‫جـامعـة محمـد األول‬

‫ وجـدة‬- ‫كليـة العـلـوم‬

Université Mohammed Premier
Faculté des Sciences - Oujda

Filière SVI
Semestre S6
Module : Microbiologie II

Plan et illustrations du cours de Microbiologie

Professeur Abdeslam ASEHRAOU

Année universitaire : 2021-2022

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Prof. ASEHRAOU A. Cours de Microbiologie (SVI-S6) : 2021-2022 1
 Avant-propos

Ce cours est destiné aux étudiants de la License sciences de la vie (semestre S6). Il regroupe les grands
traits de la microbiologie en relation avec les domaines alimentaire, médical, environnemental et de
biotechnologie microbienne. Il est subdivisé en 5 chapitres. Le chapitre I est consacré à la physiologie
microbienne, il regroupe les types physiologiques microbiens et leurs applications. Le chapitre II est
consacré à la biotechnologie microbienne, en particulier les différents types de cultures microbiennes
utilisées en biotechnologie. Une partie sur les antibiotiques et la mesure de leur activité antimicrobienne est
indiquée dans les TD 3 et 4. Ce cours sera assuré sous forme de cours magistral, de travaux dirigés et de
travaux pratiques, qui sont en relation directe avec les domaines précités.

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 CHAPITRE I :
NUTRITION MICROBIENNE

I. Généralités
I.1. Besoins des microorganismes

• Besoins élémentaires :
o Source d’énergie : chimique ou lumière
o Source de carbone : organique (sucres), minérale (CO2)
o Source d’azote : organique (protéines), minérale (NH4+, NO3…)
o Sels minéraux : NaCl, MgSO4, CaCl2, ….
o Oligo-éléments : Fe, P, Cu, Mn, Zn, Co ...
o Eau
• Besoins spécifiques : Facteurs de croissance (bases azotées, acides aminés…).

I.2. Source d’énergie

I.2.1. Phototrophes

Elles produisent leur énergie par photosynthèse (lumière).

- Chez les végétaux la photosynthèse est caractérisée par :
• Chlorophylle dans le chloroplaste
• Production d’oxygène (photosynthèse oxygénique)
• Donneur d’électron est l’H2O

- Chez les bactéries la photosynthèse est caractérisée par :

• Bactériochlorophylle, qui existe dans la membrane cytoplasmique

• Pas de production d’oxygène
• Donneur d’électrons : minéral (H2, S2, CO2…) ou organique :
o Minéral : ==> photo-lithotrophes
+ bactéries pourpres sulfureuses : Thiorhodaceae
+ bactéries vertes sulfureuses Chlorobacteriaceae
o Oragnique ==> photo-organotrophes
+ bactéries pourpres non sulfureuses : Athiorhodaceae (ex : Rhodopseudomonas palustris)

Exemple : Rhodopseudomonas palustris (Rps. palustris) :

- Biotope : eau, sol

- Bactérie à Gram négatif, pHopt : 6.5, T°Copt : 30°C
- Bactérie pourpre non sulfureuse
- Ne produit pas d’oxygène
- Métabolisme polyvalent : utilise les composés organiques et minéraux pour obtenir l’énergie
- Elle est capable de dégrader les composés organiques en anaérobiose et en aérobiose,
- Produit de l’hydrogène (biocarburant)
- Fixe le dioxyde de carbone (CO2)
- Elle dégrade certains composés aromatiques (déchets industriels) difficilement dégradables.
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 A B
Figure : (A) photos de Rps. palustris en anaérobiose et en anérobiose ; (B) : invaginations de la
membrane cytoplasmique de Rps. palustris en anaérobiose (LaSarre et al., 2018.
https://doi.org/10.1128/mBio.00780-18)

Figure : physiologie de Rps. palustris (Larimer et al., 2004)

Figure : production de H2 chez Rps. palustris par oxydation du thiosulfate dans les conditions de
croissance et de non-croissance. En conditions de non-croissance (flèches vertes), la bactérie produit le
H2 en utilisant la nitrogénase, sans produire les précurseurs nécessaires pour la croissance (flèches
jaunes) ; Fix : gènes qui codent pour les protéines de transfert d’électrons du NADH vers la nitrogénase, qui fixe
le N2. (Huang et al., 2010. doi:10.1128/AEM.01143-10).
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Figure : spectres de la culture de Rps. palustris en aérobiose et anaérobiose (LaSarre et al., 2018.
https://doi.org/10.1128/mBio.00780-18)

A B

Figure: (A) schéma du protocole expérimental d’amélioration de la production de H2 et CO2 par Rps.
palustris à partir des acides organiques moyennant l’illumination par les rayons du proche infrarouge; (B)
culture en bioréacteur (Craven et al., 2019. DOI: 10.1039/c9ra08747h)

I.2.2. Chimiotrophes

- La production d’énergie se fait par des réactions d’oxydo-réduction (origine chimique).

