des exigences nutritionnelles en carbone, il existe deux grandes catégories de

microorganismes:

A.Bactérie autotrophe : sont capables de se développer en milieu inorganique

contenant le CO2 comme seule source de carbone

B.Bactérie hétérotrophe: exigent des composés organiques pour se reproduire. Ces

bactéries dégradent les substances hydrocarbonées (alcool, acide acétique, acide
lactique, sucres divers,…)
 c. Couverture des besoins en azote

Pour la synthèse de leurs protéines qui représentent environ 10 % de leur poids sec, les
microorganismes ont besoins de substances azotées.

 Quelques bactéries sont capables de fixer l'azote sous sa forme simple (azote moléculaire).
 D'autres composés inorganiques peuvent être utilisés : tel que les nitrites par les Nitrobacter.
 La source d'azote peut être organique avec l'utilisation des groupements aminés des
composés organiques R-NH2.

d. Besoin en soufre et phosphore:

Le soufre et le phosphore sont les plus importants constituants minéraux pour les microorganismes.
Le soufre: est présent dans certains acides aminés et donc dans les protéines sous forme de
groupement thiols (-SH). Il est principalement incorporé sous forme de sulfate ou de composés
soufrés organiques.
Le phosphore fait partie des acides nucléiques, de nombreux coenzymes et de l'ATP. Il est
incorporé dans la cellule sous forme de phosphate inorganique. Le phosphore joue le rôle de
véritable centrale énergétique à l'échelon cellulaire; il permet la récupération, l'accumulation et la
distribution de l'énergie dans la cellule.

I-2- Autres éléments minéraux :

Microéléments: Ces éléments jouent un rôle d'équilibre physico-chimique de la cellule. Ce

sont notamment le Sodium, le Potassium et le Chlore. D'autres entrent dans la constitution
des enzymes et des coenzymes tels que le Fer.

Oligo-éléments: ils sont indispensables en quantités minimes, le plus souvent apportés sous
forme de traces. Ce sont notamment le Calcium, le Magnésium, le Molybdène et le
Manganèse qui jouent un rôle d'activateurs enzymatiques.

I-3-Besoins spécifiques –Facteurs de croissance

Sont des substances organiques indispensables à la croissance et que les microorganismes ne

peuvent pas les synthétiser.
Ils englobent trois catégories de substances:

 Acides aminés: acide glutamique, lysine, tryptophane, arginine, ….qui sont des constituants
des protéines
 Bases puriques ou pyrimidiques: Adénine, Guanine, Uracile, Thymine sont des
constituants des acides nucléiques
 Vitamines: B1-Thiamine, B5-Acide pantothérrique, Biotine, B2 (Riboflavine), B5, B12,
nicotinamide, choline…etc.
Selon le besoin ou non au facteur de croissance les microorganismes sont classés en deux
catégories:
Les prototrophes: ne nécessitent pas des facteurs de croissances.
Les auxotrophes: exigent les facteurs de croissances.

Syntrophie:
Les besoins en facteurs de croissance d'une espèce microbienne peuvent quelquefois être
satisfaits par la présence d'une autre espèce qui précisément synthétise le dit facteur. Ce phénomène
d'interaction métabolique est connu sous le nom de synthrophie.

II- Facteurs physicochimiques :

Un certains nombre de facteurs physiques interviennent au cours de la croissance des

microorganismes. Ils peuvent l'empêcher, l'inhiber ou la favoriser.

1-La température:

Mésophiles: température de croissance comprise entre 10 et 45°C (optimum 30-37°C). Ex:

E. coli
Psychrophiles : -15°C à 20°C (optimum 5-10°C)
Psychrotrophes : -5°C à 35°C (optimum 20-25°C)
Thermophiles: 45 à 55°C.
Thermophiles extrêmes (hyperthermophiles): 50 à 80°C (optimum 70°C)

La majorité des microorganismes sont des mésophiles.

Les thermophiles sont principalement rencontrés dans les genres Bacillus et Clostridium.
Ils sont naturellement rencontrés dans l'eau, le sol ou l'air.
Les psychrotrophes et les psychrophiles sont aussi largement répandus dans les milieux
naturels. Ce sont principalement des bacillus Gram négatifs des genres Pseudomonas,
Cytophaga et Aeromonas. Ils peuvent contaminer et altérer dangereusement les produits
biologiques conservés à basse température, de même que les aliments congelés qui perdent
leur valeur marchande.

