Classification des êtres vivants

Classification des êtres vivants

Un être vivant est un élément capable de fonctions de nutrition, de régulation et de reproduc-
tion. Les premières observations microscopiques optiques (XVIIe siècle) ont permis la classifi-
cation que nous connaissons des êtres vivants (animal/végétal/micro-organisme). Le monde
minéral, ou inanimé, ne fait pas partie de l’étude de la microbiologie. Les prions et les virus
sont des formes d’existence à potentiel vivant. Ce sont des molécules protéiques qui ne com-
portent pas d’ADN, mais qui peuvent représenter des caractéristiques du règne vivant. Les
micro-organismes sont des organismes unicellulaires, pluricellulaires ou coloniaux à l’inté-
rieur desquels n’a pas lieu de différenciation cellulaire (on observe toutefois des cas spéciaux
comme chez les champignons et les algues). Une cellule représente une unité vivante. Elle
est constituée d’une membrane, d’un cytoplasme (riche en protéines) et souvent d’organites.
Le plus important de tous : le matériel génétique, l’ADN.

Les eucaryotes se répartissent en cinq règnes :

I. Caractéristiques structurelles
On distingue deux grands types de cellules consti-
tuant le vivant : les cellules eucaryotes et les cellules
procaryotes.
A. Les cellules eucaryotes
–– les chromistes (non pathogènes pour l’homme) ;
–– les protozoaires (organismes unicellulaires euca-
ryotes mobiles) ;
–– les végétaux (organismes autotrophes) ;
–– les champignons (eucaryotes pluricellulaires se
reproduisant par spores) ;
–– les animaux (organismes hétérotrophes).

Elles possèdent des organites dans leur cytoplasme.

Fig. 1  Schéma d’une cellule eucaryote © Skill and You

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 B. Les cellules procaryotes II. La phylogenèse
Elles comportent les éléments de base d’une cellule La phylogenèse est représentée par un arbre schéma-
vivante et dont le matériel génétique est libre dans tique mettant en relation les parentés entre les diffé-
le cytoplasme. Les procaryotes sont majoritairement rents groupes d’êtres vivants. Initialement rédigé par
représentés par les bactéries. Darwin, il a, au fil des années et des découvertes, été
complété. Il est encore aujourd’hui modifié, mais il
Paroi Membrane
cellulaire Cil cellulaire est souvent simplifié de la manière suivante :
Capsule
Chromosome (ADN)

Ribosome

Flagelle
Mésosome
Plasmide (ADN)

Cytoplasme

Fig. 2  Schéma d’une cellule procaryote © Skill and You

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Mammifères
Firmicutes Oiseaux et reptiles

Fig. 3  Schéma simplifié de l’arbre phylogénétique © Skill and You

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On trouve trois grands ensembles : les procaryotes, les
archées et les eucaryotes.
On peut ensuite diviser le monde vivant en règnes,
embranchements (phylum), divisions, classes, ordres,
familles, genres et espèces.
L’origine des eucaryotes remonte à près d’environ
2 milliards d’années, et correspond à deux hypo-
thèses de formation :
–– les membranes qui se sont repliées et ont englobé
le matériel génétique qui s’est spécialisé ;
–– la théorie endosymbiotique : les archéobactéries
ont phagocyté des eubactéries (origine probable
de la double membrane caractéristique).
III. Fonctionnement microbien
A. Biosphère
Les micro-organismes ont des modes de vie diffé-
rents, que l’on peut distinguer par catégories appelées
« types trophiques » :
–– les espèces autotrophes, qui peuvent se développer
dans un environnement purement minéral. Elles
sont capables de synthétiser tous les composants
organiques des cellules à partir de substrats miné-
raux (photolithotrophes, chimiolithotrophes) ;
–– les espèces hétérotrophes, qui nécessitent une
présence de matières organiques dans leur milieu
(photo-organotrophes, chimio-organotrophes
dont les aérobies stricts et les anaérobies).
B. Lieux de développement
1. Les milieux
L’eau : elle contient une grande quantité de bactéries
en suspension. Tous les types de micro-organismes
existent dans ce milieu.
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Les sols et les sédiments : on y trouve peu de micro-
phytes mais beaucoup de bactéries, de moisissures
et de mycètes. Ces organismes sont des décompo-
seurs qui permettent une reminéralisation des sols, à
l’origine du phénomène de stratification qui entraîne
différentes teneurs dans les éléments selon la strate.
L’atmosphère : on observe des émissions de spores.
La présence de ces organismes est fonction des
ressources présentes.
2. Les animaux et végétaux comme
compartiments naturels
On trouve trois types de micro-organismes :
–– les pathogènes qui déclenchent des maladies ;
–– la microflore commensale, comme la flore
intestinale ;
–– les symbiotes qui ont une capacité de relation
complète (végétaux ou animaux avec des bacté-
ries) pour accomplir les fonctions qu’ils ne peuvent
faire qu’à deux.
La multiplication des micro-organismes dépend en
majeure partie de leur habitat (fonction de repro-
duction). Ainsi, ils peuvent se développer  : par
tachyzoïte (forme active à haut taux de reproduc-
tion), par mérozoïte (taux de reproduction moins
important) ou par sporozoïte (cycle où les cellules
infectent de nouveaux hôtes). La croissance de la
plupart des micro-organismes est stoppée par le
froid. L’interaction de différents micro-organismes
peut varier (en métabiose, qui correspond à la succes-
sion de micro-organismes sur un même milieu, en
symbiose, qui correspond à l’association de deux
micro-organismes, ou en antibiose, qui est la compé-
tition des micro-organismes pour un milieu. Il s’agit
de la fonction de régulation).
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 3. Besoins
Pour se nourrir et se développer, les micro-orga-
nismes ont besoin de substances organiques et miné-
rales (fonction de nutrition), et notamment :
–– d’une source d’énergie (pour les chimiotrophes,
elle provient de la dégradation de compo-
sés chimiques comme le glucose, pour les
phototrophes, de la lumière, etc.) ;
–– d’une source de carbone : pour les autotrophes, il
suffit de CO2, pour les hétérotrophes, elle provient
de molécules organiques ;
–– d’eau ;
–– de macronutriments ;
–– de micronutriments ;
–– d’une source d’azote, d’origine minérale ;
–– de facteurs de croissance pour les auxotrophes :
vitamines, bases azotées, acides aminés. Les
bactéries prototrophes n’ont pas besoin de facteur
de croissance ;
–– de dioxygène pour les aérobies stricts, ou d’ab-
sence de dioxygène pour les anaérobies stricts. Il
existe également des micro-organismes aérobies
facultatifs capables de se multiplier en présence
ou en l’absence d’oxygène grâce à leur capacité à
utiliser la fermentation, et des bactéries microaé-
rophiles qui ne se développent qu’à une certaine
pression en dioxygène ;
–– de facteurs physico-chimiques (température, pres-
sion, etc.).