BIOCHIMIE MICROBIENNE

I. Métabolisme biochimique bactérien

1. Définition
Le métabolisme bactérien est l’ensemble des réactions biochimiques et
physiologiques se déroulant au sein de la bactérie. Ensemble des réactions
biochimiques mises en jeu par un organisme vivant = Anabolisme + catabolisme.
Le métabolisme peut être divisé en deux parties principales :
- Dans le catabolisme (du grec cata, en bas), des molécules plus grosses et plus
complexes sont fragmentées en molécules plus petites et plus simples avec
libération d’énergie. Une partie de cette énergie est captée et rendue disponible
pour un travail ; le reste est libéré sous forme de chaleur.
- L’énergie piégée peut ensuite être utilisée dans l’anabolisme, la seconde partie
du métabolisme. L’anabolisme (du grec ana, en haut), est la synthèse de molécules
complexes à partir de précurseurs plus simples avec consommation d’énergie.
L’ensemble de ces réactions est sous le contrôle de catalyseurs biologiques
appelés enzymes.

2. Les diverses réactions métaboliques

 Réactions permettant la synthèse des molécules utiles : enzymes, coenzymes,
molécules structurales (Réactions consommant de l’énergie : réactions
endergoniques).
 Réactions permettant la fourniture de l’énergie nécessaire : métabolisme
énergétique (Réactions productrices d’énergie : réactions exergoniques).
Médiateur énergétique entre réaction exergonique (réaction productrice
d’énergie) et réaction endergonique (Réaction consommatrice d’énergie).
Principal médiateur : ATP
Les produits libérés par le métabolisme au cours d’une phase de croissance sont
appelés « métabolites primaires » quelle que soit leur origine, catabolisme ou
anabolisme : il s’agit des produits non spécifiques (acides aminés, nucléotides,
1
vitamines, acides organiques, éthanol. Le terme « métabolite secondaire » est
utilisé dans le cas des produits spécifiques de l’anabolisme, dont l’apparition n’est
pas liée à la phase de croissance proprement dite (antibiotiques, bioinsecticides).
3.Intérêt de la connaissance des métabolismes
Intérêt industriel :
- Connaissance des molécules produites par le microorganisme et utiles à
l’homme après extraction du milieu (antibiotiques, acides, éthanol …). -
Conservation de certaines denrées par acidification et fabrication d’aliments
(fromages, vin, bière, pain…).
Intérêt taxonomique : - Connaissance de la réalisation de l’aptitude à réaliser
certaines réactions biochimiques précises permet la classification et
l’identification.
II. Métabolisme énergétique des microorganismes
1. Source d’énergie et types trophiques
Pour pouvoir transformer des aliments et fabriquer leur matière vivante, les
microorganismes doivent se procurer de l’énergie. Il s’agit bien entendu d’une
énergie chimique qui est stockée dans les cellules essentiellement sous forme
d’ATP. L’énergie peut provenir de deux modes de transformation : On définit
alors deux types trophiques :
 Transformation de l’énergie lumineuse en énergie chimique (phototrophes ou
photosynthétique).
 Ou d’énergie chimique (chimiotrophes) soit par :
-Par respiration
- Par fermentation
1.1. Organismes chimiotrophes
Les bactéries chimiotrophes sont des organismes unicellulaires (essentiellement
procaryotes : des bactéries, des levures et des moisissures incapables d’effectuer
la photosynthèse) qui utilisent l’énergie de l’oxydation de composés chimiques
comme source initiale d’énergie chimique. On les distingue des bactéries
2
phototrophes lesquelles utilisent l’énergie lumineuse. Selon la nature du composé
utilisé, minéral ou organique, on en distingue deux grands types :
 Les bactéries chimiolitotrophes utilisent des composés minéraux (inorganiques)
tels NH3, H2S, S, CO2, Fe2+, etc., comme source d’électrons.
 Les bactéries chimiorganotrophes utilisent des composés organiques. Elles
constituent l’immense majorité des eubactéries chimiotrophes puisent leur énergie
de l’oxydation de composés organiques. Elles utilisent pour leur croissance des
substrats carbonés organiques comme source de carbone.

