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CARNETS DU TUTO
LAS BIOLOGIE
ET APPAREIL DE GOLGI
Ce document est réalisé sous l’entière responsabilité du Tutorat Santé Paris-Saclay avec l’aval des professeurs de
l’université. Il ne constitue en aucun cas une référence opposable aux examens officiels
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TUTORAT SANTÉ PARIS-SACLAY 08/02/23
I - LE RÉTICULUM ENDOPLASMIQUE
1. Une division en deux parties 5
1. Les ribosomes 7
1. La séquence signal 8
3. La traversée de membrane du RE 9
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2. Fission membranaire 17
3. Perte du manteau 18
4.2 Fusion 19
V- APPAREIL DE GOLGI
1. Organisation en sous-compartiments 22
VI- EXOCYTOSE
1. L’exocytose constitutive 25
2. L’exocytose régulée 25
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VII- ENDOCYTOSE
1. Formation de vésicules 27
Voici des petits rappels des cours précédents qui vous seront utiles pour le carnet :
o Organisation de la cellule :
Dans la cellule, on trouve le noyau, siège du stockage de l’information génétique (ADN) et de
sa transcription. Tout autour du noyau se trouve du cytosol dans lequel baignent des organites
délimités par des membranes qui permettent de délimiter des compartiments pour y effectuer
des actions spécifiques.
La membrane d’un organite est constituée de deux feuillets. On appelle feuillet cytosolique le
feuillet au contact du cytosol. Quant au feuillet qui délimite l’intérieur de l’organite, il est appelé
feuillet luminal.
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I - LE RÉTICULUM ENDOPLASMIQUE
Le système endomembranaire représente l’ensemble des membranes à l’intérieur de
la cellule. Ce système contient notamment le réticulum endoplasmique (RE), un organite qui
se développe à travers l’ensemble du cytoplasme. Il est l’organite le plus volumineux de la
cellule et représente jusqu’à 80% des membranes cellulaires, c’est-à-dire la grande majorité
de celles-ci.
- Avec le noyau : il existe une région spécialisée du RER qui est en continuité avec la
double membrane de l’enveloppe nucléaire. C’est une communication qui se fait à
travers des ponts membranaires et non par l’intermédiaire de transporteurs
membranaires.
2.1.Fonctions de biosynthèse
Quasiment toute nouvelle protéine insérée ou associée à des membranes est
produite au niveau du RE. Ainsi, cet organite abrite différentes étapes permettant de
fabriquer des protéines :
● La biosynthèse des protéines ;
● Des modifications co et post traductionnelles ;
● Le contrôle qualité des protéines ;
● La dégradation des protéines (système ubiquitine/ protéasome) ;
● La réponse cellulaire au stress conformationnel.
2.2.Fonctions métaboliques
Le réticulum endoplasmique permet également de métaboliser certaines molécules avec :
● le métabolisme du glucose ;
● le métabolisme des xénobiotiques (qui sont des substances organiques
« étrangères » à l’organisme, telles que les médicaments).
Les 3 constituants essentiels de la cellules (excepté l’ADN) que sont les sucres, les protéines
et les lipides sont donc synthétisés dans le RE.
C’est le premier organisme de la voie de sécrétion qui adresse les molécules nouvellement
synthétisées, d’abord à l’appareil de Golgi qui les modifie et les mature, et les empaquette
ensuite dans des vésicules de sécrétion qui vont aller fusionner avec la membrane
plasmique pour délivrer leur contenu à l’extérieur de la cellule ou renouveler la membrane
plasmique. Dans le même temps, la membrane plasmique réalise l’internalisation de
molécules extracellulaires pour réaliser des vésicules d’endocytose qui vont communiquer
avec l’endosome, qui permet soit le recyclage à la surface de la cellule, soit l’adressage aux
lysosomes qui sont des organites de dégradation.
