Cours Microbiologie

1ère Année Résidanat

En Microbiologie

Année 2020 - 2021 Escherichia coli

Pr. Z.GUECHI
I) – HABITAT ET CLASSIFICATION

Les E. coli sont des hôtes normaux de l’intestin de l’homme

et des animaux. Chez l’homme, les E. coli représentent 80% de la flore normale
aérobie.
On les retrouve également dans les milieux extérieurs
(sol, eaux) où ils sont le témoin d’une contamination fécale.
Les Escherichia coli font partie du genre Escherichia qui
comprend 6 espèces.
- E. coli.
- E. coli inactive.
- E.fergusonii.
- E. hermani.
- E. Vulneris.
- E. blattae
– CARACTERES BACTERIOLOGIQUES.
II1) – Morphologie.
. Petits bacilles gram (-) à coloration bipolaire.
. Ils sont mobiles grâce à une ciliature péritriche.
II2) – Caractères culturaux.
. La température optimum de culture est de 37°c. ils peuvent se multiplier entre
10 et 45°c.
. Sur milieu gélosé ordinaire, les colonies sont lisses, arrondies parfois on a des
colonies d’aspect muqueux.
. En bouillon, on obtient en 24 heures un trouble abondant et homogène.
. Ils sont sensibles au chlore mais résistant au vert brillant et au tetrathionate.

II3) – Caractère biochimiques.

- Fermentent le glucose avec production de gaz.

- Les produits terminaux sont des acides mixtes : RM (+)
et VP (-).
- Dégradent le lactose. Ils sont ONPG (+).
- Dégradent le saccharose.
- Ils sont indole (+) et LDC (+).
- Ils n’utilisent pas le citrate comme seule source de
Carbonne  Citrate de simons (-).
- Ils sont T.D.A. et urée (-) et H2S (-).
Aspect sur T.S.I. Culot jaune avec gaz pente jaune.
N.B. : Certains souches, par mutation peuvent être indole (-) ou par acquisition
de plasmide peuvent être H2S (+).
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 II4) – Structure antigénique des E. coli.

II4 1) – Ago : Somatique = L.P.S. Thermostable ; à l’heure actuelle

environ 173 Ago ont été identifiés.
II4 2) – Ag H : Flagellaires : thermolabiles 56 Ag H ont été identifiés.
II4 3) – Ag d’enveloppe ou de capsule.
Ils sont de 02 types :
– Ceux de nature polysaccharidique retrouvés au niveau d’un pseudo
capsule. Ils masquent les AgO et les rendent inagglutinables ; autrefois,
ils étaient subdivisés en Ag L. A et B actuellement, ils portent tous la
dénomination d’Ag K. néanmoins, dans les sérums commercialisés on continue
de mentionner l’ancienne dénomination.
On a identifié environ 80 Ag K.
– Ceux de nature protéinique = antigènes de fimbriae ou pili.
– Ag des pili communs – mis en évidence par agglutination de
GR, des Cobaye, Mouton, cheval, Homme, Cette HA est inhibée par le mannose
= elle est dite mannose sensible.
-Ag d’adhésions :
Rendent les souches hemmaglutinantes. Cette HA est mannose résistante.
On a identifié :
Ag K 88 + Fréquent chez les E. coli enteropathogènes pour le porcelet.
Ag K 99 = Fréquent chez les E. coli enterpathogènes pour le veau.
CFAI et CFAII (colonisation facteur antigène) retrouvés chez les
souches enterotoxinogènes isolées chez l’homme permettent aux souches
d’adhérer à la muqueuse intestinale ==> Rôle dans la pathogénicité.
CFAI = HA les GR humains de groupe A à la température du labo.
CFAII = agglutinent les GR de bovins à + 4°c.
-Adhésine de type PAP (Pyélonéphrite associated pili) Dont le
récepteur est le D galactose. Il existe plusieurs spécificités antigéniques.
-Adhésine de type AFA (A fimbrial adhésine) dont le récepteur
est non identifié.
-Adhésine de type SFA dont le récepteur est le α sialyl galactose
= HA les GR humains et bovins (contrairement au PAP qui n’agglutinent que
les GR humains).

