Microbiologie Générale

Pr. BOUGHRIBIL SAID

La nutrition microbienne
I- Introduction:
Comme tout être vivant, une bactérie doit trouver dans
son milieu des éléments nutritifs pour assurer sa croissance
et sa multiplication.

N.B: Les besoins en nutriments varient d’une bactérie à

une autre.
I- Introduction:
Selon leur disponibilité dans le milieu, on distingue:
► Nutriments directement assimilables: oses, acides
aminés (sous forme simple);
► Nutriments assimilables après dégradation par des
enzymes extracellulaires: polyosides, protéines, lipides
(forme complexe);
► Nutriments absorbés grâce à des porines ou des
protéines de transport membranaires (Perméases); puis ils
seront dégradés par des enzymes intracellulaires pour être
utilisés.
 II-Les nutriments:
Selon le type des bactéries, les éléments nutritifs peuvent
être classés en deux grande groupes:
A) Eléments communs à toutes les bactéries:
1 - Source d’énergie;
2 - Source de carbone;
3 - Source d’azote;
4 - Source de phosphore;
5 - Source de soufre;
6 - Autres éléments: sodium, potassium, oligo-éléments,
vitamines,
B) Eléments essentiels pour certains types de bactéries
(Besoins spécifiques):
1 - Facteurs de croissance.
 II-A : Eléments communs à toutes les bactéries :
Selon la nature des besoins nutritifs, on définit différentes
catégories de bactéries : ce sont les types trophiques

II-A-1-Source d’énergie:
Pour synthétiser des nouvelles substances nécessaires:
• Soit à sa croissance;
• Soit à sa multiplication;
• Soit à son adaptation aux nouvelles conditions de son
environnement;
• Soit pour assurer son déplacement,
II-A-1-Source d’énergie (suite):

La bactérie doit dépenser de l'énergie. Cette énergie est

procurée:

● Soit par photosynthèse (cas des bactéries

photosynthétiques);
► Energie lumineuse ------------˃ Phototrophie

● Soit par des réactions biochimiques d'oxydoréduction.

► Energie chimique ------------˃ Chimiotrophie

II.A.1. a. Phototrophie:
► Chez les plantes, la photosynthèse peut se résumer ainsi
:

● H2O est le donneur d'électrons.

La photosynthèse a lieu au niveau des chloroplastes grâce
aux pigments chlorophylliens.
► Chez les bactéries photosynthétiques, il n'existe pas de
chloroplastes; la bactériochlorophylle est dispersée dans le
cytoplasme sous forme de chromatophores.
► On peut résumer leur photosynthèse comme suit:

Lumière

CO2 + 2RH2 --------------˃ (CH2O) + 2R + H2O

● RH2 est le donneur d'électrons.

N.B:
Chez les bactéries, le donneur d'électrons n'est jamais
H2O.
► D’après la nature chimique du donneur d’électrons, on
distingue deux types trophiques:

Si le donneur d’électrons est un • Photolithotrophie

Composé Minéral

Si le donneur d’électrons • Photoorganotrophie

est un Composé organique
Tableau 1 : Comparaison entre la photosynthèse:
Eucaryotes Bactéries
Organismes plantes, algues bactéries vertes et pourpres
Type de chlorophylle chlorophylle a bactériochlorophylle
absorbe à 650-750 nm absorbe à 800-1000 nm
Photosystème I
(photophosphorylation Présent Présent
cyclique)
Photosystème II
(photophosphorylation Présent Absent
non cyclique)
Production de O2 Oui Non
H2S, autres composés
donneur d’électrons H2 O soufrés ou certains
composés organiques

N.B: les cyanobactéries possèdent la photosynthèse des

plantes supérieures
II.A.1. a1. Photolithotrophes:
Ce sont des bactéries anaérobies strictes. Elles utilisent les
sulfures ou H2 comme donneurs d'électrons (= Composé
Minéral) .
L'oxydation des sulfures produit des grains de soufre
qu'on trouve dans le cytoplasme bactérien.
Il existe deux familles:
♦ Famille des bactéries vertes sulfureuses:
Exp. Chlorobacteriaceae;
♦ Famille des bactéries pourpres sulfureuses:
Exp. Thiorodaceae.
II.A.1. a2. Photoorganotrophes:
Comme leur nom l'indique, les bactéries de ce type
trophique utilisent des substrats organiques comme
donneurs d'électrons.

