PRINCIPES FONDAMENTAUX DE LA

protéomique

Première année master BMS

Intervenant: N. YOUCEF

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 Définition de la protéomique

La protéomique consiste à étudier l’ensemble des

protéines d’un organisme, d’un fluide biologique, d’un
tissu, d’une cellule ou même d’un compartiment
cellulaire. Cet ensemble de protéines est nommé
« protéome »

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 C’est quoi un protéome ????

ENSEMBLE COMPLET DES PROTEINES CODÉES

PAR UN GÉNOME QUI PEUVENT ÊTRE EXPRIMÉES ET MODIFIÉES
PAR UNE CELLULE, UN TISSU OU UN ORGANISME (WILKINS,
1996).

1 Génome N Protéomes

STATIQUE DYNAMIQUE

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La protéomique, c’est l’histoire de la chenille et du papillon. Ces deux organismes apparemment si différents ont exactement
le même génome. Ce qui les distingue, ce sont les produits finaux d’expression de leurs gènes, c’est à dire leurs protéines.
Cet exemple montre à quel point il est nécessaire, pour comprendre un organisme, de s’intéresser à ses protéines et pas
seulement à son génome.

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5
PROTEOME = ENSEMBLE COMPLET DES PROTEINES CODÉES PAR UN GÉNOME
QUI PEUVENT ÊTRE EXPRIMÉES ET MODIFIÉES PAR UNE CELLULE, UN TISSU OU
UN ORGANISME (WILKINS, 1996).

1 Génome n Protéomes

STATIQUE DYNAMIQUE

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1/ Le protéome est une entité dynamique et complexe. Au sein de chaque
cellule

2/ Le contenu de protéines se modifie en permanence en fonction des

conditions intra ou extra cellulaires.

3/ De plus, par le biais de réarrangements, un même gène peut donner

naissance à plusieurs protéines.

4/ Les protéines peuvent également être modifiées, c’est-à-dire liées à des

sucres, des lipides ou bien d’autres groupements chimiques qui vont participer
à changer leur fonction.

5/ Le protéome contient donc un nombre beaucoup plus important de

protéines que le génome ne contient de gènes.
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 TRANSCRIPTION
DNA Eau (70%)
m RNA
Ribosom e
TRANSLATION

Polypeptide Poids sec d’une cellule ≈ 3x10-13g

(a) Bacterial cell

Nuclear
envelope Proportion du poids sec:
TRANSCRIPTION
DNA Protéines 55% (Ribosomes)
RNA PROCESSING
Pre-m RNA Lipides 10% - LPS 3%
m RNA
PG 3%
TRANSLATION Ribosom e
ARN 20%
Polypeptide ADN 3%
(b) Eukaryotic cell

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 La protéomique désigne la science qui étudie les protéomes, c'est-à-
dire l'ensemble des protéines d'une cellule, d'un organite, d'un tissu,
d'un organe ou d'un organisme à un moment donné et sous des
conditions données.
Dans la pratique, la protéomique s'attache à identifier de manière
globale les protéines extraites d'une culture cellulaire, d'un tissu ou d'un
fluide biologique, leur localisation dans les compartiments cellulaires,
leurs éventuelles modifications post-traductionnelles ainsi que leur
quantité.
Elle permet de quantifier les variations de leur taux d'expression en
fonction du temps, de leur environnement, de leur état de
développement, de leur état physiologique et pathologique, de l'espèce
d'origine. Elle étudie aussi les interactions que les protéines ont avec
d'autres protéines, avec l'ADN ou l'ARN, ou d'autres substances.
La protéomique fonctionnelle étudie les fonctions de chaque protéine.
La protéomique étudie enfin
la structure primaire, secondaire et tertiaire des protéines.
 Les principaux objectifs de la
protéomique

• Identifier, de quantifier et caractériser finement les protéines

présentes dans un échantillon biologique à un instant T

• Obtenir des données fonctionnelles : localisation, modifications,

identification de protéines partenaires, sites de liaison de ligands...