Ces 3 derniers Ag d’adhésion sont fréquemment rencontrées chez les souches

d’E. coli. responsables d’infection urinaire. Ils auraient un rôle dans la
pathogénicité de ces souches.

II4) - Antigène M = Retrouvé chez les bactéries donnant des

cultures mucoïdes.

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III) – PRODUITS ELABORES
Ceux ayant un rôle dans la pathogénicité, on distingue
III.1 – HEMOLYSINE β : aurait un rôle dans les infections urinaires
hautes.
III.2 – LES COLICINES V (bactériocines, d’origine plasmidique)

III.3 – TOXINES.
III.3 a : Toxines thermolabiles : LT. se subdivisent en toxins
LT1et LT2
- LT1 : de nature protéinique constituée de sous unité A et sous unité B.
Elle a la même antigénicité et la même activité biologique que l’enterotoxine
cholérique (T.C) mais à la différence de la T.C qui est entièrement excrétée dans
le milieu, la LT1 est localisée au niveau de l’espace periplasmique et seule une
partie est excrétée dans le milieu.
Elle est d’origine plasmidique : elle a le même récepteur que la T.C. à savoir le
GM1 ganglioside et le galactoproteine chez le lapin.
Elle peut être mise en évidence soit sur culture cellulaire : cellule Cho, vero et
Y1 ou sur intestin ligaturé de lapin.
Elle peut être mise en évidence par ELISA (on peut utiliser des Acps anti T.C.)
- LTII : diffère antigéniquement de la LTI mais a la même activité biologique.

Elle semble d’origine chromosomique.

III3b – Toxines thermostables : ST
Elles sont de faible poids moléculaire et peu immunogènes.
On distingue une STA et STB = STI et STII.

STA : d’origine plasmidique.

Elle est soluble dans le méthanol.
Elle agit par activation de la guanylate cyclase provoquant une augmentation de
la guanosine monophosphate.
Elle est peu immogène ; à l’état pur nécessité de l’associer à la sérum albumine
bovine pour avoir une réponse en production d’anticorps.
Elle est détectée sur souriceau nouveau né : injecter par voie gastrique.
 provoque une accumulation de liquide intestinal : peser les intestins et le
corps et déterminer le rapport poids intestin / poids du corps comparer à un
témoin négatif.
Elle est active sur l’intestin ligaturé de porcelet nouveau né mais pas sur porcelet
sevré.
STB : d’origine plasmidique
Se distingue de STA par le fait qu’elle est inactive sur souriceaux
nouveaux nés.
. Active sur porcelet âgé de quelques jours à quelques semaines.
Son mécanisme d’action est inconnu
. Elle est insoluble dans le méthanol.

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III 3c – Shigatoxine (STx) ou Verocytotoxines (V.T)

Produites par différents sérotypes dont :

- Stéréotypes : O 157 : H7 = le plus fréquent.
O 111 : H4
O 113 : H21
O 104 : H4 (Epidémie Allemagne en 2011)
On distingue deux toxines :
- STx1 (Shiga Toxine 1)
- STx2 (Shiga toxine 2) qui se subdivise en STx2a etSTx2c
Ce sont des exotoxines de nature protéique, elles sont d’origine plasmidique :
leur synthèse est codée par respectivement les gènes stx1 et stx2 d’un phage
tempéré ; elles sont antigéniquement différentes :
- STx1 : Son effet cytopathique est neutralisé par anticorps antitoxine de
Shigella dysenteriae.
- STx2 : n’est pas neutralisée par Acp antitoxine de Shigella.
La majorité des souches produisent STx2 seule ou avec ST1. Peu produisent
uniquement ST1.
Structure et Mode d’action
La molécule de toxine est une AB5 = 01 sous unité A et 05 sous unité B.
A = Responsable de l’activité biologique.
B = Responsable de la fixation aux récepteurs qui sont le globotriosylceramide
(Gb3). Pour certains variants STx2 Il s’agit du globotetrasylceramide (Gb4).
Ce Gb3 est retrouvé au niveau des entérocytes et du tissu rénal.
s/u A : à un poids moléculaire de 30 KDa.
s/u B : constitue par un pentamère de 5 u B de poids 7KDA.
Une fois fixé sur le récepteur, le complexe STx – récepteur est internalisé et
localisé dans l’endosome, il est ensuite transporté jusqu’ au réticulum
endoplasmique là, la s/u A est détachée grâce à sa protéase libérant la partie
enzymatique active, la s/u A1 ; dans le cytoplasme.
Cette partie A1 qui a une activité N glycosidase va exercer son action au niveau
des ribosomes : elle inhibe la synthèse des protéines par blocage de
l’élongation peptidique de la cellule hôte, ce qui entraine la mort de la cellule
ou une réponse inflammatoire dans le tissu qui reste viable.
IV– POUVOIR PATHOGENE D’E. COLI
E. Coli est responsable.
IV1 : D’infections extra digestives :
. Urinaire (80% des infections urinaires)
. Méningites – Septicémie (E. coli K1 responsable d’infections
néonatales).
IV2 : Infections digestives : diarrhée aigue
Dues à des E. coli ayant certaines particularités. On distingue.

