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REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA


RECHERCHE SCIENTIFIQUE

UNIVERSITE DE M’HAMED BOUGUERA –BOUMERDES

Faculté des Sciences


Département de Biologie

Polycopié pédagogique
Biochimie Approfondie
Licence Biotechnologie et Santé

élaboré par LAOUFI Razika

ANNEE UNIVERSITAIRE : 2019/2020


Chapitre 1
I. Introduction au métabolisme 1
I.1. Production de l'énergie 1
I.1.1. Energie en biologie 1
I.1.1.1. Notion d'énergie libre: variation de Gibbs 2
I.1.1.2. Couplage des réactions biochimiques 2
I.1.1.3. Rôle et structure de l'ATP 2
I.1.1.4. Phosphorylation des protéines 3
I.1.1.5. Pouvoir réducteur des coenzymes 3
I.2. Quelques éléments de la régulation du métabolisme 4
I.2.1. Réactions irréversibles du point de vue énergétique 5
I.2.2. Quantité d'enzymes synthétisées 6
I.2.3. Activité des enzymes 6
I.2.4. Signaux extracellulaires 6
II.Métabolisme du glycogène 7
II.1 . Glycogénolyse 7
II.1.1. Séquence des réactions enzymatiques 7
II.1.1.1. Phosphorolyse du glycogène 7
II.1.1.2.Glucosyl-4,4-transférase 7
II.1.1.3 . α (1- 6) Glucosidase 7
II.1.2. Régulation de la glycogénolyse 8
II.1.2.1 .Régulation hormonale 8
II.1.2 .2 . Régulation par le calcium 10
II.2. Glycogénogènèse 11
II.2.1. Séquences des réactions enzymatiques 11
II.2.1.1. Isomérisation du glucose 6 en glucose 1-6 11
II.2.1.2 .Transfert du résidu glucosyl sur UTP 11
II.2. 1.3 .Synthèse d’un primer 11
II.2. 1.4 .Elongation 12
II.2.1.5. Formation des chaînes latérales 13

II.2.2. Régulation de la glycogénogénèse 13


III.Glycolyse.
14
III.1.Introduction 14
III .2. Sources de glucose 14
III .3. Réactions de la phase hexoses de la glycolyse 15
III 4. Réactions du tronçon trioses 16
III .5. Bilan de la glycolyse 18
III. 6. Destinées du pyruvate en anaérobiose 18
III.6.1 Fermentation alcoolique par les levures 18
III.6.2 Voie homolactique 19
III.6.3 Cycle de Cori 19
III .7. Entrée d’autres oses dans la glycolyse 19
III.7.1. Saccharose 20
III.7.2. Maltose 20
III.7.3 Lactose 21
III.7.4 Galactose 21
III.7.5 Mannose 21
III.7.6 Fructose dans le foie 22
III.7.7 Fructose dans les autres tissus 22
III.8. Régulation de la glycolyse 22
III.8.1 Hexokinase et la glucokinase 22
III.8.2 Phosphofructokinase-1 22
IV.Néoglucogenèse 25
IV. 1 Introduction 25
IV.2 Réactions de la néoglucogenèse 25
IV.2.1 Néoglucogenèse à partir du pyruvate 26
IV.2.1.1 Formation du PEP à partir du pyruvate 26
IV 2. 1.2 Transformation du phosphoenolpyruvate en fructose-1,6-biphosphate 27
IV 2.1.3 Déphosphorylation du Fructose-1,6-Bisphosphate en Fructose 6-P 27
IV 2.1.4 Isomérisation du fructose 6-P en glucose 6-P 27
IV 2.1.5 Déphosphorylation du glucose 6-P en glucose 27
IV 2.2 Bilan 27
IV. 3. Néoglucogenèse à partir de précurseurs autres que le pyruvate 27
IV .3.2. Néoglucogenèse à partir de l’Alanine des Muscles 27
IV .3.3.Néoglucogenèse à partir des acides aminés glucoformateurs 28
IV .3.4. Néoglucogenèse à partir du Glycérol 29
IV .4 .Régulation réciproque de la néoglucogenèse et de la glycolyse 29
IV .4.1. Régulation allostérique 30
IV 4.1.1. Phosphofructokinase 1 /Fructose 1,6 bisphosphatase 1 30
IV.4.1.2. Pyruvate déshydrogénase /Pyruvate carboxylase 30
IV 4.2 . Régulation hormonale 31
V.Décarboxylation Oxydative du Pyruvate et Cycle de KREBS 33
V .1. Décarboxylation Oxydative du Pyruvate 33
V .1.1.Entrée du pyruvate dans la mitochondrie 33
V .1.2 .Transformation du pyruvate en Acétyl-CoA 33
V .1.3. Régulation de l'activité de la pyruvate déhydrogénase 35
V .2.Cycle de KREBS 35
V .2.1. Réactions du cycle 35
V. 2.1.1.Phase d’oxydation totale de l’acétyl-CoA 35
V. 2.1.2.Phase de régénération de l’oxaloacétate 35
V 2.2. Bilan du cycle 37
V .2.3. Régulation du cycle de Krebs 38
Chapitre 2. Chaine Respiratoire et Phosphorylation Oxydative 40
1. Réactions d'oxydo-réduction et potentiel de réduction standard 40
2.Respiration cellulaire : la chaîne respiratoire 41
2.1. Généralités sur la respiration cellulaire aérobie 41
2.2.Description de la chaine respiratoire 41
2.3.Fonctionnement de la chaine respiratoire 41
3.Phosphorylation de l’ADP 41
4. Contrôle de la chaîne respiratoire 43
5.Navettes de transport des accepteurs d'électrons 43
Chapitre 3.Voie des pentoses phosphates
44
1. Réaction de la voie des pentoses phosphates 44
1.1. Première branche oxydative et irréversible 44
1.2. Deuxième branche non oxydative et réversible 44
2. Régulation 47
3. Rôles du couple NADP+/NADPH,H+ dans la cellule 47
3.1.Potentiel réducteur de la cellule 47

3.2.Pouvoir réducteur dans les biosynthèses 47

3.3.Réduction du peroxyde d’hydrogene (H2 o2 ) et des peroxydes 47

Chapitre 4 .Dégradation des lipides


I. Introduction 48
2. β-oxydation des acides gras saturés 48

2.1 . Activation des acides gras 48


2.2. Transfert intra-mitochondrial des acyl-CoA 48
2.3. Clivage des acyl CoA avec libération successive d’acétyl CoA 49
2.4. Devenir de l’acétyl-COA 49

3. β-oxydation des acides gras insaturés 50

4. Régulation du métabolisme des lipides 50

Chapitre 5.Métabolisme des Acides Aminés 51


1. Introduction 51
2. Catabolisme des acides aminés 51
2.1.Élimination du NH 2 des acides 51
2.2. Catabolisme du squelette carboné 53
2.3. L'ammoniac NH3 54
2.4. Cycle de l’urée 55
3. Synthèse endogène des acides aminés 56
I.Introduction au métabolisme
Toute cellule est le siège de milliers de réactions chimiques qui mettent en jeu des transferts de
matière et/ou d'énergie.Cet ensemble de réactions biochimiques s'appelle le métabolisme.
Les réactions forment un réseau de voies métaboliques le long desquelles les molécules, que l'on
appelle des métabolites, sont transformées.Chaque métabolite est issu d'un ou de plusieurs
précurseurs et est le précurseur d'un ou de plusieurs métabolites.Cette spécialisation est liée aux
sources d'énergie, aux sources de carbone et au compartiment subcelluaire .
I.1.Production d’energie
I.1.1.Energie en biologie
Toutes les manifestations de la vie s’accompagnent d’un transfert d’energie.La classification
basée sur les sources d'énergie définit 2 groupes majeurs d'organsimes :
• les phototrophes qui utilisent l'énergie lumineuse du soleil et qui la convertissent en une
énergie chimique sous forme de molécules organiques complexes.
• les chimiotrophes qui utilisent ces molécules organiques comme source d'énergie en les
dégradant par oxydation et qui refournissent des molécules simples aux phototrophes.
les chimiotrophes peuvent aussi utiliser comme source d'énergie des substances inorganiques
oxydables comme le Fe2+, NO2-, NH4+ ou des formes élémentaires de soufre.
La classification basée sur les sources de carbone définit 2 autres groupes majeurs d'organsimes
les autotrophes qui utilisent le dioxide de carbone (CO2) comme seule source.
• les hétérotrophes qui utilisent une forme organique du carbone afin de synthétiser d'autres
composés carbonés qui leur sont essentiels.les 2 principaux sources de carbone sont le
CO2 atmosphérique et le carbone constitutif des êtres vivants.En conséquence, tout organisme
appartient à l' un des 4 groupes photo-autotrophes, photo-hétérotrophes, chimio-autotrophes,
chimio-hétérotrophes.Ainsi, pour vivre, la cellule doit puiser de l'énergie du milieu extérieur. Il
s'agit, par exemple, de l'énergie lumineuse dans le cas de la cellule végétale.Cette énergie
initiale sert à la photosynthese au cours de laquelle le CO2 et l'eau se combinent pour former
des glucides. Puis, chez les organismes aérobies, ces glucides sont oxydés pour reformer de
l'eau et du CO2 au cours de la respiration.Une partie de l'énergie lumineuse initiale en une forme
d'énergie chimique, qui est seule utilisable par la cellule pour effectuer ses divers travaux ,c’est
l'adenosine triphosphate ou ATP.
Au cours des processus cataboliques, la partie utile de l'énergie initiale (l’energie de Gibbs) est
stockée dans des intermédiaires particuliers qui sont deux coenzymes réduits porteurs
d'électrons qui sont la nicotinamide adénine dinucléotide (NADH) et laflavine adénine
dinucléotide (FADH2).L'anabolisme et le catabolisme ont lieu simultanément dans la cellule, qui
sont régulés de manière coordonnée. Par ailleurs, les voies de biosynthèse et de dégradation qui

1
pourraient être en compétition sont chez les Eucaryotes, souvent localisées dans
des compartiments sub-cellulaires distincts.
I.1.1.1. Notion d'énergie libre:variation de Gibbs
En permanence, une cellule capte de l'énergie du milieu extérieur ,céde une partie de cette
énergie au milieu extérieur sous forme de chaleur et transforme le reste de cette énergie en
travaux cellulaires. La variation d'énergie libre de Gibbs ΔG' mesure la partie de l'énergie d'un
système qui produit un travail utile.
• Quand ΔG' est négative, la réaction se déroule spontanément.
• Quand ΔG' est positive, la réaction ne peut avoir lieu sans un apport d'énergie libre de
Gibbs d'une autre réaction qui lui est couplée.
• Quand ΔG' = 0, la réaction ne peut plus effectuer de travail utile, elle se déroule à l'équilibre.
La mesure de l'énergie libre de Gibbs nécessite de définir un état standard. Les conditions
standard sont le pH = 7 et une concentration [H+] de 10-7 M.
La variation d'énergie libre de Gibbs standard est désignée par ΔG°'.
Variation d'énergie libre de Gibbs et constante d'équilibre:
Pour une réaction quelconque : A + B <===> C + D

Equivalent à : ΔG'réaction = ΔG°'réaction + RT Ln (rapport des concentrations dans la cellule)

A l'équilibre, ΔG' = 0 : Alors :

[A]φ est la concentration du métabolite dans la cellule ou concentration physiologique


R est la constante des gaz parfaits : 8,3 Joules /degré/mole
T est la température absolue
Ln est le symbole des logarithmes népérien
I.1.1. 2 Couplage des réactions biochimiques
L'énergie libre de Gibbs libérée par une réaction dont ΔG' est très négative peut-être utilisée
pour qu'une réaction dont ΔG' est positive se déroule.On parle alors de couplage des réactions.
réaction 1: A <===> B ΔG' < 0 réaction spontanée dans le sens de formation de B
réaction 2 : C <===> D ΔG' > 0 réaction impossible dans le sens de formation de D
réactions 1 et 2 couplées : A + C <===> B + D ΔG' < 0 réaction spontanée dans le sens de
formation de D
I.1.1.3. Rôle et structure de l'ATP
L'ATP joue un rôle central dans le métabolisme cellulaire ,c'est le composé à haut potentiel
énergétique le plus abondant dans la cellule.l'hydrolyse des composés à potentiel plus
énergétique que celui de l'ATP sert la plupart du temps à la synthèse de l'ATP.