Dans la plupart des cas, la photosynthèse n'est pas

obligatoire; à l'obscurité, les bactéries deviennent
chimioorganotrophes.

♦ Famille des bactéries pourpres non sulfureuses:

Exp. Athiorodaceae
II.A.1. b. Chimiotrophie:

La majorité des bactéries rencontrées dans la nature sont

dépourvues de pigments chlorophylliens. En conséquence,
elles sont incapables de faire la photosynthèse. Donc, elles
doivent utiliser les réactions chimiques d'oxydoréduction
pour se procurer de l'énergie (ATP) dont elles ont besoin.

Energie fournie par les réactions du

métabolisme énergétique: Catabolisme

ADP + Pi ATP + H2o

II.A.1. b. Chimiotrophie:
L'ATP est produit lors de deux types de réactions de
phosphorylation:

● Phosphorylation au niveau du substrat;

II.A.1. b. Chimiotrophie:

● Phosphorylation oxydative (chaîne de transfert des

électrons).

AH2: Donneur d'électrons (substrat énergétique);

A : Donneur oxydé;
B:Accepteur final d'électrons;
* Les transporteurs intermédiaires (X, Y et Z) peuvent être des co-
enzymes tels que NAD, FAD, FMN ou des cytochromes.
II.A.1. b1. Types respiratoires des chimiotrophes:

a) Respiration:

La respiration est l'ensemble des réactions biochimiques

d'oxydation procurant à l'organisme l'énergie nécessaire à

ses biosynthèses essentiellement grâce à des

phosphorylations oxydatives membranaires (chaîne de

transfert des électrons).

II.A.1. b1. Types respiratoires des chimiotrophes:
a) Respiration:

On distingue deux types de réactions en fonction de la

nature chimique de l'accepteur final:

♦ Accepteur = O2 → respiration aérobie;

♦ Accepteur ≠ O2 → respiration anaérobie; l'accepteur

peut être minéral (nitrates, sulfates, gaz carbonique) ou

organique (ex: fumarate)

Tableau 2: Différents accepteurs d’électrons utilisés lors
de la respiration chez les bactéries
Accepteur Produit Nom du processus Exemples de
d’électrons final réduit microorganismes
O2 H2O Respiration aérobie
Escherichia coli,
Streptomyces
NO3- NO2-, NH3 Respiration anaérobie Bacillus,
or N2 (dénitrification Pseudomonas
Respiration anaérobie Desulfovibrio
SO4-- S or H2S (réduction des
sulfates)
fumarate Succinate Respiration anaérobie Escherichia coli
utilisant un accepteur
d’e- organique
CO2 CH4 Méthanogenèse Methanococcus
b) Fermentation:

La fermentation est l'ensemble des réactions biochimiques

d'oxydation qui fournissent à l'organisme de l'énergie

grâce à des phosphorylations non couplées aux processus

membranaires, mais ayant lieu uniquement dans le

cytoplasme, au niveau du substrat.

b) Fermentation:

La fermentation du glucose, par exemple, se fait en deux

étapes:

♦ Une première série de réactions aboutissant à l'oxydation

du glucose en un composé intermédiaire: acide pyruvique;

♦ Une seconde série conduit à un ou plusieurs produits

finaux: acide lactique, acétate, éthanol, etc...).

N.B: L'énergie produite par fermentation est nettement

inférieure à celle procurée par respiration.
II.A.2. Source de carbone

► Les bactéries phototrophes et la plupart des

bactéries chimiolithotrophes peuvent utiliser le

dioxyde de carbone de l’air ou ses sels (carbonates)

comme unique source de carbone pour synthétiser la

matière organique à partir de cette source minérale.

Elles sont dites autotrophes.

II.A.2. Source de carbone
Parmi ces bactéries, on distingue:
● les bactéries autotrophes strictes qui exigent le CO2
comme unique source de carbone;

● les bactéries autotrophes facultatives qui peuvent

utiliser le CO2 et le carbone organique.