- Ce système existe chez la plupart des bactéries.

Oxydation :

AH A + H+ + e- + énergie

Réduction :

B + H+ + e- BH + énergie
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Le métabolisme énergétique de la cellule bactérienne :

AH + B BH + A + énergie

I.2.3. Paratrophes

Ce sont des bactéries parasites intracellulaires obligatoires. Elles utilisent le métabolisme de la cellule hôte
pour obtenir leur énergie.

Exemple : Chlamydia trachomatis :

- Bactérie Gram négative, parasite intracellulaire obligatoire
- Agent causal de Maladies : Trachome, infections urogénitales (maladie sexuellement transmissible)

I.3. Donneur d’électrons (DH):

- composé minéral : lithotrophes

- composé organique : organotrophes

I.4. Accepteur d’électrons (AH):

Il peut être :
- Oxygène (O2) : respiration aérobie :
o oxydation complète du DH jusqu’au stade CO2 et H2O.
o oxydation incomplète du DH et aboutit à la formation de composés incomplètement oxydés.
Exemple : production d’acide acétique par Acetobacter à partir de l’éthanol.

Respiration aérobie: la réoxydation des coenzymes réduits est assurée par le transfert des électrons par la
« chaine respiratoire » vers l’oxygène (O2) qui est l’accepteur final d’électrons.

- Composé minéral autre que l’oxygène: respiration anaérobie (oxygène combiné).

Respiration anaérobie : la réoxydation des coenzymes réduits est assurée par le transfert des électrons par
la « chaine respiratoire » vers un autre composé accepteur final d’électrons (NO2, SO42-, Fe2+, CO2, CO32-
….) autre que l’oxygène (O2).

- Composé organique : fermentation

I.5. Source de carbone :

- Minérale : autotrophes
- Organique : hétérotrophes

I.6. Source d’Azote

L’azote est essentiel pour la synthèse des bases azotées et des protéines.
La source d’azote peut être :
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- azote moléculaire (N2 de l’air) :
+ bactéries vivant en symbiose avec des légumineuses (Rhizobium)
+ bactéries jouant un rôle dans la fertilisation des sol (Azotobacter)
- Azote minéral : ammoniac, sels d'ammonium, nitrites, nitrates)
- Azote organique : groupements amines des composés organiques

I.7. Minéraux

- Soufre :
- Le soufre est présent dans les acides aminés soufrés (méthionine, cystéine)
- Il est ajouté dans les milieux sous forme de sulfate ou de composés organiques soufrés.

- Phosphore :
- Le phosphore fait partie des acides nucléiques (ADN, ARN), de l’ATP et de nombreuses
coenzymes.
- Il est incorporé sous forme de phosphate inorganique (-PO4).

- Autres éléments minéraux : Fe, Mg, Cu, Zn, Mn, Co…

Tableau : certains éléments chimiques et exemples de leurs utilisations

Eléments Exemples d'utilisation

Chimiques

Carbone • Constituant de toute molécule organique

• Synthèse des glucides pour les autotrophes
• Métabolisme énergétique (respiration ou fermentation) pour les hétérotrophes
Hydrogène • Constituant de toute molécule organique
• Agent de diverses réactions de réduction
Oxygène • Produit terminal des réactions photosynthétiques pour les autotrophes
• Accepteur d'électrons des réactions du métabolisme énergétique chez les hétérotrophes
aérobies
Phosphore • Synthèse des acides nucléiques
• Coenzyme des transporteurs d'hydrogène
• Composés énergétiques de transfert (ATP)
Azote • Synthèse des acides nucléiques
• Synthèse des protéines
• Oxydé sous forme de nitrates au cours de la nitrification avant d'être assimilable
Soufre • Source d'énergie SH2 pour quelques chimiotrophes
• Accepteur d'électrons dans les chaînes respiratoires anaérobies
• Biosynthèse des acides aminés soufrés
Magnésium
• Métabolisme de l'ATP
Fer
• Transporteur d'électrons dans les cytochromes de la chaîne respiratoire aérobie
Calcium
• Associé à l'acide dipicolinique, constituant majeur de l'enveloppe des endospores
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I.8. Besoins spécifiques :

o Les Prototrophes : ils n’ont aucun besoin nutritif spécifique

o Les Auxotrophes : ils sont incapables de synthétiser certains nutriments indispensables pour
leur croissance, appelés facteurs de croissance (bases azotées, vitamines, acides gras…)

