Master BEVP

Écosystèmes microbiens
 Partie I

MÉTABOLISME ÉNERGÉTIQUE
 Partie I: MÉTABOLISME ÉNERGÉTIQUE
I- PRINCIPES GÉNÉRAUX

• Chez les microorganismes, l’énergie peut être

produite par la respiration, fermentation ou
photosynthèse.
• En générale, le métabolisme énergétique est
basé sur des processus d'oxydo-réduction
entre des couples donneurs d'électrons à bas
potentiel redox et des couples accepteurs
d'électrons à potentiel plus élevé.
Figure 1. Transfert d'électrons entre un donneur et un
accepteur lors d'une réaction d'oxydo-réduction.
I- PRINCIPES GÉNÉRAUX

• Au cours de réactions d'oxydo-réduction productrices d'énergie, l'énergie

biologiquement utilisable est habituellement conservée sous forme de liaisons
phosphate riches en énergie, principalement sous forme d'adénosine
triphosphate (ATP).
• La synthèse d'ATP est une réaction endergonique qui nécessite l'apport d'énergie
issue du catabolisme (potentiel de phosphorylation : ∆Gp': +44 kJ.mol-¹).
• ADP + Pi → ATP + H₂O ; ∆Gp' = +44 kJ.mol-¹
• L'énergie libérée (∆G°’) lors de l'hydrolyse de l'ATP en ADP est utilisée par la
cellule (pour les biosynthèses ou autres fonctions cellulaires).
Tableau 2 : Différents accepteurs d’électrons utilisés lors de la respiration chez les bactéries
II- Mécanismes pour la synthèse de l'ATP

Chez les micro-organismes il existe deux types de mécanismes pour la synthèse de

l'ATP:
 La phosphorylation au niveau du substrat
 La phosphorylation: lors d'un transfert d'électrons par une chaîne de
transporteurs, impliquant les réactions d'oxydo-réduction du catabolisme
associées souvent à des transferts de protons lors de déshydrogénations :

Phosphorylation oxydative
Photophosphorylation
 1- Phosphorylation au niveau du substrat

La synthèse de l'ATP est couplée directement à l'oxydation

enzymatique d'une substance organique.
Au cours de la réaction d'oxydation, le substrat organique S
est phosphorylé à l'aide de l'enzyme 1 ; il se forme un ester
phosphorique possédant une liaison riche en énergie (S-P).

Le groupement phosphate riche en énergie est ensuite

transféré à l'aide de l'enzyme 2 vers de l'ADP qui forme de
l'ATP possédant une liaison phosphate riche en énergie
supplémentaire, et libère un produit S' (Figure 2). Les
enzymes qui interviennent lors de la phosphorylation au
niveau du substrat sont présentes dans le cytoplasme et sont Figure 2. Phosphorylation au niveau du substrat. Synthèse
solubles. d'ATP par phosphorylation de l'ADP et valeur énergétique de
la phosphorylation de l'ADP ou de la déphosphorylation de
La phosphorylation au niveau du substrat est le l'ATP.
mécanisme primordial producteur d'ATP dans les
fermentations.
2- Phosphorylation lors d'un transfert d'électrons par une chaîne de transporteurs membranaires.

• C'est le mode de formation de l'ATP dans les respirations (phosphorylation

oxydative) et dans les photosynthèses (photophosphorylation).
• Pendant la réaction d'oxydo-réduction, le transfert des électrons est assuré par
une série de transporteurs entre un donneur initial d'électrons à potentiel
d'oxydo-réduction plus bas et un accepteur terminal d'électrons à potentiel redox
plus élevé.
• Au cours de leur transfert, les électrons perdent de l'énergie qui est récupérée
pour synthétiser de l'ATP par phosphorylation de l'ADP.
• Le transfert des électrons et la délocalisation des protons génèrent une force
proton-motrice utilisable comme source d'énergie ou pour la phosphorylation de
l'ADP.
2- Phosphorylation lors d'un transfert d'électrons par une chaîne de transporteurs membranaires.

Phosphorylation oxydative
• La production d’énergie est obtenue par phosphorylation oxydative à
travers le transfert d'électrons réalisé dans:
la membrane cytoplasmique chez les micro-organismes procaryotes
la membrane mitochondriale interne chez les micro-organismes eucaryotes.