► Pour les bactéries chimioorganotrophes, la source

de carbone assimilable doit être un substrat organique.
Elles sont dites hétérotrophes.
Parmi ces bactéries hétérotrophes, on distingue:

● Les bactéries, qui sont capables de se développer

en présence d'une seule source de carbone

organique ( Exp. glucose). A partir de cette source,

elles sont capables de synthétiser tout ce dont elles

ont besoin comme substance organique. Elles sont

appelées prototrophes.
● Les bactéries, notamment parmi les souches

parasites, sont incapables de synthétiser certaines

substances indispensables à leur croissance

(facteurs de croissance) à partir de la seule source

de carbone organique fournie; il faut donc les leur

apporter dans le milieu; elles sont dites

auxotrophes.
II.A.3. Source d'azote:
Pratiquement toutes les bactéries sont capables d'assimiler
l'ammoniac (NH3) ou les sels d'ammonium.
Quelques unes peuvent utiliser:

● les nitrates (NO3-);

● les nitrites (NO2-);

● ou même l'azote organique (ex: acides aminés).

Toutes ces formes d'azote sont dites combinées.
D'autres bactéries peuvent fixer l'azote atmosphérique
gazeux (N2); elles n'ont pas besoin d'apport d'azote
combiné. Il existe deux types:

1) Les bactéries fixatrices libres d’azote atmosphérique:

Elles jouent un rôle très important dans la fertilisation des
sols.
Exp. Azotobacter
2) Dans ce cas, les racines des plantes de la famille des
Légumineuses présentent de petites boules appelées
nodules: Résultat d’une association symbiotique entre la
racine de la légumineuse et d’une bactérie du genre
Rhizobium. La réduction de l’azote moléculaire (N2) se fait
dans ces nodules grâce à une enzyme synthétisée
conjointement par les deux partenaires , la
leghémoglobine.
Nodules
II.A.4. Source en phosphate ( P):

Les bactéries sont capables d’utilisées le phosphate soit à

partir:

♦ des ions minéraux (souvent).

- H2PO4- et HPO42- (Le mélange HPO42- / H2PO4-

sert également de système tampon);

♦ des molécules organiques phosphorées (rarement).

- esters organiques de phosphate.

II.A.5. Source en soufre (S):
Les bactéries sont capables d’utilisées le sulfate soit à
partir:
♦ des ions minéraux soufrés :
- SO42-
- S2- pour les bactéries sulfureuses

♦ Parfois des molécules organiques soufrées:

- acides aminés essentiellement (cystéine et
méthionine)
Tableau 3: Récapitulatif des éléments majeurs, leurs sources et leurs
fonctions dans les cellules bactériennes.
Eléments % Sources Fonctions
poids
sec
Carbone 50 Matière organique ou Constituant majeur du matériel
CO2 cellulaire
Oxygène 20 H2O, Matière Constituant du matériel et de
organique, CO2 et O2 l’eau cellulaires; O2 est aussi
accepteur d’électrons dans la
respiration aérobie
Azote 14 NH3, NO3, Matière Constituant des acides aminés,
organique, N2 nucléotides, et coenzymes
Hydrogèn 8 H2O, Matière Constituant majeur de la matière
e organique, H2 organique et de l’eau cellulaire

Phosphore 3 phosphate Constituant des acides

inorganique (PO4) nucléiques, ATP, phospholipides,
LPS, acides téichoïques
Tableau 3 (suite): Récapitulatif des éléments majeurs, leurs sources
et leurs fonctions dans les cellules bactériennes.