Dans le cytosol, l’ARNm va être capable de recruter des machineries de traduction que
l’on appelle des ribosomes. À l’état initial, la petite et la grande sous-unités qui forment le
ribosome sont dissociées dans la partie soluble du cytoplasme (=le cytosol). Elles sont libres
de se déplacer dans ce milieu.
À l’état fonctionnel, les deux sous-unités s’assemblent autour de l’ARNm pour former
une machinerie traductionnelle, assurer sa lecture et donc le traduire en protéines.
L’ARN messager va ainsi être lu et transcrit base après base, cet ARN possède un sens
de lecture ce qui permet d’enchainer la traduction des ARN messager par un même ribosome.
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Cette interaction entraîne une pause dans la traduction (très important). En effet, il
ne faut pas que la traduction de la protéine se poursuivre à l’état libre car la protéine se
replierait sur elle-même. Ce repliement entraînerait des difficultés lors de la translocation
puisque celle-ci doit se faire sous forme linéaire.
3. La traversée de la membrane du RE
Afin de traverser la membrane du RER, la protéine doit traverser une sorte de canal
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Tout d’abord, les protéines sécrétées subissent une translocation. La protéine est
intégralement traduite à travers le canal de translocation de la membrane du RER par ajout
d’acides aminés à l’extrémité C-ter. La protéine fait donc une boucle de plus en plus grande
dans sa lumière.
Une fois que la traduction est terminée, le peptide signal subit le clivage par la
signal peptidase, qui est une protéine résidente du RE qui reconnait et coupe le peptide
signal au niveau de ses acides aminés chargés. Cela fait apparaître une nouvelle extrémité
N-ter.
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Les protéines ayant une durée de vie limitée dans le temps, la cellule doit fabriquer
en permanence et très rapidement des protéines bien conformées pour qu’elle puisse bien
fonctionner.
Ces modifications vont permettre l’acquisition d’une conformation tridimensionnelle
(spatiale) correcte codée par la séquence de la protéine.
Les sucres greffés sont hydrophiles, ils sont donc capables d’interagir avec des
molécules d’eau. Ils vont ainsi tirer vers l’extérieur certains domaines de la molécule
naissante en cours de repliement pour les exposer à l’eau autour. Cela permet d’enfouir les
régions hydrophobes à l’intérieur de la glycoprotéine pour protéger ces régions sensibles des
interactions illicites et faciliter l’acquisition de la structure native.
Cette transférase est associée au canal de translocation donc, à chaque fois qu’il y a
une asparagine répondant au critère de transfert, elle peut agir. Ce critère correspond à la
présence d’une asparagine au sein d’une séquence particulière appelée séquence
consensus.
L’oligosaccharide précurseur est l’ensemble de sucres qui va être greffé sur les
protéines par l’oligosaccharide-transférase sur l’azote de l’asparagine.
Il est préassemblé avant la N-glycosylation. Il est ancré dans la membrane du
réticulum endoplasmique par un lipide membranaire qui est le dolichol. Ce lipide porte deux
groupements phosphates du côté luminal.
L’intervention de ces protéines est importante car s’il y a trop de protéines ratées, cela
crée une agrégation de protéines naissantes et un stress cellulaire.
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Attention, il faut bien comprendre que la conformation native des protéines est codée par
la séquence de ces protéines. Ce n’est donc pas l’intervention des chaperonnes qui
détermine la forme native (=conformation tridimensionnelle). Les chaperonnes permettent
juste de leur laisser plus de temps pour obtenir leur bonne conformation en les protégeant.
Le résidu glucose doit être activé sur le plan énergétique par l’intermédiaire d’une
liaison covalente avec un nucléotide : l’UDP, ou uridine diphosphate. Ensuite, une glucosyl-
transférase va utiliser cet UDP comme substrat pour greffer le résidu glucose à la protéine.
Cette réaction va libérer l’UDP permettant d’apporter l’énergie nécessaire à la fixation du
glucose. Après ce greffage, la glycoprotéine peut à nouveau subir le contrôle de qualité.