1.2. Organismes phototrophes

Les plantes tirent leur énergie de la lumière, celle-ci intervient également chez
les algues vertes, les cyanophycées et quelques espèces bactériennes
 Photolitotrophe autotrophe : Lorsqu’un organisme vivant phototrophe utilise
un composé exogène de nature minérale comme donneur primaire d’électrons
pour la régénération des coenzymes à pouvoir réducteur élevé (NAPH), il est dit
photolitotrophe.
 Photoorganotrophes : Lorsqu’un organisme vivant phototrophe utilise un
composé exogène de nature organique comme donneur primaire d’électrons pour
la régénération des coenzymes à pouvoir réducteur élevé (NADPH), il est dit
photoorganotrophe.
Le processus de photosynthèse comprend deux étapes : phase lumineuse et phase
obscure.
La phase lumineuse ou photophosphorylation aboutit à la formation d’ATP.
C’est une réaction génératrice d’énergie utilisable par la cellule. Cette phase
nécessite la présence de pigment de type chlorophylle. Synthèse de l’ATP et du
NADPH2.
La phase obscure correspond à une phase de synthèse de composés organiques,
elle aboutit à la formation de réserves de nature glucidique en utilisant du CO2
ainsi que le pouvoir réducteur et l’ATP formés au cours de la phase lumineuse.
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Synthèse des molécules réserves (molécules glucidiques). Selon la nature de la
source d’énergie et du donneur d’hydrogène on peut définir quatre types de
métabolismes énergétiques :
Les différents types trophiques des microorganismes
Source Source d’énergies
d’électrons Chimique Lumineuse
Chimiolithotrophes Photolithotrophes

Minérale S, H2S, H2, NO3, NO2- , Fe2+ H2O, H2S, S, H2

Exemples Bactéries sulforéductrices, Algues, cyanobactéries,

Organismes nitrifiantes, méthanogènes bactéries photosynthétiques
Organique Chimioorganotrophes Photoorganotrophes

Exemples Sucres Majorité des Sucres intermédiaires

Organismes microorganismes Bactéries photosynthétiques,
halobactéries

1.3. Les types respiratoires

Selon leur rapport à l’oxygène, les bactéries peuvent être classées en différents
groupes :
 Les aérobies stricts peuvent vivre uniquement en présence d’oxygène.
 Les aéro-anaérobies facultatives peuvent vivre en présence ou en absence
d’oxygène.
 Les anaérobies ne peuvent vivre qu’en absence d’oxygène.
 Les aéro-tolérants sont des organismes anaérobies qui peuvent tout de même
survivre en présence d’oxygène.

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 Les micro-aérophiles requièrent de l’oxygène pour survivre à une concentration
faible.
Selon la nature de l’accepteur d’électron final on peut rencontrer trois situations
différentes :
 Respiration aérobie
Dans la respiration aérobie, l’accepteur final d’électrons est l’oxygène. La voie la
plus couramment rencontrée chez le les microorganismes aérobies est la voie
classique des cytochromes. L’enzyme terminale est la cytochrome oxydase, il y a
formation de H2O. Ce type de respiration est habituellement lié à la dégradation
complète du substrat.
 Respiration anaérobie
Dans la respiration anaérobie, l’accepteur final d’électrons est le plus souvent
inorganique (par exemple, NO3- , SO42-, CO2, Fe2+, SeO4 2-). Les microorganismes
impliqués sont anaérobies facultatifs ou des anaérobies stricts. Ce sont des
réducteurs de nitrates, des dénitrifiants, des réducteurs de sulfates, des réducteurs
de sulfures, des méthanogènes et des acétogènes.
1.4. La fermentation
La fermentation est un processus métabolique qui convertit le sucre en acides, en
gaz ou en alcool. Selon le produit final, il existe différents types de fermentation,
des processus cataboliques d’oxydation incomplète, qui ne nécessitent pas
d’oxygène et le produit final est un composé organique.
 Fermentation oxydative
Les fermentations oxydatives donnent des produits plus oxydés que le substrat et
nécessitent habituellement la présence d’oxygène comme accepteur d’électrons
(fermentation gluconique, fermentation acétique). Il s’agit de respiration
incomplète.
III. Catabolisme des glucides
 Oses (monosaccharides) : glucose ou autre (fructose, arabinose…)
 Diholosides (disaccharides) : lactose, saccharose…)
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 Polyosides (polysaccharides) : amidon, glycogène, cellulose, l’inuline…)
Pénétration des glucides dans la cellule
Remarque : pour les polyosides, nécessité que le microorganisme secrète des
enzymes hydrolytiques qui vont hydrolyser les polyosides en molécules plus
petites assimilables.
Les produits formés pénètrent ensuite dans la cellule par :
 Diffusion facilité ou transport actif avec perméase membranaire (exemple :
pénétration du lactose seulement si la bactérie a une galactosidase perméase
 Système phosphotransférase.
Dégradation des glucides
Dégradation des oses (Glucose, fructose, mannose) :
- Sont phosphorylés grâce à l’ATP
- Puis entrent dans les voies métaboliques : glycolyse, voie des pentoses ou voie
d’Enter-Doudoroff.
Dégradation des diholosides : Clivés par hydrolyse ou phosphorolyse et
libération des oses constitutifs
- Soit par hydrolyse directe
Lactose + H2O -----galactosidase----> glucose + galactose
- Soit par phosphorolyse
Maltose + Pi ---Maltose phosphorylase---> glucose1P + glucose
Dégradation des polyosides : Libération des oses constitutifs comme pour les
diholosides :
- Soit par hydrolyse directe
- Soit par phosphorolyse
Les glucides susceptibles d’être dégradés par les microorganismes sont nombreux
et variés. Les polyosides comme l’amidon, la cellulose, l’inuline et parfois des
plus petites molécules comme le saccharose, sont incapables de pénétrer dans la
cellule. Ils doivent être au préalable découpés en fragments de faible poids
moléculaire par des enzymes hydrolytiques excrétées par le microorganisme dans
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le milieu. Les produits formés pénètrent ensuite dans la cellule par diffusion
facilité ou transport actif. Dans la plupart des cas, la transformation des
macromolécules glucidiques, ainsi que de diverses autres substances organiques,
aboutit à la formation d’hexose (essentiellement glucose) ou de pentose. Le
glucose est point de départ des principales voies du catabolisme cellulaire.
III.1. Catabolisme du glucose
L’oxydation du glucose peut être réalisée par trois voies différentes qui peuvent
fonctionner en parallèle : ce sont les voies de :
- la glycolyse,
- le shunt des pentoses phosphates
- et la voie d’Entner Doudoroff qui est spécifique au monde microbien.
1.1. Voie d’Embden-Meyerhof (glycolyse)
Elle est localisée dans le cytoplasme des procaryotes et des eucaryotes. C’est une
séquence de 10 réactions qui s’opère en aérobiose ou anaérobiose. Et qui,
transforme le glucose en 2 pyruvates pour produire 2 ATP et réduit 2 NAD

