Diagnostic bactériologiques des

infections respiratoires
 Infections respiratoires basses
Objectifs
• Réunir les éléments simples caractérisant les entités nosologiques :
pneumopathie et bronchite

• Enumérer les éléments de bases de leur physiopathologie ayant des

implications dans la transmission, le diagnostic et la prophylaxie.

• choisir les prélèvements pertinents pour la mise en évidence des

microorganismes.

• isoler et Identifier le ou les bactéries à partir des sécrétions broncho-

pulmonaires: germes atypiques et mycobactéries t exclus

• Interpréter les résultats de ces prélèvements et poser le diagnostic

étiologique d’une pneumopathie: Différencier les pathogènes des
commensaux.

• Choisir les antibiotiques naturellement actifs sur les isolats et en tester leur
activité in vitro sur les souches impliquées
 Infections respiratoires basses
Définition
Ensemble de maladies respiratoires sous-glottiques aiguës :

 Toux associée immédiatement ou secondairement à une

expectoration
 Au moins un signe fonctionnel ou physique orientant vers une
atteinte respiratoire basse : dyspnée, douleur thoracique,
sifflement, signes auscultatoires récents en foyer ou diffus
 Au moins un signe général suggérant une infection :
fièvre, sueurs, céphalées, myalgies, arthralgies, mal de gorge
ou "rhume"
 Infections respiratoires basses: formes cliniques
• La bronchite et la bronchiolite, par
définition, touchent les bronches sans
atteinte parenchymateuse.

• l’exacerbation aigue sur des bronches

pathologiques : la bronchopathie chronique
obstructive (BPCO), la dilatation des
bronches, la mucoviscidose

• La pneumopathie touche le parenchyme

pulmonaire, c’est-a-dire les alvéoles
pulmonaires et les structures organiques
(tissus interstitiel) qui les entourent.
 Infections respiratoires basses: formes
cliniques
 les atteintes bronchiques:
• Bronchites aiguës: Fièvre peu élevée – auscultation normale ou râles
bronchiques diffus.
 Surinfections de BPCO
(50 % des exacerbations)
 Surinfections de DDB (rares)
• Les atteintes pulmonaires: Fièvre >38,5°C - douleur thoracique – râles
crépitant en foyer
• Pneumopathies alvéolaires a foyer systématise : pneumonie franche lobaire
aigue (PFLA).
• Pneumopathie interstitielle constituée d’opacites diffuses
• Abcès pulmonaires (secondaires aux pneumopathies)
• pleurésie purulente
 INFECTIONS RESPIRATOIRES BASSES : Facteurs de risque

INFECTION

Capacité d ’épuration microbienne dépassée

Virulence microbienneVolume inoculum Hôte

Age Immunodépression

non VIH VIH+

• Institutionnalisation
• Tabagisme
• Alcoolisme
• Dénutrition
• Maladies chroniques
• Facteurs environnementaux
• Granulopénie
• Déficit ß-lymphocytes
• Déficit T-lymphocytes
• Déficit complément
• Splénectomie (asplénie)
Infections respiratoires basses:
Problématique
 Agents responsables variés: Virus+++, bactéries,
champignons, parasites
 Pas de tableau clinique ou radiologique
suffisamment sensible et spécifique pour prédire le
micro-organisme responsable
 Pas d'examen permettant d'obtenir, en pratique
courante, un diagnostic microbiologique rapide et
fiable
 Pas de molécule permettant de couvrir l'ensemble
des bactéries potentiellement en cause avec un
rapport bénéfice/risque favorable et un recul
d'utilisation suffisant
 Importance pronostique d'un traitement initial
adapté et rapidement mis en œuvre
Infections respiratoires basses
Problématique
 DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DES
PNEUMOPATHIES

• Grande diversité des agents pathogènes

• Difficulté d ’ accès au foyer infectieux
• Risque élevé de contamination oro-pharyngée

 50% étiologie inconnue

 Indications du diagnostic
bactériologique
• Conférence de consensus SPILF 2006: Diagnostic n’est pas
systématique
• Antibiothérapie probabiliste instituée d’emblée, évaluée après 72H
• Bactériologie si complication  Adapter l’antibiothérapie:
 tests sensibles et spécifiques
 ETIOLOGIES BACTERIENNES
• Germes / contexte de survenue
– pn. communautaires  Pn. nosocomiales
– Pn. de l ’enfant  Pn. de l ’adulte
– Pn . immunocompétent  Pn. immunodéprimé
– Terrains particuliers:
– mucoviscidose
– Bronchitiques chroniques