Exemples de facteurs de croissance :

- Thiamine pour S. aureus,
- Uracile pour L. casei,
- Biotine pour Rhizobium

Un facteur de croissance est un nutriment indispensable à la croissance de la bactérie, et qu’elle ne peut

pas synthétiser. Elle est donc auxotrophe pour ce facteur.
On doit donc l’ajouter dans le milieu de culture pour permettre sa croissance. Ce facteur de croissance
peut

La syntrophie est le développement d'un microorganisme auxotrophe, pour un nutriment (facteur de

croissance), au contact d'un autre microorganisme qui est capable de lui synthétiser son facteur de
croissance.

II. Types physiologiques

Donneur Accepteur d’électrons (AH)

d’électrons (DH) Oxygène Inorganique (autre Organique
que l’oxygène)
Molécule Respiration Respiration Fermentation
inorganique anaérobie
(Lithotrophes)
Groupe 1 : Groupe 2 : -
Lithotrophes Lithotrophes
aérobies anaérobies
Molécule organique Groupe 3 : Groupe 4 : Groupe 5 :
(Organotrophes) organotrophes organotrophes organismes
aérobies anaérobies fermentants

II.1. Groupe 1 : Lithotrophes aérobies

DH : minéral
AH : oxygène (aérobies strictes)

II.1.1. Bactéries Nitrifiantes

Nitrosomonas Nitrobacter
NH3 NO2 NO3

Ce sont des bactéries aérobies strictes

Elles se développent à la surface des terres et des eaux
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Elles participent à :
- Epuration biologique des eaux usées
- Fertilisation du sol

II.1.2. Bactéries sulfo-oxydantes

Thiobacillus
0
2S + 3O2 + 2H2O 2H2SO4

Ces bactéries :
- tolèrent les pH fortement acides,
- agents de la corrosion,
- interviennent dans la biolixiviation des métaux (exemple : cuivre, cobalt, uranium…).

II.2. Groupe 2 : Lithotrophes anaérobies

DH : minéral (sulfures, thiosulfates…)

AH : minéral contenant l’oxygène combiné (NO3, SO4, CO3, CO2)

II.2.1. Bactéries dénitrifiantes : respiration nitrate

a- Réduction des nitrates jusqu’à l’ammoniaque

NO3 NO2 NH3

Cette réaction existe chez : E. coli, Bacillus, Pseudomonas

b- Réduction des nitrates jusqu’à l’azote gaz

NO3 NO2 NO N2

Cette réaction existe chez : Thiobacillus denitrificans

II.2.2. Bactéries sulfatoréductrices : Réduction des sulfates

SO4 H2S (gaz)

- Cette réaction existe chez: Desulfovibrio desulfuricans

- Agent de la corrosion des métaux
- Habitat : sol, eaux douces, eaux salées.

II.2.3. Réducteurs des carbonates

Methanococcus
CO2 + 4H2 CH4 (gaz) + 2H2O
Methanobacterium

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 => Production du méthane (bactéries méthanogènes)

II.3. Groupe 3 : Organotrophes aérobies

DH : organique
AH : O2

Oxydation
Substrat CO2 + composé organique
organique

- la production du CO2 seul est la réaction générale et courante

- le composé organique produit existe chez certains microorganismes et il varie selon le type de
microorganisme.

Exemple : bactéries de l’acide acétique (DH : alcool)

1 2
éthanol acide acétique CO2 + H2O
(Vinaigre)

1 : Acetomonas ; Acetobacter aceti

2 : Acetobacter aceti

Il s’agit des bactéries de formation du vinaigre à partir de l’éthanol ou du vin.

Elles sont aérophiles. Elles forment un voile à la surface de la solution fermentée.

