Microbiologie Spéciale-Méd Dent-S9-Pr MAROUI 2023

UNIVERSITÉ MOHAMMED V – RABAT
FACULTÉ DE MÉDECINE DENTAIRE DE RABAT
5ème année de Médecine Dentaire
- Semestre 9 -
Module : Médecine orale
Cours de Microbiologie spéciale
Pr Itto MAROUI
Année universitaire 2023 - 2024

*******************
Microbiologie spéciale, Méd. Dent. -S9- FMDR, Pr I. MAROUI
Objectifs
1. Connaitre les modalités pratiques et les normes du GBEA des

prélèvements de la sphère buccale.
2. Connaitre les règles générales des diagnostics biologiques des viroses,

bactérioses et mycoses d’intérêt buccal afin de savoir prescrire des
tests appropriés.
3. Savoir interpréter les résultats de ces examens pour mettre en place la

thérapeutique adéquate et faire son suivi.
4. Connaitre les virus oncogènes humains, leur physiopathologie et leur

diagnostic biologique.
5. Connaitre les principales viroses post-greffe, la démarche diagnostique

et les mesures permettant de les prévenir.
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Contenu :
I. Diagnostic biologique des viroses buccales
II. Virus oncogènes
III. Virus et greffe
IV. Diagnostic bactériologique des infections opportunistes buccodentaires
V. Diagnostic biologique des mycoses d’intérêt buccal
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I. Introduction
 Virus : (voir cours Microbiologie S2)
 parasites intracellulaires obligatoires ;
 simplicité génétique extrême, contiennent l’ADN ou l’ARN ;
 se reproduisent dans la cellule hôte par réplication et expression de leur propre
matériel génétique ;
 sont élaborés à partir de l’assemblage de leurs constituants dans la cellule
infectée.
 agents responsables de certaines des maladies infectieuses les plus graves chez
l'homme.
 voies d’entrée : cutanéo-muqueuse, percutanée, digestive, respiratoire,
sanguine, materno-fœtale et sexuelle.
 Les infections virales de la muqueuse buccale :

(i) sont fréquentes dans la pratique générale,
(ii) peuvent se manifester sous différentes formes cliniques,
(iii) peuvent toucher tous les groupes d’âge.
 Une prise en charge rapide et un diagnostic approprié rapide des lésions virales
buccales sont importants, qu’elles soient localisées ou une manifestation d'une
infection systémique.
 Le diagnostic des maladies virales repose sur :

(i) les manifestations cliniques et
(ii) un examen biologique au laboratoire de virologie.
 Le diagnostic virologique définit un ensemble de principes, méthodes et stratégies

visant à :
(i) apporter la preuve de l’origine virale des signes cliniques observés et
identifier le virus en cause,
(ii) suivre l’évolution biologique de l’infection ;
(iii) permettre une décision thérapeutique et juger de l’efficacité des
traitements antiviraux.
(iv) étudier les marqueurs sériques en population (cas des enquêtes de
prévalence, études épidémiologiques).
II. Principaux virus en cause

Les membres des familles des herpesvirus humains (HHV) et des papillomavirus humains
(HPV) sont à l’origine des infections virales les plus courantes de la cavité buccale. Ces virus
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peuvent être la cause de pathologies buccales uniquement ou de pathologies essentiellement

buccales avec répercussion au niveau général.
D’autres virus peuvent également être responsables de manifestations pathologiques au
niveau buccal.
II.1. Herpesvirus humains (HHV)

 Famille : Herpesviridae.
 Neuf espèces humaines impliquées dans les viroses buccales :

(i) HHV-1 connu aussi par Herpes simplex virus-1 (HSV-1), ϵ sous famille :
Alphaherpesvirinae.
(ii) HHV-2 connu aussi par Herpes simplex virus-2 (HSV-2), ϵ sous famille :
Alphaherpesvirinae.
(iii) HHV-3 connu aussi par virus varicelle-zona (VZV), ϵ sous famille :
Alphaherpesvirinae.
(iv) HHV-4 connu aussi par virus d’Epstein bar (EBV), ϵ sous famille
Gammaherpesvirinae.
(v) HHV-5 connu aussi par Cytomegalovirus (CMV), ϵ sous
famille Betaherpesvirinae.
(vi) HHV-6A et HHV-6B ϵ sous famille Betaherpesvirinae.
(vii) HHV-7 ϵ sous famille Betaherpesvirinae.
(viii) HHV-8 connu aussi par Herpesvirus du sarcome de Kaposi (KSHV), ϵ sous
famille Gammaherpesvirinae.
 Virus à ADN bicaténaire linéaire, enveloppés, d’approximativement 150 nm à 200 nm,

à capside icosaédrique et à réplication intranucléaire.
 Infections : fréquentes et graves. Après la primo-infection, ils restent dans l'organisme

sous forme latente. L'infection latente peut se réactiver en donnant une réinfection
endogène.
II.2. Papillomavirus humains (HPV)

 Famille : Papillomaviridae.
 Bien plus de 200 génotypes identifiés. Plusieurs sous-types sont associés à des lésions
buccales dont certains sont à haut risque oncogénique (HPV-16, -18, -31, -33, -35, -39,
-45, -51, -52, -56, -58, et -59).
 Petits virus nus, d’approximativement 55 nm, à ADN bicaténaire circulaire, à capside

icosaédrique et à réplication intranucléaire.
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 Infections persistantes : latence + inflammation chronique et intégration de l'ADN

viral dans le génome humain (HPV-HR) => transformation cellulaire.
II.3. Autres virus

 Entérovirus : 5 espèces => echovirus, poliovirus, enterovirus, coxsackievirus A et
coxsackievirus B appartenant au genre Enterovirus de la famille des Picornaviridae.
Petits virus à ARN simple brin de polarité positive, non enveloppés, à capside
icosaédrique, d’une taille de 27-30 nm et à réplication intra-cytoplasmique.
 Paramyxoviridae : virus de la rougeole du genre Morbillivirus et virus des oreillons du

genre Rubulavirus. Virus humains à ARN monocaténaire linéaire de polarité négative,
enveloppés, à nucléocapside hélicoïdale et à réplication intra-cytoplasmique.
 Togavirus (rubéole) : Famille des Togaviridae ; genre : Rubivirus. Virus humain à

ARN simple brin linéaire de polarité positive, enveloppé, à capside icosaédrique, de
taille moyenne de 70 nm et à réplication intra-cytoplasmique.
NB. Le virus de l’immunodéficience humaine (HIV) favorise le développement de viroses

buccales secondaire à l’immunodépression.
III. La démarche diagnostique virologique

III.1. Aperçu des techniques de diagnostic biologique
 Pour diagnostiquer et surveiller les viroses buccales :

(i) Phase pré-analytique => définir les prélèvements et les examens les plus
appropriés,
(ii) Phases analytique et post-analytique => Diagnostic virologique et
interprétation des résultats.
 Méthodes de diagnostic virologique : 2 approches complémentaires =>

(i) Diagnostic direct : Mise en évidence du virus lui-même et/ou de l’un de ses
constituants.
(ii) Diagnostic indirect : Mise en évidence des anticorps synthétisés suite à une
infection virale. Recherche donc des IgG, des IgM voire des IgA dirigés contre
un virus particulier.
 Toutes les étapes (pré-analytique, analytique et post-analytique) doivent répondre au

guide de bonne exécution des analyses (GBEA).
III.1.1. Prélèvements
 Le prélèvement doit être le plus précoce possible.
 Différents types de prélèvements : le sang (sérodiagnostic + Ag solubles + Bio. mol.),

les sécrétions muqueuses, les liquides des vésicules, les frottis de lésions, ou la biopsie.
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 La technique du prélèvement et sa conservation conditionnent la qualité des résultats.
 Certains prélèvements (ex. écouvillonnage) nécessitent l'utilisation d'un milieu de

transport.
 Le prélèvement doit être acheminé à T° ambiante rapidement au laboratoire, entre 2 et 4

heures idéalement. Il doit être conservé à + 4 °C, ou à – 80 °C dans le cas où le transport
serait différé.
 Plusieurs éléments conditionnent la réussite d’un bon prélèvement :

(i) le prélèvement doit être bien fait : qualité, quantité suffisante, bonnes
conditions de transport, transfert rapide au laboratoire ;
(ii) le choix du site de prélèvement doit être fait selon les signes cliniques,
selon les virus recherchés et en fonction de la physiopathologie de
l’infection virale.
 La fiche de renseignements cliniques est primordiale et doit être associée à tout

prélèvement. Elle comprend :
(i) nom, prénom et âge du malade,
(ii) date, nature et site du prélèvement,
(iii) diagnostic clinique : les principaux signes cliniques peuvent aider et
orienter la recherche des virus.
 Le caractère infectieux des prélèvements impose un conditionnement protégé et propre