2-le Ph :

La plupart des bactéries se multiplient dans les milieux à pH neutre, leur croissance est ralentie
puis stoppé au fur et à mesure que l’on s’éloigne de cette zone. À l’exception des acidophile qui
se multiplient aux milieux acides

De nombreux champignons microscopiques se développent encore à des pH voisins de 2 ou

sup à 9.
C’est pourquoi les levure et moisissures sont les microorganismes les plus représentés à la
surface des fruits acides. Au contraire, les viandes et les poissons dont le pH est proche de 7
, constituent un substrat favorables pour les bactéries.
On distingue:

 Des Microoragnismes neutrophiles : qui se développent à des pH compris entre 5,5 et 8,5
(optimum : 7) (Escherichia coli)
 Alcalophiles (basophiles): > 8 (Pseudomonas)
 Acidophiles: < 6 (Lactobacillus)

3- Les exigences gazeuses:

 Aérobies strictes: ne se développent qu'en présence d'air. (Pseudomonas, Acinetobacter,

Neisseria).
 Microaérophiles: se développent mieux ou exclusivement lorsque la pression partielle
d'oxygène est inférieure à celle de l'air (Campylobacter, Mycobacteriaceae).
 Aéroanaérobies facultatives se développent avec ou sans air. C'est le cas de la majorité des
bactéries rencontrées en pathologie médicale : les entérobactéries (Escherichia, Salmonella),
les streptocoques, les staphylocoques.
 Anaérobies strictes ne se développent qu'en absence totale ou presque d'oxygène qui est le
plus souvent toxique.

4- La pression osmotique:

Elle est directement proportionnelle à la concentration totale des ions et molécules en

solution.
Lorsque cette concentration est la même dans le milieu et à l'intérieur de la cellule
microbienne; on parle de milieu isotoniques.
Lorsqu'elle est inférieure ou supérieure on dit que le milieu est hypotonique dans le premier
cas et hypertonique dans le second.
La plupart des bactéries sont pratiquement insensibles aux variations de la pression
osmotique. Elles sont protégées par leurs parois rigides.

On distingue :

 Non-halophiles: capables de croître dans des milieux dont la concentration en NaCl est
inférieure à 0,2 M.
 Halophiles : nécessitent du sel (NaCl) pour leur croissance. Cette concentration peut varier
de 1-6% pour les faiblement halophiles jusqu’au 15-30% pour les bactéries halophiles
extrêmes (Halobacterium).
 Halotolérants: acceptent des concentrations modérées de sels mais non obligatoires pour
leur croissance (Ex. : Staphylococcus aureus).

5-L’activité de l’eau:

L’activité de l’eau = Quantité d'eau libre dans un aliment ou une solution

Les microorganismes ont besoin, pour se multiplier, d’eau disponible (caractérisée par son activité).
Eau libre: eau contenue dans les interstices du produit (disponible)
Eau liée: liée aux constituants de l'aliment
aw = p/p' ( aw: 0 à 1)

p = pression partielle de vapeur d'eau de l'aliment à une température (T)

p' = pression partielle de vapeur d'eau pure à la même température

On distingue :

 Xérophiles: Les microorganismes capables de se développer dans des produits à faible Aw

 Halophiles: Les microorganismes capables de se développer dans des milieux fortement
salés
 Osmophiles : Les microorganismes capables de se développer dans des milieux sucrés

Aw < 0,65 aucun microorganisme ne peut être cultivé (ils peuvent survivre).
Aw <0,85 aucun microorganisme pathogène ne peut être cultivé exception de certaines moisissures
excrétrices de mycotoxines.

III- Milieux de culture :

Un milieu de culture est une préparation au sein de laquelle des micro-organismes peuvent se
multiplier.
Un bon milieu de culture doit satisfaire aux conditions suivantes :

 Couvrir les besoins élémentaires et les besoins en facteurs de croissance du microorganisme

à étudier
 Être isotonique ;
 Présenter un PH voisin de la valeur optimale pour le germe à étudier.

