Apport de L'approche Dans L'aide Au Diagnostic: Syndromique

Apport de l’Approche Syndromique
dans l’aide au diagnostic
Association Tunisienne de Réanimation, Hammamet, 2019
Dr Daouda SISSOKO
Infectiologue
Directeur Médical, bioMérieux
Daouda.sissoko@biomerieux.com PIONEERING DIAGNOSTICS
PLAN
Problématique et évolution des techniques
diagnostiques
Qu’est ce que c’est l’approche syndromique rapide?
Pourquoi les cliniciens ont besoin de l’approche

syndromique?
Panels syndromiques BioFire: Respiratoire, Gastro-

intestinal, Méningo-encéphalite, Sepsis, Pneumonie,
autres à venir.
Illustration: approche syndromique & bénéfices

médico-économiques.
2
SOUS-DIAGNOSTIC LIÉ AUX LIMITES TECHNIQUES
CONVENTIONNELES
THE CDC- ETIOLOGY OF PNEUMONIA IN THE COMMUNITY (EPIC) STUDY 2010-2013
3 EPIC Study. Jain S et al. N Engl J Med 2015; 373:415-427

LIMITES DES TECHNIQUES CONVENTIONNELLES:PERTE VALEUR
MEDICALE
Goff DA, et al. Pharmacother. 2012.

4
CELA ENTRAINE UNE SURPRESCRIPTION
INAPPROPRIEE DES ATB
Prévalence élevée de la prescription des ATB:

jusqu’à 50% des prescriptions sont non-
nécessaires
Pneumonies nosocomiales sont

responsables de 50% des antibiothérapies
hospitalières
Augmentation incidences des MDRO
Augmentation coûts de santé
Effets secondaires (C. difficile)
Centers for Disease Control and Prevention. 2017. Antibiotic use in the
United States, 2017: progress and opportunities. Centers for Disease
Control and Prevention, Atlanta, GA.
5
CONSOMMATION MONDIALE DES ATB PAR
PAYS: 2000–2015.
Eili Y. Klein et al. PNAS 2018;115:15:E3463-E3470

6
QUELLES SOLUTIONS? POSITION PAPER IDSA 2013: POTENTIAL OF
NEW TECHNOLOGIES TO ADDRESS UNMET CLINICAL NEEDS
Example of
Unmet Need Pathogen/Syndrome Potential Technologies
Bacterial, fungal, or
Rapid testing from clinical mycobacterial isolate, bacterial MALDI-TOF MS, single-step
isolate (≤60 minutes) resistance (KPC, NDM-1) molecular cartridge-based tests
Single-step molecular cartridge-

POC or near-patient testing Respiratory infections (viral and based tests, LAMP coupled with
(≤60 minutes) bacterial), meningitis Biosensors
Highly multiplexed single-step

Sepsis, pneumonia (HAP, VAP, molecular cartridge-based
CAP), meningitis, diarrheal tests (Filmarray), PCR coupled
Syndromic testing diseases with T2 magnetic resonance
Biomarkers to distinguish
infection from no infection,
Screening for infection bacterial from viral infection Biosensors, biomarkers
Discovery of emerging Influenza A H5 and H7, MERS- PCR coupled with ESI-TOF, next-
pathogens CoV generation sequencing
Better Tests, Better Care: Improved Diagnostics for Infectious Diseases. Caliendo AM et al
for the Infectious Diseases Society of America (IDSA). Clin. Inf. Dis. 2013;57(S3):S139–70
7
APPROCHE DIAGNOSTIQUE SYNDROMIQUE
RAPIDE
Capacité de tester simultanément une

multitude de pathogènes possiblement
associés à un syndrome infectieux
(symptômes + signes)
Exemple
Triade Fièvre, raideur nucale, conscience altérée ou céphalées=
syndrome méningé
Prélèvement unique de LCR
Identification par le test de XX pathogènes (bactéries, virus,

champignons, parasites et même marqueurs de résistance) en moins
d’une heure
8
POURQUOI LES CLINICIENS ONT-ILS BESOIN DE TESTS
DE LABORATOIRE “SYNDROMIQUES” RAPIDES
Des pathogènes différents peuvent causer le même

syndrome
Des syndromes différents peuvent être causés par

le même pathogène
9
Pathogènes différents peuvent donner le même syndrome
(ex: choc septique avec défaillance d’organe)
Pneumocoque Meningocoque
10 Pseudomonas Staph aureus