IV. Etude et intérêt de quelques types métaboliques

Organismes fermentants : Fermentation du glucose :
 La première étape comporte les différentes voies du métabolisme intermédiaire
qui aboutissent au pyruvate.
 Puis viennent les réactions de réduction du pyruvate qui différencient les
bactéries fermentaires (anaérobies strictes ou facultatives) car elles conduisent à
des produits finaux divers, soit uniques, soit plus souvent mélangés selon la nature
de l’organisme. La fermentation éthanolique (ou alcoolique) :
 Il s’agit d’une fermentation très répandue chez les levures (Saccharomyces,
Kluyveromyces, …).
 Cette fermentation utilise la voie de la glycolyse en absence totale d’oxygène.

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 Elle utilise des sucres comme le glucose, du fructose, du saccharose pour obtenir
comme produits finaux un alccol, comme l’éthanol, le dioxyde de carbone en tant
que gaz.
Cette fermentation se fait en deux temps :
 Conversion du pyruvate en acétaldéhyde grâce à la pyruvate décarboxylase
utilisant la thiamine pyrophosphate (TPP) comme coenzye :
CH3-CO-COOH+ ----Pyruvate décarboxylase---- CH3-CHO + CO2
 Réduction de l’acétaldéhyde en éthanol grâce à un alcool déshydrogénase en
utilisant le NADH comme coenzyme :
CH3-CHO + NADH + H+ -----Alcool déshydrogénase------- CH3CH2OH +
NAD+
Bilan de la dégradation du glucose en éthanol :
Lorsque les réactions de la glycolyse sont poursuivies pour la transformation du
pyruvate en éthanol, on parle de fermentation alcoolique. La réaction globale de
la dégradation d’une molécule de glucose s’écrit : Glucose + 2 ADP + 2 Pi -------
---- 2 Ethanol + 2 CO2 + 2 ATP Le bian en NAD+ /NADH étant nul, ces
coenzymes n’apparaissent pas dans l’équation globale de la transformation du
glucose en éthanol.
D’autres substances peuvent être produites en faibles quantités (glycérol et acide
acétique en particulier).
Applications :
Cette fermentation pratiquée par de nombreuses levures (dont Saccharomyces
cerevisiae) permet la fabrication :
 Du pain
 De certaines boissons alcoolisées tels que le vin, la bière, le cidre, etc.
 Actuellement, il est possible de synthétiser de l’éthanol industriel à grande
échelle par fermentation pour une utilisation comme biocarburant.

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Fermentation lactique : Les bactéries lactiques étant incapables d’obtenir leur
énergie par la respiration, elles recourent à la fermentation des glucides en acide
lactique. Suivant les espèces, les sucres sont catabolisés suivant 2 voies différentes
:
 Les bactéries homolactiques (homofermentaires)
 Les bactéries hétérofermentaires (hétérofermentaires).
Fermentation homolactique :
 Utilise la glycolyse dans sa totalité, du glucose au pyruvate puis lactate. En
condition optimale de croissance, cette voie produit deux molécules de lactate et
deux molécules d’ATP par molécule de glucose consommée.
 Pour être qualifiée d’homolactique, cette voie doit convertir au moins 90% du
glucose consommé en lactate.
 La fermentation homolactique apporte un gain net de 2 ATP par molécule de
glucose oxydé.
 La voie homofermentaire est généralement associé aux bactéries du genre
Streptococcus, Lactococcus, Pediococcus, Lactobacillus.
 Dans des conditions de croissance non optimale (milieu appauvri, sur certains
sucres, avec des souches mutées) les bactéries lactiques homofermentaires
peuvent présenter un métabolisme mixte caractérisé par la production d’acide
lactique, d’acide acétique, d’éthanol et d’acide formique et/ou de CO2
Fermentation hétérolactique :
 Appelée aussi voie des transcétolases (voie des pentoses phosphates).
 En plus de l’acide lactique, les produits finaux de cette fermentation sont
également le CO2, l’éthanol et en faible proportion selon le substrat oxydé, l’acide
acétique et le glycérol.
 La dégradation d’une molécule de glucose conduit à la formation d’une
molécule de lactate, une molécule d’éthanol et d’un CO2 et apporte un gain net
d’une seule molécule d’ATP.