Pneumonies alvéolaires: opacité homogène de

grande taille (pneumocoque, K.pneumoniae,
L.pneumophila)
Bronchopneumonies: L’atteinte est plurifocale,
bilatérale, homogène prédominant aux bases. Les
lésions sont nodulaires parfois confluantes (S.aureus,
H.influenzae, P.aeruginosa )
Pneumonies interstitielles: nombreux nodules aspect
 Radiographie du thorax
Pneumonie alvéolaire Pneumonie interstitielle

Opacité parenchymateuse Infiltrats interstitiels bilatéraux

alvéolaire du lobe moyen droit
 Diagnostic des IRB

• Arguments cliniques: Histoire de la maladie, signes

fonctionnels, généraux et physiques.
• Aspect radiologique : RX du thorax
• Biologiques: NFS, VS, CRP, gaz du sang
• Microbiologiques: prélèvements broncho-
pulmonaires, hémocultures, Liquide pleural,
séroogie, Antigènes urinaires
• Histologiques:biopsies
• Pathogènes spécifiques: légionellose, tuberculose
 Prélèvements
• Difficulté du diagnostic des infections broncho-pulmonaires est
liée à l’obtention de prélèvements des voies aériennes inférieures
non contaminées par la flore oro-pharyngée.
• Les principales espèces responsables de pneumopathies peuvent
être présentes à l’état commensal dans l'oropharynx.

– Eliminer les prélèvements salivaires.

– Recourir à des méthodes invasives plus fiables.
– Recueillir des sécrétions avant toute antibiothérapie.
– Prélèvements acheminés rapidement au laboratoire.
– Pneumopathies graves, examens bactério in situ complétés
par des Hémocultures.
 Prélèvements
Prélèvements broncho-pulmonaires

Invasifs(LBA, PTP) Non invasifs(ECBC,

aspiration broncho-pulmonaire

Autres Prélèvements

Hc,LP Sérum Urines

 Prélèvements pulmonaires non protégés

 Expectorations: ECBC
(Examen cytobactériologique des crachats)

• Indiqué dans le diagnostic des surinfections de bronchites

chroniques, mucoviscidose, TBC
• Fait le matin au réveil à jeun après rinçage bucco-dentaire à
l’eau distillée stérile.
• Effort de toux aidé si besoin d’une kinésithérapie.
• Examen bactériologique doit être effectué sans délai (< 2H)
 Prélèvements pulmonaires non protégés

 Aspirations endo-trachéales

• Méthode alternative quand les techniques invasives sont

contre-indiquées.
• Fréquemment pratiquées chez le nourrisson.
• Contaminées par la flore oro-pharyngée.
 Prélèvements pulmonaires protégés
 LBA: Lavage Broncho-Alvéolaire
• Prélèvement réalisé sous fibroscope. (Fraction bronchique:
50ml et fraction alvéolaire: 150-200ml)
• Après blocage du fibroscope dans une broche, injecter 50-
ml de sérum physiologique (à 37°C) 4 à 6 fois et aspirer 20 à
60% de la quantité injectée
• Mini lavage: injecter 20-25ml et recueillir 2-3ml
• Prélèvements légèrement contaminés, explore une zone
plus étendue que le BBP/PTP et recueil d’une plus grande
quantité de sécrétions.
• Limite: degré d’insuffisance respiratoire
• Indiqué germes intra-cellulaires: Legionella, Nocardia, Mycobactéries,
virus, Pneumocystis, Aspergillus, Cryptococcus et Candida.
 Prélèvement distal protégé
Méthode de référence
 Brossage bronchique protégé/ P. trachéal protégé (BBP/PTP): dispositif
de Wimberley
• Brosse en nylon fixée à l’extrémité d’un guide métallique. Les 2 coulissant
à l’intérieur d’un cathéter.
• Cathéter placé à l’intérieur d’un second cathéter obturé par un bouchon
en PEG.
• La brosse ou cathéter est glissée au travers d’un fibroscope et dirigée sous
contrôle visuel dans le territoire pulmonaire radiologiquement suspect.
• La zone infectée est brossée ou prélevée
• La brosse ou cathéter sont coupés et récupérés dans 1ml de sérum
physiologique stérile adressé au laboratoire (<2H)