(triple emballage).
III.1.2. Méthodes de diagnostic direct

III.1.2.1. Isolement viral par culture cellulaire
 La culture virale est la méthode virologique de référence, mais elle impose que les
conditions de prélèvement et de transport préservent l’infectiosité du virus.
 La méthode repose sur le fait qu'un virus mis en contact avec une cellule en culture peut
s'y multiplier. Il faut donc disposer :
(i) de cellules en culture et
(ii) de virus se multipliant sur des cellules en culture.
 Principe : inoculation de cellules en culture par un échantillon biologique
potentiellement infecté par un virus.
 La multiplication du virus dans des tissus et cellules hôtes, peut entrainer des
modifications morphologiques microscopiques ou macroscopiques caractéristiques
appelées effets cytopathiques (ECP). Ces effets peuvent être observés, en microscopie
optique, à l’état frais ou après fixation et colorations, et leur délai d’apparition est
fonction du type de virus et de l’inoculum initial.
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 Avantages et limites :
(i) Seule technique permettant de montrer le caractère infectieux du virus.
(ii) L’apparition d’un ECP oriente vers une famille de virus mais doit souvent
être complétée par un test spécifique pour typer le virus.
(iii) Seule technique permettant d'obtenir des particules virales afin de faire
d'autres tests plus approfondis.
(iv) Technique parfois longue (48h à 10jrs) et nécessitant un grand savoir-faire
de la part des techniciens spécialisés de laboratoires.
(v) C’est en général une technique peu coûteuse en termes de réactifs mais qui
nécessite un équipement de laboratoire particulier.
(vi) Méthode très dépendante de la qualité du prélèvement initial qui doit
absolument contenir des cellules infectées.
(vii) Influence déterminante du transport et de la conservation.
(viii) Technique applicable uniquement dans les infections virales produisant
des ECP.
III.1.2.2. Microscopie électronique

 Utilisée dans des cas très particuliers, elle permet la détection et la visualisation des
particules virales dans l’échantillon biologique.
 Limites :
(i) N’est pas un diagnostic de routine (disponibilité d’un microscope
électronique) => indiqué pour la recherche et les laboratoires de référence.
(ii) Degré élevé de compétence de l’observateur.
(iii) Sensibilité faible : Les virions ne sont décelables qu’en concentration
suffisante dans les prélèvements examinés.
(iv) Spécificité : difficulté de différencier des particules virales de taille et de
forme comparables.
 L’immunomicroscopie électronique augmente le seuil de sensibilité et de spécificité de
la microscopie électronique.
III.1.2.3. Détection immunologique de protéines virales
 Principe : Recherche des antigènes (Ag) viraux grâce à des anticorps (Ac) spécifiques.
L’utilisation des Ac monoclonaux permet d’augmenter la spécificité et la sensibilité du
test.
 La visualisation du complexe Ag-Ac se fait par différentes techniques : (i)

Immunofluorescence (Ac marqué par un fluorochrome) ; (ii) Méthode
immunoenzymatique : ELISA (Ac marqué par une enzyme) à l’aide de trousses
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standardisées ; (iii) Méthode radio-immunologique RIA (Ac radiomarqué) ; (iv)

Immunochromatographie (Ac fixé sur un support immunochromatographique) ; (v)
Agglutination (Ac fixé sur un support particulaire (ex. latex)).
(i) Immunofluorescence directe :

- Elle détecte les protéines virales (antigènes) directement dans un échantillon de
cellules (ou du prélèvement) fixées sur lame grâce à des anticorps monoclonaux
couplés à la flourescéine (immunohistochimie).
- Elle nécessite une lecture au microscope à fluorescence.
Principe de l'immunofluorescence
- Avantages : rapidité (1 à 2 heures), simplicité, typage possible.

- Limites : subjectivité de la lecture nécessitant un observateur averti.
(ii) Recherche d'antigènes viraux solubles par ELISA

- Principe : fixation ou une immunocapture de l’antigène sur un support puis une
révélation par un anticorps marqué par une enzyme.
Principe de l'ELISA pour rechercher des antigènes viraux
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- Avantages : rapidité (délai maximum de 5 heures), lecture automatique des

densités optiques.
- Limites : aucun contrôle de la qualité du prélèvement et possibilité de faux-
positifs pour les trousses ne disposant pas d’un test de confirmation.
(iii) Recherche des Ag viraux solubles par Immunochromatographie

- Principe : Recherche ponctuelle d’un Ag viral dans un prélèvement par
immunodiffusion sur bandelette de papier.
- Avantages : rapidité (10 à 15 min).

- Limites : coûteux, moins sensible que l’ELISA.
III.1.2.4. Détection de génomes viraux

 Méthodes de biologie moléculaire permettant la détection des acides nucléiques viraux
même en très faible quantité.
 Différentes méthodes permettent de détecter ou de caractériser les génomes viraux :
(i) Détection et/ou quantification de génomes viraux

- Les outils de la biologie moléculaire ont permis l'amélioration du diagnostic des
infections virales et la découverte de nouveaux virus.
- Méthodes moléculaires :
- La PCR (Polymerase chain reaction) ou la RT-PCR (PCR après transcription
inverse) => extraction des acides nucléiques (ADN ou ARN) et amplification
des séquences les plus conservées du génome.
 PCR classique : qualitative, mesure des produits de PCR en fin de la
réaction d’amplification.
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 PCR en temps réel : qualitative et quantitative, mesure en continu des

produits de PCR formés à chaque cycle, meilleure reproductibilité,
meilleure précision.
- Le séquençage : déterminer la séquence nucléotidique d’un fragment bien
défini et spécifique d’ADN.
- La technique d'hybridation moléculaire et ses variantes :
* Hybridation sur membrane :
- Hybridation ADN-ADN "Southern blot" : l'ADN viral est séparé par
électrophorèse, transféré sur filtre nitrocellulosique et identifié par
hybridation avec sonde ADN marquée.
- Hybridation ARN-ADN par "Nouthern blot" : l'ARN viral est séparé
par électrophorèse, transféré sur un filtre nitrocellulosique et détecté
par une sonde ADN spécifique marquée.
* Hybridation avec amplification du signal (ADN branché) : amplification
d'une ou plusieurs sondes hybridées à un acide nucléique cible. Elle a été
développée pour détecter et quantifier des ADN ou ARN.
- Ces outils permettent de :

- mettre en évidence la présence de génomes de virus indétectables par d’autres
méthodes ;
- fournir une réponse rapide ;
- quantifier un génome viral (charge virale) => suivi des infections,
- rechercher les mutations de résistance aux antiviraux => adapter le traitement.
- La qualité des résultats est conditionnée par le choix de la technique

d’extraction, le type d’amplification (qualitative ou quantitative) et la méthode
de révélation.
(ii) Typage des génomes viraux

- Au cours de certaines infections virales, l'efficacité des traitements est fonction
du génotype du virus => importance du typage viral.
- Le génotypage des virus s'appuie de plus en plus sur le séquençage du génome
mais d'autres techniques sont disponibles. Ex. l'hybridation sur membrane
(sondes spécifiques du type ou du sous type).
 Avantages et limites des outils de biologie moléculaire en virologie :

(i) Avantages :
- plus sensibles et plus rapides ;
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- le résultat dépend moins des conditions de transport et de conservation, le

prélèvement peut être congelé à -20 °C ;
- détection des virus non-cultivables ;
- quantification de génomes viraux ;
- mise en évidence des mutations de résistance aux antiviraux.
(ii) Limites :
- risque de contamination par des acides nucléiques extérieurs à l'échantillon
initial => faux positifs ;
- présence d’inhibiteur dans certains prélèvements => faux négatifs ;
- coût élevé de l’examen en réactifs et en équipements => technologies
réservées à des laboratoires spécialisés ;
- degré élevé de compétence de l'opérateur.
III.1.3. Méthodes de diagnostic indirect
 Le diagnostic indirect cherche à mettre en évidence des anticorps spécifiques

synthétisés en réaction à une infection virale. Ces anticorps sont les marqueurs indirects
de l'infection.
 Le diagnostic indirect permet de déterminer si la personne testée a été récemment en

contact avec le virus (<= présence d'IgM). On peut aussi rechercher des IgG qui
permettent de connaître le statut d'une personne vis-à-vis d'un virus : immunisation,
infection guérie ou infection chronique.
 Ces techniques s'appliquent le plus souvent sur du sérum (sérodiagnostic) mais on peut
aussi rechercher des anticorps dans d’autres liquides de l’organisme, tels que la salive,
le fluide gingival, etc.
 Principe : Les anticorps spécifiques sont détectés grâce à des antigènes viraux de
référence (virus entier purifié, protéine virale, oligopeptide synthétique). L’interaction
Ag-Ac est visualisée par différentes techniques immunologiques.
 Plusieurs tests sérologiques sont disponibles :
(i) Fixation du complément ;
(ii) Réaction d’agglutination ;
(iii) Inhibition de l'hémagglutination (cas des virus hémagglutinants) ;
(iv) Immunofluorescence indirecte ;
(v) ELISA (Enzyme linked immunosorbent assay) ;
(vi) ELFA (Enzyme linked fluorescent assay) ;
(vii) Western Blot ;
(viii) RIA (Radioimmuno-assay) ;
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(ix) Tests rapides immunochromatographiques.
 Principales techniques : ELISA et apparentées sont les plus utilisées.