Différents syndromes peuvent être causés par le même
pathogène
(Ex: Klebsiella causant 4 syndromes différents)
62 ans 57 yr old
Choc Pneumonie
septique nécrosante
Klebsiella Klebsiella
52 ans
Neutropénie 60 ans
fébrile Inf. Urinaire
haute
Klebsiella Klebsiella
11
PANELS BIOFIRE® FILMARRAY®
Respiratory Blood Culture Gastrointestinal Meningitis/ Pneumonia

Panels Identification Panel Encephalitis Panel
Panel Panel
Up to 22 27 22 14 34
Targets Targets Targets Targets Targets
•6 bacteria •15 bacteria semi-quantified

• 3-4 bacteria • 19 bacteria •13 bacteria
•3 atypical bacteria
• 17 viruses • 5 yeast •5 viruses •7 viruses
•8 viruses +MERS-CoV
• 3 antibiotic- •4 parasites •1 yeast .
•7 antibiotic-resistance
Pathogens target number varies between
FilmArray RP1.7, FilmArray RP2+, and resistance genes genes
FilmArray RP EZ.
CE IVD and FDA-cleared
12
PANEL GASTRO-INTESTINAL (GI)
FDA 2014
22 pathogènes
Bactéries: Protozoaires:
Aeromonas Cryptosporidium
Campylobacter Cyclospora cayetanensis
Clostridium difficile (Toxin A/B) Entamoeba histolytica
Plesiomonas shigelloides Giardia lamblia
Salmonella
Vibrio Virus:
Vibrio cholerae Adenovirus F 40/41
Yersinia enterocolitica Astrovirus
Norovirus GI/GII
Diarrheagenic E. coli / Shigella Rotavirus A
E. coli O157 Sapovirus
Enteroaggregative E. coli (EAEC)
Enteropathogenic E. coli (EPEC)
Enterotoxigenic E. coli (ETEC)
Shiga-like toxin-producing E. coli (STEC) Shigella/Enteroinvasive E.
coli (EIEC)
Sample Type: Selles sur Cary Blair/Tampon phosphate saline (TPS°

13
PANEL RESPIRATOIRE 2 PLUS (RP2 PLUS)
FDA 2017
22 pathogènes
Viruses Parainfluenza 1
Adenovirus Parainfluenza 2
Coronavirus HKU1 Parainfluenza 3
Coronavirus NL63 Parainfluenza 4
Coronavirus 229E Respiratory Syncytial Virus
Coronavirus OC43
MERS-CoV (MERS coronavirus) Bacteria
Human Metapneumovirus Bordetella pertussis
Human Rhinovirus/Enterovirus Bordetella parapertussis
Influenza A Chlamydophila pneumoniae
Influenza A/H1 Mycoplasma pneumoniae
Influenza A/H3
Influenza A/H1-2009
Influenza B
Echantillon: Ecouvillon Nasopharyngé dans un milieu de transport
14
INDICATIONS RP (1/3)
Présence de signes de gravité lors de l’examen clinique :
Constantes vitales :
1. Altération des fonctions supérieures (trouble de la conscience)
2. Fréquence respiratoire > 30 cycles/min
3. Tension artérielle systolique < 90 mmHg
4. Fréquence cardiaque > 120 battements/min
5. Température < 35°ou ≥ 40°
Signes associés : Pneumonies en Réa

PAC sévères
Tirage / Marbrures / Cyanose
36% avaient une infection virale
Mortalité associée à une infection virale ou
Scores (CURB65, CRB65, ATS) bactérienne comparable
Choi et al. Am J Respir Crit Care Med 2012;186:325–332
Wiemken et al., Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2013;32:705–710
20% des PAC sont associées à une co-infection

virale (grippe+++)
Johnstone J, Chest 2008
Sangil A, Eur J Clin Microbio Infect 2012
Muscher D, NEJM 2014
15
Pour les formes atypiques (en particulier chez le sujet âgé ou les patients
immunodéprimés (atténuation des symptômes liée à moins de réaction
inflammatoire) :
Toux fébrile
Fièvre inconstante ou isolée
Révélation par la décompensation d’une comorbidité (insuffisance cardiaque,
déséquilibre diabétique, etc…)
Révélation par des troubles du comportement
Présence de signes extra-respiratoires : anorexie/asthénie, signes digestifs,
arthro-myalgies, signes neurologiques
16
Analyser le contexte et le terrain :
Immunodéprimés :
 Splénectomie
 Infection chronique à VIH
 Transplantés (Organes solides, Cellules souches hématopoïétiques)
 Pathologie auto-immune, TTT immunosuppresseur (CTC)
-Immunocompétents :
 Enfants
 Sujet âgé > 65 ans
 Comorbidités associées (IC, AVC/AIT, IRC, IH, diabète, BPCO,
drépanocytose)
17
PANEL MÉNINGO-ENCÉPHALITE (ME)
FDA 2015
14 pathogènes
Bactéries: Virus: Fungus
S. pneumoniae Enterovirus Cryptococcus neoformans / gattii
N. meningitidis HSV-1/2
S. agalactiae HHV-6
H. influenzae CMV
L. Monocytogenes VZV
E. coli
Parechovirus
Echantillon: 200 µl (4 “gouttes”) LCR
18
RECOMMENDATION SPILF 2017*
La biologie de recherche étiologique du LCS (Méningo-encéphalite)
Examen bactériologique standard