• Mieux comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans les

grandes fonctions cellulaires et la physiologie des organismes vivants
 Avantages et inconvénients

Les informations de l’analyse ….et les problèmes

du protéome…

- Profils d’expression - Abondance des protéines

- Aide à l’Annotation des génomes

- Modifications post-traductionnelles - Modifications post-traductionnelles

- Interactions protéine-protéine
- Dynamique des protéomes
et Complexes supra-moléculaires

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Les enjeux de la protéomique

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 La protéomique pour… percer le mystère des virus géants

Des analyses protéomiques systématiques de ces particules infectieuses ( virus géant) ont permis de

mettre en évidence la complexité unique de leur composition protéique, renfermant une majorité de

protéines sans homologue connu. La caractérisation protéomique des hôtes infectés, réalisée par le

groupe de Yohann Couté (unité Inserm 1038, Grenoble), a permis de révéler l’orchestration moléculaire

complexe des cycles infectieux de ces virus géants dont la diversité génique pourrait être le reflet d’une

capacité unique de créer de nouveaux gènes.

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 La protéomique pour… découvrir de nouveaux médicaments

Différents ensembles de molécules sont donc étudiés afin d’offrir de nouveaux médicaments. Parmi

ceux-ci, la classe des bactériocines, des peptides antimicrobiens naturellement produits par les

bactéries, paraît particulièrement prometteuse. La ruminococcine C est naturellement produite par

une bactérie, Ruminococcus gnavus E1, qui vit en symbiose dans le système digestif humain. Des

analyses protéomiques réalisées au sein de l’unité Inserm 1038 ont permis de révéler sa structure

originale, contenant 4 ponts thioéther indispensables à son activité antimicrobienne

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 La protéomique pour… améliorer notre connaissance de la
biologie humaine

- Etablir une base de données pour permettre de décrire les protéines correspondant aux 19 800 gènes

prédits comme codants chez l’Homme. L’hétérogénéité des protéomes d’une cellule à l’autre, d’un tissu

à l’autre, d’un individu à l’autre et leur caractère dynamique rendent cet exercice très difficile, mais il

présente l’avantage de promouvoir les recherches en protéomique.

- Cette recherche permet d’améliorer la connaissance de la biologie humaine et fournir de nouvelles

informations utiles pour améliorer la prise en charge médicale des patients (diagnostic, choix

thérapeutique…).

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 La protéomique pour comprendre les
maladies
• La protéomique permet d’étudier un échantillon biologique de façon exploratoire,
sans a priori sur les protéines susceptibles d’y être présentes.

une liste de protéines avec des données

quantitatives associées.

Personnes Personnes en
malades bonne santé
Comparaison

Découvert de potentielsbiomarqueurs protéiques utiles au dépistage de maladies,

au suivi de leur évolution ou encore à l’évaluation de l’efficacité d’un traitement. 16
Exemple
s
Etudier le peptide d’activation du facteur de
coagulation XIII (biomarqueur sérique)

Pour le diagnostic précoce du cancer colorectal

Etudier le renouvellement des protéines

( production/dégradation)

déterminer la dynamique du renouvellement de protéines

constituantes du liquide céphalo-rachidien chez l’humain.

Comprendre le développement et améliorer le

diagnostic de maladies neurodégénératives (Alzheimer)
Etudier la dégradation accélérée de la protéine
cystinosine,

Etudié la cystinose, une maladie métabolique caractérisée

par une accumulation de cystine dans les lysosomes
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 La protéomique pour la médecine de précision

Comprendre les processus physiopathologiques

Découverte de biomarqueurs permettant de dépister des

maladies

Suivre l’évolution des biomarqueurs ou l’éfficacité d’un traitement

Plus de 200 biomarqueurs protéiques sanguins

sont déjà utilisés actuellement en biologie médicale

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