II.4. Groupe 4 : organotrophes anaérobies

DH : organique
AH : minéral contenant l’oxygène combiné (NO3, SO4, CO3 …)

Exemples : les bactéries capables d’oxyder les composés organiques

- Les bactéries sulfatoréductries : dégradent les acides aminés soufrés

- Les bactéries dénitrifiantes : dégradent les acides aminés et les protéines
- Les bactéries méthanogènes : produisent le méthane

II.5. Groupe 5 : Organismes fermentants

DH : organique
AH : organique

II.5.1. Fermentation alcoolique

glycolyse
glucose acide pyruvique CO2 + éthanol

Cette réaction existe chez la levure : Saccharomyces cerevisiae

Exemple : pain, bière, bioéthanol (biocarburant)
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II.5.2. Fermentation lactique

bactéries lactiques
glucose -------------------------> acide lactique + autres produits (CO2, éthanol, acide acétique)
(fermentation)

On distingue 2 types :
- fermentation homolactique
- fermentation hétérolactique

a- bactéries lactiques Homofermentaires :

glucose ---------------------> acide lactique + acide acétique

fermentation (majoritaire) (minoritaire)

Exemples :
- Lactobacillus bulagricus, Streptococcus thermophilus : yaourt
- Lacotoccus lactis : fromage
- Lactobacillus plantarum : ensilage, cornichons, olives…

b- bactéries lactiques Hétérofermentaires :

glucose ---------------> acide lactique + acide acétique + éthanol + CO2

(fermentation) (tous majoritaires)

Exemples: Lactobacillus brevis, Leuconostoc dextranicum : fruits et légumes en conservation

II.5.3. Fermentations acides mixtes et butanediolique

Fermentation acides mixtes

Glycolyse
Glucose pyruvate

Fermentation butanedioloique

Ces fermentations sont effectuées essentiellement par les Entérobactéries.

a- Fermentation acides mixtes (dite aussi : acétoine négatif)

glucose pyruvate Lactate + succinate + acétate + formiate + éthanol + CO2

Cette réaction existe chez : Escherichia, Salmonella, Shigella, Proteus

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 b-Fermentation acétoine positif

glucose pyruvate Butanediol + acétoine + Lactate + succinate + acétate + éthanol + CO2

Cette réaction existe chez : Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Aeromonas.

II.5.4. Fermentation propionique

Propionibacterium
Glucose propionate + acétate + CO2

C’est une bactérie bacille anaérobie non sporulée

Habitat : tube digestif des ruminants

II.5.5. Fermentation butyrique

Glucose acétate + butyrate + CO2 + H2

Cette réaction existe chez Clostridium butyricum, Cl. Perfringens

C’est un bacille sporulant, Gram positif, anaérobie strict.

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 CHAPITRE II :
LES CINETIQUES MICROBIENNES

I. Définition

La croissance est le développement ordonné de tous les composants d’un organisme

- chez les pluricellulaires elle aboutit à l’augmentation de la taille
- chez les microorganismes (bactéries et levures) elle aboutit à l’augmentation du nombre

En culture, les cellules microbiennes développent 2 activités liées entre elles:

- la croissance: production de biomasse

- l'activité biochimique: dégradation de substrats et production de métabolites

Ces deux aspects intéressent les spécialistes de la biotechnologie microbienne.

II. Mesure de la croissance microbienne

Elle se fait par :

- méthodes directes:
o détermination du nombre de cellules
o détermination de la masse cellulaire
- méthodes indirectes : mesure de l’activité biochimique

Les 3 grands groupes de microorganismes :

- bactéries : division binaire, taille : 1µm, poids : 10-12 g
- levures : division par bourgeonnement, taille : 40µm, poids : 10-11 g
- moisissures : élongation du mycélium

II.1. Méthodes directes

II.1.1. Comptage au microscope ordinaire

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Cette méthode est valable pour les microorganismes de grande taille et immobiles

- avantage : méthode rapide

- inconvénients :
o Ne distingue pas les cellules vivantes des cellules mortes.
o Convenable seulement pour les cellules immobiles
o fatigante

II.1.2. Dénombrement après culture (Voir TP)

- Dénombrement sur milieu solide (UFC)

- Dénombrement sur milieu liquide (NPP)

II.1.3. Mesure du poids sec

Centrifugation partie solide séchage (100-105°C)

ou Filtration (culot, filtre)

Culture microbienne
Volume (V) pesée de la partie solide
Masse (m)

Elle est plus utilisée pour les champignons (moisissures)

Avantage : méthode rapide

Inconvénients :
- pertes lors de la filtration, centrifugation et pesée : pas très fiable.
- Ne distingue pas les cellules vivantes des cellules mortes.