PCR HSV, VZV et entérovirus impératives avec un
résultat dans les 48 heures
Recherche de BK si négativité des PCR précédentes
ou très forte suspicion clinique ou épidémiologique
Rappel: Méningites bactériennes à culture négative ( 30%)

• Fragilité bactérienne (méningocoque)
• Délai de transport
• Traitement antibiotique précoce
• Inoculum faible
*J.P. Stahl et al. Médecine et maladies infectieuses 47 (2017) 179–194
19
DEUX SITUATIONS INTERELIEES ET
FREQUENTES EN USI
Cause #1 du Sepsis
Cause #1 des pathologies infectieuses en USI (PAVM)
Pneumonies nosocomiales: cause la plus importante des
infections nosocomiales
Infections respiratoires est la 2e cause des hospitalisations
après les pathologies cardiaques (US)
20
PANEL BLOOD CULTURE IDENTIFICATION (BCID)
SEPSIS
FDA 201313
25 pathogènes + 3 résistance gènes 27 Cibles
Bactéries Gram +: Bactéries Gram - : Candidas:

Enterococcus A. baumannii C. albicans
L. monocytogenes H. influenzae C. glabrata
Staphylococcus N. meningitidis C. krusei
S. aureus P. aeruginosa C. parapsilosis
Streptococcus Enterobacteriaceae
C. tropicalis
S. agalactiae Enterobacter
S. pyogenes cloacae complex
S. pneumoniae E. coli
K. oxytoca
Résistance aux K. pneumoniae
Antibiotiques: Proteus
mecA S. marcescens
Van A/B
KPC
Echantillon: Hémoculture positive: 0,2mL
21
Quelles evidences scientifiques? Effect of Mol Rapid Dgx
testing on clinical outcomes in BSI : Review & Meta Analysis
31 études (5920 patients) Timbrook, CID 2016
Risque de mortalité significativement diminué lorsqu’une technique

multiplex rapide est utilisée : Odd Ratio 0,66 (p < 0,001) (0,64 avec ASP
et 0,72 sans ASP (ns))
Pour les Gram + : OR 0,73 (p = 0,03)
Pour les Gram - : OR 0,51 (p = 0,002)
-2,5
jours
Durée de séjour
P < 0,00001
22
BIOFIRE FILMARRAY® PNEUMONIA PLUS
(PN PLUS) PANEL
23
ANALYSE DE CORRELATION AVEC LA CULTURE
FA limit of « reporting »
 100% correlation between BioFire and reference molecular biology methods
 Comparing BioFire with culture we see a shift : FA is more sensitive

(usually 1-2 log above…sometimes 3)
24
TAUX DE DETECTION EN EVALUATION CLINIQUE
BAL : 187 (22%) more positives

Sputum : 228 (27%) more positives
25
ILLUSTRATION
Cas #1
Courtesy of: http://www.idimages.org/
Homme de 60 ans,
Charpentier retraité
ATCD: BPCO, pacemaker,
Cirrhose Child’s B (alcool),
gros fumeur
Fièvre 39 C la veille dan sle
service de medecine,
hemoptysie
Detresse respiratoire severe,
ictère
Admission T= 35.6°,
TA=90/50, P=100, FR=30
NFS (GB)=14 700 (91% PNN),
Plts=114,000, Cr=18, INR=1.4
GDS: pH 7.34, O2=54 et
CO2=46
Large infiltrat Admis USI
lobaire droit Intubé et ventillé
27
Traitement:
-Piperacillin/tazobactam & une dose de Genta (Pas d’amelioration)
-Résulats crachats J2-J3: K. pneumoniae et J3-J4: labo vous informe que le
germe est que c’est un K. pneumoniae BLSE
-Changement ATB: Meropenem (stabilization puis amelioration à partir de J6)
-Sortie J16
CE QUI AURAIT CHANGE AVEC LE PANEL
 Biofire Panel Penumonie (aspirations trachéales) et identification