On distingue deux catégories de milieux de culture:

 Milieux synthétiques : Leur composition est exactement connue. Ils sont conçus en
fonction des besoins d'un micro-organisme ou d'un groupe de micro-organismes voisins. Ils
sont peu utilisés en microbiologie alimentaire ;
 Milieux empiriques: Ajout de certains composés favorisant la croissance comme l’extrait
de levure, extrait de viande, peptone ou des liquides biologiques. Ils sont plus utilisés en
microbiologie alimentaire

Les milieux empiriques de base, d'utilisation générale:

Sont préparés par:
 L'extrait de viande est une macération de viande, soumise à une ébullition de 15 à 20
minutes, filtrée et concentrée par évaporation.
Les extraits de levures proviennent de l'hydrolyse de levures de boulangerie (est un
mélange d'acides aminés, des peptides, des vitamines et des hydrates de carbone solubles
dans l'eau)
Les peptones, pepsiques, trypsiques ou papaïniques résultent de la digestion plus ou
moins avancée, par l'action de la pepsine, de la trypsine ou de la papaïne, de différents
substrats protéiques : viande, caséine, soja

Milieux Empiriques: bouillon nutritif/ gélose nutritif

Parmi les milieux les plus usuels certains contiennent â la fois de l'extrait de viande et une peptone ;
C'est le cas du bouillon nutritif et de la gélose nutritive (qui dérive du précédent par addition de 15
% d'agar agar).
Ces milieux conviennent pour la croissance de micro-organismes peu exigeants comme les
staphylocoques, les entérobactéries, Pseudomonas, les vibrions, Bacillus;

Milieux Empiriques: Milieux riches en peptones

Ces milieux sont constitués d'un mélange de peptones animales et végétales riches en facteurs de
croissance et en acides aminés. Ceci explique qu'ils soient doués d'un haut pouvoir nutritif et que
l'on puisse obtenir le développement des bactéries réputées de culture difficile : Neisseria,
Streptococcus, Hemophilus, Brucella, Corynebacterium.

 Milieux enrichis

Ils sont obtenus en incorporant aux milieux de base, du sang de cheval ou de mouton ou
divers suppléments polyvitaminiques commercialisés (Ces additifs apportent de nombreux facteurs
de croissance. ) Les milieux enrichis sont utilisés pour les micro-organismes dont les exigences
nutritives sont importantes et qui ne se développent pas ou mal sur les milieux usuels.

 Milieux sélectifs

Ce sont des milieux de culture inhibant le développement de certains groupes bactériens. À une
base nutritive adaptée, sont ajoutés des inhibiteurs (antibiotiques ou antiseptiques) ; seuls les micro-
organismes résistants peuvent se développer.

Un milieu sélectif est utilisé pour sélectionner, au sein d'un ensemble pluribactérien complexe, un
ou plusieurs groupes bactériens que l'on souhaite étudier.
 Exemples de milieux de culture d'usage courant en microbiologie alimentaire

Gélose pour dénombrement des microorganismes aérobies totaux :

Sa formule comprend une peptone (un mélange de peptides et d'acides aminés formée par
l'hydrolyse d'une protéine) et de l'extrait de levures (est un mélange d'acides aminés, des peptides,
des vitamines et des hydrates de carbone solubles dans l'eau) . L'association de ces deux
constituants fournit au milieu de nombreux facteurs de croissance.

Milieu sélectif DésoxycholateCitrate-Lactose (DCL) pour le dénombrement des coliformes:

Il contient du désoxycholate à la concentration de 0,1 %. Ce composé inhibe le

développement des bactéries à Gram positif et rend donc le milieu sélectif pour les bacilles à
Gram négatif.
Parmi ces derniers, les coliformes sont repérés par leur capacité à fermenter le lactose (avec
production de gaz).
Le milieu contient aussi du lactose et un indicateur de pH, le rouge de phénol. Les
coliformes acidifiant le milieu du fait de la fermentation du lactose, ils entraîneront le virage
de l'indicateur au rouge brique.

Milieu sélectif pour l'isolement des salmonella : la gélose SS (salmonella shigella):

Le milieu contient 3 inhibiteurs : sels biliaires, vert brillant et forte concentration en citrate de
sodium. Ceux-ci empêchent la pousse de toutes bactéries Gram+, et rendent difficile la croissance
des bactéries Gram- autres que Salmonella et Shigella.

 Le milieu contient du lactose dont la fermentation est révélée par le virage de l’indicateur
coloré, le rouge neutre, à sa teinte acide.
 Si la bactérie ensemencée fermente le lactose, le milieu devient rouge, par virage du rouge
neutre, du fait de l’acidification du milieu.
 Le milieu contient du thiosulfate à partir duquel les bactéries qui en sont capables peuvent
produire H2S, qui sera révélé par le citrate ferrique. Si la bactérie ensemencée produit H2S,
en présence du fer III, un précipité noir se forme au centre de la colonie.

