DIARRHEES

VIRALES

1
 PLAN

• INTRODUCTION
• ASPECTS VIROLOGIQUES
• EPIDEMIOLOGIE
• PHYSIOPATHOLOGIE
• CLINIQUE
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• TRAITEMENT ET PREVENTION
• CONCLUSION
2 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 DÉFINITION: DIARRHÉE

• Étymologie: « dia »= à travers; « rhéin » =

couler

• Diarrhée (OMS) = émission de plus de deux

selles (très molles) à liquides par jour

• Durée:
• D. aigues: 1 à 3 semaines
• D. chroniques: des mois voire des années

3 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 LES DIARRHÉES VIRALES:
INTÉRÊTS

• 80 % des gastro-entérites

• Graves:
• Morbidité
• Mortalité infantile = plus de 3 millions de décès
annuels
• Épidémies
Problème de santé public

4 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 LES DIARRHÉES VIRALES:
OBJECTIFS

• Connaître les principaux virus

responsables des diarrhée

• Savoir le rôle du laboratoire dans le

diagnostic d’une diarrhée virale:
prélèvements et moyens diagnostiques

5 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 PLAN
• INTRODUCTION
• ASPECTS VIROLOGIQUES
• EPIDEMIOLOGIE
• PHYSIOPATHOLOGIE
• CLINIQUE
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• TRAITEMENT ET PREVENTION
• CONCLUSION
6 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Virus des Diarrhées
• Virus associés à des gastro-entérites:
• Rotavirus
• Calicivirus
• Astrovirus
• Adénovirus 40 et 41

• Virus opportunistes impliqués dans les troubles digestifs « immunodéprimé »

Coronavirus, CMV ,HSV ,VIH

• Autres virus: Torovirus, Parvovirus, Picobirnavirus, Réovirus (type 1-3),

Adénovirus (type 1-39)

7 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Classification - Structure

Virus Famille Taille (nm)/génome Env

Rotavirus Reoviridae 70 nm Non

ARN bicaténaire
Adenovirus Adenoviridae 80-110 nm Non
ADN bicaténaire
40/41
Calicivirus Caliciviridae 27-30 nm ARN Non
(Norovirus, monocaténaire
Sapovirus)
Astrovirus Astroviridae 28-30 nm ARN Non
monocaténaire

8 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 PLAN

• ASPECTS VIROLOGIQUES
• EPIDEMIOLOGIE
• PHYSIOPATHOLOGIE
• CLINIQUE
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• TRAITEMENT ET PREVENTION
• CONCLUSION
9 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Chaîne épidémiologique
Virus ROTAVIRUS CALICIVIRUS ASTROVIRUS ADENOVIRUS
40-41

Mode Endémique : Norwalk : épidémies dans les Endémique : pic Endémique sans
pic hivernal collectivités (TIAC) hivernal facteur saisonnier
Épidémique Non Norwalk : endémique
(crèches) sans facteur saisonnier
Nosocomial
Réservoir Homme + Homme + Homme +
Animal
Animal Animal Homme seul

Age 6 à 24 Norwalk: enfants scolarisés et Toutes les < 2ans

adultes tranches d’age
mois +++ surtout <10 ans et
Autres: <2ans personnes âgées

Excrétion 10 jours 3 jours 12 jours 10 jours

fécale

10 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Transmission

??

11 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Ordre de Fréquence
Virus Fréquence
Rotavirus Rota. groupe A>50%

Calicivirus 8 à 14%

Astrovirus 2 à 8%

Adénovirus 2 à 6%

12 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

13 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Données en chiffres
• Rotavirus: 140 millions de cas / an (monde)
avec 1 million décès / an.

• Au Maroc:
• 1997: 6000 cas (1/3 Rotavirus)
• 2ème cause de décès pour les enfants
de moins de 5 ans

14 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 PLAN

• ASPECTS VIROLOGIQUES
• EPIDEMIOLOGIE
• PHYSIOPATHOLOGIE
• CLINIQUE
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• TRAITEMENT ET PREVENTION
• CONCLUSION
15 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Mécanisme physiopathologique

Fixation (récepteurs ??)

