MYCOLOGIE MEDICALE - GENERALITES

Pr C. GUIGUEN

Laboratoire de parasitologie et zoologie

appliquée – UFR des sciences médicales
Rennes
 MYCOLOGIE d’HIER et d’AUJOURD’HUI
HISTORIQUE (1)

- Antiquité : rôle maléfique

- Epoque romaine : intérêt culinaire

- XVIème siècle : début de la mycologie microscopique

- 1730 – Micheli : étude des microorganites (spores)

- XIXè siècle : début de la mycologie moderne travaux de

La Fries, de Corda, Saccardo

- 1850 – du Barry dénombre 900 espèces

 MYCOLOGIE d’HIER et d’AUJOURD’HUI
HISTORIQUE (2)

- 1900 – Sabouraud : milieu de culture

- 1910 – Villemin : étude des différentes spores fongiques

- Milieu XXè siècle – Masson et Hugues : classification des

champignons sur la base des formes de spores

- 1970 – Baron, Ellis : Classification sur mode de formation des

spores

- 1983 – Ainswork er Bisby’s : dictionnary of the fungi

- Dernière décennie : ultrastructure, biologie moléculaire,

spectrométrie de masse,… contribuent à la taxonomie
Grande variabilité macroscopique et microscopique

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D. Chabasse
Définition
Champignons microscopiques: organismes nucléés, eucaryotes,
dépourvus de chlorophylle et possédant une paroi rigide,
constituée, entre autres, de chitine et de glucane.

Ils se développent sous forme filament ou levure et dépendent de

la fourniture carbone par le milieu extérieur ou un hôte.
Ils se reproduisent de façon sexuée ou asexuée engendrant des
millions de spores et donc capacité de dissémination considérable

Forme
Levure filamenteuse
Position systématique des Champignons
Classification de Wittaker
Parenté avec les végétaux, les animaux et les protistes.
Classification en perpétuelle évolution
Pneumocystis jiroveci, microsporidies, autrefois classés dans les
parasites appartiennent maintenant aux champignons

Environ 150 000 espèces de champignons microscopiques, plus

de 3 700 genres (nombreuses espèces découvertes chaque année).
Environ 450 espèces éventuellement pathogènes pour l'homme
200 espèces mycoses profondes
70 espèces mycoses sous-cutanées
150 espèces mycoses de la peau, des phanères,
des muqueuses
De nouvelles espèces pathogènes sont régulièrement identifiées.
 FACTEURS FAVORISANTS
Avancées médico-chirurgicales :
- antibiotiques
- corticoïdes
- immunosuppresseurs
- greffe,…
Prolongement de la vie
Essor du SIDA
 une multiplication des mycoses
INFECTIONS FONGIQUES NOSOCOMIALES

1980 à 1990 : 2 à 4 % des hospitalisés

1990 à 2000 : 4 à 6 % des hospitalisés
2000 à 2010 : 5 à 7 % des hospitalisés

 candidoses : 78,3 % de ces infections

59,7 % C. albicans
18,6 % autres espèces de Candida

 Aspergilloses : 1,3 %
Epidémiologie nationale Epidémiologie locale
CHAMPIGNONS LEVURIFORMES
Genres : - Candida
- Cryptococcus
- Malassezia
- Trichosporon
- Rhodotorula
-Saccharomyces
 Pathogénicité
Certains champignons, les dermatophytes, sont des
pathogènes obligatoires.

Le plus souvent, champignons profitent modifications

du terrain, locales ou générales, pour s'implanter.

On peut également observer des réactions allergiques,

asthme (Aspergillus fumigatus), alvéolite allergique extrinsèque
(Aspergillus, Penicillium), eczématides à distance d'un foyer
fongique (dermatophytes).
FACTEURS FAVORISANTS DES MYCOSES (1)
- Locaux : rupture de la barrière cutanéo-muqueuse
- Macération
- Cathéter-sonde
- Traumatisme
- Brûlure
- Radiothérapie
- Toxicomanie par voire IV
- Interventions chirurgicales (digestive, cardiaque)
- Cavité préformée

- Physiologiques :
- Nouveau-né et surtout prématuré
- Vieillard
- Grossesse
- Oestroprogestatif

- Endocrinien :
- Diabète
 FACTEURS FAVORISANTS DES MYCOSES (2)

- Déficits immunitaires acquis :

SIDA

- Déficits immunitaires iatrogènes :

Chimiothérapie aplasiante,
greffes d’organes et de moelle osseuse
Antibiothérapie
Corticothérapie
Traitement immunosuppresseur
 Classification des mycoses
Les mycoses peuvent être classées :

-selon leur localisation : dermatomycoses, otomycoses,

onychomycoses

-selon le champignon en cause (candidose, aspergillose,

cryptococcose) qui peut atteindre différents tissus (exemple
Aspergillus fumigatus)

-Quelques mycoses portent des noms particuliers : teignes, pied

de Madura, muguet, pied d’athlète,….
RESERVOIRS DE CHAMPIGNONS

- Sol (champignons géophiles)

- Animaux (champignons zoophiles)

- Homme (champignons anthropophiles)