Croissance microbienne
La croissance est définie comme l’accroissement ordonné de tous les composants d’un organisme.
 Chez les organismes pluricellulaires, elle conduit à une augmentation de taille, ou de
masse.
 Chez les micro-organismes unicellulaires, elle aboutit à une augmentation de nombre
d’individus.
 Le mode de reproduction le plus courant des bactéries est la division par fission binaire
(scissiparité ).

Fission binaire : est le mode de reproduction bactérienne le plus fréquent et le plus simple dans les
conditions normales de développement bactérien.
Par ce mécanisme, une cellule bactérienne donne deux autres cellules bactériennes, Au cours de
la fission binaire, 1’ADN bactérien se fixe à la membrane cellulaire pour organiser sa
réplication et le nouveau brin formé est également fixé à la membrane cellulaire au cours de sa
formation.

Les principales caractéristiques de la fission binaire sont :

 Augmentation de la taille de la bactérie

 Dédoublement du matériel génétique, puis séparation de ce matériel en deux parties égales.
 Formation d'une paroi transversale (septum) - Séparation de la cellule mère en deux cellules
filles.

Paramètres de croissance

 n: nombre de génération dans le temps t

 Taux de croissance (μ): nombre de génération par unité de temps
 Temps de génération : g

1-Temps de génération : g

Temps que met une cellule à se diviser et la population dont elle provient à doubler
 Varie considérablement d’une bactérie à l’autre
 Pour la majorité des bactéries, le temps de génération est de 1 à 3 heures ( 20 minutes dans
des conditions idéales).
 Plus de 24 heures pour certaines espèces

2-Taux de croissance (μ)

On le définit comme étant le nombre de divisions par unité de temps. Il est donné dans la
relation suivante:

μ = n/t
Avec
n: nombre de division
t: temps

C'est donc l'inverse du temps de génération. Pour E. coli le temps de génération est de 20 mn. En
une heure, unité de temps généralement adoptée, le taux de croissance est de 3. Dans les mêmes
conditions, il est de 0.075 pour Mycobacterieum tuberculosis.
 Nn =No*2 μ*t
Techniques d’étude de la croissance

1- Détermination du nombre de cellules par unité de volume :

On y accède par des techniques de dénombrement:

 Lecture au microscope : La culture est séchée, fixée et colorée, puis les bactéries comptées
dans plusieurs champs microscopiques
 Compteur de particules: Cet appareil réalise automatiquement le dénombrement des
particules ou des cellules
 Epifluorescence : Les bactéries sont colorées par un fluorochrome comme l'orangé
d'acrédine puis examinée en lumière UV. On peut compter sélectivement les bactéries
vivantes qui fluorescent dans le vert et les bactéries mortes dont la fluorescence rouge
résulte de la combinaison du fluorochrome avec l'ADN dénaturé. Cette méthode manque de
sensibilité car elle ne permet pas d'évaluer avec une précision suffisante des populations
inférieures à 105 levures/ml ou 106 bactéries/ml.
 Dénombrement après culture

2 - Mesure de la biomasse:

 Détermination de poids sec: La culture est centrifugée, lavée plusieurs fois avec une
solution tampon et séchée jusqu'à poids constant
 Mesure de trouble
 Mesure de l’activité cellulaire : On peut mesurer soit la consommation d'un substrat
présent dans le milieu, soit un constituant cellulaire, soit une molécule excrétée par les
cellules, soit encore une variation physico-chimique du milieu.

Types de la croissance

1- Croissance en milieu solide :

La croissance sur la surface d’un milieu solide se traduit:

 nappe confluente.
 apparition de colonie.
La vitesse de la croissance dépend:
 la souche
 la richesse de milieu

2- Croissance en milieu renouvelé: croissance continue

Les croissances continues sont obtenues à l’aide des fermenteurs

3- Croissance en milieu non renouvelé

La croissance des bactéries en milieu non renouvelé est limitée par l’épuisement du milieu en
nutriment et de l'accumulation des substances toxiques.
 Courbe de croissance en milieu non renouvelé

En pratique, pour obtenir une courbe de croissance, on inocule au temps 0 un milieu liquide avec un
petit nombre de bactéries, puis on pratique des prélèvements périodiques (toutes les heures par
exemple). Sur chaque prélèvement, on mesure le nombre de bactéries par ml de milieux de culture.

La courbe tracée représente l'évolution du logarithme du nombre de bactéries par unité de volume
en fonction du temps.

Phase de croissance

 Permet de connaître l’évolution d’une population microbienne en fonction du temps.