Diarrhée AQUEUSE
Endocytose
Altérations morphologiques
Multiplication

Lyse Altérations
cellulaire etfonctionnelles
libération des virions

Autres cellules

16 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 D. virales
Rotavirus Calicivirus Astrovirus Adénovirus
17 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 PLAN

• ASPECTS VIROLOGIQUES
• EPIDEMIOLOGIE
• PHYSIOPATHOLOGIE
• CLINIQUE
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• TRAITEMENT ET PREVENTION
• CONCLUSION
18 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Tableau clinique typique

diarrhée aqueuse
• Survenue brutale de selles fréquentes et liquides

• Fièvre habituelle et peu élevée (< 38,5 °C)

• Vomissements fréquents

• Sd cholériforme: diarrhée aqueuse (DHA++)

19 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Principaux aspects cliniques
Virus Incubation Symptomatologie Durée Pronostic
des
signes
Rotavirus 1-3 j Signes respiratoires et 5-7 j guérison en
généraux règle générale
Asymptomatique: si potentiellement
enfant + adulte graves (DHA)
Calicivirus 12-48 h Syndrome pseudo 24-48 h Guérison
grippal rapide
Crampes + Malaise
général majeur
Astrovirus 24-36 h Douleurs abdominales 2-3 j Guérison
rapide
Adénovirus 8-10 j Signes respiratoires 5j-2 potentiellement
semaines graves
20 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
21 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 PLAN

• ASPECTS VIROLOGIQUES
• EPIDEMIOLOGIE
• PHYSIOPATHOLOGIE
• CLINIQUE
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• TRAITEMENT ET PREVENTION
• CONCLUSION
22 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 A- Éléments d’orientation

• Anamnèse : âge, contexte épidémique, absence de

glaire ou de sang; saison hivernale…

• Clinique: syndrome pseudo grippal,

déshydratation, fièvre, douleurs abdominales

• Bilan non spécifique: NFS, ionogramme…

23 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 B- Prélèvement et transport

• Prélèvement:
• Selles émises à la phase aigue: 2à
3 g (2 à 3 ml) dans un récipient stérile à
fermeture hermétique
• Écouvillonnage rectal (milieu de transport)
• Transport:
• Virus nus: pas de précautions particulières
• Peu thermosensibles: température ambiante
• Dans les 4 heures
• Examen différé: conservation entre 2 et 6°C pendant 72
heures
• Pour un stockage prolongé: congélation à - 20°C

24 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Diagnostic virologique

Diagnostic Diagnostic
virologique virologique
direct indirect

Recherche
Recherche Microscopie Culture
du génome
des antigènes électronique cellulaire
viral
viraux

25 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct

Diagnostic
virologique
direct

Recherche
Recherche Microscopie Culture
du génome
des antigènes électronique cellulaire
viral
viraux

26 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct
C-1 Recherche des antigènes viraux

• Techniques utilisant les anticorps monoclonaux ou

polyclonaux

• Grand progrès dans le diagnostic de routine pour:

• Rotavirus du groupe A
• Adénovirus 40-41

• Agglutination au latex, ELISA, immunochromatographie

27 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct
C-1 Recherche des antigènes viraux
C-1-1 Techniques d’agglutination au latex
• Particules de latex sont sensibilisées par des anticorps
spécifiques

• Avantages:
• Simplicité, rapidité d’exécution (urgence) , sans
appareillage, coût faible,
• Rotavirus: sensibilité 85 % et spécificité 95 %

• Limites:
• Sensibilité: moindre pour les Adénovirus: 35% à 85%
• Faux négatifs et de faux positifs (témoins)

28 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct
C-1 Recherche des antigènes viraux
C-1-2 Méthodes immunoenzymatiques

Plaque de microtitration Détail d’un puits

1 - Lesmicropuits sont tapissés d’Ac

2 – Solution contenant l’antigène (selles) ??
3 - Anticorps anti-antigène marqué
4 - Révélation enzymatique

29 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct
C-1 Recherche des antigènes viraux
C-1-2 Méthodes immunoenzymatiques

• Lecture à l’œil nu ou par spectrophotométrie, rapides, en série,

Sensibilité (99%) et spécificité excellente (99 à 100 %)

• Diagnostic de routine pour les Rotavirus du groupe A et

Adénovirus

• Recherche des antigènes d’Astrovirus (10 à 100 fois plus

sensible que la ME)

• Limites:
• Concentrations virales inférieures au seuil de détection,
• Rotavirus non A

30 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct
C-1 Recherche des antigènes viraux
C-1-3 Méthodes immunochromatographiques

En Excès

Ag Rotavirus
31 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 C- Diagnostic virologique direct
C-1 Recherche des antigènes viraux
C-1-3 Méthodes immunochromatographiques

• Facile d’emploi, peu coûteuse avec une

réponse rapide (10 min): ROTA – CHECK
– 1®:
• Technique de choix pour le diagnostic
d’urgence Rotavirus et Adénovirus
• sensibilité (92% à 100%)
• spécificité (99%)
• Limites: qualitatifs, humidité

32 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct

Diagnostic
virologique
direct

Recherche
Recherche Microscopie Culture
du génome
des antigènes électronique cellulaire
viral
viraux

