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TUTORAT SANTÉ PARIS-SACLAY 08/02/23

CARNETS DU TUTO

LAS BIOLOGIE

RÉTICULUM ENDOPLASMIQUE, TRAFIC VÉSICULAIRE

ET APPAREIL DE GOLGI

Ce document est réalisé sous l’entière responsabilité du Tutorat Santé Paris-Saclay avec l’aval des professeurs de
l’université. Il ne constitue en aucun cas une référence opposable aux examens officiels

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TABLE DES MATIÈRES

I - LE RÉTICULUM ENDOPLASMIQUE
1. Une division en deux parties 5

1.1. Réticulum endoplasmique rugueux 5

1.2. Réticulum endoplasmique lisse 5

2. Fonctions du réticulum endoplasmique 6

2.1. Fonctions de biosynthèse 6

2.2 Fonctions métaboliques 6

II - BIOSYNTHESE DES PROTÉINES

1. Les ribosomes 7

2. Lieu de synthèse des protéines 7

2.1 synthèses au niveau du cytosol 7

2.2 synthèses au niveau du RER 7

III - BIOSYNTHESE DES PROTEINES AU NIVEAU DU RE

1. La séquence signal 8

2. La SRP (Signal Recognition Particle) 8

3. La traversée de membrane du RE 9

4. Translocation et clivage de la séquence signal 9

4.1 Protéines sécrétées 9

4.2 Protéines transmembranaires 10

5. Les modifications cotraductionnelles 12

5.1 La N-glycosylation co-traductionnelle 12

5.1.1 Séquence consensus 12

5.1.2 L’oligosaccharide précurseur 13

5.2 Les protéines chaperonnes 13

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6. Contrôle qualité des glycoprotéines 14

6.1 Première situation 14

6.2 Deuxième situation 14

IV- TRAFIC VÉSICULAIRE

1. Bourgeonnement et tri moléculaire 16

2. Fission membranaire 17

3. Perte du manteau 18

4. Arrivé au niveau du compartiment accepteur 18

4.1 Système d’attachement 19

4.2 Fusion 19

5. Régulation du trafic par les protéines RAB 19

6. Spécificité des protéines de manteau 20

7. Spécificité des V-SNARES et des T-SNARES


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V- APPAREIL DE GOLGI

1. Organisation en sous-compartiments 22

2. Fonctions de l’appareil de Golgi


23

2.1 Maturation des glycoprotéines 23

2.2 Maturation protéolytiques 23

3. Récupération des protéines résidentes du RE


24

3.1 Les séquence KDEL 24

3.2 Récupération de la protéine dans l’appareil de Golgi 24

VI- EXOCYTOSE

1. L’exocytose constitutive 25

2. L’exocytose régulée 25

3. L’adressage aux Endosomes et aux Lysosomes 26

3.1 Etape 1 : greffage de la marque Mannose-6-phosphate 26

3.2 Etape 2 : reconnaissance de la marque Mannose-6-phosphate 26

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VII- ENDOCYTOSE

1. Formation de vésicules 27

2. Devenir des récepteurs endocytés 28

2.1 Endosome précoce 28

2.2 Endosome tardif 28

2.3 Dégradation dans les lysosomes 28

2.4 Recyclage à la membrane plasmique du récepteur à la transferrine 29

Voici des petits rappels des cours précédents qui vous seront utiles pour le carnet :

o Organisation de la cellule :
Dans la cellule, on trouve le noyau, siège du stockage de l’information génétique (ADN) et de
sa transcription. Tout autour du noyau se trouve du cytosol dans lequel baignent des organites
délimités par des membranes qui permettent de délimiter des compartiments pour y effectuer
des actions spécifiques.

o Topologie sur la membrane des organites :

La membrane d’un organite est constituée de deux feuillets. On appelle feuillet cytosolique le
feuillet au contact du cytosol. Quant au feuillet qui délimite l’intérieur de l’organite, il est appelé
feuillet luminal.

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I - LE RÉTICULUM ENDOPLASMIQUE
Le système endomembranaire représente l’ensemble des membranes à l’intérieur de
la cellule. Ce système contient notamment le réticulum endoplasmique (RE), un organite qui
se développe à travers l’ensemble du cytoplasme. Il est l’organite le plus volumineux de la
cellule et représente jusqu’à 80% des membranes cellulaires, c’est-à-dire la grande majorité
de celles-ci.

Le réticulum endoplasmique communique avec les différents organites de la cellule :

- Avec le noyau : il existe une région spécialisée du RER qui est en continuité avec la
double membrane de l’enveloppe nucléaire. C’est une communication qui se fait à
travers des ponts membranaires et non par l’intermédiaire de transporteurs
membranaires.

- Avec d’autres organites : le RE échange des vésicules membranaires avec ces


organites. Parmi ces derniers, on retrouve l’appareil de Golgi, les endosomes, les
lysosomes, la membrane plasmique.

1. Une division en deux parties


Le réticulum endoplasmique est divisé en deux sous-compartiments spécialisés : le
réticulum endoplasmique rugueux (RER) et le réticulum endoplasmique lisse (REL). Ces
deux sous-compartiments communiquent grâce à une connexion entre les citernes du
REG et les tubules du REL. Ces formes de réticulum endoplasmique existent ensemble
dans toutes les cellules mais dans des proportions variables en fonction du type cellulaire
observé.

1.1.Réticulum endoplasmique rugueux


Le réticulum endoplasmique rugueux (RER) possède des citernes recouvertes de
ribosomes impliqués dans la traduction des ARN messagers en protéines. Ces citernes sont
aplaties, empilées et communiquent entre elles. Le réticulum endoplasmique rugueux peut
être observé au microscope électronique grâce aux ribosomes formant des points noirs
denses aux électrons et présents sur la face cytosolique de la membrane du réticulum
endoplasmique. Le RER occupe généralement un large volume dans la cellule.

1.2.Réticulum endoplasmique lisse


Le réticulum endoplasmique lisse (REL) possède des citernes dépourvues de
ribosomes. Il est constitué d’un réseau de citernes vésiculées (ou tubules membranaires)
compact et interconnecté. C’est le siège de la biosynthèse de nouveaux phospholipides.

