CHAPITRE III

NUTRITION BACTERIENNES

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I- NUTRITION
Une bactérie comme tout organisme a besoin d’un métabolisme nécessaire
pour son multiplication et sa croissance, c’est l'état végétatif.
Dans certaines cas, la bactérie diminué son métabolisme et ne se divise plus,
c'est l'état de repos.
Dans les deux états, la bactérie a des nécessités nutritives (pour se diviser ou
juste se retenir en vie), selon le mode de ces nécessités, on définit des
bactéries :
- Prototrophes : qui ont des besoins élémentaires (Eau, source d'énergie,
source de carbone et d'azote, macro et micronutriments)
- Auxotrophes : nécessitent en plus des besoins élémentaires, des facteurs de
croissances.
Les facteurs environnementaux sont également très importants pour la
croissance :
- pH,
- température,
- pression osmotique,
- présence ou non d'oxygène.
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I .1- Besoins élémentaires
- L'eau : présente 70% du poids cellulaire total chez Escherichia coli.
Elle solubilise les nutriments, et joue un grand rôle dans leur transfert et ceci
dans les deux sens.
C'est le solvant biologique de la vie, ou se passent toutes les réactions
métaboliques (anabolisme et catabolisme).
- activité de l'eau (activity of water) : aw, évalue la disponibilité de l'eau libre,
non associée aux nutriments. Elle varie entre 0 et 1.
Certains germes se développent pour une valeur de l'Aw ˃ à 0,97.
D’autre bactéries halophiles qui sollicitent la présence de sel (NaCl, 1 à 15%)
leur aw est de l'ordre de 0,75.
Les endospores peuvent survivre dans un environnement dépourvu d'eau libre.
Le degré d'humidité des aliments a un effet sur leur conservation et leur séchage.
C'est un procédé de conservation fondé en partie sur la réduction de l'aw.

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Activité de l'eau Produits Exemples d'organismes
1,000 Eau pure Caulobacter, Spirillum
0,995 Sang humain Streptococcus,
Escherichia
0,980 Eau de mer Pseudomonas, Vibrio
0,950 Pain
La pluspart des bacilles Gram positif
0,900 Coques Gram positif tels que
Sirop d'érable jambon Staphylococcus
0,850 Salami Saccharomyces rouxii (levure)

Gâteau aux fruits, Saccharomyces bailii. Pénicillium

0,800 confiture (champignon)
0,750 Lacs salés, poisson salé Halobacterium,
Halococcus
0,700 Céréales, sucre, fruits
secs Xeromyces bisporus et autres
champignons xérophiles
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I .1-1- Source d'énergie
Selon le type d'énergie utilisée, on distingue 2 types de bactéries :
Les chimiotrophes et les phototrophes :
- Les bactéries chimiotrophes puisent leurs énergies des réactions chimiques
d'oxydoréduction.
- si les composés (donneurs d'électrons) sont inorganiques (H2S, H2, Fe2 + ou

NH3 ...), les bactéries sont dites chimiolithotrophes.

- si le donneur d'électron est organique, elles sont dites chimioorganotrophes
- on parle de paratrophes, pour distinguer les bactéries intracellulaires
comme les rickettsies, les chlamydies, qui tirent leur énergie de leur
parasitisme obligatoire.
- Les bactéries phototrophes puisent leur énergie de la lumière.
- si la source d'électrons est minérale, les bactéries sont dites
photolithotrophes,
- si la source d'électrons est organique, les bactéries sont dites
photoorganotrophes.
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I .1-2- Source de carbone
Le carbone est l'élément constitutif le plus abondant chez les bactéries.
- Si la source de carbone est le dioxyde de carbone (CO2)
les bactéries sont dites autotrophes (bactéries phototrophes et la plupart des
chimiolithotrophes).
- Si la source de carbone assimilable est un substrat organique,
ces bactéries sont qualifiées d'hétérotrophes qui peuvent dégrader de
nombreuses substances hydrocarbonées (alcools, acides organiques, sucres ou
polyholosides).
La liste des substrats carbonés utilisables par une souche bactérienne comme
unique source de carbone et d'énergie constitue l'auxanogramme de la souche.
Les photoautotrophes sont photosynthétiques (cyanobactéries, bactéries vertes,
bactéries pourpres non sulfureuses).