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 Les bactéries dites hétérofermentaires appartiennent aux genres Lactococcus ou
Leuconostoc réalisent la fermentation hétérolactque.
Applications :
 Yaourt
 Fromages
 Les légumes lactofermentés (conservation)
 Poly-Lactic-Acid (PLA) (industrie du plastic biodégradable

Fermentation acides mixtes et butylène glycolique (butanediolique) : Appelée

ainsi en raison de la grande diversité des composés organiques produits à partir
du pyruvate.
 C’est une fermentation anaérobie.
 Cette fermentation est réalisée par les entérobactéries.
 Selon les organismes et les conditions environnementales, les proportions des
composés organiques prédominantes diffèrent.
Deux types de fermentations sont caractérisés p par les produits finaux excrétés
en anaérobiose.
Le type E. coli : les acides organiques prédominent. Le butanediol n’est pas
formé. Ce type conduit à la formation d’une série d’acides organiques (acide
lactique, acétique, succinique et formique) ainsi que l’éthanol, l’hydrogène et le
CO2. Le type Enterobacter (Klebsiella, Serratia) : Fermentation butylène
glycolique ou fermentation butanediolique. Beaucoup moins importante que celle
du butanediol, principal produit final. Au cours de cette fermentation, le pyruvate
est décarboxylé en acétoïne (3-hydroxy-butanone) qui est réduit en butanediol.
L’acétoïne participe au goût du beurre.
La fermentation propionique :
 La fermentation propionique est une forme de métabolisme anaérobie qui se
produit chez les bactéries du genre Propionibacterium.

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 Les principaux produits de cette fermentation sont : le propionate, l’acétate et le
CO2.
 La réaction globale de la fermentation propionique s’écrit :
3 Lactate --------------------- 2 pyruvate + 1 acétate + 1 CO2 + 1 H2O
 Le pyruvate est carboxylé en oxaloacétate, l’oxaloacétate est ensuite réduit via
le malate et le fumarate en succinate.
 Le succinate est alors activé en succinyl-CoA qui à son tour converti en
méthylmolonylCoA. Le propionyl est finalement libéré à partir du propionyl-CoA
par une CoA transférase qui transfère le CoA au succinate.
Les bactéries propioniques sont divisées en deux catégories suivant leur habitat :
 Les laitières, isolées dans les produits laitiers.
 Les cutanées, commensales, de la flore de la peau et des muqueuses.
Les espèces laitières : interviennent dans l’affinage des fromages à pâte pressée
cuite de type gruyère, comté et emmental. Les trous dans l’emmental et le gruyère
proviennent d’un dégagement de CO2 dans la pâte pressée et durcie. Le goût
particulier de ces fromages est dû à l’accumulation d’acide propionique.
Les espèces commensales retrouvées dans les produits pathologiques (acné). Les
odeurs corporelles sont dues en partie à l’acide propionique qui est un produit de
dégradation des acides aminés et des acides gras.
La fermentation butyrique :
 Des quantités variables d’acides (butyrate, acétate, lactate), d’alcools (butanol,
éthanol, 2-propanol et de gaz (CO2, H2) sont produits au cours des fermentations
clostridiales.
 Le métabolisme du glucose s’effectue via la glycolyse. L’hydrogène obtenu par
déshydrogénation du 3PGA est transféré aux acides organiques ou aux cétones
synthétisées à partir du pyruvate ou de l’acétyl-CoA, respectivement.
 Les fermentations du glucose par Clostridium butyricum et Clostridium
acetobutylicum constituent les prototypes des fermentations clostridiales. Leurs

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produits finaux sont : le butyrate, l’acétate, le butanol, l’éthanol, l’acétone, le 2-
propanol, le CO2 et l’hydrogène.
 Le butyrate est le produit de la condensation de deux acétyl-CoA en acétoacétyl-
CoA, lequel est ensuite réduit en -hydroxbutyryl-CoA puis en butyryl-CoA et
finalement en butyrate. Le CoA peut être transféré à l’acétate. L’acétyl-CoA peut
être utilisé pour générer de l’ATP et de l’acétate. La production de l’acétone, du
2-propanol et du butanol, est d’un intérêt industriel. Ils sont utilisés comme
solvants organiques.