2. Fonctions du réticulum endoplasmique


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Le réticulum endoplasmique possède de nombreuses fonctions.

2.1.Fonctions de biosynthèse
Quasiment toute nouvelle protéine insérée ou associée à des membranes est
produite au niveau du RE. Ainsi, cet organite abrite différentes étapes permettant de
fabriquer des protéines :
● La biosynthèse des protéines ;
● Des modifications co et post traductionnelles ;
● Le contrôle qualité des protéines ;
● La dégradation des protéines (système ubiquitine/ protéasome) ;
● La réponse cellulaire au stress conformationnel.

Par ailleurs, le réticulum endoplasmique est également le siège de la biosynthèse des


lipides avec :
● La biosynthèse de phospholipides membranaires ;
● Le contrôle du métabolisme du cholestérol.

2.2.Fonctions métaboliques
Le réticulum endoplasmique permet également de métaboliser certaines molécules avec :

● le métabolisme du glucose ;
● le métabolisme des xénobiotiques (qui sont des substances organiques
« étrangères » à l’organisme, telles que les médicaments).

Les 3 constituants essentiels de la cellules (excepté l’ADN) que sont les sucres, les protéines
et les lipides sont donc synthétisés dans le RE.

C’est le premier organisme de la voie de sécrétion qui adresse les molécules nouvellement
synthétisées, d’abord à l’appareil de Golgi qui les modifie et les mature, et les empaquette
ensuite dans des vésicules de sécrétion qui vont aller fusionner avec la membrane
plasmique pour délivrer leur contenu à l’extérieur de la cellule ou renouveler la membrane
plasmique. Dans le même temps, la membrane plasmique réalise l’internalisation de
molécules extracellulaires pour réaliser des vésicules d’endocytose qui vont communiquer
avec l’endosome, qui permet soit le recyclage à la surface de la cellule, soit l’adressage aux
lysosomes qui sont des organites de dégradation.

II - BIOSYNTHÈSE DES PROTEINES


1. Les ribosomes
Pour commencer, la synthèse des protéines nécessite la transcription d’un gène
présent sur l’ADN à l’intérieur du noyau. Le gène est transcrit en ARNm et va coder la
séquence de la protéine à synthétiser. Cet ARNm va subir plusieurs étapes de maturation
puis sort du noyau pour être libéré dans le cytosol.
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Dans le cytosol, l’ARNm va être capable de recruter des machineries de traduction que
l’on appelle des ribosomes. À l’état initial, la petite et la grande sous-unités qui forment le
ribosome sont dissociées dans la partie soluble du cytoplasme (=le cytosol). Elles sont libres
de se déplacer dans ce milieu.

À l’état fonctionnel, les deux sous-unités s’assemblent autour de l’ARNm pour former
une machinerie traductionnelle, assurer sa lecture et donc le traduire en protéines.

L’ARN messager va ainsi être lu et transcrit base après base, cet ARN possède un sens
de lecture ce qui permet d’enchainer la traduction des ARN messager par un même ribosome.

2. Lieu de synthèse des protéines


Dans la cellule, il existe deux lieux de traduction des protéines : le cytosol à l’état libre
ainsi que le RER. Il faut savoir que les mécanismes traductionnels sont conservés quel que
soit le lieu de la synthèse de la protéine. Cependant, comme dit précédemment, toute
traduction de protéine commence initialement dans le cytosol.

2.1 Synthèse au niveau du cytosol


Le cytosol est le lieu de synthèse des protéines solubles, c’est-à-dire des protéines
qui sont fabriquées et résidentes du cytosol.

2.2 Synthèse au niveau du RER


Toutes les protéines membranaires qu’elles soient résidentes ou sécrétées sont
synthétisées au niveau de la membrane cytosolique du réticulum endoplasmique rugueux.
Le complexe (ribosome + la protéine en cours de traduction) doit être adressé à la membrane
du RER puisqu’il s’est initialement formé dans le cytosol. Cet adressage est permis grâce à
une courte séquence présente sur la protéine en cours de biosynthèse : la séquence signal.

III - BIOSYNTHESE DES PROTEINES AU


NIVEAU DU RE
1. La séquence signal
La séquence signal permet l’adressage du complexe (ribosome + protéine
naissante) à la membrane du réticulum endoplasmique rugueux.
Ces séquences diffèrent en fonction des protéines. Cependant, elles possèdent des
caractéristiques physico-chimiques communes :
● la longueur de la séquence : une vingtaine d’acides aminés
● une majorité d’acides aminés hydrophobes ;
● une majorité d’acides aminés chargés basiques ;

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2. La SRP (Signal Recognition Particle)


La séquence signal est reconnue par une machinerie moléculaire appelée la SRP
(Signal Recognition Particle = Particule de Reconnaissance du Signal), cytoplasmique. Elle
possède un site de liaison au GTP et un domaine de reconnaissance de la séquence
signal, qui forme une poche pouvant interagir avec la séquence signal de la protéine.

Cette interaction entraîne une pause dans la traduction (très important). En effet, il
ne faut pas que la traduction de la protéine se poursuivre à l’état libre car la protéine se
replierait sur elle-même. Ce repliement entraînerait des difficultés lors de la translocation
puisque celle-ci doit se faire sous forme linéaire.

En outre, la pause permet au ribosome (liant la protéine naissante et la SRP) d’être


reconnu par un récepteur spécifique présent à la membrane du RER qui est proche du
canal de translocation (permettant le changement de lieu, pour l’instant bouché). C’est la
SRP qui interagit avec le récepteur. Pour cela, faut que la SRP et le récepteur soient chacun
liés à du GTP. Cette interaction permet l’activation et l’ouverture du canal.

L'interaction stimule l’activité GTPase de chacune des protéines, ce qui conduit à


l’hydrolyse du GTP en GDP + Pi (phosphate inorganique) par la SRP et par le récepteur à
la SRP. Cette double hydrolyse entraîner un changement conformationnel ce qui rend
l’interaction beaucoup plus lâche permettant la dissociation du complexe. La SRP est
libérée et recyclée Le récepteur à la SRP est aussi libéré et peut recruter une autre SRP.
Enfin, la SRP libère la séquence signal qui restera dans la membrane du réticulum dans un
premier temps puis sera dégradée.