Eléments % Sources Fonctions

poids
sec
Soufre 1 SO4, H2S, Constituant de la cystéine,
matière méthionine, glutathion, plusieurs
organique coenzymes
contenant S
Potassium 1 sels de Potassium Cation cellulaire majeur et
cofacteur pour certaines enzymes
Magnésiu 0,5 sels de Cation cellulaire, cofacteur pour
m Magnésium certaines réactions enzymatique

Calcium 0,5 sels de Calcium Cation cellulaire et cofacteur pour

certaines enzymes et composant des
endospores
II.A.6. Les oligoéléments:
Ce sont des éléments nécessaires en quantités très faibles.
Car en grandes quantités, ils deviennent toxiques.
Exp.:
♦ Manganèse;
♦ Fer;
♦ Zinc;
♦ Cuivre;
♦ Cobalt.
II.A.6. Les oligoéléments:
Ces éléments jouent un rôle très important comme:
♦ cofacteurs (Zn2+ et Mn2+) utiles à la catalyse de la
plupart des réactions;
♦ éléments servant au maintien de la structure des
protéines;
♦ éléments servant à la synthèse de substances spécifiques
(pigments, toxines, vitamines : vitamine B12…….).
→ Les oligoéléments :
♣ Un rôle dans l’équilibre physico-chimique de la cellule
Bactérienne (exp. Na+, Mg2+ et Cl- );
♣ Entrent dans la constitution d’une enzyme ou coenzyme
( Exp. Le Fer des Cytochromes et le Magnésium de la
chlorophylle) ;

♣ Jouent le rôle de cofacteurs ou d’activateurs

enzymatiques (Exp. Magnésium, Cobalt, Cuivre,
Manganèse, le Molybdène et la Vanadium).
II.A.6. Les oligoéléments:

La source de ces oligoéléments est assurée par:

♦ Les impuretés de l’eau;

♦ Les composants habituels des milieux de culture.

N.B:
Les impuretés d’eau sont suffisantes car leur présence
dans le milieu de culture doit d’être en très petite
quantité.
II.B. Facteur de croissance:

1) Définition:

Un facteur de croissance est un élément

indispensable à la croissance de la bactérie

(auxotrophe pour cet élément). En conséquence sa

présence dans le milieu est obligatoire car la

bactérie est incapable de le synthétiser.

II.B. Facteur de croissance:

Les facteurs de croissance regroupent:

♦ Les vitamines (coenzymes, précurseurs de
coenzymes, groupements prosthétiques de diverse
enzymes);

♦ Les acides aminés;

♦ Les acides gras,

♦ Les bases azotées (purines et pyrimidines).

Tableau 4: Exemples de vitamines utilisées par les bactéries
Vitamines Formes des coenzymes Fonctions
Biotine Biotine Réactions de biosynthèse qui
demandent la fixation du CO2
Acide NAD (nicotinamide Transporteurs d’e-dans les
nicotinique adénine dinucléotide) et Réactions de déshydrogénation
NADP
Pyridoxine Pyridoxal phosphate Transamination, désamination,
(B6) décarboxylation des
aminoacides
Riboflavine FMN (flavine Réactions d’oxydoréduction
(B2) mononucléotide) et FAD
(flavine adénine
dinucléotide)
Vitamine K Quinones et Processus de transport
napthoquinones d’électrons
N.B:

♦ Les AA sont essentiels pour la synthèse des protéines;

♦ Les vitamines pour les coenzymes;

et

♦ Les bases azotées pour les acides nucléiques.

III- Conclusion:

Les bactéries prototrophes sont capables de se développer

dans un milieu minimum contenant:

● Une seule source de carbone (glucose en général);

● Une source d'azote;

● Des sels minéraux.

III- Conclusion:
Par contre, les bactéries auxotrophes sont incapables de se
développer dans ce milieu minimum. Donc, il faut leur
apporter le ou les facteur(s) de croissance dont elles ont
besoin.
Cependant, par fois les besoins en facteur de croissance
d’une espèce bactérienne peuvent être satisfaits par la
présence dans le milieu d’une autre espèce bactérienne
capable de synthétiser ce facteur: c’est le phénomène de
Syntrophie.
Exemple : la culture sur la même boite de :
* Haemophilus spp = bactérie auxotrophe au facteur V (NAD)
* Staphyloccoque = bactérie productrice de NAD
Donne une culture en satellite de Haemophilus spp

Un exemple de syntrophie
 Récapitulatif des différents types trophiques
Classe du besoin Nature du besoin Type trophique
Source d'énergie Lumineuse phototrophie
Chimique chimiotrophie
Substrat Minéral lithotrophie
énergétique Organique organotrophie
Source de CO2 (minérale) autotrophie
carbone organique hétérotrophie