V. Catabolisme des autres composés organiques

Catabolisme des glucides : (Rappel)
Nature des glucides utilisés :
 Monosaccharides : glucose ou autres oses (fructose, arabinose…)
 Disaccharides : Lactose, saccharose…
 Polysaccharides : amidon, glycogène, cellulose, l’inuline…
Dégradation des monosaccharides : Glucose, fructose, mannose :
 Sont phosphorylés grâce à l’ATP.
 Puis entrent dans les voies métaboliques (glycolyse, voie des pentoses ou voie
d’EntnerDoudoroff). Dégradation des lipides :
 Les triglycérides constituent une source d’énergie.
 Ils sont hydrolysés en acides gras et en glycérol par des lipases.
 Ces lipases se rencontrent chez les moisissures (Aspergillus, Penicillium,
Rhizopus, …), les levures (Candida, Saccharomyces, …) et les bactéries
(Serratia, Pseudomonas, Xanthomonas).
 Le glycérol est dégradé par la glycolyse au niveau de la dihydroxyacétone.
 Les acides gras sont d’abord activés par l’ATP en présence de coenzyme A pour
former un acyl-CoA, lequel est oxydé en -céto-acyl-CoA. Après hydrolyse, il se

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forme de l’acétyl-CoA. L’acétyl-CoA formé peut être incorporé dans le cycle de
Krebs et le shunt glyoxylique.
Remarque : Le catabolisme des acides gras représente donc :
 Une source énergétique riche pour la croissance des microorganismes.
 Une source de flaveur pour les fromages affinés (grâce aux molécules
synthétisées à partir des lipides dégradés).
Catabolisme des protéines : Les protéines sont des composés organiques de haut
poids moléculaire, constitués d’acides aminés liés entre eux par des liaisons
peptidiques.
Leur dégradation comporte les étapes suivantes :
La protéolyse : Les enzymes intervenant dans ces réactions sont les protéases et
les peptidases.
 La pluspart des protéases microbiennes agissent aussi bien sur les protéines que
sur les oligopeptides. Krebs et le shunt glyoxylique.
 Elles scindent la molécule protéique en fragments polypeptidiques, constitués
de quelques acides aminés par les liaisons peptidiques.
 Les espèces protéolytiques les plus connus : Cloctridium, Bacillus, Proteus,
Streptomyces et Pseudomonas. Les peptidases hydrolysent les polypeptides et les
transforment en acides aminés.
Il existe deux types :
 les endopeptidases et les exopeptidases en fonction de leur mode d’attaque de
la chaine polypeptidique.
 Les exopetidases sont-elle mêmes subdivisées en deux catégories : Les
aminopeptidases qui attaquent à partir de l’extrémité -NH2 libre du polypeptide.
 Les carboxypeptidases qui attaquent à partir de l’extrémité -COOH libre du
polypeptide. L’activité de ces différents enzymes conduit à la libération de di- et
tri-peptides qui sont ensuite hydrolysés en acides aminés.

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Catabolisme des acides aminés libres : Ces acides aminés seront ensuite dégradés
selon deux voies principales : La désamination et la décarboxylation.
Désamination :
 Retire le groupe aminé d’un acide aminé pour donner un acide et l’ammoniaque.
 L’acide organique résultant de la désamination peut être converti en pyruvate,
en acétylCoA ou en un intermédiaire du cycle de Krebs.
 Peut-être oxydé pour libérer de l’énergie.
Décarboxylation :
 Les décarboxylases agissent sur les aminoacides pour former du CO2 et une
amine.
 Les amines sont des composés nauséabonds, parfois toxiques (histamine).
Catabolisme du méthane et méthanol :
Les microorganismes capables de croître sur méthane et méthanol, comme seule
source de carbone, (ex. Pseudomonas) oxydent le méthane selon la chaîne :
CH4 ------- CH3OH ------ HCHO ------HCOOH -------- CO2
 Ces microorganismes sont dits « méthylotrophes ». Ils peuvent être
méthylotrophes stricts (ne dégradant que le méthane ou méthanol), ou
méthylotrophes facultatifs (capables de dégrader, outre le méthane et le
méthanol).
Dégradation de l’éthanol :
 L’éthanol peut être dégradé totalement en CO2 et H2O comme chez certaines
levures (Brettanomyces, Debaryomyces, Hansenula …). Comme il peut être
transformé en acide acétique (Acetobacter, Gluconobacter).
Dans les deux cas, la première étape conduit à la formation de l’acétaldéhyde :
CH3-CH2-OH + NAD+ -------- CH3-CHO + NADH, H+ Dans le cas des
levures, l’acétaldéhyde est incorporé dans le cycle de Krebs par oxydation en
acétal-CoA. Cette dégradation est aérobie.
CH3-CHO + CoA-SH + NAD+ ------- CH3-CO-SCoA + NADH, H+