33 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 LA PCR et LA RT-PCR

34 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct
C-2 Recherche du génome viral
Amplification génique par PCR ou par RT-PCR

• Calicivirus (seul moyen de diagnostic), rotavirus,

astrovirus

• Très sensibles et spécifiques mais relativement

coûteuses, faux positifs par contamination des
échantillons au niveau de la révélation

• Intérêt: caractérisation moléculaire des souches

détectées (TIAC)

35 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct

Diagnostic
virologique
direct

Recherche
Recherche Microscopie Culture
du génome
des antigènes électronique cellulaire
viral
viraux

36 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct
C-3 Microscopie électronique

• Technique de référence « attrape tout »

• Observation de la morphologie caractéristique des

particules virales par une coloration négative

• Méthode coûteuse, Observateur averti et entraîné:

Laboratoires spécialisés

• L’identification par immunomicroscopie électronique:

Facilite l’observation d’amas viraux (sensibilité)

37 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Rotavirus Calicivirus

Astrovirus Adénovirus

38 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct

Diagnostic
virologique
direct

Recherche
Recherche Microscopie Culture
du génome
des antigènes électronique cellulaire
viral
viraux

39 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 C- Diagnostic virologique direct
C-4 Culture cellulaire

virus Culture cellulaire

Rotavirus Très difficile:

• Aucun intérêt
Cellules particulières (MK2, rein de singe Cercopithecus )

Adenovirus Difficile:
40 et •41Domaine de lade rein
HEK 293 (cellules recherche
embryonnaire humain transformé
par l'Adv 5).

Astrovirus Difficile:
-Cellules rénales embryonnaires humains (HEK)
-cellules hétéroploïdes d’adénocarcinome du colon
(CACO-2)
Calicivirus Pas de culture
40 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Diagnostic virologique

Diagnostic Diagnostic
virologique virologique
direct indirect

Recherche
Recherche Microscopie Culture
du génome
des antigènes électronique cellulaire
viral
viraux

41 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 D- Diagnostic virologique indirect

• Mise en évidence d'une montée d'anticorps entre

deux sérums prélevés à 15 jours d'intervalle ou la
détection d'anticorps de classe IgM ;
• Intérêt rétrospectif lors d’études épidémiologiques:
• Propagation du virus en cause
• Populations cibles
• Séroprévalence
• Différentes techniques: Immunofluorescence,
Inhibition d’hémaglutination, Fixation du complément,
séroneutralisation, ELISA

42 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

43 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 DIAGNOSTIC DIFFÉRENTIEL

• Gastro-entérites bactériennes
• 10% des GE hivernales,
• Diarrhée glairo-sanglante
• Salmonella, campylobacter

• Gastro-entérites secondaires à une antibiothérapie

• 5% des GE hivernales, clostridium difficile

• turista
• Voyages, E.coli entérotoxinogènes, parasites

44 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Quel est la démarche diagnostique devant une diarrhée… VIRALE ??

45 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 1- Communautaire et
sporadique
Données épidémiques et cliniques (Hiver, Fièvre peu élevée,
Vomissements, Diarrhée hydrique, Syndrome pseudogrippal)

Moins de 2 ans:
Rotavirus +++, adénovirus
Exploration si complications
Immunochromato, ELISA; Latex
(DHA, Hospitalisation)
Ou personne âgée ou tarée
Ou incertitude étiologique
Enfant + adultes:
Calicivirus et Astrovirus

46
RT-PCR; ELISA
Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 2 - Collective (épidémie)
Enfants (Crèches):
Rotavirus +++

Adultes (TIAC)
Explorer pour limiter la calicivirus +
dissémination du virus astrovirus

Infection nosocomiale
(rotavirus + adénovirus)

47 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 PLAN

• ASPECTS VIROLOGIQUES
• EPIDEMIOLOGIE
• PHYSIOPATHOLOGIE
• CLINIQUE
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• TRAITEMENT ET PREVENTION
• CONCLUSION
48 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Traitement

Objectif principal: éviter la déshydratation

• Pas de traitement spécifique
• Symptomatique: Prises à volonté, 60 ml,
toutes les 20 minutes

• Antibiothérapie inutile: déséquilibre de la

flore bactérienne

49 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

50 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Prévention
• Spécifique : vaccin pour les Rotavirus:
• agit d’avantage sur la gravité de l'infection que sur son incidence
• Vaccin commercialisé 1998 puis retiré du marché 1999 (invaginations
intestinales)
• Vaccin oral vivant atténués commercialisé 2004 sous le nom
 ROTATEQ (pentavalent: 5 sérotypes G1-G2-G3-G4 et P1) trois
doses respectivement à l’âge de deux, trois et quatre mois (700
DH)
 ROTARIX (monovalent) deux doses, l’une à l’âge de deux mois et
l’autre à trois mois
 en France, Belgique, systématique pour l’enfant de moins de 6 M