 ELISA indirect
- Principe : Technique basée sur la détection d'anticorps grâce à des antigènes
viraux fixés au fond d'un puits de la microplaque. Les interactions antigène-
anticorps sont révélées par une réaction enzymatique colorée.
Principe de l'ELISA permettant la recherche d'anticorps
- Intérêts :
- Rapidité et très grande sensibilité.
- Automatisation des techniques ;
- Possibilité de mise en évidence d'anticorps de classes différentes (IgM,
IgG, IgA, etc.) ;
- Qualitative et quantitative ;
- Moins coûteuse.
 Western blot
- Permet de préciser la spécificité antigénique des anticorps.
- Principe :
- Les protéines virales natives sont séparées par électrophorèse puis
transférées sur une membrane. Cette membrane est découpée en
bandelettes qui sont commercialisées.
- Le sérum à tester est déposé sur une bandelette, les Ac spécifiques
éventuellement présents dans le sérum se fixent sur ces protéines virales
(antigènes) fixées sur la bandelette.
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- La liaison Ag-Ac est révélée par une anti-Ig marquée à l'aide d'une enzyme
(ajout du substrat => réactions enzymatique colorée).
Western Blot : principe et procédure
- Cet examen est réalisé si le test de dépistage (ELISA) est positif ou douteux, il
est utilisé comme test de confirmation (ex. VIH).
- Intérêts :
 la très grande spécificité des anticorps détectés ;
 la possibilité d'une étude analytique des anticorps dirigés contre les
différentes protéines virales.
 Principales limites du diagnostic indirect :

- le délai d’apparition des anticorps après infection (définissant la "fenêtre
sérologique"), plus ou moins long selon le virus infectant et le niveau
d’immunocompétence de l’hôte ;
- le manque de fiabilité de certaines sérologies chez l’immunodéprimé ;
- ces techniques ne sont pas adaptées au diagnostic des réactivations ou
réinfections virales car ces atteintes ne s’accompagnent pas toujours d’une
augmentation du taux d’anticorps.
- le sérodiagnostic peut être faussement positif du fait de réactions croisées entre
les membres d'une même famille virale.
III.2. Applications aux viroses buccales
 Diagnostic clinique : => Herpesvirus, Papillomavirus, Enterovirus, virus de la

rougeole, virus des oreillons, Togavirus.
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 Diagnostic virologique direct

 Isolement viral / culture cellulaire => HSV, VZV, CMV, HHV-6,
Papillomavirus, Enterovirus, virus de la rougeole.
 Immunofluorescence => HSV, VZV, CMV, EBV, HHV-6, HHV-7, HHV-8,
Papillomavirus, virus de la rougeole.
 ELISA => CMV, HSV, Papillomavirus.
 Amplification par PCR (détection/quantification) => HSV, VZV, CMV, EBV,
HHV-6, HHV-7, HHV-8, Papillomavirus, Enterovirus, virus de la rougeole,
virus des oreillons.
 Hybridations moléculaire directe ou avec amplification => HSV, VZV, CMV,
EBV, Papillomavirus.
 Séquençage nucléotidique => EBV, HSV, CMV, VZV, Papillomavirus.
 Génotypage => EBV, HSV, CMV, Papillomavirus, Enterovirus.
 Diagnostic virologique indirect :

 Herpsvirus et Papillomavirus => intérêt limité.
 ELISA ou apparentés => HSV, VZV, CMV, EBV, HHV-6, HHV-7, HHV-8,
Papillomavirus, Enterovirus, virus de la rougeole, virus des oreillons,
Togavirus.
IV. Conclusion
 Modalités du diagnostic des viroses buccales :
(i) Diagnostic clinique + + +.
(ii) Diagnostic biologique :
 Les prélèvements :
- doivent être précoces et de qualité.
- diagnostic direct : sont plus divers et complexes, => rechercher le virus
là où il se multiplie.
- diagnostic indirect : sont simples, sang ou sérum.
 Diagnostic direct / diagnostic indirect : le choix dépend du virus recherché.

Le diagnostic direct revêt souvent une importance majeure et doit être
privilégié lorsqu’il est réalisable, notamment en cas d’infection aiguë.
 L'évolution permanente du diagnostic virologique impose une veille scientifique et
médicale continue. Le prescripteur se doit de réfléchir, avant de prescrire un examen, à
ce qu'il attend du laboratoire et le microbiologiste (virologue) doit lui aussi s’interroger
sur la pertinence de la méthode mise en œuvre.
=> Nécessité d’une collaboration étroite entre les services cliniques et le laboratoire.
16
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I. Introduction
 Cancer : pathologie caractérisée par une prolifération cellulaire incontrôlable, ou

tumeur maligne, formée à partir de la transformation par mutation ou instabilité
génétique d'une cellule initialement normale.
 Cancer de la cavité buccale : se manifeste sous la forme d'une tumeur ou d'une plaie
dans la bouche qui ne guérit pas, il peut être mortel s'il n'est pas diagnostiqué et traité
tôt.
 Selon le centre international de la recherche sur le cancer (CIRC) de l’OMS :

 Le cancer constitue la 2ème cause de décès dans le monde, ce fardeau a atteint
19,3 millions de nouveaux cas et 10 millions de morts en 2020.
 On estime que 20 % des cancers humains sont causés par une infection, dont
15 % par une infection virale (=> cancers viro-induits).
 On estime à 657000 le nombre de nouveaux cas de cancer de la cavité buccale
et du pharynx chaque année, et plus de 330000 décès.
 Virus oncogène (= virus tumoral = oncovirus = virus transformant) : virus provoquant

ou favorisant la formation de tumeurs.
II. Virus oncogènes humains et leurs caractères virologiques
 Deux principales classes de virus oncogènes humains appartenant à plusieurs familles

:
(i) Virus à ADN (Herpesviridae, Papillomaviridae, Hepadnaviridae et
Polyomaviridae) et
(ii) Virus à ARN (Retroviridae et Flaviviridae).
 Sept oncovirus humains ont été décrits à ce jour, ils sont énumérés dans le tableau de
la page suivante.
 Le cancer est multifactoriel : les virus oncogènes sont très communs, seul un faible %
de personnes infectées développent effectivement un cancer.
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Virus oncogènes humains et cancers associés
Virus Famille Génome Enveloppe / Capside Cancer(s) associé(s)
Sous ensemble de Papillomaviridae ADN double brin Nu Carcinomes cervicaux, anogénitaux,

Papillomavirus humains à HR Icosaédrique oropharungiens
(HPV-HR)
Polyomavirus à Ȼs de Merkel Polyomaviridae ADN double brin Nu Carcinome des cellules de Merkel (cutané)
(MCPyV) Icosaédrique
Virus Epstein-Barr (EBV ou Herpesviridae ADN double brin Enveloppé Lymphome de Burkitt,
HHV-4) Icosaédrique carcinomes du nasopharynx, cancer gastrique,
lymphomes post-greffe,
troubles lymphoprolifératifs.
Herpesvirus du sarcome de Herpesviridae ADN double brin Enveloppé Sarcome de Kaposi, lymphome primitif des
Kaposi (KSHV ou HHV-8) Icosaédrique séreuses, maladie de Castleman
multicentrique, pathologies lymphoïdes.
Virus de l’hépatite B (HBV) Hepadnaviridae ADN partiellement Enveloppé Carcinome hépatocellulaire

double brin Icosaédrique
Virus de l’hépatite C (HCV) Flaviviridae ARN simple brin Enveloppé Carcinome hépatocellulaire
Icosaédrique
Virus T-lymphotropique humain Retroviridae ARN simple brin Enveloppé Leucémie/lymphome T de l'adulte (ATLL)
1 (HTLV-1) Non déterminée
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III. Physiopathologie : mécanisme de la cancérisation virale
III.1. Cycle cellulaire et cancer :
 L'homéostasie tissulaire résulte de l'équilibre entre l'expression de deux catégories de

gènes :
(i) les proto-oncogènes qui stimulent la croissance et la division cellulaires ;
(ii) les gènes suppresseurs de tumeurs ou anti-oncogènes qui induisent l’apoptose des
cellules ayant subi des dommages importants au niveau de l'ADN.
Les signaux externes modulent et contrôlent à tout moment cet équilibre.
Les altérations génétiques et/ou épigénétiques peuvent être à l'origine d'une
perturbation de cet équilibre et donc à l'origine de l'apparition de tumeurs.
 La prolifération cellulaire repose sur une succession de phases = cycle cellulaire.