2
c'est l'énergie libre de Gibbs libérée lors de l'hydrolyse de l'ATP qui est utlisée pour
les différents travaux cellulaires. L'ATP est un triphosphate de nucluosides dans lequel une
liaison ester phosphate relie le phosphate α à l'oxygène 5' du ribose et une
liaison phosphoanhydride relie les phosphates α et β (Fig.1).

Figure 1.Adenosine 5’-triphosphate Figure 2. Transfert du groupement phosphoryle de l'ATP


par les proteines kinases
I.1.1.4.Phosphorylation des protéines
Les proteines kinases ou phosphotransferase catalysent le transfert du groupe phosphoryle γ de
l'ATP à un autre substrat. Ces enzymes catalysent des réactions irréversibles (Fig.2).Le produit
est une tyrosine ou une serine/threonine phosphorylée de la protéine cible.L'énergie libre de
Gibbs contenue dans la structure de l'ATP est transférée au moment où la liaison ester phosphate
ou les liaisons phosphoanhydrides sont hydrolysées.l'hydrolyse de la liaison ester phosphate
libère dans les conditions standard une ΔG°' = - 3,5 kcal.mol-1ainsi l'hydrolyse de chacune des 2
liaisons phosphoanhydrides libère dans les conditions standard une ΔG°' = - 7,3 kcal.mol-1
(Tab.1).
Tableau 1: Exemples d'autres composés à haut potentiel énergétique

Molécule type de liaison


phosphoénolpyruvate énol ester
acétyl phosphate anhydride mixte
phosphocréatine/ phosphoarginine phosphoamide
coenzyme A ou CoASH thioester
pyrophosphate inorganique (PPi) phosphoanhydride
adénosine diphosphate (ADP) phosphoanhydride
adénosine monophosphate (AMP) ester phosphate

I.1.1.5. Pouvoir réducteur des coenzymes


Ces molécules constituent une forme d'énergie universelle.Leur énergie chimique est contenue
dans les électrons qu'elles portent à l'état réduit.Cette énergie est libérée lors de leur réoxydation
et elle sert à la formation d’un gradient de proton, lui-même à l'origine de la force proton
motrice utilisée pour la synthèse d'ATP (Tab. 2).
3
Tableau 2: Le pouvoir réducteur des coenzymes
Molécule abréviation
nicotinamide adéninine dinucléotide réduit NADH
nicotinamide adéninine dinucléotide phosphate réduit NADPH
flavine mononucléotide réduit FMNH2
flavine adéninine dinucléotide réduit FADH2

La nicotinamide adénine dinucléotide contient la nicotinamide qui est l'amide de l'acide (Fig.3).

Figure 3. Nicotinamide adenine dinucleotide Figure 4. Nicotinamide adenine réduite

Au cours de la réduction du coenzyme, le groupe nicotinamide capte un proton et un ion hydrure


H+ d'un substrat qui est déshydrogéné (Fig.4): NAD+ + 2H+ + 2 e- <===> NADH + H+
Dans la structure de la nicotinamide adénine dinucléotide phosphate (réduite ou non /
NADP+ ou NADPH+), un groupe phosphoryle supplémentaire substitue l'hydrogène de
l'hydroxyle situé en position 2' du ribose lié à l'adénine (Fig.5).

Figure 5. Structure de la Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate réduite ou non

I.2.Quelques éléments de la régulation du métabolisme


L'environnement des organismes et des cellules change en permanence. Les réactions du
métabolisme doivent donc être finement régulées pour maintenir le plus possible des conditions
de vie constantes (homéostasie) et pour répondre à des signaux intrinsèques ou extrinsèques.
Il existe divers modes de régulation du métabolisme:
4
I.2.1.Réactions irréversibles du point de vue énergétique

De cette relation, il ressort que la concentration physiologique des métabolites régit la variation
d'énergie libre d'une réaction, donc sa spontanéité et le sens dans lequel elle se déroule.
a.Les réactions irréversibles :
Les réactions sont des réactions métaboliquement irréversibles qui se caractérisent par des
valeurs de ΔG' très négatives.Les réactions irréversibles régulent le flux des voies métaboliques.
Ces réactions sont catalysées par des enzymes qui sont en quantités limitées dans la cellule.La
transcription des gènes qui codent ces enzymes est soumise à des mécanismes de
régulation extrêmement fins.Ces enzymes ont des propriétés catalytiques particulières et sont le
plus souvent des enzymes à régulation allostérique .Les réactants ou les produits de ces réactions
sont souvent des métabolites qui modulent l'activité d'enzymes qui catalysent d'autres réactions
en aval ou en amont. Ces métabolites sont appelés effecteurs de l'activité enzymatique.
b.Les réactions réversibles :
Les réactions biochimiques pour lesquelles le rapport des concentrations physiologiques des
métabolites est proche du rapport des concentrations à l'équilibre, sont dites au voisinage de
l'équilibre. Ces réactions sont donc facilement réversibles.Pour ces réactions, la moindre
tendance à s'éloigner d'un état proche de l'équilibre est immédiatement rétablie par le très haut
pouvoir de catalyse des enzymes qui les contrôlent.
I.2.2. Quantité d'enzymes synthétisées
le contrôle de la quantité d'enzymes synthétisées est donc un autre moyen de régulation du
métabolisme.Ce contrôle s'exerce de diverses manières:
a. Le niveau de transcription des gènes
b. La modulation de l'activité et de la localisation des facteurs de transcription.
c. La régulation post-transcriptionnelle
I.2. 3. Activité des enzymes
Il existe différents mode de régulation de l'activité des enzymes , les modifications post-
traductionnelles modifient la structure des protéines et modulent ainsi leur fonction. La
modulation de l'activité par les effecteurs allosteriques qui modifient la conformation des
enzymes, donc leur activité enzymatique.
I.2.4. Signaux extracellulaires
Les signaux extrinsèques jouent un rôle capital dans la régulation . Les signaux extracellulaires
émanent d’hormones, de stimuli divers, de stress et d’autres cellules.Ces signaux sont captés par
des récepteurs de différents types :
• soit la molécule signale pénètre dans la cellule pour se lier à un récepteur cytoplasmique
5
• soit la molécule signale se lie au domaine extracellulaire d’un récepteur transmembranaire
Il existe divers types de récepteurs transmembranaires:
-les récepteurs ionotropes qui sont des protéines qui ouvrent des cannaux ioniques
-les récepteurs métabotropes qui sont couplés à une proteine G
-les récepteurs métabotropes dotés d’une activité enzymatique intrinsèque qui est déclenchée par
la fixation du ligand (recepteur insuline).Ensuite, des messagers dits “secondaires” vont relayer
le signal jusqu’à la cible intracellulaire par un ensemble d’évènements que l’on appelle
la transduction du signal .Parmi les messagers secondaires, on peut citer l’AMP cyclique, le
calcium et la calmoduline. Cette cascade d’évènements de signalisation met en jeu des proteines
kinases qui phosphorylent des enzymes induisant une modification de la structure de ces
enzymes qui se traduit par une diminution ou une augmentation de leur activité enzymatique
(Fig.6).

Figure 6. Signaux extracellulaires


Références bibliographiques

• Reginald H. Garrett et Charles M. Grisham. 2012 .Biochemistry, Wadsworth Publishing


Co Inc. 5e éd.
• Endicott. 2012. The Structural Basis for Control of Eukaryotic Protein Kinases. Annu.
Rev. Biochem. 81, 587 – 613

6
II.Métabolisme du glycogène
II.1. Glycogénolyse
Le glucose est une source d’énergie fondamentale et préférentielle du cerveau. Le glucose
sanguin provient de trois origines, le glucose alimentaire ingéré au moment de la prise des repas
(disaccharide, amidon et glycogène), la néoglucogenèse trop lente pour répondre à une demande
immédiate et la dégradation du glycogène hépatique.
Le glycogène est un polysaccharide composé de plusieurs unités d'oses, constitué de chaînes de
résidus glucose reliées par une liaison α-1,4.Ces chaînes sont reliées entre elles par des
branchements α-1,6.
II.1.1. Séquence des réactions enzymatiques
II. 1.1.1. Phosphorolyse du glycogène
La phosphorolyse est catalysée par la glycogène phosphorylase. Cette enzyme coupe la
liaison α (1-4) à partir de l'extrémité non réductrice et fixe sur le carbone 1 du glucose libéré
un groupement phosphate, en donnant du glucose 1-P. La phosphorolyse est répétée de façon
séquentielle sur le glycogène jusqu'à 4 résidus glycosyles sur chaque chaîne avant la liaison α
(1-6). La structure résiduelle est appelée dextrine limite (Fig.7)
II.1.1.2. Glucosyl-4,4-transférase
Elle intervient sur la dextrine limite en enlevant sur chaque chaîne de la dextrine limite un
oligosyle formé de 3 résidus glucose pour aller allonger une autre chaîne de la dextrine limite
permettant ainsi la reprise de la phosphorolyse sur cette chaîne.
II.1.1.3 . α (1- 6) Glucosidase
L’hydrolyse des résidus glucose reliés par la liaison α (1-6) est realiseé par la glucosidase en
libèrant les glucoses.Après l’action de ces trois enzymes le glycogène libère essentiellement du
glucose 1-P et une faible quantité de glucose.
Le glucose1-P est isomérisé en glucose-6-P par la phosphoglucomutase. Le glucose 6-P peut
entrer dans la glycolyse dans le foie et dans le muscle. Mais l’objectif de la dégradation du
glycogène hépatique est avant tout le maintien de la glycémie. Pour ce faire seul le foie,
après dégradation du glycogène, dispose de la glucose 6-phosphatase, permettant l’hydrolyse
du glucose 6- en glucose et l’excrétion de ce dernier dans le sang. L’ensemble de la séquence
des réactions de dégradation du glycogène est résumé dans la figure 7.

7
Figure 7.Réactions de la glycogénolyse
II.1.2. Régulation de la glycogénolyse
Le métabolisme énergétique du glycogène est sous contrôle hormonal. L’adrénaline et le
glucagon dirigent le catabolisme et la production de l’énergie , l’insuline contrôle
l’anabolisme orienté vers le stockage de l’énergie. Les effets de ces 2 groupes d’hormones
sont antagonistes, ce qui nécessite une régulation coordonnée.On distingue la régulation
hormonale et la régulation par les ions Calcium.
II.1.2.1.Régulation hormonale
Le glucagon et l’adrénaline (épinéphrine) sont les deux principales hormones qui
contrôlent la dégradation du glycogène. Il existe deux glycogène phosphorylases, l'une
musculaire et l'autre hépatique. Chacune existe sous deux formes, forme a (active) et
forme b (inactive). La phosphorylase musculaire est formée de 4 sous-unités, groupées
en dimères (forme inactive), possédant chacune un groupement séryle. Lorsque les OH des
sérines sont phosphorylés, les dimères s'assemblent en tétramère (forme active).La
phosphorylase hépatique est dimérique. La forme dimérique (b) inactive peut passer à la forme

8
dimérique (a) active par phosphorylation.Les deux phosphorylases s'interconvertissent l'une
dans l'autre grâce à l'action de deux enzymes, la phosphorylase kinase (passage de la forme
inactive à la forme active par phosphorylation) et la phosphorylase phosphatase (hydrolyse du
groupement phosphate) (Fig.8).