Pendant ce temps, le ribosome a pu s’ancrer définitivement sur le canal de


translocation et il y a une reprise de la traduction avec une élongation de la chaîne
polypeptidique. La protéine en cours de biosynthèse va s’allonger dans la lumière du
réticulum endoplasmique en formant une boucle de plus en plus longue au niveau du
translocon.

3. La traversée de la membrane du RE
Afin de traverser la membrane du RER, la protéine doit traverser une sorte de canal

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appelé « canal de translocation » (ou « translocon »).

Ce canal permet le passage de la protéine en cours de biosynthèse dans la lumière


du réticulum endoplasmique rugueux. Pour exercer un certain contrôle sur l’entrée et la
sortie des protéines, le canal de translocation n’est pas ouvert en permanence. En effet,
lorsqu’il n’est pas utilisé, il est bouché.

4. Translocation et clivage de la séquence signal


Le mécanisme de translocation est un mécanisme présentant des variations en
fonction de la nature de la protéine, de sa séquence et de l’endroit où va être localisé le
peptide signal sur la protéine naissante. Dans ce cours, nous allons étudier deux situations
différentes, même s’il en existe d’autres.

4.1 Protéines sécrétées


Ces protéines sont libérées intégralement dans la lumière du réticulum
endoplasmique pour être ensuite exocytées dans le milieu extracellulaire.

Tout d’abord, les protéines sécrétées subissent une translocation. La protéine est
intégralement traduite à travers le canal de translocation de la membrane du RER par ajout
d’acides aminés à l’extrémité C-ter. La protéine fait donc une boucle de plus en plus grande
dans sa lumière.

Une fois que la traduction est terminée, le peptide signal subit le clivage par la
signal peptidase, qui est une protéine résidente du RE qui reconnait et coupe le peptide
signal au niveau de ses acides aminés chargés. Cela fait apparaître une nouvelle extrémité
N-ter.

Après la translocation, le canal s’ouvre latéralement, ce qui permet à la protéine


d’aller diffuser dans la lumière du RER. Le peptide signal, qui était en interaction avec
l’intérieur du canal de translocation, est libéré dans la membrane du réticulum
endoplasmique et sera dégradé par la cellule.

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4.2 Protéines transmembranaires


C’est une protéine qui traverse la membrane et qui y reste. Dans ce cours, on va se
limiter à celles possédant un seul passage transmembranaire même si ce type de protéines
peut également en posséder plusieurs.

Ces protéines transmembranaires possèdent :


● un domaine exposé du côté cytosolique ;
● un domaine exposé dans la lumière des organites ;
● une région transmembranaire.

La protéine transmembranaire présentée ici possède l’extrémité N-ter du côté luminal


et l’extrémité C-ter du côté cytosolique.

Tout le début du mécanisme de


translocation de la protéine est
identique à celle des protéines
sécrétées. La différence provient de la
présence d’une séquence
supplémentaire pour les protéines
transmembranaires. En effet, ces
dernières possèdent une séquence
d’arrêt de la translocation (en orange
sur le schéma).

Cette nouvelle séquence est présente


un peu plus loin dans la protéine que la
séquence signal. Cependant, elle
possède des caractéristiques similaires : elles sont toutes les deux hydrophobes et
interagissent avec les lipides de la membrane du RER.

Lorsque cette séquence d’arrêt de la translocation se retrouve dans le canal, la


translocation s’arrête. Le peptide signal est clivé par la signal peptidase du côté N-ter. Il y
a donc une partie de la protéine qui se retrouve du côté luminal et une autre du côté
cytosolique.

L’élongation de la protéine peut continuer du côté cytosolique car le ribosome s’y


déplace pour terminer la traduction.

Finalement, lorsque le canal de translocation s’ouvre latéralement, le peptide signal


libéré sera dégradé. La séquence d’arrêt de la translocation, quant à elle, devient la
séquence transmembranaire de la protéine. Une fois la traduction terminée, le canal s’ouvre
et libère directement le domaine transmembranaire dans la membrane.

NB : il existe d’autres types de protéines transmembranaires pour lesquelles la


séquence signal n’est pas clivée, mais ce n'est pas au programme.

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5. Les modifications co-traductionnelles


Au cours de la biosynthèse de la protéine, il y a des modifications de la partie
protéique. Ces modifications sont appelées des modifications co-traductionnelles car elles
ont lieu pendant la traduction de la protéine, dans le réticulum endoplasmique.

Les protéines ayant une durée de vie limitée dans le temps, la cellule doit fabriquer
en permanence et très rapidement des protéines bien conformées pour qu’elle puisse bien
fonctionner.
Ces modifications vont permettre l’acquisition d’une conformation tridimensionnelle
(spatiale) correcte codée par la séquence de la protéine.

5.1 La N-glycosylation co-traductionnelle


La N-glycosylation est une modification concernant la grande majorité des protéines
et ayant lieu au cours de la traduction et qui consiste à greffer un ensemble de sucres sur
une protéine. On obtient une glycoprotéine.

Les sucres greffés sont hydrophiles, ils sont donc capables d’interagir avec des
molécules d’eau. Ils vont ainsi tirer vers l’extérieur certains domaines de la molécule
naissante en cours de repliement pour les exposer à l’eau autour. Cela permet d’enfouir les
régions hydrophobes à l’intérieur de la glycoprotéine pour protéger ces régions sensibles des
interactions illicites et faciliter l’acquisition de la structure native.

C’est un complexe enzymatique appelé oligosaccharide-transférase qui greffe en


bloc un oligosaccharide (ou glycane) sur l’azote de la chaîne latérale d’une asparagine (N).

Cette transférase est associée au canal de translocation donc, à chaque fois qu’il y a
une asparagine répondant au critère de transfert, elle peut agir. Ce critère correspond à la
présence d’une asparagine au sein d’une séquence particulière appelée séquence
consensus.