Si ces tentatives s’avèrent infructueuses et donc que la protéine reste mal conformée,
un système va venir l’exfiltrer. Cela nécessite l’intervention d’une enzyme qui va éliminer un
résidu mannose à l’extrémité de la branche centrale. La protéine va alors être
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rétro-transloquée vers le cytosol pour être dégradée à l’extérieur du RE. Cette réaction va
libérer l’UDP permettant d’apporter l’énergie nécessaire à la fixation du glucose.
IV – TRAFIC VESICULAIRE
Le trafic vésiculaire est un échange de matériel entre un compartiment donneur et un
compartiment accepteur, ayant des compositions lipidiques et protéiques différentes.
Le prof montre ici comme exemple celui du trafic antérograde, c’est-à-dire du donneur
vers l’accepteur. NB : il existe également le trafic rétrograde qui lui se fait de l’accepteur vers
le donneur.
Les protéines ARF possèdent une queue lipidique (myristoyle) obtenue par
modification post-traductionnelle (greffe covalente d’un lipide appelé myristate). Sous forme
inactive, la protéine ARF a sa queue enfouie dans la structure de ARF. La protéine doit passer
à l’état actif, c’est-à-dire avec la queue myristoyle sortie, prête à être ancrée dans la
membrane du compartiment donneur. Pour cela, la protéine doit se lier au GTP. Ce passage
de l’état inactif (lié au GDP) à l’état actif (lié au GTP) n’est pas spontané, il nécessite une
interaction avec une protéine d’échange appelée GEF (GTP Exchange Factor) qui chasse le
GDP présent et introduit une molécule de GTP.
Il y a alors une étape d’amplification : lorsque ARF est recrutée à la membrane, elle
stimule des récepteurs. Cela permet la réorganisation des protéines membranaires de la
vésicule qui vont se comporter comme des récepteurs oligomérisés. Ces récepteurs
recrutent des protéines à exporter du côté luminal, et des protéines de manteau du côté
cytosolique. Elles vont interagir avec ARF et la partie cytosolique des récepteurs
oligomérisés. Ces protéines de manteau vont aussi interagir et polymériser, ce qui entraîne
une courbure de la membrane.
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2. Fission membranaire
Cette polymérisation des protéines de manteau permet la formation de bourgeons
vésiculaires, reliés à la membrane du compartiment donneur par un col très étroit. Au bout
d’un moment, le bourgeon a besoin d’être clivé de la membrane : c’est l’étape de fission.
Cette étape met en jeu la dynamine, une GTPase. Elle polymérise au niveau de la base
du bourgeon et forme un anneau spiralé, qui étrangle la base du bourgeon. Lorsque la
dynamine est recrutée et polymérisée, elle déclenche l’hydrolyse du GTP en GDP ce qui
va changer sa conformation. Ces mouvements provoquent le détachement de la vésicule.
3. Perte du manteau
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Pour ce faire, des GAP (GTPase Activating Protein) sont recrutées lors de la
formation de la vésicule et entraînent l’hydrolyse du GTP en GDP (par stimulation de
l’activité GTPase des ARF). La protéine ARF est alors inactive puisqu’elle est maintenant
liée à du GDP : la queue myristoyle est à nouveau enfouie dans sa propre structure, ce qui
entraîne le détachement des protéines de manteau.
Cette action est décalée dans le temps, ce qui laisse le temps à la vésicule de se
former et de se détacher. On appelle les vésicules dépourvues de manteau des vésicules
nues .
4.2 Fusion
La fusion met en jeu les protéines SNARE. Il existe les t-SNARE associées au
compartiment accepteur (t pour target) et les v-SNARE associée à la vésicule. Leur
association forme un canal cylindrique grâce à des interactions très étroites et très fortes.