Mitochondrie

Procaryote Eucaryote
2- Phosphorylation lors d'un transfert d'électrons par une chaîne de transporteurs membranaires.
Photosynthèse ou Photophosphorylation
• Au cours de la photosynthèse, l'ATP est ainsi produite par
photophosphorylation à travers un transfert d'électrons dans des membranes
spécialisées:
Thylakoïdes chez les cyanobactéries et chez les chloroplastes des eucaryotes
photosynthétiques;
La membrane cytoplasmique chez les bactéries phototrophes anoxygéniques.
• La quasi-totalité des enzymes associées aux transporteurs d'électrons est
membranaire et insoluble.
 Les respirations chez les micro-organismes

• Le métabolisme respiratoire est plus diversifié chez les micro-

organismes procaryotes que chez les micro-organismes eucaryotes:
La source d'énergie (donneur d'électrons) peut être organique ou minérale chez
les procaryotes (chimio-organotrophes ou chimio-lithotrophes);
L'accepteur terminal d'électrons: chez les procaryotes il y a une diversité
d'accepteurs terminaux d'électrons en plus du dioxygène, tels que le nitrate, le
sulfate, le fer ou le manganèse etc., définissant ainsi une diversité de
respirations anaérobies;
La composition des chaînes respiratoires (transporteurs d'électrons) est très
variable chez les procaryotes alors qu'elle est assez constante chez les
eucaryotes.
Ainsi, 4 types de respirations sont observés chez les micro-organismes; leurs
caractéristiques sont présentées dans le tableau suivant:
 Tableau 2: différentes types de respiration

RESPIRATION CHEZ LES DONNEURS D'ÉLECTRONS ACCEPTEURS FINAUX MICRO-ORGANISMES

MICRO-ORGANISEMES D'ÉLECTRONS

Aérobies* chimio- Organiques Dioxygène Procaryotes et eucaryotes

organotrophes

Anaérobies* chimio- Organiques Nitrate, sulfate, fer, Procaryotes (quelques

organotrophes fumarate, etc. eucaryotes)

Aérobies Minéraux (ammonium, Dioxygène Procaryotes

chimiolithotrophes sulfure, fer, etc.)

Anaérobies Minéraux (ammonium, Nitrate, sulfate Procaryotes

chimiolithotrophes sulfure, hydrogène, etc.)

NB. Les micro-organismes qui utilisent une source d'énergie minérale et une source de carbone organique
sont qualifiés de micro-organismes mixotrophes.
La respiration aérobie chez les micro-organismes chimio-organotrophes

Les électrons ou équivalents réducteurs (symbolisés par e ou [H]) proviennent de

l'oxydation d'un composé organique (donneur d'électrons ou substrat) et sont
transférés au dioxygène (accepteur terminal d'électrons) par une chaîne de
transporteurs intermédiaires (chaîne respiratoire).
Au cours de ce transfert, l'énergie est conservée notamment sous forme
d'ATP produite par phosphorylation oxydative. Le pouvoir réducteur ou
somme des équivalents réducteurs produits au cours de l'oxydation des
substrats organiques est essentiellement réservé à la production
d'énergie.
Toutefois, il intervient dans tous les cas où un processus de réduction est
nécessaire : réactions enzymatiques, biosynthèses, etc. Les réactions
d'oxydation qui se déroulent en plusieurs étapes, sont souvent des
réactions de déshydrogénation.
 Oxydation des glucides

• Lors de la glycolyse, le glucose est oxydé en pyruvate au cours de plusieurs étapes

enzymatiques avec formation concomitante d'ATP par phosphorylation au
niveau du substrat, et de coenzymes réduits.
• Glucose + 2ADP +2 Pi + 2 NAD →2 pyruvate + 2 ATP + 2NADH,H+
• Le pyruvate est ensuite décarboxylé en acétyl-CoA et libère une molécule de CO₂
et du pouvoir réducteur(NADH,H+).
• 2 pyruvate + 2 COA + 2 NAD →2 acétyl-CoA +CO₂ + 2 NADH,H+
• Les deux molécules d'acétyl-CoA sont par la suite oxydées via le cycle de Krebs
en 4 molécules de CO₂ et permet la production d'une molécule 2 d'ATP par
phosphorylation au niveau du substrat, de 4 molécules de NADH, H+, d'une de
NAD(P)H,H+ et d'une de FADH₂.
Oxydation des lipides

 Oxydation enzymatique d'un lipide ;

• Sous l'action de lipases, les triglycérides sont hydrolysés en glycérol et en acides gras.