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La photosynthèse bactérienne est différente de celle des végétaux supérieurs :
- ne conduit jamais à la libération d'oxygène libre.
- les pigments et les donneurs d'électrons sont également différents
Les photohétérotrophes sont photosynthétiques et puisent le carbone de
composés organiques.
Les chimioautotrophes, n'ont besoin ni de matière organique, ni de lumière du
soleil, Ils puisent leur énergie de substance inorganique et transforme le CO2
en matière organique :
- bactéries des sources chaudes hydrothermales profondes : fumeurs
noirs. elles nourrissent tout un écosystème
- bactéries méthanogènes (Archeae) qui synthétisent le méthane (CH4)
à partir de CO2
Les chimiohétérotrophes puisent leur énergie des réactions chimiques et leur
carbone des substances organiques (plus part des bactéries d'intérêt médical :
pathogènes).

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 Lumière Oxydation
Électrons Énergie PHOTOTROPHE CHIMIOTROPHE

Minérale Photo litho trophe Chimio litho trophe

LITHOTROPHE Ex : cyanobactéries Ex : bactéries de la
bactéries pourpres nitrification
Nitrobacter

Organique
ORGANOTROPHE Photo organo trophe Chimio organo trophe
Non nécessaire prototrophes
Facteurs de croissance
nécessaires auxotrophe

Figure : Les différents types nutritionnels ou trophiques

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I .1-3- Source d'azote
Pour synthétiser leurs protéines, qui repré­sentent environ 10% de leur poids
sec, les microorganismes ont besoin de substances azotées.
Quelques bactéries seulement sont capables de fixer l’azote sous sa forme
la plus simple, c’est-à-dire l’azote moléculaire tel que le cas .
- Rhizobium : vivent en sym­biose avec certaines légumineuses, en leur
per­mettant de fixer l’azote atmosphérique.
- lichens sont le résultat d’une symbiose algue-champignon, et parmi eux
quand l’algue est une cyanobactérie elle est fixatrice d’azote (genres
Nostoc).
- Azotobacter et certains Clostridium : contribuent à fertiliser le sol.

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D’autres composés inorganiques peuvent être utilisés :
- Nitrites par les Nitrobacter,
- Nitrates par de nombreux groupes ( qui sera réduits en nitrites puis en
ammonium).
- Ammoniac par certaines espèces, sous forme de sels d’ammonium
(qui sera assimilé via l’acide glutamique).
La source d’azote peut enfin être orga­nique : avec groupements amines
des com­posés organiques R-NH2 :
- Ammo­niac qui est incorporé après désamination,
- Radical NH, par transamination.

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Cycle biogéochimique de l’azote.
- Réactions d’oxydation sont représentées par des flèches jaunes,
- Réactions de réduction sont en rouge.
- Réactions dans lesquelles il n’y a pas de changement redox sont indiquées en blanc. 11
 12
les procaryotes fixateurs d’azote
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Le cycle d'azote comporte 6 étapes qui s'applique à tous les milieux qui sont :
Fixation, Assimilation, Excrétion, Ammonification, Nitrification et
Dénitrification
Et on trouvera différentes formes d'azote incluant :
(HNO3) l'acide nitrique,
(HNO2) l'acide nitreux,
(NO3-) l'ion nitrate,
(NO2-) l'ion nitrite,
(NH4+) l'ion ammonium,
(NH3) l'ammoniac,
(NH4OH) l'ammoniaque,
(N2) le diazote ou azote gazeux.
L'azote existe donc sous forme gazeuse, organique et minérale

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1. Fixation
L'azote gazeux est transformé en composés minéraux par :
- cyanophycées (Anaebaena, Nestoc, Phormidium) ou
- Azotobacter, Clostridium, Desulfovibrio.
Ce phénomène ne touche que les organismes primitifs.