5.1.1 Séquence consensus


La séquence consensus est universelle, c’est-à-dire qu’elle est toujours la même, quelle
que soit la protéine (contrairement aux séquences signal ;)). Cette séquence est très
courte, elle possède 3 acides aminés.

Elle contient toujours :


● une asparagine ;
● un acide aminé quelconque, noté X ;
● un acide aminé alcool de type Sérine ou Thréonine.

Ce qui donne deux séquences consensus possibles : Asn-X-Thr ou Asn-X-Ser. La plupart du


temps (mais pas toujours), ces séquences sont reconnues par
l’oligosaccharide-transférase. On dit que ces séquences sont glycosylées.

5.1.2 L’oligosaccharide précurseur


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L’oligosaccharide précurseur est l’ensemble de sucres qui va être greffé sur les
protéines par l’oligosaccharide-transférase sur l’azote de l’asparagine.
Il est préassemblé avant la N-glycosylation. Il est ancré dans la membrane du
réticulum endoplasmique par un lipide membranaire qui est le dolichol. Ce lipide porte deux
groupements phosphates du côté luminal.

L’oligosaccharide est composé d’un assemblage de 14 sucres différents répartis en


3 catégories. Il comprend :

● 2 molécules de N-acétyl-glucosamine = GlcNAc (des dérivés glucose) ;


● 9 résidus mannoses formant une structure à 3 branches ;
● 3 résidus glucose portés à l’extrémité d’une branche d’un mannose.

5.2 Les protéines chaperonnes


Les protéines chaperonnes sont des protéines qui protègent les molécules en cours de
biosynthèse. Elles évitent à la protéine naissante de fabriquer des boucles et/ou des
agrégats, notamment au niveau des régions hydrophobes ; elles permettent également
d’éviter que les cystéines forment des ponts disulfures. Tout ceci afin de s’assurer que la
protéine acquiert sa conformation tridimensionnelle correcte.

En effet, il existe plusieurs régions de la séquence peptidique qui peuvent nécessiter de


l’aide car elles sont susceptibles de créer des interactions illicites.

L’intervention de ces protéines est importante car s’il y a trop de protéines ratées, cela
crée une agrégation de protéines naissantes et un stress cellulaire.

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Attention, il faut bien comprendre que la conformation native des protéines est codée par
la séquence de ces protéines. Ce n’est donc pas l’intervention des chaperonnes qui
détermine la forme native (=conformation tridimensionnelle). Les chaperonnes permettent
juste de leur laisser plus de temps pour obtenir leur bonne conformation en les protégeant.

6. Contrôle de qualité des glycoprotéines


Afin de vérifier que tous les mécanismes de la biosynthèse se sont bien déroulés, la
cellule met en place un système de contrôle qualité de la glycoprotéine. Elle possède 3
résidus glucose qui vont être éliminés un par un jusqu’à n’en laisser qu’un seul ; quand il n’en
reste qu’un, elle peut être prise en charge par les protéines chaperonnes.

6.1 Si la structure obtenue est la bonne


Dans cette situation, la protéine a obtenu sa structure native, tous les mécanismes se
sont bien déroulés. La protéine est donc prête à être libérée pour aller exercer ses fonctions.
Le dernier résidu de glucose (le plus interne) est éliminé.

6.2 Si la structure obtenue n’est pas la bonne


Dans cette situation, la
conformation correcte n’est pas
obtenue, donc la cellule ne peut
se permettre de la libérer. La
cellule peut alors lui laisser une
seconde chance voire une
troisième pour acquérir la bonne
conformation !

Tout d’abord, la glucosidase 2


élimine le dernier glucose. Il va y
avoir un greffage d’un résidu
glucose à l’extrémité de la
chaîne mannose pour que la
protéine soit reprise en charge
par les protéines chaperonnes du
contrôle qualité
(calnexine/calréticuline).

Le résidu glucose doit être activé sur le plan énergétique par l’intermédiaire d’une
liaison covalente avec un nucléotide : l’UDP, ou uridine diphosphate. Ensuite, une glucosyl-
transférase va utiliser cet UDP comme substrat pour greffer le résidu glucose à la protéine.
Cette réaction va libérer l’UDP permettant d’apporter l’énergie nécessaire à la fixation du
glucose. Après ce greffage, la glycoprotéine peut à nouveau subir le contrôle de qualité.

Si ces tentatives s’avèrent infructueuses et donc que la protéine reste mal conformée,
un système va venir l’exfiltrer. Cela nécessite l’intervention d’une enzyme qui va éliminer un
résidu mannose à l’extrémité de la branche centrale. La protéine va alors être
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rétro-transloquée vers le cytosol pour être dégradée à l’extérieur du RE. Cette réaction va
libérer l’UDP permettant d’apporter l’énergie nécessaire à la fixation du glucose.

IV – TRAFIC VESICULAIRE
Le trafic vésiculaire est un échange de matériel entre un compartiment donneur et un
compartiment accepteur, ayant des compositions lipidiques et protéiques différentes.

Les glycoprotéines qui quittent le réticulum endoplasmique pour aller à l’appareil de


Golgi sont empaquetées dans des vésicules de transport membranaire. Ces vésicules sont
formées à partir de régions spécialisées du RER, appelées “éléments de transition” : ce sont
des petites excroissances lisses du RER. Les vésicules formées sont acheminées jusqu’à
l’appareil de Golgi, soit par simple diffusion quand l’appareil de Golgi est proche, soit par
vectorisation, c’est-à-dire acheminée par des éléments du cytosquelette, de la périphérie
vers le centre de la cellule.

Le compartiment donneur sélectionne des éléments à emporter dans une vésicule de


transport. La formation du bourgeon vésiculaire se fait grâce à une machinerie recrutée à
partir du cytosol environnant. Ce bourgeon se détache de la membrane du compartiment
donneur : c’est l’étape de fission. Il y a ensuite la perte du manteau protéique recouvrant la
vésicule, suivie éventuellement de la vectorisation (facultatif).

Arrivée au niveau du compartiment accepteur, la vésicule fait appel à un système


d’accostage (ou ancrage, ou docking complex) qui permet d’immobiliser la vésicule près du
compartiment accepteur. Ensuite, le système de fusion se met en place et permet la jonction
des membranes des deux compartiments. Enfin, le contenu de la vésicule pourra se déverser
dans la lumière du compartiment accepteur.