Lipase
Triglycérides Glycérol + Acides gras

 Incorporation du glycérol dans la glycolyse

• Le glycérol rejoint la voie d'Embden-Meyerhof par l'intermédiaire du phosphoglycérate.

Glycérol Phosphoglycérate Phospho-dihydroxyacetone

ATP
NADH,H+
Glycolyse (voie Emden-Meyerhof)

• Les acides gras sont dégradés par ß-oxydation .

 La Dégradation des acides gras par la ß-oxydation des lipides

1 et 3: Réactions de déshydrogénation;
2: Réaction d'hydratation;
PPI: Pyrophosphate.
• Au cours de la ß-oxydation, l'acide gras est estérifié en acyl-CoA par le
coenzyme A.
• L'acyl-CoA est ensuite oxydé en position β en trois étapes (2 déshy-
drogénations et 1 hydratation).
• Une nouvelle estérification en 8 libère de l'acétyl-CoA et un acyl-CoA
qui a perdu 2 atomes de carbone. Un nouveau cycle de ß-oxydation
débute.
• Finalement, l'acide gras est découpé en une succession d'acétyl-CoA
qui sont métabolisés via le cycle glyoxalique. Avec des acides gras
pairs, la dernière ß-oxydation libère 2 acétyl-CoA, avec des acides gras
impairs, un acétyl-CoA et un propionyl-CoA.
Oxydation des protéines
Acides organiques intermédiaire issus de la désamination des
acides aminés

• Les protéines sont hydrolysées par

des protéases en acides aminés.
Les acides aminés sont ensuite
désaminés en acides organiques,
métabolites intermédiaires oxydés
via le cycle de Krebs.
 Synthèse de l’énergie

Au cours du processus de phosphorylation oxydative, des électrons

sont transférés le long de la membrane cytoplasmique à travers une
cascade de réactions d'oxydo-réduction successives qui libèrent
progressivement l'énergie des électrons à haut potentiel de transfert des
réducteurs oxydés.
Cette énergie est utilisée par des pompes à protons pour générer un
gradient électrochimique à travers une membrane biologique:
membrane plasmique (chez les procaryotes). Les protons s'accumulent
d'un côté de la membrane, et leur reflux vers l'autre côté pour équilibrer
le gradient de concentration entraîne un rotor moléculaire dans l'ATP
synthase qui fournit l'énergie nécessaire à la conversion de l'ADP en
ATP.

Chaîne respiratoire d'une bactérie chimio-organotrophe aérobie

(Paracoccus denitrificans). Flp: Flavoprotéine; Fe/S: Protéine fer-soufre; Q:
Quinone; Cyt: Cytochrome; Complexe [Flp-Fe/S]: NADH déshydrogénase:
Complexe [Q- Cyt b, Fe/S, Cyt c₁]: Catalyse le recyclage des
électrons(cycle des quinones); Cyt c: Cytochrome c oxydoréductase;
Complexe [Cyt a, Cyt al: Cytochrome oxydase.
 Respiration aérobie chez les micro-organismes chimiolithotrophes

Les micro-organismes chimiolithotrophes sont des procaryotes appartenant à des groupes (Bacteria ou
Archaea) relativement restreints. Ils utilisent l'oxydation des minéraux réduits pour produire de l'énergie,
en transférant les électrons vers le dioxygène de l'air via une chaîne respiratoire membranaire.

Certaines bactéries sont:

Chimiolithotrophes obligatoires,
Chimiolithotrophes facultatives.

Parmi ces bactéries il y a:

Les chimio-litho-autotrophes qui utilisent le
CO₂ comme source de carbone;
 Les chimio-litho-hétérotrophes (mixotrophes)
qui sont hétérotrophes pour la source de carbone.
 Principaux donneurs d'électrons des micro-organismes chimiolithotrophes

 Les principaux composés minéraux réduits utilisés

comme donneurs d'électrons par les bactéries
chimiolithotrophes sont des composés de l'azote, du
soufre, le fer, l'hydrogène et le monoxyde de carbone.