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II.1.4. Mesure du trouble : spectrophotométrie

Mesure de l’absorbance par le spectrophotomètre

La concentration est liée à l’absorbance par la loi de Beer Lambert : DO = ε.C.L

DO: absorbance à 600-650 nm

ε : constante
C : concentration des cellules
L : largeur de la cuve traversée par le faisceau lumineux

- Avantage : Méthode rapide

- Inconvénients :
o Ne différencie pas les cellules vivantes des cellules mortes.
o Absorption du milieu de culture (coloré) plus que les bactéries.
o les bactéries pigmentées absorbent plus.
o Non sensible à des concentrations inférieures à 106 cellules/ml.

II.2. Méthodes indirectes

Elles sont basées sur la mesure des paramètres liés à l’activité microbienne.

Source de C + source d’N + O2 → biomasse + CO2 + métabolites + Chaleur

On distingue les paramètres suivants :

- Consommation du substrat (C, N)
- Mesure de l’ATP produite par l’ATP-mètre par la mesure de la lumière émise selon la réaction
suivante :

Luciférase, Mg2+
ATP + luciférine + O2 AMP + PPi + oxyluciférine + Lumière

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 - Dosage des molécules produites. Exemple : dosage de l’acide lactique lors de la fermentation
lactique du lait.
- Modification d’un paramètre physico-chimique : T°C, pH, Potentiel Redox…
• Température :
• pH :
▪ acidification
▪ alcalinisation
• Potentiel Redox : consommation d’oxygène entraîne la diminution du potentiel redox. (mise
en évidence par : électrode, indicateurs redox : bleu de méthylène).

III. Expression mathématique de la croissance

A l’instant to, on a une population No

Après un temps T (temps de génération), en phase exponentielle, on aura 2No
Après 2T, on aura 22No
-- --
Après nT, on aura N = 2nNo
Or n = t/T = µt, donc N = 2µt No

µ : taux de croissance

La croissance microbienne se fait d’une façon exponentielle.

N = 2µt No  LogN = Log2µt + Log No

LogN – LogNo = µt Log2

Le taux de croissance varie selon le type de microorganisme

Temps de génération des bactéries : 15-20min à 120min

Temps de génération des levures : 45min à 250 min
Temps de génération des moisissures: 90 min à 360 min

IV. Action des facteurs physico-chimiques sur la croissance

IV.1. Facteurs physiques

Le principal facteur physique qui agit sur les microorganismes lors de la croissance est la température.

Pour chaque microorganisme on a : T°minimale, T° optimale et T°maximale de croissance.

La T°optimale est celle qui donne un maximum taux de croissance (µ).
On distingue : les thermophiles, les mésophiles et les psychrophiles.

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IV.2. Facteurs chimiques

Il s’agit essentiellement du pH et des nutriments.

L’action du pH est analogue à celle de la température.

Pour le substrat (nutriment limitant) la relation entre le taux de croissance (µ) et la concentration en substrat
(S) est définie par l’équation de MONOD :

S
µ = µmax --------------
S + Ks

µ: taux de croissance
µmax : taux de croissance maximal obtenu avec S
S : concentration en substrat
Ks : Constante de MONOD (elle correspond à ½ µmax)

Figure : variation du taux de croissance en fonction de la concentration en substrat

Il faut noter l’existence d’une concentration du substrat au-delà de laquelle le taux de croissance ne change
pas (S non limitant : partie 2 de la courbe).
Au-dessous de cette concentration, le S est un facteur limitant (1).

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V. Types de cultures microbiennes en milieu liquide
V.1. Culture en batch
a- Courbe de croissance

C’est une culture dans un système fermé.

La croissance que l’on observe suit la courbe suivante :

Figure : courbe de croissance microbienne dans un milieu non renouvelé (culture en batch)

1 : Phase de latence (µ = 0)

la durée de cette phase est difficile à prévoir, car elle dépend de :

- La taille de l’inoculum (No),
- Les capacités métaboliques et caractéristiques physiologiques du microorganisme ensemencé,
- La composition du milieu de culture,
- La nature du substrat (S), mais elle ne dépend pas de sa concentration.

