Université de Ghardaïa

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie et Sciences de Terre

Département de Biologie
- Master 1 Microbiologie appliquée -

TP1 Bioinformatique. Navigation dans les banques de données biomédicales

Exercice :

Nous allons nous intéresser à des gènes humains impliqués dans certaines affections:
 Le gène de l'hémoglobine B, hbb, impliqué notamment dans la drépanocytose (sickle cell anemia en
anglais)
 Le gène brca1, impliqué dans le cancer du sein.
 Le gène adh1b, impliqué dans la susceptibilité à l'alcoolisme.

 Wikipedia
Pour la drépanocytose et le cancer du sein, allez regarder sur la page de Wikipedia ce que l'on sait des
mécanismes moléculaires/génétiques impliqués dans ces maladies (gènes, mutations, etc...). Décrivez
brièvement ces mécanismes.

 NCBI
 allez sur la page d'accueil du NCBI
 dans la barre de recherche en haut de la page, recherchez le gène et l'affection pour chacun des cas ci-
dessus
D'après les résultats, lequel de ces gènes a été le plus étudié ? Lequel le moins ?
Nous allons maintenant regarder les résultats pour certaines des bases de données hébergées au NCBI.

 PubMed
 pour chacune de ces affections et chacun de ces gènes, déterminez l'année de publication du premier
article. Servez vous pour cela du lien "Display settings" en haut de la page de résultats pour modifier
la manière dont les résultats sont classés. Indiquez l'année et le titre de la publication.

 Gene
 pour chacun des trois gènes, combien de fiches dans la base de données Gene ? Pourquoi y en a-t-il
autant ?
 allez sur la fiche concernant le gène humain dans chacun des trois cas, en particulier dans la première
rubrique Summary; décrivez
o la fonction du gène
o les phénotypes/pathologies associées à ce gène.

 Protein
 pour chacun de ces trois gènes, pourquoi y a-t-il beaucoup plus de fiches dans la banque de
données Proteins que dans la banque de données Genes?

 UniProt
 cherchez la fiche UniProt pour chacune de ces trois protéines humaines
 regardez dans la fiche uniprot les variants de la protéine que l'on trouve chez certains individus
(rubrique Natural variations).
- Quelles sont les variations liées à l'affection étudiée? A quoi correspondent les autres variants ?

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N.B : Les variations observées au niveau de la protéine sont le reflet de mutations au niveau de la séquence
d'ADN du gène codant pour cette protéine. Ces mutations sont appelées SNP pour single nucleotide
polymorphism lorsqu'elles ne concernent qu'un seul nucléotide. La connaissance des différents SNP existant
est fondamental et permet le génotypage d'un individu. Il existe plusieurs bases de données qui référencent
les SNP connus, donc le numéro d'accession est de la forme rsXXXXX. L'une de ces bases est dbSNP,
hébergée au NCBI.

 sur la fiche UniProt, vous trouvez à côté de certaines variations dans la séquence protéique un lien
vers la base de données de SNP, avec le numéro d'accession du SNP en question; notez la référence
du SNP en question (rsXXX) et cliquez sur le lien vers dbSNP
 Quelles sont les allèles du gène qui correspondent aux variants de la protéine? Regardez pour cela
dans la rubrique GeneView
 Indiquez lequel de ces allèles est lié à l'apparition de la maladie.
 pour la mutation impliquée dans la drépanocytose et la susceptibilité à l'alcoolisme, regardez la
répartition des allèles dans différents groupes ethniques ou individus (rubrique Population diversity).
Commentez la répartition des allèles par groupes ethniques pour le gène hbb;
En regardant la fiche pour le SNP dans le gène adh1, qui de Craig Venter ou James Watson est le
plus menacé par l'alcoolisme? Pourquoi?

 Le SNP dans son contexte génomique

 Rendez vous sur la page du navigateur de génome du UCSC;
 Dans le menu déroulant, sélectionnez le génome humain;
 Dans le champ de recherche, indiquez la référence de l'un des SNP que vous avez identifié
précédemment; choisissez ensuite la base SNP 131
 Dans l'image qui apparait, dézoomez afin de voir le gène dans son entier (Attention de ne pas perdre
de vue votre SNP!!)
Combien d'exons contient le gène ? Dans quel exon se trouve le SNP responsable de l'affection ?

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