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Comparaison entre des poux de tte et de corps par squenage

Unit des Rickettsies Facult de mdecine de la Timone Marseille


BTS Biotechnologies

L'Unit des Rickettsies

Unit de recherche multidisciplinaire

Rickettsies, Bartonella, Mimivirus...

diagnostic

pidmiologie

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Problmatique - projet
Pourquoi les poux de corps peuvent transmettre des maladies et ceux de tte ne le peuvent pas ?

Squenage du cytochrome b Comparaison des squences

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Organigramme des manipulations


Collecte des poux

Extraction de l'ADN

PCR standard Electrophorse


Purification

Squenage

Traitement informatique
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Mission

tude de l'pidmie de peste Ituri, RDC Collecte de poux, tiques et puces

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Pou de l'homme

Arthropodes parasites hmatophages Pediculus humanus (189)


capitis (35) corporis (154)

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Cytochrome b

Protine transmembranaire Chaine de transport d'lectron ADN mitochondrial volution rapide du gne Discrimination d'espces

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Extraction de l'ADN
Principe

Coupe du pou Kit QIAamp DNA mini de Qiagen Lyse des tissus et des cellules Fixation de l'ADN la silice Lavages
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PCR polymerase chain reaction


Principe

Amplification enzymatique in vitro Amorces spcifiques dNTP Hotstart Taq Cycles de temprature PCR X 2 (pur & dilu)
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PCR
Principe trois premiers cycles

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Electrophorse en gel d'agarose


Qualit de la PCR ADN charg ngativement Migration dans un champ lectrique Sparation en fonction de la taille Rvlation au BET
Sens de migration

800 pb

400 pb

+
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Photo de gel aprs migration


Electrophorse de PCR en gel de 1,5% d'agarose pendant 25 minutes 135 V

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Squenage semi-automatique
Mthode de Sanger

Squenage X 2

Amorce brin sens Amorce brin anti-sens

ddNTP marqus Plusieurs fragments de tailles diffrentes

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Squenage semi-automatique
lectrophorse capillaire

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Chromatogramme obtenu

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Correction

Ambiguts Comprhension du logiciel Assemblage du brin complmentaire

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BLASTn

Vrification Comparaison NCBI

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Alignement multiple

Prparation du cladogramme Clustal

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Cladogramme obtenu

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Analyse
Exemple pour un patient
n 102276 102277 lieu corps tte Village Rethy Rethy info Enfant 9 ans Enfant 9 ans

Squences trs proches du cytochrome b entre les poux de tte et les poux de corps

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Conclusion et hypothses

Une seule espce de poux, pas de sous espce ? Adaptation des poux suite la migration de la tte vers la ceinture ? Volume du repas sanguin plus important pour les poux de corps permettrait la transmission de bactries pathognes ?

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