Le prof montre ici comme exemple celui du trafic antérograde, c’est-à-dire du donneur
vers l’accepteur. NB : il existe également le trafic rétrograde qui lui se fait de l’accepteur vers
le donneur.

1. Bourgeonnement et tri moléculaire


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Le bourgeonnement de la vésicule dépend d’une petite protéine G (capable donc de lier


du GTP ou du GDP) de la famille ARF. Elle est tout d’abord à l’état inactif (donc liée au
GDP). Elle est recrutée au niveau de la membrane du compartiment donneur.

Les protéines ARF possèdent une queue lipidique (myristoyle) obtenue par
modification post-traductionnelle (greffe covalente d’un lipide appelé myristate). Sous forme
inactive, la protéine ARF a sa queue enfouie dans la structure de ARF. La protéine doit passer
à l’état actif, c’est-à-dire avec la queue myristoyle sortie, prête à être ancrée dans la
membrane du compartiment donneur. Pour cela, la protéine doit se lier au GTP. Ce passage
de l’état inactif (lié au GDP) à l’état actif (lié au GTP) n’est pas spontané, il nécessite une
interaction avec une protéine d’échange appelée GEF (GTP Exchange Factor) qui chasse le
GDP présent et introduit une molécule de GTP.

Il y a alors une étape d’amplification : lorsque ARF est recrutée à la membrane, elle
stimule des récepteurs. Cela permet la réorganisation des protéines membranaires de la
vésicule qui vont se comporter comme des récepteurs oligomérisés. Ces récepteurs
recrutent des protéines à exporter du côté luminal, et des protéines de manteau du côté
cytosolique. Elles vont interagir avec ARF et la partie cytosolique des récepteurs
oligomérisés. Ces protéines de manteau vont aussi interagir et polymériser, ce qui entraîne
une courbure de la membrane.

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2. Fission membranaire
Cette polymérisation des protéines de manteau permet la formation de bourgeons
vésiculaires, reliés à la membrane du compartiment donneur par un col très étroit. Au bout
d’un moment, le bourgeon a besoin d’être clivé de la membrane : c’est l’étape de fission.
Cette étape met en jeu la dynamine, une GTPase. Elle polymérise au niveau de la base
du bourgeon et forme un anneau spiralé, qui étrangle la base du bourgeon. Lorsque la
dynamine est recrutée et polymérisée, elle déclenche l’hydrolyse du GTP en GDP ce qui
va changer sa conformation. Ces mouvements provoquent le détachement de la vésicule.

3. Perte du manteau

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Pour se débarrasser du manteau, il faut que les protéines ARF se détachent de la


vésicule, car ce sont les ARF activées qui recrutent et maintiennent les protéines de
manteau autour de la vésicule.

Pour ce faire, des GAP (GTPase Activating Protein) sont recrutées lors de la
formation de la vésicule et entraînent l’hydrolyse du GTP en GDP (par stimulation de
l’activité GTPase des ARF). La protéine ARF est alors inactive puisqu’elle est maintenant
liée à du GDP : la queue myristoyle est à nouveau enfouie dans sa propre structure, ce qui
entraîne le détachement des protéines de manteau.

Cette action est décalée dans le temps, ce qui laisse le temps à la vésicule de se
former et de se détacher. On appelle les vésicules dépourvues de manteau des vésicules
nues .

4. Arrivée au niveau du compartiment accepteur


Dans un premier temps, la vésicule est immobilisée à proximité du compartiment
accepteur puis il va y avoir une fusion des membranes de la vésicule et du compartiment
accepteur.

4.1 Système d’attachement


Dans un premier temps, la vésicule est immobilisée à proximité du compartiment
accepteur puis il va y avoir une fusion des membranes de la vésicule et du compartiment
accepteur.
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Le système d’ancrage permet d’immobiliser la vésicule à proximité du


compartiment accepteur, à une certaine distance pour ne pas mettre tout de suite en jeu la
machinerie de fusion. Il met en jeu les protéines présentes dans la membrane du
compartiment accepteur, les protéines de la membrane de la vésicule et des protéines
cytosoliques. Ce système d’attachement permet de laisser du temps au système de fusion
de se mettre en place.

4.2 Fusion
La fusion met en jeu les protéines SNARE. Il existe les t-SNARE associées au
compartiment accepteur (t pour target) et les v-SNARE associée à la vésicule. Leur
association forme un canal cylindrique grâce à des interactions très étroites et très fortes.
On observe alors une réorganisation spontanée des lipides entre la membrane de la vésicule
et celle du compartiment cible, ce qui permet de passer d’un état à deux membranes
disjointes à un état intermédiaire, puis à une continuité membranaire.

5. Régulation du trafic par les protéines Rab


Les petites protéines G de la famille Rab permettent de réguler le trafic vésiculaire. La
protéine Rab est bloquée à l’état GDP (état inactif) par la protéine partenaire GDI (GDP
Dissociation Inhibitor). Rab va être recrutée au niveau de la vésicule en formation. Pour
passer à l’état actif et s’ancrer à la membrane, il faut lever l’inhibition de dissociation de Rab
et GDP. Pour ce faire, le recrutement de GDF (GDI Dissociation Factor) permet de dissocier
le GDI de Rab, et Rab va pouvoir se libérer du GDP et recruter du GTP par échange
nucléotidique grâce à GEF (GDP Exchange Factor). La queue lipidique de Rab-GTP peut
alors s’ancrer à la membrane.

Rab exerce plusieurs régulations pendant le trafic vésiculaire :

● Recrutement de moteurs moléculaires lors de la vectorisation. Cela permet le


transport des vésicules sur les éléments du cytosquelette ;

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● Contrôle de l’assemblage des systèmes d’attachement ;

● Contrôle de la mise en place des complexes de fusion en levant le blocage de


certaines t-SNARE. Cela va favoriser l’interaction entre les v-SNARE et les
t-SNARE.