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 Entérites épidémiques du nourrisson dont sont responsables les E.P.E.C.
(entéropathogéne E. coli) ces E.P.E.C. se distinguent des autres E. coli par leur
structure antigénique et ne sont pathogènes que pour les enfants âgés de moins
de 02 ans.
12 sérovars sont à l’heure actuelle incriminés. Leur mécanisme de pathogénicité
n’est pas connu.
N.B. : Ces E.P.E.C. sont en fait dénommés communément E. coli G.E.I.
(Gastroentérites infantiles)
Syndromes cholériformes : retrouvés aussi bien chez l’enfant que chez
l’adulte : ils sont dus aux E. COLI dites E.T.E.C. (Enterotoxinogène E. coli)
Ces souches d’E. Coli ont la propriété d’excréter la toxine LT et / ou ST.
Le syndrome diarrhéique est dû à l’action des toxines.
Syndrome dysentériforme : dus aux E. coli dits E.I.E.C. (enteroinvasives
E. coli) : le mécanisme de pathogénicité est dû au pouvoir invasif des E. coli. Ils
pénètrent dans les cellules des muqueuses intestinales et provoquent des
ulcérations ; ce pouvoir pathogène est mis en évidence par le test de Sereny :
injectés dans l’œil de cobaye les germes vont provoquer une conjonctivite.
Colites hémorragiques et syndrome hémolytique urémique (SHU) : dus aux
Escherichia coli productrice de shigatoxine (ST. E. C. ou VT. E.C) dont le
sérotype O157. H7 qui est sorbitol (-) contrairement aux autres E. coli qui dans
95% de cas sont surbitol (+) après 24 heures. le pouvoir pathogène de ces
souches est dû à la production de verotoxines.
Trois jours après ingestion de germes on observe une diarrhée
Modérée et des douleurs abdominales ; 03 jours plus tard, apparition de
Diarrhée sanglante souvent accompagnée de fièvre. Durant cette phase de
diarrhée sanguinolente, les shigatoxines sont absorbées au niveau du l’intestin et
vont pénétrer la circulation sanguine et s’attaquer au rein en se fixant aux
récepteur GB 3 très nombreux au niveau des cellules endothéliales
Le syndrome hémorragique urémique va apparaître 4 jours après la colite
hémorragique. Le SHU est défini pas l’association de la survenue brutale d’une
anémie hémolytique, d’une thrombopénie et d’une insuffisance rénale aigue ;
des complications neurologiques graves sont la principale cause de décès.
2 à 10% de sujets atteints vont développer un SHU. L’incidence la plus élevée
est observée chez les enfants âgés de moins de 05 ans. Le taux de mortalité est
de 03 à 05%.
Les antibiotiques ne sont pas recommandés avant l’apparition des diarrhées
sanguinolentes car risque de libération de grandes quantités de toxines.

Les premiers cas de ce syndrome ont été observés en 1982 aux USA à l’occasion
de deux épidémies de diarrhée sanglante liées à la consommation de hamburgers
contaminés aux Etat – Unis (maladie des hamburgers).
Dans la majorité des épidémies, une transmission par l’alimentation d’origine
bovine était en cause.