Figure 8.Régulation de la phosphorylase


La phosphorylase kinase qui phosphoryle la phosphorylase hépatique ou musculaire
existe aussi sous deux formes , une active (phosphorylée) et l'autre inactive
(déphosphorylée). L'interconversion entre la forme inactive et la forme active est assurée
par une protéine kinase.La protéine kinase est formée de deux sous-unités dont l'une est
catalytique (active) et l'autre régulatrice. La forme inactive est l’assemblage des deux
sous- unités, la sous unité régulatrice masquant le site catalytique de la sous-unité active.
L'activation de la protéine kinase est assurée par l'AMPc (AMP cyclique) qui en se combinant à
la partie régulatrice libère le site catalytique de la sous-unité active.
L'AMPc est formé dans le cytosol à partir de l'ATP par l’adénylate cyclase membranaire,
qui est activée par deux hormones principales l’ adrénaline (épinéphrine) ou le glucagon.
La régulation hormonale est en fait le résultat de la transduction d’un signal chimique
conduisant à des effets intracellulaires qui correspondent à la mobilisation du glycogène. Les
mécanismes d’action de l’adrénaline et du glucagon sont similaires, une fois que chacune de
ces hormones est fixée sur son récepteur membranaire spécifique. La formation du
complexe récepteur-ligand déclenche une cascade de réactions (Fig.9).
La fixation de chacune des hormones sur son récepteur membranaire spécifique entraîne
l’activation d’une adénylate cyclase membranaire ,une fois activée elle catalyse par hydrolyse
de l’ATP, et forme de l’AMP cyclique (AMPc), considéré comme un second messager.
9
L’AMPc se fixe sur une protéine kinase A (AMPc dépendante) et se combine à la sous- unité
régulatrice pour libérer la sous-unité catalytique (Protéine kinase A active).
La protéine kinase A (active) phosphoryle, en présence de l’ATP, la glycogène
phosphorylase kinase qui devient active sous forme phosphorylée.
Enfin cette dernière phosphoryle la glycogène phosphorylase en la faisant passer de la forme b à
la forme a qui catalyse la phosphorolyse du glycogène.

Figure 9.Régulation de la glycogenolyse


II.1.2 .2 . Régulation par le calcium
La glycogène phosphorylase kinase est activée par un autre processus actif dans les

muscles striés, est déclenché par le relargage de grandes quantités d’ions Ca2+ par le
réticulum endoplasmique. la calmoduline une petite protéine responsable , qui fixe 4 ions

Ca2+ pour former un complexe calmoduline-Ca2+ actif. Ce dernier se comporte ensuite


comme une sous-unité activatrice d’une protéine kinase calmoduline dépendante . La
protéine kinase activée, en présence d’ATP, phosphoryle la glycogène phosphorylase
kinase. Ainsi la régulation par le calcium peut venir renforcer la régulation hormonale et
améliorer la dégradation du glycogène surtout dans les cas où il faut anticiper les besoins en
glucose.
II.2. Glycogénogènèse
À l’issue d’une alimentation riche en glucides et en protéines, le foie synthétise du glycogène
pour une mise en réserve d’une partie du glucose excédentaire et dans les muscles la
régénération du stock glycogénique. La synthèse du glycogène se déroule
essentiellement dans le foie et dans le muscle. L’enzyme principale est la glycogène
synthase. Le précurseur est le glucose 6-P.

10
Notre organisme dispose de deux voies métaboliques permettant de faire diminuer la
concentration de glucose dans le sang, la glycolyse ou la mise en réserve du glucose par la
glycogénogénèse.
II.2.1.Séquences des réactions enzymatiques
II.2.1.1. Isomérisation du glucose 6 en glucose 1-6

La phosphoglucomutase transforme le glucose 6-phosphate en glucose 1-phosphate.


II.2.1.2. Transfert du résidu glucosyl sur UTP (formation de l'UDP glucose)
L’UDP-glucose pyrophosphorylase active à nouveau le glucose 1-phosphate en UDP-glucose
(UDPG). Elle catalyse la fixation de l’UMP sur le glucose 1-phosphate et libère l’UDPG et un
ion pyrophosphate.
Glucose 1-phosphate + UTP + H2O → UDP-glucose+ 2 Pi

Pyrophosphatase : PPi+ H2O → 2Pi

II.2.1. 3 .Synthèse d’un primer pour initier la synthèse du glycogène


La glycogène synthase qui assure la formation de la liaison (1-4) est une enzyme d’élongation et
ne peut initier de novo la synthèse du glycogène à partir du glucose. Il faut un primer ou une
amorce qui peut être obtenu par utilisation d’un fragment de glycogène sous forme de dextrine.
En l’absence de ce fragment la glycogénine une protéine spécifique qui intervient. Elle
possède une chaîne latérale de tyrosine qui sert d’accepteur, grâce à sa fonction -OH, au
premier résidu glucosyle provenant de l’UDP- glucose. La formation de la première
liaison osidique est catalysée par une glycogène synthase initiatrice.

11
La glycogénine, elle-même, peut rajouter quelques unités glucose liées par des liaisons
(1-4) pour terminer le primer (Fig.10).

Figure 10. Initiation de la glycogénogénèse

Les glycogènes synthases sont des enzymes du foie et des muscles qui transfèrent un radical
glucosyl- de l’UDP-glucose à l’extrémité d’une branche d’une molécule de glycogène. Elles
libèrent le coenzyme UDP.Le produit de l’activité de la glycogène synthase (amylopectine) a
une structure non branchée.L’enzyme branchant transfère des glucoses d’une liaison α-1,4 sur
une liaisonα-1,6 en créant une nouvelle branche à la molécule de glycogène.
II.2. 1.4 .Elongation de la chaîne par la glycogène synthase
L’élongation de la chaîne est assurée par la glycogène synthase qui transfère le résidu
glucosyle de l’UDP-glucose à l’extrémité non réductrice de la chaîne du primer et réalise de
façon séquentielle la liaison (1-4) suivant la réaction :
Glycogène (n glucose) + UDP-glucose glycogène [(n+1)] glucose + UDP

12
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L’UDP est reconverti ensuite en UTP par une nucléoside diphosphate kinase en
présence de l’ATP. ATP+UDP UTP+ADP
II. 2.1.5. Formation des chaînes latérales
A tous les 8 résidus glucose sur la chaîne linéaire synthétisée par la glycogène
synthase, se forme une branche donnant au glycogène une structure fortement ramifiée .
Les ramifications sont assurées par une enzyme branchante glycosyl (4,6) transférase.
Elle prélève un oligoside de 5 à 8 résidus glucose de l’extrémité non réductrice de la chaîne
en élongation et l’attache sur un glucosyle de la chaîne principale par une liaison (1-6).
II. 2.2. Régulation de la glycogénogenèse

La glycogène synthase existe sous deux formes, forme active (déphosphorylée) et forme
inactive (phosphorylée). L’interconversion entre les deux formes est sous le contrôle
d’une protéine phosphatase insulino-dépendante et de la protéine kinase A. L’activation de
la glycogène synthase est le résultat d’une série de réactions en cascade provoquées
par l’insuline. L’insuline se fixe sur son récepteur et forme un complexe récepteur-
insuline. La tyrosine kinase phosphoryle une tyrosine d’un premier substrat protéique
appelé IRS-1 (Insulin receptor substrate 1). IRS-1- va initier une série de réactions de
phosphorylations en cascade dont la dernière étape est la phosphorylation,
d’une protéine phosphatase (insulino-dépendante). Cette dernière déphosphoryle la
glycogène synthase et lui restitue son activité.La synthèse du glycogène est ainsi
initiée ou relancée. Il faut ajouter que l’insuline favorise l’activité de l’estérase qui
hydrolyse AMPc en AMP, ce qui réduit la teneur de la protéine kinase A active et, par
voie de conséquence, favorise la synthèse du glycogène (Fig.10).

.
Figure 11.Régulation de glycogène synthase
Références bibliographiques

• WEIL J.-H. 2005. Biochimie générale. 10ème édition. Dunod.

13
Biochimie Approfondie

III.Glycolyse
III.1.Introduction
la glycolyse est une voie métabolique qui transforme une molécule de glucose en deux
molécules de pyruvate.Cette conversion s'accompagne de la production nette de deux
molécules d'ATP.
La voie glycolytique se déroule dans le cytoplasme et pratiquement toutes les cellules la
possèdent. Pour certaines cellules, c'est même la seule source d'ATP. La glycolyse peut
être schématiquement divisée en deux phases
• la phase hexose qui consomme 2 molécules d'ATP.
• la phase en triose qui forme 4 molécules d'ATP.
Le glucose est le "fuel" énergétique de la plupart des organismes. La réaction de
combustion complète du glucose est C6H12O6 + 6 O2 6 H2O + 6 CO2
Ce rôle du glucose comme source énergétique essentielle est la raison pour laquelle il
occupe une position centrale dans le métabolisme.
Chez les animaux et les plantes, le glucose a trois destinées :
- le stockage sous forme de polysaccharides (glycogène, amidon, cellulose, saccharose ...)
- l'oxydation en pyruvate par la glycolyse ou la voie de Entner-Doudoroff.
- l'oxydation en ribose 5-phosphate par la voie pentoses phosphates .
Chez les organismes anaérobies (ou dans le muscle en forte contraction), le pyruvate subit
les réactions de la fermentation alcoolique ou de la fermentation lactique.
III.2. Sources de glucose
a. Le glycogène: C'est un polysaccharide , composé de plus de 20 unités d'oses .
b.L'amidon:C'est un polymère linéaire de 600 à 1000 résidus glucose . β amylase est
une exoglycosidase qui catalyse la libération progressive de résidu maltose à partir des
extrémités non réductrices de l'amidon.
c. Le saccharose ou sucrose
C'est l'une des principales sources alimentaires d'α-D-glucose .Il est hydrolysé par
la saccharase en α-D-glucopyranose et en β-D-fructofuranose.
d.Captation du glucose par les cellules :

Transport par diffusion facilitée , dans le sens d’un gradient de concentration , aide de
transporteurs membranaires.il ya 4 sortes transporteurs membranaires :
Glut1 et 3 présents partout assurant un transport minimum;

14
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Glut 4 : dans les muscles et tissu adipeux avec affinité élevée pour le glucose, fonctionnels
à faible glycémie, insulino-dépendants
Glut 2 : dans le foie et pancréas , faible affinité pour le glucose , fonctionnels à glycémie
élevée, non dépendants de l‟insuline .
II.3. Réactions de la phase hexoses de la glycolyse
a. La réaction catalysée par l'hexokinase ou la glucokinase

hexokinase est une enzyme qui catalyse la phosphorylation de certains autres hexoses le D-
fructose et le D-mannose.La glucokinase est l'isoforme IV de l'hexokinase que l'on trouve
dans le foie. Cette réaction consomme 1 molécule d'ATP par molécule de glucose. C'est
donc une réaction trés exergonique , donc irréversible (ΔG°' = - 4,0 kcal.mol-1)
b. La réaction catalysée par la glucose 6-phosphate isomérase
La glucose 6-phosphate isomérase transforme un aldohexose en cétohexose.

Cette réaction requiert le magnésium.Dans les conditions standard ΔG°' = + 0,4 kcal.mol-1.
c. La réaction catalysée par la phosphofructokinase-1
Cette enzyme phosphoryle le fructose 6-phosphate pour former le fructose 1,6-
bisphosphate.

La phosphofructokinase-1 (PFK-1) est l'enzyme clé de la régulatiun du flux global de la


glycolyse.C'est aussi l'une des enzymes clé du métabolisme énergétique.

15
Biochimie Approfondie

C'est une réaction trés exergonique, donc irréversible : ΔG°' = - 3,4 kcal.mol-1 .
d. La réaction catalysée par l'aldolase
L'aldolase scinde le fructose 1,6-bisphosphate en 2 trioses , le glycéraldéhyde 3-phosphate
et un cétose, la dihydroxyacétone phosphate.

Dans les conditions standard : ΔG°' = + 5,7 kcal.mol-1 donc la réaction est impossible dans
le sens de la coupure du fructose 1,6-bisphosphate.
III.4.Réactions du tronçon trioses
a. La réaction catalysée par la triose phosphate isomérase

La suite de la glycolyse implique le glycéraldéhyde-3-phosphate , à la fois celui formé


directement et celui formé à partir de la dihydroxyacétone-phosphate.Cependant, dans la
cellule la proportion de triose phosphate sous forme de dihydroxyacétone-phosphate est
de 95%.Dans les conditions standard : ΔG°' = + 1,8 kcal.mol-1.
b. La réaction catalysée par la glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase
Cette enzyme catalyse la seule réaction d’oxydo réduction de la glycolyse. elle oxyde le
glycéraldéhyde 3phosphate en 1,3 bisphosphoglycérate et elle réduit NAD+ en NADH.

un phosphate inorganique est à l'origine du second groupement phosphoryle. elle génère


une liaison à haut potentiel énergétique (ΔG°'hydrolyse = - 11,8 kcal.mol-1) contenue dans
le 1,3 -bisphosphoglycérate. Cette énergie sera utilisée dans la synthèse d'une molécule
d'ATP (liaison phosphoanhydride).