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Dans le cas des bactéries acétiques, l’acétaldéhyde est transformé directement en
acide acétique.
CH3-CHO + H2O + NAD+ ------------- CH3-COOH + NADH, H+
Dégradation du glycérol :
 Le catabolisme du glycérol a été étudié chez les Entérobactéries, les
Lactobacilles, les bactéries acétiques.
 Le glycérol est dégradé en particulier chez les bactéries acétiques. Acetobacter
suboxydans qui ne possède pas de cycle de Krebs, peut cependant métaboliser le
glycérol. Cette bactérie est utilisée pour la production de dihydroxyacétone,
intermédiaire de la dégradation du glycérol. La dihydroxyacétone est employé
comme agent tannant et en cosmétologie.
 Les Entérobactéries catabolisent le glycérol en le transformant en
dihydroxyacétone ou en glycéraldéhyde-3P lesquels sont ensuite dégradés par la
voie de la glycolyse. Le processus est uniquement fermentaire.
 Le catabolisme du glycérol chez E. coli fait intervenir une glycérol kinase qui
donne naissance à l’-glycérophosphate, qui est encore transformé en
dihydroxyacétonephosphate.
Catabolisme des hydrocarbures : Beaucoup de Pseudomonas, d’autres groupes
bactériens (Micrococcus, Actinomycetes), de levures et des moisissures sont
capables d’utiliser comme seule source de carbone la quasitotalité des
hydrocarbures paraffiniques et aromatiques. Cette capacité est importante dans la
décontamination de l’environnement pollué.
La dégradation des hydrocarbures dépend largement de leur structure : Les
hydrocarbures paraffiniques (paraffines)
 Les paraffines peuvent être utilisées par un grand nombre de bactéries. Plusieurs
groupes bactériens (Pseudomonas, Nocardia, des mycobactéries et des
Corynebactéries) des levures et des champignons sont impliqués dans la
dégradation des paraffines.

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 Des hydrocarbures paraffiniques sont oxydés par des étapes successives grâce à
des déshydrogénases à NAD via l’aldéhyde et l’acide carboxylique.
 Une acyl-CoA synthétase permet d’activer cet acide monocarboxylique en acyl-
CoA qui rejoindront les voies du métabolisme intermédiaire.
VI. Anabolisme et production de biomasse et de métabolites
La production de biomasse et de métabolites présente un grand intérêt
économique.
Production de biomasse et de protéines :
La production de biomasse constitue souvent le but de nombreuses fermentations
industrielles.
 Production de levains pour les industries de fermentations.
 Production de biomasse-aliment et plus particulièrement production de
protéines (P.O.U) (Single Cell Proteins = Protéines d’Organismes Unicellulaire,
essentiellement des levures). Lorsque la biomasse est produite pour ses protéines
contenant environ 50% de protéines étant utilisé tel quel. Les protéines ne sont
pas extraites et purifiées.
 Production pour des applications particulières comme la lutte biologique (action
insecticide).
 Production d’agents biologiques pour bioconversion (cellules utilisées
immobilisées, comme catalyseurs.
 Pour obtenir de bonnes productions de biomasse, il est nécessaire de se placer
dans des conditions où le rendement énergétique est le meilleur, c’est-à-dire
lorsqu’il y a oxydation complète du substrat par l’oxygène.
 Il est donc préférable d’utiliser des microorganismes aérobies ne possédant pas
de métabolisme fermentaire ou d’orienter le métabolisme d’un microorganisme
ayant plusieurs voies énergétiques vers la voie oxydative.
Production d’enzymes :
 De nombreuses enzymes peuvent être produites par cultures microbiennes.

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 Il s’agit aussi bien d’exoenzymes recueillies dans le milieu, que d’endoenzymes
qu’il faut ensuite extraire de la cellule.
 Les enzymes sont utilisées dans les industries agroalimentaires,
pharmaceutiques, médicales, les industries de nettoyage et de décontamination.
 Les enzymes sont utilisées sous forme libres ou immobilisées.
 Les enzymes de grande importance industrielle sont : Les cellulases, les
petinases, les amylases, les lipases, les protéases (protéines et peptides),
l’invertase, le glucose oxydase, le glucose isomérase, la dextrane sucrase, la
pénicillase, la catalase.
Production de vitamines :
 Les microorganismes prototrophes sont capable de synthétiser tous leurs
facteurs de croissance en particulier toutes les vitamines dont ils ont besoin.  Les
processus de mutation et de sélection pouvant conduire au développement de
souches microbiennes prototrophes capable de produire en grande quantité
certaines vitamines.
 Cependant, seuls deux vitamines B, la riboflavine et la cyanobalamine sont
produites par fermentation, car la synthèse chimique des autres est moins
couteuse. La vitamine B12 est une molécule qui n’est synthétisée que par des
microorganismes procaryotes.
 La -carotène précurseur de la Vitamine A peut être préparée par voie
microbiologique.
Production des antibiotiques :
 Les antibiotiques sont des substances produites par des microorganismes et
ayant le pouvoir d’inhiber ou de détruire d’autres microorganismes. Leur intérêt
économique provient de l’utilisation médicale pour lutter contre les maladies
infectieuses.