 Permet de situer certaines manifestations du métabolisme microbien comme le moment de la
production de toxines ou de spores.
 Facilite la détermination du moment le plus favorable pour étudier les propriétés
bactériennes.
 Rend possible la mesure du degré d’activité des antibiotiques ou autres facteurs physiques
ou chimiques.

1- Phase de latence :

La phase de latence, durant laquelle la masse reste identique à la masse bactérienne initiale, se
caractérise par une valeur de μ (taux de croissance) égale à zéro. La durée de la phase de latence est
très variable et elle dépend :
 La nature de milieu
 L’espèce bactérienne.
 La quantité d'inoculum introduit sur le milieu
 L’âge des bactéries.
Durant cette phase on a :

 Augmentation de la taille des bactéries.

 Adaptation au nouveau milieu.
 Premières divisions
 Activité métabolique intense (synthèse de l’ADN et d’enzymes)
 Dans des conditions optimales, ne dépasse pas deux à trois heures
(courte).
2- Phase d’accélération

Cette phase se caractérise par une augmentation de plus en plus rapide de la masse. Le taux de
croissance devient supérieur à zéro et il augmente progressivement.
 3- Phase exponentielle

Au cours de cette phase :

 Bactéries se reproduisent.
 Taux de croissance constant et maximal.
 Période où le temps de génération est le plus court.
 Activité métabolique maximale.
 Production d’exotoxines par certaines bactéries pathogènes
 Phase relativement courte : ne dépasse pas 5 à 8 heures. Cela est dû à l’accumulation de
déchets métaboliques dans le milieu de culture et à la disparition des éléments nutritifs
disponibles.
 Les microorganismes sont très sensibles à des conditions défavorables pendant cette phase.
Les rayonnements et de nombreux antibiotiques empêchent le déroulement normal d’étapes
importantes du processus de croissance

D'après la courbe le taux de croissance maximum peut être déterminé graphiquement, durant la
phase exponentielle de croissance, comme suit:

On a: logN = μt + logN0 Donc: μ = (logN2 - logN1) / t2 - t1

L’arrêt de la phase exponentielle dû à un facteur limitant soit:

 Disparition d’un élément essentiel à la nutrition bactérienne ( c, n, p,etc.)

 Augmentation de produits finaux métaboliques qui deviennent toxiques pour les bactéries
dans le milieu.
 Compétition entre les microorganismes, une nouvelle population remplace la première.
 Variations de PH, de T°,etc.
 Présence d’agents chimiques ou bactériostatiques

4- Phase de décélération

Au cours de cette phase de décélération on aura:

 l'augmentation de la masse bactérienne ralentit
 μ diminue progressivement

5- Phase stationnaire

 Croissance maximale et stationnaire.

 Équilibre entre le nombre de nouvelles bactéries et le nombre de bactéries qui meurent.
 Phase brève pour certains bactéries , pour autres peut durer plusieurs heures et même
plusieurs jours
  Déséquilibre du milieu de culture marqué par l’apparition de changements morphologiques
chez les bactéries ( gonflement ou allongement).
 Les bactéries qui le peuvent vont former des spores durant cette phase
 La pollution du milieu et l’épuisement des éléments nutritifs conduisent à la phase de
décroissance.
 Arrêt de la reproduction, les bactéries vivent sur leurs réserves

6- Phase de décroissance exponentielle ou déclin

 Nombre de bactéries qui meurent dépasse le nombre de nouvelles bactéries

 Bactéries survivantes diminuent en fonction du temps
 Libération des endotoxines par les bactéries
 Il arrive durant cette phase qu’un petit nombre de bactéries particulièrement résistantes
continuent à se développer en puisant leurs éléments nutritifs libérés par les bactéries mortes
et lysées.
 La décroissance perd alors son allure exponentielle

LES MATHÉMATIQUES DE LA CROISSANCE

Pendant la phase exponentielle, chaque microorganisme se divise à intervalles de temps constants.

Ainsi la population doublera en nombre après un intervalle de temps spécifique appelé : temps de
génération ou temps de doublement.

Nn =No . 2 μ*t
 N0: nombre initial de cellules de la population
 Nt: la population au temps t
 n : nombre de génération dans le temps t

La valeur de n, le nombre de génération peut être obtenu en prenant le logarithme en base 10 des
deux nombres de l’équation
logNt = logNo + n log2
n= (logNt – logNo)/log2
n= (logNt – logNo) /0,301

La vitesse de croissance d’une culture en batch peut être exprimée en terme de constante de vitesse
de croissance moyenne (μ) qui est le nombre de générations par unité de temps (souvent en heure):
Taux de croissance
μ = n/t = (logNt –log No)/O,3O1 x t
Le temps que prend une population pour doubler sa taille (temps de génération moyen) (temps de
doublement moyen) (g) Peut maintenant être calculé.