On observe alors une réorganisation spontanée des lipides entre la membrane de la vésicule
et celle du compartiment cible, ce qui permet de passer d’un état à deux membranes
disjointes à un état intermédiaire, puis à une continuité membranaire.
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Lorsque la fusion est terminée, la protéine Rab recrute des GAP et sera sous forme
inactive à nouveau (liaison au GDP) après l’hydrolyse du GTP. Rab peut ensuite se
réassocier à sa GDI et retourner dans le cytosol. On connaît une quarantaine de Rab
différentes avec une Rab pour une étape de trafic donnée et dans une cellule donnée.
● COP-I, qui intervient dans la sécrétion constitutive du Golgi vers la membrane plasmique et
dans le trafic rétrograde du Golgi au RE ;
● COP-II, qui intervient dans le trafic antérograde du RE au Golgi avec les protéines G Sar1P.
V – APPAREIL DE GOLGI
1.Organisation en sous-compartiments
L’appareil de Golgi est un organite particulièrement compact et qui intervient juste après
la voie de sécrétion de réticulum endoplasmique. Cet organite a une allure assez
caractéristique en microscopie électronique : il est constitué d’un empilement de citernes
différenciées, avec une face d’entrée (dite “cis”) et une face de sortie (dite “trans”).
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L’appareil de Golgi est situé près du noyau. Cet organite est un bon exemple de
compartimentation puisque ses citernes s’organisent en piles qui se juxtaposent. Ces
différentes citernes possèdent des compositions moléculaires différentes et des
fonctions différentes. Cette variation de composition fait que chaque citerne se comporte
comme un sous-compartiment différent du fait de composition lipidique et protéique
différentes.
La face d’entrée, appelée face cis, est la porte d’entrée des vésicules provenant du
RE. Cette face comporte des citernes cis et, de façon plus périphérique, un réseau de
tubules membranaires appelé le Cis-Golgi Network, ou réseau cis-Golgien (CGN), par
lequel circulent les vésicules.
Ces dernières atteignent le compartiment médian puis vont dans la face de sortie,
appelée face trans.
Cette face de sortie est la face d’émission des vésicules vers d’autres organites.
Cette face possède une organisation assez symétrique à la face cis, c’est-à-dire des citernes
trans suivies d’un réseau de tubules membranaires appelé le trans-Golgi-Network, ou
réseau trans-Golgien (TGN).
Les sous compartiments du Golgi situés entre la face Cis et la face Trans exercent des
activités biologiques coordonnées et indépendantes.
Il s’agit de deux modifications ayant lieu après la synthèse de la protéine donc ce sont des
modifications post-traductionnelles.
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En passant dans les différentes structures de l’appareil de Golgi, les glycoprotéines vont
se voir enlever leurs mannoses et ajouter différents types de sucres. Cette modification
est à l’origine d’oligosaccharides matures, dits complexes, puisque cela leur fait acquérir
des fonctions particulières pour la suite de leur vie.
Les enzymes impliquées dans cette modification appartiennent à la famille des pro-
protéines convertases. Leur nom vient du fait qu’elles convertissent un précurseur de
protéines en protéines matures. Ces enzymes agissent dans le TGN.
Le chef de file de ces pro-protéines convertases est la furine, une protéase. Ces
pro-protéines convertases sont des enzymes qui s’auto-activent dans le Golgi, c’est-à-dire
qu’elles s’auto-clivent. En effet, une protéine déjà activée dans l’appareil de Golgi active
une protéine venant d’arriver.
L’activité protéolytique se fait sur une séquence basique, présente dans tous les
substrats et donc dans la furine elle-même (car elle aussi s’auto-clive pour s’activer). Les
pro-protéines convertases clivent à l’extrémité C-terminale de cette séquence.
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Les interactions commencent lorsque les récepteurs KDEL et les protéines portant
la séquence arrivent dans le Golgi. Cela est dû au changement des conditions de pH à
l’intérieur. En effet, dans le RE, le pH est neutre, mais au fur et à mesure qu’on se
rapproche de la citerne trans de l’appareil de Golgi, le pH est de plus en plus acide.