16
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c.La réaction catalysée par la phosphoglycérate kinase


Cette enzyme catalyse le transfert du groupement phosphate sur l'ADP pour former le 3-
phosphoglycérate et l'ATP. Ce mode de synthèse d'ATP s'appelle phosphorylation au
niveau du substrat.Dans les conditions standard : ΔG°' = - 4,5 kcal.mol-1.

d. La réaction catalysée par la phosphoglycérate mutase


Cette enzyme catalyse l'isomérisation du 3-phosphoglycérate en 2-phosphoglycérate. Dans
les conditions standard : ΔG°' = + 1,1 kcal.mol-1.

e.La réaction catalysée par l'énolase


Cette enzyme catalyse la formation du phosphoénolpyruvate à partir du 2-
phosphoglycérate par une réaction de trans-élimination d'une molécule d'eau.

C'est une métaloenzyme et le magnésium est indispensable à son acticité catalytique . Dans
les conditions standard : ΔG°' = + 0,4 kcal.mol-1.Cependant, le phosphoénolpyruvate formé
contient une liaison énol phosphate. Le potentiel énergétique de cette liaison est parmi les
plus élevés : ΔG°'hydrolyse = - 14,8 kcal.mol-1.
f. La réaction catalysée par la pyruvate kinase
Cette enzyme catalyse la transformation du phosphoénolpyruvate en pyruvate avec
synthèse d'ATP par phosphorylation au niveau du substrat. Cette réaction forme 1
molécule d'ATP par molécule de glucose.C'est une réaction trés
exergonique, irréversible :ΔG°' =- 7,5 kcal.mol-1

17
Biochimie Approfondie

.
III.5. Bilan de la glycolyse
chaque molécule de glycéraldéhyde-3-phosphate va permettre la formation de 2 molécules
d'ATP.Le bilan énergétique de la glycolyse est une synthèse nette de 2 molécules d'ATP
par molécule de glucose.
glucose + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+ 2 pyruvates + 2 ATP + 2 NADH + 2 H+ + 2 H2O
1er tronçon 2 moles d'ATP consommées par mole de glucose .2ème tronçon jusqu'au
pyruvate 4 moles d'ATP formées par mole de glucose et 2 moles de NADH + H+ formé par
mole de glucose.
III.6. Déstinées du pyruvate en anaérobiose:
Le pyruvate a deux déstinées en anaérobiose, il est transformé en lactate dans de nombreux
types de cellules ou en éthanol et CO2 chez la levure (fermentation alccolique).
en aérobiose, il entre dans le processus de phosphorylation oxydative.
III.6.1. La fermentation alcoolique par les levures
Au cours de la fermentation alcoolique, le pyruvate est d'abord décarboxylé en
acétaldéhyde et CO2 par la pyruvate décarboxylase .

La pyruvate décarboxylase utilise deux cofacteurs ,la thiamine pyrophosphate et l'ion


magnésium.L'acétaldéhyde est ensuite réduit en éthanol par l'alcool déshydrogénase .Au
cours de cette réaction, le NADH est réoxydé en NAD+ qui retourne dans la glycolyse au
niveau de la réaction catalysée par la glycéraldéhyde déshydrogénase.

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III. 6.2. Voie homofermentaire ou voie homolactique


La plupart des organismes réduisent le pyruvate en lactate par la lactate déshydrogénase .
Au cours de cette réaction, le NADH est réoxydé en NAD+ qui retourne dans la
glycolyse au niveau de la réaction catalysée par la glycéraldéhyde 3-phosphate
déshydrogénase.

III.6.3. Cycle de Cori


Quand le muscle squelettique se contracte, le pyruvate est transformé en lactate par
une lactate déshydrogénase. Le lactate rejoint le sang puis le foie où il est re-transformé en
pyruvate par une lactate déshydrogénase (Fig.12).

Figure 12. Cycle de Cori


Le foie est le principal pourvoyeur de glucose aux muscles, notamment pour la contraction
musculaire.Cette synergie entre organes où le foie reçoit du pyruvate des muscles et
renvoie du glucose aux muscles s'appelle le cycle de Cori. Ce cycle ne peut durer
indéfiniment car il y a une consommation nette de 4 molécules d'ATP.
III.7.Entrée d' autres oses dans la glycolyse
Le glucose est l'ose le plus utilisé par la cellule.Cependant, d'autres oses entrent peuvent
être précurseurs du glucose ou même entrer directement.Les disaccharides doivent d'abord

19
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être hydrolysés en monosaccharides puis phosphorylés avant d'entrer dans la glycolyse


(Fig .13).

Figure 13.Entrée des autres oses dans la glycolyse


III.7.1. Saccharose
Le saccharose est l'une des principales sources alimentaire d'α-D-glucose.C'est le seul
diholoside non réducteur trouvé à l'état naturel . Le saccharose est hydrolysé par
une saccharase en α-D-glucopyranose et en β-D-fructofuranose.

III.7.2.Maltose
Le maltose est un diholoside formé de l'α-D-glucopyranosyl-(1,4)-β-D-glucopyranose
maltose , il est hydrolysé par une maltase en 2 résidus α-D-glucopyranose.

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III.7.3. Lactose
Le lactose est le disaccharide du lait.,il est hydrolysé par une lactase intestinale en α-D-
glucopyranose et en α-D-galactopyranose qui sont envoyés dans la circulation sanguine.
III.7.4. Galactose
Il est d'abord phosphorylé en galactose 1-phosphate par la galactokinase. Le galactose 1-
phosphate réagit avec l'UDP-glucose dans une réaction catalysée par la galactose 1-
phosphate uridyltransférase. Les produits de cette réactions sont le glucose 1-phosphate et
l'UDP-galactose.La phosphoglucomutase convertit le glucose 1-phosphate en glucose 6-
phosphate qui entre dans la glycolyse. L'UDP-galactose catalysé par la galactose 1-
phosphate uridyltransférase, est recyclé en UDPG par l'UDP-G 4'-épimérase.

III.7.5. Mannose
Le mannose est d'abord phosphorylé en mannose 6-phosphate par l'hexokinase puis
isomérisé en fructose 6-phosphate par la mannose 6-phosphate isomérase.

III.7.6. Fructose dans le foie


Dans le foie, le fructose est transformé en fructose 1-phosphate par la fructokinase.Le
fructose 1-phosphate est clivé par la fructose 1-phosphate aldolase pour former la
dihydroxyacétone-phosphate et le glycéraldéhyde.Enfin, le glycéraldéhyde est phosphorylé
en glycéraldéhyde 3-phosphate par la triose kinase.

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III.7.7. Fructose dans les autres tissus


Dans les autres tissus, le fructose est tranformé en fructose 6-phosphate par l'hexokinase.

III.8.Régulation de la glycolyse
La glycolyse produit de l'énergie rapidement mais sur de courtes durées. La régulation de
la glycolyse est liée aux besoins énergétiques de la cellule.Les sites de régulation de la
glycolyse correspondent aux 3 étapes irréversibles de cette voie métabolique. Ce sont les
réactions catalysées par des enzymes à régulation allostérique (Tab.3).
Tableau 3: activateurs (A) et des inhibiteurs (I) des 3 enzymes clé de la régulation de la
glycolyse
hexokinase* phosphofructokinase pyruvate kinase
G 6-P I
F1,6-BP A
F2,6-BP A A
ATP) I (concentrations > 10-3 M I
ADP A A
AMP A I
acétyl CoA I
NADH A puis I
citrate I I
PEP I A
Pi A

III. 8.1. Hexokinase et la glucokinase


L'hexokinase est inhibée par le produit de la réaction qu'elle catalyse le glucose-6-
phosphate. Cette inhibition se fait par effet allostérique au niveau d'un site effecteur.La
régulation de l'hexokinase n'est pas un point de contrôle majeur du flux de la glycolyse car
une grande partie du glucose-6-phosphate provient de l'hydrolyse du glycogène. En
conséquence la réaction catalysée par l'hexokinase peut être contournée.En revanche, la
régulation de l'activité de l'hexokinase est importante dans le cadre de la réversion de la
glycolyse et de l'activation de la neoglycogenese quand la concentration en ATP
est élevée.La glucokinase est l'isoforme IV de l'hexokinase (mammifères) que l'on trouve
dans le foie. Elle a un km élevée pour le glucose et n'est donc active qu'à fortes

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concentrations de glucose KMglucokinase = 10 mM - KMhexokinase = 0.1 mM - [glucose sanguin]


= 5 Mm.Le KM élevé de la glucokinase pour le glucose permet que le foie stocke celui-ci
sous forme de glycogène quand le taux de glucose sanguin est élevé.A l'inverse la glucose-
6-phosphatase du foie catalyse l'hydrolyse du glucose-6-phosphate et le glucose est
relargué dans le sang ce qui maintient sa concentration circulante. En conséquence,
la glucokinase et la glucose-6-phosphatase, que l'on ne trouve quasi exclusivement que
dans le foie, permettent à celui-ci de contrôler le taux de glucose sanguin.
III.8.2. Phosphofructokinase-1 (PFK-1)
Elle joue un rôle primordial dans la régulation du flux de la glycolyse.En effet, l'activité de
cette enzyme est régulée par la concentration de ces substrats (l'ATP et le fructose 6-
phosphate) mais aussi par celles de nombreux effecteurs qui sont l'ATP / l'ADP / l'AMP
/PEP / le phosphate inorganique / citate /NADH (Fig.14).

Figure 14. Régulation de la phosphofructokinase-1


III.8.3. Pyruvate kinase
Elle est activée par le fructose 1,6-bisphosphate,qui se situe en amont de la réaction.En
revanche la pyruvate kinase est inhibée par l'ATP.

Références bibliographiques

• Baltrusch, S., et Tiedge, M. 2006. Glucokinase regulatory network in pancreatic β-cells


and liver. Diabetes, 55(Supplement 2), S55-S64.
• Stryer ,L. 2008. Biochimie. Médecine-Sciences. 6ème édition. Flammarion.

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IV.Néoglucogenèse
IV.1. Introduction
La néoglucogenèse ou gluconéogenèse est la synthèse de molécules de glucose à partir de
substances non glucidiques .Le glucose est comme source d’énergie nécessaire à toutes les
cellules, indispensables aux cellules glucodépendantes (globules rouges et cerveau) et aux
cellules qui, en anaérobiose, dépendent de la glycolyse (muscles).C’est un précurseur
indispensable à la biosynthèse de molécules d’intérêt biologique. Elle est 90% hépatique et 10%
dans le cortex rénal.
Les principaux précurseurs sont le pyruvate/ lactate (1/3) provennant des globules rouges et
des cellules musculaires. L’Alanine (1/3) issue des cellules musculaires et le glycérol (1/12)
qui provient du catabolisme des triglycérides.
La néoglucogenèse intervient pendant le jeûne entre les repas.Le lactate, l’Alanine et le
glycérol sont les précurseurs les plus importants. La néoglucogenèse hépatique fournie environ
50g de glucose par jour, soit le tiers de la consommation tissulaire quotidienne.
IV.2. Réactions de la néoglucogenèse
IV.2.1. Néoglucogenèse à partir du pyruvate: La néoglucogenèse utilise en sens inverse
les réactions réversibles de la glycolyse, elle ne peut utiliser les 3 réactions irréversibles,
elle doit les contourner par des réactions spécifiques.
1- Glucose + ATP Glucose 6- + ADP (hexokinase)
2- Fructose 6- + ATP Fructose-1,6-bis + ADP (Phosphofructokinase 1)
3- PEP + ADP Pyruvate + ATP (Pyruvate kinase)
IV 2.1.1. Formation du PEP à partir du pyruvate:
Pour obtenir cette phosphorylation du pyruvate il y a coopération entre la mitochondrie et
le cytosol. La réaction se déroule en deux phases :
- Phase mitochondriale: Le pyruvate produit dans le cytoplasme est exporté dans la
mitochondrie, carboxylé par la pyruvate carboxylase. L’enzyme est une ligase à
biotine. L’ATP est nécessaire.

L’oxaloacétate formé est réduit en malate par la malate déshydrogenase


mitochondriale. Le malate est ensuite transporté de la mitochondrie dans le cytosol.
Oxaloacétate + 2 NADH, H⁺ 2 malate + 2 NAD⁺
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Transport du malate de la mitochondrie vers le cytosol grâce à un système navette du malate.


