Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
• Introduction
• CGH-array
Définitions
Génome Transcriptome
Protéome
Métabolome
Evolutions technologiques et
nouvelles approches
Gène dont la séquence, ou des motifs dans la séquence, présente des homologies avec
des gènes de fonctions connues (dans le même organisme ou ailleurs!). C’est
l’annotation par homologie de séquence (bioinformatique)
• Introduction
AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA
Population
AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA
AAAAAAAAAA
d’ARNm
AAAAAAAAAA
Vecteur
Séquençage
3 2 1 1
• Les tags font entre 10 et 15 pb. Probabilité est
de 410 (1 chance sur 1 million) et 415 (1 chance
sur 1 milliard) si les bases sont distribuées au
hasard dans les séquences
Synthèse ADNc
Amorce oligodT biotinylée
AAAAAA biotine
T TT TTT
AAAAAA
GTAC GTAC GTAC T TT TTT
GGGACATG AAAAAA
B CCCTGTAC T TT TTT
Population B
GGGACATG AAAAAA
A CCCTGTAC T TT TTT
Population A
Site reconnaissance TE (enz restric type II) 5pb.
Site reco Coupure 13 pb après site reconnaissance
BsmF1 BsmFI: GGGAC
13
GGGACATG NNNNNNNNNN GGGACATGZZZZZZZZZZ
A CCCTGTAC NNNNNNN B CCCTGTACZZZZZZZ
10
GGGACATG NNNNNNNNNN GGGACATGZZZZZZZZZZ
A CCCTGTACNNNNNNN B CCCTGTACZZZZZZZZ
Création bords francs
T4 DNA pol
13
GGGACATG NNNNNNNNNN GGGACATGZZZZZZZZZZ
A CCCTGTAC NNNNNNNNNN B CCCTGTACZZZZZZZZZZ
10
Ligation
GGGACATG NNNNNNNNNN ZZZZZZZZZZ CATGTCCC B
A CCCTGTAC NNNNNNNNNN ZZZZZZZZZZGTACAGGG
GGGACATG VVVVVVVVVV YYYYYYYYYY CATGTCCC A
A CCCTGTAC VVVVVVVVVV YYYYYYYYYY GTACAGGG
GGGACATG KKKKKKKKKK SSSSSSSSSS CATGTCCC B
B CCCTGTAC KKKKKKKKKK SSSSSSSSSS GTACAGGG
PCR amorces A et B
Population ditags type AB majoritaire (AA et BB donnent des « hairpins » lors PCR)
GGGACATG NNNNNNNNNN ZZZZZZZZZZ CATGTCCC B
A CCCTGTAC NNNNNNNNNN ZZZZZZZZZZGTACAGGG
Coupure AE
Purification ditags
Ligation
Clonage
20 pb
CATG NNNNNNNNNN ZZZZZZZZZZCATG WWWWWWWWWWYYYYYYYYYY CATG……
GTAC NNNNNNNNNN ZZZZZZZZZZ GTAC WWWWWWWWWWYYYYYYYYYY GTAC……
Analyse bioinformatique
Avantages et inconvénients la
technique SAGE
Théorie
Principe de la technique
AAAAAAAAAAAAAAAAAA RT 2
ATTTTTTTTTTTTT
RT 3
AAAAAAAAAAAAAAAAAA
GTTTTTTTTTTTTT RT 4
4 populations AAAAAAAAAAAAAAAAAA
ADNc CTTTTTTTTTTTTT
AAAAAAAAAAAAAAAAAA
TTTTTTTTTTTTTT
Etape 2: PCR a partir des 4 populations d’ADNC
Exemple avec la population obtenue avec ATTTTTTTTTTTTT
ATTTTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTTTTT
Tissus anormal
Tissus sain
Amplifiats X
migration
Amplifiats Y
Clonage de Y et W
Amplifiats W
Dans le monde réel
Sturtevant, 2000
Clinical Microbiology Reviews
Vol.13, N°3, p.408-427.