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2. Assimilation :
Consiste à transformer :
- composés minéraux en matière organique (par les autotrophes, c'est à dire
les végétaux) ou
- matière organique en autre matière organique (par les hétérotrophes, c'est à
dire les animaux).
Ce processus constitue ce que l'on nomme synthèse des protéines.
Ainsi, un végétarien transformera les protéines végétales en protéines
animales, dont les carnivores se nourriront pour fabriquer d'autres protéines.
Seuls les végétaux (dont font partie les bactéries) sont capables de synthétiser
des protéines à partir d'éléments minéraux, c'est la raison pour laquelle on
peut cultiver des plantes grâce à une solution nutritive ne comportant que des
sels minéraux, chose qu'il serait difficile d'entreprendre avec un animal.

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3- Excrétion :
Il s'agit de l'émission de :
- matières organiques non assimilées (non digestibles)
- molécules plus petites, résultant de la dégradation plus ou moins complète
de la matière organique, telles que l'ammoniac (amphibiens de
forme larvaire, bactéries, invertébrés et vertébrés aquatiques),
- urée (amphibiens adultes et vertébrés terrestres)
- acide urique (reptiles terrestres et oiseaux).

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4- Ammonification :
Molécules issues du métabolisme et présentes dans le milieu après excrétion,
sont décomposées en ammoniac par des bactéries comme :
- Achromobacter, 
- Bacillus,
- Clostridium,
- Corynebactérium,
- Flavobacterium,
- Nitrococcus,
- Proteus, 
- Pseudomonas,
- Sarratia).

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5 - Nitrification :
Succession de deux processus :
- nitritation, qui conduit les ions ammonium à s'oxyder en nitrites par des
bactéries (Nitrosomonas, Nitrosococcus, Nitrospira) et
- nitratation, qui transforme les nitrites en nitrates par des bactéries
également (Nitrobacter).

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6 – Dénitrification :
Processus inverse du précédent, conduisant à la réduction des nitrates en
nitrites puis éventuellement en diazote ou ammoniac et effectué grâce à des
bactéries dénitrifiantes :  
- Azotobacter,
- Arthrobacter,
- Bacillus,
- Pseudomonas,
- Thiobacillus).

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L'analyse élémentaire de la matière sèche des êtres vivants montre que les
éléments chimiques les plus abondants sont :
- Carbone,
- Hydrogène,
- Oxygène et
- Azote (environ 90 % de la masse).
Le carbone constitue le squelette des corps organiques,
La présence d'azote permet de différencier les protides des glucides et lipides.

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Parmi les constituants minéraux de la bacté­rie, on trouve le soufre et
le phosphore :
- Soufre : présent dans certains acides aminés et donc dans les protéines sous
forme de groupements thiols (-SH), incorporé sous forme de sulfate ou de
composés soufrés orga­niques, rarement sous forme de soufre réduit.
- Phosphore : fait partie des acides nucléiques, de nombreuses coenzymes,
Il est incorporé dans la cellule sous forme de phos­phate inorganique.

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I .1-5- Autres éléments minéraux
Macronutriments
Certains de ces éléments jouent un rôle dans l’équilibre physicochimique de
la cellule (bactéries) comme :
- Calcium joue un rôle important dans la résistance à la chaleur des
endospores (Bacillus, Clostridium), et stabilise également la paroi des
bactéries.
- Phosphore se trouve dans l’environnement sous forme de phosphate
organique et inorganique, et la cellule en a besoin pour la synthèse des
acides nucléiques et des phospholipides. sans oublier l’ATP.
- Potassium joue un rôle comme cofacteur enzymatique,
- Magnésium qui, en plus a une fonction de stabilisateur de structures
cellulaires, stabilise :
- Ribosomes,
- Membranes cellulaires et
- Acides nucléiques, et
- Sert également de cofacteur à de nombreuses enzymes
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- Soufre est nécessaire parce qu’il :
- entre dans la composition de deux acides aminés, la cystéine et la
méthionine,
- entre dans la composition d’un certain nombre de vitamines, telles que
la thiamine, la biotine et
l’acide lipoïque, et du coenzyme A.
- utilisé par les organismes sous des formes diverses et subit, dans
l’environnement, un certain nombre de transformations chimiques,
la plupart effectuées exclusivement par des micro-organismes
le soufre cellulaire provient essentiellement de sources inorganiques, sous
forme de :
- sulfate (SO42–),
- ion hydrosulfure (HS–)
- sulfure métallique (FeS, CuS, ZnS).