-Phase cytosolique:
2 malate + 2 NAD⁺ 2 oxaloacétate+ 2 NADH, H⁺
Enzyme: malate deshydrogénase cytosolique

La réaction globale de la transformation du pyruvate en phosphoénolpyruvate est :


2 pyruvates + 2 ATP + 2 GTP 2 PEP + 2 ADP + 2 GDP + 2 Pi
La séquence des réactions est résumée sur la figure 15.

Figure 15. Formation du phosphoenolpyruvate à partir du pyruvate


IV.2.1.2. La transformation du phosphoenolpyruvate en fructose-1,6- biphosphateµ
La transformation du phosphoénolpyruvate en furctose-1,6-biphosphate est réalisée par la séquence des
réactions glycolytiques réversibles, fonctionnant en sens inverse (Fig.15).Le bilan global de la
séquence est le suivant :
2 PEP + 2 H2O + 2 ATP + 2 NADH,H+ Fructose-1,6-bis + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+

IV.2.1.3 - Déphosphorylation du Fructose-1,6-Bisphosphate en Fructose 6-P


La réaction inverse qui enlève le groupement phosphate est catalysée par la
fructose-1,6 bisphosphatase (FBP1), enzyme clé et site de régulation principal de la voie.
Fructose-1,6-BisP+ H2O Fructose 6-P + Pi
IV.2.1.4 - Isomérisation du fructose 6-P en glucose 6-P
La réaction est catalysée par la phosphogluco-isomérase

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Fructose 6-P Glucose 6-P


IV. 2.1.5 - Déphosphorylation du glucose 6-P en glucose
La réaction est catalysée par glucose 6-phosphatase .
Glucose 6-P + H2O Glucose + Pi
IV. 2.2. BILAN
Le bilan de la formation du glucose à partir de 2 pyruvates est le suivant :
2 pyruvates+ 4 ATP+ 2 GTP + 2 NADH,H+ Glucose + 4 ADP + 2 GDP + 6 Pi+ 2 NAD+
La synthèse du glucose consomme l’équivalent de 6 liaisons riches en énergie.

Figure 16 .Néoglucogenèse
IV.3. Néoglucogenèse à partir de précurseurs autres que le pyruvate :
IV.3.1. Néoglucogenèse à partir de lactate du muscle
Le lactate produit quitte le muscle et gagne le foie. Au niveau du foie le lactate est transformé en
pyruvate par réaction inverse catalysée par lactate déshydrogénase hépatique. Par la néoglucogenèse le
glucose sera ultérieurement remis à la disposition des muscles (cycle de Cori).

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IV.3.2. Néoglucogenèse à partir de l’Alanine des Muscles


Dans les conditions physiologiques, pathologiques (jeune prolongé, diabète sucré non équilibré) et
nutritionnelles (régime hyperprotéique) le catabolisme des acides aminés est important. L’azote aminé des
acides aminés catabolisés (lors d’un jeûne prolongé) se trouve à l’issue d’une transamination en présence du
pyruvate) converti en alanine grâce à Alanine Amino-transférase musculaire.
L’alanine libérée dans la circulation sanguine, rejoint le foie où elle est reconvertie en pyruvate
grâce à l’ALAT hépatique.Ce cycle glucose –alanine porte le nom de cycle de Felig (Fig .17).

Figure 17. Cycle de Felig


IV.3.3. Néoglucogenèse à partir des acides aminés glucoformateurs
Les acides aminés dont le squelette carboné est transformé en pyruvate ou en l’un des Intermédiaires du
cycle de Krebs sont dits glucoformateurs (Fig.18).Tous les acides aminés sont glucoformateurs sauf
la leucine.

Figure 18. Néoglucogenèse à partir des acides aminés glucoformateurs


IV.3.4. Néoglucogenèse à partir du Glycérol

Le glycérol qui provient de la dégradation des triglycérides dans le tissu adipeux, peut rejoindre la
néoglucogenèse par l’intermédiaire de la Dihydroxyacétone phosphate DHAP.Seul le foie et le rein
disposent du glycérol kinase.

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ATP ADP NAD+ NADH ,H+


Glycérol Glycérol-3P DiHydroxyAcétone P
Glycérol Kinase 3glycérophosphate desydrogénase

Les portes d’entrées de ces précurseurs dans la néoglucogenèse sont le pyruvate,


Oxaloacétate et le 3 Dihydroxyacétone phosphate ( Fig .19)

Figure 19. Portes d’entrées de ces précurseurs dans la néoglucogenèse

IV.4 .Régulation réciproque de la néoglucogenèse et de la glycolyse


La Néoglucogenèse et la glycolyse se déroulent dans le cytosol. La plupart des
intermédiaires leur sont communs. En effet les deux processus ne répondent pas aux
mêmes objectifs. La glycolyse est engagée dans la production de l’énergie et la
néoglucogenèse dans sa conservation. La régulation réciproque des 2 processus s’impose
de manière à les ajuster en fonction de l’état énergétique et des besoins cellulaires ou des
tissus. Dans ces conditions, les deux voies sont régulées de telle sorte que l'une est inhibée,
lorsque l'autre est active. Le principal signal qui règle cette régulation est le rapport
ATP/AMP.

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IV.4.1. Régulation allostérique


La régulation allostérique de la néoglucogenèse et la glycolyse fait intervenir deux couples
d’enzymes, la Phosphofructokinase 1/Fructose 1,6- bisphosphatase 1 (PFK1/FBP1) et
Pyruvate déshydrogénase/Pyruvate carboxylase (PDH/PC).
IV.4.1.1. Phosphofructokinase 1 /Fructose 1,6 bisphosphatase 1 (PFK1/FBP1)
Le niveau élevé d’AMP active la phosphofructokinase 1 (PFK1) de la glycolyse et inhibe
la fructose -1,6-bisphosphatase (FBP1) de la néoglucogenèse. Inversement lorsque les
concentrations en ATP et en citrate sont très élevées, la glycolyse ralentit.
Ce ralentissement est assuré par l'inhibition de la phosphofructokinase 1 (PFK1) par l'excès
d'ATP et de citrate. Parallèlement la fructose-1,6-bisphosphatase 1 (FBP1) est activée et la
néoglucogenèse est stimulée. Ces enzymes sont considérées comme les sites principaux de
contrôle de ces deux voies. Un effecteur positif de PFK1 devient simultanément un
effecteur négatif de FBP1. Ainsi se trouve réalisée une régulation coordonnée des deux
voies par le même métabolite.
IV.4.1.2. Pyruvate déshydrogénase /Pyruvate carboxylase (PDH/PC)
La pyruvate déshydrogénase et la pyruvate carboxylase constituent le deuxième couple
d'enzymes réciproquement régulées affectant la glycolyse et la néoglucogenèse. Ces deux
enzymes sont mitochondriales.
En cas de besoin en ATP, le fructose-1,6-bisphosphate stimule la pyruvate kinase pour
produire du pyruvate indispensable à la formation de l’acétyl-CoA. Une activité de la
pyruvate DH favorise la glycolyse.
En cas d'excès d'ATP, signal de ralentissement en aval du cycle de Krebs et de la
phosphorylation oxydative, le citrate et l’acétyl-CoA s’accumulent. L’acétyl-CoA en excès
devient un effecteur négatif de la pyruvate DH mais un activateur de la pyruvate
carboxylase qui, en temps normal, est peu active. Le pyruvate est alors transformé en
oxaloacétate, ce qui engage ses carbones dans la néoglucogenèse plutôt que dans le
processus de production de l’ATP.
Bien que l'activité de la pyruvate carboxylase soit faible en temps ordinaire, elle est
cependant fondamentale dans la régulation de la production de l’énergie. En effet,
l'oxaloacétate, produit de la carboxylation du pyruvate, est un intermédiaire catalytique du
cycle de Krebs. Dans ce cas, la réaction catalysée par la pyruvate carboxylase est
considérée comme une réaction nourricière (anaplérotique) du cycle tricarboxylique. Elle
assure le maintien du taux nécessaire en oxaloacétate mitochondrial (Fig .20)

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Figure 20. Régulation allostérique réciproque de la néoglucogenèse et de la glycolyse

IV.4. 2 . Régulation hormonale


La régulation endocrinienne s’exerce par l’intermédiaire de l’AMPc. En présence de
glucagon(ou d’adrénaline) le taux d’AMPc augmente, la fructose 1,6-diphosphate
phosphatase est activée et la pyruvate kinase est inhibée.
F-2,6-bisP est un effecteur allostérique positif de la phosphofructokinase-1 et négatif de
la fructose-1,6-bisphosphatase 1 (FBP-1). En concentration suffisante il active par ce biais
la glycolyse pendant qu’il inhibe la néoglucogenèse.
Le F2,6-bisP est synthétisé par la phosphofructokinase 2 (PFK2) et déphosphorylé en F 6-P
par la fructose 2,6-bisphosphatase 2 (FBP2).
Ces deux activités appartiennent à un complexe enzymatique bis-fonctionnel. L’équilibre
entre les deux activités du complexe est assuré par le glucagon. La transduction se fait par
l’intermédiaire de l’AMPc comme second messager et par l’intermédiaire de la protéine
kinase A.

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La PFK2 est désactivée par phosphorylation, en présence de l’ATP, par la protéine kinase
A, ce qui arrête la production du fructose-2,6-bisP. En même temps la même protéine
kinase A stimule par phosphorylation l’activité de la FBP2 permettant la
déphosphorylation du fructose-2,6-bisP en fructose 6-P. La baisse de la concentration
cellulaire en fructose-2,6-bisP active la néoglucogenèse. Inversement l’insuline, par ses
réactions en cascade, conduit à l’activation, par phosphorylation, d’une protéine
phosphatase insulino-dépendante. Cette dernière permet la déphosphorylation à la fois de
PFK2-P et de FBP2-P. La synthèse de fructose-2,6-bisP peut reprendre avec comme
conséquence la stimulation de la glycolyse et l’arrêt de la néoglucogenèse.
• Le cortisol enfin, par l’intermédiaire d’un récepteur nucléaire, active la transcription de
plusieurs gènes d’enzymes de la gluconéogénèse : transaminases, pyruvate carboxylase,
PEPCK, fructose 1,6-diphosphate phosphatase et glucose 6-phosphate phosphatase.

• Références bibliographiques

Herzig .2012 .Identification and functional expression of the mitochondrial pyruvate


carrier. Science 337, 93 - 96

31
Biochimie Approfondie

V.Décarboxylation Oxydative du Pyruvate et Cycle de KREBS

V.1.Décarboxylation Oxydative du Pyruvate en AcetylCoA (Aréobiose)

V. 1.1.Entrée du pyruvate dans la mitochondrie

L'entrée du pyruvate dans la mitochondrie, s'effectue par un mécanisme de diffusion


passive a travers des pores de la membrane externe de la mitochondrie,puis par un
mécanisme de transport actif, catalysé par la pyruvate translocase, a travers la membrane
interne (Fig.21). Un transporteur mitochondrial du pyruvate (MPC) semble également
intevenir dans l'import du pyruvate.

Figure 21. Entrée du pyruvate dans la mitochondrie


V.1.2.Tronsformation du pyruvate en acétyl-CoA
Le pyruvate entre dans la mitochondrie et se tronsforme en acétyl-CoA,avec formation
d’une liaison thioester riche en énergie avec l’acetyl CoA et d’ un NADH,H+. La réaction
est fortement exergonique.La séquence des réactions conduisant du pyruvate à l’acétyl-
CoA fait intervenir, les coenzymes tel que la thiamine pyrophosphate (TPP), lipoate,
HSCoA, FAD et NAD+.

Le coenzyme A est un dérivé de l'acide pantothénique, vitamine de la famille des vitamines


B.Le coenzyme A ou CoA ou CoASH est la molécule qui permet le transfert des groupes

32
Biochimie Approfondie

acyles (R-C=O).Ces groupes sont liés au coenzyme A par des liaisons thioester, liaisons à
haut potentiel énergétique (ΔG°' = - 9 kcal/mol)

Cette réaction est catalysée par le complexe multi-enzymatique de la pyruvate


déshydrogénase (complexe PDH) constitué de 3 enzymes principales.
La pyruvate déshydrogénase (enzyme E1), ayant la thiamine pyrophosphate (TPP) comme
groupement prosthétique, assure la décarboxylation du pyruvate et le transfert du radical
obtenu sur le lipoate.
La dihydrolipoyl transacétylase (Enzyme E2) transfère le radical acétyle du lipoate sur le
coenzyme A, permettant ainsi la libération de l’acétyl-CoA.
La dihydrolipoyl déshydrogénase (enzyme E3) est une flavoprotéine qui oxyde le
dihydrolipoate et transfère les électrons et les protons sur le NAD+.
Le mécanisme d’action de ce complexe est schématisé sur la figure ci-dessous.