La régulation du cycle cellulaire et les différents processus de sa surveillance font
intervenir de très nombreuses protéines qui, soit stimulent la prolifération (régulation
positive), soit l’inhibent (régulation négative).
Cycle cellulaire et son contrôle.
 L’analyse moléculaire des tumeurs humaines montre que les protéines régulatrices et
les molécules intervenant aux points critiques de surveillance du cycle sont
fréquemment altérées :
(i) sur-expressions de protéines stimulatrices de la prolifération (ex. Cyclines) et
(ii) pertes d’expression ou inactivations de protéines qui normalement sont des
freins du cycle (ex. pRb, p53).
 Les gènes impliqués dans la cancérisation sont :
(i) Oncogènes : les mutations (ou altérations épigénétiques) au niveau des proto-
oncogènes les convertissent en oncogènes dont les produits (oncoprotéines)
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contribuent à la transformation maligne de la cellule. Ils peuvent être

cellulaires (c-onc) ou portés par un virus (v-onc).
(ii) Gènes suppresseurs de tumeurs dont la perte de fonction entraîne une
croissance non régulée.
(iii) Gènes mutateurs ou gènes de réparation de l'ADN : lorsqu'ils sont
défectueux, il en résulte un taux cumulatif de mutations.
III.2. L’infection virale et cancer
 L’interaction virus / cellule hôte :
 Une caractéristique commune des virus oncogènes est qu'ils provoquent des infections
persistantes dans lesquelles il n’y a pas ou peu de production de particules virales. Ces
mécanismes de persistance (infection chronique ou latente) sont biologiquement
compatibles avec le processus cancérigène, car ils provoquent l’instabilité génétique
de la cellule hôte et évitent sa mort tout en permettant à l'agent infectieux d’échapper à
la réponse immunitaire pendant de longues périodes.
 L’ensemble des virus oncogènes peut être classé en deux catégories :
(i) les virus qui apportent dans leur matériel génétique les éléments
indispensables aux modifications induisant la cancérisation.
(ii) les virus qui ne portent aucun élément pouvant à lui seul entrainer la
transformation des cellules. C’est alors l’intégration du virus, ou plus
précisément le lieu où elle se produit, qui peut lui permettre de modifier
l’expression de gènes cellulaires intervenant dans des processus clés.
Cependant, l’oncogenèse n’est généralement pas un processus simple n’impliquant
qu’une voie unique de transformation. Le plus souvent la cancérisation résulte de la
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coopération de divers événements impliquant plus que des mécanismes d'infection

persistante et de transformation virale. => Nécessité de :
(i) cofacteurs génétiques : survenue de mutations altérant l'expression et la
fonction d'oncogènes viraux et / ou cellulaires
(ii) cofacteurs environnementaux (ex. tabagisme, régime alimentaire et / ou une
exposition accrue à des agents oncogènes environnementaux, etc.) ou autres et
(iii) l’implication de nombreuses voies de signalisation intracellulaire.
Tous ces facteurs, ainsi que les réponses inflammatoires déclenchées par l'infection
elle-même, entraînent une transformation cellulaire et le développement de cancer.
III.3. Mécanismes direct et indirect de cancérogenèse viro-induite
 Les oncovirus peuvent contribuer à la cancérogenèse par des mécanismes directs et /

ou indirects :
(i) Virus à transformation directe : aident à conserver le phénotype de la tumeur par
l'expression d'oncogènes viraux ou cellulaires.
Ex. HPV, EBV, HHV-8, HTLV-1 => Oncoprotéines virales.
(ii) Virus à action indirecte : ne sont pas conditionnés pour exister dans la cellule
qui forme la tumeur. Ces agents déclenchent une réponse inflammatoire
chronique et un stress oxydatif qui endommagent de manière persistante les
tissus locaux et représentent des facteurs importants dans le développement de
tumeurs. Ex. HBV, HCV.
(iii) Certains virus peuvent nécessiter les deux mécanismes direct et indirect pour
induire une oncogenèse. Ex. VHB, VHC.
 Le tableau suivant présente les principales protéines virales qui contribuent à
l’oncogenèse.
Virus Oncoprotéines virales
Papillomavirus humains alpha (HPV) E6, E7, E5
Polyomavirus des Ȼs de Merkel (MCPyV) LT, ST
Virus Epstein-Barr (EBV ou HHV4) LMP1, LMP2, BARF1, EBNA1, EBNA2,

EBNA3A, EBNA3B, EBNA3C, EBNA4(LP)
Herpèsvirus du sarcome de Kaposi (KSHV) vFLIP, vCyclin, LANA, vGPCR, vIRF-1
Virus de l’hépatite B (HBV) HBx
Virus de l’hépatite C (HCV) Core, NS3, NS5a
Virus T-lymphotrophique humain 1 (HTLV-1) Tax
22
IV. Diagnostic biologique
Approche
Virus
Directe Indirecte : sérologie
HPV PCR +++ ; hybridation in situ +++ ;

microscopie électronique ; cytologie +++ ; ELISA
ELISA.
MCPyV +++ ELISA

PCR (qualitative + quantitative) ;
séquençage ; hybridation ; IF ; cytologie
EBV PCR (qualitative + quantitative) ; +++

(HHV-4) hybridation in situ, IF. IFI ; ELISA ; Agglutination
HHV-8 PCR +++

(KSHV) ELISA ; IFI
HBV PCR (qualitative, quantitative +++) ; ELISA et tests apparentés

hybridation ; ELISA
HCV PCR (qualitative + quantitative +++) ; ELISA et tests apparentés

séquençage, ELISA ; génotypage Confirmation => Recombinant
immunoBlot Assay (RIBA)
HTLV-1 PCR (qualitative + quantitative) ; +++

séquençage ; culture virale ; IF ELISA ; IFI ; Agglutination
Confirmation => Western blot
V. Conclusion
 La lutte contre les virus oncogènes doit passer par la prévention :

(i) La sensibilisation du grand public sur les moyens de la prévention et
l’hygiène de vie.
(ii) Certains de ces cancers peuvent être facilement évités par la vaccination (ex.
HPV, HBV), diagnostiqués à l'aide de simples tests sanguins et traités avec
des composés antiviraux moins toxiques.
 D’une manière paradoxale, les virus oncolytiques constituent une nouvelle approche
thérapeutique prometteuse dans le cadre de la lutte contre les cancers chez l’Homme.
23
24
I. Introduction
 Greffe ou transplantation : opération chirurgicale consistant à remplacer un organe (ou
tissu) malade par un autre sain (= "greffon" ou "transplant") provenant d'un donneur.
 Différence entre transplantation et greffe :
 Transplantation : réalisée avec une anastomose chirurgicale du transplant aux
vaisseaux sanguins du receveur. Concerne les organes (ex. cœur, poumon, foie, rein,
pancréas, intestin) ou les tissus composites (ex. partie du visage)
 Greffe : est avasculaire et concerne les tissus tels que la cornée, os, moelle osseuse,
valves cardiaques, vaisseaux sanguins etc.
 La transplantation d’organes et la greffe de tissus : un des plus grands succès de l’histoire

médicale du 20ème siècle, elles permettent l’amélioration de la qualité et l’espérance de vie à
des centaines de milliers de patients dans le monde.
 Le contrôle de la réaction immunitaire du receveur contre le greffon a fait de sérieux

progrès, mais, la survenue d’infection reste une complication majeure de la greffe ou
transplantation.
 Infections post-transplantation : bactériennes, virales, fongiques et parasitaires.
 Les infections virales représentent une complication extrêmement fréquente et souvent

sévère des transplantations ou greffes.
En médecine dentaire, diverses infections virales post-transplantation (-post greffe).
Ex. : Hyperplasie gingivale ; lésions tumorales ; ulcérations, parodontites, etc.
II. Préceptes de base des infections liées aux greffes

 Infections se produisent sur une échelle de temps ;
 Type et fréquence de l’infection varient selon le type de greffon.
(ex. Poumons > foie > cœur > rein) ;
 Plus de chirurgies => plus d'infections ;
 Plus d’immunodépression => plus d’infections ;
 Se méfiez du donneur comme source d'infection, surtout les infections précoces après
transplantation.
III. Calendrier de l'infection après transplantation