Cette séquence KKXX est une séquence capable de recruter une protéine de
manteau COP-I. On a donc une ségrégation ligand / récepteur dans des vésicules
recouvertes de COP-I. Ensuite, ces dernières génèrent des transporteurs membranaires
capables de retourner dans le RE par une voie du trafic rétrograde.
VI – EXOCYTOSE
L’exocytose consiste à faire fusionner le contenu des vésicules provenant du TGN
avec la membrane plasmique.
1. L’exocytose constitutive
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2. L’exocytose régulée
L’exocytose régulée est un mécanisme suivant la formation de vésicules post-
golgiennes. Les vésicules formées sont recouvertes de clathrine. Elles vont s’accumuler
entre le TGN et la membrane plasmique, en attente d’un signal, d’un stimulus
extracellulaire. Ainsi, on aura ce qu’on appelle des granules de sécrétion qui vont être
présents et qui vont rester en attente d’un signal avant de réaliser l’accostage et la fusion.
Un signal d’origine extracellulaire va permettre la fusion.
L’exocytose régulée est présente dans certains types cellulaires et elle s’opère en
réponse à des signaux extracellulaires (ex : cellules endocriniennes sécrétant des
hormones ; des neurones sécrétant des neurotransmetteurs dans une fente synaptique).
3. L’adressage aux endosomes et aux lysosomes
Il existe d’autres possibilités d’émissions de transporteurs membranaires à partir du
TGN. En effet, l’appareil de Golgi peut adresser spécifiquement des protéines en
direction des endosomes et des lysosomes. L’adressage aux lysosomes et aux endosomes
permet de renouveler les constituants de ces organites.
Les lysosomes sont des organites dont la fonction essentielle est de dégrader le
matériel intracellulaire qui lui est adressé. Ces organites abritent un nombre important
d’enzymes capables de détruire / de cataboliser beaucoup de molécules différentes.
Ainsi, ces protéines arrivent dans le Golgi par la face cis-Golgi. Dans cette citerne,
elles sont prises en charge par une transférase, une enzyme particulière. Cette dernière
va reconnaître par son site de reconnaissance, un domaine particulier dans la partie
protéique de ces protéines.
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VII – ENDOCYTOSE
L’endocytose est un phénomène faisant partie du trafic vésiculaire et qui permet de
récupérer du matériel extracellulaire. Elle débute à la membrane plasmique où elle
génère des vésicules d’endocytose recouvertes de clathrine (grâce à la petite GTPase
ARF 6 pour rappel ; )).
1. Formation de vésicules
La formation des vésicules se fait en plusieurs étapes :
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Par la suite, ces vésicules vont fusionner avec un organite spécialisé : l’endosome. Cet
organite existe en deux versions : l’endosome précoce et l’endosome tardif.
Dans cet endosome précoce, s’effectue un tri moléculaire entre les molécules à
recycler à la surface par un trafic rétrograde et les molécules à dégrader acheminés à
l’endosome tardif, qui va lui-même fusionner avec les lysosomes.
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Le fer est indispensable pour faire fonctionner l’expression des gènes, il a donc
d’importantes fonctions biologiques. Il y a ainsi une nécessité de capturer des atomes
de fer par des cellules à partir d’un compartiment extracellulaire.
Cette transferrine est captée par la cellule puis subit une interaction avec un
récepteur à la transferrine. Ce récepteur est ensuite sélectionné, empaqueté dans des
vésicules d’endocytose recouvertes de clathrine. Ces dernières sont progressivement
acidifiées et elles vont fusionner avec l’endosome précoce qui possède un pH bas.
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ERRATA
p. 11 : Asp remplacé par Asn.
Si vous trouvez une autre erreur, rapportez-la sur le forum du site https://www.tsps.fr/ !
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