Si la population double t =g, alors Nt = No x 2

μ = (log2No – log No) / o,3O1 x g
= (log 2 + log No – log No)/ O,3O1 g
μ = 1/g ; g = 1/ μ
 Chapitre 3: La société microbienne : Interactions hôte –
microorganismes

I- les différents types de la flore microbienne

La flore microbienne peut être de deux origines différentes:

1- Interne (Flore originelle): Provenant d’animaux malades ou porteurs de germes

 Dans les aliments des animaux abattus: comme Clostridium et d’autres espèces
intestinales qui contaminent la viande au moment de la mort de l’animal.
 Dans les tissus des végétaux non infectés de l’extérieur: On rencontre de faibles nombres
de Pseudomonas , Bacillus et Micrococcus

2- Externe (contaminations secondaires):

Elles sont dues au contact direct ou indirect de l’aliment avec une ambiance ou un produit
contaminé par un microorganisme.

2.1 : Matières premières crues et marchandises renvoyées:

Les matières premières crues comme la viande des volailles et les crustacés crus, sont des sources
inévitables de bactéries et virus pathogènes intestinales. Les marchandises renvoyées sont souvent
fortement colonisées, constituant ainsi des sources de contaminations néfastes des produits traités.

2.2 : Ubiquitaire:
Les eaux de surface, les eaux de distribution malpropres, le sol et les poussières véhiculées par l’air
sont les sources les plus importantes de la contamination dite ubiquitaire.

FLORE DE L’EAU: Pseudomonas, Coliformes, Listeria:

En l'absence de toute pollution d'origine animale, les bactéries présentes dans l'eau proviennent du
sol, et des plantes aquatiques (Ex: Pseudomonas, Acinetobacter).

La plupart des cours d'eau recueillent la pollution domestique d'origine humaine et animale. Ils se
chargent de microorganismes provenant de l'intestin de l'homme et des animaux : entérobactéries,
entérocoques, Clostridium.

La contamination d'aliments par une eau polluée peut être dommageable : risque d'intoxication,
risque d'altération.

C'est pourquoi, les eaux destinées à la consommation ou utilisées dans les industries agro-
alimentaires subissent des traitements destinés à éliminer les micro-organismes. Il s'agit
classiquement d'une chloration
FLORE DU SOL:

 Parmi les groupes bactériens les plus représentés, figurent : Pseudomonas, Clostridium,
Bacillus et Micrococcus, Nitrobacter…etc.

FLORE DE L’AIR: bacillus, staphylococcus, spores de moisissures

 L'air ne contient pas d'éléments nutritifs. Les bactéries qui y sont présentes ne peuvent donc
s'y multiplier et s'y installer durablement. Les micro-organismes de l'air sont, pour la
plupart, fixés sur des poussières et véhiculés par elles.
 La composition de la flore de l'air d'une salle dépend essentiellement de l'activité qui y est
exercée.

2.3 : Chaînes de fabrication:

Les machines et moyens de transports utilisés dans les industries alimentaires peuvent renfermer,
s’ils ne sont pas bien nettoyés et désinfectés des sources de contaminations générales, mais surtout
des flores spécialement adaptés : acidotolérantes, thermorésistantes, résistantes à certaines
antiseptiques et désinfectants, etc.

2.4: Humaine:
Flore cutanées résidentes et transitoires

La flore résidente : l'ensemble des espèces microbiennes que l'on y retrouve en quantité
remarquable dans tous les prélèvements.
 sur la main : ex: Staphylococcus epidermidis,
 au niveau des aisselles : ex: entérobactéries.

Contrairement à la flore transitoire, la flore résidente ne peut être éliminée en totalité par un
nettoyage, par les antiseptiques les plus puissants.

La microflore d’origine intestinale, respiratoire ou dermique. Deux espèces sont constantes quel que
soit le territoire cutané : Staphylococcus epidermidis et Propionibacterium acnes

 la flore transitoire est souvent soit pathogène, soit occasionnellement pathogène, soit
opportuniste. Elle constitue un danger pour le consommateur : en effet, certaines espèces
responsables d'intoxications alimentaires peuvent habiter passagèrement la peau, surtout sur
les mains, et être transmises à un aliment (Staphylococcus aureus, Salmonella, Shigella,
Clostridium perfringens).
 II- Interactions hôte – microorganismes

De nombreux micro-organismes sont associés aux plantes ou aux animaux avec lesquels ils peuvent
entretenir des relations de symbiose, de mutualisme, de commensalisme, de Saprophytisme
(neutralisme) ou de parasitisme.