amélioration K. pneumoniae /CTX-M gene (BLSE): Meropenem
dès les premières heures de la prise en charge (J1)
 « ATBpie large spectre » ne couvre pas un certain nombre de
pathègnes résistants VRE, BLSE et Carbapenemases
 Détection de la présence de certains gènes de résistance,
mais ne prédit pas nécessairement la réponse à certains
antibiotiques
CAS #2
Courtesy of: Dr P Senthur Nambi, Apollo Hospitals, Chennai
Homme de 40 ans
Pas d‘atcdt médical notable, aucun traitement, pas de contact avec

une personne malade, pas de voyage récent
Céphalées et fièvre depuis 8 jours; admission suite à des

convulsions
Examen: alerte, orienté, fièvre à 38°C; pas de signe neurologique

de focalisation; Score Glasgow=12
Biologie:
• Hb 11; NFS Leucocytes 10 400 (N70% L 20%); Plts 130 000
• Iono: Normal
• IRM cérébrale+ contraste: renforcement leptoméningé léger sans lésion en T1
• LCR: Ptn 240 (↑↑) Glu 40 (sérum=180) Leucocytes=240 (N 45% L 55%)
Coloration Gram négative PCR HSV négative
29
INVESTIGATIONS COMPLEMETAIRES &
EVOLUTION
Evolution
Traitement empirique: ceftriaxone, doxycycline, acyclovir
Pas d’amélioration à J7; toujours fébrile; convulsions répétées;
SG=5
2e Ponction lombaire à J 7
Investigations
LCR:
• Ptn 440 (↑↑↑) Glu 15 WBC=450 (N 20% L 80%)
• GeneXpert MTB/RIF® négatif
• Frottis fongique négatif
Modification traitement
• Antibiotiques & antiviral maintenus (ceftriaxone, doxycycline, acyclovir)
• Antituberculeux introduits (HRZ)
Syndrome: méningo-encéphalite - idiopathique
30
Panel ME réalisé
Patient a débuté
amphotericine B
& 5-FC
(Flucytosine)
Amélioration
clinique
Test VIH+
CONCLUSION
Présentations cliniques syndromiques sont très courantes et
requièrent une approche diagnostique syndromique afin d’être
efficient vis-à-vis du patient et du système de santé
Les syndromes sont causés par tous les types de pathogènes:

bactéries, virus, champignons et parasites. Les approches doivent
toutes les considérer.
Panels syndromiques BioFire ont démontré un flow de travail

amélioré au labo, amélioration de la prise en charge des patients, ,
rapports couts-efficaces et renforcement contrôle des infections
Panels additionnels en développement
33
INTRODUCTION À L’APPROCHE SYNDROMIQUE BIOFIRE® :
UNE SOLUTION MOLÉCULAIRE FACILE, RAPIDE ET ÉTENDUE
DANS LE DIAGNOSTIC DES MALADIES INFECTIEUSES
Nesrin BEN SALEM

Molecular Biology Product Manager Africa
ATR Nov 2019 - Tunisie

TRADITIONAL VS. TEST SYNDROMIQUE
35
UN SEUL SYSTÈME TOTALEMENT INTÉGRÉ
SOLUTION « ALL IN ONE »
Résultats après 45mins à une 1h
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Manip. 2 min
Test :45-65 min
Manip. 30-90 min

Test : 2 à 6 h
36
EXTRACTION, AMPLIFICATION ET DÉTECTION
D'ÉCHANTILLONS: TOUT EST DANS LA MEME POUCHE
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65 minutes
run-time
7.
5.4.
6.2.
1. Each
8.3. An well
Nucleic
Nucleic
Products
First-stage
Sample
The isPCR
acids
acids
elution
from pre-spotted
moves
FilmArray move
bound
buffer
the to
products
into by with
the
first-stage
removes
lysis
performs are aadded
magneticsingle
first-stage
achamber.
purified
PCR
melt toare pair
PCR
beads
Cells
to of
nucleic
diluted
fresh
confirm and second-stage
chamber.
moveacidsfrom
master
thetopathogens
remove
from
mix
presence Reverse
thethe
any
andPCR
lysis
are
or are
lysed
primers,
beadresulting
transcriptase
chamber
remaining
aliquoted
by
magnetic
absence into
beating,
PCR
of each inreleasing
converts
tobeads
theprimersspecific
well
assay-specific target
purification
of theamplification
RNA
arraytoacids
chamber.
nucleic
temperature DNA, of followed
A wash target DNA
buffer
signatures bytheonly.
ofremoves A
a high-order
second
fluorescent
multiplex
cellular
stage PCRand double-stranded
PCRpathogen
product eachDNA
fordebris wellbinding dye monitors each reaction
in the array
37
LES INSTRUMENTS FILMARRAY
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réinsérer.
38
RAPPORTS FACILES À LIRE
Le logiciel FilmArray traite les données et attribue une notification de positif ou