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 Les antibiotiques sont des substances organiques secrétées comme des
métabolites secondaires par certains microorganismes ou produites par synthèse
chimique.
 Les principaux groupes utilisés dans la production industrielle d’antibiotiques
sont des bactéries filamenteuses du genre Streptomyces et des moisissures des
genres Penicillium et Cephalosporum.
Exemples de quelques antibiotiques produits par voie microbienne :
 Pénicilline : (Penicillium chrysogenum)
 Céphalosporine : (Cephalosporium harmonium)

Production des polysaccharides : La plupart des microorganismes synthétisent

plusieurs types de polysaccharides qui peuvent être classés selon leur localisation
dans la cellule.
 Certains se trouvent à l’intérieur de la cellule, dans le cytoplasme, où ils sont
utilisés par le microorganisme comme source d’énergie.
 D’autres sont des composants de la paroi tels que les peptidoglycanes.
 Enfin un troisième groupe de polysaccharides est excrété à l’extérieur de la
cellule (ex : dextranes, levanes, xanthanes, …etc.).
Divers microorganismes synthétisent des polyosides d’importance industrielle :
 Les dextranes sont produits par des bactéries : Acetobacter, Streptococcus,
Leuconostoc. Ils sont utilisés dans la fabrication de résines, comme additifs
alimentaires et agissent comme texturants en augmentant la viscosité et comme
stabilisateurs.
 Les levanes sont produits également par des bactéries : Bacillus. Ils sont utilisés
dans la fabrication de polymères.
 Les gommes « xanthanes » sont produites par les Xanthomonas. Elles sont
utilisées comme agents émulsifiants dans l’industrie chimique ainsi que comme
additifs dans de nombreux produits alimentaires.

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 Les alginates sont habituellement produits par des algues mais ils peuvent
également être obtenus à partir de bactéries. Ils sont utilisés comme gélifiants dans
l’industrie alimentaire et l’industrie pharmaceutique mais aussi dans l’industrie
textile et du papier.
Production des hormones :
 De nombreuses hormones sont synthétisées au moyen du métabolisme des
microorganismes.
 Les hormones sont des molécules organiques pouvant influencer la physiologie
et le développement des plantes et des animaux.
 L’insuline humaine : avant de produire l’insuline par les microorganismes, on
utilisait celle, extraite des animaux (porcs, bœufs). Du point de vue structural, ce
n’est pas précisément la même que l’insuline humaine, et elle n’est pas aussi
efficace. Avec le développement du génie génétique, on s’est donc tourné vers les
microorganismes. La production à grande échelle de l’insuline est réalisée
commercialement avec la bactérie E. coli génétiquement modifiée et la levure
Saccharomyces cerevisiae.
La production des toxines :
 Certaines bactéries et moisissures excrètent des toxines.
 La production industrielle de ces toxines présente un grand intérêt car cela
permet la fabrication d’antigènes, de vaccins et antiviraux qui sont utilisés en
médecine.
 On peut diviser les toxines selon l’origine de leur production : les toxines
produites par des bactéries sont appelées bactériocines, celles par les champignons
microscopiques sont dénommées mycotoxines.
Les toxines bactériennes : on distingue deux types :
 Les endotoxines : elles se trouvent chez les bactéries Gram négatif, de nature
glucidolipidoprotéique et thermostables. Elles sont libérées suite à la lyse des

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bactéries. Les principales endotoxines sont l’entérotoxine cholérique (Vibrio
cholereae) et l’endotoxine typhoïdienne (Samonella).
 Les exotoxines : produites par les bactéries à Gram positif, de nature protéique,
elles sont thermosensibles : facilement dénaturées par la chaleur et perdent ainsi
leur activité toxique. Elles sont très immunogènes : leur présence dans
l’organisme provoque la synthèse d’anticorps anti-toxiques, capables de bloquer
leur activité toxique. Ces deux propriétés sont exploitées en vaccination : il est
possible de produire des toxines inactives (anabolismes) par traitement thermique
(40°C pendant 2 semaines) ou chimique (formol). Les anatoxines ne présentent
plus de pouvoir toxique, mais elles restent immunogènes et sont donc capable
d’induire une réponse immunitaire protectrice (production d’anticorps). Les
principales toxines sont la toxine diphtérique (Corynebactrium diphteriae), les
entérotoxines staphylococciques (Staphylococcus aureus), la toxine tétanique
(Clostridium tetani), les toxines botuliniques (Clostridium botulinum). Elles sont
utilisées comme source d’antigènes mais surtout comme source d’anatoxine
(vaccins).
Les toxines fungiques :
 Diversmoisissures excrètent aussi des substances toxiques comme les
alcaloïdes. Ces substances sont produites par Claviceps pururea. Les alcaloïdes
sont dotés de propriétés pharmacologiques et ont un intérêt médical.
 Les aflatoxines sont produites par le champignon Aspergillus flavus. L’intérêt
de la production de ces mycotoxines est faible.
Production de lipides :
 Les lipides sont d’importants constituants de la membrane cytoplasmique et de
la paroi. Ils servent aussi comme réserves énergétiques.
 Les lipides sont synthétisés à partir de glycérol et d’acides gras.
 Le glycérol est un produit intermédiaire du métabolisme des glucides et les
acides gras sont synthétisés à partir d’acétyl-CoA.