• BBP/PTP non ou peu contaminé et contient des cellules bronchiques

pouvant servir pour isoler des bactéries intracellulaires ou anaérobies .
 Autres prélèvements
• URINES
• HEMOCULTURES
• SANG TOTAL: sérologie
• LIQUIDE PLEURAL
 Examen microscopique
EXPECTORATION

• La technique décrite par Bartlett et adaptée par Murray et

Washington, permet d'apprécier le degré de contamination
par la salive.

• Elle consiste à examiner un frottis coloré par la méthode de

Gram ou au bleue de méthylène au microscope à
grossissement x 1 0 et à dénombrer en faisant une moyenne
sur 10 champs les cellules épithéliales et les leucocytes par
champ (après vérification de la morphologie à un
grossissement plus fort).

• Les résultats de l'examen microscopique permettent de

distinguer 5 classes de crachats :
 Différentes classes de crachats

Classe Cellules Leucocytes/champ

épithéliales/champ
1 > 25 <10

2 > 25 10-25

3 > 25 > 25

4 10-25 > 25

5 < 10 > 25
• 1 et 2 et 3: fortement contaminés par la salive. non utilisable pour la
culture.
• 4 : Acceptables.
• 5: les plus appropriés pour l'examen bactériologique. .

Flore associée: monomorphe, prédominance d’un morphotype…

 Examen microscopique
Aspiration - LBA

• Aspiration: même traitement que l’expectoration (cytologie et

bactériologie)
• Cyto-centrifugation: coloration: Gram, bleu de méthylène, MGG,
Ziehl, Immunofluorescence

PTP, BBP

• Frottis /cytocentrifugation
• Gram, MGG
 CULTURE
• Après fluidification et dilution des prélèvements, ensemencer sur:
 Gélose chocolat / +bacitracine
 Gélose au sang/+ ac.nalidixique
 Milieux sélectifs (Drigalski, Chapman, Sabouraud) selon l’examen direct
et le contexte.
 Incubation en présence ou non de CO2 5% / anaérobiose
 24- 48H , plus selon indications

• Les bactéries anaérobies ne peuvent être recherchées que sur des

prélèvements in situ.
• Considérer comme prédominante la flore dont le type morphologique
est également présent à l’examen direct.
• Identifier la flore dominante et pratiquer un antibiogramme.
 Cultures - Interprétation
Dilution Seuil significatif/ml
EXPECTORATION 10-5- 10-7 > 107
1-2 espèces

AET 10-3- 10-5 105

LBA 10-2- 10-4 104

PDP/ BBP pur , 10-2 >103

Confrontation des résultats de l’examen direct

et des cultures quantitatives
 Comparaison des prélèvements
Non protégés Protégés
Crachat AET LBA PTP
Contamination +++ ++ + 0

Indication Routine non Si méth

invasif invasives c-indiq En milieu de réanimation pour
(n-né) sujets intubés ventilés

Seuil (UFC/ml) 107 105 104 103

Remarque Facile , non invasif Zone explorée Précis, peu

Réponse claire rare étendue contaminé
Évaluation de prédominance Invasif Zone explorée
souche/ d’autres Mal supporté peu étendue
Contamination+++ Faible quantité
Germe Germes usuels Legionella, B intraclaire,
recherché Nocardia, anaérobies
champignons
et virus
Détection des antigènes urinaires
• S.pneumoniae
– sensibilité: 77-89% (+ bactériémie)
44-64% (-
Bactériémie)
– Spécificité variable: 81-99%
– Sécrétion du polysaccharideC
prolongée: 6 semaines à 3 mois
– Positive après TTT antibiotique
efficace > 7j

• L.pneumophila 1 (voir cours)

AGENTS “PATHOGENES”

Streptococcus Pneumoniae
Haemophilus influenzae
Legionella spp.
Staphylococcus aureus
Moraxella catarrhalis
Bacilles à Gram-negatif
Mycoplasma pneumoniae
Chlamydia pneumoniae
Virus
 Pneumonies
Pneumonies communautaires
communautaires hospitalisées
hospitalisées
Etudes
Etudeseuropéennes
européennes::23
23études
études== 6026
6026patients
patients