2 : Phase exponentielle (µ = µmax)

Il s’agit de la phase de croissance réelle.

Le taux de croissance est maximal et constant durant cette phase.

3 : Phase stationnaire (µ = 0)

Cette phase est caractérisée par l’absence de croissance à cause de :

- Appauvrissement du milieu en éléments nutritifs,
- Début d’accumulation des substances toxiques (inhibitrices).

4 : Phase de déclin (µ < 0)

Cette phase est caractérisée par la mort des cellules à cause de :

- dégradation totale du substrat,
- accumulation de fortes concentrations des substances toxiques libérées par le microorganisme,
dépassant le seuil d’inhibition.

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Calculs pour la culture en batch :

N = N0 e μmax(t-t0) cad N=N0 e μt => LnN = LnN0 + μt

N=N0 e μt => dN/dt = μ N

➔ croissance élevée et continue tant que μ est maximal et constant

ce qui justifie l'utilisation des microorganismes en biotechnologie

b- Rendement

N - N0 - dN
Le rendement (R) => R = ------------ = ----------------
S0 – S dS

R: rendement de conversion du substrat en biomasse. Il s'exprime en g de MS cellulaire par gramme de

substrat métabolisé (rendement pondéral) ou par mole de substrat (rendement moléculaire).

Le rendement renseigne sur l’efficacité de transformation du substrat en biomasse (ou produit) par le
microorganisme utilisé.

c- Productivité

La productivité est :
+ le gramme de biomasse produite par litre de milieu et par heure
+ souvent le critère qui sert pour l'évaluation d'un procédé de fermentation.

➔ elle sert donc au dimensionnement d'une installation de fermentation.

Nm
On peut définir aussi la productivité maximale (Pm): Pm = ---------
tm
Nm : concentration maximale
tm temps au bout duquel la Nm est obtenue
Pm : productivité maximale

Nf
La productivité totale (Pt): Pt = -----------
tf
Nf : concentration finale
tf: temps final
Pt: productivité totale

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 Figure : courbe représentant la PT et la PM

V.2. Culture en fed-batch

Procédé appelé également : "extended culture"

Il y a un apport continu ou semi-continu du substrat limitant pour maintenir sa concentration constante.

=> Le volume de la culture augmente au cours du temps

Figure: représentation schématique d'une culture en "fed-batch"

Exemples de culture en "fed-batch":

- la production de la biomasse de levure boulangère (S. cerevisiae) : phase exponentielle

- Production de la Pénicilline par Penicillium chrysogenum : phase stationnaire

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Dans le cas de la levure, une concentration trop élevée de sucres dans le milieu:

➔ Activation du métabolisme fermentaire

➔ Production d'éthanol au lieu de la biomasse cellulaire

L'ajout de sucre au cours de la phase exponentielle permet d'éviter ce changement indésirable de

métabolisme.

V.3. Culture en continu

Culture dans un système ouvert : élimination des déchets et alimentation en substrat.

Ceci est réalisé par le système suivant :

Figure : système de culture en continu

1 : pompes pour prélèvements ou ajout de substrat

2 : pales pour agitation
3 : électrodes de mesure (T°C, pH, O2…..).

Le système est réglé par :

- contrôle de la concentration cellulaire, ou
- contrôle de la concentration du substrat limitant

Expression mathématique de la croissance :

on a N = No eµt donc dN/dt = µNo eµt = µN => dN/dt = µN (équation 1)

Apport du substrat => dilution de la culture par D = f/V

D : taux de dilution (f/V)
f : volume/heure ajouté
V : volume total de la culture

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Dilution : dN/dt = - D.N = - (f/V) * N (équation 2)

Exemple :
f = 500 ml/heure
V= 1500ml
No= 3000 cellules/litre
Après une heure N1= 2000 cellules/litre
Donc la dilution :
(N1- N0)/(t1-t0) = (2000-3000)/1= -1000 cellules/litre/h
dN/dt = -(1/3) N = - 1000 cellules/litre/h

Variations de la population de la culture (dN/dt) = gain par croissance (µN) – pertes par dilution (DN)

Donc: dN/dt = µN – DN = (µ - D) N

=> dN/dt = (µ - D) N

Cette équation montre que dans un système continu, la culture dépend des valeurs du taux de dilution et du
taux de croissance.