négatif pour chaque pathogène, fournissant les résultats dans un seul rapport
simple et facile à lire.
39
LA METHODE LA PLUS RAPIDE D'OBTENIR DE
MEILLEURS RÉSULTATS
40
BIOFIRE FILMARRAY® RESPIRATORY 2 PLUS
(RP2 PLUS) PANEL
7 Data on File at bioFire Diagnostics
41
BIOFIRE FILMARRAY® PNEUMONIA PLUS
(PN PLUS) PANEL
42
BIOFIRE FILMARRAY® BLOOD CULTURE
IDENTIFICATION (BCID) PANEL
8. Data on File (bioFire Diagnostics).
43
BIOFIRE FILMARRAY
GASTROINTESTINAL (GI) PANEL
8 Data on File at bioFire Diagnostics
44
BIOFIRE FILMARRAY® MENINGITIS /
ENCEPHALITIS (ME) PANEL
7 Data on file at bioFire Diagnostics
45
CONCLUSION
46
CONCLUSION
47

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Qu’est ce que c’est l’approche syndromique rapide?

Pourquoi les cliniciens ont besoin de l’approche

Panels syndromiques BioFire: Respiratoire, Gastro-

Illustration: approche syndromique & bénéfices

3 EPIC Study. Jain S et al. N Engl J Med 2015; 373:415-427

Goff DA, et al. Pharmacother. 2012.

Prévalence élevée de la prescription des ATB:

Pneumonies nosocomiales sont

Augmentation incidences des MDRO

Augmentation coûts de santé

Effets secondaires (C. difficile)

Eili Y. Klein et al. PNAS 2018;115:15:E3463-E3470

Single-step molecular cartridge-

Highly multiplexed single-step

Capacité de tester simultanément une

Prélèvement unique de LCR

Identification par le test de XX pathogènes (bactéries, virus,

Des pathogènes différents peuvent causer le même

Des syndromes différents peuvent être causés par

10 Pseudomonas Staph aureus

Respiratory Blood Culture Gastrointestinal Meningitis/ Pneumonia

•6 bacteria •15 bacteria semi-quantified

CE IVD and FDA-cleared

Sample Type: Selles sur Cary Blair/Tampon phosphate saline (TPS°

Echantillon: Ecouvillon Nasopharyngé dans un milieu de transport

Présence de signes de gravité lors de l’examen clinique :

Signes associés : Pneumonies en Réa

20% des PAC sont associées à une co-infection

Analyser le contexte et le terrain :

Echantillon: 200 µl (4 “gouttes”) LCR

La biologie de recherche étiologique du LCS (Méningo-encéphalite)

Examen bactériologique standard

Rappel: Méningites bactériennes à culture négative ( 30%)

Bactéries Gram +: Bactéries Gram - : Candidas:

31 études (5920 patients) Timbrook, CID 2016

Risque de mortalité significativement diminué lorsqu’une technique

Pour les Gram + : OR 0,73 (p = 0,03)

Pour les Gram - : OR 0,51 (p = 0,002)

 100% correlation between BioFire and reference molecular biology methods

 Comparing BioFire with culture we see a shift : FA is more sensitive

BAL : 187 (22%) more positives

 Biofire Panel Penumonie (aspirations trachéales) et identification

Pas d‘atcdt médical notable, aucun traitement, pas de contact avec

Céphalées et fièvre depuis 8 jours; admission suite à des

Examen: alerte, orienté, fièvre à 38°C; pas de signe neurologique

Syndrome: méningo-encéphalite - idiopathique

Les syndromes sont causés par tous les types de pathogènes:

Panels syndromiques BioFire ont démontré un flow de travail

Panels additionnels en développement

Nesrin BEN SALEM

ATR Nov 2019 - Tunisie

Résultats après 45mins à une 1h

Manip. 30-90 min

Impossible d'afficher l'image. Votre ordinateur

Impossible d'afficher l'image. Votre ordinateur

Le logiciel FilmArray traite les données et attribue une notification de positif ou

7 Data on File at bioFire Diagnostics

8. Data on File (bioFire Diagnostics).

8 Data on File at bioFire Diagnostics

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