Lorsque la fusion est terminée, la protéine Rab recrute des GAP et sera sous forme
inactive à nouveau (liaison au GDP) après l’hydrolyse du GTP. Rab peut ensuite se
réassocier à sa GDI et retourner dans le cytosol. On connaît une quarantaine de Rab
différentes avec une Rab pour une étape de trafic donnée et dans une cellule donnée.

6. Spécificité des protéines de manteau


Les protéines G et les protéines de manteau sont spécifiques et variées. Il y a, par
exemple, 3 types de protéines de manteau :

● La clathrine, qui intervient dans l’internalisation au niveau de la membrane plasmique et


dans la sécrétion régulée entre le Golgi et la membrane plasmique ;

● COP-I, qui intervient dans la sécrétion constitutive du Golgi vers la membrane plasmique et
dans le trafic rétrograde du Golgi au RE ;

● COP-II, qui intervient dans le trafic antérograde du RE au Golgi avec les protéines G Sar1P.

7. Spécificité des v-SNARE et t-SNARE


Il existe aussi des interactions spécifiques des v-SNARE et des t-SNARE au moment
de la fusion. Un compartiment donneur peut générer deux types de vésicules qui sont
destinées à deux compartiments accepteurs différents. Ces vésicules peuvent avoir les
mêmes protéines G et les mêmes protéines de manteau mais en ayant des SNARE
différentes. La spécificité des SNARE permet d’assurer la spécificité du trafic dans
certaines conditions. Il existe une vingtaine de SNARE différentes.
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(Il y a donc de nombreuses combinaisons de molécules qui confèrent leur spécificité à


chaque étape de trafic et qui sont déclinées dans les différents types cellulaires : par exemple,
un fibroblaste ne va pas utiliser les mêmes molécules lors de son trafic membranaire que
celles utilisées par un entérocyte.)

V – APPAREIL DE GOLGI
1.Organisation en sous-compartiments
L’appareil de Golgi est un organite particulièrement compact et qui intervient juste après
la voie de sécrétion de réticulum endoplasmique. Cet organite a une allure assez
caractéristique en microscopie électronique : il est constitué d’un empilement de citernes
différenciées, avec une face d’entrée (dite “cis”) et une face de sortie (dite “trans”).

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L’appareil de Golgi est situé près du noyau. Cet organite est un bon exemple de
compartimentation puisque ses citernes s’organisent en piles qui se juxtaposent. Ces
différentes citernes possèdent des compositions moléculaires différentes et des
fonctions différentes. Cette variation de composition fait que chaque citerne se comporte
comme un sous-compartiment différent du fait de composition lipidique et protéique
différentes.

Ces sous-compartiments échangent du matériel grâce au trafic intracellulaire pour


assurer la fonction biologique de l’organisme. A travers ces citernes, il y a une
modification et une maturation des molécules, due à la polarisation de l’appareil de
Golgi (face d’entrée VS face de sortie).

La face d’entrée, appelée face cis, est la porte d’entrée des vésicules provenant du
RE. Cette face comporte des citernes cis et, de façon plus périphérique, un réseau de
tubules membranaires appelé le Cis-Golgi Network, ou réseau cis-Golgien (CGN), par
lequel circulent les vésicules.

Ces dernières atteignent le compartiment médian puis vont dans la face de sortie,
appelée face trans.

Cette face de sortie est la face d’émission des vésicules vers d’autres organites.
Cette face possède une organisation assez symétrique à la face cis, c’est-à-dire des citernes
trans suivies d’un réseau de tubules membranaires appelé le trans-Golgi-Network, ou
réseau trans-Golgien (TGN).

Les sous compartiments du Golgi situés entre la face Cis et la face Trans exercent des
activités biologiques coordonnées et indépendantes.

2. Fonctions de l’appareil de Golgi


L’appareil de Golgi assure deux types de maturations sur les protéines différentes :

● La maturation des glycoprotéines ;


● La maturation par clivage.

Il s’agit de deux modifications ayant lieu après la synthèse de la protéine donc ce sont des
modifications post-traductionnelles.

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2.1 La maturation des glycoprotéines


Les glycoprotéines sont les protéines nouvellement synthétisées et provenant du
réticulum endoplasmique. L’appareil de Golgi assure la maturation de ces N-glycanes, qui
sont riches en mannose mais dépourvus de glucose, libérés par le contrôle qualité du
réticulum endoplasmique.

En passant dans les différentes structures de l’appareil de Golgi, les glycoprotéines vont
se voir enlever leurs mannoses et ajouter différents types de sucres. Cette modification
est à l’origine d’oligosaccharides matures, dits complexes, puisque cela leur fait acquérir
des fonctions particulières pour la suite de leur vie.

2.2 La maturation protéolytique


Il existe des enzymes dans l’appareil de Golgi. Ces enzymes sont des protéases qui
coupe des morceaux de protéines passant à travers les citernes de l’appareil de Golgi
pour les maturer : c’est la maturation protéolytique.

Les enzymes impliquées dans cette modification appartiennent à la famille des pro-
protéines convertases. Leur nom vient du fait qu’elles convertissent un précurseur de
protéines en protéines matures. Ces enzymes agissent dans le TGN.

Le chef de file de ces pro-protéines convertases est la furine, une protéase. Ces
pro-protéines convertases sont des enzymes qui s’auto-activent dans le Golgi, c’est-à-dire
qu’elles s’auto-clivent. En effet, une protéine déjà activée dans l’appareil de Golgi active
une protéine venant d’arriver.

L’activité protéolytique se fait sur une séquence basique, présente dans tous les
substrats et donc dans la furine elle-même (car elle aussi s’auto-clive pour s’activer). Les
pro-protéines convertases clivent à l’extrémité C-terminale de cette séquence.

3.Récupération des protéines résidentes du RE


Dans le cadre du trafic membranaire, il y a des protéines qui quittent le réticulum
endoplasmique et d’autres qui doivent rester dans ce compartiment. Cependant, les
protéines résidentes du RE ne vont pas y être présentes en permanence. En effet, ces
protéines vont dans le Golgi en utilisant des vésicules recouvertes de COP-II puis il y a
récupération de ces molécules à postériori.