Facteurs de non indispensables prototrophie

croissance indispensables auxotrophie
On peut aussi définir des types trophiques en combinant
la source d'énergie et la source de carbone:
chimioautotrophie et chimiohétérotrophie;
photoautotrophie et photohétérotrophie.
IV – Facteurs physico-chimique::
D’après la loi de Shelford:
Il y a des limites dans les facteurs environnementaux au-
dessous ou au-dessus desquelles un organisme ne peut
pas survivre et se développer, quel que soit l’apport en
nutriments.
Ces facteurs peuvent stimuler, réduire ou inhiber la
nutrition et la croissance bactérienne.
Les limites de ces facteurs peuvent varier d’une espèce à
l’autre.
Les facteurs physico-chimiques les plus importants sont:
♦ Humidité:
♦ la température;
♦ l’oxygène (O2);
♦ le pH;
♦ Pression osmotique.
 a ) Humidité (H2O):
La présence de l’eau est obligatoire pour le déroulement de
nombreuses réactions cellulaires d’hydrolyse:
Egalement, il joue le rôle d’un solvant pour les
constituants cellulaires : assure le transport des
nutriments du milieu de culture vers le cytoplasme.
Donc, l’activité d’eau (aw) peut être calculée d’après la
formule suivante:
aw = p / po
Avec:
● p = pression de vapeur d'eau de l’aliment à T°C;
À la même
température.
● po = pression de vapeur de l’eau pure à T°C.
0 ≤ Aw ≤ 1
 Exemples d’Aw de certains aliments

Eau pure 1 Eau de mer 0,98

Sang humain 0,99 Pain 0,95

Bœuf 0,98 à 0,99 Fromage pp non 0,94 à 0,97

cuite

Poissons 0,94 à 0,99 Porc 0,99

Lait 0,99 Confiture O,78

Fromage frais 0,98 Farine 0,85

 b ) Température:
En général, une bactérie est capable de se développer dans
un intervalle de température plus ou moins important,
qui est variable d’une souche bactérienne à une autre.
La courbe de croissance de chaque microorganisme, en
fonction de la température, est une courbe en cloche:
 b ) Température:

• Une température minimale

de croissance en dessous de
laquelle il n'y a plus de
développement;

• Une température optimale

pour une meilleure
croissance ;

• Une température maximale

de croissance au dessus de
laquelle la croissance Figure 1 : Effet de la température
d'incubation sur la croissance
s'arrête. bactérienne
L’arrêt de la croissance à la température maximale est dû
à la sensibilité des protéines, à la dénaturation
thermique et notamment sensibilité des protéines
enzymatiques.

N.B:
• l’action des températures élevées est irréversible : tue les
bactéries;
• l’action des températures basses est réversible: bactéries
ne sont pas tuées et sont capables de se multiplier à
nouveau dans des températures optimales.
En fonction de la température optimale moyenne (TOM),
il est possible de classer les bactéries dans les catégories
suivantes :
1- Microorganismes psychrophiles: T° optimale de
croissance aux alentours de 20° C;
2-Microorganismes mésophiles: T° optimale de croissance
aux alentours de 37 - 40° C;
3- Microorganismes thermophiles: T° optimale de
croissance entre 50 - 70°C;
4-Les bactéries thermoduriques: T° au-dessus de 70°C. Pas
de croissance, pas de reproduction, mais peuvent y
résister sans être tuées.
N.B:: certains µorganismes mésophiles peuvent être
cultivés à basses températures. Exp. Listeria : bactérie
mésophile cultivée encore à 4°C, température des
chambres froides positives (problème dans les industries
agroalimentaires).
c) Le pH: Le pH est un facteur très important qui
influence l’équilibre ionique du milieu, les réactions
métaboliques et l’activité enzymatique. La courbe de
croissance de chaque microorganisme, en fonction du pH,
est une courbe en cloche.
• Un pH minimal: en dessous de ce
pH, il n'y a plus de développement;
• Un pH optimal pour une meilleure pH optimum

croissance ;
• Un pH maximal: au dessus de ce
pH, il n'y a plus de développement.
En fonction du pH, il est possible de classer les bactéries en
trois catégories :
● Acidophiles : 1 ≤ pH optimum acide ≤ 4;