Figure 22.Décarboxylation oxydative du pyruvate

33
Biochimie Approfondie

V.1.3.Régulation de l'activité de la pyruvate déshydrogénase

L'activité de la PDH est très finement régulée car elle joue un rôle central dans le
métabolisme énergétique . En effet, la réaction catalysée par la PDH met en relation,la
glycolyse,la néoglucogènèse et l’oxydation des acides gras avec le cycle de Krebs.
De plus, l'activité de la PDH est importante également dans la régulation du flux de la
transformation du glucose en malonyl-CoA, nécessaire à la synthèse des acides gras.
Dans le cytosol, le citrate est hydrolysé par l'ATP-citrate lyase pour former l'oxaloacétate
et l'acétyl-CoA .cet acétyl-CoA peut être converti en malonyl-CoA (précurseur des acides
gras) par La PDH se trouve sous deux formes, une forme active déphosphorylée et une
forme inactive phosphorylée. L’activité de la PDH dépend donc d’une kinase et d’une
phosphatase qui interviennent sur l’enzyme. La kinase et la phosphatase sont elles mêmes
sujettes à des régulations (Fig.23).

Figure 23.Régulation de la PDH

V.2.Cycle de KREBS

Le cycle tricarboxylique, appelé encore cycle de Krebs, dégrade les produits terminaux des
oses, acides gras et de nombreux acides aminés.Il est intra mitochondrial, joue un rôle
central dans la néoglucogenèse, la lipogenèse et l’interconversion des acides aminés.
Le Cycle de Krebs est le principal fournisseur d’hydrogène (sous forme de coenzymes
réduits) à la chaîne respiratoire mais ne peut avoir lieu qu’en présence d’O2. Il a lieu dans
toutes les cellules ayant accès à O2 et possédant des mitochondries.

34
Biochimie Approfondie

V.2.1.Réactions du cycle
La séquence des réactions conduit à l’oxydation complète de l’acétyl-CoA en 2 molécules
de CO2 et à la régénération de l’oxaloacétate, accepteur catalytique du cycle.on distingue
deux phases ,une phase d’oxydation totale de l’acétyl-CoA et une phase où intervient la
séquence de réactions de régénération de l’oxaloacétate.
V. 2.1.1.Phase d’oxydation totale de l’acétyl-CoA
V.2.1.1.1. Formation du citrate
C’est la première réaction irréversible. Acétyl-CoA réagit avec l’oxaloacétate pour former
du citrate , acide tricarboxylique avec une fonction alcool tertiaire.L'enzyme qui intervient
est une lyase la citrate synthase.
V.2.1.1.2. Isomerisation du citrate en isocitrate
La deuxième réaction est réversible, elle se fait en deux temps, départ d’une molécule
d’eau, ensuite fixation de cette molécule d’eau en un endroit différent. alcool tertiaire
isomérisé en alcool secondaire plus facilement oxydable.
V.2.1.1.3. Déshydrogénation et décarboxylation de l’isocitrate en α cétoglutarate
La troisième réaction est irréversible. Il s’agit d’une déshydrogénation et d’une
décarboxylation oxydative avec libération de CO2 et oxydation formation de α -cétoglutarate.
V.2.1.1.4. Formation du succinyl CoA
La quatrième réaction est irréversible.le complexe est semblable à celle qui transforme le
pyruvate en acétyl-CoA, nécessite du CoA et du NAD avec formation de NADH et CO2 .

V.2.1.2.Phase de régénération de l’oxaloacétate


Il se forme du succinate qui sera oxydé dans la séquence des réactions terminales du cycle
pour régénérer l’oxaloacétate. Les trois réactions qui composent cette séquence sont
réversibles.
V.2.1.2.1. Formation du succinate
La cinquième étape est réversible. La liaison thioester est très riche en énergie. En présence
du phosphate et du GDP,elle est utilisée pour la synthèse du GTP.
V.2.1.2.2. Formation du fumarate
Sixième étape, seule enzyme du cycle qui est fixée à la membrane interne mtochondriale.
elle réduit directement l’ubiquinone de la chaîne respiratoire. Elle conduit à la formation
d’une double liaison.
V.2.1.2.3. Formation du malate
Septième étape est une hydratation de la double liaison en alcool.

35
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V.2.1.2.4. Déshydrogénation du malate en oxaloacétate


Huitième étape est la 4e déshydrogénation catalysée par la malate déshydrogénase à
NAD+.la fonction alcool du malate est oxydée en cétone .la régénération de l’oxaloacétate qui
peut repartir dans un nouveau cycle (oxaloacétate entraîneur du cycle).
La séquence des réactions est résumée sur la figure 24.

Figure 24.Réactions du cycle de Krebs

V.2.2.Bilan du cycle :

acétyl CoA + 3 NAD+ + coenzyme Q + GDP (ou ADP) + Pi + 2 H2O ---> CoASH + 3
NADH + coenzyme QH2 + GTP (ou ATP) + 2 CO2 + 2 H+

Deux atomes de carbone entrent dans le cycle sous forme d’acétyl-CoA et en ressortent
sous forme de 2 CO2 obtenus au cours des deux décarboxylations au niveau de l’isocitrate
et de l'a-cétoglutarate.

36
Biochimie Approfondie

• Quatre paires d'hydrogène sortent du cycle, trois sous forme de NADH,H+ et une
sous forme de FADH2, ce qui permet la formation de 11 liaisons phosphates riche en
énergie au cours des phosphorylations mitochondriales.
• une liaison phosphate riche en énergie est formée sous forme de GTP.
En conclusion l’oxydation totale de l’acétyl-CoA permet la formation de 12 liaisons
phosphates riches en énergie (12 ATP).
3NADH, H+ 3 X 3 ATP 9 ATP
1FADH 1 X 2 ATP 2 ATP
1GTP 1ATP 1 ATP
Un pyruvate dans le CK 12 ATP

V.2.3. Régulation du cycle de Krebs


Trois réactions du cycle de Krebs sont irréversibles. Ces réactions sont catalysées par des
enzymes à régulation allostérique. Pour ces 2 raisons (énergétique et catalytique), ces trois
réactions constituent des points de contrôle du flux global du cycle de Krebs (Fig.25)
Ces enzymes sont : a. La citrate synthase
b. L'isocitrate déshydrogénase
c. Le complexe de l'α-cétoglutarate déshydrogénase
Le premier niveau de régulation est la disponibilité des métabolites points d'entrée du cycle
: l'acétyl-CoA et l'oxaloacétate.La concentration de l'acétyl-CoA dépend de l'activité de
la pyruvate déshydrogénase et de la régulation de ce complexe multi-enzymatique :
• il est inhibé par l'acétyl-CoA et le NADH et activé par le CoA-SH et le NAD+
• son activité est aussi régulée par phosphorylation - déphosphorylation
• En dehors du cycle de krebs une enzyme, en l’occurrence la PDH joue un rôle
important dans l’apport de l’acétyl-CoA. Une augmentation des réserves énergétiques
bloque la PDH.
• L’isocitrate déshydrogénase est la principale enzyme régulée du cycle de Krebs, c’est
une enzyme allostérique inhibée par des fortes concentrations en ATP et NADH. En
cas d’inhibition de cette enzyme le citrate est exporté vers le cytoplasme pour donner
des acides gras.

37
Biochimie Approfondie

Figure 25. Régulation du cycle de Krebs

• Références bibliographiques

Hans Adolf Krebs .1940.The citric acid cycle and the Szent-Györgyi cycle in pigeon breast
muscle.Biochem. J. 34, 775 – 779 Cycle de Krebs. Equipe multimédia . Université Jussieu
.Paris
Bricker .2012 .A mitochondrial pyruvate carrier required for pyruvate uptake in yeast,
Drosophila, and humans. Science 337, 96 - 100
Herzig .2012 .Identification and functional expression of the mitochondrial pyruvate
carrier. Science 337, 93 - 96

38
Biochimie Approfondie

Respiration Cellulaire : La Chaine Respiratoire et La Phosphorylation Oxydative

Les réactions de dégradations oxydatives des substrats énergétiques (les glucides, les
lipides et les acides aminés) aboutissent à la production d’énergie par la libération directe
de l’ATP et la formation de coenzymes réduits NADH,H+, et FADH2 qui sont à l’origine
de la synthèse de l’ATP par phosphorylation oxydative.elle a lieu dans la membrane
interne des mitochondries , très imperméable, notamment aux H+ .
1.Réactions d'oxydo-réduction et potentiel de réduction standard.
L’énergie chimique peut être conservée sous forme d’électrons à haut potentiel énergétique
contenus dans les molécules énergétiques.
1.1.Définitions : réducteur - oxydant - réaction et couple redox.
De nombreuses réactions du métabolisme mettent en jeu des transferts d'électrons et bien
souvent de protons. Une même molécule va donc être dans un état réduit ou oxydé .
- L’oxydation : perte d’électron(s) ou d’hydrogène(s).
- La réduction : gain d’électron(s) ou d’hydrogène(s).
- Un oxydant (ox) : est l’accepteur d’électrons
- Un réducteur (red): est le donneur d’électrons
La réaction d’oxydo-réduction implique 2 couples redox (forme réduite + forme oxydée).
Chaque couple est caractérisé par un potentiel , indicateur de sa force réductrice. Plus le
potentiel est négatif, plus le pouvoir réducteur est élevé . Les couples sont classés par
rapport à un couple de référence ( 2H+ / H2 ) , le plus réducteur ( E0’ = - 0,42V ).A
l’opposé, le couple O2 / H2 O a un E0’= + 0,82 V . les électrons sont transférés de la forme
réduite du couple le plus réducteur vers la forme oxydée du couple le moins réducteur.
Une réaction d’oxydoréduction est favorisée dans le sens des potentiels redox croissants,
les électrons passent du couple rédox ayant le potentiel redox le plus faible vers celui dont
le potentiel rédox est le plus élevé.
1.2. La ΔG0’ et ΔG d’une réaction d’oxydoréduction

La différence de potentiel de réduction standard, ΔE°', est liée à la variation d'énergie libre
standard par la relation :ΔE0=

ΔG°'réaction = - n . F . ΔE°'réaction
F est la Constante de Faraday:23 Kcal/V
n est le nombre d’electron mis en jeu
Si ΔE0’ < 0 , alors ΔG0’ ˃ 0 : la reaction n’est pas spontanément possible.

39
Biochimie Approfondie

Si ΔE0’ ˃ 0 , alors ΔG0’ < 0 : la reaction est spontanément possible.

2.Respiration cellulaire : la chaîne respiratoire

2.1. Généralités sur la respiration cellulaire aérobie

La chaîne respiratoire convertit le pouvoir réducteur des coenzymes réduits en une forme
d'énergie qui alimente la phosphorylation oxydative.
2.2.Description de la chaine respiratoire

La chaîne respiratoire comprend deux transporteurs mobiles d’électrons ( coenzyme Q,


cytochrome c ) et quatre complexes proteiques fixes à la membrane interne
mitochondriale qui assurent un transfert de protons et/ou d'électron (Tab.4).
Tableau 4 : les complexes de la chaine respiratoire

2.3.Fonctionnement de la chaine respiratoire

La direction du flux d’électrons le long de la chaine respiratoire est déterminée par le


potentiel d’oxydo-réduction, les électrons se déplacent de façon fragmentée en suivant
l’ordre croissant du potentiel des molécules (Tab.5) . L’accepteur ultime des équivalents
réducteurs est l’oxygène .