Les infections post-transplantation sont souvent classées selon le délai de leur manifestation
après la greffe. Ainsi, ont été distinguées les infections survenant avant un mois, entre un et six
mois, et après six mois.
III.1. Infections précoces (< 1 mois)

 Infections qui surviennent en réanimation ou au cours du premier séjour hospitalier.
25
 Infections : (i) transmises par le greffon, (ii) présentes chez le receveur avant la
transplantation et/ou (iii) nosocomiales.
Les infections nosocomiales (<= complications techniques (pose de stents, lésions d'organe,
hémorragie, etc.) et/ou postopératoires (cathéters, aspiration, infections de plaies, etc.) sont
les causes les plus courantes d'infection au cours du premier mois post-transplantation.
 Infections virales précoces comprennent : HSV, HBV, HCV, VIH, virus West Nile, virus
respiratoires.
 Plus de 95 % des infections qui se manifestent pendant cette période critique sont similaires
à celles contractées par des patients non immunodéprimés qui ont subi une intervention
chirurgicale comparable.
 Conditions prédisposant à une infection précoce et nosocomiale :

 Immunosuppression postopératoire ;
 Intubation (> 3 jours), cathéters ou autres lésions des muqueuses, etc. ;
 Métabolique (malnutrition / urémie / hyperglycémie) ;
 Infections virales latentes (donneur ou receveur), etc.
III.2. Infections intermédiaires : 1-6 mois après transplantation

 Infections opportunistes (<= immunosuppression).
 Réactivation de virus latents, activation des virus persistants et/ou infection par de nouvelles
souches virales.
 Infections à CMV, EBV, HSV, VZV, HBV, HCV, HHV-8, Polyomavirus BK/JC,
Adenovirus, HHV-6, HHV-7, HPV, etc.
III.3. Infections tardives (> 6 mois)

 Après 6 mois, le patient appartient à l’un des 3 groupes suivants :
(i) Fonctionnement adéquat de l'allogreffe et une immunosuppression minimale
caractérisée par l'absence d'infection virale chronique.
(ii) Infection virale chronique.
(iii) Épisodes de rejet fréquents, immunosuppression à cause des formules
thérapeutiques, infections virales (ex. CMV), ou une combinaison de ces
complications.
 Les infections sont généralement communautaires, mais les infections latentes peuvent
encore se produire, en particulier après leur intensification par le traitement
immunosuppresseur.
26
(i) Infections communautaires : Virus respiratoires (ex. Influenza, Parainfluenza,

Respiratory syncytial virus, human metapneumovirus), Enterovirus, virus de
l’hépatite A (HAV), virus de l’hépatite E (HEV), etc.
(ii) Infections virales persistantes : CMV, HCV (très fréquente), HBV, EBV, HPV,
Polyomavirus (ex. Néphropathie due au BK), etc.
 Les infections virales persistantes post-transplantation représentent une sérieuse

préoccupation :
 Plusieurs cancers leur sont associés, ex. maladies lymphoprolifératives (PTLD) lié à
l’EBV, cancers de la peau liés au HPV, sarcome de kaposi lié au HHV-8.
 Elles conduisent à différents types de dysfonctionnements de l'allogreffe.
27
IV. Classification des infections virales chez les transplantés
L’infection virale post-transplantation peut être : transmise par le donneur, portée par le
receveur, nosocomiale ou communautaire.
(i) Infections dérivées du donneur

 La plupart sont latentes, rarement aiguës.
28
 Ex. West Nile virus, virus de la rage, HIV, HBV, HCV, LCMV (Lymphocytic
choriomeningitis virus), Herpesvirus, HTLV-1 et -2, Polyomavirus BK/JC, Parvovirus
B19.
(ii) Infections dérivées du receveur de la greffe

 Réactivation de virus latents ou ↑ activation (infect chronique). Ex. CMV, HSV, HBV,
HCV, HIV, etc.
(iii) Infections nosocomiales

 Transmises à la suite du séjour à l'hôpital. Ex. Virus respiratoires.
(iv) Infections communautaires

 Transmises suite à une exposition dans la communauté. Ex. Virus respiratoires.
V. Mesures de prévention et diagnostic virologique
V.1. Mesures de prévention

La prévention des infections virales chez les transplantés (greffés) repose sur :
 la sélection des donneurs => prévention de la transmission.
29
 les vaccinations : les patients doivent mettre à jour leur vaccination avant la transplantation.
Les vaccins vivants atténués sont contre-indiqués après transplantation en raison de
l’immunodépression.
 le traitement préventif (ou prophylactique), basé sur l’administration d’antiviraux et/ou

d’immunoglobulines.
 En médecine dentaire :
 Les patients transplantés sont à risque dans la pratique médico-dentaire : le
traitement immunosuppresseur => prédisposition accrue aux infections et aux
troubles de la cicatrisation.
 Les interventions buccodentaires devraient être réalisées avant la transplantation ;
 Après transplantation, une hygiène bucco-dentaire optimale et des examens de
contrôle réguliers sont obligatoires.
V.2. Démarche diagnostique

 Bilans pré-transplantation
 Connaissance du statut du donneur :

- Historique épidémiologique ;
- Qualification biologique des organes, tissus, cellules ;
- Typage HLA, Hémogramme, TP, ionogramme, bilan hépatique, etc.
- Bilan virologique sérologique et moléculaire du donneur potentiel :
• Test microbiologiques,
• Tests sérologiques spéciaux (HIV 1-2, CMV, EBV, HSV, VZV, HBV,
HCV, HTLV 1-2),
• Détection d’antigènes viraux (Ag p24 du HIV, Ag HBs du HBV, etc.)
• Analyses d'acides nucléiques.
 Connaissance du statut du receveur :

- S’assurer :
• de la faisabilité de la greffe sur le plan chirurgical et anesthésiologique et
• de l’absence de foyer infectieux latent et de tumeur occulte.
- Historique épidémiologique,
- Historique de vaccination et doit mettre à jour son immunisation sur certains
vaccins (ex. vaccin combiné trivalent contre la rougeole, la rubéole et les oreillons ;
Influenza ; HBV).
30
- Tests sérologiques spéciaux, détection d’antigènes ou analyses d'acides nucléiques

(Ex. dépistage viral de CMV, EBV, VZV, HSV, HIV, HBV, HCV).
 Diagnostic et surveillance virologique des patients transplantés :
 le diagnostic et la surveillance des infections virales chez les transplantés repose

actuellement sur la détection (PCR, IFD) et bien souvent la quantification des virus
(PCR) dans le sang, ou éventuellement dans d’autres prélèvements, en fonction de la
pathologie observée.
 les sérodiagnostics ont une utilité très limitée en post-greffe sauf en cas de primo-
infection.
VI. Conclusion
 Infections virales post-greffe :