Les composés de l’azote:

 Les composés réduits de l'azote sont utilisés par les
bactéries nitrifiantes qui peuvent être différenciés en
deux groupes:
 Groupe des bactéries nitritantes oxydent
exclusivement l'azote ammoniacal en nitrite
Bactéries
(Nitrosomonas, Nitrosococcus, etc.) = Nitrification. Nitratantes

 Groupe des bactéries nitratantes qui oxydent le

nitrite en nitrate (Nitrobacter, Nitrospira, etc.). Bactéries Nitritantes
 Les composés de soufre:
Les composés réduits du soufre, essentiellement le sulfure (HS ou S2 ou H₂S), le soufre élémentaire (S°),le
thiosulfate et le tétrathionate (S₂O32-, S4O62-), et le sulfite (SO32-), sont utilisés par des bactéries sulfo-
oxydantes aérobies, qualifiées de sulfobactéries incolores par opposition aux bactéries phototrophes sulfo-
oxydantes pourpres et vertes.

Différents métabolismes des procaryotes sulfo-oxydantes.

Types trophiques Sources d'énergie Sources de carbone Micro-organismes pH de croissance

Minérales Organiques Minérales Organiques Neutre Acide
Chimio-lithotrophes Thiobacillus, X X
autotrophes obligatoires X X Acidothiobacillus

Chimiolithotrophes Thiobacillus, Sulfolobus, X X

autotrophes facultatifs
Chimiolithohétéro-
trophes
Chimio-organohétéro-
Trophes
X X X X Acidianus, Thiosphaera
Thiobacillus, Beggiatoa X
X X X
Beggiatoa, Macromonas X
X X Thiobacterium, Thiotrix
Les composés de Fer:

Le fer réduit ou fer ferreux (Fe²+) est utilisé par les bactéries ferro-
oxydantes aérobies comme donneur d'électrons et donc oxydé en fer
ferrique (Fe³+) via une chaîne respiratoire qui dérive les électrons vers le
dioxygène.
• A pH neutre, quelques ferro-bactéries sont capables d'utiliser le fer
ferreux; elles sont chimiolithotrophes autotrophes obligatoires.
• A pH acide, le fer ferreux représente une source d'énergie utilisable
par les bactéries ferro-oxydantes acidophiles qui sont des chimiolitho-
autotrophes obligatoires ou Acidimicrobium qui est chimiolitho-
autotrophe facultatif.
La production d'énergie chez les micro-organismes chimiolithotrophes

Les électrons provenant de l'oxydation du composé minéral réduit sont

transférés au dioxygène de l'air via une chaîne respiratoire située dans la
membrane cytoplasmique.
Le potentiel redox de ces composés étant en général trop élevé, la chaîne
respiratoire décrite précédemment chez les micro-organismes chimio-
organotrophes n'est pas utilisée dans sa totalité mais seulement dans sa
partie terminale.
La translocation des protons qui résulte de l'activité de la chaîne
respiratoire entraîne une force proton-motrice qui peut être utilisée
comme énergie ou bien permettre la synthèse d'ATP par phosphorylation
oxydative.
Chez la plupart des bactéries chimiolithotrophes, la production d'ATP est
exclusivement obtenue par phosphorylation oxydative, à l'exception des
bactéries sulfo-oxydantes où une faible part d'ATP est produite par
phosphorylation au niveau du substrat lors de l'oxydation du sulfite en
sulfate.
Chez les micro-organismes chimiolithotrophes autotrophes, la réduction
du CO₂ en composés organiques utilisés pour les biosynthèses, nécessite
du pouvoir réducteur sous la forme de quantités importantes de
coenzymes réduits (NADH,H+ ou NADPH,H+).
Les électrons nécessaires à la réduction de ces coenzymes sont issus de
l'oxydation du donneur d'électrons(composé minéral réduit). Or, mis à part
le cas de l'hydrogène et du CO, les potentiels redox des couples donneurs
d'électrons (sources d'énergie) sont plus élevés que celui du couple NAD+
/NADH,H+, et donc les électrons ne peuvent pas être transférés
spontanément vers le NAD+. Il en résulte un transfert par un flux inverse
d'électrons, via une partie de la chaîne respiratoire, qui est consommateur
d'énergie (Figure 3-19),le rôle de l'énergie étant de placer les électrons à un
niveau énergétique suffisant pour réduire les coenzymes et notamment le
NAD*. Ainsi, chez les bactéries chimiolithotrophes, la faible quantité
d'énergie produite par la respiration est en grande partie utilisée pour
produire du pouvoir réducteur (via le flux inverse d’életrons) nécessaire
aux biosynthèses.
Schéma général du flux inverse d'électrons chez les bactéries chimiolithotrophes.
T= transporteurs d'électrons. Le flux inverse correspond au transport des électrons
des cyto-chromes (cyt) vers le NAD*, via les transporteurs membranaires (T).