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- Sodium est important pour la croissance des bactéries halophiles
(aime le sel).
- Fer intervient dans la chaine respiratoire (bactéries aérobies), élément des
cytochromes au niveau de la membrane plasmique.
Les bactéries possèdent des sidérophores qui capturent le fer insoluble et le
transportent à l'intérieur des cellules bactériennes

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Micronutriments (oligoéléments)
Ils sont indispensables à la cellule en très faibles quantités, on peut citer :
- Bore (B)
- chrome (Cr)
- cobalt (Co)
- cuivre (Cu)
- Fer (Fe)
- Manganèse (Mn)
- Molybdène (Mo)
- Nikel (N)
- Sélénium (Se)
- Vanadium (V)
- Zinc (Zn)
Sont très importants pour le fonctionnement des enzymes.
Ils ne sont pas tous nécessaire par une même espèce.

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I .2.Besoins spécifiques : facteurs de croissance
En complément de ces éléments de base, certaines bactéries exigent pour leur
dévelop­pement la présence de substances organiques.
Elles sont incapables de synthétiser et qu’on appelle facteurs de croissance.
On reconnaît 2 catégories de bactéries en fonction des besoins en facteurs de
croissance, les auxotrophes et les prototrophes.
- Auxotrophes : incapable de synthétiser un ou plusieurs facteurs de
croissance soit ils sont fournis par l'environnement ou rajouter dans le
milieu de culture.
- Prototrophes : capable de synthétiser le facteur nutritionnel indispensable à
la croissance
Parmi les facteurs de croissance, nous distinguons :
- Acides aminés,
- Bases puriques et pyrimidiques
- Vitamines.
Les facteurs de croissance agissent à de faibles concentrations (surtout les
vitamines) et sont spécifiques.

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I .3- Facteurs physicochimiques
Les paramètres environnementaux, comme :
- Température,
- pH,
- Salinité,
- Osmolarité
- Oxygène
influencent et contrôlent le développement bactérien.
Toute bactérie connait des valeurs idéales pour chaque paramètre et par
conséquent, suivant les valeurs idéales, on définit différentes genres de
bactéries.

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I .3-1- Température
Elle a une influence sur le métabolisme et la multiplication microbienne.
Et pour chaque microorganisme existe une température minimale, optimale et
maximale de croissance
Selon la température optimale de croissance, on distingue 3 catégories de
microorganismes :
 - Psychrophiles (psychro = froid) : la température optimale de croissance
est située aux environs de 10°C, mais qui peuvent se développer à 0°C
- Cryophiles : Température optimale de croissance (- 5°C), elles sont
généralement isolées des matières fécales d'animaux polaires.
- Mésophiles (méso = médian), préférant une température comprise entre
20 et 40°C (optimum : 30 et 37°C).
- Thermophiles : la température optimale se situe entre 45 et 65°C.
- Hyperthermophiles : température optimale de croissance entre 70 et 110°C.

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Il peut exister des chevauchements d'un groupe à l'autre.
Par exemple certaines bactéries mésophiles peuvent être thermophiles
facultatives et inversement.
Ces fluctuations ont amené à reconnaître d'autres groupes plus tolérants dans
leur optimum thermique de croissance.
C'est ainsi qu'on a décrit :
- Psychrotrophes : se cultivent abondamment aux températures de
réfrigération, mais se multiplient plus rapidement à 10 ou 20 ou même 30°C.
- Thermotrophes : se développent à 50°C, mais plus nettement au environ de

30°C.