 Fréquentes,
 Plusieurs espèces virales,
 Potentiellement graves, avec un risque persistant avec le temps.
 Les transplantés sont à risque dans la pratique médico-dentaire.
 Les mesures basées sur la prévention de la transmission, la surveillance des infections post-
transplantation par des techniques moléculaire sensibles et leur prise en charge précoce par
des traitements antiviraux et/ou une immunomodulation ont considérablement atténué au
cours des dernières années la morbidité et la mortalité liées aux infections virales chez les
transplantés.
31
32
I. Introduction
 Infections opportunistes (IO) : infections par des microorganismes habituellement peu
agressifs qui n’auraient pas causé d’infections chez les personnes en bonne santé. Elles
surviennent chez des hôtes vulnérables dont :
(i) l'immunité est affaiblie (personnes subissant une greffe, une chimiothérapie,
atteintes du SIDA, diabète, etc.),
(ii) le microbiote est altéré (dysbiose) ou
(iii) l'épithélium est lésé.
 Agents pathogènes spécifiques impliqués dans les IO par voie orale : diverses espèces de
bactéries, micromycètes, virus et parasites.
 Cavité buccale / bactéries : la bouche abrite des milliards de bactéries (108 bactéries par ml
de salive). Lorsque les bactéries commensales établissent des interactions stables tant entre
elles qu’avec le milieu buccal (l'hôte), l’écosystème buccal est dit ̏en équilibre˝. Les
bactéries commensales constituent une communauté compatible avec l'état de santé bucco-
dentaire.
Mais, la dysbiose de l'homéostasie du microbiote oral => IO => manifestations cliniques
infectieuses et inflammatoires.
 Les IO bactériennes orales sont initiées par :
(i) des bactéries pathogènes acquises exogènes ou par
(ii) la flore hôte commensale (pathogènes opportunistes).
Principales bactéries pathogènes associées aux IO buccodentaires :
Actinomyces, Aggregatibacter, Bacteroides, Bartonella, Brucella,
Campylobacter, Capnocytophaga, Corynebacterium, Coxiella, Dialister, Eikenella,
Enterobacter, Escherichia, Francisella, Fusobacterium, Heamophilus, Klebsiella,
Micrococcus, Micromonas, Mycobacterium, Peptostreptococcus, Porphyromonas,
Prevotella, Propionibacterium, Pseudomonas, Salmonella, Serratia, Staphylococcus,
Streptococcus, Tannerella, Treponema, Veillonella, Yersinia.
 Le traitement antibactérien des IO buccodentaires <= un diagnostic spécifique permettant :
(i) de mettre en évidence et identifier la ou les bactéries responsables de l’infection.
(ii) d’évaluer les possibilités thérapeutiques et surtout déterminer l’antibiothérapie la
mieux adaptée.
 Diagnostic biologique :
(i) Phase pré-analytique : prélèvement(s).
(ii) Phases analytique et post-analytique : diagnostic bactériologique et interprétation
des résultats.
 Les examens diagnostiques d’une infection bactérienne sont variés et sont de deux ordres :
33
(i) les méthodes de diagnostic direct => recherche de la bactérie ou de l’un de ses
constituants (diagnostic de certitude) et
(ii) les méthodes de diagnostic indirect (sérodiagnostic).
II. Prélèvements
 Le prélèvement est un acte clé de la phase pré-analytique : la valeur et la fiabilité du résultat
de l’analyse dépend de la qualité du prélèvement => il doit être fait dans de bonnes
conditions et au bon moment.
 Le prélèvement doit être précoce : fait avant toute antibiothérapie (sinon sous fenêtre
thérapeutique de 4 jours).
 Les prélèvements doivent s’effectuer au niveau du site anatomique atteint, mais peuvent
correspondre à des liquides biologiques dans lesquels la bactérie ou des antigènes bactériens
peuvent être détectés.
 Prélèvements variés : sang, exsudat, pus (sur seringue), salive, biopsie, etc.
 Conditions extrêmement strictes d’asepsie :
(i) lavage buccodentaire à l’eau physiologique,
(ii) prélèvement avec un matériel stérile (seringue, curette, écouvillons, cure-dents,
microbrosse, pointe en papier absorbant, etc.) à acheminer rapidement au
laboratoire ou mettre dans un milieu de transport.
 Certains prélèvements se font dans un milieu spécial et par un personnel qualifié.

 Le volume du spécimen collecté doit être suffisant.
 Les délais d’acheminement et les conditions de conservation (température, O2, etc.) doivent
être respectés. Dans le cas de germes "fragiles" (ex. anaérobies, mycoplasmes, etc.), pas de
conservation => prélèvement et mise en culture immédiate au laboratoire de bactériologie.
 La fiche de renseignements cliniques doit être associée au prélèvement (nom, prénom, âge
du malade ; nom du service si malade hospitalisé ; date, nature et site du prélèvement ;
principaux signes cliniques ; traitement antibiotique en cours ou datant de moins de 7 jours).
III. Diagnostic direct

III.1. Caractérisation phénotypique
Examen direct => comparaison de caractéristiques telles que la morphologie, la physiologie,
l’écologie, le profil biochimique, le profil protéique, etc.
III.1.1. Examen macroscopique du prélèvement (=> valeur d’orientation)

L’infection bactérienne s’accompagne, outre la présence de bactéries, de signes biologiques
liés à l'inflammation avec l'éventuelle présence de leucocytes, notamment de polynucléaires.
34
Ces éléments peuvent entrainer au-delà d'un seuil, une modification clairement perceptible
(trouble, odeur, consistance), qui signe une anomalie patente.
III.1.2. Examen microscopique

Permet de mettre en évidence les bactéries et les éléments cellulaires de type polynucléaire
au microscope.
(i) Examen cytologique (microscope optique) => Orienter vers une étiologie bactérienne
ou virale en fonction du type de cellules inflammatoires retrouvé.
(ii) Examen bactériologique à l’état frais (microscope optique) :
- Une goutte du prélèvement entre lame et lamelle => détecter les bactéries à l’état
vivant, leur morphologie et mobilité.
- En cellule de numération (Cellule de Malassez, Cellule de Pétroff Hauser) =>
nombre de cellules par ml du liquide.
(iii) Examens bactériologiques après colorations (microscope optique) : (=> valeur

d’orientation)
Colorations classiques => morphologie des cellules, mode de groupement, structure
pariétale, production de spores, etc.
- Coloration non différentielle : Ex. coloration au bleu de méthylène.
- Coloration différentielle :
 Coloration de Gram : coloration de référence en bactériologie ;
 Coloration de Ziehl-Neelsen : coloration de référence des mycobactéries
=> recherche des bacilles acido-alcoolo-résistants.
- Colorations spéciales :
Ex. Méthode de Rhodes => flagelles,
Méthode de Moeller => spores.
(iv) Autres techniques

- Examen bactériologique après réaction d'immunofluorescence (Microscope à
fluorescence)
Ex. Immunofluorescence directe (IFD) => révéler la présence de certaines bactéries
de culture difficile, directement à partir du prélèvement.
- Examen bactériologique au microscope électronique (ME).
III.1.3. Culture et isolement des bactéries

(i) Milieux de culture
- Milieux de base : => croissance d'espèces non ou peu exigeantes.

Ex. Bouillon Nutritif ordinaire (ou gélose nutritive).
35
- Milieux d'enrichissement : bouillons permettant de favoriser la croissance d’une

espèce en faible proportion dans un échantillon. Des milieux d'enrichissement
peuvent également être sélectifs.
Ex. Eau peptonée alcaline.
- Milieux d’isolement : géloses permettant d'obtenir des colonies isolées afin

d'effectuer les tests d'identification ou d’étudier la sensibilité aux antibiotiques.
o Géloses enrichies par l'addition de diverses substances (sérum, œuf, sang,
vitamines, etc.) : autorisent la croissance de bactéries plus exigeantes.
Ex. Géloses au sang frais.
o Géloses sélectives : milieux rendus sélectifs par addition d'antibiotiques,
d'antiseptiques ou de colorants qui vont inhiber les bactéries sensibles a ces
composés.
Ex. Gélose Columbia ANC (acide nalidixique/colistine),
Gélose au cétrimide (acide nalidixique/cétrimide).
o Milieux chromogènes pour identification présomptive.
(ii) Conditions de culture

Standards ou orientation particulière :
- Température (30, 37, 42°C) ;
- pH : acidophile, neutrophile, alcalophile ;
- Concentration en O2 : aérobie, anaérobie, microaérophilie, etc. ;
- Concentration en CO2 : capnophiles ;
- Durée d’incubation (18h, 24h, 48h, jours ou semaines).
(iii) Examen des cultures

Après incubation, les milieux de culture sont examinés => les colonies bactériennes peuvent
être reconnues par leurs caractères culturaux (aspect, pigmentation, odeur, caractère
hémolytique sur gélose au sang, etc.) => diagnostic d’orientation.
III.1.4. Identification biochimique

 Tests biochimiques : une approche classique pour l’identification des bactéries. Ils
permettent de déterminer la famille, le genre et l’espèce de la bactérie isolée. => diagnostic
de confirmation.
 Ces tests reposent sur la détermination de certaines caractéristiques du métabolisme des

bactéries isolées, ils permettent de vérifier si :
(i) la bactérie a un métabolisme oxydatif ou fermentatif ;
(ii) il y a formation d’un acide à la suite de l’utilisation d’un hydrate de carbone (ex.
glucose, arabinose, sorbitol, etc.) ;
36
(iii) un composé particulier est utilisé comme seule source de carbone (ex. citrate,
malonate, etc.) ;
(iv) un acide aminé peut être transformé (ex. arginine, lysine, tryptophane, etc.) ;
(v) une enzyme particulière est présente (ex. oxydase, catalase, pectinase, etc.) et / ou
(vi) des molécules complexes sont dégradées (ex: gélatine, amidon, etc.).
 Les galeries API (bioMérieux) : version miniaturisée des tests biochimiques classiques
destinés à l’identification des bactéries (API20-E, API20-NE, API20Strepto, API20-Staph,
etc.).
Galerie API 20 Strepto
III.1.5. Étude antigénique

 Détection et identification des bactéries sur la base de leurs antigènes spécifiques, et ce
grâce aux techniques immunologiques suivantes :
(i) Immunofluorescence directe ;
(ii) ELISA ;
(iii) Immunochromatographie ;
(iv) Agglutination ou immunoprécipitation.
 Sérotypage : à partir des colonies bactériennes, on peut même différencier les souches
bactériennes en fonction de leur composition antigénique (=> sérotype ou sérovar).
Ex. Agglutination sur lame ou sur plaque : l’identification est basée sur la mise en
évidence d’une réaction Ag bactérien-Ac (sérum test). Cette réaction est visualisée par
une agglutination qui est le résultat macroscopique de la formation du complexe Ag-Ac.
Parmi les antigènes ciblés chez les Gram négatifs :
(i) les Ag O pariétaux (LPS), ex. Salmonella ;
(ii) les Ag H flagellaires, ex. Salmonella ;
(iii) les Ag K capsulaires, ex. Klebsiella.
37
III.1.6. Spectrométrie de masse de type MALDI-TOF