40
Biochimie Approfondie

Tableau 5 : le potentiel rédox des couples intervenant dans la chaine respiratoire

-Le complexe I reçoit les équivalents réducteurs du NADH,H+ et les passe au coenzyme Q, par
le FMN et les protéines à centre fer- Soufre.
- Le complexe II reçoit les équivalents réducteurs du FADH2 et les passent au coenzyme Q par
les protéines Fer-Souffre.
- Le complexe III reçoit les équivalents réducteurs du coenzyme Q réduit (par le complexe I et
II) et les passe au cytochrome c via les cytochromes b et les atomes Fer-Souffre.
- Le complexe IV reçoit les équivalents réducteurs du cytochrome c et les passe à l’oxygène
moléculaire, via les cytochromes a et a3 ainsi que les deux ions du cuivre.
Les complexes I, III et IV sont des pompes à protons, le flux d’électrons à travers ces
complexes s’accompagne d’un passage des protons de la matrice vers l’espace inter-
membranaire. La réduction de NADH,H+ permet le passage de 10 protons et FADH2 de 6
protons (Fig .26).

Figure 26 . Passage de protons à travers les complexes I, II et IV

41
Biochimie Approfondie

3.La phosphorylation de l’ADP

l’énergie générée par le flux de protons et le mécanisme de phosphorylation reposerait sur un


gradient de protons à l’origine de la création de l’énergie sous forme d’ATP.
Les protons accumulés dans l’espace inter-membranaire créant un gradient électrochimique
vont chercher à rejoindre la matrice, c’est la force proton motrice.
La membrane interne mitochondriale est imperméable aux protons, seuls les canaux de
l’ATP synthase « complexe V » le sont .
La formation d’ATP par ATP synthase , formée de deux parties F0 et F1 F0 , ancrée dans
la membrane interne , présentant un canal par où peuvent rentrer les protons .
Rééquilibration du pH entre matrice et espace intermembranaire et libération d‟énergie F1
, située dans la matrice possédant le site actif forme ATP à partir d’ADP et de Pi grâce à
l’énergie libérée. Nombre d’ATP synthétisés est estimé a 3 protons rentrés nécessaires
pour la synthèse d’ATP + 1 proton pour amené Pi avec 10 protons tranférés lors de
l’oxydation d’un NADH.

4.Contrôle de la chaîne respiratoire:


La rentrée des protons est dépendante de l’utilisation de l’ATP formé . Certains composés
médicaments , drogues etc..) peuvent provoquer un découplage de la chaîne (Fig.27).

Figure 27. Inhibiteurs de la chaîne respiratoire

5.Navettes de transport des accepteurs d'électrons


Les accepteurs d'électrons tels que NADH,H+ ou FADH2 ne peuvent pas traverser la
membrane mitochondriale. Ainsi ceux qui sont créés dans le cytosol ne peuvent pas donner
42
Biochimie Approfondie

leurs électrons directement à la chaîne de respiration mitochondriale. Pour ce faire, les


électrons empruntent des navettes qui elles peuvent traverser la membrane.

Navette Glycérol-phosphate Navette Malate- Aspartate

Références bibliographiques

• Boyer .1973 .A new concept for energy coupling in oxidative phosphorylation based on a
molecular explanation of the oxygen exchange reactions. PNAS 70, 2837 - 2839
• Fernie .2004 .Respiratory metabolism: glycolysis, the TCA cycle and mitochondrial
electron transport. Curr. Opin. Plant Biol. 7, 254 -261

43
Biochimie Approfondie

Voie des pentoses phosphates


La voie des pentoses phosphates est une voie de dégradation du glucose . Appelée aussi
“shunt” des pentoses phosphates ,elle dérive de la glycolyse . consomme aussi du glucose
mais ne produit pas d’énergie ,voie oxydative et non énergétique.Les rôles essentiels de
cette voie sont la production de NADPH,H+ qui servira de réducteur dans des synthèses
réductrices, protection des membranes cellulaires et pour la réduction du glutathion, la
production de ribose-5-phosphate utilisé lors de la synthèse des nucléotides, la production
d'érythrose-4-phosphate, précurseur d'acides aminés aromatiques.
Cette voie existe chez tous les eucaryotes et la quasi-totalitédes bacteries elle se fait aussi
bien en aérobiose qu'en anaérobiose, dans le cytoplasme , dans la plupart des tissus a
activté intense tel que le foie ( plus intense que glycolyse) , tissu adipeux , glandes
mammaires en période de lactation ,cortex surrénalien , globules rouges activité faible et
muscles squelettiques ( moins intense que la glycolyse)
1.Réaction de la voie des pentoses phosphates
Elle se déroule en 2 branches (Fig 28)
1.1.Premiere branche oxydative et irréversible :
1.1.1. oxydation du glucose-6-P
L’oxydation du glucose-6-P en une lactone par la Glucose-6-Phosphate Déshydrogénase.
la réaction est irreversible , utilise du NADP ( composé dérivé de la vitamine B3 ) et
génère 1 NADPH .voir ci-dessous
1.1.2. hydrolyse de la lactone
Réaction ester interne qui génère une fonction COOH .
1.1.3. décarboxylation oxydative
utilisant NADP comme oxydant qui se réduit et fournit ainsi un 2ème NADPH avec libération
de CO2 et formation d’un pentose phosphate le ribulose-5-P .
Bilan est la formation de 2 NADPH à partir d’une molécule de glucose .
Remarque: pour pouvoir équilibrer les réactions de l’ensemble, il faut partir de 3 glucoses , 6
NADPH et 3 ribulose -5-P sont formés .
1.2.Deuxiemme branche non oxydative et réversible:
1.2.1.Isomerisation du ribulose-5-P
Une série d’échanges et de remaniements de carbones par des réactions de transaldolisation et
transcétolisation , nécessitant un dérivé de la vitamine B1 et formation de Fructose-6-P et de
Glycéraldéhyde -3-P ( intermédiaires de la glycolyse ou de la néoglucogénèse ).

44
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1.2.2.nterconversion des oses phosphates


A la fin de la phase 2 les 18 carbones, entrés dans la voie sous forme de 3 glucose 6-P sont
répartis dans 3 CO2 dégagés après l’oxydation des gluconate 6-P, un ribose 5-P et 2
xylulose 5-P. Dans la phase 3 se produisent 3 réactions, 2 de transcétolation et 1 de
transaldolisation qui, par le jeu de transfert de carbones terminaux, permettent la
reformation du glucose 6-P par le fructose 6-P. Toutes ces réactions sont réversibles.
1.2.3 formation du sedoheptulose 7-P par transcetolation
La réaction est catalysée par la transcétolase et fait intervenir le ribose-5-P et l’un des
xylulose 5-P. Deux carbones terminaux du xylulose 5-P sont transférés à l’extrémité du
ribose 5-P.
1.2.4.formation du fructose 6-P par transaldolisation
Les produits de la réaction précédente deviennent les substrats de la transaldolase pour
former un fructose 6-P et un érythrose 4-è. Trois carbones terminaux du sédoheptulose 7-P
sont transférés sur le glycéraldéhyde 3-P voir ci-dessous.
1.2.5.formation d'un second fructose 6-P par transcetolation
Les deux premiers carbones du xylulose 5-P restant sont transférés sur l'érythrose- 4-P
pour former un deuxième fructose 6-P avec libération d'un glycéraldéhyde-3-P. La réaction
est catalysée par la transcétolase.
1.2.6.isomerisation des 2 fructose 6-P en glucose 6-P
2 fructose 6-P 2 glucose-6-P

Bilan 3 G6P + 6 NADP+ + 3 H2O ⟶ 2 F6P + G3P + 3 CO2 + 6 NADPH + 6 H+

Figure 28. Branches de la voie des pentoses

45
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2.Régulation
Enzyme régulateur : glucose-6-phosphate déshydrogénase activée lorsque NADPH / NADP
est faible inactivée si NADPH / NADP est élevé. Elle est induite par insuline .Si la demande

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en NADPH est superieur à la demande en ribose ( adipocytes ou globules rouges). 1ère phase
se déroule et forme du NADPH suivie par la 2ème phase qui donne F-6-P et G-3-P qui peuvent
reformer du glucose -6-P . Si la demande en ribose est superieur à la demande en NADPH (
divisions cellulaires très actives) la 1ère phase peut rapidement être inhibée .Le glucose-6-P
emprunte la glycolyse pour former du F-6-P et de G-3-P qui empruntent les réactions
réversibles de la 2è phase pour donner du ribose
3. Rôles du couple NADP+/NADPH,H+ dans la cellule

3.1.potentiel reducteur de la cellule


Le NADP+peut interagir spécifiquement avec certaines enzymes et de jouer des rôles
importants. Dans le cytosol des hépatocytes le rapport NADP+/NADPH,H+ est de 0.1,
alors que celui de NAD+/NADH,H+est de 1000, ce qui confère un rôle d’oxydant
privilégié au NAD+.
3.2. Pouvoir reducteur dans les biosynthèses
Les électrons de NADPH,H+ sont utilisés dans les réactions de biosynthèse exigeant un
potentiel de réduction puissant comme dans la synthèse des acides gras. Il intervient dans
la séquence de réactions de réductions biosynthétiques conduisant de la fonction
carboxylique à la fonction alcool. Il intervient aussi pour fournir les électrons et les protons
nécessaires à la réduction de la double liaison formée dans la voie de synthèse des acides
gras.
3.3.Réduction du peroxyde d’hydrogene (H2o2) et des peroxydes
Ces composés sont formés continuellement au cours des réactions de réductions partielles
de O2. Ils sont très réactifs et peuvent causer des dommages importants dans l’organisme.
Les peroxydes sont impliqués dans plusieurs processus pathologiques à savoir cancer,
maladies inflammatoires, vieillissement etc. La cellule dispose de plusieurs mécanismes de
protection contre les effets de ces composés. L’exemple est fourni par la décomposition du
peroxyde d’hydrogène par la glutathion peroxydase en présence du glutathion réduit (G-
SH) qui donne les électrons et les protons nécessaires. Le glutathion oxydé (G-S-S-G) est
réduit à son tour par les électrons de NADPH,H+ .
Réferences bibliographiques

• Emmanuel J.2009.voie des pentoses phosphates.


• Alberts, J.2004 .Biologie moléculaire de la cellule.4ème édition. Médecine-Sciences
Flammarion.

47
Biochimie Approfondie

Métabolisme des acides gras


1.Introduction

Les triglycérides représentent 50% des lipides de l’organisme.Ils ont un rôle de protection des
tissus et source de réserve d’énergie,localisés principalement dans le tissu adipeux, le foie ,
les muscles et l’intestin .Ils sont hydrolysés en acides gras et glycérol, grâce à des lipases ou
à des estérases moins spécifiques, souvent exocellulaires.
Le glycérol entre dans la glycolyse au niveau de la dihydroxyacétone-P. les acides gras,
quant à eux, sont d’abord activés par l’ATP en présence de coenzyme A pour former un
acyl-CoA, lequel est oxydé en β-céto-acyl-CoA. Après hydrolyse, il se forme de l’acétyl-
CoA et un acyl-CoA possédant deux carbones de moins. L’acétyl-CoA formé peut être
incorporé dans le cycle de Krebs.
Les acides gras ont un rôle structural, fonctionnel et énergétique .Le métabolisme des
acides gras comprend : - Le catabolisme par β-oxydation en acétyl-CoA.
- La synthèse à partir de l’acétyl-CoA.
- Les réactions d’élongation et / ou désaturation
La β-oxydation ou hélice de Lynen est la voie du catabolisme oxydatif des acides gras
(Acyl-CoA) en d’acétyl-CoA en aérobie .Toutes les enzymes catalysant cette voie sont
mitochondriales .Les acides gras sont des agents energetiques trés importants sur le plan
quantitatif car ils sont reduits et anhydres et sont oxydes dans de tres nombreux tissus
(tissu adipeux, foie, poumon, rein, coeur, …).
2. β-oxydation des acides gras saturés (nombre pair de Carbones)

2.1. Activation des acides gras

Les acides gras sont activés au niveau de la membrane externe de la mitochondrie. Sous
l’action d’une thiokinase le CoA se fixe par une liaison thioester sur le carboxyle de l’acide
gras pour former un acyl CoA.Cette étape est la seule qui requiert de l’energie.L’ATP est
alors transformée en AMP avec production de PPi, l’équivalent de 2 molecules d’ATP sont
hydrolysées.
2.2. Transfert intra-mitochondrial des acyl-CoA

La carnitine transporte les acides gras dans la mitochondrie.La carnitine est un acide alcool
azoté largement distribue synthetisé à partir de la lysine et de la methionine.Dans l’espace
intermembranaire, une premiere transférase catalyse le transfert de l’acyl sur la carnitine
pour former l’acylcarnitine.Puis une translocase de la membrane interne de la mitochondrie

48
Biochimie Approfondie

transporte l’acylcarnitine dans la mitochondrie.Puis dans la mitochondrie, l’acyl CoA est


reformé à partir de l’acylcarnitine par l’action d’une deuxieme transférase.