3.1 Les séquences KDEL


Le principe de rétention de ces protéines résidentes repose sur la présence de
courtes séquences tétra peptidiques de type KDEL (lysine, acide aspartique, acide
glutamique et leucine). Ces séquences sont présentes à l’extrémité C-terminale des
protéines. Un des exemples de protéines portant cette séquence sont les protéines
chaperonnes ayant des fonctions dans le RE.

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Il existe un récepteur transmembranaire qui reconnaît spécifiquement cette


séquence KDEL. Cette protéine fait partie intégrante de la membrane du RE.

Ce récepteur KDEL et la protéine portant la séquence KDEL n’interagissent pas


dans le RE. En effet, ces protéines portant la séquence KDEL doivent être libres dans le
RE, elles doivent diffuser et exercer leurs fonctions (ex : cas des chaperonnes).

Une interaction avec les protéines membranaires dans le RE entraînerait des


conséquences néfastes pour l’organite car ces protéines sont importantes pour les
fonctions du RE.

Les interactions commencent lorsque les récepteurs KDEL et les protéines portant
la séquence arrivent dans le Golgi. Cela est dû au changement des conditions de pH à
l’intérieur. En effet, dans le RE, le pH est neutre, mais au fur et à mesure qu’on se
rapproche de la citerne trans de l’appareil de Golgi, le pH est de plus en plus acide.

3.2 Récupération de la protéine dans l’appareil de Golgi


À ce stade, l’appareil de Golgi possède des complexes ligands / récepteurs. Cela
entraîne un changement de conformation du récepteur (c’est souvent le cas dans tous
types de signalisation). La fixation d’un ligand d’un côté de la membrane sur un domaine va
entraîner un changement de conformation de l’autre côté de la membrane.

Dans ce cas-là, cette modification expose une séquence inaccessible


auparavant. Il s’agit de la séquence KKXX (lysine, lysine, et deux acides aminés
quelconques) dans le domaine cytosolique du récepteur KDEL.

Cette séquence KKXX est une séquence capable de recruter une protéine de
manteau COP-I. On a donc une ségrégation ligand / récepteur dans des vésicules
recouvertes de COP-I. Ensuite, ces dernières génèrent des transporteurs membranaires
capables de retourner dans le RE par une voie du trafic rétrograde.

Les protéines résidentes partent du Golgi, ce qui permet de reconcentrer, en


permanence, ces protéines dans le RE. Une fois les complexes arrivés dans le RE, les
interactions sont rompues (car pH neutre et les protéines sont de nouveau libres de diffuser
à l’intérieur du RE)

VI – EXOCYTOSE
L’exocytose consiste à faire fusionner le contenu des vésicules provenant du TGN
avec la membrane plasmique.

On distingue deux modalités différentes d’exocytose.

1. L’exocytose constitutive
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L’exocytose constitutive permet de renouveler les constituants de la membrane.


Elle est réalisée en continue et utilise des vésicules recouvertes de COP-I. Cette
modalité d’exocytose existe dans tous les types cellulaires.

2. L’exocytose régulée
L’exocytose régulée est un mécanisme suivant la formation de vésicules post-
golgiennes. Les vésicules formées sont recouvertes de clathrine. Elles vont s’accumuler
entre le TGN et la membrane plasmique, en attente d’un signal, d’un stimulus
extracellulaire. Ainsi, on aura ce qu’on appelle des granules de sécrétion qui vont être
présents et qui vont rester en attente d’un signal avant de réaliser l’accostage et la fusion.
Un signal d’origine extracellulaire va permettre la fusion.

L’exocytose régulée est présente dans certains types cellulaires et elle s’opère en
réponse à des signaux extracellulaires (ex : cellules endocriniennes sécrétant des
hormones ; des neurones sécrétant des neurotransmetteurs dans une fente synaptique).
3. L’adressage aux endosomes et aux lysosomes
Il existe d’autres possibilités d’émissions de transporteurs membranaires à partir du
TGN. En effet, l’appareil de Golgi peut adresser spécifiquement des protéines en
direction des endosomes et des lysosomes. L’adressage aux lysosomes et aux endosomes
permet de renouveler les constituants de ces organites.

Les lysosomes sont des organites dont la fonction essentielle est de dégrader le
matériel intracellulaire qui lui est adressé. Ces organites abritent un nombre important
d’enzymes capables de détruire / de cataboliser beaucoup de molécules différentes.

L’adressage aux lysosomes se fait grâce à une marque particulière, c’est un


déterminant moléculaire : la marque mannose-6-phosphate. Cet adressage concerne
beaucoup les enzymes nécessaires dans les lysosomes.

3.1 Étape 1 : greffage de la marque Man-6-P


Les glycoprotéines destinées aux lysosomes sont biosynthétisées au niveau du RE
puis elles cheminent à travers le Golgi où s’effectuera l’ajout de la marque
mannose-6-phosphate.

Ainsi, ces protéines arrivent dans le Golgi par la face cis-Golgi. Dans cette citerne,
elles sont prises en charge par une transférase, une enzyme particulière. Cette dernière
va reconnaître par son site de reconnaissance, un domaine particulier dans la partie
protéique de ces protéines.

Ensuite, elle va greffer grâce à son site catalytique, une N-acétylglucosamine à


l’extrémité d’un mannose périphérique. Initialement, ce sucre est lié à de l’UDP (Uridine
Diphosphate) pour qu’il puisse être activé. Cela forme donc un
UDP-N-acétylglucosamine.

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L’UDP va être clivé en deux, cela libère un UMP (Uridine monophosphate) et la


transférase va pouvoir greffer un groupement N-acétylglucosamine phosphate (il s’agit
du deuxième phosphate qui a été libéré lors de la coupure de l’UDP).

Pour continuer, cette glycoprotéine va perdre spontanément la N-acétylglucosamine


par une hydrolyse spontanée. Cela génère l’enzyme exportable aux lysosomes avec la
marque mannose-6-phosphate.

3.2 Étape 2 : reconnaissance de la marque Man-6-P


L’enzyme à exporter dans les lysosomes est amenée au niveau du TGN. Dans ce
sous- compartiment, la marque de mannose-6-phosphate qui lui a été greffé va être
reconnue spécifiquement par un récepteur. Ainsi, l’enzyme marquée va lier un récepteur
puis ce complexe est exporté vers l’endosome tardif grâce au trafic membranaire.