On distingue 3 cas :

1er cas : µ < D => dN/dt <0 => perte de biomasse par dilution forte => N→0
=> lessivage des cellules

2ème cas : µ = D

µ = D donc dN/dt = 0 => N = constante (concentration cellulaire constante)

Ceci est réalisé dans un Turbidostat. La culture est liée à un spectrophotomètre qui contrôle le débit
d’alimentation par l’intermédiaire de la population microbienne mesurée par un spectrophotomètre.

Schéma d’un turbidostat

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Figure : principe du turbidostat (---- : croissance en milieu non renouvelé ; __ : croissance continue selon
le principe du turbidostat ; X : concentration cellulaire)

3ème cas : µ > D => dN/dt >0 => N augmente => gain de biomasse

Dans ce cas on règle la concentration du substrat (S) en fonction de la concentration cellulaire (N) désirée.
Le taux de dilution (D) agit sur le taux de croissance (µ) par l’intermédiaire de la concentration du substrat
limitant (S).

Ceci est réalisé dans un Chémostat.

dS/dt = dS/dN * dN/dt

Or R = (N-No)/(So-S) = - dN/dS  dS/dN = -1/R

 dS/dt = -1/R (µ-D)N = N/R(D-µ)

à l’équilibre dS/dt = 0  D-µ = 0  D = µ

or selon l’équation de MONOD

S
µ = µmax --------------
S + Ks

S
 D = µmax ----------
S + Ks

D
 S = Ks ------------------
µmax - D

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Figure : évolution de la biomasse (X), de la concentration en substrat (S) et de la productivité (Pr) en
fonction du taux de dilution (D) du milieu.

2 phases sont observées sur cette figure :

- Phase 1 ou D<Dmax, caractérisée par :

o Faible diminution de N et faible augmentation de S
o Augmentation importante de la Productivité
- Phase 2 ou D>Dmax, caractérisée par : le lessivage des cellules (wash-out) :
o Chute importante de N (tend vers 0)
o Augmentation importante de S et devient maximal et constant
Cette phase est caractérisée par l’élimination importante des cellules avant d’avoir le temps pour
se diviser, à cause de la dilution importante.

Avantage de la culture continue : elle donne des rendements plus forts et maintenus dans le temps.
Exemple d’utilisation de ce type de culture : production d’acide acétique par Acetobacter à partir de
l’alcool.

Inconvénients :
- difficile à maintenir les conditions d’asepsie surtout à l’échelle industrielle.
- Ce type de culture est très peu utilisé pour la culture des champignons, en raison des difficultés
d’élimination du mycélium.
- Ce type de culture favorise la sélection des mutants à taux de croissance important.

V.4. Culture par dialyse

Elle est basée sur l’alimentation en milieu stérile et l’évacuation des déchets grâce à une séparation par une
membrane de dialyse (en cellophane, porosité : 0,3-10 nm) qui sépare le réservoir de la culture et celui du
milieu de culture stérile.

Ces membranes éliminent les déchets toxiques et prolongent ainsi la survie des cellules.

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Exemple : production de la toxine botulique
En utilisant la culture dialyse on obtient 80 fois plus de toxines que dans une culture discontinue, surtout
en utilisant une 2ème membrane de dialyse dans le réservoir de prélèvement des cultures.

V.5. Cultures synchrones

Ce sont des cultures dans lesquelles les cellules ont le même âge.
Normalement dans la culture microbienne on trouve des cellules d’âges différents (cellules ‘adultes’, filles
et petites filles)

Les cultures synchrones peuvent être réalisées par :

- Méthodes physico-chimiques, qui consistent à bloquer la croissance des cellules à un stade donné
en utilisant des produits chimiques ou des facteurs physiques.
Exemple : passages répétés à des T°C différentes (25°C et 45°C) des cultures d’E. coli.
- Méthodes physiologiques, qui consistent à faire passer les cellules en phase exponentielle plusieurs
fois dans le même milieu.

VI. Bioréacteur

Bioréacteur (fermenteur) = récipient dans lequel se déroule une culture microbienne contrôlée
Bio-ingénierie = Conception et mise en route d'une culture microbienne en fermenteur
Elle vient âpres l'optimisation des conditions de culture

Exemples d'applications: Production de : levure boulangère, bioéthanol, ferments, yaourt, protéines,

bière, antibiotiques, vitamines, enzymes…

Schéma d’un bioréacteur

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