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 La production de lipides s’effectue toujours par la production de biomasse puis
extraction et purification. Cette méthode est rendue possible par la simplicité des
techniques d’extraction des lipides.
 Les lipides peuvent être extraits d’algues, de levures (Rhodotorula lipomyces,
Candida, …) de moisissures (Fusarium, Penicillium,…).
Production d’acides aminés :
 Les acides aminés synthétisés dans la cellule sont utilisés pour la plus grande
partie d’entre eux pour la synthèse des protéines. Il existe de nombreux systèmes
de régulations dans la cellule. Dans les phénomènes de rétroinhibition le produit
obtenu en excès inhibe le fonctionnement des enzymes intervenant au début de la
chaine.
 Par mutation et sélection, des microorganismes ont été développés pour produire
des quantités importantes de la plupart des acides aminés.
 La synthèse des acides aminés s’effectue à partir de produits intermédiaires du
métabolisme des glucides : érythrose-P, triose-P, pyruvate, acétyl-CoA,
oxaloacétate, -cétoglutarate.
 Les acides aminés les plus intéressants du point de vue industriel sont les acides
indispensables. Plusieurs acides aminés, comme la glycine et l’alanine, sont
ajoutés à certains produits alimentaires pour améliorer leur saveur.
 L’acide glutamique est produit à grande échelle par deux bactéries
(Corynebacterium glutamicum et Brevibacterium flavum) et sert, sous forme de
sel (glutamate monosodique) de renforçateur de goût.
 L’aspartame, un édulcorant, est synthétisé à partir de deux acides aminés,
l’asparagine et la phénylalanine. Il remplace avantageusement la saccharine, ou
goût amer, produite par synthèse chimique. Certains acides aminés essentiels,
comme la lysine et la méthionine, peuvent être ajoutés aux produits végétaux qui
en contiennent peu naturellement, pour augmenter la valeur nutritive.

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Bien que des procédés de synthèse chimique existent, la production d’acides
aminés par voie microbienne prend de plus en plus d’importance. Elle est
avantageuse à plusieurs titres, mais principalement parce que les acides aminés
produits ainsi le sont sous forme directement métabolisable par notre organisme,
ce qui n’est pas le cas pour les acides aminés de synthèse chimique, non
assimilable.
La production de nucléotides :
 Les nucléotides, composant de base des acides nucléiques sont synthétisés :
 A partir de l’inosine monophosphate qui provient du ribose phosphate pour les
nucléotides puriques.
 A partir de l’aspartate et du carbonyl-phosphate par un intermédiaire commun,
l’acide uridylique pour les nucléotides pyrimidiques
 Comme pour les acides aminés leur production est obtenue par perturbation des
systèmes de régulation.
Bioconversions :
 Les bioconversions ou biotransformations sont des réactions biochimiques
réalisées par des cellules (libres ou immobilisées) ou catalysées par leur enzyme
(libres ou immobilisées).
 L’immobilisation des cellules ou des enzymes permet leur réutilisation, le
microorganisme joue le rôle d’un complexe enzymatique.
 Elles permettent la transformation chimique d’un substrat donné en un produit
spécifique.
 Il existe divers types de bioconversions pratiquées à l’échelle industrielle. Parmi
les principales bioconversions faisant intervenir les cellules :
- Conversion du D-sorbitol en L-sorbose par Acetobacter suboxydans (base de la
synthèse de l’acide ascorbique).
- Isomérisation du glucose par Streptomyces (glucose isomérase) (pouvoir sucrant
plus élevé que celui du glucose).

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- Décomposition du raffinose en galactose et saccharose par Mortierella viviacea.
- Conversion de l’arginine en citruline par Pseudomonas putida.
- Conversion de l’acide fumarique en acide malique. Un grand nombre
d’antibiotiques peuvent être modifiés par des microorganismes. Ces
transformations ont un grand intérêt car elles permettent d’essayer d’apporter une
solution au développement de la résistance à de nombreux antibiotiques anciens.

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