 EPIDEMIOLOGIE DES MYCOSES

Sources de contamination

Homme – environnement
- inoculation par écharde (sporotrichose,
chromomycose, maduromycose, …)
- inhalation des poussières (histoplasmose,
coccidioïdomycose, cryptococcose, aspergillose, …)

Contact inter-humain
- candidose (mère-enfant, MST)
- teignes scolaires

Homme-animal
- dermatophyties
 ENVIRONNEMENT
AIR ENVIRONNANT

Champignons
Homme filamenteux

Levures

ANIMAUX EAU
SOL
 ROLE DU BIOLOGISTE

1. Prélever ou s’assurer de la bonne qualité du

prélèvement

2. Identifier avec précision et rapidité l’agent fongique en

cause

3. Orienter le choix thérapeutique du clinicien

4. Suivre l’évolution de l’infection ou le contrôle du

traitement

5. Rechercher l’origine d’une épidémie fongique

nosocomiale
 PRELEVEMENTS : COMMENT ?

Récipients stériles et acheminement rapide au laboratoire

Mycoses superficielles
- pityriasis versicolor : cellophane adhésive
- lésion suintante : écouvillon
- lésion ulcérée ou nécrotique : écouvillon ou biopsie
- lésion squameuse sèche : en périphérie de la lésion
- ongle : à la limite ongle malade (ongle sain)
- cheveux : à la pince à épiler, au centre de la lésion

Mycoses profondes
- liquides : LCR, sang, urines, ascites, …
- biopsies d’organes
 ARGUMENTS EN FAVEUR DE LA RESPONSABILITE D’UN
CHAMPIGNON OPPORTUNISTE DANS UNE LESION

Facteurs favorisants
- locaux
- généraux

Examen direct positif (ou histologie positive)

Une seule espèce de champignon est isolée (sur

plusieurs points d’ensemencement)

La répétition des prélèvements montre toujours le même

champignon à l’isolement.
 OUTILS USUELS DE DIAGNOSTIC

- Mise en évidence du champignon dans les lésions

 examen direct
 histologie

- Isolement du champignon
 culture
 inoculation à l’animal

- Identification du champignon
 critères macroscopiques
 critères microscopiques
 critères physiologiques

- Réactions sérologiques
 anticorps circulants
 antigènes circulants
 OUTILS DE DIAGNOSTIC

- Techniques phénotypiques
(Sérotypage, Biotypage, Morphotypage,
Résistotypage, Antifongigramme)

- Marqueurs moléculaires et génétiques

Immuno empreinte
Electrophorèse en gel de polyacrylamide (PAGE)
Electrophorèse en gel des isoenzymes
Caryotypage électrophorétique (champ pulsé)
Analyse de l’ADN génomique (RFLP, RAPD, …)
 L’AVENIR ….
Identification par spectrométrie de masse

Quelques minutes pour l’identification des levures

Plus complexe pour les champignons filamenteux
ANTIFONGIQUES (1)
1903 : iodure de potassium
1950 : polyène
1950 : nystatine
1955 : amphotéricine B
1958 : griséofulvine
1963 : 5-fluorocytosine
1969 : imidazolés
1969 : clotrimazole
1969 : miconazole
1969 : éconazole
1977 : kétoconazole
ANTIFONGIQUES (2)

1985 : triazolés
1987 : fluconazole
1990 : allylamine : terbinafine
1990 : morpholine : amorolfine
1990 : vecteurs lipidiques et ampho B
1993 : itraconazole
2000 : Voriconazole
2003 : Pozaconasole
2005 : Caspofungine
2009 : Micafongine
ANTIFONGIQUES A L’ETUDE
Triazolés
Saperconazole
Altéconazole
Ravuconazole BMS 207 147

Peptides et lipopeptides
Nikkomycines
Echinocandines
Ly 303 366
MK 0991

Sordarines

Vecteurs lipidiques et polyènes

Cochléate d’amphotéricine B
Nystatine lipidique
 CONCLUSION (1)

Protocole thérapeutique

 Guérison ou prolongement de la vie

 Augmentation des infections opportunistes

 Extension du spectre clinique
 Emergence de nouvelles espèces
 CONCLUSION (2)
Espoirs

Diagnostic plus précoce

 Sérologie (Ag circulants)
 Biologie moléculaire
 Spectrométrie de masse

Adaptation des thérapeutiques antifongiques guidée par

antifongigramme, CMI, dosage sérique

Nouveaux antifongiques
 Triazolés
 Allylamine
 Vecteur lipidique
 CONCLUSION (3)
Mesures préventives

- Locaux
 Utilisation d’un flux laminaire
 Maintenance des circuits de climatisation
 Traitement antifongique des peintures, faux plafonds

- Malades
 Décontamination fongique digestive systématique
 Surveillance de la nourriture (épices, fruits, …)
 Ablation des cathéters le plus vite possible
 Education sanitaire (fleurs, plantes,…)
 CONCLUSION

 Une excellente
coopération entre
cliniciens et
biologistes est le
meilleur atout pour
prévenir,
diagnostiquer et
traiter une affection
fongique.