 La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser
Desorption/Ionisation-Time Of Flight) utilise des bactéries entières et permet l'identification
au rang de l’espèce. (=> diagnostic de confirmation)
 Repose sur l'analyse de l'ensemble des protéines de la bactérie étudiée et la comparaison des
pics protéiques obtenus avec les banques de données.
III.2. Caractérisation génotypique

 Diagnostic fait appel à des techniques de biologie moléculaire fondées sur l’étude et
détection de séquences d’ADN ou d’ARN de la bactérie.
 Principe :
(i) Extraction du matériel génétique :

- à partir de cultures bactériennes pures ;
- à partir du prélèvement (indication limitée).
(ii) Étude du matériel obtenu : ADN (+++), ARN (parfois)
- Analyse d’homologie de séquence :

 Amplification (PCR) + Hybridation sur membrane,
 Biopuce.
- Séquençage d’un gène particulier et spécifique : Amplification (PCR) +

séquençage. Ex. => Gène de l’ARN16S,
=> Gène de virulence.
- Séquençage du génome entier.
 Génotypage <= - Séquençage du génome entier,

- ERIC-PCR,
- Restriction enzymatique + électrophorèse en champ pulsé, etc.
IV. Diagnostic indirect
 Méthodes de diagnostic sérologique => techniques de détection d'anticorps circulants

développés par l'organisme infecté en réponse à la multiplication de la bactérie pathogène.
 La présence d'anticorps spécifiques est recherchée le plus souvent dans le sérum.
 Différentes techniques sérologiques sont utilisées :
(i) Précipitation en milieu liquide ou gélifié ;
(ii) Réaction d’agglutination ou d’hémagglutination ;
38
(iii) Réaction de fixation du complément (RFC) ;
(iv) Immunofluorescence indirecte (IFI) ;
(v) ELISA indirect ;
(vi) L'immuno-empreinte (Immuno-Blot ou Western-blot).
Actuellement, les méthodes les plus utilisées sont l'IFI ou l'ELISA pour détecter les
anticorps, et le western-blot pour en confirmer la spécificité.
 Le sérodiagnostic bactérien indirect n’est prescrit que lorsque la mise en évidence de l’agent
causal :
(i) est techniquement difficile et /ou impossible par les méthodes conventionnelles.
(ii) est impossible (diagnostic rétrospectif d’une infection guérie).
(iii) nécessite des prélèvements trop invasifs.
V. Conclusion
Les principales règles qui conditionnent un bon diagnostic bactériologique des infections
opportunistes bucco-dentaires :
 la qualité du prélèvement conditionne le résultat ;
 la recherche directe du germe lorsqu'elle est possible doit être privilégiée ;
 la rigueur dans l’interprétation et la validation des résultats (prélèvement, analyse et

renseignements cliniques complets) ; et
 la coopération entre Clinicien et Microbiologiste.
39
40
I. Introduction
 Mycose : toute infection provoquée par un champignon microscopique (=
micromycète).
 Micromycètes = levures + moisissures.
 Mycoses au niveau de la cavité buccale : essentiellement dues aux infections par les
levures du genre Candida.
 Candida :
(i) Comprend plus de 200 espèces.

(ii) Levure endo-saprophyte des muqueuses.
(iii) L’espèce la plus fréquemment retrouvée en pathologie est Candida albicans.
(iv) Pathogène opportuniste : chez les individus en bonne santé, Candida existe
dans la muqueuse buccale et fait partie de la "flore bénéfique". Le déséquilibre
du microbiote buccal => prolifération de Candida (C. albicans +++) et
expression d’une gamme de facteurs de virulence => candidose buccale
couramment appelée muguet.
 Candidoses :
 Superficielles => fréquentes, bénignes ;

 Profondes => graves (immunodéprimés).
 Le diagnostic biologique des candidoses buccales permet de :
(i) rechercher et identifier la souche responsable de l’infection.

(ii) fournir des isolats pour le test de sensibilité antifongique,
(iii) mettre en route une thérapeutique adaptée.
 La démarche diagnostique des candidoses repose sur :
(i) des prélèvements de qualité,

(ii) des moyens diagnostiques variés caractérisant soit le diagnostic direct soit celui
indirect.
II. Prélèvements
 Le prélèvement doit être effectué en zone active des lésions (en périphérie).
 Le spécimen doit être recueilli dans des conditions d'asepsie et en quantité

suffisante.
 Les dispositifs et récipients de collecte doivent être stériles.
 Le spécimen doit être étiqueter de manière appropriée.

41
 L'échantillon doit être maintenu humide ou dans un moyen de transport et conservé

au réfrigérateur à 4 °C. En raison de la variété des formes cliniques de candidose
buccale, un nombre d'échantillons différents peut être soumis au laboratoire.
 Les échantillons cliniques doivent être manipulés avec prudence en respectant les
précautions universelles.
 Les techniques d’échantillonnage disponibles pour l'isolement de Candida dans la

cavité buccale comprennent :
(i) frottis : prélevés sur lésions, réalisés sur des lames de microscope et
immédiatement fixés.
(ii) écouvillonnage standard : la méthode consiste à frotter doucement un
écouvillon humide et stérile sur les lésions.
(iii) détachement des membranes avec une curette <= cas de lésions
membraneuses de la muqueuse buccale.
(iv) empreintes : la méthode consiste à prendre des empreintes à l'alginate
maxillaire et mandibulaire. Un tampon stérile de taille connue,
préalablement plongé dans un milieu liquide approprié (ex. le bouillon de
Sabouraud) est placé sur le site d’étude (muqueuse ou prothèse intra-orale)
pendant 30 à 60 secondes, puis placé directement sur une gélose pour
culture.
(v) collecte de la salive entière : consiste à demander au patient d’expectorer 2
ml de salive mélangée dans un récipient stérile, qui est ensuite mis en
agitation pendant 30 secondes pour une désagrégation optimale.
(vi) rinçage buccal concentré : la technique implique que le patient maintienne
10 ml de solution saline stérile tamponnée au phosphate (0,01 M, pH 7,2)
dans la bouche pendant 1 minute. La solution obtenue sera ensuite
concentrée.
(vii) biopsie muqueuse.
Le choix de la technique dépend principalement de la nature de la lésion à examiner.
III. Méthodes de diagnostic des candidoses orales

 Le diagnostic biologique des candidoses est assuré le plus souvent par la mise en
évidence de l’agent pathogène (diagnostic direct).
 Il existe des cas où le diagnostic ne peut être orienté qu’à partir des données
indirectes résultant des réactions de l’hôte à l’infection (diagnostic indirect).
III.1. Diagnostic direct
III.1.1. Caractérisation phénotypique
42
III.1.1.1. Microscopie
 Les caractéristiques morphologiques des espèces de Candida (taille de 2 à 6 µm,

forme sphérique ou ovale, bourgeons isolés ou en chaines, pseudomycélium ou vrai
mycélium portant des blastospores/des chlamydospores) doivent être examinées
aux fins d'identification.
Vrai mycélium et chlamydospores sont caractéristiques de C. albicans.
L’identification de C. albicans repose sur l’association de 2 tests : (i) Test de
blastèse et (ii) Test de chlamydospores.
 Frottis : permettent de différencier les formes levures des formes hyphales. Les
frottis sont examinés après coloration :
(i) de Gram : les hyphes et les levures candidales apparaissent en bleu ; ou