VII – ENDOCYTOSE
L’endocytose est un phénomène faisant partie du trafic vésiculaire et qui permet de
récupérer du matériel extracellulaire. Elle débute à la membrane plasmique où elle
génère des vésicules d’endocytose recouvertes de clathrine (grâce à la petite GTPase
ARF 6 pour rappel ; )).

1. Formation de vésicules
La formation des vésicules se fait en plusieurs étapes :

● Avant la formation du bourgeon, les ligands du milieu extracellulaire (= molécules à


endocyter) se lient à des récepteurs membranaires ;

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● Ces récepteurs vont s’oligomériser (= se regrouper), à l’intérieur d’un bourgeon en


formation, qui forme un puits recouvert de clathrine ;

● Ensuite ces récepteurs membranaires interagissent par l’intermédiaire de protéines


adaptatrices (= des adaptines) qui viennent se coller du côté cytosolique et imposer
la courbure au bourgeon de la vésicule d’endocytose ;

● La fission du bourgeon moléculaire est assurée par la dynamine ;

● Pour finir, les vésicules se débarrassent de leur manteau de clathrine et elles


commencent à s’acidifier puisqu’elles emportent également de l’ATPase à protons.

Par la suite, ces vésicules vont fusionner avec un organite spécialisé : l’endosome. Cet
organite existe en deux versions : l’endosome précoce et l’endosome tardif.

2. Devenir des récepteurs endocytés


2.1 Endosome précoce
L’endosome précoce est également appelé endosome de recyclage. Il s’agit de
l’endosome rencontré en premier pendant le trajet. Cet organite est capable de régénérer
des vésicules capables de retourner fusionner avec la membrane plasmique afin de
restituer certains constituants à la surface de la cellule.

Dans cet endosome précoce, s’effectue un tri moléculaire entre les molécules à
recycler à la surface par un trafic rétrograde et les molécules à dégrader acheminés à
l’endosome tardif, qui va lui-même fusionner avec les lysosomes.

2.2 Endosome tardif


L’endosome de recyclage va maturer en endosome tardif.

Tout d’abord, il y a formation de bourgeons vésiculaires à partir de la membrane de


l’endosome vers sa lumière (contrairement au trafic membranaire où les vésicules sont
dirigées vers le cytosol). Ce phénomène s’appelle l’invagination membranaire.

En ce qui concerne la création de ces vésicules, la machinerie moléculaire mise en place


n’est pas du tout la même que celle décrite précédemment.

2.3 Dégradation dans les lysosomes

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L’illustration ci-dessus nous expose l’internalisation des récepteurs endocytés à des


fins de dégradation.

Il est de coutume de diviser ce mécanisme en plusieurs étapes :

● Tout d’abord, les ligands à endocyter (= molécules extracellulaires) vont se


lier à des récepteurs pour les activer. La cellule souhaite inactiver le
complexe. Pour cela, il lui est nécessaire de le dégrader et cela en
l’internalisant pour l’envoyer jusqu’aux lysosomes. Afin d’être orienté vers
les voies de dégradations, le récepteur se voit greffer une molécule
d’ubiquitine dans son domaine cytosolique ;

● Ensuite, il y a une opération d’invagination de bourgeons vésiculaires


dans la lumière de l’endosome. Cela forme une structure avec un
compartiment contenant de multiples vésicules appelée corps
multivésiculaire. Ce mécanisme est très caractéristique de l’endosome
tardif ;

● Enfin, cet endosome tardif va fusionner avec la membrane des


lysosomes pour y déverser son contenu à des fins de dégradation.

Ce mécanisme de dégradation concerne plusieurs types de récepteurs tels que : EGFR,


ASGR ou encore GHR.

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2.4 Recyclage à la membrane plasmique du


récepteur à la transferrine

Il existe également des voies non de dégradations impliquant l’endocytose. En effet,


on retrouve aussi une endocytose capable de recycler certains constituants. On va illustrer
ce cas par le récepteur à la transferrine.

Le fer est indispensable pour faire fonctionner l’expression des gènes, il a donc
d’importantes fonctions biologiques. Il y a ainsi une nécessité de capturer des atomes
de fer par des cellules à partir d’un compartiment extracellulaire.

Le fer du milieu extracellulaire est capturé par de la transferrine, une protéine


transporteur sécrétée par certaines cellules de notre organisme. Le milieu extracellulaire
étant oxydant, il s’agit de fer ferrique : Fe .
3+

Cette transferrine est captée par la cellule puis subit une interaction avec un
récepteur à la transferrine. Ce récepteur est ensuite sélectionné, empaqueté dans des
vésicules d’endocytose recouvertes de clathrine. Ces dernières sont progressivement
acidifiées et elles vont fusionner avec l’endosome précoce qui possède un pH bas.

A ce pH, le fer va se dissocier de la transferrine et il passe à travers un


transporteur qui l’amène au niveau du cytosol. Ensuite, il est soit utilisé ou soit mis en
réserve. De plus, le cytosol étant un milieu réducteur, il y a réduction du fer en fer ferreux
: Fe .
2+

Dans le même temps, le récepteur à la transferrine lie toujours la transferrine mais


cette dernière est dépourvue de son atome de fer, elle s'appelle l’apotransferrine.

A partir de cet endosome précoce, dit aussi endosome de recyclage, il y a


génération de transporteurs vésiculaires qui vont recycler ces complexes ligand /
récepteur à la surface de la cellule en fusionnant avec la membrane plasmique.

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Lorsque la fusion s’opère, l’exposition du contenu de la vésicule qui était acide, à


un pH neutre va entraîner le détachement de l’apotransferrine de son récepteur. Il peut y
avoir réutilisation de l’apotransferrine dans le milieu extracellulaire pour capter de
nouveaux atomes de fer.

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ERRATA
p. 11 : Asp remplacé par Asn.

Si vous trouvez une autre erreur, rapportez-la sur le forum du site https://www.tsps.fr/ !

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