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E. coli O157.H7 est présent dans les intestins d’environ 1% du bétail sain.
La viande peut être contaminée durant l’abattage et le fait de hacher la viande
peut déplacer les bactéries de la surface vers l’intérieur.
Si la viande est insuffisamment cuite, la bactérie peut survivre.
La consommation de produits au lait cru a également été responsable
d’épidémie. D’autres véhicules alimentaires ont été identifiés. Le cidre et
le jus de pomme fabriqués à partir de fruits tombés et non lavés ainsi que
des légumes consommés crus et contaminés par des selles animales ont aussi
impliqués. La transmission hydrique est également possible. La transmission
de personne à personne est possible.
La dose infectante est très faible (02bactéries par 25g d’aliment).
D’autres sérotypes producteur de STx peuvent être responsable du SHU : cas du
sérotype O104 : H4 responsable d’une épidémie en Europe en 2011 où l’origine
de la contamination n’était pas la viande.
Diarrhées persistantes à E. coli entero- agrégative (E.A.E.C) :
Ces E. coli sont caractérises par le fait qu’ils adhèrent les uns aux autres et
s’agrègent en forme d’amas de briques après leur attachement aux cellules
HEP-2.
Au niveau de l’intestin, elles adhèrent aux muqueuses intestinales,
provoquent l’augmentation de la sécrétion du mucus par la muqueuse et il
s’ensuit la formation d’un biofilm (bactéries – mucus) ; en même temps il y a
production d’entérotoxines, de cytotoxine et stimulation de la production IL8
d’où l’inflammation.
Sur le plan moléculaire, les gènes qui codent pour ce phénomène d’agrégation
sont portés par un plamide (P.A.A.) sur lequel sont localisés de nombreux gènes
dont celui de l’enterotoxine thermolabile, des fimbriae I et II et de la protéine
anti – agrégation.
L’infection, qui touche surtout les enfants de moins de 02ans mais aussi
les adultes, est caractérisée par une diarrhée avec émission de selles aqueuse,
mucoides parfois sanguinolentes ; il y a peu ou pas de vomissement et une
température peu élevée, cette diarrhée est souvent persistante chez les enfants et
les immunodéprimés tels que les sidéens. Cette persistante serait due a la
formation de biofilm.

IV. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUES DES INFECTIONS A

E. COLI.

Diagnostic des infections entériques.

Se fait par coproculture
Vu que les E. coli constitue 80% de la flore normale aérobie, intestinale,
le diagnostic d’infections entériques va reposer sur la recherche des caractères
particuliers des E. coli enteropathogènes : il est nécessaire de repiquer au moins
une dizaine de colonie à partir des milieux d’isolement des selles ainsi, pour :

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- Le diagnostic des G.E.I. : Rechercher l’agglutination avec l’un des sérums
correspondants aux 12 serovars incriminés.

- Les diagnostics des E.T.E.C. : mettre en évidence la production d’enterotoxine

LT et /ou ST. En fait vu les difficultés techniques, ce diagnostic n’est pas
d’usage courant dans les laboratoires.

- Le diagnostic des colites hémorragiques : il est en fait orienté par l’aspect

macroscopique des selles. Rechercher les E. coli qui sont sorbitol négatif
diagnostic d’orientation) et de structure antigénique O157 H7 ou mettre en
évidence par biologie moléculaire les gènes stx1 et stx2 seul moyen de
diagnostiquer les infections du au autres sérotypes producteurs de STX.

- Diagnostic des diarrhées à E.A.E.C. : coproculture : on prend 4 a 5 colonies et

on en infecte des cellules HEP-2 après 3h, on observe l’adhésion agrégative : ce
test est le glod standard.
N.B : Le sérotypage n’a pas d’intérêt du fait qu’ils sont agglutinés les uns aux
autres et parfois rough
* par PCR en utilisant l’amorce C.V.D432.

-Diagnostic des infections extradigestives :

Le diagnostic des infections extradigestives dépendra de la localisation de
l’infection (urinaire – méningée..) chaque résultat sera interprété en fonction de
la nature de prélèvement