1- LE COMMENSALISME :

Est une relation naturelle entre deux êtres vivants dans laquelle l'hôte fournit une partie de sa
propre nourriture au commensal. Est une interaction biologique à bénéfice non réciproque où l’un
des partenaires n’a aucune influence sur l’autre.

 La flore commensale normale de l'homme : flores de la bouche, du tube digestif, de la peau,

des voies respiratoires, etc.
 Les commensaux peuvent parfois acquérir un certain pouvoir pathogène et envahir les tissus
de l'hôte : ce sont des pathogènes opportunistes.

2- SYMBIOSE ( mutualisme) :

Le mutualisme est une interaction biologique dans laquelle les deux partenaires trouvent un
avantage, celui-ci pouvant être la protection, l’apport de nutriments…..

Exemple:
 Les bactéries rhizobium trouvés dans les racinaires des légumineuses peuvent fixer une
grande quantité d’azote à partir de l’air, ce qui réduit la nécessité d’apporter des engrais
à la légumineuse et en contrepartie la plante fournit des hydrates de carbone
 L'intestin humain contient entre 1000 et 1150 espèces de bactéries comme Escherichia
coli . Elles ont un rôle favorable dans la digestion, dans la régulation du système
immunitaire et empêchent la colonisation par des organismes pathogènes.

3- LE PARASITISME:

Une relation entre 2 organismes où l’un vit au dépend de l ’autre qui peut subir des dommages des
maladies infectieuses
Certains micro-organismes sont des parasites facultatifs, d'autres sont des parasites obligatoires. Le
parasitisme est généralement nuisible et souvent nocif.

4- SAPROPHYTISME (neutralisme):

Les relations sont faibles ou absentes.

On appelle généralement micro-organismes saprophytes ceux dont le développement est
indépendant des autres organismes vivants. Ils peuvent se développer en présence de déchets
organiques et se trouver transitoirement au contact de l'homme, des animaux et des plantes.
Notion de porteur asymptomatique ou porteur sain : est une personne hébergeant des micro-
organismes pathogènes (bactéries, virus, etc.) mais ne présentant aucun signe de maladie et étant en
bonne santé. Toutefois, ces personnes peuvent transmettre le micro-organisme à d'autres personnes.

III- pouvoir pathogène, infectieux et toxique des microorganismes :

1- Définition :

Les micro-organismes pathogènes sont capables de pénétrer dans un organisme hôte et de

créer des désordres par hyper multiplication ou sécrétion de toxines.
Le pouvoir pathogène est spécifique : la spécificité est liée à l'espèce, parfois à l'individu

Le Pouvoir Pathogène peut s’exprime de déférentes façons :

dans les tissus (infection par mycobacterium tuberculosis),

-infection à salmonella),
-infection à vibrio cholerae),
e nécessite pas la présence de la bactérie (intoxination à clostridium
botulinum),

coliformes).

2-Mécanismes du pouvoir pathogène:

2-1 Principales composantes du pouvoir pathogène

Le pouvoir pathogène des bactéries est déterminé par trois éléments principaux :

leur capacité à proliférer dans l'organisme : c'est leur pouvoir invasif ou pouvoir de
multiplication
leur capacité à libérer des toxines : c'est leur pouvoir toxique ;
les résistances opposées par l'organisme

2-2 Classification des bactéries selon le pouvoir pathogène

 bactéries dotées d'un pouvoir invasif important et d'un pouvoir toxique faible :
Staphylococcus aureus...
 bactéries peu invasives, à pouvoir toxique élevé: Clostridium botulinum...
 bactéries dotées à la fois d'un pouvoir invasif et d'un pouvoir toxique fort : Salmonella
Typhi...
 bactéries peu invasives et peu ou pas toxiques : ne peuvent engendrer d'infections qu'à
l'occasion d'un affaiblissement des défenses de l'organisme : Pseudomonas, Entérobactéries
 Les aliments sont des sources des dangers pour le consommateur c’est pourquoi l’arrêté 21 mars
2013 relatif à l’état de santé et d’hygiène du personnel appelé un manipulé les denrées animales ou
d’origine animal précise qu’un certain nombre de µO tel que E.coli salmonella
staphylococcus pathogène …..