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I .3-2- pH
La totalité des bactéries se développent en faveur à des pH proche de la
neutralité (6,5 à 7,5), cependant elles sont aptes à croître dans une vaste
gamme de pH.
On distingue :
Acidophiles préfèrent un pH acide, c'est le cas
Lactobacilles dont le pH optimal est de 6.
Thermoplasma acidophilum a un pH optimal entre 0,8 et 3.
Alcalophiles préfèrent des pH alcalins. Ainsi,
le pH optimal est de 9 pour la multiplication de Vibrio cholerae.
Alkaliphilus transvaalensis est capable de croître à un pH de 12,5.
En culture, le métabolisme bactérien engendre des acides qui inhiberaient
la multiplication bactérienne.
Pour éviter cela, on rajoute des solutions tampons qui maintiennent un
pH optimal.

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I .3-3- Exigences vis à vis de l'oxygène
C’est surtout vis-à-vis de l’oxygène que les exigences gazeuses des micro-
organismes sont précises : certains sont :
- Aérobies stricts, exi­geant l’oxygène libre pour leur développe­ment;
d’autres,
- Anaérobies-stricts, ne peuvent se multiplier qu’en l’absence d’oxy­gène
libre (ne possédant ni le catalase, ni le superoxyde dismutase ils sont
incapables d’éliminer les deux produits d’oxydation que sont l'eau
oxygénée et l’ion super-oxyde qui sont toxiques pour la cellule); d’autres
encore sont
- Aéro-anaérobies ou anaérobies facultatifs, capables de croître avec ou sans
oxygène libre; d’autres enfin,
- Microaérophiles, ne se reproduisent qu’en présence d’une faible quantité
d’oxygène.
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I .3- 4 Pression
Pression mécanique
La résistance des micro-organismes à la pression peut être spectaculaire.
Les espèces barophiles supportent des fortes pressions
(jusqu’à plus de 1000 bar pour certaines comme Streptococcus faecalis).
 

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Pression osmotique
La plupart des bactéries sont pratiquement insensibles aux variations de
pression osmo­tique.
Elles sont protégées par leur paroi rigide. Cette paroi, lorsqu’elle est détruite
par exemple par le lysozyme, libère les fragiles protoplastes : la pression
intérieure de ces cel­lules est élevée; elle doit être équilibrée par une pression
extérieure égale, comme celle que peut fournir une solution de saccharose à
20%; sinon les protoplastes éclatent.
Selon leur sensibilité à la pression osmotique, on distingue trois catégories de
bactéries.
- Non-halophiles : NaCl est inférieure à 0,2 M.
- Halophiles :
NaCl supérieure à 0,2 M pour les moins halophiles (Cobetia marina)
à 5,2 M pour les plus halophiles Halobacterium salinarum.
- Halotolérantes : NaCl entre 7.5 à 15% comme les Staphylococcus,
Listeria ou les Lactobacillus. 36
I .3-5- Pression hydrostatique
Les microorganismes abyssaux doivent aussi être capables de résister à la
pression hydrostatique associée aux grandes profondeurs.
La pression augmente de 1 atm pour environ 10 m. Ainsi,
- Barotolérants : organisme vivant à 5000 m doit aussi supporter une
pression de 500 atm.
- Barophiles : se développent mieux lorsque la pression est élevée, dans les
eaux les plus profondes (10 000 m), on peut trouver :
- Barophiles extrêmes (obligatoires) : organismes requièrent effectivement
de fortes pressions pour leur croissance.
Exemple : Moritella c’est une bactérie isolée de la Fosse des Mariannes
(océan Pacifique, profondeur > 10 000 m) se développe plus vite à une
pression de 700-800 atm,

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Figure : Taux de croissance des bactéries barotolérants, barophiles et barophiles
extrêmes en fonction de la pression
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