51 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Prévention

• Collective
• Hygiène +++ (mains, surface, isolement,
aliments..)
• Éducation sanitaire
• Assainissement et Consommation d’eau potable

52 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Au Maroc

Tanger

Rabat

En 2004:
Oujda
Sites sentinelles de
Surveillance des GE
À Rotavirus Béni Mellal
Au Maroc

Objectif
général :
Estimer la
charge de
morbidité des
53
GE à rotavirus
Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 Ministère de la Santé
Délégation :…………………………………
Hôpital :……………………………………..

DOSSIER INDIVIDUEL D’INVESTIGATION D’UN CAS DE GASTROENTERITE

Identification du patient
N° d’identification : /M/O/__/__//__/__/__/__/__/ N° d’entrée :....................................
Nom/Prénom :..................................................................................................................
Sexe : M /__/ F /__/ Age en mois :……………………….
Adresse : ……………………………………………………………………………………….
Secteur : …………………………………… Commune :………………………….

Données cliniques
Date du début des symptômes : /__/__/ /__/__/ /__/__/__/__/
Date d’hospitalisation : /__/__/ /__/__/ /__/__/__/__/
Notion de fièvre : Oui /__/ Non /__/ Température à l’admission : ………°C
Vomissements : Oui /__/ Non /__/ Nombre / 24 heures : ……………….
Durée en jours :………………………..
Diarrhée : Oui /__/ Non /__/ Nombre / 24 heures : ……………….
Durée en jours :………………………..
Déshydratation : Absente /__/ Modérée /__/ Sévère /__/
Traitement : Réhydratation Orale /__/ Réhydratation IV /__/
Evolution : Guéri /__/ Transféré /__/ Décédé /__/ Inconnue /__/
Date de sortie, de transfert ou du décès : /__/__/ /__/__/ /__/__/__/__/

Données du laboratoire
Prélèvement de selles effectué : Oui /__/ Non /__/ Date /__/__/ /__/__/ /__/__/__/__/
Date d’envoi au laboratoire : /__/__/ /__/__/ /__/__/__/__/
Date de réception du résultat : /__/__/ /__/__/ /__/__/__/__/
Résultat de recherche du rotavirus : Positive /__/ Négative /__/
Responsable de l’investigation
Nom / Prénom :……………………………………………………………………………………..
Qualité :…………………………………………..
Date : /__/__/ /__/__/ /__/__/__/__/ Signature :……………………………….
54 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 PLAN

• ASPESCTS VIROLOGIQUES
• EPIDEMIOLOGIE
• PHYSIOPATHOLOGIE
• CLINIQUE
• DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
• TRAITEMENT ET PREVENTION
• CONCLUSION
55 Présentation des activités de l’Institut Pasteur
 CONCLUSION

• Virus (rotavirus) : étiologie la plus fréquente des diarrhées infectieuses

• Rôle capital du laboratoire:

• Confirmation rapide du diagnostic
• Diagnostic différentiel entre étiologie virale et bactérienne
• Enquête épidémiologique

• Les Mesures d’hygiène et la vaccination

56 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

 Références bibliographiques

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Chir Gastro-entérologie, 9-001-B-60, 2003
• Huet F. Gastroentérites virales : aspects cliniques et thérapeutiques. Encycl Méd Chir Gastro-
entérologie, 9-001-B-70, 2003, 4 p.
• Pothier P, Garbarg-Chenon A et Kohli É. Gastroentérites virales. Encycl Méd Chir Gastro-
entérologie, 9-001-B-75, 2003, 3 p.
• J.-P. Olives, E. Mas Diarrhés aigues virales : aspects cliniques et évolutifs, Archives de pddiatrie 14
(2007) S 152-S 155
• Ana Carolina Magalh, Andrade de Goes Development of a rapid and sensitive latex agglutination-
based method for detection of group A rotavirus. Journal of Virological Methods 148 (2008) 211–217
• M. Lorrot, M. Vasseur Physiopathologie de la diarrhée à rotavirus Journal de pédiatrie et de
puériculture (2007) 20, 330—336
• Parez N, Garbarg-Chenon A, Des caractéristiques structurales et antigéniques des rotavirus au
développement des vaccins, Journal de pédiatrie et de puériculture 2008

57 Présentation des activités de l’Institut Pasteur

58 Présentation des activités de l’Institut Pasteur