Thorax 2001

Agents infectieux Moyenne Ecart-type

S. Pneumoniae 19,4 18,4 - 20,4

H. Influenzae 3,9 3,4 - 4.4
Legionella spp. 5,1 4,6 - 5,7
M. Catarrhalis 1,2 1 - 1,5
S. Aureus 0,8 0,5 - 1,1
Entérobactéries 3,3 2,8 - 3,7
M. Pneumoniae 6 5,4 - 6,6
C. Pneumoniae 6,3 5,5 - 7,3
C. Psisttaci 1,4 1,1 - 1,8
C. Burnetti 0,9 0,6 - 1,1
Virus 9,5 8,6 - 10,3
Grippe 5,3 4,6 - 6,1
Mixtes 6,3 5,5 - 7,1
Autres 2 1,7 - 2,4
Aucun 50,7 49,5 - 52
 PAC TRAITEES A DOMICILE
Etudes européennes : 6 études = 654
patients
Thorax 2001
Agents infectieux Moyenne Ecart-type

S. pneumoniae 8,4 6,4 - 10,8

H. influenzae 1,1 0,4 - 2,2
Legionella spp 2,8 1,6 - 4,3
S. aureus 0 0 - 0,7
M. catarrhalis 0 0 - 0,6
Entérobactéries 0,2 0-1
M. pneumoniae 13,3 10,7 - 15,9
C. pneumoniae 8,7 6,5 - 11,3
C. psittaci 2 1 - 3,4
C. burnetii 0,8 0,3 - 1,5
Virus 12,4 9,9 - 14,9
Grippe 6,3 4,5 - 8,4
Mixtes 4,7 2,8 - 7,3
Autres 2 1,1 - 3,4
Aucun 53,7 49,8 - 57,5
 PNEUMONIES COMMUNAUTAIRES
Associations microbiennes les plus
fréquentes (mixtes 10-30%)

S. pneum. H. influenzae M. pneum.C. pneumo.

Legionella

S. pneumoniae -
H. influenzae 8 -
M. catarrhalis 3 2
Autres bact. 5 1
M. pneumoniae 43 3 -
C. pneumoniae 34 4 12 -
Legionella sp. 23 2 15 12 -
Virus 17 4 10 5 3

(Lieberman, 1996)
Principales étiologies bactériennes
Principales étiologies bactériennes
 Traitement

• AB choisi doit avoir une bonne diffusion pulmonaire (B-

lactamines, Macrolides, Synergistines, Cotrimoxazole, Cyclines)
• Adapté au germe isolé.
• En cas d’infections à germes intracellulaires (Mycoplasma et
Chlamydophila), AB bonne diffusion cellulaire (cyclines,
quinolones 2éme génération, macrolides)
• Traitements adjuvants sont prévus (corticothérapie, fluidifiants
bronchiques, kinésithérapie, oxygénothérapie)
 Traitements et prévention (1)

Infections ATB Adjuvants Prévention

Bronchites - Abstention - Anti-inflam -Vaccination:

aigues - Si J7 crachats - Bronchodilat Grippe, H.inf,
purulents: AP,M - Fluidifiants pneumo,
bronchiques coqueluche pour
BPCO, pers
Bronchites 1- AP+ Inhibiteur de âgées
chroniques Blac/C1G -Eviter: tabac,
pollution
2- J7: C2G/C3G/FQ - Hygiène ,
dépistage, tt des
Poussées AP+FQ infections
BPCO AP +C3G favorisantes
 Traitements et prévention (2)
Infection AB Adjuvants Prévention

Pneumonies -Sans signes de -Oxygénothérapie -Vaccination

alvéolaires gravité:AP/M -Réa hydro -Mesures
Risque: électrolytique d’hygiène,
AP+inhibiteur de -Ponction et dépistage et TT
Blact/C3G drainage des infections
-Signes de gravité d’épanchement favorisantes
hospitalisation AB pleural
inj:AM+ inhibiteur de -Corticothérapie
Blact ou C3G+M/FQ -TT de l’état de
choc
Pneumonies Cyclines/FQ/M -Ventilation
interstitielles assistée

Pneumonies Bi ou trithérapie:
nosocomiales C3G, IMP,
Aminosides, GP