(ii) à l'acide périodique de Schiff : les hyphes et levures candidales
apparaissent en rouge / violet.
43
 Biopsie : => examen histopathologique après coloration histologique par la

technique de Schiff à l'acide périodique, la méthylamine ou par des colorants à la
méthénamine de Gomori.
La mise en évidence des blastospores, pseudomycéliums et mycélium dans les tissus
=> identifier le champignon en tant que Candida. La présence d'autres
caractéristiques histopathologiques => poser un diagnostic de candidose
hyperplasique chronique.
III.1.1.2. Culture et isolement
(i) Milieux de culture :
- Le SDA (Sabouraud Dextrose Agar) est le milieu d’isolement primaire le plus

fréquemment utilisé pour Candida, il permet la croissance de Candida et inhibe
le développement des moisissures contaminantes et la croissance de nombreuses
espèces de bactéries buccales en raison de son bas pH.
Le SDA peut être rendu plus sélectif par incorporation d'antibiotiques et
d'actidione (antifongique). Candida se développe sous forme de colonies
convexes crémeuses, lisses et pâteuses sur SDA et la différenciation entre
espèces est rarement possible.
- Milieux différentiels : permettent l'identification et l’isolement de certaines
espèces de Candida sur la base de l'apparence et de la couleur des colonies après
une culture primaire.
Ex. la gélose Pagano-Levin ou les géloses chromogéniques.
o Gélose Pagano-Levin => colonies de C. albicans apparaissent de couleur
pâle, tandis que celles d'autres espèces de Candida présentent une
coloration rose à divers degrés.
o Milieux chromogènes : identifient certaines espèces de Candida sur la base
de la couleur et de l'apparence des colonies. Ex. CHROMagar Candida.
(ii) Conditions et examen des cultures
 Écouvillons : sont utilisés pour ensemencer un milieu d’isolement primaire tel que la
gélose SDA (25 à 30° C pendant 24-48h), la gélose au sang (35° C), le milieu de
Pagano-Levin (35 ° C) ou le milieu chromogène.
 Empreintes : les empreintes sont placées directement sur une gélose enrichie à 6%
avec le bouillon de dextrose de Sabouraud (ou sur l'agar de Pagano-Levin), laissées in
situ pendant les 8 premières heures d'incubation. Après 48 à 72 heures à 37 °C, la
densité candidale sur chaque site est déterminée et exprimée en unités formant
colonies par mm2 (UFC mm-2).
44
 Salive et rinçage oral concentré : un volume donné est ensemencé sur la gélose SDA.
Après 24-48 heures d'incubation à 37 °C, la croissance est évaluée par dénombrement
des colonies et exprimée en UFC/ml de salive (ou de solution de rinçage).
III.1.1.3. Identification biochimique
 L'identification des isolats de Candida à partir des milieux de culture primaires peut
être confirmée par divers tests physiologiques. Les principaux tests impliquent la
détermination de leur capacité à assimiler et à fermenter des sources individuelles de
carbone et d'azote.
 La caractérisation biochimique des espèces de Candida est largement basée sur

l'utilisation des glucides. Les réactions d'assimilation et les réactions de fermentation
chez les espèces de Candida sont présentées dans les tableaux suivants :
 Nombreux Kits d’identification existent sur le marché. Ex. Galeries API, Auxacolor.
45
Candida albicans sur galerie API CANDIDA de Biomérieux(R)
III.1.1.4. Détection d'antigènes spécifiques

 Des tests immunologiques de détection de l'antigène spécifique :
mannane (polysaccharide de la paroi des Candida) ou de constituants cytoplasmiques
sont maintenant disponibles.
 La mise en évidence d’Ag peut se faire :

 directement sur un échantillon de la culture,
 sur le sang (ou sérum) : recherche d’Ag circulants.
 Tests : ELISA ; IFD ; Agglutination, tests rapides immunochromatographiques.
III.1.1.5. Spectrométrie de masse

La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (= Identification protéomique)
permet une identification rapide et précise des Candida.
III.1.2. Identification génotypique
 Les principales techniques de biologie moléculaire utilisées pour l’identification de

Candida sont :
 Les techniques d’hybridation ADN-ADN ;
 L’amplification par PCR et séquençage de gènes particuliers.
Ex. Gènes codant pour l’ARN ribosomal.
 Génotypage => Études épidémiologiques.
III.2. Diagnostic indirect

 La recherche d’anticorps anti-Candida se fait par différentes techniques sérologiques :
(i) ELISA en microplaque ;
(ii) Immunofluorescence indirecte ;
(iii) Western blot ;
(iv) Test rapides Immunochromatographiques ;
46
(v) Techniques d’immunoprécipitation en milieu gélifié ;

(vi) Agglutination (hémagglutination) indirecte.
 Limites :
 La présence d'Ac anti-Candida chez le patient n'est pas d'interprétation facile du
fait de leur présence possible chez des porteurs sains.
 Souvent négatif chez les patients immunodéprimés => faux négatifs.
IV. Conclusion
 L’identification fiable des espèces de Candida à partir d'échantillons cliniques
humains est très importante.
 La fiabilité de l’examen mycologique dépend en grande partie de la qualité du

prélèvement.
 Diagnostic direct +++

 Divers tests phénotypiques d’identification sont disponibles : caractérisation
morphologique des cultures, tests biochimiques, tests immunologiques, etc.
 Techniques génotypiques : souvent réservées aux enquêtes épidémiologiques.
 La recherche d’anticorps spécifiques <= diagnostic de mycose profonde.
47

Microbiologie Spéciale-Méd Dent-S9-Pr MAROUI 2023

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UNIVERSITÉ MOHAMMED V – RABAT

FACULTÉ DE MÉDECINE DENTAIRE DE RABAT

5ème année de Médecine Dentaire

Module : Médecine orale

Cours de Microbiologie spéciale

Année universitaire 2023 - 2024

1. Connaitre les modalités pratiques et les normes du GBEA des

2. Connaitre les règles générales des diagnostics biologiques des viroses,

3. Savoir interpréter les résultats de ces examens pour mettre en place la

4. Connaitre les virus oncogènes humains, leur physiopathologie et leur

5. Connaitre les principales viroses post-greffe, la démarche diagnostique

I. Diagnostic biologique des viroses buccales

II. Virus oncogènes

III. Virus et greffe

IV. Diagnostic bactériologique des infections opportunistes buccodentaires

V. Diagnostic biologique des mycoses d’intérêt buccal

 Les infections virales de la muqueuse buccale :

 Le diagnostic des maladies virales repose sur :

 Le diagnostic virologique définit un ensemble de principes, méthodes et stratégies

II. Principaux virus en cause

peuvent être la cause de pathologies buccales uniquement ou de pathologies essentiellement

II.1. Herpesvirus humains (HHV)

 Neuf espèces humaines impliquées dans les viroses buccales :

 Virus à ADN bicaténaire linéaire, enveloppés, d’approximativement 150 nm à 200 nm,

 Infections : fréquentes et graves. Après la primo-infection, ils restent dans l'organisme

II.2. Papillomavirus humains (HPV)

 Petits virus nus, d’approximativement 55 nm, à ADN bicaténaire circulaire, à capside

 Infections persistantes : latence + inflammation chronique et intégration de l'ADN

II.3. Autres virus

 Paramyxoviridae : virus de la rougeole du genre Morbillivirus et virus des oreillons du

 Togavirus (rubéole) : Famille des Togaviridae ; genre : Rubivirus. Virus humain à

NB. Le virus de l’immunodéficience humaine (HIV) favorise le développement de viroses

III. La démarche diagnostique virologique

 Pour diagnostiquer et surveiller les viroses buccales :

 Méthodes de diagnostic virologique : 2 approches complémentaires =>

 Toutes les étapes (pré-analytique, analytique et post-analytique) doivent répondre au

 Différents types de prélèvements : le sang (sérodiagnostic + Ag solubles + Bio. mol.),

 La technique du prélèvement et sa conservation conditionnent la qualité des résultats.

 Certains prélèvements (ex. écouvillonnage) nécessitent l'utilisation d'un milieu de

 Le prélèvement doit être acheminé à T° ambiante rapidement au laboratoire, entre 2 et 4

 Plusieurs éléments conditionnent la réussite d’un bon prélèvement :

 La fiche de renseignements cliniques est primordiale et doit être associée à tout

 Le caractère infectieux des prélèvements impose un conditionnement protégé et propre

III.1.2. Méthodes de diagnostic direct

III.1.2.2. Microscopie électronique

III.1.2.3. Détection immunologique de protéines virales

 La visualisation du complexe Ag-Ac se fait par différentes techniques : (i)

standardisées ; (iii) Méthode radio-immunologique RIA (Ac radiomarqué) ; (iv)

(i) Immunofluorescence directe :

- Avantages : rapidité (1 à 2 heures), simplicité, typage possible.

(ii) Recherche d'antigènes viraux solubles par ELISA

Principe de l'ELISA pour rechercher des antigènes viraux

- Avantages : rapidité (délai maximum de 5 heures), lecture automatique des

(iii) Recherche des Ag viraux solubles par Immunochromatographie

- Avantages : rapidité (10 à 15 min).

III.1.2.4. Détection de génomes viraux

 Différentes méthodes permettent de détecter ou de caractériser les génomes viraux :

(i) Détection et/ou quantification de génomes viraux

 PCR en temps réel : qualitative et quantitative, mesure en continu des

- Ces outils permettent de :

- La qualité des résultats est conditionnée par le choix de la technique

(ii) Typage des génomes viraux

 Avantages et limites des outils de biologie moléculaire en virologie :