2.3. Clivage des acyl CoA avec libération successive d’acétyl CoA

2.4. Devenir de l’acétyl-COA


L’acetyl CoA peut s’orienter vers l’oxydation, la cétogénèse ou la lipogénèse.

2.4.1. Oxydation dans le cycle de Krebs


Les acétyl-CoA sont complètement oxydés en CO2 suivant la réaction globale :
Acétyl-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi 2 CO2 + HSCoA + 3 NADH, H+ + FADH2 + GTP
2.4.2. Précurseurs de biosynthèse des lipides et des phospholipides
Ils sont des précurseurs dans la synthèse des acides gras ou des lipides, cholestérol et des
corps cétoniques par la cétogenèse. Les acétyl-CoA, par ce biais, deviennent des
précurseurs de la synthèse du glucose.

49
Biochimie Approfondie

2.4.3 .Cétogénèse Hépathique

La cétogenèse se déroule exclusivement dans les mitochondries du foie. L’acétyl-CoA est


transformé en corps cétoniques (acétoacétate, acétone, et 3-hydroxybutyrate).
2.5. Bilan energetique de l’oxydation complete d’un acide gras (2nC)
L’activation de l’acide gras sous forme d’acyl CoA consomme 2 ATP (- 2 ATP).L’acide
gras saturé a 2nC s’oxyde en n acétyl CoA aprés (n – 1) tours de spires et produit donc :
- 12n ATP (cycle de Krebs)
- (n – 1) FADH2 : (n – 1) x 2 ATP
- (n – 1) NADH, H+ : (n – 1) x 3 ATP=> 17n – 5 ATP bilan : 17n – 7 ATP
Par exemple, un acide gras a 16C produit 129 ATP, un acide gras a 6C produit 44 ATP (ce
qui est mieux que le glucose, qui produit 38 ou 36 ATP).
3. β-oxydation des acides gras insaturés
Les acyl CoA sont degradés par les enzymes de la β-oxydation jusqu’a l’approche de la
double liaison.La, il y a 2 possibilités.
3.1. Cas d’une double liaison numérotée impaire
Une isomerase deplace la double liaison et en même temps transforme l’isomerie cis en
trans, ce qui permet a la β-oxydation de se poursuivre de façon habituelle.
3.2. Cas d’une double liaison numérotée paire
Deux enzymes supplémentaires sont nécessaires pour l’oxydation de n’importe lequel des
acides gras insaturés .
4. Régulation du métabolisme des lipides
La vitesse de l’hydrolyse des triacylglycérols est accélérée par le glucagon et l’arénaline.
La stimulation de l’adényl-cyclase transforme l’ATP en AMPc. Ce dernier active la
protéine kinase A, qui phosphoryle la triglycéride lipase déphosphorylée (inactive) en
triglycéride lipase phosphorylée (active).La vitesse de l’oxydation des acides gras est
déterminée par le taux d’entrée des acyl-CoA dans la mitochondrie par l’intermédiaire de
l’activité de l’acyl-carnitine tranférase. Ce taux peut être modifié par le malonyl-CoA
(produit de carboxylation de l’acétyl-CoA) qui inhibe l’acylcarnitine transférase 1.Lorsque
la concentration du malonyl-CoA est suffisante pour inhiber l’acylcarnitine transférase 1,
la lipogenèse est stimulée.L’insuline a un effet antilipolytique. Elle permet le transport du
glucose dans le tissu adipeux, ce qui stimule la lipogenèse et réduit la lipolyse.
Dans le foie les acyl CoA formés ont 2 voies dans le cytosol :
- L’ oxydation par les enzymes mitochondriales.

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- La transformation en triglycérides et phospholipides par des enzymes cytosoliques .Le


processus par lequel les groupements acyles sont transportés à l’intérieur de la
mitochondrie est l’étape limitante pour l’oxydation des acides gras. En effet l’oxydation
des acides gras est activée dès leur entré dans la mitochondrie par le taux faible du malonyl
CoA qui n’inhibe plus la carnitine acyl transférase I. L’oxydation est activée lors du jeune
et le diabète sucré. En fin quand le rapport est élevé la hydroxyacyl CoA déshydroggénase
est inhibée, ainsi que la concentration élevée de l’acétyle CoA inhibe la céto thiolase

Réferences bibliographiques

• Lubert S, Jeremy M B, John L. 2003 . Biochimie, Flammarion, Médecine-


Sciences . 5e Ed.

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Métabolisme des Acides Aminés


1. Introduction

Le métabolisme des acides aminés comprend deux processus complémentaires,le


premier est le catabolisme qui a lieu en deux temps,enlèvement du groupement aminé
et son élimination sous forme d’urée (Foie) et de NH4+ (Rein) ainsi que le catabolisme
du squelette carboné.Le second est l’anabolisme ,il utilise des intermédiaires
métaboliques comme substrats de biosynthèse des acides aminés .Les acides aminés
sont utilisés pour la synthèse des protéines et comme précurseurs de molécules bio-
actives (Fig.28).

Figure 28 .Vue du métabolisme des acides aminés Figure.29. Catabolisme des acides aminés

2. Catabolisme des acides aminés

Le catabolisme ou dégradation des acides aminés s’accompagne toujours de l’enlèvement


de l’azote aminé.Le squelette carboné restant, appelé acide α-cétonique, est à son tour
dégradé en intermédiaires.Le catabolisme des acides aminés permet de fournir de l’énergie
à l’organisme à partir du squelette carboné et du NH2 servant à la synthèse d’acides
aminés ou à être éliminé (Fig.29).
2.1.Élimination du NH2 des acides aminés

L’enlèvement de l’azote aminé se fait soit par transamination, commune à tous les acides
aminés sauf la lysine, par désamination oxydative (le glutamate) et par désamination non
oxydative (la sérine, cystéine et la thréonine).Cela conduit à la production de l’ammoniac
(NH3) un composé toxique pour le système nerveux central. Celui-ci est éliminé de
l’organisme sous forme d’urée, par uréogénèse qui est une voie majeure hépatique

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représentant 4/5 de l’azote éliminé, ou sous forme de NH4+ par l’ammoniogénèse rénale
qui est une forme mineure (1/5).Comme les réactions sont couplées on parle de double
transamination et de transamidation
2.1.1. Transamination

La transamination est le transfert d’une fonction amine en position α d’un acide aminé 1
sur une fonction cétone en position α d’un Acide α cétonique 2. Ce transfert de
groupements aminés va permettre la formation d’un acide aminé 2 et d’un acide α
cétonique 1.

Parmi les transaminases, 2 sont importantes, Alanine amino-transférase(ALAT) et


Aspartate amino-transférase (ASAT) .
2.1.1.1.Alanine amino-transférase (ALAT) ou Transaminase Glutamo-Pyruvique(TGP)

2.1.1.2. Aspartate amino-transférase ou Transaminase Glutamo-OxaloacétiqueTGO

2.1. 2.Désamination oxydative


C’est la libération du groupement NH3 à partir du glutamate sous l’action de la Glutamate
déshydrogénase avec formation de l’acide α cétoglutarique.

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2.1.3. Décarboxylation C’est la libération du CO2 par une décarboxylase, on obtient


une amine.

2.2. Catabolisme du squelette carboné

Le squelette carboné des acides aminés peut être transformé en molécules utilisables dans
le métabolisme (cycle de Krebs). On distingue alors deux type d'acides aminés.
- Glucoformateurs : donnent des molécules du cycle de Krebs, pouvant être transformées
en oxaloacétate permettant la création de glucose grâceà la gluconéogénèse.
- Cétoformateurs : permettent de créer du pyruvate ou de l'actéylCoA,utilisable dans le
cycle de Krebs ou à la synthèse de corps cétoniques (Fig.30)

Figure 30.Acides aminés glucoformateurs et cétogènes

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2.3. L'ammoniac NH3

L'ammoniac composé toxique formé dans les tissus périphériques et le foie à partir des
acides aminés par une série de réactions de transamination et de désamination.il se déplace
vers le foie et vers le rein, principalement sous la forme de glutamine (d’alanine) pour être
éliminé.C’est la synthèse de la glutamine à partir du glutamate par la glutamine synthétase
cytosolique. Le transporteur d’azote entre les différents organes est la glutamine .

2.3.1. Hydrolyse de la glutamine

La glutamine formée passe dans la circulation sanguine et va dans les reins et le foie ou il y
a reformation du glutamate à partir de la glutamine, sous l’action de la glutaminase avec
libération du NH3.

Figure 31.Glutamine Figure 32 .Glutaminogénèse

2.3.2. L’ammoniogénèse
Dans le rein, le NH3 libéré à partir de la glutamine va s’associé avec des H+ pour former
l’ion ammonium (NH4+) qui sera éliminé dans les urines.
2.4. Le cycle de l’urée ou uréogénèse
Au niveau du foie, le NH3 libéré à partir de la glutamine est pris en charge par le cycle de
l’urée c’est l’uréogénèse (Fig .33).Le cycle de l’urée est la voie préférentielle de
l’élimination de l’azote en excès. En effet, on retrouve deux atomes d’azote par molécules

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d’urée. Le cycle de l’urée est fortement consommateur en énergie.C’est un cycle qui fait
intervenir en particulier l’Arginine, l’Ornithine et la Citrulline selon les étapes suivantes :
• Dans la mitochondrie, le bicarbonate (HCO3-) réagit avec du NH4+ et aboutit à la
synthèse d’une molécule appelée le carbamyl phosphate.
• Cette réaction est effectuée par la carbamyl phosphate synthétase et nécessite de
l’énergie (consommation d’ATP).
• Le carbamyl phosphate en présence d’ornithine transcarbamylase va donner de la
citrulline.La citrulline sort de la mitochondrie
• Dans le cytoplasme, la citrulline interagit avec l’aspartate pour donner
l’argininosuccinate sous l’action de l’argininosuccinate synthétase (avec
consommation d’1 ATP).
• L’argininosuccinate va être scindé en fumarate et arginine sous l’action de
l’argininosuccinate lyase.
• L’arginine sous l’action de l’arginase et en présence d’H2O va aboutir à la synthèse
d’ornithine et d’urée.
Bilan de la synthèse de l'urée.
CO2 + NH4+ + 3 ATP + Asp + 2 H2O --> URÉE + 2 ADP + 2 Pi + AMP + PPi +
fumarate
• L’urée est une molécule très hydrosoluble et facilement éliminable au niveau
rénale.

Figure 33. Cycle de l’urée ou uréogénèse

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3.Synthèse endogène des acides aminés

L’homme ne peut pas synthétiser les acides aminés dits indispensables et qui doivent
être apportés par l’alimentation: Lys, Met, Thr, Ile, Val, Leu, Phe, Trp.Les acides
aminés non indispensables peuvent être synthétisés par l’organisme par des réactions
simples en utilisant des précurseurs métaboliques .Le squelette carboné des acides
aminés provient des intermédiaires de la glycolyse, de la voie des pentoses phosphate
ou du cycle de l’acide citrique.Il ya seulement 6 familles biosynthétiques (Fig.34).
1. L’α-cétoglutarate précurseur du Glutamate, glutamine, proline et arginine *
2. L’oxaloacétate précurseur de l’aspartate, asparagine, méthionine, thréonine, lysineet
Isoleucine.
3. Le 3-phosphoglycérate précurseur de la sérine, cystéine et glycine.
4. Le pyruvate précurseur de l’alanine, valine et leucine.
5.Le phosphoénolpyruvate et l’érythrose -4-phosphate précurseurs du tryptophane,
phénylalanine, tyrosine.
6. Le ribose 5 phosphate précurseur de l’histidine.

Figure 34 .Voies de biosynthèse des acides aminés

Réferences bibliographiquesLodish, B, Matsudaira, K, Krieger, S, Zipursky,


D .2005.Biologie moléculaire de la cellule. Ed. De Boeck.

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