●Neutrophiles: 5,5 ≤ pH optimum proche de la neutralité ≤ 8,5;

●Basophiles (alcalophiles): 8,5≤pH optimum basique ≤11,5

.
Donc, les milieux de culture doivent avoir un pH favorable

à la croissance de la souche bactérienne recherchée. C’est

pour cette raison que les milieux de culture contiennent,

généralement, des tampons comme:

♦ K2HPO4,

♦ KH2PO4.
d) Pression osmotique:

La pression osmotique d'un milieu traduit la concentration

totale des ions et molécules en solution dans ce milieu.

La plupart des bactéries sont insensibles à la pression

osmotique. Car elles sont protégées par leur paroi rigide.
Cependant, les bactéries marines adaptées à une
concentration de 35 g/l de NaCl sont sensibles aux
variations de ce paramètre.
d) Pression osmotique:

Selon cette sensibilité on distingue:

♦ Les non-halophiles : [NaCl ] ≤ 0,2 M (entérobactéries);

♦ Les halophiles : 0,2 ≤ [NaCl ] ≤ 5,2 M

● Persephonella marina; ● Halobacterium salinarium;

♦ Les halotolérants : [NaCl ] élevée (Staphyloccus,

certaines levures, et moisissures, certains Lactobacilles
1) Bactéries aérobies strictes

exp. Pseudomonas,
Neisseria);
e) oxygène:

2) Bactéries microaérophiles:

(exp. Campylobacter

3)BactérieAéro-anaérobies
types respiratoires de bactéries :

exp. Entérobactéries);

4) Bactéries Anaérobies strictes :

exp. Clostridium
En fonction de leur exigence en oxygène, on distingue 4
 V – Milieux de culture:
Les milieux de cultures, mélange de substances, sont
capable d’assurer la multiplication bactérienne au
laboratoire. Ils sont obligatoirement stériles. En général,
ils sont classés en différents groupes selon :

● L’état physique du milieu de culture;

● La composition chimique du milieu;

● Leur utilisation.
a) Etat physique du milieu de culture:
Les milieux peuvent être classés en:

♦ Liquides;

Aspect du milieu de culture liquide

avant le développement bactérien
(limpide) et après (trouble)
N.B: Les milieux liquides sont généralement utilisés pour
les cultures pures;
a) Etat physique du milieu de culture:

♦ Solides;

Colonies

Milieu gélosé, montrant un

développement bactérien en colonies

♦ Semi-solides.

► Les milieux gélosés (solides ou semi-solides) sont

généralement utilisés pour l'isolement.
b) Selon la composition chimique:

► Milieux synthétiques de composition bien définie;

► Milieu semi-synthétiques, milieux synthétiques

additionnés généralement d'un produit naturel;

► Milieux empiriques ou naturels, constitués de produits

d'origine naturelle [peptone (hydrolysat de protéine),
extrait de viande, extrait de levure, etc...].
c) Selon leur utilisation:
► Milieux usuels ou milieux minimums sont composés des
constituants minimum aux développements microbiens
(ex.: bouillon nutritif);
► Milieux sélectifs permettent la croissance d’un groupe
d’espèces ou d’une espèce bactérienne. Ils sont composés
d’éléments nutritifs et de substances inhibitrices ou
sélectives. Le milieu de Chapman en est un exemple. Sa
composition permet le développement des bactéries
halophiles, tel que les Staphylococcus et permet de
connaitre leurs interactions vis-à-vis du mannitol.
c) Selon leur utilisation (suite):
► Milieux enrichis sont des milieux additionnés de substances
de base, leurs buts est d’améliorer la croissance des bactéries
exigeantes sans pour autant inhiber totalement celui des autres
bactéries présentes. La gélose au sang est un exemple de ce type
de milieu.
Exp. Streptocoques, méningocoques;
► Milieux d'identification, permettent de mettre en évidence
des propriétés biochimiques des bactéries (ex: dégradation du
lactose);
► Milieux de conservation.
MERCI DE VOTRE
ATTENTION