Donc toute personne reconnu atteinte d’une de ces maladies ne peut être manipulé lorsque les
résultats reste positif

C’est pour ça il faut faire :

Un dépistage lors de l’examen médicale
Des examens périodiques tous le 6 mois
Un examen de reprise de travail

3- Pouvoir infectieux et pouvoir toxique

3-1- Pouvoir infectieux
a- définitions:

 Les infections sont causées par ingestion de microorganismes pathogènes (bactéries, virus
,parasites) qui envahissent la muqueuse intestinale et s’y multiplient ou migrent vers
d’autres tissus.
 Le pouvoir infectieux est la propriété d’une bactérie à envahir les tissus de l'hôte.
 La virulence est le degré de pathogénicité d'un germe infectieux.

Les micro-organismes « infectieux » les plus souvent incriminés dans le cadre de l'alimentation ,
sont :
Salmonella, Clostridium perfringens, Escherichia colis, Shigella, Vibrio parahaemolyticus,
Bacillus cereus, Yersinia enterocolitica, Listeria monocytogenes…

b- Principales composantes du pouvoir invasif:

Le pouvoir invasif d'une bactérie est lié à:

 son aptitude à adhérer à une muqueuse ;
 son aptitude à produire des substances endommageant les barrières de l'organisme ;

3-2-Pouvoir toxique
A. Définition:

Le pouvoir toxique ( ou toxinogenèse ) est dû à la production d'une toxine qui peut être de
différents types et avoir diverses actions.

La toxinogenèse est liée ou non au pouvoir infectieux.

B- Toxinogénèse: modalités
Intoxinations, Intioxication, Toxi-infection
C- types de toxines:
On appelle toxine toute substance toxique et antigénique élaborée par les bactéries.
C-1- toxines bactériennes: On les subdivise en

Exotoxines :
 très actives
 excrétées généralement pendant la croissance
 surtout produites par des Gram +
 relativement thermolabiles
 Protéines solubles
 les principales sont les entérotoxines staphylococciques (Staphylococcus aureus), et les
toxines botuliniques (Clostridium botulinum).
 la dose minima mortelle varie selon la toxine et les hôtes de 10-3 à 10- 6 mg.
 La toxinogenèse dépend des conditions du milieu ( ex: Clostridium botulinum est
négligeable dans les produits acides (pH < 4,5)).

Endotoxines:
 Moins actives que les exotoxines
 Libérées par lyse des cellules
 Le principale est l'endotoxine typhoïdienne (salmonella).
 Sont en général produites par des bactéries gram -.
 Sont thermostables
 Il s'agit de complexes glucidolipidoprotéiques

C-2-Les phycotoxines
Une phycotoxine est une toxine produite par les algues. C'est le cas des toxines produites par les
algues unicellulaires et qu'on retrouve dans les fruits de mer Exemples: Les toxines paralysantes des
coquillages
 Intoxication paralytique par fruits de mer (PSP : Paralytic Shellfish Poisoning)

C-3- Les mycotoxines

Sont des exotoxines produites par des champignons quand les conditions de croissance sont
satisfaites. Ex: LES AFLATOXINES :

C-4-Les virus
les aliments les plus fréquemment incriminés sont les mollusques bivalves. Toutefois, un autre
véhicule important est constitué par les plats cuisinés préparés par des personnes infectées , dans ce
cas on peut y remédier par une bonne hygiène personnelle et l’éducation sanitaire.

On distingue habituellement deux catégories de bactéries pathogènes :

 Les bactéries pathogènes spécifiques : provoquent des troubles quel que soit l’état de santé
du patient (à l’exception des porteurs asymptomatiques).
 Exemples : Salmonella Typhi, Vibrio cholerae, Mycobacterium tuberculosis.
 Les bactéries pathogènes opportunistes :provoquent des troubles lorsque les défenses
immunitaires de l'hôte sont affaiblies (on parle aussi de sujets immunodéprimés).
Exemples : Pseudomonas aeruginosa, nombreuses Enterobactéries, Enterococcus…

Notion d’immunodépression :
Est une pathologie particulière traduisant un affaiblissement du système immunitaire (système de
défense de l’organisme) et constituant un facteur d’exposition à d’autres maladies.
L’immunodépression est alors une déficience de l’immunité qui se traduit par l’insuffisance ou la
défaillance de certaines fonctions du système de défense.